《解讀基因組序列》PPT課件.ppt

1、5.1在基因序列中定位基因,5 解讀基因組序列,基因測(cè)序的后續(xù)工作,弄清楚： 1.基因組順序中所包含的全部遺傳信息是什么(查找基因) 2.基因組作為一個(gè)整體如何行使其功能,基因定位的兩種常見(jiàn)方法：,其一，根據(jù)已知的序列人工判讀或計(jì)算機(jī)分析尋找與基因有關(guān)的序列（如：序列篩查定位基因） 其二，實(shí)驗(yàn)研究，看其能否表達(dá)基因產(chǎn)物及其對(duì)表型的影響，既實(shí)驗(yàn)分析,5.1.1通過(guò)序列篩查定位基因,細(xì)菌DNA的簡(jiǎn)單ORF掃描 高等真核生物DNA的ORF掃描 功能性RNA定位基因 同源性搜索和比較基因組學(xué) 自動(dòng)標(biāo)注基因組序列,基因可讀框ORF,所有編碼蛋白質(zhì)的基因含有可讀框(open reading frames

2、ORF)：是由可編碼氨基酸的密碼子組成 ORF起始于起始密碼子（一般是ATG）終止于終止密碼子（TAA,TAG,TGA） 每個(gè)DNA序列有6種可讀框,蛋白質(zhì)編碼基因是三聯(lián)密碼子的可讀框,雙鏈DNA分子具有6個(gè)可讀框,尋找ORF(ORF scanning),如果DNA序列CG堿基含量占50%則TAA，TAG，TGA每一個(gè)將平均每64bp出現(xiàn)一次 如果GC含量大于50%那么含A和T堿基的終止密碼子出現(xiàn)的頻率會(huì)相對(duì)比較少，但是預(yù)期每100200bp還會(huì)出現(xiàn)一次 尋找ORF的方式是將100個(gè)密碼子作為一個(gè)基因長(zhǎng)度的下限,簡(jiǎn)單的ORF掃描細(xì)菌DNA,簡(jiǎn)單的ORF應(yīng)用于細(xì)菌DNA序列的掃描可以成功的定位大

3、多數(shù)基因，因?yàn)榧?xì)菌基因間距非常小重疊基因較少，而且細(xì)菌基因內(nèi)無(wú)內(nèi)含子，ORF連續(xù)。,單核李氏桿菌溶血素gln基因,基因無(wú)內(nèi)含子ORF連續(xù),高等真核生物DNA的ORF掃描,高等真核生物基因之間間隔太大發(fā)現(xiàn)家ORF的概率增加 高等真核生物基因內(nèi)有內(nèi)含子導(dǎo)致ORF不連續(xù)，外顯子小于100個(gè)密碼子 因此高等真核生物基因不會(huì)以長(zhǎng)ORF形式出現(xiàn)在基因組序列中,ORF無(wú)法掃描,內(nèi)含子使ORF掃描復(fù)雜化,河豚魚(yú)AF164138序列某段基因分析,內(nèi)含子的基因圖,ORF掃描的三項(xiàng)改良,密碼子偏倚：特定生物體的基因中并不是所有密碼子使用頻率都相等，真正外顯子有所偏倚。 外顯子內(nèi)含子邊界 ：因?yàn)橛刑囟ǖ男蛄刑卣鞫鴧^(qū)分

4、開(kāi) 上游調(diào)控序列：調(diào)控序列有明顯特點(diǎn)，可用來(lái)定位基因起始區(qū),外顯子內(nèi)含子邊界,依據(jù)某種生物體的DNA特征進(jìn)行具體分析：如脊椎動(dòng)物基因組包含著許多基因上游都有的CpG（CpG island）島,功能性RNA定位基因,搜尋編碼RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的特征堿基序列 搜尋DNA編碼莖環(huán)或發(fā)夾結(jié)構(gòu)的程序 搜索與功能RNA基因相關(guān)的調(diào)控序列 搜尋緊湊的較小基因組中蛋白質(zhì)編碼基因間的空位置,tRNA三葉草結(jié)構(gòu),一個(gè)大腸桿菌tRNA基因的序列,莖環(huán)結(jié)構(gòu),同源性搜索和比較基因組學(xué),同源性搜索：查詢DNA數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)判斷所檢測(cè)序列是否與已知基因的序列相同或者是相似 比較基因組學(xué)：當(dāng)相關(guān)基因組進(jìn)行比較時(shí)，同源基因由于它們的序列

5、相似性很高就容易被鑒別出來(lái)，而在第二個(gè)基因組中沒(méi)有明確同源物的任何ORF都可以很肯定的認(rèn)為不是基因,相關(guān)物種的相似基因組,用同線性比較檢測(cè)短O(píng)RF真實(shí)性,自動(dòng)標(biāo)注基因組序列,計(jì)算機(jī)方法從序列分析開(kāi)始，運(yùn)用能掃描ORF、外顯子-內(nèi)含子邊界及上游調(diào)控區(qū)并能在數(shù)據(jù)庫(kù)中檢測(cè)同源基因ORF的程序進(jìn)行序列分析。這些程序同時(shí)也用于尋找重復(fù)序列及功能RNA基因的特意性特征，而后信息整合分析。,5.1.2.基因定位的實(shí)驗(yàn)技術(shù),大多數(shù)基因定位的試驗(yàn)方法依賴于檢測(cè)由基因轉(zhuǎn)錄成的RNA分子。 雜交試驗(yàn)可以判斷某一片段是否含有轉(zhuǎn)錄序列 cDNA測(cè)序有助于在DNA片段中進(jìn)行基因作圖 精確定位轉(zhuǎn)錄物末端 可以準(zhǔn)確定位外顯子

6、內(nèi)含子邊界,雜交實(shí)驗(yàn)判斷轉(zhuǎn)錄序列,如果用標(biāo)記的基因組片段與細(xì)胞RNA進(jìn)行northern雜交，就可以檢測(cè)到那個(gè)片段上的基因所轉(zhuǎn)錄出的RNA。缺點(diǎn)： 一些單個(gè)基因有兩個(gè)或更多長(zhǎng)度不等的轉(zhuǎn)錄物 mRNA表達(dá)時(shí)期和部位的特異性,northern 印跡雜交,種屬間印跡,cDNA測(cè)序有助DNA片段基因作圖,將cDNA序列與基因組DNA序列相比較，就可以描述相應(yīng)基因的位置找到外顯子內(nèi)含子的邊界，兩個(gè)決定此方法成功的因素： 所研究基因DNA片段表達(dá)水平的高低 cDNA分子的完整性,cDNA合成,精確定位轉(zhuǎn)錄物末端,將RNA做起始材料進(jìn)行特殊類(lèi)型的PCR 逆轉(zhuǎn)錄PCR（reverse transcriptas

7、e PCR,RT-PCR）快速擴(kuò)增cDNA末端 其他的轉(zhuǎn)錄物準(zhǔn)確作圖的方法包括異源雙鏈分析（heteroduplex analysis）,準(zhǔn)確定位外顯子內(nèi)含子邊界,外顯子捕獲（exon trapping）：將一特殊類(lèi)型載體導(dǎo)入合適的真核細(xì)胞系中。根據(jù)已知的小基因序列確定出插入的外顯子其實(shí)和終止核苷酸的位置，從而準(zhǔn)確描述外顯子,外顯子捕獲,5.2 確定單個(gè)基因的功能,一旦一個(gè)新基因在基因組序列中獲得定位，就要探索它的功能問(wèn)題。 大腸桿菌基因組序列中4288個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因中，以前已經(jīng)鑒定出的基因只有1853個(gè)（占總數(shù)的43%）。對(duì)于釀酒酵母，此數(shù)值只有30%。 像基因定位一樣，也嘗試著用計(jì)算機(jī)分

8、析和實(shí)驗(yàn)研究來(lái)確定未知基因的功能。,5.2.1基因功能的計(jì)算機(jī)分析,同源性搜索是通過(guò)把被研究的DNA序列與數(shù)據(jù)庫(kù)中其他所有的DNA序列進(jìn)行比較來(lái)定位基因。 同源性搜索的基礎(chǔ)是相關(guān)的基因具有相似序列，因此可以通過(guò)與不同物種中已測(cè)序的同源基因具有相似性來(lái)發(fā)現(xiàn)新基因。,同源性反映出進(jìn)化關(guān)系,同源基因具有共同的進(jìn)化祖先，是通過(guò)基因之間的序列相似性而發(fā)現(xiàn)的。（如圖5.16) 同源基因分兩類(lèi)： 定向進(jìn)化同源基因orthologous gene 是那些不同生物體間存在的同源物，它們的共同祖先早于物種之間的分裂。同源基因通常具有相同的或很類(lèi)似的功能。Eg：人類(lèi)和黑猩猩的肌紅蛋白基因是同源基因。,圖5.16 定

9、向進(jìn)化同源基因和平行進(jìn)化同源基因,平行進(jìn)化同源基因paralogous gene 存在于相同生物體中，常是可識(shí)別的多基因家族的成員，它們共同的祖先可能早于或晚于目前發(fā)現(xiàn)新基因的物種分裂。eg：人類(lèi)肌紅蛋白和球蛋白基因是平行基因：它們起源于5.5億年前祖先基因的復(fù)制。 通常一對(duì)同源基因不具有相同的核苷酸序列，但具有相似的序列。同源性搜索就是利用這些序列的相似性。 同源性相似性(如圖5.17),如果一對(duì)相關(guān)基因的序列有80%的核苷酸是相同生物，就描述它們是“80%同源”是不正確的。一對(duì)基因在進(jìn)化上要么有關(guān)要么無(wú)關(guān)，沒(méi)有介于二者之間的情況，因此把同源性描述為百分?jǐn)?shù)是沒(méi)意義的。 圖5.17 兩個(gè)DNA

10、序列具有80%的序列一致性,同源分析可以提供整個(gè)基因或基因片段 的功能信息,可以用DNA序列進(jìn)行同源性搜索，但通常在搜索之前先將假定基因的序列轉(zhuǎn)換為氨基酸序列。這樣做的一個(gè)原因是蛋白質(zhì)中有20種不同氨基酸，但DNA中只要4種核苷酸，因此當(dāng)比較氨基酸序列時(shí)，無(wú)關(guān)基因序列通常會(huì)表現(xiàn)出更大的差別（如圖5.18）。因此如果使用氨基酸序列進(jìn)行同源性搜索，就不太可能得到假結(jié)果。,同源性搜索程序時(shí)通過(guò)在查找序列和數(shù)據(jù)庫(kù)序列之間進(jìn)行比較而開(kāi)始的。對(duì)于每個(gè)比較來(lái)講，都計(jì)算出一個(gè)得分，操作人員通過(guò)這個(gè)得分可以估量查詢序列與試驗(yàn)序列同源的可能性。有兩種方法可以產(chǎn)生這個(gè)得分。 圖5.18 當(dāng)在氨基酸水平進(jìn)行比較，更明

11、顯。 兩條核苷酸序列中，綠色表示相同，紅色表示不同。有76%的一致，如星號(hào)所示。 把序列翻譯成氨基酸，一致性就降低到28%。黃色表示相同，棕色表示不同。 AA序列之間進(jìn)行比較就表明基因不是同源的，核苷酸水平的相似性是偶然的。,最簡(jiǎn)單的方法是計(jì)算相同氨基酸在兩條序列中都存在的位點(diǎn)數(shù)。這個(gè)數(shù)值被轉(zhuǎn)換成平均數(shù)后就可以給出兩條序列之間的相似程度。 最先進(jìn)的方法是運(yùn)用不相同氨基酸之間的化學(xué)相關(guān)性為比對(duì)中的每個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行評(píng)分，相同或很近的氨基酸（eg:leu和ile）分?jǐn)?shù)就高，不相關(guān)的氨基酸（ eg:phe和ser）分?jǐn)?shù)就低。這種分析就確定了一對(duì)序列之間的相似程度。,可進(jìn)行同源性搜索分析的軟件最常用的是BL

12、AST，只需登陸到該網(wǎng)站的一個(gè)DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中，將序列輸入到在線搜索工具就可以進(jìn)行分析。標(biāo)準(zhǔn)的BLAST程序能有效鑒別出序列相似性大于30%40%的同源基因。 PSI-BLAST（位點(diǎn)特異的重復(fù)BLAST ），通過(guò)將標(biāo)準(zhǔn)BLAST搜索的同源序列組合成一個(gè)序列譜能鑒別出相關(guān)性差別更大的序列，運(yùn)用該序列譜的特征能鑒別出在起始搜索中沒(méi)有檢測(cè)到的另外的同源序列。,同源基因具有非常不同的生物功能，一個(gè)例子是眼晶狀體的晶體蛋白，其中一些與代謝酶同源。因此，待查找序列與晶體蛋白之間具有同源性并不代表待查找序列是一種晶體蛋白，而且待查找序列與代謝酶之間具有相似性或明顯的同源性也不能表明待查找序列是一種代謝酶。

13、基因是不相關(guān)的，但它們蛋白質(zhì)具有相似的功能，并同時(shí)具有每種蛋白質(zhì)上一個(gè)結(jié)構(gòu)域的編碼序列，而此結(jié)構(gòu)域?qū)ζ涔餐墓δ芷痍P(guān)鍵作用。雖然基因本身沒(méi)有共同的祖先，結(jié)構(gòu)域卻有共同的祖先。tudor結(jié)構(gòu)就是一個(gè)典型的例子（如圖5.19）,圖5.19 tudor結(jié)構(gòu)域 圖的上部顯示果蠅tudor蛋白結(jié)構(gòu)，它含有10個(gè)拷貝的tudor結(jié)構(gòu)域。另一個(gè)果蠅蛋白homeless及人類(lèi)A-激酶錨定蛋白（AKAP149）中發(fā)現(xiàn)了此結(jié)構(gòu)域，它在RNA代謝中發(fā)揮一定的作用。除了含有tudor結(jié)構(gòu)域外，這些蛋白質(zhì)并不相似。每種蛋白質(zhì)的活性都在一個(gè)方向或其他方向中與RNA有關(guān),運(yùn)用同源性搜索為人類(lèi)疾病基因確定功能,人類(lèi)基因組測(cè)序

14、的主要原因之一是能獲得人類(lèi)疾病相關(guān)的基因。 同源性搜索在疾病基因的研究中發(fā)揮很重要的作用，因?yàn)樵诹硪环N生物體中發(fā)現(xiàn)人類(lèi)疾病基因的同源基因經(jīng)常是理解人類(lèi)基因生物化學(xué)功能的關(guān)鍵。,5.2.2用實(shí)驗(yàn)分析闡明基因的功能,常規(guī)的路線：表型基因型 新的方法：基因型表型 通過(guò)基因失活進(jìn)行功能分析 與表型有關(guān)的基因可以通過(guò)確定具有突變表型的生物體中哪個(gè)基因是失活的而被鑒別出來(lái)。如果起點(diǎn)是基因而不是表型，那么相應(yīng)的策略就是進(jìn)行基因突變并確定所引起的表型改變，這是大多數(shù)用于確定未知基因功能的技術(shù)基礎(chǔ)。,同源重組可以使單個(gè)基因失活,使特定基因失活的最簡(jiǎn)單方法是用一段無(wú)關(guān)DNA片段將其破壞（如圖5.20） 。這可以通

15、過(guò)在基因的染色體拷貝和另一段與靶基因有一些相同序列的DNA之間進(jìn)行同源重組來(lái)達(dá)到?，F(xiàn)在的目的只要知道兩個(gè)DNA分子具有相似序列，重組能引起分子片段進(jìn)行互換就足夠了。 如何進(jìn)行基因失活呢？ 釀酒酵母（如圖5.21） 模式生物：人小鼠,圖5.20 同源重組引起基因失活 靶基因的染色體拷貝與克隆載體攜帶的斷裂基因結(jié)合起來(lái)。結(jié)果是，靶基因被失活了。,圖5.21 酵母缺失盒的應(yīng)用 缺失盒包括抗生素抗性基因和該基因前面在酵母中表達(dá)所需的啟動(dòng)子序列以及兩側(cè)的限制性位點(diǎn)。,“缺失盒”是含有抗生素抗性的基因，不是酵母基因組中的正常部分，但如果轉(zhuǎn)入酵母染色體中就會(huì)起作用，就產(chǎn)生一種轉(zhuǎn)化的對(duì)抗生素遺傳霉素有抗性的酵

16、母細(xì)胞。運(yùn)用缺失盒之前，新的DNA片段作為尾端連接到每個(gè)末端。這些片段與要被失活的酵母基因的部分序列相同。當(dāng)改良盒導(dǎo)入酵母細(xì)胞后，同源重組就在DNA末端和酵母基因的染色體拷貝之間出現(xiàn)，用抗生素抗性基因代替后者。因此，通過(guò)將培養(yǎng)物接種到含有遺傳霉素的瓊脂培養(yǎng)基中來(lái)篩選攜帶替換基因的細(xì)胞。所產(chǎn)生的克隆缺少靶基因的活性，可以通過(guò)檢查它們的表型獲得此基因功能的一些提示。,3.不用同源重組進(jìn)行基因失活,轉(zhuǎn)座子標(biāo)記技術(shù)（transposon tagging) 通過(guò)向基因中插入轉(zhuǎn)座元件或轉(zhuǎn)座子使其失活。（更適合用于整體研究基因組的功能） RNA干擾或RNAi是一種完全不同的基因失活方法，它并不打斷基因本身，

17、而是破壞其mRNA 。這是通過(guò)將與目的mRNA序列匹配的小雙鏈RNA分子導(dǎo)入細(xì)胞中完成的。 雙鏈RNA被打斷成小分子來(lái)誘導(dǎo)mRNA的降解（如圖5.22）,圖5.22 RNA干擾 雙鏈RNA分子被Dicer核酸酶切割成2125bp的“小干擾RNA”（siRNA）。每個(gè)siRNA的一條鏈與靶mRNA堿基配對(duì)，后被RDE-1核酸酶降解,4.基因過(guò)表達(dá)也可以用來(lái)探索功能,需要區(qū)分兩種情況： 表型變化是由于過(guò)表達(dá)的特異功能造成的； 特異性比較小的表現(xiàn)變化反映了異常情況。 過(guò)表達(dá)一個(gè)基因，必須運(yùn)用一種特殊類(lèi)型的克隆載體，設(shè)計(jì)此類(lèi)載體以保證被克隆的基因能合成盡可能多的蛋白質(zhì)。因此，這種載體是多拷貝的，意思是

18、在宿主細(xì)胞內(nèi)它可以復(fù)制到每個(gè)細(xì)胞40200個(gè)拷貝，所以也就出現(xiàn)了待測(cè)基因的許多拷貝。載體必須含有高活性啟動(dòng)子，以便每個(gè)拷貝的待測(cè)基因能被轉(zhuǎn)變成大量mRNA，再次確保合成盡可能多大的蛋白質(zhì)（如圖5.23）,圖5.23 通過(guò)基因過(guò)表達(dá)進(jìn)行功能分析 目的是確定被研究的基因過(guò)表達(dá)是否影響轉(zhuǎn)基因小鼠的表型。因此將目的基因的cDNA插入到帶有高性啟動(dòng)子序列的克隆載體中，此啟動(dòng)子序列指導(dǎo)克隆基因在小鼠肝臟中表達(dá)。應(yīng)用cDNA而不用基因的基因組拷貝是因?yàn)榍罢卟缓袃?nèi)含子，因而比較短并且更易于在試管中操作。,圖5.24 兩步基因替換,5.2.3未知基因編碼Pr活性 的詳細(xì)研究 1.定點(diǎn)誘變可以用來(lái)詳細(xì)探索基因的

19、功能 使用定向誘變或體外誘變的方法來(lái)對(duì)基因序列的相關(guān)部位進(jìn)行缺失或改變。 誘變后如何尋找突變基因標(biāo)記基因（可能改變環(huán)境） 為了保證被研究基因活性的變化是由引入基因的特異突變改造的，而不是由于基因組中插入與目的基因緊靠的標(biāo)記基因后造成環(huán)境的間接效果，運(yùn)用的兩步基因替換法（如圖5.24）,2.報(bào)道基因和免疫細(xì)胞化學(xué)可以用來(lái)定位基因的 時(shí)空表達(dá),報(bào)道基因（reporter gene）就可能確定生物體內(nèi)的基因表達(dá)模式。比較可靠地指示出待測(cè)基因表達(dá)的時(shí)間和空間，就必須使報(bào)道使報(bào)道基因與待測(cè)基因一樣受同樣的信號(hào)調(diào)節(jié)。這可以通過(guò)用報(bào)道基因的ORF替代待測(cè)基因的ORF來(lái)實(shí)現(xiàn)（如圖5.25）。大多數(shù)控制基因表達(dá)

20、的調(diào)節(jié)信號(hào)位于ORF上游的DNA區(qū)域內(nèi)，現(xiàn)在報(bào)道基因就應(yīng)該表現(xiàn)出與待測(cè)基因相同的表達(dá)模式了。因此，就可以通過(guò)檢測(cè)生物體內(nèi)報(bào)道基因的信號(hào)來(lái)確定表達(dá)模式。,圖5.25 報(bào)道基因 報(bào)道基因的可讀框取代待研究基因的讀框。結(jié)果是報(bào)告基因受到通常能表明待測(cè)基因表達(dá)模式的調(diào)控序列的調(diào)控序列的調(diào)節(jié)。,免疫細(xì)胞化學(xué),該方法使用一種感興趣蛋白質(zhì)特異性抗體，這樣就會(huì)結(jié)合到這種蛋白質(zhì)而不是其他蛋白質(zhì)上。抗體進(jìn)行了標(biāo)記，這樣它在細(xì)胞中的位置以及目的蛋白質(zhì)在細(xì)胞中的位置就可以被觀察到。（如圖5.26）。,圖5.26 免疫細(xì)胞化學(xué) 用紅色熒光標(biāo)記物標(biāo)記的抗體處理細(xì)胞。細(xì)胞檢測(cè)結(jié)果表明熒光信號(hào)與線粒體內(nèi)膜相結(jié)合。因此，一種假

21、設(shè)認(rèn)為目的蛋白質(zhì)參與電子輸送和氧化磷酸化，因?yàn)檫@些是線粒體內(nèi)膜的主要生化功能。,5.3 個(gè)例研究：標(biāo)注釀酒酵母基因組序列,5.3.1標(biāo)注酵母基因組序列,酵母菌基因組測(cè)序在1996完成。最初的分析將100個(gè)密碼子設(shè)為可能存在基因的最小長(zhǎng)度，鑒別出6274個(gè)ORF,其中大約30%的ORF是已知真正的基因。剩下的70%運(yùn)用同源性分析進(jìn)行了研究，得到了一些結(jié)果：,1.用同源性搜索序列數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)，可以確定出基因組中大約30%基因的功能。其中有一半很明確是功能基因的同源基因，另一半沒(méi)有明顯的相似性，包括許多相似性僅限于個(gè)別結(jié)構(gòu)域的基因。 2.酵母所有基因大約有10%在數(shù)據(jù)庫(kù)中有同源基因，但這些同源基因的功

22、能未知。因此同源性分析不能幫助確定這些酵母基因的功能。這些酵母基因及其同源基因稱作孤兒家族。 3.剩下的總數(shù)的大約30%，在數(shù)據(jù)庫(kù)中沒(méi)有同源基因。其中大約總數(shù)的7%是有疑問(wèn)的ORF，其長(zhǎng)度很短或有異常的密碼子偏倚，可能不是真正的基因。另外的大約總數(shù)的23%像基因但是唯一的，被稱為單一孤兒。,對(duì)酵母基因組序列進(jìn)行初步標(biāo)注后，有兩個(gè)重要的問(wèn)題： 1.單一孤兒中有多少為真正基因？ 2.是否有一些真正基因因?yàn)殚L(zhǎng)度小于100個(gè)密碼子，所以不能通過(guò)最初分析鑒定出來(lái)？酵母基因組中長(zhǎng)度大于或等于100個(gè)密碼子的ORF只有6274個(gè)，但長(zhǎng)度大于或等于15個(gè)密碼子的ORF有100000多個(gè)，它們中的大多數(shù)表現(xiàn)出的

23、密碼子選擇模式與真正的酵母基因無(wú)差別，因此發(fā)現(xiàn)新的小基因的潛力是很大的。,可以用前面介紹的三種方法來(lái)篩選酵母基因： 1.比較基因組學(xué) 利用相關(guān)酵母物種的一組基因組序列，來(lái)評(píng)價(jià)許多小ORF的真實(shí)性。 2.通過(guò)對(duì)cDNA進(jìn)行測(cè)序?qū)ふ肄D(zhuǎn)錄的證據(jù)，包括表達(dá)序列標(biāo)簽的文庫(kù)，基因表達(dá)系列分析，微陣列研究。 3.轉(zhuǎn)座子標(biāo)記 像用來(lái)通過(guò)失活基因進(jìn)行功能分析一樣，也用來(lái)鑒定真正基因的ORF。,在正常細(xì)胞中l(wèi)acZ基因是失活的，用X-gal測(cè)試時(shí)，克隆顯白色。被激活后，克隆顯藍(lán)色。有疑問(wèn)的ORF就可根據(jù)克隆的顏色鑒定出來(lái)。,2 確定酵母基因的功能,釀酒酵母有兩大特征可幫助確定其基因組中未知的基因功能。 1.具有高的同源重組的自然傾向，這就比較容易運(yùn)用該方法來(lái)失活單個(gè)基因。 2.基因組中存在轉(zhuǎn)座子Ty家族，這就將轉(zhuǎn)座子標(biāo)記技術(shù)用作基因失活。 現(xiàn)在面臨的挑戰(zhàn)是發(fā)展能篩選大量突變體的方法，以找到能表明失活基因功能的特異表性特征。若同時(shí)進(jìn)行許多平行實(shí)驗(yàn)，需要大規(guī)模的篩選策略。,這些篩選方法中最成功的方法是條形碼刪除策略。,這是基本缺失盒系統(tǒng)的