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第四章基因組序列解釋

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基因序列和非基因序列

編碼序列和非編碼序列

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第一部分基因位置確定

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Sequencingstrategy

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InformaticsAnalysis:

SequencingandQualityassessmentAssemblyRepeatsGenePredictionFunctionalannotationComparativeanalysisInterestinggenecategoriesSilkDB

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Qualityassessment：phred

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RePsassembler

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Repeats1.SimpleSequenceRepeats(SSR)+SatellitesGGGGGGGGGGGGGATATATATATATATAT(G)n(AT)n

2.LowcomplexityregionTTTTTTATTTTTTGTTTTTTTT

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Transposons

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GenePredictionWhatwewantis:From……TTCGTCATCGGCAGGATCCGACGGCTGGGTCGGGACGTGGCGCTCGATAAATCCCAGGCCCTGTTGTTTCACGGGGCCCGGAGAGCGCCGCCTCAGAGGGCCCACCTCGTGATCGGAGGCGTTCGCGTCGAGATCGAGGCAACTGGGTTCCGGTACCTCGGTCTTGTACTGGACGGTCGTTGGAGCTTCCGCGCTCACTTTGAAAGATTAGGTCCCCAACTGATGGCGGCCGCCGGCTCGTTAAGTCGGCTGTTGCCGAACGTCGGGGGGCCTGACGTCAGCGTCGCCAACTCGACATTCGTCAAGGTGGGAGATAGAGTTCTACAACTTGGTAGTTTCCAACAAACCCTACTATGAAAAGTTGGTAGATCTACCACCATCTACCACCCATACTTTTCAAGTTTTTTAGAGACCCTCCAATAAGAATCTGGCATCCTTAATTTACTTTTTGATTGGATAAGACATATTTGAACTTTTTTTATTAGAAATCCAATGGTAAAACAGAATTACAGGCCGCTAATATTCTTATTTTTCCCATAGTTGAGA……

To

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A:(ORF法)基因由開發(fā)閱讀框構成：openreadingframeATG:initiationcodonTAATAGTGA:terminationcodon可能的六種ORF(圖)

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細菌的應用：

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改良ORF法：

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第四章第四章基因組序列

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