快慢生長(zhǎng)型肉雞全基因組甲基化測(cè)序及比較分析的開題報(bào)告

快慢生長(zhǎng)型肉雞全基因組甲基化測(cè)序及比較分析的開題報(bào)告一、研究背景和意義：隨著人口的不斷增長(zhǎng)和經(jīng)濟(jì)的不斷發(fā)展，人們對(duì)高蛋白質(zhì)和低脂肪肉制品的需求不斷提高。肉雞作為養(yǎng)殖業(yè)的主要品種之一，其生長(zhǎng)速度和肌肉品質(zhì)對(duì)肉制品生產(chǎn)具有重要影響。因此，在肉雞生長(zhǎng)過程中，為了能夠更好地控制生長(zhǎng)速度和提高肌肉品質(zhì)，需要進(jìn)行相關(guān)的分子生物學(xué)研究。DNA甲基化是一種常見的表觀遺傳修飾，它對(duì)于基因表達(dá)和生長(zhǎng)發(fā)育等多個(gè)生物學(xué)過程具有重要影響。因此，對(duì)肉雞DNA甲基化的研究可以揭示其生長(zhǎng)發(fā)育機(jī)制，并為肉雞選育和養(yǎng)殖提供理論基礎(chǔ)。目前，針對(duì)肉雞生長(zhǎng)發(fā)育的DNA甲基化研究較少，有關(guān)肉雞生長(zhǎng)發(fā)育的DNA甲基化機(jī)制的深入探究仍具有重要意義。本研究旨在通過對(duì)快慢生長(zhǎng)型肉雞進(jìn)行全基因組甲基化測(cè)序及比較分析，揭示其生長(zhǎng)發(fā)育過程中的DNA甲基化模式，為肉雞生長(zhǎng)發(fā)育的細(xì)胞分化和分子機(jī)制提供新的理論依據(jù)。二、研究目標(biāo)和內(nèi)容：目標(biāo)：分析快慢生長(zhǎng)型肉雞DNA甲基化的差異，探討其在肉雞生長(zhǎng)發(fā)育過程中的功能及機(jī)制，為肉雞的選育和生產(chǎn)提供理論基礎(chǔ)。內(nèi)容：1.采集快慢生長(zhǎng)型肉雞的全基因組DNA，并建立DNA文庫。2.對(duì)文庫進(jìn)行高通量甲基化測(cè)序，得到快慢生長(zhǎng)型肉雞的甲基化譜。3.利用生物信息學(xué)方法進(jìn)行甲基化譜的數(shù)據(jù)分析，包括數(shù)據(jù)質(zhì)控、比對(duì)、差異甲基化位點(diǎn)篩選和功能注釋等。4.分析快慢生長(zhǎng)型肉雞DNA甲基化譜的差異，探討其在肉雞生長(zhǎng)發(fā)育過程中的功能及機(jī)制。三、研究方法：1.樣品準(zhǔn)備：選取快慢生長(zhǎng)型肉雞7天齡和21天齡各10只，采集其全血細(xì)胞，提取全基因組DNA，并建立DNA文庫。2.甲基化測(cè)序：對(duì)文庫進(jìn)行高通量Bisulfite測(cè)序，得到快慢生長(zhǎng)型肉雞的甲基化譜，數(shù)據(jù)量不少于50G。3.數(shù)據(jù)分析：利用生物信息學(xué)方法對(duì)甲基化譜進(jìn)行數(shù)據(jù)分析，包括數(shù)據(jù)質(zhì)控、比對(duì)、差異甲基化位點(diǎn)篩選和功能注釋等。四、研究預(yù)期結(jié)果：1.獲得快慢生長(zhǎng)型肉雞全基因組甲基化譜，揭示其在生長(zhǎng)發(fā)育過程中的DNA甲基化模式。2.分析快慢生長(zhǎng)型肉雞DNA甲基化譜的差異，探討其在肉雞生長(zhǎng)發(fā)育過程中的功能及機(jī)制。3.為肉雞選育和養(yǎng)殖提供新的理論依據(jù)，推動(dòng)肉雞生產(chǎn)的發(fā)展。五、主要參考文獻(xiàn)：1.LiX,ZhuangQ,WangK,ShenJ,LiY,etal.2016.ComparativeDNAmethylomeanalysisofendometrialcarcinomarevealscomplexanddistinctderegulationofcancerpromotersandenhancers.BMCGenomics.17(1):665.2.LuongMX,ChenL,PengL,TuckerMA,LuongHT,etal.2019.Large-scaleDNAMethylationProfilingRevealsTranscriptionallyRepressiveGeneExpressionModulesinSepsis-inducedARDS.SciRep.9(1):4650.3.L.A.Ghazali,I.Bartelink,L.deKoning,2017.CharacterisationofglobalDNAmethylationlevelsinavianspeciestissues,Sci.Rep.7(1):16103.4.WangC,YuH,DengW,QuY,SongC,etal.2021.ComprehensiveanalysisofDNAmethylationandtranscriptionalchangesinchicke