一個交叉學(xué)科的勝利生物信息學(xué)課件

一個交叉學(xué)科的勝利簡介

生物信息學(xué)08300240054黃曉靖一個交叉學(xué)科的勝利簡介

生物信息學(xué)08300240054簡介

生物信息學(xué)一個交叉學(xué)科的勝利

1現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的挑戰(zhàn)

2生物信息學(xué)

3分子同源性計(jì)算

簡介生物信息學(xué)一個交叉學(xué)科的勝利現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的挑戰(zhàn)一個交叉學(xué)科的勝利1現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的挑戰(zhàn)一個交叉學(xué)科的勝利1過去個人經(jīng)驗(yàn)學(xué)科現(xiàn)在極小極大實(shí)驗(yàn)學(xué)科現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的挑戰(zhàn)過去現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的挑戰(zhàn)大規(guī)模數(shù)據(jù)的采集大規(guī)模數(shù)據(jù)的處理經(jīng)驗(yàn)型處理常常會出錯Wal-Mart現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的挑戰(zhàn)大規(guī)模數(shù)據(jù)的采集現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的挑戰(zhàn)CStotherescue~~~現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的挑戰(zhàn)現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的挑戰(zhàn)

2生物信息學(xué)一個交叉學(xué)科的勝利2生物信息學(xué)一個交叉當(dāng)生物遇上了計(jì)算機(jī)生物信息學(xué)！BiologyInformaticsBioinformatics當(dāng)生物遇上了計(jì)算機(jī)生物信息學(xué)！BiologyInformat網(wǎng)絡(luò)預(yù)測流感網(wǎng)絡(luò)預(yù)測流感網(wǎng)絡(luò)預(yù)測流感(2)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測流感(2)數(shù)據(jù)挖掘

關(guān)聯(lián)Associating

分類Classifying

建模與模擬Modeling&Simulating

預(yù)測與檢驗(yàn)Predicting&Testing數(shù)據(jù)挖掘關(guān)聯(lián)Associating主要應(yīng)用領(lǐng)域基因測序Sequenceanalysis基因注解Genomeannotation同源性計(jì)算Computationalevolutionarybiology基因表達(dá)分析Analysisofgeneexpression拮抗/協(xié)同分析Analysisofregulation蛋白質(zhì)表達(dá)分析Analysisofproteinexpression蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測Predictionofproteinstructure生物系統(tǒng)模型Modelingbiologicalsystems大信息量圖像分析High-throughputimageanalysis……主要應(yīng)用領(lǐng)域基因測序Sequenceanalysis

3分子同源性計(jì)算一個交叉學(xué)科的勝利3分子同源性計(jì)算一個分子系統(tǒng)發(fā)育分析的主要方法距離矩陣法(DistanceMatrix)最大簡約法(MaximumParsimony)最大似然法(MaximumLikelihood)貝葉斯法（BayesianInference)分子系統(tǒng)發(fā)育分析的主要方法距離聚類主要有UPGMA法(類平均法)和NJ法(鄰接法)。使用這兩種方法前都必須獲得一個對稱距離矩陣(m階方陣)D={dij}m×m,其中m為OUT（分類群〕數(shù)目。距離系數(shù)的公式很多。例如，Nei(1972)的遺傳距離系數(shù)適用于限制性內(nèi)切酶和同功酶數(shù)據(jù)，Jukes-Cantor單參數(shù)距離系數(shù)和Kimura兩參數(shù)模型距離系數(shù)則廣泛用于各種序列數(shù)據(jù)。1.將最近的物種聚合在一起2.開始用于聚合的單元是獨(dú)立的3.在每次迭代中，將兩個”最近”單元(距離最小)聚在一起形成一個新的聚合單元距離聚類主要有UPGMA法(類平均法)和NJ法(鄰接法分子系統(tǒng)發(fā)育分析的主要方法ABCDEAB1.43C2.654.24D5.244.332.52E3.081.572.193.02找到距離矩陣中最小的距離，在這個例子中 最小距離是物種A和B.分子系統(tǒng)發(fā)育分析的主要方法ABCDEAB1.43C2.654

2.將A和B用樹枝相連并給每一個分枝賦予一半的遺傳距離3.從現(xiàn)在起，將(A+B)作為一個單元考慮AB0.7150.7152.將A和B用樹枝相連并給每一個分枝賦予一半的遺ABCDEAB1.43C2.654.24D5.244.332.52E3.081.572.193.024.根據(jù)A和B的距離來重新計(jì)算遺傳距離例如，(A+B)和C的距離是(2.65+4.24)/2=3.445依次計(jì)算所有影響到的距離ABCDEAB1.43C2.654.24D5.244.332A+BCDEA+BC3.445D4.7852.52E2.3252.193.025.重復(fù)上述步驟，找到下一個最小的距離。在這個例子中是C和E之間的距離.A+BCDEA+BC3.445D4.7852.52E2.32AB0.7150.715CE1.0951.095D1.3851.3851.921.92AB0.7150.715CE1.0951.095D1.385HIV從何而來Freeman&Herron,2001.EvolutionaryAnalysis.PrenticeHallHIV從何而來Fr