NCBI分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)應(yīng)用簡(jiǎn)介.ppt

NCBI分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) 應(yīng)用簡(jiǎn)介,溫州醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院檢驗(yàn)科 陶志華,NCBI分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) /,美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）于1988年11月4日建立國(guó)家生物技術(shù)信息中心（National Center of Biotechnology Information,簡(jiǎn)稱NCBI）。,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)(Nucleotide) (1988) 三維蛋白結(jié)構(gòu)的分子模型數(shù)據(jù)庫(kù)（MMDB） 在線人類孟德爾遺傳(OMIM）數(shù)據(jù)庫(kù) 生物門類（Toxonomy）數(shù)據(jù)庫(kù) 等,Entrez 數(shù)據(jù)庫(kù)檢索系統(tǒng)(1991) BLAST相似性檢索系統(tǒng),數(shù)據(jù)庫(kù)：,檢索系統(tǒng):,NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容簡(jiǎn)介,一. Nucleotide(GenBank),該數(shù)據(jù)庫(kù)由國(guó)際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)成員美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院GenBank、日本DNA數(shù)據(jù)庫(kù)(DDBJ)和英國(guó)Hinxton Hall的歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)庫(kù)(EMBL）三部分?jǐn)?shù)據(jù)組成。,Nucleotide 包含：,所有已知的核苷酸及蛋白質(zhì)序列 與之相關(guān)的生物學(xué)信息 參考文獻(xiàn),二 . Genome,即基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，提供了多種基因組、完全染色體、臨近序列圖譜以及一體化基因物理圖譜。,三. Structures,即結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)或稱分子模型數(shù)據(jù)庫(kù)（MMDB），包含來自X線晶體學(xué)和三維結(jié)構(gòu)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。MMDB的數(shù)據(jù)從PDB（Protein Data Bank）獲得。,四. Taxonomy,即生物學(xué)門類數(shù)據(jù)庫(kù)，可以按生物學(xué)門類進(jìn)行檢索或?yàn)g覽其核苷酸序列、蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)等。,五. PopSet,包含研究一個(gè)人群、一個(gè)種系發(fā)生或描述人群變化的一組組聯(lián)合序列。PopSet既包含核酸序列數(shù)據(jù)又包含蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)。,六. OMIM,孟德爾遺傳學(xué)(OMIM)數(shù)據(jù)庫(kù)是人類基因和基因疾病的目錄數(shù)據(jù)庫(kù)。該數(shù)據(jù)庫(kù)包括原文信息、圖片和參考信息，同時(shí)還可以鏈接到Entrez系統(tǒng)MEDLINE數(shù)據(jù)庫(kù)中相關(guān)文獻(xiàn)和序列信息。,NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)檢索,1. ENTREZ高級(jí)檢索系統(tǒng)：,在檢索框中輸入檢索詞，檢索詞間默認(rèn)邏輯關(guān)系為AND 還可用來檢索核酸與蛋白質(zhì)序列、MEDLINE相關(guān)文獻(xiàn)或?qū)＠≒ubMed）、 基因組及MMDB分子結(jié)構(gòu)模型庫(kù)信息。,顯示格式 ：,Summary Report格式 GenBank Report格式 FASTA Report格式 ,2. BLAST相似性檢索系統(tǒng),BLAST （Basic Local Alignment Search Tool） 是用于序列相似性檢索的一個(gè)重要數(shù)據(jù)庫(kù)，是區(qū)分基因和基因特征的工具。該軟件能在15秒內(nèi)完成整個(gè)DNA數(shù)據(jù)庫(kù)的序列檢索。 在NCBI主頁的左工具條中，點(diǎn)擊BLAST圖標(biāo)，即進(jìn)入BLAST主頁 可通過WWW途徑或E-mail途徑查詢。,3. 向GenBank遞交數(shù)據(jù),GenBank數(shù)據(jù)的一個(gè)主要來源是通過作者直接遞交；目前許多期刊也希望刊登的 文章中的DNA或氨基酸序列能在發(fā)表前輸入數(shù)據(jù)庫(kù)。,NCBI為此設(shè)計(jì)了方便、快捷的數(shù) 據(jù)遞交軟件： BankIt: 直接通過WW