蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測在線軟件

1、.蛋白質(zhì)預(yù)測在線分析常用軟件 推薦蛋白質(zhì)預(yù)測分析網(wǎng)址集錦物理性質(zhì)預(yù)測：Compute PI/MWhttp:/expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.htmlPeptidemasshttp:/expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html TGREASE/pub/fasta/SAPShttp:/ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html基于組成的蛋白質(zhì)識別預(yù)測AACompIdenthttp:/expaxy.hcuge.ch . htmlAACompSimhttp:/exp

2、axy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.htmlPROPSEARCHhttp:/www.embl-heidelberg.de/prs.html二級結(jié)構(gòu)和折疊類預(yù)測nnpredict/nomi/nnpredictPredictproteinhttp:/www.embl-heidel . protein/SOPMAhttp:/www.ibcp.fr/predict.htmlSSPREDhttp:/www.embl-heidel . prd_info.html特殊結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)預(yù)測COILShttp:/ulrec3.unil.ch/ . IL

3、S_form.htmlMacStripe/ . acstripe.html與核酸序列一樣，蛋白質(zhì)序列的檢索往往是進(jìn)行相關(guān)分析的第一步，由于數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)絡(luò)技校術(shù)的發(fā)展，蛋白序列的檢索是十分方便，將蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫下載到本地檢索和通過國際互聯(lián)網(wǎng)進(jìn)行檢索均是可行的。由NCBI檢索蛋白質(zhì)序列可聯(lián)網(wǎng)到：“http:/www.ncbi.nlm.ni . gi?db=protein”進(jìn)行檢索。利用SRS系統(tǒng)從EMBL檢索蛋白質(zhì)序列聯(lián)網(wǎng)到：http:/srs.ebi.ac.uk/”，可利用EMBL的SRS系統(tǒng)進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的檢索。通過EMAIL進(jìn)行序列檢索當(dāng)網(wǎng)絡(luò)不是很暢通

4、時或并不急于得到較多數(shù)量的蛋白質(zhì)序列時，可采用EMAIL方式進(jìn)行序列檢索。蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析蛋白質(zhì)序列的基本性質(zhì)分析是蛋白質(zhì)序列分析的基本方面，一般包括蛋白質(zhì)的氨基酸組成，分子質(zhì)量，等電點(diǎn)，親水性，和疏水性、信號肽，跨膜區(qū)及結(jié)構(gòu)功能域的分析等到。蛋白質(zhì)的很多功能特征可直接由分析其序列而獲得。例如，疏水性圖譜可通知來預(yù)測跨膜螺旋。同時，也有很多短片段被細(xì)胞用來將目的蛋白質(zhì)向特定細(xì)胞器進(jìn)行轉(zhuǎn)移的靶標(biāo)（其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白質(zhì)將被引向內(nèi)質(zhì)網(wǎng)。WEB中有很多此類資源用于幫助預(yù)測蛋白質(zhì)的功能。疏水性分析位于ExPASy的ProtScale程序（http:/www.expas

5、/cgi-bin/protscale.pl）可被用來計算蛋白質(zhì)的疏水性圖譜。該網(wǎng)站充許用戶計算蛋白質(zhì)的50余種不同屬性，并為每一種氨基酸輸出相應(yīng)的分值。輸入的數(shù)據(jù)可為蛋白質(zhì)序列或SWISSPROT數(shù)據(jù)庫的序列接受號。需要調(diào)整的只是計算窗口的大?。╪）該參數(shù)用于估計每種氨基酸殘基的平均顯示尺度。進(jìn)行蛋白質(zhì)的親/疏水性分析時，也可用一些windows下的軟件如， bioedit,dnamana等?？缒^(qū)分析有多種預(yù)測跨膜螺旋的方法，最簡單的是直接，觀察以20個氨基酸為單位的疏水性氨基酸殘基的分布區(qū)域，但同時還有多種更加復(fù)雜的、精確的算法能夠預(yù)測跨膜螺旋的具體位置和它們的膜向性。這些技術(shù)主

6、要是基于對已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺旋Tmbase 數(shù)據(jù)庫，可通過匿名FTP獲得(http:/www.isrec.isb-s . erver/tmbase)，參見表一資源名稱 網(wǎng)址 說明TMPREDhttp:/www.ch.embnet.o . RED_form.html基于對tmpred數(shù)據(jù)庫的統(tǒng)計分析PHDhtmhttp:/www.embl-heidelberg.de/se. tprotein.htmlMEMSATftp:/ftp.biochem.ucl.ac.uk微機(jī)版本，蛋白質(zhì)序列含有跨膜區(qū)提示它可能作為膜受體起作用，也可能是定位于膜的錨定蛋白或者離子通道蛋白等，從而

7、，含有跨膜區(qū)的蛋白質(zhì)往往和細(xì)胞的功能狀態(tài)密切相關(guān)。http:/genome.cbs.dtu.dk/sevices/TMHMM-2.0“或“http:/www.ch.embnet.o . RED_form.html”前導(dǎo)肽與蛋白質(zhì)定位在生物內(nèi)，蛋白質(zhì)的合成場所與功能場所常被一層或多層細(xì)胞膜所隔開，這樣就涉及到蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn)。合成的蛋白質(zhì)只有準(zhǔn)確地定向運(yùn)行才能保證生命活動的正常進(jìn)行。一般來說，蛋白質(zhì)的定位的信息存在于該蛋白質(zhì)自身結(jié)構(gòu)中，并通過與膜上特殊的受體相互作用而得以表達(dá)。在起始密碼子之后，有一段編碼疏水性氨基酸序列的RNA片段，這個氨基酸序列就這個氨基酸序列就是信號肽序列。含有信號肽的蛋白質(zhì)一

8、般都是分泌到細(xì)胞外，可能作為重要的細(xì)胞因子起作用，從而具有潛在的應(yīng)用價值。http:/genome.cbs.dtu.dk/sevices/signalP-2.0卷曲螺旋分析另一個能夠直接從序列中預(yù)測的功能motif是-螺旋的卷曲排列方式。在這種結(jié)構(gòu)中，兩種螺旋通過其疏水性界面相互纏在一起形成一個十分穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。蛋白質(zhì)卷曲的相關(guān)資源資源 網(wǎng)址coiled-coilhttp:/www.york.ac.uk/ . oil.htmlCOILShttp:/www.ch.embnet.o . mlEpitopeInfo/Links.htm蛋白質(zhì)功能

9、預(yù)測基于序列同源性分析的蛋白質(zhì)功能預(yù)測到少有80個氨基酸長度范圍內(nèi)具有25%以上序列一致性才提示可能的顯著性意義。最快的工具如BlastP能很容易地發(fā)現(xiàn)顯著性片段，而無需使用十分耗時的BLITZ軟件?；贜CBI/BLAST軟件的蛋白序列同源性分析類似于核酸序列同源性分析，用戶直接將待分析的蛋白質(zhì)序列輸入NCBI/BLAST(/blast)，選擇程序BLASTP就可網(wǎng)上分析?；赪U/BLAST2軟件進(jìn)行分析華盛頓大學(xué)的BLAST軟件（dove.embl-heidelberg.dl/blast2）也可進(jìn)行蛋白質(zhì)序列的同源性分析?；趍otif、結(jié)構(gòu)位點(diǎn)、結(jié)構(gòu)功能

10、域數(shù)據(jù)庫的蛋白質(zhì)功能預(yù)測蛋白質(zhì)的磷酸化與糖基化對蛋白質(zhì)的功能影響很大，所以對其的分析也是生物信息學(xué)的一個部分。同時，分子進(jìn)化方面的研究表明，蛋白質(zhì)的不同區(qū)域具有不同的進(jìn)化速率，一些氨基酸必須在進(jìn)化過程中足夠保守以實現(xiàn)蛋白質(zhì)的功能。在序列模式的鑒定方面有兩類技術(shù)，第一類是依賴于和一致性序列（consensus sequence）或基序各殘基的匹配模式，該技術(shù)可用于十分容易并快速搜索motif數(shù)據(jù)庫。Motif數(shù)據(jù)庫-PROSITE最好的是PROSITE/prosite）蛋白質(zhì)序列的(profile)分析www.isrec.isb-sib.ch/s . CAN_form

11、.htmlInterProScan綜合分析網(wǎng)站InterProScan是EBI 開發(fā)的一個集成了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫，其中把SWISS-PROT,TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等數(shù)據(jù)庫提供的蛋白質(zhì)序列中的各種局域模式，如結(jié)構(gòu)域，motif等信息統(tǒng)一起來，提供了一個較為全央的分析工具。www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)功能域分析簡單模塊構(gòu)架搜索工具（simple modular architecture research tool,SMART）一個較好的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的數(shù)據(jù)，可用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域的分析，

12、所得到的結(jié)構(gòu)域同時提供相關(guān)的資源的鏈接http:/smart.embl-heidelberg.de/蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測PDB數(shù)據(jù)庫蛋白質(zhì)基本立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(PDB,)其中有大量工具用于查看PDB數(shù)據(jù)庫中的結(jié)構(gòu)，如rasmol，可用于顯于出蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)，下載地址：/microbio/rasmol）PDBFinder 數(shù)據(jù)庫是在PDB、DSSP、HSSP基礎(chǔ)上建立的二級庫，它包含PDB序列，作者，R因子，分辨率、二級結(jié)構(gòu)等，這些些信息隨著PDB庫每次發(fā)布新版，PDBFinder在EBI自動生成，網(wǎng)址為“www.sander.embl-heidebe

13、rg.de/pdbfinder/ftp:/swift.embl-heidelberg.de/pdbfinder.NRL-3D數(shù)據(jù)庫是所有已知結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫，可用于查詢蛋白序列時行相似性分析以確定其結(jié)構(gòu)/Dan/protein/nrl3d.htmlISSD數(shù)據(jù)庫蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，其每個條目包含一個基因的編碼序列，同相應(yīng)的氨基酸序列對比，并給出相應(yīng)的多肽鏈結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。tein.bio.msu.su/issdHSSP數(shù)據(jù)庫是根據(jù)同源性導(dǎo)出的蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，每一條PDB項目都有一個對應(yīng)的HSSP文件，www.sander.embl-heidelberg.de

14、/hssp蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫對已知蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行手工分類得到的數(shù)據(jù)庫，位于劍橋的站點(diǎn)也提供BLAST檢索服務(wù)http:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/MMDB蛋白質(zhì)分子模型數(shù)據(jù)庫是ENTREZ檢索工具所使用的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，以ASN格式反蚋的PDB中的結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)。NCBI同時提供一個配套的三維結(jié)構(gòu)顯示程序的Cn3D,/Structure/Dali/FSSP數(shù)據(jù)庫基于PDB數(shù)據(jù)庫中現(xiàn)有的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，用自動結(jié)構(gòu)對比程序Dali比較而形成的折疊單元和家庭分類庫。www.embl-ebi.ac.uk/dali蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)

15、預(yù)測基于序列進(jìn)行蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)方面已有了大量文獻(xiàn)描述，本質(zhì)上，這些研究可被分為兩大類：基于單一序列的分析和基于多重序列對齊的分析。文獻(xiàn)報道PHD程序是目前此方面的最好程序，提供了從二級結(jié)構(gòu)到折疊方面分析的多種資源。其網(wǎng)址為www.embl-heidel-berg.d . tprotein.html,也可通過email:predictproteinembl-heidelberg.de進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測蛋白質(zhì)同源家庭的分析對于確立物種之間的親緣關(guān)系和預(yù)測新蛋白質(zhì)序列的功能有重要意義，同源蛋白質(zhì)（homolog）進(jìn)一步劃分為直系同源（ortholog）和旁系同源（paralog）,前者

16、指不同物種中具有相同功能和共同起源的基因，后者則指在同一物種內(nèi)具有不同功能，但也有共同起源的基因，例如同是起源于珠蛋白的珠蛋白、珠蛋白和肌紅蛋白。蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫（ProtoMap）是對SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫中的全部蛋白質(zhì)由計算機(jī)自動時行層次分類，把相關(guān)者聚集分極所得到的數(shù)據(jù)庫。teinmap.cs.huji.ac.il蛋白質(zhì)序列多重對齊分析及進(jìn)化分析如果發(fā)現(xiàn)一個未知蛋白質(zhì)序列和較多不同和種屬或同一種屬的蛋白質(zhì)序列具有較高的同源性（大于30%）那么提示待分析的蛋白質(zhì)序列可能是相應(yīng)家族的成員，從而可從分子時化的角度對蛋白質(zhì)序列進(jìn)行綜合分析。常用在線蛋白工具BCM Search

17、Launcher/seq-search/蛋白序列二級結(jié)構(gòu)預(yù)測綜合站點(diǎn)，從此出發(fā)，輸入蛋白序列，可以根據(jù)需要，使用各種在線預(yù)測工具，包括Coils、nnPredict、PSSP/SSP、PSSP/NNSSP、SAPS、TMpred、SOUSI、Paircoil、Protein Hydrophilicity/Hydrophobicity Search、SOPM，使用十分方便。DAS蛋白跨膜預(yù)測服務(wù)器、輸入蛋白序列，預(yù)測跨膜區(qū)域。TopPred 2斯德哥爾摩大學(xué)理論化學(xué)蛋白預(yù)測服務(wù)器提供的膜蛋白拓?fù)鋵W(xué)預(yù)測Topology predict

18、ion of membrane proteins在線工具SOSUI東京農(nóng)業(yè)科技大學(xué)（Tokyo University of Agriculture and Technology）提供的膜蛋白分類和二級結(jié)構(gòu)預(yù)測在線工具。PSIpred - MEMSAT2本蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測服務(wù)器允許你提交一個蛋白序列，進(jìn)行二級結(jié)構(gòu)預(yù)測與跨膜拓樸結(jié)構(gòu)預(yù)測，并將結(jié)果用EMAIL提供給您。HMMTOP預(yù)測蛋白序列的跨膜螺旋與拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)服務(wù)器TMpred預(yù)測蛋白序列跨膜區(qū)TMHMM預(yù)測蛋白的跨膜螺旋The PredictProtein server提供蛋白數(shù)據(jù)庫查詢，預(yù)測蛋白各種結(jié)構(gòu)的服務(wù)SMART提供蛋白序列，在結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫中查詢，顯示出其結(jié)構(gòu)域及跨膜區(qū)等SPLIT膜蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測服務(wù)器PRED-TMR提供基于SwissProt數(shù)據(jù)庫統(tǒng)計分析的預(yù)測蛋白跨膜片段的服務(wù)CoPreThi基于INTERNET的JAVA程序，預(yù)測蛋白的跨膜區(qū)TMAP提供預(yù)測蛋白跨膜片段的服務(wù)multalin蛋白序列對照服務(wù)器，比較幾條蛋白序列的結(jié)構(gòu)。Pr