《生物信息學(xué)》課程教學(xué)大綱

《生物信息學(xué)》課程實(shí)驗(yàn)教學(xué)大綱一、實(shí)驗(yàn)類別：學(xué)科基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)課程學(xué)分：2二、實(shí)驗(yàn)總學(xué)時(shí)：10三、應(yīng)開實(shí)驗(yàn)個(gè)數(shù)：5必開實(shí)驗(yàn)個(gè)數(shù)：5選開實(shí)驗(yàn)個(gè)數(shù)：0四、適用專業(yè)：園藝五、實(shí)驗(yàn)成績(jī)?cè)u(píng)定方法：根據(jù)實(shí)驗(yàn)報(bào)告評(píng)定實(shí)驗(yàn)成績(jī)。六、實(shí)驗(yàn)成績(jī)占課程總成績(jī)比例：30%七、實(shí)驗(yàn)教材或自編指導(dǎo)書：自編八、實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目：實(shí)驗(yàn)編號(hào)實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目名稱實(shí)驗(yàn)類型實(shí)驗(yàn)學(xué)時(shí)要求實(shí)驗(yàn)一Unix操作系統(tǒng)常用shell命令的使用演示性2必開實(shí)驗(yàn)二核酸/蛋白質(zhì)順序MySQL關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)的建立驗(yàn)證性2必開實(shí)驗(yàn)三利用BLAST進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)序列比對(duì)分析設(shè)計(jì)性2必開實(shí)驗(yàn)四DNA序列的ClustalW比對(duì)分析驗(yàn)證性2必開實(shí)驗(yàn)五PHYLIP系統(tǒng)發(fā)育樹分析驗(yàn)證性2必開實(shí)驗(yàn)一Unix操作系統(tǒng)常用shell命令的使用學(xué)時(shí)：2（一）實(shí)驗(yàn)類型：演示性（二）實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?．了解類Unix操作系統(tǒng)FreeBSD的安裝。2．學(xué)習(xí)Unix系統(tǒng)下Shell命令的使用。（三）實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：1．FreeBSD操作系統(tǒng)安裝介紹。2．遠(yuǎn)程登錄FreeBSD服務(wù)器。3．常用Shell命令的使用。（四）要求：必開（五）每組人數(shù)：2（六）主要儀器設(shè)備及配套數(shù)：個(gè)人計(jì)算機(jī)（PC）30臺(tái)。（七）所屬實(shí)驗(yàn)室：信息中心機(jī)房實(shí)驗(yàn)二核酸/蛋白質(zhì)順序MySQL關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)的建立學(xué)時(shí)：2（一）實(shí)驗(yàn)類型：驗(yàn)證性（二）實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?．學(xué)會(huì)建立MySQL數(shù)據(jù)庫(kù)。2．建立核酸/蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)。（三）實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：1．MySQL數(shù)據(jù)庫(kù)介紹。2．MySQL關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)表格規(guī)范化。3．核酸/蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)建立。（四）要求：必開（五）每組人數(shù)：2（六）主要儀器設(shè)備及配套數(shù)：個(gè)人計(jì)算機(jī)（PC）30臺(tái)。（七）所屬實(shí)驗(yàn)室：信息中心機(jī)房實(shí)驗(yàn)三利用BLAST進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)序列比對(duì)分析學(xué)時(shí)：2（一）實(shí)驗(yàn)類型：設(shè)計(jì)性（二）實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?．學(xué)習(xí)BLAST序列相似性網(wǎng)絡(luò)核酸蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)方法。2．進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)核酸蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)基因相似性分析。（三）實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：1．BLAST工具介紹。2．連接NCBI進(jìn)行BLAST隨機(jī)序列相似性分析。3．BLAST結(jié)果綜合分析。（四）要求：必開（五）每組人數(shù)：2（六）主要儀器設(shè)備及配套數(shù)：個(gè)人計(jì)算機(jī)（PC）30臺(tái)。（七）所屬實(shí)驗(yàn)室：信息中心機(jī)房實(shí)驗(yàn)四DNA序列的ClustalW比對(duì)分析學(xué)時(shí)：2（一）實(shí)驗(yàn)類型：驗(yàn)證性（二）實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?．比較DNA序列的同源性。2．掌握ClustalW分析軟件的應(yīng)用。（三）實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：1．多序列ClustalW分析。2．ClustalW結(jié)果分析。（四）要求：必開（五）每組人數(shù)：2（六）主要儀器設(shè)備及配套數(shù)：個(gè)人計(jì)算機(jī)（PC）30臺(tái)。（七）所屬實(shí)驗(yàn)室：信息中心機(jī)房實(shí)驗(yàn)五PHYLIP系統(tǒng)發(fā)育樹分析學(xué)時(shí)：2（一）實(shí)驗(yàn)類型：驗(yàn)證性（二）實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?．了解基因系統(tǒng)發(fā)育分析的相關(guān)方法。2．用PHYLIP工具包進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析。（三）實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：1．基因系統(tǒng)發(fā)育分析的相關(guān)方法。2．掌握PHYLIP工具包的使用。3．建立相關(guān)基因家族的系統(tǒng)發(fā)