基因啟動子序列的查找

基因啟動子序列的查找2021/5/91一、基因序列查找NCBI—選擇“Gene”—輸入基因的名字（eg.p53）--Search2021/5/92基因序列查找選擇特定物種的p53基因—eg.TP53(human)2021/5/93基因序列查找獲得TP53基因的詳細(xì)信息：基因名稱、全稱、別名、類型等。下拉獲得更多詳細(xì)信息2021/5/94基因序列查找基因組結(jié)構(gòu)：不同版本中，此基因在染色體中的位置、轉(zhuǎn)錄方向等。2021/5/95基因序列查找基因組區(qū)域，轉(zhuǎn)錄，產(chǎn)出：p53基因在不同轉(zhuǎn)錄本中的信息—點(diǎn)擊GenBank2021/5/96GenBank:獲得基因詳細(xì)信息：位置、定義、登錄號、版本、特征、堿基序列等。2021/5/97基因序列查找FASTA:獲得基因的全部序列（包括非轉(zhuǎn)錄區(qū)序列）。2021/5/98啟動子序列的查找1、在NCBI中查找所需的基因（以p53為例）查找P53的基因序列；2021/5/99啟動子序列的查找1、在NCBI中查找所需的基因（以p53為例）選擇特定物種的P53基因，例如human.2021/5/910啟動子序列的查找1、在NCBI中查找所需的基因（以p53為例）獲得humanp53基因的詳細(xì)信息2021/5/911啟動子序列的查找2、確定此基因在染色體上的位置和轉(zhuǎn)錄方向（正向/反向）；在染色體上的位置：Chromosome17-NC_000017.11轉(zhuǎn)錄方向：從右向左，反向轉(zhuǎn)錄，說明啟動子區(qū)與第一外顯子區(qū)位于此段基因的右側(cè)。2021/5/912啟動子序列的查找3、確定啟動子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長度；獲得FASTA格式的序列信息，右側(cè)為此段基因的長度：7668402-7687550bp.啟動子區(qū)位于基因5’端2000bp，即7687550-7689550bp2021/5/913啟動子序列的查找3、確定啟動子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長度；查找第一外顯子的位置：在p53基因的詳細(xì)信息頁面中查找mRNA的詳細(xì)信息，確定其在基因序列中的位置。2021/5/914啟動子序列的查找3、確定啟動子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長度；進(jìn)入P53基因mRNA的詳細(xì)信息界面2021/5/915啟動子序列的查找3、確定啟動子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長度；進(jìn)入P53基因mRNA的詳細(xì)信息界面，找到exon（第一外顯子）的位置：1-174bp2021/5/916啟動子序列的查找3、確定啟動子區(qū)與第一外顯子區(qū)的長度；進(jìn)入P53基因FASTA信息的界面，確定第一外顯子的長度：第一外顯子位于基因5’端1-174bp的位置，由于基因?yàn)閺挠蚁蜃蠓聪蜣D(zhuǎn)錄，第一外顯子位于啟動子（7687550-7689550bp）的左側(cè)174bp：7687376--7687550bp；第一外顯子+啟動子：7687376--7689550bp2021/5/917啟動子序列的查找4、下載啟動子區(qū)與第一外顯子區(qū)的序列；數(shù)據(jù)保存為FASTA格式2021/5/918啟動子序列的查找4、下載啟動子區(qū)與第一外顯子區(qū)的序列；數(shù)據(jù)保存為FASTA格式，用word打開。2021/5/919啟動子序列的查找4、下載啟動子區(qū)與第一外顯子區(qū)的序列