【圖文】一份分子動力學模擬資源 lammps MS 適合初學者~~~

1、 boundary p s s # 邊界條件， 拉伸方向是周期性，其余是自由邊界；如果是薄膜 拉伸則是兩個周期性，塊體則是三個周期性 units metal #單位制定義 為metal atom_style atomic #原子類型自 動 neighbor 2.0 bin #截斷半徑相 關(guān)的東西 neigh_modify delay 1 check yes # 鄰近原子 列表更新速度 #create geometry lattice fcc 3.61 # 定義晶胞為 fcc，晶格常數(shù)3.61A region box block 0 30 0 3 0 3 #定義一個長 方體區(qū)域叫box，長30，

2、寬和高是3 create_box 1 box #創(chuàng)建了這樣 一個box create_atoms 1 box #在box里創(chuàng) 建了一種原子 mass 1 63.546 #定義這種原 子的質(zhì)量是63.546 # potentials pair_style eam # 定義勢函 數(shù)是EAM pair_coeff * * Cu_u3.eam #勢所需要 的參數(shù)在此文件里 #define groups region 1 block INF 1 INF INF INF INF 義了一個叫1的區(qū)域 group left region 1 義此區(qū)域里的原子叫l(wèi)eft region 2 block 29 IN

3、F INF INF INF INF 定義了一個叫2的區(qū)域 group right region 2 義此區(qū)域里的原子叫right group boundary union left right 義left+ right = boundary group mobile subtract all left 義mobile= all - left # initialvelocities velocity left set 0.0 0.0 0.0 置原子初速度為0 #定 #定 # #定 #定 #定 #設 compute p all pressure thermo_temp # 計算應力， 計算結(jié)果記為

4、p variable pressx equal c_p1 #定義變量 pressx=c_p1,c_p1的意思是p里第一個值 variable pressy equal c_p2 #定義變量 pressy=c_p2,c_p2的意思是p里第二個值 variable pressz equal c_p3 #定義變量 pressz=c_p3,c_p3的意思是p里第三個值 thermo_style custom step temp etotal press v_pressx v_pressy v_pressz vol 1，直接把msi2lmp.exe拷貝到指定文件夾下（最好單獨 一個）； 2，在ms中建立

5、好結(jié)構(gòu)模型后，在ds模塊或者forcite模塊 中指定力場類型，如對xxx結(jié)構(gòu)指定為cvff力場（這一塊 看你需要，人工或自動指定），并根據(jù)你的需要刪除或者 改變一些結(jié)構(gòu)信息（如刪除鍵長，改變某些原子的力場類 型，在ms中比較容易實現(xiàn)）（這樣做的目的是為了少在 lammps的data文件中做修改），export結(jié)構(gòu)保存為.car 格式，同時自動有.mdf格式的文件生成（mdf文件中保存 有對應的力場參數(shù)信息，如上面的cvff力場）； 3，將xxx.car和xxx.mdf文件拷貝到msi2lmp.exe所在的 文件夾，并將tools/msi2lmp/biosym_frc_files文件中對 應的力場文件拷貝到這個文件夾中（如上面的cvff.frc） （很多朋友在轉(zhuǎn)化過程中報錯找不到力場信息就是這個原 因，沒有力場文件來解釋.mdf文件，lmp自帶的力場文件 和ms中的力場文件一模一樣，所以這一步很關(guān)鍵，一定 記住你在ms中給結(jié)構(gòu)指定力場時用的那種力場，在這就 拷貝那種力場，我一般就用cvff，呵呵足夠了）； 4，在這個文件目錄下，通過終端命令行./msi2lmp.exe xxx -class I -frc cvff > data.xxx 運行程序，運行成功生 成data.xxx文件和xxx.lammps05文件，data.xxx是空的 可以直接刪