序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析課件

第三章序列分析的基本原理序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析序列分析的基本原理就其本質(zhì)，主要來(lái)源于：幾種主要的記分法和幾種基本算法序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析(一)幾種主要記分法序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析所謂記分法（scoringmethod）是將被分析的序列中的元素通過(guò)某種手段轉(zhuǎn)化為簡(jiǎn)單的、直觀的、便于計(jì)算機(jī)處理的數(shù)值的方法。生物信息學(xué)將被分析的序列中的氨基酸或核苷酸稱為“元素”。記分法主要有如下幾種：序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析1.性質(zhì)矩陣法用能體現(xiàn)元素特征的理化性質(zhì)來(lái)描述序列中出現(xiàn)的特定元素。具有某種性質(zhì)的元素記為1，不具此性質(zhì)的記為0。元素特征的理化性質(zhì)有：疏水性極性帶電性芳香性分子大小2.遺傳密碼矩陣3.結(jié)構(gòu)—遺傳矩陣4.突變數(shù)值矩陣5.氨基酸替換矩陣序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析(二)幾種主要算法序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析生物信息學(xué)中的算法(algorithm)指的是根據(jù)上述記分法或者元素本身的特征以及在序列或結(jié)構(gòu)中的分布規(guī)律而推導(dǎo)出來(lái)的能反映被檢序列生物學(xué)意義的數(shù)學(xué)方法。序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析1.動(dòng)態(tài)程序算法序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析動(dòng)態(tài)程序算法是現(xiàn)代序列分析的發(fā)展基礎(chǔ)。動(dòng)態(tài)程序算法(dynamicprogrammingalgorithm)起始于1970年?，F(xiàn)在普遍使用的用于同源性搜索和序列分析起步搜索的軟件都是以動(dòng)態(tài)程序算法為基礎(chǔ)，加以適當(dāng)?shù)母倪M(jìn)而建立起來(lái)的。序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析該算法開始多用于雙重序列分析，包括全序列對(duì)齊

(globalsequencealignment)

和局部序列對(duì)齊

(localsequencealignment)。其基本原理是兩序列的最大匹配依賴于序列的相似性，即一種序列中的元素與另一種序列相應(yīng)位置的元素相同的最大數(shù)目。序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析請(qǐng)指出下面兩個(gè)序列的保守部分:由于是雙重序列對(duì)比，所以采用2-D列陣法，將對(duì)比的兩個(gè)序列分別置于相互垂直的兩個(gè)軸。對(duì)應(yīng)位置的兩個(gè)元素相同則在列陣中對(duì)應(yīng)點(diǎn)記分1，不相同記為0。1CAGCCUCGCUUAG2AAUGCCAUUGACGG序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析GCCUCGGCCAUUGGCCUCGGCCAUUG序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析2.點(diǎn)矩陣作圖法序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析點(diǎn)矩陣作圖法(dotmatrix)也稱圖式矩陣(graphicmatrix)法。

在矩陣中用點(diǎn)“.”和空位代替動(dòng)態(tài)程序算法中的數(shù)字1，0。兩條對(duì)比的序列中對(duì)應(yīng)的元素相同打點(diǎn)，不相同作空白。

序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析兩條序列比較，若完全相同，形成的點(diǎn)組成一條對(duì)角線；若部分相同，形成的點(diǎn)可連成一條或幾條與對(duì)角線平行的線段；若不相同，形成的點(diǎn)呈不規(guī)則散布；序列內(nèi)存在回文結(jié)構(gòu)，對(duì)應(yīng)的點(diǎn)形成的線段則垂直于主對(duì)角線；………序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析TTAAGCTTATTAAGCTTATTAAGCTTATTAAGCTTA序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析CGTTAAGCTTATTAAGCTTAGC用點(diǎn)矩陣作圖法寫出下面序列的alignment：序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析CGTTAAGCTTATTAAGCTTAGCCGTTAAGCTTATTAAGCTTAGCCGTTAAGCTTA----TTAAGCTTAGC序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析TCATTCGCTTAATTCGCTTACT用點(diǎn)矩陣作圖法分析：序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析TCATTCGCTTAATTCGCTTACTTCATTCGCTTAATTCGCTTACT回文結(jié)構(gòu)序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析為了排除不規(guī)則散布的點(diǎn)對(duì)有意義點(diǎn)模式的干擾，該方法增加了一過(guò)濾程序以濾去散雜點(diǎn)，強(qiáng)化有意義的點(diǎn)。過(guò)濾程序(filtrationprocedure)此外，該方法為了增加矩陣的容量，將一很大的點(diǎn)矩陣壓縮成一個(gè)單面，并用彩色增加效果，一次能分析兩條各5000個(gè)元素的序列。序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析3.最大期望值算法序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析最大期望值算法(expectationmaximizationalgorithm)簡(jiǎn)稱EM法。序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析該方法是從多重序列對(duì)齊中反復(fù)分析找出體現(xiàn)序列特性的最優(yōu)模型。可用于:蛋白質(zhì)序列分析；DNA特殊序列的搜尋；調(diào)節(jié)蛋白作用位點(diǎn)的分析Gibbs抽樣法(Gibbssampling)是一種改進(jìn)的最大期望值算法。序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析4.權(quán)值矩陣法序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析上述方法給出了反映序列特征的最優(yōu)模式。然而模式中元素對(duì)反映序列特征的貢獻(xiàn)是平均化的。事實(shí)上，蛋白質(zhì)、酶以及核酸的活性部位中元素的作用是有差異的，因此，包含在反映序列特性的模式中的各元素除了出現(xiàn)的頻率外，還應(yīng)有能反映貢獻(xiàn)差異的數(shù)學(xué)模式。權(quán)值矩陣法(Weightmatrix)在這方面有所側(cè)重。序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析然后，在以權(quán)值矩陣法為基礎(chǔ)建立的程序反復(fù)分析，得到的Motifs能反映序列生物學(xué)本質(zhì)。綜上所述，我們可以看到，用于相似性分析的各種記分法、動(dòng)態(tài)程序算法、點(diǎn)矩陣法是序列分析的基礎(chǔ)；由此建立的軟件BLAST等掃描數(shù)據(jù)庫(kù)得到的相似性序列集合（alignment)，該相似性序列顯著性意義可能不大；經(jīng)過(guò)Gibbs抽樣法、EM法等反復(fù)抽樣分析得到Blocks，包含在Blocks的序列已經(jīng)具有顯著性意義；序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析權(quán)值矩陣法由此我們得到一個(gè)從無(wú)規(guī)則排列的蛋白質(zhì)、核酸序列中建立Blocks和Motifs的流程圖：Alignment-------Block--------Motifs序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析絲氨酸蛋白酶在自然界分布廣泛，具有重要的生物學(xué)功能。早在70年代末，His-57、Asp-102和Ser-195作為酶的催化活性中心已經(jīng)被證明，已被大家所公認(rèn)。

His-57---Asp-102---Ser-195(H----------D-----------S)高等生物至低等生物其絲氨酸蛋白酶均具有類似的功能和結(jié)構(gòu)。將這些物種的相應(yīng)蛋白序列利用生物信息學(xué)上述方法進(jìn)行分析，得到下圖。序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析AlignmentBlockMotifs#H------D------C/S序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析既然病毒的這些蛋白質(zhì)包含有體現(xiàn)絲氨酸蛋白酶催化活性Motif:H----------D-----------S我們可以推測(cè)病毒的這些蛋白質(zhì)也具有絲氨酸蛋白酶活性.序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析生物信息學(xué)Blocks和Motifs方法在病毒研究中的應(yīng)用.

武漢大學(xué)學(xué)報(bào),2000，46（6）：709-716

序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析(三)DNA或RNA序列分析序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析以軟件MACAW為例序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析Reference1:ProceedingsoftheNationalAcademyofSciencesUSA87,2264-2268(1990)MethodsforAssessingtheStatisticalSignificanceofMolecularSequenceFeaturesbyUsingGeneralScoringSchemes序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析Reference2:

Science262,208-214(1993)DetectingSubtleSequenceSignals:AGibbsSamplingStrategyforMultipleAlignment序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析MACAW：MultipleAlignmentConstruction&AnalysisWorkbench序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析整理序列FASTAformat序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析NucleotideKeyWords(NS5B)NS5B序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析NS5B序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析DisplaySendto序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析DisplaySendto序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析DefaultFASTADisplaySendto序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析FASTADisplaySendto序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析DisplaySendtoFASTA序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析FASTAFileTextDisplaySendto序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析FASTATextSendtoDisplay序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析文件另存為NS5B-1.txt序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析整理序列FASTAformat2)項(xiàng)目開始序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析AlignmentSummaryInformationTitle:Sequencetype:Score:NS5BRNANucleotideOK序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析3)輸入序列序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析修改Open--CopyImportOpen--Copy序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析整理序列FASTAformat2)項(xiàng)目開始Project3)輸入序列SequenceMenu---Import序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析BVDVNS5BCSFVNS5BHCVNS5B序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析4)選擇范圍通過(guò)Mouse選擇范圍通過(guò)EditMenu選擇范圍SelectAll序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析整理序列FASTAformat2)項(xiàng)目開始Project3)輸入序列SequenceMenu---Import4)選擇范圍EditMenu---SelectAll序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析5)搜尋BlocksAlignmentmenu---SearchForBlocks對(duì)話框SearchForBlocks顯示序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析SearchForBlocksBegin

SegmentPairOverlap

GibbsSampler

RegularExpressionSearchMethod:·

序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析SearchResultsKeepmlenInfo.+3220.1093200.1043210.1033190.102View/Edit…LinkUnlinkKeepHelp4BlocksKeep+m:序列數(shù)量len:堿基數(shù)量Info.:重要性View/Edit:顯示和編輯Blockslink:Alignment---Block序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析SearchResultsKeepmlenInfo.+3220.1093200.1043210.1033190.102View/Edit…LinkUnlinkKeepHelp+3220.109序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析Significant?Yes:significantMaybe:possiblysignificantNo:notsignificantBVDVNS5BCSFVNS5BHCVNS5B序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析整理序列FASTAformat2)項(xiàng)目開始Project3)輸入序列SequenceMenu---Import4)選擇范圍EditMenu---SelectAll5)搜尋BlocksAlignment---SearchFor序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析6)保存項(xiàng)目project:NS5B序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析NS5B.MCW序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析整理序列FASTAformat2)項(xiàng)目開始Project3)輸入序列SequenceMenu---Import4)選擇范圍EditMenu---SelectAll5)搜尋BlocksAlignment---SearchFor6)保存項(xiàng)目project序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析7)轉(zhuǎn)換成文本文件:NS5BNS5B.txt序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析OpenNS5B.txt序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析BVDVNS5BCSFVNS5BHCVNS5BBVDVNS5BCSFVNS5BHCVNS5BBVDVNS5BCSFVNS5BHCVNS5B序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析整理序列FASTAformat2)項(xiàng)目開始Project3)輸入序列SequenceMenu---Import4)選擇范圍EditMenu---SelectAll5)搜尋BlocksAlignment---SearchFor6)保存項(xiàng)目project7)轉(zhuǎn)換成文本文件核酸序列分析步驟MACAW序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析(四)蛋白質(zhì)序列分析序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析以軟件MACAW為例序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析NS5B√整理序列序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析AlignmentSummaryInformationTitle:Sequencetype:Score:NS5BProteinBLOSUM-622)項(xiàng)目開始NewProject對(duì)話框AlignmentSummaryInformation顯示序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析3)輸入序列4)選擇范圍5)搜尋Blocks6)保存項(xiàng)目7)轉(zhuǎn)換成文本文件序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析另外，ClustalX也是多重序列對(duì)齊分析的常用軟件。序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析第四章結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析核苷酸和氨基酸序列只有形成了三級(jí)或四級(jí)結(jié)構(gòu)才能表現(xiàn)功能。了解病毒蛋白質(zhì)和核酸高級(jí)結(jié)構(gòu)是非常重要的，它有助于疫苗的研制、抗病毒藥物的篩選以及藥物的分子設(shè)計(jì)。序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析目前對(duì)大分子空間結(jié)構(gòu)測(cè)定的方法一般是用

X光衍射核磁共振（NMR）這些方法能較精確地測(cè)定大分子的高級(jí)結(jié)構(gòu)。著名的蛋白質(zhì)和核酸三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB(http:∥／)專門收集通過(guò)X光衍射和NMR確定了結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)和核酸。序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析X光衍射需要高純度的結(jié)晶，周期要求長(zhǎng)；NMR也只能測(cè)定較小的蛋白質(zhì)分子的結(jié)構(gòu)。僅靠X光衍射和NMR遠(yuǎn)遠(yuǎn)跟不上序列測(cè)定的速度。序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析不了解空間結(jié)構(gòu)，就很難確定大分子的功能，更談不上作用機(jī)理的闡明。因此，隨著計(jì)算機(jī)科學(xué)的發(fā)展,人們開始著手高級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的研究。序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析一，同源建模

(homologymodeling)序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析所謂同源建模就是選擇行使同一功能、同源性較高的且空間結(jié)構(gòu)已被X光衍射或NMR確定了的蛋白質(zhì)或核酸作為參考模板，從而構(gòu)建序列三級(jí)結(jié)構(gòu)模型的方法。序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析一般分如下幾個(gè)步驟：1).選定參考模板2).一級(jí)結(jié)構(gòu)、二級(jí)結(jié)構(gòu)對(duì)比分析3).三維結(jié)構(gòu)模型構(gòu)建4).模型精煉5).模型評(píng)估序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析二，折疊法序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析蛋白質(zhì)折疊

RNA折疊許多小的折疊類型的結(jié)構(gòu)已經(jīng)清楚。整個(gè)蛋白質(zhì)或RNA分子

分解成小的折疊類型相應(yīng)的結(jié)構(gòu)類型

尋找到整體結(jié)構(gòu)

合并序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析三，RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的實(shí)例序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析RNAstructure3.5序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析References:JournalofMolecularBiology,288,911-940,(1999).RNA,3,1-16,(1997).序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析預(yù)測(cè)的步驟轉(zhuǎn)化序列序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析sequence(小寫字母)SEQUENCE(大寫字母)序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析預(yù)測(cè)的步驟轉(zhuǎn)化序列輸入序列序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析OPEN序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析Filemenu---------Newsequence序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析TitleCommentSequenceCSFV3'UTRsinglepositive-strandRNAFormatFoldRNAEnterSequenceGCATGGTTGGCCCTTGATCGGGCCCTATCAGTAGAACCCTATTGTAAATAA12120CATTAACTTATTAATTATTTAGATACTATTATTTATTTATTTATTTATTTATTGAATGAG12180CAAGTACTGGTACAAACTACCTCATGTTACCACACTACACTCATTTTAACAGCACTTTAG12240CTGGAGGGAAAACCCTGACGTCCACAGTTGGACTAAGGTAATTTCCTAACGGCCCCC序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析預(yù)測(cè)的步驟轉(zhuǎn)化序列輸入序列整理序列序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析TitleCommentSequenceCSFV3'UTRsinglepositive-strandRNAFormatFoldRNAEnterSequenceGCATGGTTGGCCCTTGATCGGGCCCTATCAGTAGAACCCTATTGTAAATAA12120CATTAACTTATTAATTATTTAGATACTATTATTTATTTATTTATTTATTTATTGAATGAG12180CAAGTACTGGTACAAACTACCTCATGTTACCACACTACACTCATTTTAACAGCACTTTAG12240CTGGAGGGAAAACCCTGACGTCCACAGTTGGACTAAGGTAATTTCCTAACGGCCCCCGCATGGTTGGCCCTTGATCGGGCCCTATCAGTAGAACCCTATTGTAAATAACATTAACTTATTAATTATTTAGATACTATTATTTATTTATTTATTTATTTATTGAATGAGCAAGTACTGGTACAAACTACCTCATGTTACCACACTACACTCATTTTAACAGCACTTTAGCTGGAGGGAAAACCCTGACGTCCACAGTTGGACTAAGGTAATTTCCTAACGGCCCCC序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析預(yù)測(cè)的步驟轉(zhuǎn)化序列輸入序列整理序列保存序列序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析TitleCommentSequenceCSFV3'UTRsinglepositive-strandRNAFormatFoldRNAEnterSequenceGCATGGTTGGCCCTTGATCGGGCCCTATCAGTAGAACCCTATTGTAAATAA12120CATTAACTTATTAATTATTTAGATACTATTATTTATTTATTTATTTATTTATTGAATGAG12180CAAGTACTGGTACAAACTACCTCATGTTACCACACTACACTCATTTTAACAGCACTTTAG12240CTGGAGGGAAAACCCTGACGTCCACAGTTGGACTAAGGTAATTTCCTAACGGCCCCCGCATGGTTGGCCCTTGATCGGGCCCTATCAGTAGAACCCTATTGTAAATAACATTAACTTATTAATTATTTAGATACTATTATTTATTTATTTATTTATTTATTGAATGAGCAAGTACTGGTACAAACTACCTCATGTTACCACACTACACTCATTTTAACAGCACTTTAGCTGGAGGGAAAACCCTGACGTCCACAGTTGGACTAAGGTAATTTCCTAACGGCCCCCFileSave序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析預(yù)測(cè)的步驟轉(zhuǎn)化序列輸入序列整理序列保存序列折疊序列序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析TitleCommentSequenceCSFV3'UTRsinglepositive-strandRNAFormatFoldRNAEnterSequenceGCATGGTTGGCCCTTGATCGGGCCCTATCAGTAGAACCCTATTGTAAATAACATTAACTTATTAATTATTTAGATACTATTATTTATTTATTTATTTATTTATTGAATGAGCAAGTACTGGTACAAACTACCTCATGTTACCACACTACACTCATTTTAACAGCACTTTAGCTGGAGGGAAAACCCTGACGTCCACAGTTGGACTAAGGTAATTTCCTAACGGCCCCC序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析Start序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析RNAfoldingiscomplete.ExitDrawStructures序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析莖環(huán)結(jié)構(gòu)單鏈區(qū)環(huán)莖序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析預(yù)測(cè)的步驟轉(zhuǎn)化序列輸入序列整理序列保存序列折疊序列輸出結(jié)構(gòu)序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析復(fù)制到EditMenu-------Copy序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析四，蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的實(shí)例序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的類型：α-螺旋（α-helix，H）β-折疊（β-sheet,EorS）β-轉(zhuǎn)角(β-turn,T)無(wú)規(guī)卷曲（coil,C）序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析蛋白序列分析軟件包序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析操作步驟1.下載序列序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析√HCVNS5BRNAdependentRNApolymeraseRNA-directedRNApolymerase序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析2014-3011RNA-directedRNApolymerase序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析操作步驟1.下載序列2.項(xiàng)目開始序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析OPEN序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析操作步驟1.下載序列2.項(xiàng)目開始3.輸入序列序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析以文件的形式輸入序列>HCVNS5BGYKGVWRVDGIMHTRCHCGAEITGHVKNGTMRGYKGVWRVDGIMHTRCHCGAEITGHVKNGTMR序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析操作步驟1.下載序列2.項(xiàng)目開始3.輸入序列4.結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析MethodsSecondarystructurepredictionPro………………GarnierGibratDPMLEVIN序列分析的原理和方法+結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)+全序列分析和進(jìn)化分析1AA----GYKGVWStateTTCCEE指示線TECHC30THECα-螺旋(H)β-折疊(E)