甲基化與多組學(xué)研究專題09DNA甲基化與精神類疾病研究

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知識金牌解

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長知

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牌010203精神障礙分類PubMed檢索基于Illumina甲基化芯片的精神疾病相關(guān)文獻(xiàn)及國自然檢索文獻(xiàn)解讀CONTENTS課

程

目

錄04精神障礙分類01知

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牌什么是“精神疾病”解

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長精神疾病更準(zhǔn)確的說法是精神障礙軀體疾病稱為“疾病”，精神疾病稱為“障礙”病因復(fù)雜，未知較多知

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牌精神障礙分類系統(tǒng)解

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長ICD系統(tǒng)：國際疾病分類系統(tǒng)DSM系統(tǒng)：美國精神障礙診斷與統(tǒng)計手冊系統(tǒng)知

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牌ICD-10

(v2016)WHO編制精神疾病占1大章分11小類分類依據(jù)：病因?qū)W+癥狀學(xué)解

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牌DMS-5

（2013）由美國精神醫(yī)學(xué)協(xié)會（APA）編撰分類依據(jù)：基于癥狀學(xué)主要分類：神經(jīng)發(fā)育障礙、精神分裂癥譜系障礙與其他精神病性障礙、雙相障礙與其他相關(guān)障礙、抑郁障礙、焦慮障礙、強迫障礙與其他相關(guān)障礙、創(chuàng)傷和應(yīng)激相關(guān)障礙、分離性障礙、軀體癥狀障礙及相關(guān)障礙、喂養(yǎng)和進(jìn)食障礙、排泄障礙、睡眠覺醒障礙、性功能障礙、性別焦慮、破壞性、沖動控制和品行障礙、物質(zhì)相關(guān)障礙與成癮障礙、認(rèn)知神經(jīng)障礙、人格障礙、性欲倒錯障礙、其他精神障礙、藥物所致的運動障礙及其他藥物的不良反應(yīng)；另外包括其他可能成為臨床關(guān)注焦點的問題解

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長PubMed檢索02知

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牌檢索條件解

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長檢索條件：選定若干大類、細(xì)分類關(guān)鍵詞“DNA

Methylation”

AND

“關(guān)鍵詞”只檢索≤10年內(nèi)的文獻(xiàn)其中關(guān)鍵詞整理了47項，有檢索結(jié)果的16項知

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牌節(jié)標(biāo)題解

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長中文名英文名論文數(shù)量精神病學(xué)psychiatry1149精神分裂癥schizophrenia361自閉癥/孤獨癥autism232精神障礙mental

disorders183精神發(fā)育遲滯/智力缺陷mental

retardation152抑郁障礙/抑郁癥depressive

disorder138孤獨譜系障礙autism

spectrumdisorder61精神疾病mental

illness41注意缺陷多動障礙/多動癥attention

deficit

hyperactivity

disorder30厭食癥anorexia21神經(jīng)性厭食癥anorexianervosa13撤藥綜合征withdrawal

syndrome13兒童學(xué)習(xí)障礙learning

disabilities6癲癇epilepsia6躁狂癥Mania4社交焦慮癥social

anxiety

disorder2基于Illumina甲基化芯片的精神疾病相關(guān)文獻(xiàn)及國自然檢索03知

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牌基于Illumina甲基化芯片的文獻(xiàn)檢索查找GEO內(nèi)Illumina甲基化芯片平臺條目平臺AccessionTitleSeriesSamplesPubDateGPL23976IlluminaInfinium

HumanMethylation850

BeadChip4672017850kGPL21145Infinium

MethylationEPIC397122015450kGPL13534Illumina

HumanMethylation450

BeadChip

(HumanMethylation450_15017482)105976702201127kGPL8490IlluminaHumanMethylation27

BeadChip

(HumanMethylation27_270596_v.1.2)335187852009解

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牌節(jié)標(biāo)題解

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牌后續(xù)工作補充完整文章信息雜志、發(fā)表年份、IF……選擇代表性文章進(jìn)一步閱讀重要疾病套路：機制、發(fā)育、EWAS……多組學(xué)數(shù)據(jù)的文章解

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牌近三年國自然相關(guān)項目檢索解

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長文獻(xiàn)解讀04知

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牌文獻(xiàn)介紹胎兒酒精譜系障礙的DNA甲基化模式研究2016年發(fā)表，IF=5.19樣本類型：口腔上皮細(xì)胞檢測平臺：450k、SNP芯片、焦磷酸測序樣本數(shù)量：206（110+96）解

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牌樣本及芯片分析概覽解

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牌樣本及數(shù)據(jù)的過濾與校正解

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長Discard

outlier

samplesDiscard

probes

(sex

chr、SNPs、baddata……)Compared

withblood

samples

（GSE42861）Ethnic

background

correction

（via

SNP

genotyping）知

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牌結(jié)果PCALeft:

blood

samples

Right:

BECs解

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長Ethnic

samples

SNP

genotyping136

samples解

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牌節(jié)標(biāo)題658

diff

CpG

site5

CpG

site

comparison知

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牌Diff-methylation

loci

enrichment解

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長差異甲基化位點與印記基因、原鈣粘連素編碼基因的關(guān)系

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牌節(jié)標(biāo)題GO&DiseaseEnrichmentUp-methylatedGenes

Co-expression

Network解