生物信息學(xué)軟件

生物信息學(xué)軟件JASPARConSiteTRANSFACrVista2.0

MEMEWeblogPISCESCH-HITPSIPREDChEMBLDavid轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)轉(zhuǎn)錄因子：能夠結(jié)合在某基因上游特異核苷酸序列上的蛋白質(zhì)，活化后從胞質(zhì)轉(zhuǎn)位至胞核，通過(guò)識(shí)別和結(jié)合基因啟動(dòng)子區(qū)的順式作用元件,啟動(dòng)和調(diào)控基因表達(dá)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)：轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)是轉(zhuǎn)錄因子調(diào)節(jié)基因表達(dá)時(shí)，與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的區(qū)域JASPARJASPAR是收集有關(guān)轉(zhuǎn)錄因子與DNA結(jié)合位點(diǎn)模體(motif)的最全面的公開的數(shù)據(jù)庫(kù),該數(shù)據(jù)庫(kù)是由哥本哈根大學(xué)維護(hù)。JASPAR數(shù)據(jù)庫(kù)中所包含的數(shù)據(jù),都經(jīng)過(guò)嚴(yán)格篩選,有確切的實(shí)驗(yàn)依據(jù),通過(guò)計(jì)算機(jī)輔助軟件進(jìn)行整合識(shí)別匹配并用生物學(xué)手段進(jìn)行注釋(1)

JASPARCORE(2)JASPARCNE(3)JASPARFAM(4)JASPARPBM(5)JASPARPBM_HLH(6)JASPARPBM_HOMEOJASPAR_CORE核心數(shù)據(jù)庫(kù)TheJASPARCOREdatabasecontainsacurated,non-redundantsetofprofiles,derivedfrompublishedcollectionsofexperimentallydefinedtranscriptionfactorbindingsitesforeukaryotes.Theprimedifferencetosimilarresources(TRANSFAC,etc)consistoftheopendataaccess,non-redundancyandquality.

JASPARCNEJASPARCNEisacollectionof233matrixprofilesByclusteringofoverrepresentedmotifsfromhumanconservednon-codingelements.Thebiochemicalandbiologicalroleofmostofthesepatternsisstillunknown如何得到位置矩陣位置矩陣如何打分PhylogeneticfootprintingPhylogeneticfootprintingisatechniqueusedtoidentifytranscriptionfactorbindingsites(TFBS)withinanon-codingregionofDNAofinterestbycomparingittotheorthologoussequenceindifferentspecies.同源假設(shè)兩個(gè)或多個(gè)結(jié)構(gòu)具有相同的祖先，那么稱它們同源(Homology)這里相同的祖先既可以指演化論意義上的祖先，即兩個(gè)結(jié)構(gòu)由一個(gè)共同的祖先演化而來(lái)，也可以指發(fā)育意義上的祖先，即兩個(gè)結(jié)構(gòu)由胚胎時(shí)期的同一組織發(fā)育而來(lái)。

直系同源與旁系同源如果兩個(gè)基因有著幾乎一樣的DNA序列，那么它們很可能同源。同源序列可分為兩種：直系同源(orthology)和旁系同源(paralogy)。直系同源的序列因物種形成(speciation)而被區(qū)分開(separated)：假設(shè)一個(gè)基因原先存在于某個(gè)物種，而該物種分化為了兩個(gè)物種，那么新物種中的基因是直系同源的。嚙齒動(dòng)物和人類旁系同源的序列因基因復(fù)制(geneduplication)而被區(qū)分開(separated)：假設(shè)生物體中的某個(gè)基因被復(fù)制了，那么兩個(gè)副本序列就是旁系同源的。肌紅蛋白(myoglobin)和血紅蛋白(hemoglobin)被認(rèn)為是古老的旁系同源體ConSiteConSiteisauser-friendly,web-basedtoolforfindingcis-regulatoryelementsingenomicsequences.Predictionsarebasedontheintegrationofbindingsitepredictiongeneratedwithhigh-qualitytranscriptionfactormodelsandcross-speciescomparisonfilteringByincorporatingevolutionaryconstraints,selectivityisincreasedbyanorderofmagnitudeascomparedtosingle-sequenceanalysis

TRANSFAC

TRANSFAC數(shù)據(jù)庫(kù)是關(guān)于轉(zhuǎn)錄因子、結(jié)合位點(diǎn)和與DNA結(jié)合的profiles的數(shù)據(jù)庫(kù)。由SITE、GENE、FACTOR、CLASS、MATRIX、CELLS、METHOD和REFERENCE等數(shù)據(jù)表構(gòu)成。Match-1.0Public

Matchisaweightmatrix-basedprogramforpredictingtranscriptionfactorbindingsites(TFBS)inDNAsequences.ItusesalibraryofpositionalweightmatricesfromTRANSFAC?Public6.0.

rVista2.0

Analyzingnovelsequencesforthepresenceofknowntranscriptionfactorbindingsitesortheirweightmatricesproducesahugenumberoffalsepositivepredictionsthatarerandomlyanduniformilydistributed.

rVistacombinesdatabasesearcheswithcomparativesequenceanalysis,reducingthenumberoffalsepositivepredictionsby~95%whilemaintainingahighsensitivityofthesearchMEMEMotif-basedsequenceanalysistools尋找DNA，RNA和蛋白質(zhì)的共有序列可以在啟動(dòng)子區(qū)域搜尋TFBS的結(jié)合位點(diǎn)可以搜尋蛋白質(zhì)家族的模體(motif)WeblogWeblogo基于多序列比對(duì)信息，把多序列的保守信息通過(guò)圖形表示出來(lái)。每個(gè)logo由一系列堿基〔氨基酸〕組成，在每一個(gè)序列位置上用總高度表示此位置上的序列保守性，用堿基〔氨基酸〕字母的高度表示出現(xiàn)的頻率PISCES序列相似性比對(duì)軟件進(jìn)行序列相似性比對(duì)蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)時(shí)序列相似性一般選取：25%，40%CH-HIT序列相似性比對(duì)軟件DOS下運(yùn)行最低的序列相似性為40%PSIPREDPSIPRED(PositionSpecificIteratedPRED)Server是一個(gè)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的效勞器ChEMBLChEMBLisadatabase