計(jì)算材料學(xué)幾種常見出錯(cuò)信息

、安裝問、安裝問題－－出錯(cuò)信息就不提供了1）Windows主要是LICENSE問題，特別是在Windows系統(tǒng)中安裝－－只要把LICENSE，一般名為“msilic.lic”拷貝到C:\ProgramFiles\Accelrys\LicensePack\Licenses即可UNIX，license文件應(yīng)該放在licensepack/licenses沒有root帳號(hào)，不能mountiso文件每次進(jìn)入bashTheshellbashisnotsharedlibraries:libmkl_def.so:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileorms_setup.sh-sbash改為sh選擇是否啟動(dòng)Gateway如果用的是csh,在安裝用戶根目錄下修改.cshrc(bash用戶修改.bashrc),內(nèi)容如eval`/home/msi/MaterialsStudio/share/bin/ms_setup.sh-scsh`setenvDMOL3_DATAsetenvDMOL_TMPsetenvMESODYN_HOMEsetenvMESODYN_HOMEsetenvPATH并在安裝用戶根目錄下建一個(gè)tmp3)LINUXError:PackageArchive'/MPICH.tgz'doesnot沒有root帳號(hào)，不能mountisocluster還得明確指定installtype,加個(gè)參數(shù)-tGatewaystartfailed-process6194isnot裝的時(shí)候不要用root（5）不能多節(jié)點(diǎn)多CPUwindows下提交任務(wù)的時(shí)候總是不能選多機(jī)并行。在Runinparallelon選項(xiàng)那里一直只能顯示1。主要是沒有指定節(jié)點(diǎn)，而且沒有為各節(jié)點(diǎn)制定CPU要修改兩個(gè)文件里面的cpu數(shù)目，具體路徑在../Gateway/root_default/dsd/conf下gw-info.sbdgwparams.cfgcuptotalcluster的數(shù)目。copyMaterialsStudio\hosts.equivtoetc/hosts.equiv或者自己新建一個(gè)......在安裝用戶根目錄下建一個(gè).rhosts文件,hosts.equivMaterialsStudio/MPICH/share/machines.LINUX文件，把要用的計(jì)算節(jié)點(diǎn).MaterialsStudio/MPICH/share/machines.LINUX文件，把要用的計(jì)算節(jié)點(diǎn)......MaterialsStudio/Gateway/root_default/dsd/conf下兩個(gè)文件gw-info.sbdgwparams.cfg中的totalcpu否則在客戶機(jī)上的job_control中只能看到安裝節(jié)點(diǎn)上的rshlocalhostkrb_sendauthfailed:Youhavenoticketscachedtryingnormalrlogin(/usr/bin/rlogin)Lastlogin:ThuMay517:02:10onmpi1）Windows面已經(jīng)設(shè)置了GATEWAY，可以看見LOCALHOST項(xiàng)；提交到其他WindowsGUI程序安裝時(shí)要安裝、網(wǎng)絡(luò)***病毒，比如最近的arp******、計(jì)算時(shí)ErrorwhilemonitoringjobRT390:Failureingatewaycommunicationwhilegettingjobmessage.盡管出現(xiàn)以上錯(cuò)誤提示，但是此時(shí)計(jì)算機(jī)的內(nèi)存及cpu（cpu100％），好像作業(yè)仍在計(jì)算。關(guān)掉那個(gè)錯(cuò)誤提示小窗口，Jobcontrol窗口中顯示作業(yè)仍然處于Communication-failure狀態(tài)。GATEWAY計(jì)算時(shí)，需要保存中間數(shù)據(jù)，默認(rèn)的保存間隔對(duì)于小系統(tǒng)不存在問題，計(jì)算CASEP默認(rèn)的是每分鐘保存一次，可延2小時(shí)或更多；一個(gè)不經(jīng)意的問題是一個(gè)不經(jīng)意的問題是磁盤空間，大系統(tǒng)的計(jì)算時(shí)，會(huì)產(chǎn)生很大的數(shù)據(jù)文件，尤其是在幾何優(yōu)化和分子動(dòng)力學(xué)的計(jì)算中，磁盤空間的耗盡也會(huì)導(dǎo)致這樣的問windows的任務(wù)管理器監(jiān)測，如果不夠，調(diào)大虛擬內(nèi)存或增加物理內(nèi)存；Castep&Dmol計(jì)算的時(shí)候，自動(dòng)產(chǎn)生存檔文件和相關(guān)的目錄，MaterialsStudio有兩個(gè)限制：一是不能使用中文目錄和文件名；二是目錄和文件名層層嵌套后的總長度<255個(gè)字符，比如D:\MaterialsStudio2006\MS_work_dir\Al6O9Files\Documents\Al2O3DMol3GeomOpt\Al2O3DMol3GeomOpt\Al2O3_hist.xtd,這個(gè)限制來源于早期的DOS版本對(duì)文件路徑總長度的限制(FFH)，長了以后也f）單機(jī)運(yùn)行MaterialsStud應(yīng)該不存在網(wǎng)絡(luò)通訊和并行錯(cuò)誤的問題；一般的，不要使用License2）Errorallocatingreal_bands_qpin3）Errorinallocatingwvfn%coeffsin可以嘗試增加緩存，或在jobcontroloptimizationmemory；但這不是根4）CASTEPa）OUT文件中有關(guān)優(yōu)化出來的結(jié)構(gòu)信息拷貝出來，替換原來輸入文件中b）如果保存著計(jì)算中的.check但是只有在standalone的模式下計(jì)算才能得到停電這種情況下的.check文件，gateway的話必須在點(diǎn)擊downloadresult以前就去臨時(shí)文件夾下面copy。如果你將斷電前的最后得到的結(jié)構(gòu)繼續(xù)優(yōu)化的話，得到的結(jié)果將和你原來計(jì)算的結(jié)果有差異。這是因?yàn)槿绻闶前磾嚯娗暗慕Y(jié)果優(yōu)化，就等于是一個(gè)新的結(jié)構(gòu)優(yōu)化計(jì)算，這個(gè)計(jì)算的結(jié)果可能會(huì)和不斷電的情況下得到的結(jié)果有差異。但是未必這樣的結(jié)果就不準(zhǔn)確，能不能用要靠你對(duì)計(jì)算的結(jié)果進(jìn)行分析了，這個(gè)要看具體的情況，.check文件在的話只是說你可以按照斷電前的情況繼續(xù)算下在.castep和.geom兩個(gè)文件中都有結(jié)構(gòu)坐標(biāo)，但是這兩個(gè)文件中的坐標(biāo)不一還有，是不是用上述文件中的結(jié)構(gòu)坐標(biāo)代替所有在.castep和.geom兩個(gè)文件中都有結(jié)構(gòu)坐標(biāo)，但是這兩個(gè)文件中的坐標(biāo)不一還有，是不是用上述文件中的結(jié)構(gòu)坐標(biāo)代替所有.cel文件中的坐標(biāo)，然后就5）、收斂1）SCF首先結(jié)構(gòu)的合理性，如果自建的結(jié)構(gòu)偏離最低能量太大（或失配度太大取消一切對(duì)稱性，充分馳豫晶格有些結(jié)構(gòu)本身就是亞穩(wěn)態(tài)，scf的各項(xiàng)收斂指標(biāo)如果設(shè)的太高，對(duì)于亞穩(wěn)態(tài)就f)改變贗勢(shì)2）對(duì)于絕緣體，可以設(shè)置能帶占據(jù)情況的OPTION3）f層電子問題；6）*Warning*max.SCFcyclesperformedbutsystemhasnotreachedthegroundstate.Warning:electronicminimisationdidnotconvergewhenfindinggroundstate.和收斂有關(guān)的參數(shù)主要有能量的CUTOFF，SCF的次數(shù)，SMEARK點(diǎn)7和收斂有關(guān)的參數(shù)主要有能量的CUTOFF，SCF的次數(shù)，SMEARK點(diǎn)7）interations是定義積分精度的，相當(dāng)于gaussianintgauss的經(jīng)驗(yàn)，對(duì)重原子如果不用細(xì)的積分網(wǎng)格，結(jié)果就不準(zhǔn)確，特別是頻率計(jì)算，可能interations的確可以提高精度，特別是對(duì)于3）程序,取的不同.根本原因是V(G)G=0是發(fā)散的(R.T.Martin的電子結(jié)castep是利用周期性,在倒空間進(jìn)行電子結(jié)構(gòu)計(jì)算的.我沒有記錯(cuò)的話,Dmol3是在、其他**ULTRAFINE進(jìn)行優(yōu)化，計(jì)算能量，同時(shí)選擇計(jì)算光學(xué)性質(zhì)，為什么和試驗(yàn)**VAMP常見錯(cuò)誤及原-by-1VAMP任務(wù)運(yùn)行失?。↖faVAMPjobMSMSVAMPCalculation對(duì)話框會(huì)對(duì)分析出錯(cuò)原因有所幫助，可是使用服務(wù)器控制ServerConsole(Tools提示：可以使用ViewMSVAMPCalculation對(duì)話框會(huì)對(duì)分析出錯(cuò)原因有所幫助，可是使用服務(wù)器控制ServerConsole(Tools提示：可以使用View|ProjectLog來及時(shí)查看錯(cuò)誤信息或警告信息1.1不能運(yùn)行任務(wù)：Run按鈕灰色不可用（CannotstartaVAMPjob:Runbuttonisgrayedout.）3D3D件或文本文件，則Run3D結(jié)構(gòu)文件使之為當(dāng)前文件，則Run按鈕可用； 當(dāng)前文件為周期性結(jié)構(gòu)。VAMP1.2不能運(yùn)行任務(wù)：網(wǎng)關(guān)與網(wǎng)絡(luò)問題（GatewayandnetworkcommunicationVAMP客戶端的網(wǎng)關(guān)沒有注冊(cè)：在客戶端安裝的MS用戶可以用ServerConsole可用服務(wù)器的客戶端網(wǎng)關(guān)沒有注冊(cè)：VAMP任務(wù)，且只有服務(wù)器網(wǎng)關(guān)被選中才能運(yùn)行，用戶可以用Server基本信息。當(dāng)通過ServerConsolePC機(jī)上注冊(cè)一個(gè)新的網(wǎng)關(guān)時(shí)，服務(wù)器列表被拷貝到客戶端PC機(jī)上。但當(dāng)添加一個(gè)新的服務(wù)器或從網(wǎng)關(guān)刪除一個(gè)服務(wù)器時(shí)，PC機(jī)上的網(wǎng)關(guān)信息仍保存，所以必須更新才可使用，可以通過ServerConsole更新；SunkillerSunkiller行，用戶可以選擇不同的網(wǎng)關(guān)進(jìn)行運(yùn)算，通過ServerConsole網(wǎng)絡(luò)問題：MS進(jìn)行。用戶可以用ServerConsole檢查網(wǎng)關(guān)是否開通及是否運(yùn)行，如果用同一網(wǎng)關(guān)在不同的PC機(jī)上能進(jìn)行任務(wù)，則說明是PC機(jī)的問題；問題：MS與網(wǎng)關(guān)的交流通過分離服務(wù)器管理程序完成，此程序?yàn)楹笈_(tái)在用戶的PC機(jī)上不能運(yùn)行，但通過同一網(wǎng)關(guān)在別的PC器地址如:18888，查看網(wǎng)關(guān)信息；使用ServerConsole時(shí)得不到任何網(wǎng)關(guān)信息。為確認(rèn)哪里出現(xiàn)問題，用戶需要退出MSDSMgr程序，該程序MS7不能運(yùn)行任務(wù)：客戶端問題（ClientsideMS明PC機(jī)磁盤已滿，用戶需要釋放空間。不能運(yùn)行任務(wù)：服務(wù)器端問題（Serverside7不能運(yùn)行任務(wù)：客戶端問題（ClientsideMS明PC機(jī)磁盤已滿，用戶需要釋放空間。不能運(yùn)行任務(wù)：服務(wù)器端問題（Serverside服務(wù)器磁盤空間已滿：MS運(yùn)行過程中任務(wù)失?。悍?wù)器端問題（Serversideproblems）NotenoughmemoryUnabletocontinue:TerminatingVAMPRerunoptimizationinCartesiancoordinatesusingkeywordXYZandaddkeywordGEO-OKCI計(jì)算時(shí)出現(xiàn)退化能水平：運(yùn)行CIcalculation計(jì)算時(shí)，VAMP退化軌道設(shè)置，但并不完全。如果出現(xiàn)這種情況，則CIcalculation會(huì)Jobstopped.Tocontinue,specify"LEV-VAMPElectronicOptions對(duì)話框中勾選Ignoredegenerateorbitals，可VAMP"""""""""""""UNABLETOACHIEVESELF-1.7.41000Maximumnumberofcycles23），則進(jìn)一步的優(yōu)化對(duì)幾何構(gòu)型和能量改變很小，且不一定能Maximumnumberofcycles23），則進(jìn)一步的優(yōu)化對(duì)幾何構(gòu)型和能量改變很小，且不一定能Sunkiller編輯整理，更多內(nèi)容請(qǐng)來材料科學(xué)論壇Sunkiller編輯整理，更多內(nèi)容請(qǐng)來材料科學(xué)論壇振動(dòng)計(jì)算(FORCEcalculation)Gradientsaretoolargetoallowcalculationoftheforcematrix置計(jì)算單點(diǎn)能量，則VAMP會(huì)終止計(jì)算。梯度的最大允許值為10kcal/mol/?，如果需要，可以用關(guān)鍵詞LET VAMPAnalyticalgradientsarenotyetavailableford-Pleasespecify這表明如果元素有d軌道，則需要設(shè)置構(gòu)型交互（CIgradients）梯度數(shù)，這種情況一般在用AM1*或MNDO/d方法計(jì)算時(shí)發(fā)生，例如，CI用于開1.6下載結(jié)果失?。╢ailureofaVAMPjobtodownloadtheVAMP則不會(huì)產(chǎn)生輸出文件，用戶需要仔細(xì)檢查問題原因，如果輸出文件不存在，可以用SvrConoe查看工程日志PotLog，如果在日志中也沒有發(fā)現(xiàn)文件則可能是服務(wù)器磁盤已滿；結(jié)果文件被刪除：VAMP此文件夾不能重命名、移動(dòng)或刪除，否則結(jié)果不能被下載。如果文件SvrConoe逐個(gè)恢復(fù)（如果用戶使用URLSveA；PC用戶可是釋放PCDiscoverStandalonecar/mdf文件格式造成的異常要脫離圖形界面運(yùn)行Discover必須要生成分子結(jié)構(gòu)定義文件，car/mdfMSDiscoverStandalonecar/mdf文件格式造成的異常要脫離圖形界面運(yùn)行Discover必須要生成分子結(jié)構(gòu)定義文件，car/mdfMS自身有把多種其他分子模型文件輸出為car/mdf但是，有的時(shí)候輸出的car/mdf文件在獨(dú)立運(yùn)行DiscoverError:molecular_datamdf3由于經(jīng)常用到BTCLMSmdf文件格式上。按照mdf本號(hào)，其后可以有多行以“！”MS格加上一個(gè)回車鍵?。║ltraedit符）問題就出在這里，有的時(shí)候，MSmdf注：經(jīng)過進(jìn)一步查證，問題可能不是空格問題。而是Discover程序移植于操作系統(tǒng)，因此讀入文本文件要求只有LF做換行符，而windowsCR+LF作為換行。只要用UltraEdit另存一下那個(gè)mdfunix 分子結(jié)構(gòu)定義周三09/12/2007-10:57—轉(zhuǎn)換為其他自定義文件MS采用了基于XML的文件系統(tǒng)來保存分子結(jié)構(gòu)，后綴是xsd文本文件，只要知道XMLPDBAutoIt編寫了一個(gè)小程序，可以快速轉(zhuǎn)換#includeMS采用了基于XML的文件系統(tǒng)來保存分子結(jié)構(gòu)，后綴是xsd文本文件，只要知道XMLPDBAutoIt編寫了一個(gè)小程序，可以快速轉(zhuǎn)換#includeDim$sFile=@ScriptDir&;treeoftagsinXSD$root=$AtomTreeRoot=$root&$AtomProperties=$AtomTreeRoot&$SymmetrySystem=$AtomTreeRoot&$IdentityMapping=$SymmetrySystem$Atom3d=$IdentityMapping&$Bond=$IdentityMapping&;cell(PBC)$SpaceGroup=$IdentityMapping&ConsoleWrite($sFile&"filefound!"&;openxsdfileusing$ret=_XMLFileOpen;wehaveno;openxsdfileusing$ret=_XMLFileOpen;wehavenoDTDfileforthematerialsstudioxsdxml;sobeforeweextractinformationfrom;removethedoctype$rt=_XMLGetAttribConsoleWrite("TheXSDversionis"&$rt&$molname=_XMLGetAttribConsoleWrite("Thenameofthemodelis"&$molname&$rt=_XMLGetAttribConsoleWrite("Thepotentialengergyofthemodelis"&$rt&$rt=_XMLGetAttribConsoleWrite("TheIDofthemodelis"&$rt&;getthecellConsoleWrite("Theunitcell:"&$rt&$rt=_XMLGetAttribConsoleWrite("Vectora"&$rt&$rt=_XMLGetAttribConsoleWrite("Vectorb"&$rt&$rt=_XMLGetAttribConsoleWrite("Vectorc"&$rt&;outputthetotalatom$totalatoms=ConsoleWrite("Totalnumberofatoms";outputthetotalatom$totalatoms=ConsoleWrite("Totalnumberofatoms"&$totalatoms&;outputthetotalbond$totalbonds=ConsoleWrite("Totalnumberofbonds"&$totalbonds&;outputatomandbondinformationtofile(VMF?Output_VMF(@ScriptDir&if@errorFuncOutput_VMF($fnameLocal$file=;writethe$line="VirtualMaterialFile"&$line&="Title:"&$molname&$line&="Description:ConvertedfromMSXSDfile"&$line&="Period111"&$line&="AxesZYX"&$line&="Sgname0000"&$line&="Crystx19.325025.488031.560093.940091.5100100.0000"&$line&="Cells-11-11-11"&$line&=$line&="Cells-11-11-11"&$line&="Molecule:"&ConsoleWrite($line&FileWriteLine($file,$line&;For%i=1To;dim;$nodearray=;ConsoleWrite($nodearray[0]&""&UBound($nodename)&@LF$attarr=ConsoleWrite($nodevalue[1]&""&UBound($nodename)&@LFConsoleWrite("Totalnumberofatomrecordsread:"&UBound($attarr)&@LFFor$k=0ToUBound($attarr,1)-;for$i=0toUBound($attarr,2)-;For$j=0toUBound($attarr,3)-$line&="atom"&@TAB&$k&@TAB&"nnn"&@TAB&$line&=;ConsoleWrite("records"&$k+1&"-"&$line$line&=;ConsoleWrite("records"&$k+1&"-"&$line$attarr=For$k=0ToUBound($attarr,1)-$line&="connect"&@TAB&&@TAB&$line&=ConsoleWrite("records"&$k+1&"-"&$line;writea$line=FileWriteLine($file,$line&周二10/16/2007-14:17—1.foreachi[arraynamesenv]{echo$env($i)周二10/16/2007-14:17—1.foreachi[arraynamesenv]{echo$env($i)setPROJECTsetrandomSeed腳本第一行要求為#BIOSYMdsldatabasehandledbs (c原子的三維坐標(biāo)$dbsgetxyzatom.Coord$dbsgetxyzatom.CoordMS中的隱藏工具周日06/24/2007-15:24—MS安裝目錄的studio子目錄，你會(huì)發(fā)現(xiàn)一大堆dllocx周日06/24/2007-15:24—MS安裝目錄的studio子目錄，你會(huì)發(fā)現(xiàn)一大堆dllocx化了。也就是每個(gè)計(jì)算模塊，都獨(dú)立地封裝到一個(gè)ocxdll除了這些，我們還會(huì)發(fā)現(xiàn)幾個(gè)exe文件。matstudio.exematserver.exe肯定是服務(wù)端程序。還有一個(gè)DSmgr.exe(DisconnectedManager)估計(jì)和聯(lián)網(wǎng)計(jì)算有關(guān)的管理程序。還有一個(gè)makeconv.exetrj2ascii.exe，顧名思義這個(gè)程序是把cerius2產(chǎn)生的二進(jìn)制軌跡文件*.trj同，Accelrys在不那么透明的地方。記得以前有個(gè)可以轉(zhuǎn)化Insight軌跡文件his具，formhis.exe（如果有朋友問，轉(zhuǎn)化trjMS文件不能用Discover直接分析，更不用說用BTCL了。（直接用Cerius2的朋友就不用這樣操心了周二06/05/2007-17:35—可以用于定義剛體結(jié)構(gòu)。例如在模塊的幾何優(yōu)化任務(wù)中，可以指定子，并在motiongroups對(duì)話框中使用‘從選中原子創(chuàng)建MG’。以后進(jìn)行子，并在motiongroups對(duì)話框中使用‘從選中原子創(chuàng)建MG’。以后進(jìn)行但是一開始我有一個(gè)誤解，就是motiongroup過研究發(fā)現(xiàn)，不是這樣。目前，只有設(shè)計(jì)幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化的地方才會(huì)用MGMD法是使用Constraint，也就是約束那些鍵長、鍵角、兩面角，別無它法。周四06/07/2007-10:03—gateway在實(shí)際使用中，（windows局域網(wǎng)環(huán)境）MS4.0一段時(shí)間，如果服務(wù)器timeout*實(shí)驗(yàn)：windows*實(shí)驗(yàn)：windows140MB的軌跡文件，需要進(jìn)行AmorphousCED 中的路徑名過長周四06/21/200711:26—『SimuWorldhttp://SimuWMSMSmydocumentMSprojects3d分子結(jié)構(gòu)文件abc.xsd行能量最小化，MS會(huì)創(chuàng)建一個(gè)子文件夾abcDiscoMin果在施行其他計(jì)算，比如動(dòng)力學(xué)模擬，那么會(huì)在abcDiscoMin255這個(gè)子文件夾下面如果再做分析計(jì)算，如果新輸出的文件名+路徑名>255符，MS這個(gè)子文件夾下面如果再做分析計(jì)算，如果新輸出的文件名+路徑名>255符，MS只會(huì)返回不能計(jì)算的錯(cuò)誤，并不能提示是路徑名太長這個(gè)原因。（要是文獻(xiàn)，或者一些數(shù)據(jù)庫，比如CCDC。然你要了解一些基本的群論知識(shí).MS自帶了一些材料的晶體結(jié)構(gòu),你可以查詢一下2mscastepcpu是幾個(gè)核心，它只有一個(gè)核心33MS3.1Linux版本，串行的DMol3可以成功運(yùn)行。Xeon5320(四核)服務(wù)器，rshrlogin均開啟，RHEL4.6系統(tǒng)。其中hosts.equiv的內(nèi)容如下：machines.LINUXPIxxxx(xPIxxxx(x為數(shù)字)localhost3/home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe把/etc/hosts改為4dos圖中,spd的貢獻(xiàn),我想問的是3s的貢獻(xiàn).比如更高能量的3p是否可能出現(xiàn)在dos中3p電子，DOS1p1sDOS引起的，雖然按照教科書上的d軌道上沒有電Cdos并非指電子出現(xiàn)的幾率,而是能級(jí)的密度.3p構(gòu)成導(dǎo)帶能級(jí)不可能嗎?沒有d電子出現(xiàn)d的貢獻(xiàn)可以理解是躍遷過去,那是不是也不否認(rèn)3p的可能?Dpsdd估計(jì)是做軌道投影的問題。vasp5MSCASTEP（C,VGGA（LDA的電子密度n（r）來決定那點(diǎn)交換-相關(guān)能局域密度近似（LDA）CeperlyAlder`s（ＧＧＡ（n(r)|中廣泛采用的GGA，比如Becke,Lee,ParrandYang(BLYP)是經(jīng)驗(yàn)性。LYPLaplace算符，因此嚴(yán)格上講屬于Jacob階梯的第三階，但通常我在RHES4.6上安裝MS3.0castepdmolRunDMol3.sh大小為零，沒有東西，同時(shí)在share下也沒有bin目錄，也找不到ms_setuo.sh腳本/home/sript/MSI/3.0/3rdParty/regxpcom:errorwhileloadingsharedlibraries:libcxa.so.3:cannotopensharedobjectfile:NosuchfileorMaterialsStudio3.1ISOlicene.datlinuxStudio3.1linux版本的步驟mount-oloop/home/firefox/MS_MODELING.iso3）、然后指定你 所在的目錄，我們假定也是放/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack目錄中，那么先建4）下面把你所得到 文 拷貝msilicense.dat安裝好了。下面就是把gateway./msgateway_control_18888Gatewaystartsucceededrunningasprocessxxxx5ie的地址欄輸入，:18888則頁面會(huì)顯示該機(jī)器上已經(jīng)安裝好的計(jì)算基本就安裝成功了。(root安裝它)7NaYF4的電子云分布進(jìn)行模擬計(jì)算,請(qǐng)各位高手指點(diǎn)怎么計(jì)算??如果有NaYF4的結(jié)構(gòu)的話,請(qǐng)分享一下.如果沒有文獻(xiàn)，可以上無機(jī)晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫ICSD查詢，如果查到，直接導(dǎo)出來可以用dmol和castepcastepvisulizerok8、問：各位高手請(qǐng)教一下用demolJHUMO,LUMO圖，其中的黃色藍(lán)色答：dmolpropertieshomolumoanalysisorbitalshomolumoimporthomolumoLINUXCLUSTERCPU計(jì)算利用率很不均衡也不穩(wěn)定有時(shí)候100%有時(shí)候0%LINUX進(jìn)程處與sleeping狀態(tài)只有那一個(gè)CPURUNCASTEP模塊，KCPU數(shù)的整數(shù)倍，但是算能帶的時(shí)候不知道如何調(diào)節(jié)K點(diǎn)數(shù)目，KCPU上分布不均造成的NFS的效率如何評(píng)估B50%CPUCcpu進(jìn)行計(jì)算,如果是一個(gè),那就是你發(fā)生的問題原因,如果不是一個(gè),而是選擇幾個(gè)cpu進(jìn)行計(jì)算,那么應(yīng)該是節(jié)點(diǎn)之間的通訊問題了,alphaalphabetatotalspin計(jì)算的時(shí)候必須把自旋極化－spinpolarizedError:SCFiterationsnotconverged 50Message:SCFnotconverging.Choose"UseSmearing"onDMol3SCFpanelorset"OccupationThermal"intheinputfileYoumayalsoneedtochangespinorusesymmetryResubmitDMol3Message:DMol3jobfailedError:DMol3exiting答：SCFnotconvergingChooseUseSmearingonDMol3SCFpanelorset"OccupationThermal"intheinputfile你錯(cuò)誤的原因是體系在50步內(nèi)不能收斂,你可以增加收斂計(jì)算步數(shù),比如增加到系統(tǒng)提示你改變"UseSmearing"和"OccupationThermal"的設(shè)置參數(shù)(這兩個(gè)參數(shù)在設(shè)置對(duì)話不收斂，解決方法一加大圈數(shù)，DMol3calculations－》electronicMore選項(xiàng)－》SCF選項(xiàng)，中Max.SCFCycles加大，最多就用方法二，加大smearing設(shè)置重小到大逐漸增大，smearing一步一步來，或者是smearing慢慢變小，這1.(1x1)CO中(1x1)K││-resolved是什么意思？supercellthegeneralizedgradientapproximationstructuralrelaxationsatight-bindinglinearmuffintinorbital(TB-LMTO)methodtheTB-LMTOmethodtheK││-resolvedK││-resolvedDOSattheFermienergyMS答：11×1)表示的是表面的構(gòu)型，2×2是(1×1)xy上分別用兩倍單位平移定義表面的晶格常數(shù)a和b，c軸與表面方向平行，csupercellgeometry——theViennaab-initiosimulationpackageVASP)——thegeneralizedgradientapproximation——廣義梯度近似theplanewaveexpansion——平面波展開structuralrelaxations——atight-bindinglinearmuffintinorbitalTB-LMTOmethod——緊束縛線性丸盒軌道theTB-LMTOmethod——緊束縛線性丸盒軌道方法theprincipal-layerGreen’sfunctiontechnique——？theK││-resolvedtransmission——？7先計(jì)算出態(tài)密度。然后通過由玻爾茲曼方程推導(dǎo)出的電導(dǎo)率公式來算,見固體物理。提供GeorgK.H.Madsen,DavidJ.Singh.ComputerPhysicsCommunications175(2006PhilipBAleenWarrenE.PickettHenryKarkauerPhyscicalReviewB3719882721~2726.13、請(qǐng)問：在用CASTEP計(jì)算材料空位缺陷時(shí)，如何才能實(shí)現(xiàn)只取一個(gè)空位呢？答：降低對(duì)稱性，再DELETE一個(gè)原子就可以了makesupper14、[求助]MS10-2010-20MS里的分子模擬功能是否可以模擬出一些能量局部最小化的構(gòu)型？答：A、可以，dmolB不過我琢磨了半天，好像無論是GaussianMS,1010的構(gòu)型，第111111（1110原子的構(gòu)型進(jìn)行微擾）得到不同能量的局部的低能構(gòu)15、msdiscovermsdiscover完的任務(wù)，serverconsole打不開，無userestartdate選項(xiàng)，就MSDmol3HOMOLUMO軌道的電還有一般用HOMO和LUMO軌道的電子云說明什么問題啊？我看很多文獻(xiàn)說什么(π-π)派-派躍遷就是3.1415926所代表的那個(gè)希臘字母CASTEPDMol計(jì)算得到的能帶，要看能帶的帶系寬度，是怎樣看？是默認(rèn)費(fèi)米能級(jí)為0嗎？那就是只看0附近的寬度嗎？答：A、0B、我沒有仔細(xì)的看過castep我印象中，對(duì)于非金屬，castep的費(fèi)米能級(jí)是在價(jià)帶頂，找出價(jià)帶頂最大的那個(gè)能量和導(dǎo)帶CASTEPDMol計(jì)算得到的能帶，要看能帶的帶系寬度，是怎樣看？是默認(rèn)費(fèi)米能級(jí)為0嗎？那就是只看0附近的寬度嗎？答：A、0B、我沒有仔細(xì)的看過castep我印象中，對(duì)于非金屬，castep的費(fèi)米能級(jí)是在價(jià)帶頂，找出價(jià)帶頂最大的那個(gè)能量和導(dǎo)帶值去算gap0eV上下最高和最低兩個(gè)能帶在某個(gè)高對(duì)稱點(diǎn)(G，X、R點(diǎn)等)之間的能量0eV0eVTable2Bonddistances(A?)andOverlappopulations(/E/in1.8311.9631.831.8312.0662.1071.9892.0701.9381.9121.9951.9882.0652.1652.0972.0721.8531.8542.0061.8651.9361.9501.9832.0561.9681.9611.9501.976答：A、OverlappopulationsB0表示純離子鍵。CASTEPpopulation選項(xiàng)這個(gè)我已經(jīng)算了bondpopulationatomicpopulationbond在.CST或者.CASTEP也答：AD2.8GHz1G內(nèi)存CPU30-60P2.82G也不嫌多的！用demol可以解決的Dcpums內(nèi)存大是必須的，2G基本上可以，如果4G更好，反正現(xiàn)在內(nèi)存也不是太貴Constraints”XYxyXYxy方向的笛卡兒或者分?jǐn)?shù)坐jobexplorerrunning,答：與計(jì)算速度有關(guān)的因素：cpu速度，內(nèi)存大小，緩存多少，硬盤和主板接口速度等。不知道你是用winxp版本還是linux/unix版本23CASTEPReflexXRDCASTEP中的.xsdReflex結(jié)果在reflex里面選powerdiffraction點(diǎn)caculateokMSMScarxyzExportmol另存為xyz文件即可[Lasteditedbycsfnon2008-4-22at12:531編輯引用舉報(bào)該帖賓:幣:量:冊(cè):自賓:幣:量:冊(cè):自:態(tài):別:業(yè):4.21【評(píng)價(jià)】★★★★★(五星級(jí),優(yōu)秀推薦MSMScarxyzExportmol另存為xyz文件即可25、DmolDmol3算體系的能量，算了其頻率，輸出文件中一大堆數(shù)據(jù)看不懂都是什么??？哪里有詳細(xì)說明嗎？help里好象沒有啊。不知道vibrationaloutmolN3N－63N30，表示所有原子沿著Z）注意，注意，dmolLOTO分裂，而且對(duì)于晶體而言只能算布里淵區(qū)G點(diǎn)的26CPU0CPU利用就是0，再開始新的任務(wù)利用率就不是0了，這cpu的利用率擇achieve，可能數(shù)據(jù)仍是不完整的。runing狀態(tài)，因此不會(huì)有結(jié)果。CASTEP計(jì)算中，kpointkpoint444996數(shù)很多（比如40-60個(gè)）的絕緣體，可能僅Gamma點(diǎn)計(jì)算。對(duì)于表面（層面）的超晶胞計(jì)算，僅需要（垂直于表面）z1czk點(diǎn)（kc改回k果越不準(zhǔn)確。ka，b，ckak點(diǎn)數(shù)，計(jì)算能量收斂曲線。對(duì)于表面相關(guān)計(jì)算，kk點(diǎn)數(shù)，計(jì)算能量收斂曲線。對(duì)于表面相關(guān)計(jì)算，k12z軸方向DPD10001000步，怎么辦？是要重新setup中，設(shè)定2000嘛？有辦法讓他在1000步基礎(chǔ)上繼續(xù)運(yùn)算嘛？答：RestartingaDPDrunAttheendofaDPDrunandatspecifiedintervalsduringtherun,DPDsavesarestartfile,.Dpd_rst.fileisdownloadedattheendoftherunandcontainsthepositionsandvelocitiesofalltheItenablestorestartthesimulationfrompartwaythroughorattheendofthepreviousDPDrun.TorestartasimulationSelectthemesoscaletrajectorydocumentfromtherunyouwishtoChooseModules|DPD|CalculationfromthemenuLoadtheparametersfromtherunyouwishtorestart,bydouble-clickingontheSettingsintheProjectCheckOntheSetuptab,choosewhethertoReinitializeChangethelengthoftheNote.Thetimestepcounterisnotresetbetweensimulations.Therefore,therestartedsimulationwillruntheNumberofstepsspecifiedontheSetuptablessthenumberofstepsalreadyIfdesired,specifynewoutputoptions,simulationconditionsandinteractionPressNote.TheRestartcheckboxisenabledonlyifarestartfileispresent.However,thisfilecannotseeninProjectExplorerwindow.YoucanusetheWindowsExplorertoverifythatthefileNote.Whenyourestartasimulationyoucanmodifysomeparameterssuchasthelengthoftherun,outputperiodoptions,simulationconditions,interactionparameters,etc.However,others,suchassimulationcellsize,gridspacing,cellcontents,etc.,mustremainthesameastheywerebeforetherestart.TheseoptionsaredisabledwhenRestartis勾選在點(diǎn)中最后那個(gè).xtd圖形文件的條件下,run你舉的例子應(yīng)該把步數(shù)改為2000WINDOWSKEYLINUXKEYMATERIALSTUDIO4.0LINUXKEYWINDOWSKEYLINUXKEYMATERIALSTUDIO4.0LINUXKEY30、請(qǐng)問CASTEP計(jì)算氧化物磁性,例如CuO的,Modify Dmol計(jì)算自旋設(shè)置時(shí),Multiplicity設(shè)置為Auto是系統(tǒng)自動(dòng)尋找自旋多重度嗎?Multiplicity是設(shè)置Auto好,還是設(shè)置具體的值好?計(jì)算表面過程中，計(jì)算成功，但是castep-<Timer<--SCF(sec)<--SCF55.44<--SCFEnergyper-<Initial-1.24983546E+0041-1.59703259E+004-197.97<--Warning:Therearenoemptybandsforatleastonekpointandspin;thismayslowtheand/orleadtoinaccurategroundstate.Ifthiswarningpersists,youshouldconsiderincreasingand/or 2-1.62762609E+004-356.62<--Warning:Therearenoemptybandsforatleastonekpointandspin;thismayslowtheand/orleadtoinaccurategroundstate.Ifthiswarningpersists,youshouldconsiderincreasingnextra_bandsand/orreducingsmearing_widthintheparamfile.Recommendusingnextra_bandsof11toH2COtopbridge,等，但是如何確定具體每個(gè)原子的position?totalenergy選擇上"optimizedcell進(jìn)行計(jì)算時(shí)選擇上"spinpolarized",對(duì)于不同元素，其參數(shù)如何設(shè)置？"initialpin"charge""charge"答：Aemptybandsmearing的數(shù)值，這兩個(gè)辦法都BThiskeywordscontrolsthenumberofextrabandsinadditiontothenumberofoccupiedTheseextrabandsnecessaryformetalsorfinitetemperatureinsulators.Thedefaultvalueforthisparameteris0.ThiskeyworddeterminesthewidthoftheFermi-surfacesmearingifthesystemisbeingtreatedasametal..param為后綴名的文件里，有以上兩個(gè)參數(shù)，你打開調(diào)整一下，然后計(jì)算你調(diào)整后的文件就是點(diǎn)Files，然后RunFiles。如果你調(diào)圍之內(nèi)。至于計(jì)算表面吸附totalenergy的時(shí)候，是選擇"optimizedcell"第三個(gè)問題，initialSpin設(shè)置，MSTherearetwowaysofdefiningtheinitialmagneticconfiguration:eitherspecifythetotalmagneticmomentperunitcell,whichgetsuniformlydistributedoverthespace,orprovidedetailedinformationontheabsolutevaluesanddirection(upordown)ofthespinsforeachatomintheunitcell.Theformermethodcanbeusedforrelativelysimplesystemswhereonlytwosolutionsareexpected(magneticandnon-magnetic).Thelattermethod,whichspecifiesthespinstateoftheatomsinthesystem,ismoregeneralandgivesmuchmoreflexibility.Itispossibletosetupferromagnetic,ferrimagnetic,orantiferromagneticcalculationstogetdifferentstartingspinformalspinFeFe、Cocharge0，實(shí)際是多少就是多少。MSTheinitialvalueofthespinmomentisquiteimportantforspin-polarizedcalculations.Itshouldbeascloseaspossibletotheexpectedvalue.Youcanevaluatethespinmomentusingthehigh-spinapproximationcombinedwithformalcharges.Forexample,iftherearetenFe3+ionsinthesystem,youassumethateachofthemhasavalenceelectronicconfigurationofd5(theneutralconfigurationiss2d6)whichcorrespondstofiveunpairedelectronsperFeion.TheinitialspinvaluefortheCASTEPcalculationisthereforeNis2d82unpairedelectrons,2*supercellNi個(gè)數(shù)Dspinunpairedelectronsspin=unpairedE2*supercellNiF、1Eu的體系中也見到過,emptybands,值有人說調(diào)大有人說調(diào)小,,效果都不是很好.我想可能是結(jié)構(gòu)的原因,結(jié)構(gòu)如果不合理的話其他調(diào)整不是那么明顯另外也想補(bǔ)充個(gè)問題我發(fā)現(xiàn)跟我沒有調(diào)整這兩個(gè)參數(shù)的計(jì)算結(jié)構(gòu)比較無論是bandstructure還是dos結(jié)果都有變化,不知道那樣才是合理我看到一些資料表面吸附時(shí),通常的做法是把結(jié)構(gòu)先optimizedcell,然后用優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)參后限制下層原子位置,表面的可以弛豫"spinpolarized"的設(shè)置我就沒怎么接觸過了,lzms幫助,受教了,G在晶胞優(yōu)化的時(shí)候才選上"optimizedcell"，而在計(jì)算表面吸附的時(shí)候是不能選的。至于問題1減小smearing，我會(huì)先試試減小smearing問題2relaxoptimizedcell，原子的位置靠幾何計(jì)算得optimizedcell問題3initialspin03按照幫助文件設(shè)置，但是要考慮計(jì)算中超胞中很多原子是共用。“optimizedcell，吸附分子或者原子的位置是不是就變化，可能是9，9，9或者是11，11變化。應(yīng)該是比較清楚了吧這些我是可J、spin=unpairielectron1，是來自量子化學(xué)或者第一性原理計(jì)算本身，說明書中不會(huì)有介spin=1unpairielectron1的所有可能3吸附：把吸附原子或分子放到目標(biāo)基底上，這個(gè)初始結(jié)構(gòu)很重要，給得好則很快收斂，否L、這些問題已經(jīng)基本解決,謝謝大家關(guān)注1,emptyband的值,11-24,就可以解決,'3好像這個(gè)參數(shù)并不是影響很大,因?yàn)檫@只是個(gè)初始值,歡迎大家繼續(xù)套路討論這個(gè)問問題2optimizecell次不選,一般要固定最底層的幾層原子spinpolarized，偶數(shù)時(shí)不選;算磁性的時(shí)候32TSRESEARCH算的時(shí)候所有的基體原子都不答：Acellcell的話基本上是算不了了BHTi中的擴(kuò)散，先優(yōu)化含氫的一個(gè)構(gòu)不然結(jié)果可能不具有可信度。如果不好確定H3333、請(qǐng)教DMol3Calculation出現(xiàn)的問題我是新手，DMol3CalculationRunFailedtocreatejobfortheserver:DMol3.Nodefaultlocationdefinedfor