文獻(xiàn)信息分析軟件RefViz的使用與實(shí)踐-課件PPT

1、2021/8/261文獻(xiàn)信息分析軟件文獻(xiàn)信息分析軟件RefViz的的使用與實(shí)踐使用與實(shí)踐 云南大學(xué)圖書(shū)館云南大學(xué)圖書(shū)館陳陳 強(qiáng)強(qiáng)2011年年11月月16日日“金鑰匙講壇金鑰匙講壇”文獻(xiàn)管理軟件系列之四文獻(xiàn)管理軟件系列之四2021/8/262前言：科研工作者的四項(xiàng)信息修煉前言：科研工作者的四項(xiàng)信息修煉圖書(shū)館資源圖書(shū)館資源檢索基本知識(shí)檢索基本知識(shí)常用數(shù)據(jù)庫(kù)常用數(shù)據(jù)庫(kù)RSS訂閱訂閱搜索引擎搜索引擎EndNote X4NoteExpress 2.6QuosaHistCiteTDACitespaceRefVizOmniVizMendeleyZotero共享協(xié)作平臺(tái)共享協(xié)作平臺(tái)2021/8/263導(dǎo)入：數(shù)

2、字化時(shí)代科研人員的導(dǎo)入：數(shù)字化時(shí)代科研人員的“困擾困擾”o傳統(tǒng)的文獻(xiàn)存儲(chǔ)方式：遺忘丟失，重復(fù)下載傳統(tǒng)的文獻(xiàn)存儲(chǔ)方式：遺忘丟失，重復(fù)下載o低效的文獻(xiàn)閱讀方式：耗力費(fèi)時(shí)，無(wú)法整合低效的文獻(xiàn)閱讀方式：耗力費(fèi)時(shí)，無(wú)法整合o落后的論文寫(xiě)作方式：手工編排，枯燥易錯(cuò)落后的論文寫(xiě)作方式：手工編排，枯燥易錯(cuò)2021/8/264“困擾困擾”的根源和解決方案的根源和解決方案2021/8/265內(nèi)容提要oRefViz簡(jiǎn)介、作用、適用人群oRefViz工作原理o軟件下載與安裝o主界面介紹o從EndNote、Reference Manager無(wú)縫導(dǎo)入數(shù)據(jù)o關(guān)鍵詞分析o其他功能（同義詞定義工具）o上機(jī)實(shí)習(xí)o小結(jié)2021/8

3、/2661.1 RefViz簡(jiǎn)介oRefViz 是由是由 Thomson 公司和公司和 ominiviz 公司公司合作開(kāi)發(fā)用于文獻(xiàn)信息分析的軟件。合作開(kāi)發(fā)用于文獻(xiàn)信息分析的軟件。o網(wǎng)絡(luò)可以幫助我們獲取大量的信息，當(dāng)信息多到一網(wǎng)絡(luò)可以幫助我們獲取大量的信息，當(dāng)信息多到一定的程度的時(shí)候，我們不可能逐一閱讀；另外，即定的程度的時(shí)候，我們不可能逐一閱讀；另外，即使文獻(xiàn)的數(shù)量不是太多，可以閱讀，也會(huì)耗費(fèi)大量使文獻(xiàn)的數(shù)量不是太多，可以閱讀，也會(huì)耗費(fèi)大量的時(shí)間，同時(shí)也會(huì)大幅降低我們獲取信息的效率。的時(shí)間，同時(shí)也會(huì)大幅降低我們獲取信息的效率。o怎樣從這些信息中快速找到相關(guān)的信息，怎樣快速怎樣從這些信息中快速找

4、到相關(guān)的信息，怎樣快速把握這些信息的主要內(nèi)容，是當(dāng)今每位科研工作者把握這些信息的主要內(nèi)容，是當(dāng)今每位科研工作者都面臨的問(wèn)題。都面臨的問(wèn)題。2021/8/2671.2 RefViz的作用oRefViz 可以幫助我們分析、組織和管理大量的文可以幫助我們分析、組織和管理大量的文獻(xiàn)。通過(guò)采取與我們閱讀文獻(xiàn)類(lèi)似的方式：通讀所獻(xiàn)。通過(guò)采取與我們閱讀文獻(xiàn)類(lèi)似的方式：通讀所有文獻(xiàn)、找出關(guān)鍵信息，然后進(jìn)行歸類(lèi)，并以有文獻(xiàn)、找出關(guān)鍵信息，然后進(jìn)行歸類(lèi)，并以可視可視化的圖形方式化的圖形方式將歸類(lèi)的結(jié)果展示出來(lái)。將歸類(lèi)的結(jié)果展示出來(lái)。o可以幫助我們發(fā)現(xiàn)研究熱點(diǎn)，找出文獻(xiàn)間的相互關(guān)可以幫助我們發(fā)現(xiàn)研究熱點(diǎn)，找出文獻(xiàn)間的

5、相互關(guān)系，快速了解某一領(lǐng)域的整體情況等。系，快速了解某一領(lǐng)域的整體情況等。o可以幫助我們確定研究方向，開(kāi)拓研究思路，尋找可以幫助我們確定研究方向，開(kāi)拓研究思路，尋找新的解決方案和突破口等。新的解決方案和突破口等。o不管你是初涉科研的學(xué)生，還是一位資深的研究人不管你是初涉科研的學(xué)生，還是一位資深的研究人員，我們都建議你去學(xué)習(xí)和掌握這款軟件。它可以員，我們都建議你去學(xué)習(xí)和掌握這款軟件。它可以幫助你快速處理海量信息，讓你在競(jìng)爭(zhēng)中領(lǐng)先一步。幫助你快速處理海量信息，讓你在競(jìng)爭(zhēng)中領(lǐng)先一步。 2021/8/2681.3 RefViz的適用人群o第一次接觸陌生課題第一次接觸陌生課題o研究生撰寫(xiě)開(kāi)題報(bào)告研究生撰

6、寫(xiě)開(kāi)題報(bào)告o老板突發(fā)奇想，讓我們做一些老板突發(fā)奇想，讓我們做一些“開(kāi)創(chuàng)性的工作開(kāi)創(chuàng)性的工作”o平時(shí)有文獻(xiàn)管理需求的師生平時(shí)有文獻(xiàn)管理需求的師生o想要讀博或繼續(xù)深造的師生想要讀博或繼續(xù)深造的師生o不想淹沒(méi)在科研大軍中，一輩子不想淹沒(méi)在科研大軍中，一輩子 “默默無(wú)聞默默無(wú)聞”，如何出，如何出奇制勝，增加文章的被引次數(shù)，投稿到影響因子較高的期奇制勝，增加文章的被引次數(shù)，投稿到影響因子較高的期刊刊o2021/8/2692.1 RefViz工作原理o與平時(shí)閱讀文獻(xiàn)的過(guò)程類(lèi)似，與平時(shí)閱讀文獻(xiàn)的過(guò)程類(lèi)似，reading-finding-dividingo并不是單純通過(guò)詞頻來(lái)統(tǒng)計(jì)，而是通過(guò)一種并不是單純通過(guò)詞

7、頻來(lái)統(tǒng)計(jì)，而是通過(guò)一種數(shù)學(xué)模式找出哪些詞是最重要的，哪些是次數(shù)學(xué)模式找出哪些詞是最重要的，哪些是次重要的，哪些是無(wú)關(guān)緊要的，然后利用這兩重要的，哪些是無(wú)關(guān)緊要的，然后利用這兩種詞對(duì)每篇文章進(jìn)行標(biāo)識(shí)，再通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)的聚種詞對(duì)每篇文章進(jìn)行標(biāo)識(shí)，再通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)的聚類(lèi)方法將這批文獻(xiàn)分成若干組類(lèi)方法將這批文獻(xiàn)分成若干組(Group)2021/8/26102.2 RefViz的軟件架構(gòu)2021/8/26112.3 RefViz能告訴我們什么？o通過(guò)圖示的方式將這些組的文獻(xiàn)根據(jù)相互間通過(guò)圖示的方式將這些組的文獻(xiàn)根據(jù)相互間的關(guān)系呈現(xiàn)出來(lái)，每個(gè)文件夾圖標(biāo)表示一組的關(guān)系呈現(xiàn)出來(lái)，每個(gè)文件夾圖標(biāo)表示一組文獻(xiàn)，每組文獻(xiàn)之間根

8、據(jù)相互的類(lèi)似程度進(jìn)文獻(xiàn)，每組文獻(xiàn)之間根據(jù)相互的類(lèi)似程度進(jìn)行排列行排列o圖標(biāo)的大小代表文章數(shù)的多少，分布的位置圖標(biāo)的大小代表文章數(shù)的多少，分布的位置靠得越近，內(nèi)容越相似；文件夾越密集，說(shuō)靠得越近，內(nèi)容越相似；文件夾越密集，說(shuō)明這些方面的文獻(xiàn)越多，是這批文獻(xiàn)中研究明這些方面的文獻(xiàn)越多，是這批文獻(xiàn)中研究的熱點(diǎn)方向的熱點(diǎn)方向2021/8/2612Galaxy圖示2021/8/2613Pop-up浮動(dòng)窗口2021/8/26143 軟件下載與安裝oEndNote X4超級(jí)試用版oRefViz 2.1超級(jí)試用版o安裝運(yùn)行比較簡(jiǎn)單，從網(wǎng)站(http:/www.RefV)下載試用版，或購(gòu)買(mǎi)正式版，點(diǎn)擊RVINS

9、TALL.EXE即可進(jìn)行安裝。o第一次運(yùn)行會(huì)提醒你輸入序列號(hào)2021/8/26154 RefViz主界面介紹o第一次運(yùn)行軟件，程序會(huì)自動(dòng)打開(kāi)第一次運(yùn)行軟件，程序會(huì)自動(dòng)打開(kāi)sampleview的文件的文件o主界面分為四部分：主界面分為四部分：1顯示分析結(jié)果的窗口，有兩種視圖顯示方式，顯示分析結(jié)果的窗口，有兩種視圖顯示方式，Galaxy視圖和視圖和Matrix視圖視圖2topic區(qū)域，從左往右是區(qū)域，從左往右是major topic、minor topic、descriptive terms3當(dāng)前選擇的所有文獻(xiàn)列表當(dāng)前選擇的所有文獻(xiàn)列表4軟件的提示區(qū)域，幫助信息軟件的提示區(qū)域，幫助信息2021/8

10、/26162021/8/26175.1 三種來(lái)源文獻(xiàn)的分析o執(zhí)行聯(lián)網(wǎng)檢索執(zhí)行聯(lián)網(wǎng)檢索 File-new view-create new view-searching datebase(s) using reference retrievero直接分析文獻(xiàn)管理軟件中的數(shù)據(jù)庫(kù)直接分析文獻(xiàn)管理軟件中的數(shù)據(jù)庫(kù)(推薦推薦) EndNote 7以上的版本、以上的版本、Reference Manager 11以上的版本以上的版本o利用文件進(jìn)行分析利用文件進(jìn)行分析 File-new view-create new view- Using reference file(s)選擇預(yù)存的文件選擇預(yù)存的文件2021/

11、8/2618從EN或RM無(wú)縫導(dǎo)入數(shù)據(jù)oRefViz 可以實(shí)現(xiàn)與Endnote 和RM 的無(wú)縫連接，即我們可以將手頭的 Endnote 數(shù)據(jù)庫(kù)和RM 數(shù)據(jù)庫(kù)直接導(dǎo)入。oRefViz 的PDF Help 中介紹了通過(guò)下載多種數(shù)據(jù)庫(kù)文件后建庫(kù)的方法，不再贅述。2021/8/2619從EN或RM無(wú)縫導(dǎo)入數(shù)據(jù)o這里介紹一下與參考文獻(xiàn)管理軟件之間嵌入的方法。o在 RM 或Endnote 的安裝目錄下，均有一個(gè)文件Configure DataViz.exe，運(yùn)行此文件后，按照Wizard 的提示，找到 RefViz 安裝目錄下的RefViz.exe 文件，然后按照提示就可建立鏈接。o打開(kāi)RM，可以看到工具欄

12、中已經(jīng)出現(xiàn)RefViz 的鏈接工具，點(diǎn)擊該工具欄，RefViz會(huì)開(kāi)始自動(dòng)建立相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)（注意此時(shí)新建的數(shù)據(jù)庫(kù)自動(dòng)保存在X:RefVizdatasets文件夾中）。o此外，可以通過(guò)導(dǎo)出RM 或Endnote 數(shù)據(jù)庫(kù)為RIS 格式的文本文檔，然后在RefViz 中導(dǎo)入。 2021/8/2620方法一：在方法一：在EndNote(版本版本7以前以前)文件下，找到文件下，找到Configure DataViz.exe，然后按照提示建立，然后按照提示建立鏈接鏈接2021/8/2621方法二：方法二：EndNote X4-Tools-Data Visualization2021/8/26225.2 視圖創(chuàng)

13、建的過(guò)程o詞庫(kù)的創(chuàng)建詞庫(kù)的創(chuàng)建移除終止詞移除終止詞(about/either/also/very/who/these等等)安裝目錄下安裝目錄下stopwords文件夾，文件夾，default.stop.txt是設(shè)置終止詞的默認(rèn)文是設(shè)置終止詞的默認(rèn)文件，一行一詞件，一行一詞o主詞提取主詞提取計(jì)算不同詞的權(quán)重，確定主詞和輔詞計(jì)算不同詞的權(quán)重，確定主詞和輔詞分辨同義詞，識(shí)別主詞之間的相互關(guān)系分辨同義詞，識(shí)別主詞之間的相互關(guān)系主詞僅由標(biāo)題和摘要中的詞決定，若無(wú)摘要?jiǎng)t調(diào)用主詞僅由標(biāo)題和摘要中的詞決定，若無(wú)摘要?jiǎng)t調(diào)用Notes中的內(nèi)容中的內(nèi)容作者不會(huì)出現(xiàn)在主詞中作者不會(huì)出現(xiàn)在主詞中o創(chuàng)建文件組創(chuàng)建文件組(

14、根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)聚類(lèi)分析的方法創(chuàng)建文獻(xiàn)組根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)聚類(lèi)分析的方法創(chuàng)建文獻(xiàn)組)o視圖展示視圖展示(根據(jù)文獻(xiàn)親近關(guān)系，排列在根據(jù)文獻(xiàn)親近關(guān)系，排列在Galaxy視視圖和圖和Matrix視圖中視圖中)2021/8/26235.2.1 Galaxy視圖o打開(kāi)打開(kāi)Galaxy視圖視圖oGalaxy視圖中的信息視圖中的信息oGalaxy視圖中的操作視圖中的操作選擇文獻(xiàn)和文獻(xiàn)組選擇文獻(xiàn)和文獻(xiàn)組(Edit-Select All、Ctrl+A)取消選擇取消選擇(Edit-Clear Selections、Ctrl)顯示文獻(xiàn)和文獻(xiàn)組信息顯示文獻(xiàn)和文獻(xiàn)組信息基本操作基本操作(移動(dòng)、放大縮小、全窗口、復(fù)位到初始狀態(tài)移動(dòng)、放大縮

15、小、全窗口、復(fù)位到初始狀態(tài))利用利用Galaxy視圖挖掘信息視圖挖掘信息創(chuàng)建子視圖創(chuàng)建子視圖(File-Create Subset View)反選除掉邊緣文獻(xiàn)反選除掉邊緣文獻(xiàn)(Edit-invert selections)直接檢索直接檢索(topic窗口，窗口，search tool)直接閱讀文獻(xiàn)信息直接閱讀文獻(xiàn)信息(reference viewer窗口，雙擊打開(kāi)詳細(xì)信息窗口，雙擊打開(kāi)詳細(xì)信息)p個(gè)性化設(shè)置個(gè)性化設(shè)置(Edit-Preferences，設(shè)置，設(shè)置Galaxy視圖的顏色視圖的顏色)2021/8/26245.2.2 Matrix視圖oMatrix視圖顯示的是文獻(xiàn)組與主詞或主詞與主詞

16、之間的相互關(guān)系o列總是代表主詞，而行既可以代表文獻(xiàn)組也可以代表主詞o可以快速了解到主詞在不同組中被討論的情況，快速發(fā)現(xiàn)哪些概念通常在一起討論，哪些概念之間有相似性等2021/8/26255.2.2 Matrix視圖o當(dāng)行代表文獻(xiàn)組時(shí)當(dāng)行代表文獻(xiàn)組時(shí)(默認(rèn)設(shè)置默認(rèn)設(shè)置)，Matrix視圖提供視圖提供的信息是每個(gè)概念會(huì)在哪些組中被討論的信息是每個(gè)概念會(huì)在哪些組中被討論o可以選擇顏色代表相關(guān)性，也可以用顏色代表文獻(xiàn)可以選擇顏色代表相關(guān)性，也可以用顏色代表文獻(xiàn)的數(shù)量的數(shù)量o默認(rèn)設(shè)置用顏色代表相關(guān)性，即主詞與每組所有文默認(rèn)設(shè)置用顏色代表相關(guān)性，即主詞與每組所有文獻(xiàn)之間或主詞之間相關(guān)聯(lián)的程度獻(xiàn)之間或主詞之

17、間相關(guān)聯(lián)的程度o紅色表示關(guān)聯(lián)性強(qiáng)，藍(lán)色表示沒(méi)有關(guān)聯(lián)紅色表示關(guān)聯(lián)性強(qiáng)，藍(lán)色表示沒(méi)有關(guān)聯(lián)o如果用顏色表示數(shù)量，則白色表示零，黑色表示最如果用顏色表示數(shù)量，則白色表示零，黑色表示最大。白色表示沒(méi)有相關(guān)性，黑色表示強(qiáng)相關(guān)性大。白色表示沒(méi)有相關(guān)性，黑色表示強(qiáng)相關(guān)性2021/8/26265.2.2 Matrix視圖oMatrix視圖的排序oMatrix視圖的操作o利用指示窗瀏覽Matrix視圖o判斷行列主題間的相關(guān)性2021/8/26276.1 RefViz的其它功能o分類(lèi)之后，還可以通過(guò)一系列的工具去影響它的分類(lèi)，如通過(guò)調(diào)整major topic，或者定義同義詞thesaurus等，可實(shí)現(xiàn)交互式的分類(lèi)。

18、o也可以通過(guò)輔助工具找出某些概念之間的相互關(guān)系，以及與某篇文章相關(guān)的其它文獻(xiàn)等。2021/8/26286.2 RefViz的其它功能o主詞工具主詞工具(topic tool)通過(guò)主詞影響文獻(xiàn)分類(lèi)通過(guò)主詞影響文獻(xiàn)分類(lèi)o搜索工具搜索工具(search tool)如何進(jìn)行檢索如何進(jìn)行檢索快速檢索快速檢索(quick search)o同義詞同義詞(tool-thesaurus)終止詞和其它詞匯終止詞和其它詞匯2021/8/2629同義詞定義工具2021/8/2630例1：利用RefViz分析“轉(zhuǎn)基因食品”的研究趨勢(shì)7.1 實(shí)例演示(I)2021/8/26311. 從EndNote中導(dǎo)入題錄2021/8

19、/2632Note：可能有部分文獻(xiàn)因無(wú)題名或無(wú)摘要而無(wú)法導(dǎo)入（默認(rèn)設(shè)置，View Creation Preferences中可修改）2021/8/2633導(dǎo)入完成后，進(jìn)入RefViz2021/8/26341975-2011年轉(zhuǎn)基因食品研究趨勢(shì)1975-1999年年1975-2009年年1975-2011年年2021/8/2635例2：利用RefViz分析SELEX的發(fā)展趨勢(shì)7.2 實(shí)例演示(II)2021/8/2636例2結(jié)果解讀o由上圖中可以看出，紅色橢圓選中的區(qū)域是 2007 年明顯占優(yōu)勢(shì)的區(qū)域，2007 年在該領(lǐng)域發(fā)表的文章遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)了 1992-2006年文章的總和。o分別查看紅色框中的主題詞分布和所有文獻(xiàn)的主題詞分布，如下圖所示： 2021/8/2637例2：利用RefViz分析SELEX的發(fā)展趨勢(shì)2021/8/2638例2結(jié)果解讀o比較排列在前面的主詞，可以發(fā)現(xiàn) 2007 年排在 1、2 位的主詞在所有文獻(xiàn)中分列 3、1位，變化不大；2007 年排在 3、4 位的主詞，在所有文獻(xiàn)中列在 11、12 位，有較大提前；比較