第五章(1) PUBMED外文醫(yī)學(xué)期刊文獻檢索

醫(yī)學(xué)文獻檢索與利用南華大學(xué)圖書館龍穎TELMAIL：1642486074@第五章外文醫(yī)學(xué)期刊文獻檢索學(xué)習(xí)目標(biāo)1、掌握：PubMed、OVID、ElsevierScienceDirect及WebofScience數(shù)據(jù)庫的常用檢索途徑及檢索方法；WebofScience數(shù)據(jù)庫的基本檢索方法及檢索結(jié)果輸出與分析方法。2、熟悉：PubMed、OVID、ElsevierScienceDirect及WebofScience數(shù)據(jù)庫的進入方式及檢索界面；PUBMED、OVID、ElsevierScienceDirect及WebofScience數(shù)據(jù)庫的檢索規(guī)則及WebofScience的個性化服務(wù)。3、了解：PubMed、OVID、ElsevierScienceDirect數(shù)據(jù)庫的檢索結(jié)果的顯示、下載及個性化服務(wù)等；WebofScience收錄的數(shù)據(jù)庫資源及特色。PubMed概況PubMed功能欄介紹認識PubMed文獻PubMed基本檢索PubMed高級檢索主題詞MeSH檢索循證及臨床查詢檢索PubMed全文獲取第一節(jié)PubMed一、概述：由美國國立醫(yī)學(xué)圖書館下屬的國家生物技術(shù)信息中心于2000年4月研制開發(fā)的免費數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)，主要用于生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域研究文獻的檢索。與NCBI所提供的其他數(shù)據(jù)庫，如分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫、PubMedCentral、圖書庫等一樣，PubMed也使用Entrez作為其檢索系統(tǒng)。網(wǎng)址/pubmed/PubMed收錄了超過2400萬篇有關(guān)生物醫(yī)學(xué)的文摘及題錄數(shù)據(jù)，部分文獻可獲取全文。這些記錄絕大部分可回溯至1984年，部分早期文獻可回溯至1865年。主要來自于MEDLINE、生命科學(xué)類期刊及在線電子圖書等，主要涉及生物醫(yī)學(xué)及健康領(lǐng)域，也包含部分生命科學(xué)、行為科學(xué)、化學(xué)科學(xué)及生物工程的內(nèi)容。此外，PubMed還提供進入其他相關(guān)網(wǎng)站的鏈接。概況網(wǎng)址：/pubmed或/pubmed或(com;org;net)由美國國立醫(yī)學(xué)圖書館（NationalLibraryofMedicine-NLM）國家生物技術(shù)信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation-NCBI）向因特網(wǎng)用戶提供免費MEDLINE檢索服務(wù)(1997-6-26)收錄70余個國家4900多種生物醫(yī)學(xué)期刊的題錄與文摘，是世界上最權(quán)威的醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫現(xiàn)有1950年以來的1650多萬篇文獻的記錄(其中MEDLINE記錄1400多萬條)目前每年增加60余萬條文獻記錄在全部記錄中有76%的文獻為英文；在2000年以來的記錄中90%的文獻為英文；收錄中文刊60余種概況/pubmed/使用幫助常用工具更多服務(wù)檢索詞輸入框PubMed記錄唯一識別號PMIDPubMed記錄的四種來源1.MEDLINE是PubMed記錄的主要來源，標(biāo)注為[PubMed-indexedforMEDLINE]。2.In-processcitations是系統(tǒng)為加快文獻的報道速度，將尚未標(biāo)引MeSH主題詞、文獻類型的最新文獻記錄先存入臨時庫中，待完成加工處理后再轉(zhuǎn)入MEDLINE的記錄，標(biāo)注為[PubMed-inProcess]。3.Publishersuppliedcitation是PubMed接受出版商提供的非生物醫(yī)學(xué)文獻（MEDLINE不收錄）的電子期刊文獻記錄，標(biāo)注為[PubMed-assuppliedbypublisher]。4.OLDMEDLINE是PubMed中部分1966年以前出版且未被MEDLINE收錄的文獻記錄，標(biāo)注為[PubMed-OLDMEDLINE]。

近年來，越來越多的出版社通過電子期刊平臺發(fā)布最新的文獻信息，先于印刷版期刊發(fā)表的電子期刊文獻標(biāo)注為[Epubaheadofprint]。MEDLINE與PubMed的區(qū)別PubMed是一個免費的搜索引擎，由NLM所屬的國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）于2000年4月開發(fā).基于WEB的生物醫(yī)學(xué)信息檢索系統(tǒng)（http:///pubmed/），提供生物醫(yī)學(xué)方面的論文搜尋以及摘要。它的數(shù)據(jù)庫來源有：MEDLINE、OLDMEDLINE、Recordinprocess、Recordsuppliedbypublisher等，數(shù)據(jù)類型：期刊論文、綜述以及與其他數(shù)據(jù)庫鏈接。PubMed的資訊并不包括期刊論文的全文，但可能提供指向全文提供者（付費或免費）的連結(jié)。MEDLINE是一個數(shù)據(jù)庫，是美國國立醫(yī)學(xué)圖書館（TheNationalLibraryofMedicine，NLM）創(chuàng)建的國際性綜合生物醫(yī)學(xué)信息書目數(shù)據(jù)庫，是當(dāng)前國際上最權(quán)威的生物醫(yī)學(xué)文獻數(shù)據(jù)庫。內(nèi)容包括美國《醫(yī)學(xué)索引》（IndexMedicus，IM）的全部內(nèi)容和《牙科文獻索引》（IndextoDentalLiterature）、《國際護理索引》（InternationalNursingIndex）的部分內(nèi)容，涉及基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、環(huán)境醫(yī)學(xué)、營養(yǎng)衛(wèi)生、職業(yè)病學(xué)、衛(wèi)生管理、醫(yī)療保健、微生物、藥學(xué)、社會醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域。MEDLINE收錄1966年以來世界70多個國家和地區(qū)出版的4000余種生物醫(yī)學(xué)期刊的文獻，近1400萬條記錄。目前每年遞增30-35萬條記錄，以題錄和文摘形式進行報道，其中75%是英文文獻，70%-80%文獻有英文文摘。[PubMed-assuppliedbypublisher][PubMed-inProcess][PubMed-indexedforMEDLINE]另：[PubMed]認識PubMed文獻出處SO篇名TI作者AU文獻類型(狀態(tài))Summary認識PubMed文獻調(diào)整顯示設(shè)置可改變顯示模式，顯示數(shù)量及檢索結(jié)果排序顯示設(shè)置顯示摘要顯示數(shù)量排序模式認識PubMed文獻在摘要顯示模式下可以看到詳細的文獻信息作者地址文獻摘要文獻作者文獻篇名全文鏈接文獻類型文獻主題詞認識PubMed文獻出版社上傳PreMedlinePubMedMedlinePubMed數(shù)據(jù)庫收錄的文獻的狀態(tài)，主要為Medline認識PubMed文獻非英文的文獻篇名上有中括號[]且注明有語種英文文獻土耳其語[篇名]英文文獻認識PubMed文獻電子優(yōu)先即最新文獻，一般比印刷出版提前三個月以上電子優(yōu)先2009年5月2008年9月（一）PubMed基本檢索

1.自動詞語匹配檢索

在檢索框中鍵入一個或多個英文單詞（大寫或小寫均可），點擊GO按鈕，PubMed系統(tǒng)會自動在主題詞表，期刊名表，短語表及作者索引中查詢與輸入的詞相匹配的形式，這就是它特有的“自動詞匯匹配功能”。例如：檢索腫瘤(cancer)方面的文章。在檢索框中輸入：“cancer”，再點擊“Go”按鈕。PubMed將自動地利用它的“自動詞匯匹配”功能將重要的詞語結(jié)合在一起，并將不規(guī)范的詞語轉(zhuǎn)換成MeSH詞表中規(guī)范的用詞進行檢索，比如，檢索“cancer”將自動轉(zhuǎn)換為："neoplasms"[MeSHTerms]OR"neoplasms"[AllFields]OR"cancer"[AllFields]自由詞檢索時PubMed自動將不規(guī)范的詞轉(zhuǎn)換成規(guī)范的詞進行檢索自動詞匯轉(zhuǎn)換PubMed基本檢索PubMed基本檢索布爾邏輯組合檢索，常用的邏輯關(guān)系詞有AND，OR，NOT等ABAB

邏輯與（AND）--檢出記錄中同時含有檢索詞A和檢索詞B.如：AANDB

邏輯非（NOT）--在含檢索詞A的記錄中，去掉含檢索詞B的記錄。如：ANOTB

邏輯或（OR）--檢出記錄中含有檢索詞A或檢索詞B或同時含有檢索詞A和B的文獻。如：AORBAB布爾邏輯檢索PubMed基本檢索

2.

著者檢索按照姓+名縮寫（不用標(biāo)點）的格式鍵入作者姓名，如：smithja或jonesk,系統(tǒng)會自動在作者字段內(nèi)進行檢索。姓名第一個字母可用大寫也可用小寫，姓前名后,姓用全稱，名字一般用縮寫。考慮到作者姓名的不同形式，PubMed采用自動轉(zhuǎn)換功能進行作者姓名檢索，如：smithj將檢索成smithja,smithjb,smithjr等。精確檢索：可以用雙引號將作者名引起來，再加作者字段限定[AU]，如："smithj"[au]，這樣可避免PubMed自動轉(zhuǎn)換，實現(xiàn)精確查找。PubMed基本檢索作者姓名檢索按照姓(全寫)+名(縮寫)，之間不用標(biāo)點鍵入作者姓名smithjPubMed基本檢索精確檢索避免PubMed自動詞匯轉(zhuǎn)換，實現(xiàn)精確查找"smithj"[au]PubMed基本檢索3.期刊檢索在檢索框中鍵入期刊名，如：molecularbiologyofthecell，系統(tǒng)的“自動詞語匹配”功能會將它轉(zhuǎn)換成molbiolcell[journal]進行檢索。也可以直接輸入Medline的期刊標(biāo)準(zhǔn)縮寫形式，如：molbiolcell，或者是輸入刊物的ISSN（國際標(biāo)準(zhǔn)出版物代碼）進行檢索，如：1059-1524。如果一個雜志名恰好是主題詞或關(guān)鍵詞，如：cancer，science，cell等，PubMed會首先將這些詞轉(zhuǎn)換成MeSH詞表中的主題詞進行檢索。因此，需要將檢索請求進行標(biāo)準(zhǔn)化處理，即在雜志名后面加[TA]。如："cell"[ta]PubMed基本檢索期刊的一般檢索，是在檢索輸入框中鍵入期刊名或期刊的ISSN號EurJImmunolPubMed基本檢索期刊的標(biāo)準(zhǔn)檢索，是在期刊名后面加字段限定[TA].比如:"cell"[ta]"cell"[ta]PubMed基本檢索

期刊數(shù)據(jù)庫（journaldatabase)期刊數(shù)據(jù)庫的作用：1、可以查看期刊的詳細信息，包括出版國家，出版社，出版語言，期刊類目等等；2、可以根據(jù)期刊的主題分類，查看medline收錄的各學(xué)科的期刊，比如查看medline收錄的關(guān)于麻醉學(xué)(Anesthesiology)方面的期刊；2、方便檢索某本期刊上被PubMed收錄的所有文章。比如：我們想知道期刊AcadPediatr的全稱以及具體的出版社，以方便投稿，如何查？操作方法：點擊導(dǎo)航欄上的Journaldatabase，打開期刊數(shù)據(jù)庫檢索界面，在檢索框中輸入AcadPediatr，再點擊Go按鈕即可。PubMed基本檢索期刊數(shù)據(jù)庫在PubMed首頁導(dǎo)航欄的右下角部分期刊數(shù)據(jù)庫AcadPediatrJournaldatabase:AcadPediatrPubMed基本檢索期刊數(shù)據(jù)庫可以查看指定期刊的詳細信息Elsevier出版期刊數(shù)據(jù)庫PubMed基本檢索按期刊主題瀏覽medline收錄的各學(xué)科的期刊期刊主題期刊數(shù)據(jù)庫PubMed基本檢索按字母順序瀏覽medline收錄的各學(xué)科期刊麻醉學(xué)方面PubMed基本檢索期刊數(shù)據(jù)庫可以方便的查看medline收錄的各學(xué)科方面的期刊medline收錄的麻醉學(xué)方面的期刊PubMed基本檢索4.短語精確檢索PubMed允許使用雙引號來強制系統(tǒng)進行短語檢索。如：在PubMed主頁的檢索提問框中鍵入“singlecell”，并用雙引號引起來。點擊“GO”按鈕，系統(tǒng)會將其作為一個不可分割的詞組在數(shù)據(jù)庫的全部字段中進行檢索。如果不使用雙引號進行強制檢索，系統(tǒng)就會將其分成2個詞：single和cell檢索，其檢索表達式為：singleANDcell.很明顯這樣的檢索結(jié)果是不符號要求的。PubMed基本檢索強制檢索普通檢索"singlecell"singlecellPubMed基本檢索

5.截詞檢索截詞檢索的作用：擴大檢索范圍，提高查全率。截詞符：用*表示，代表多個字符，將*加在檢索詞后可以表示對所有以該詞開頭的詞進行檢索。如：bacter*，可以檢出bacter，bacteria，bacterium，bacteriophage，等最多600個單詞。PubMed基本檢索截詞檢索可以擴大檢索范圍提高查全率。bacter*[TI]PubMed基本檢索

6.字段限定檢索采用字段限制方式進行檢索，其規(guī)則是：檢索詞1[字段標(biāo)識]邏輯運算符檢索詞2[字段標(biāo)識]如：查找作者為crick在1993年發(fā)表的有關(guān)DNA方面的文獻.檢索式：DNA[mh]ANDcrick[au]AND1993[dp]PubMed基本檢索字段限制檢索其規(guī)則是：檢索詞+[字段標(biāo)識]

DNA[mh]ANDcrick[au]AND1993[dp]PubMed基本檢索常用檢索字段描述和標(biāo)識Title[ti]：篇名字段Abstract[ab]：摘要字段Affiliation[ad]：著者地址字段。Authorname[au]：文章的作者，檢索格式：姓+名。如："smithja"[au]Journaltitle[ta]：期刊名稱。如：cell[ta]Language[la]：論文出版語種。語種檢索時可只輸入前3個字母，如：chi[la]=chinese[la]；English[lang]=eng[la]比如：檢索文章題目中含有高血壓的中文文獻檢索式:hypertension[ti]ANDchi[la]PubMed基本檢索hypertension[ti]ANDchi[la]檢索文章題目中含有高血壓的中文文獻PubMed基本檢索常用檢索字段描述和標(biāo)識Publicationdate[dp]:出版日期指論文所在期刊的出版日期日期檢索的形式為：YYYY/MM/DD[DP]要檢索一段時期內(nèi)的文章，日期之間可以加冒號，如：1993/01:1995/06[DP]Publicationtype[pt]:出版類型。有綜述，新聞，傳記，臨床試驗等。如：review[pt]MeSHterms[mh]：主題詞字段。如：hypertension[mh]Subheadings[sh]:副主題詞。與主題詞組配檢索.比如：檢索1995年到1996年出版的關(guān)于高血壓方面的綜述性文獻。hypertension[mh]AND1995/01:1996/12[DP]ANDreview[pt]PubMed基本檢索檢索1995年到1996年出版的關(guān)于高血壓方面的綜述性文獻hypertension[mh]AND1995/01:1996/12[DP]ANDreview[pt]（二）PubMed高級檢索高級檢索PubMed高級檢索預(yù)覽明細欄檢索史高級檢索界面下可以看到明細欄，預(yù)覽，檢索史，限定和組合檢索等姚開泰院士2001年以來被Medline收錄的文獻PubMed高級檢索限定檢索范圍為發(fā)表在臨床核心期刊上的有全文鏈接的英文文獻有全文鏈接臨床核心期刊限定為英文Limit限定檢索范圍限定為循證文獻及被Medline正式收錄的中老年病例PubMed高級檢索Limit限定限定為循證等文獻限定為中老年限定為medline最新版本：showadditionalfilters主題詞MeSH檢索

《醫(yī)學(xué)主題詞表》數(shù)據(jù)庫(MeSHDatabase)

《醫(yī)學(xué)主題詞表》是對生物醫(yī)學(xué)文獻進行主題分析、標(biāo)引和檢索的權(quán)威性詞表，它的作用是使醫(yī)學(xué)文獻的主題標(biāo)引和檢索達到統(tǒng)一和一致，并指導(dǎo)用戶高質(zhì)量地檢索醫(yī)學(xué)文獻。它可以指導(dǎo)用戶從同義詞發(fā)現(xiàn)主題詞，告訴用戶主題詞如何使用，顯示主題詞之間的相互關(guān)系。主題詞MeSH檢索

《醫(yī)學(xué)主題詞表》數(shù)據(jù)庫(MeSHDatabase)利用主題詞進行檢索方法:1、點擊主頁右下角的MeSHDatabase進入主題詞檢索界面；2、輸入檢索詞后，點擊go按鈕，系統(tǒng)將顯示與該詞有關(guān)主題詞；3、點擊該主題詞進一步顯示該主題詞的定義、樹狀結(jié)構(gòu)、組配的副主題詞；4、選擇合適的主題詞與副主題詞后，點擊sendto按鈕，進入檢索表達式瀏覽窗口；5、點擊SearchPubMed將顯示檢索結(jié)果。主題詞MeSH檢索主題詞數(shù)據(jù)庫在PubMed首頁導(dǎo)航欄的右下角主題詞數(shù)據(jù)庫主題詞MeSH檢索輸入普通詞查找對應(yīng)主題詞MeSH主題詞檢索可以指導(dǎo)用戶高質(zhì)量地檢索醫(yī)學(xué)文獻主題詞MeSH檢索一般一個主題詞還要配合一個副主題詞進行組合檢索選擇副主題詞SearchBoxwithAND主題詞MeSH檢索點Sentto將檢索詞添加到檢索表達式瀏覽窗口主題詞MeSH檢索SearchPubMed主題詞檢索可以達到比較滿意的查全率和查準(zhǔn)率主題詞MeSH檢索主題詞檢索是在有主題標(biāo)引的Medline數(shù)據(jù)庫中檢索主題詞檢索結(jié)果主題詞MeSH檢索普通詞不是規(guī)范化的主題詞檢索結(jié)果相關(guān)度低普通詞檢索結(jié)果臨床查詢檢索

“Clinicalqueries”是專門為臨床醫(yī)生研究設(shè)計的內(nèi)置的臨床方法學(xué)“過濾器”（ClinicalMethodologyFilters），這組檢索策略模型是由加拿大臨床流行病學(xué)和生物統(tǒng)計學(xué)研究人員HaynesRB等人在1994年提出來的，并進行了查全率和查準(zhǔn)率分析。用戶通過這一臨床方法學(xué)檢索過濾器，不需掌握復(fù)雜的檢索策略，即可檢索所需的臨床研究文獻。臨床查詢檢索

使用方法:1、點擊主頁左側(cè)導(dǎo)