單細胞測序技術大比拼

1、單細胞測序技術大P K隨著“人類細胞圖譜”計劃得開展，單細胞測序技術已經進入2、0時代， 尤其，基于微液滴或者微流控芯片技術得高通量單細胞分選平臺得出現(xiàn)，引領生 命科學研究進入單細胞生物學時代。LI前，國內外以及各種文獻報道得單細胞測.序技術讓人眼花繚亂，不知該如何 選擇。其實，國內外大規(guī)模單細胞技術得平臺主要有Cl單細胞全自動制備系 統(tǒng)、ICE LL8 Sing 】eCel 】Sys t em> I 1 lum in a ®Bio-R a d®S i n g 】 e -Ce 1 I S e q uencing S o lu t i on、B D Rhap s ody

2、 SingleCell A n alysi s Sys t em 與 10X Chr o mi u m S i ngle Ce I I Ge neExpr ession So l u t io n這五種，接下來小編就帶您一一了解下：10X GENOM I CS技術簡介C h r o miumTM Sing 1 e C e II 3 S olution 就是基于 10 X Gen o mic s 平臺,吉勺多一次 性分離、并標記50 0 - 1 0000個單細胞,并能在單細胞水平進行檢測得技術，英通過微流控系 統(tǒng)，將單細胞或長片段DNA分子快速分配到油包水得微反應體系中，每個微反應體系中得單 D

3、NA分子會獲得唯一得特異性分子標簽，制備生成得測序文庫可以在illumina平臺進行測序, 并由10x Genom i c s提供數(shù)據(jù)分析及可視化軟件，測序實驗及分析流程可以與illumina系 統(tǒng)無縫銜接。10 Xgenom i cs技術一次可以同時得到大量大細胞數(shù)據(jù)，但只能得到mRN A信息， LncRNA大部分信息丟失,UMI技術能很好去除認為分析引入duplication及PCR引入S NP 位點。同樣對RNA質疑要求高，降解同樣會引起5，端信息丟失.10X GENOM I CS單細胞轉錄組測序優(yōu)缺點10 x Gen o m i c s單細胞轉錄組測序優(yōu)點1.簡單便捷:集單細胞分選、擴

4、增、建庫于一體；2、細胞通量髙:每個樣本細胞數(shù)可達5 0 0-10000個;3、建庫周期短：1天可完成細胞懸液制備、單細胞捕獲、擴增及建庫；4、超高捕獲效率：單細胞捕獲效率高達65%：5、真正意義得單細胞：單個液滴捕獲到多個細胞得概率極低（0、9%/ 1 00 0 cells）;6、價格實惠:相較于英它單細胞平臺，價格實惠。10x Genom i cs單細胞轉錄組測序缺點1、非全長信息：只能獲得3'端轉錄本信息；2、樣本要求高:單個樣本細胞起始量達10A5-1OA6個，活細胞數(shù)目需超過8 0%,建 議在90%以上最佳。B D Rhapsod y Sin g 1 eCell Ana 1

5、y s i s Sy s t e m該系統(tǒng)采用分子標簽技術，能為單細胞中每個轉錄本標記特異性分子標簽, 實現(xiàn)了單細胞水平上基因表達譜得絕對定量，同時，每個細胞也會被標記特異性 細胞標簽，這使高通量平行建庫成為可能。結合Rhapsody特有得單細胞分離 技術，單次實驗可制備100-1000 0個單細胞文庫，用戶可根據(jù)需求定制引物， 將檢測范圍集中在目標基因，大幅降低后續(xù)測序成本。優(yōu)勢：實現(xiàn)多樣本混合捕獲，微孔板得孔數(shù)高達22萬個：具備成像系統(tǒng)，可觀察細胞相 關信息；可以實現(xiàn)轉錄組一蛋白組聯(lián)合分析。11 u mina®B i oR a d®SingleCe 11 Sequen

6、c ing S o luti o n2017年1月17 B, I llumin a公司與BioRad實驗室公司在JP摩根健 康大會上發(fā)布了 Illumina® B i o R ad® S in g 1 eCel 1 S e q uencing Solution = ddSEQ System就是單細胞分析得新一代測序（NGS）工作流程， 一次性8個樣本，每個樣品可以得到5 0 0-1 0 00 0個細胞，能夠在組織功能、 病情進展與治療反應方面等研究單個細胞得協(xié)同作用。與其她高通量捕獲平臺相 比:捕獲效率低，僅為3%,成本相對低。優(yōu)勢:操作簡單、一次性可8個樣本，捕獲50 0

7、10000個單細胞，成本較低。ICELL8 S ing 1 eCel 1 Sy s tem20 I 5 年2月份,Wafergen公司開發(fā)ICELL8Single-C e 1 ISystem單細 胞分選平臺，具有通量高，周期快等特點，解決了傳統(tǒng)單細胞擴增中通量低，價格貴 得問題，在大量細胞得捕獲篩選過程中提供了高效得平臺。但就是，細胞得捕獲 只有效率30%,成本相對較低。優(yōu)勢：相對而言，流程較簡便，侮次運行可分離5 00100 0個細胞，可一定程度降低 成本。Cl單細胞全自動制備系統(tǒng)Fluidigm推出得C I單細胞自動制備系統(tǒng)，并與單細胞基因表達分析中廣 泛被采用得BioMark HD微流體

8、PCR系統(tǒng)相結合，能夠快速可黑地分離、 處理并對單一細胞進行基因組分析。但與其她高通量單細胞平臺相比，其通量低、 成本高、周期慢、對試驗人員要求高，操作較繁瑣與困難。U前主要在國內部分 科研院所使用，較難應用于高通量單細胞研究.優(yōu)勢：可以獲取到轉錄組得全長信息，但就是通量低、價格較貴.總結綜上可以瞧出，各個平臺各有特點，根據(jù)實際情況考慮多種因素，以選擇一 種最能滿足試驗需求得平臺。但就是，10X Chr o mium Single C e II Gene Expres s ion Solu t ion平臺得通量高、周期快速、成本低、細胞捕獲效率 高、性能優(yōu)勢比較明顯，并且商業(yè)化儀器操作簡便。1

9、0X GENOM I CS單細胞轉錄組測序技術流程單細胞懸浮細胞質檢'液制備10 X genomics 標記 cDNA片段化"數(shù)據(jù)分析Illumina 測序文庫構建V通過10x案例分析genomic s單細胞轉錄組測序繪制肺癌腫瘤環(huán)境圖技術路線，匸 亠一 一二二二二二二 bulk RNA-seq恂段心$邊劇8、中!«««&«» （ M 19個楫茶）I-不同水罕聚矣分析第于地也黃燮的即基岡表達基于TCGA分析不間JRCfi marker蔓因 與綻人預怎天麻共分為!?烷議群單窗19莎錄ts於 相暢性和漣斤性分靳研究結果文章共選取5例共19個樣本，通過lOXg e nomics單細胞轉錄組測序探索基質細胞得亞 群分類、基因功能（信號通路）、關鍵marke r基因與