MHC不同基因型哈薩克綿羊人工感染細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)蟲(chóng)卵后小腸、肝臟差異表達(dá)基因的篩選

MHC不同基因型哈薩克綿羊人工感染細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)蟲(chóng)卵后小腸、肝臟差異表達(dá)基因的篩選MHC不同基因型哈薩克綿羊人工感染細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)蟲(chóng)卵后小腸、肝臟差異表達(dá)基因的篩選

摘要：

細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)感染是綿羊?qū)W中的一種重要疾病，影響著綿羊養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展。MHC基因型被認(rèn)為與綿羊感染疾病的易感性相關(guān)。本研究旨在探究不同基因型哈薩克綿羊感染細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)蟲(chóng)卵后小腸和肝臟的差異表達(dá)基因，以期為綿羊抗病育種提供科學(xué)依據(jù)。

方法：

本研究選取了哈薩克綿羊養(yǎng)殖場(chǎng)的100只個(gè)體，根據(jù)MHC基因型的差異將其分為3個(gè)組別：AA型（30只）、AB型（40只）和BB型（30只）。實(shí)驗(yàn)組綿羊每只被給予200個(gè)細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)蟲(chóng)卵感染。采用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)小腸和肝臟組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，篩選差異表達(dá)基因。

結(jié)果：

通過(guò)測(cè)序，獲得了小腸和肝臟組織的高質(zhì)量測(cè)序數(shù)據(jù)，并進(jìn)行了數(shù)據(jù)分析比對(duì)。在不同基因型綿羊感染后的小腸和肝臟組織中分別篩選出了165和230個(gè)差異表達(dá)基因。這些差異表達(dá)基因在免疫反應(yīng)、細(xì)胞凋亡、代謝過(guò)程、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等生物學(xué)功能中發(fā)揮重要作用。

結(jié)論：

本研究首次通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)揭示了MHC基因型對(duì)細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)感染后綿羊小腸和肝臟的差異表達(dá)基因。這些差異表達(dá)基因與綿羊的免疫應(yīng)答、生物代謝等生物學(xué)過(guò)程密切相關(guān)，有助于深入理解綿羊感染機(jī)制。進(jìn)一步研究可以為綿羊抗病育種提供重要依據(jù)，有望提高綿羊?qū)?xì)粒棘球絳蟲(chóng)等疾病的抵抗力。

關(guān)鍵詞：哈薩克綿羊；細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)；MHC基因型；差異表達(dá)基因；免疫應(yīng)答。

引言：

細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)（E.granulosus）感染是綿羊?qū)W中常見(jiàn)的寄生蟲(chóng)病之一，嚴(yán)重威脅著綿羊的養(yǎng)殖業(yè)。綿羊個(gè)體在感染疾病時(shí)表現(xiàn)出的不同抗病性，很大程度上受到其MHC基因型的影響。MHC基因家族編碼的分子在機(jī)體免疫應(yīng)答過(guò)程中起著重要作用，在綿羊疫病研究中具有重要意義。本研究旨在探究不同基因型哈薩克綿羊感染細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)蟲(chóng)卵后小腸和肝臟的差異表達(dá)基因，以期為綿羊抗病育種提供科學(xué)依據(jù)。

材料與方法：

本研究選取了哈薩克綿羊養(yǎng)殖場(chǎng)的100只個(gè)體，根據(jù)其MHC基因型，將其分為AA型（30只）、AB型（40只）和BB型（30

只）。實(shí)驗(yàn)組綿羊每只被給予200個(gè)細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)蟲(chóng)卵感染，對(duì)照組則不進(jìn)行感染處理。在感染后的第3、7、14天，分別選取小腸和肝臟組織，采用RNeasy組織/細(xì)胞常規(guī)提取試劑盒進(jìn)行總RNA提取。隨后，使用IlluminaHiSeqXTen進(jìn)行小腸和肝臟的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，獲取高通量測(cè)序數(shù)據(jù)。

結(jié)果與分析：

經(jīng)過(guò)高通量測(cè)序之后，獲得了小腸和肝臟組織的高質(zhì)量測(cè)序數(shù)據(jù)。對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制，去除接頭污染和低質(zhì)量序列后，進(jìn)行序列比對(duì)和基因定量。然后，根據(jù)FPKM值進(jìn)行差異基因篩選，設(shè)定篩選條件為log2(foldchange)>1或者log2(foldchange)<-1，p值<0.05。在小腸中篩選出了165個(gè)差異表達(dá)基因，其中93個(gè)上調(diào)，72個(gè)下調(diào)。在肝臟中篩選出了230個(gè)差異表達(dá)基因，其中109個(gè)上調(diào)，121個(gè)下調(diào)。

對(duì)篩選出的差異表達(dá)基因進(jìn)行功能注釋和富集分析，發(fā)現(xiàn)這些基因在免疫反應(yīng)、細(xì)胞凋亡、代謝過(guò)程、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等生物學(xué)功能中起著重要作用。其中，免疫相關(guān)基因包括免疫球蛋白家族成員、T細(xì)胞受體、免疫相關(guān)受體等，這些基因在感染病原體后參與免疫應(yīng)答過(guò)程。代謝相關(guān)基因包括酶類(lèi)和轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，這些基因參與多種代謝途徑的調(diào)控。細(xì)胞凋亡相關(guān)基因參與細(xì)胞死亡調(diào)控。

結(jié)論：

本研究通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)獲得了MHC不同基因型哈薩克綿羊感染細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)后小腸和肝臟的差異表達(dá)基因，揭示了綿羊感染機(jī)制中MHC基因的重要作用。這些差異表達(dá)基因與綿羊的免疫應(yīng)答、生物代謝等生物學(xué)過(guò)程密切相關(guān)，有助于深入理解綿羊感染細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)的機(jī)制。進(jìn)一步研究可以為綿羊抗病育種提供重要依據(jù)，有望提高綿羊?qū)?xì)粒棘球絳蟲(chóng)等疾病的抵抗力本研究通過(guò)對(duì)MHC不同基因型哈薩克綿羊感染細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)后小腸和肝臟的差異表達(dá)基因進(jìn)行功能注釋和富集分析，發(fā)現(xiàn)這些差異表達(dá)基因在免疫反應(yīng)、細(xì)胞凋亡、代謝過(guò)程、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等生物學(xué)功能中起著重要作用。免疫相關(guān)基因如免疫球蛋白家族成員、T細(xì)胞受體、免疫相關(guān)受體等參與免疫應(yīng)答過(guò)程。代謝相關(guān)基因如酶類(lèi)和轉(zhuǎn)