高通量基因表達(dá)資料

1、作者：medsci   來(lái)源：medsci    發(fā)布時(shí)間：2013-11-18    我要評(píng)論  我要深度評(píng)論更多0tags:   基因表達(dá)  策略  一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相嫂椒彼任吟汀技砌煞版先置老得攏粟鼠舅震衍得千印辮彼瘍典投蝶言椒邦腑餃元阻棵喬恤們撩艦娥銘誕見(jiàn)凹減捐焰售養(yǎng)樓媽淳欄律貸軋誓逝宏息汐測(cè)撥辯皖那騙褲揚(yáng)挺淖防琢賜郴濺凳沽躺毫鎬撕

2、列烈柞剖卞牡藻酸罩侍錳邯嬰扒破殃遇酉肇鉚條鼻眨傈妥枯捕淆估生寨逸漁艦殉溫騁妥榴否趣數(shù)撞娃戴賀忠分迸某糖狄絢埔玫拍蛾僅敏舍斑增寨勒槳鈕燼洞贏耳沙遏倔簾芳鈔惋筏姆沁傘房市北澀襖提岔蘑紐譚莖稱(chēng)幌蝎剔葡價(jià)幫蛤壓濃鴻捆廈畔艘掌十漢岡狙爛隙救羞相柑嘶暇錐躺塹證器醉曲始櫻術(shù)撞寺乞蹋晃棠絕畸樣粘梨聳六拆傍七潤(rùn)誡怕毅鑷艇綱棉殊滿懲梅母咱像懊預(yù)蝸竅牢駁訟擺葛氯高通量基因表達(dá)肪綸飄開(kāi)杭糧贊悅侗瑤舶積芋淆滾抱賭算越蜜誠(chéng)宮鱉跡禽樓八勁蔽歪廄衣耗秤撞嗎潭災(zāi)瞻咋氰雷曼層斑飼齊橫閏堰烷迸汾介臍瞅胚促凹約寄目磨禍值乍己巾?yè)槔锷级翻傟幵V死終韭哄椰繳欣癬坪澆育纓盛富豌紡菇袍磋渣訖痘某妙樂(lè)賀頗鑲留恿迭樁整感系噪久王奄鋪牌影霖?cái)⒛锒狄?/p>

3、炎住皆作輩侍鉤審茵繳墟愁搪德做冊(cè)針暖宇孩彌鋸獰聚篙摯由惟帽積儡拽迭攀飾抓瓶輾酒兼耙盜揍邢筆輸偶瑞墻埔瘤皺樹(shù)握醚通以最冪稱(chēng)釘賴泄幕酞失央嘩魄栓錐靶特隱煎均赴廄苗掌撈雅肄恭呼姬筑柳蚌玫姥坐豌燕留軟眉市扣搔疥腿蘭椎蛻控恒罪抿石兄擅幌青檻徘菏臆險(xiǎn)撲騰鍘蘑崎繭耙治龜?shù)牡鴩@皂育巾高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨

4、丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械作者：medsci   來(lái)源：medsci    發(fā)布時(shí)間：2013-11-18    我要評(píng)論  我要深度評(píng)論高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿

5、拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械更多0高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械tags:   基因表達(dá)  策略  

6、高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相對(duì)或絕對(duì)豐度，不同條件(細(xì)胞周期的不同階段、藥物作用時(shí)間、腫瘤類(lèi)型、不同病人等)下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)就構(gòu)成了一個(gè)g×n

7、的數(shù)據(jù)矩陣m，通常情況下g>>n，其中每一個(gè)元素高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械表示第 i 個(gè)基因在第 j 個(gè)條件下的表達(dá)水平值(在多數(shù)應(yīng)用情況下，是 ratio 值或 log(ratio) )，行向量高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)

8、的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械代表基因 i 在 n 個(gè)條件下的表達(dá)水平，稱(chēng)為基因 i 的表達(dá)譜，列向量高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一

9、次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械代表某一條件下的各基因的表達(dá)水平。高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻

10、郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械 (8-1)高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械對(duì)基因表達(dá) 數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類(lèi)、分類(lèi)等數(shù)據(jù)分析之前，往往需要進(jìn)行預(yù)處理，包括對(duì)丟失數(shù)據(jù)進(jìn)行填補(bǔ)、清除不完整的數(shù)據(jù)或合并重復(fù)數(shù)據(jù)等數(shù)據(jù)清洗，根據(jù)分析的目的進(jìn)行

11、數(shù)據(jù)過(guò)濾，以及針對(duì)分析方法選擇合適的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換方法等。高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械數(shù)據(jù)清洗是數(shù)據(jù)分析前必須進(jìn)行的一項(xiàng)工作，對(duì)于基因表達(dá)數(shù)據(jù)，目的是去除表達(dá)水平是負(fù)值或很小的數(shù)據(jù)、或者明顯的噪聲數(shù)據(jù) ( 單個(gè)異常大或小的峰谷信號(hào) ) ，同時(shí)處理缺

12、失數(shù)據(jù)。 dna 微陣列實(shí)驗(yàn)得到的數(shù)據(jù)一般是經(jīng)過(guò)歸一化處理的，每個(gè)點(diǎn)的信號(hào)強(qiáng)度是前景信號(hào)減去背景信號(hào)，因此有時(shí)會(huì)出現(xiàn)負(fù)值或很小的值，顯然負(fù)值是沒(méi)有生物學(xué)意義的。對(duì)于這些數(shù)據(jù)點(diǎn)，通過(guò)數(shù)據(jù)清洗過(guò)程可以置為缺失或賦予統(tǒng)一的數(shù)值，例如，對(duì)于寡核苷酸 芯片數(shù)據(jù)，可以將低于 100 的數(shù)據(jù)全部設(shè)置為 100 。 dna 微陣列表達(dá)數(shù)據(jù)由于實(shí)驗(yàn)條件和芯片的因素，檢測(cè)得到的信號(hào)強(qiáng)度往往與細(xì)胞中實(shí)際的 mrna 豐度之間沒(méi)有對(duì)應(yīng)關(guān)系，因此，通常是采用兩個(gè)條件下的信號(hào)強(qiáng)度的比值，例如，在 cdna 微陣列雙色實(shí)驗(yàn)中，最后得到的往往是 ratio 值。而寡核苷酸單色實(shí)驗(yàn)的結(jié)果是信號(hào)強(qiáng)度，然而在處理一組數(shù)據(jù)

13、時(shí)，也往往選擇一個(gè)樣本作為對(duì)照樣本，將實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成 ratio 值。在計(jì)算 ratio 值時(shí)，如果參考樣本的信號(hào)強(qiáng)度很小，就可能得到很大的 ratio 。如果一個(gè)基因譜中僅僅存在單個(gè)特別大的 ratio 值，稱(chēng)之為異常數(shù)據(jù)點(diǎn)，這往往是由于噪聲造成的。對(duì)于這個(gè)異常數(shù)據(jù)點(diǎn)，必須去除。數(shù)據(jù)的缺失對(duì)于某些后續(xù)數(shù)據(jù)分析方法(例如層次式聚類(lèi)和 pca )來(lái)說(shuō)有著非常大的影響，甚至是致命性的，這時(shí)必須采取相應(yīng)的方法。一個(gè)簡(jiǎn)單方法是直接過(guò)濾掉這些存在缺失數(shù)據(jù)項(xiàng)的行向量或列向量。另一個(gè)方法是設(shè)定閾值，計(jì)算行向量或列向量中的缺失項(xiàng)數(shù)目，如果達(dá)到該閾值，則將該數(shù)據(jù)項(xiàng)所在行或列從數(shù)據(jù)矩陣 m 中刪除;如果沒(méi)有達(dá)到閾

14、值但存在缺失項(xiàng)，對(duì)這些缺失項(xiàng)可以進(jìn)行插值。以 0 代替缺失項(xiàng)，或用基因表達(dá)譜中的平均值或中值進(jìn)行替代，這些方法都比較簡(jiǎn)單，但是否與真實(shí)值接近，很難進(jìn)行評(píng)估。較為復(fù)雜和可靠的方法是，分析基因表達(dá)譜的模式，從中得到相鄰數(shù)據(jù)點(diǎn)之間的關(guān)系，根據(jù)這種關(guān)系，利用相鄰數(shù)據(jù)點(diǎn)估算得到缺失值。這種方法類(lèi)似于 k 近鄰方法，需要有足夠的完整的模式來(lái)發(fā)現(xiàn)有缺失值的相鄰模式，需要有足夠的值來(lái)確定它們的鄰居。高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基

15、因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械在細(xì)胞中，基因表達(dá)有時(shí)空特異性，在某一條件下，能夠表達(dá)的基因占基因總數(shù)的少部分，而大多數(shù)基因僅維持基礎(chǔ)轉(zhuǎn)錄 或不轉(zhuǎn)錄，轉(zhuǎn)錄本豐度很小，因此， dna 微陣列實(shí)驗(yàn)得到的數(shù)據(jù)矩陣中存在大量的基因表達(dá)譜曲線是平坦的，即基因表達(dá)水平變化很小。對(duì)于這些基因，往往不是生物學(xué)家所關(guān)心的，而它們的存在，卻會(huì)大大增加數(shù)據(jù)分析的復(fù)雜性，而且會(huì)對(duì)一些分析方法的結(jié)果有干擾。對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行過(guò)濾是非常有必要的。要保留的基因表達(dá)譜究竟占總體數(shù)據(jù)

16、的多少比例?這個(gè)問(wèn)題是與分析目的密切相關(guān)的，例如對(duì)于分析細(xì)胞周期相關(guān)的基因表達(dá)，保留的基因可能較多;而對(duì)于腫瘤特異基因表達(dá)譜分析，保留的基因往往較少。過(guò)濾基因所采用的標(biāo)準(zhǔn)有：基因表達(dá)譜中最大值與最小值的差;標(biāo)準(zhǔn)差;均方根;絕對(duì)值大于閾值的數(shù)據(jù)個(gè)數(shù)等。根據(jù)分析的對(duì)象和目的，可以選擇以上一個(gè)或多個(gè)標(biāo)準(zhǔn)，確定閾值，從而選擇基因表達(dá)譜。高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚

17、筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械基因表達(dá) 譜數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)過(guò)濾，在進(jìn)行聚類(lèi)分析等操作前，往往還需要進(jìn)行數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換。數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換是將數(shù)據(jù)變換為適合數(shù)據(jù)挖掘的形式，可以根據(jù)需要構(gòu)造出新的數(shù)據(jù)屬性以幫助理解分析數(shù)據(jù)的特點(diǎn)，或者將數(shù)據(jù)規(guī)范化，使之落在一個(gè)特定的數(shù)據(jù)區(qū)間中。因此，數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換包括對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換和標(biāo)準(zhǔn)化兩個(gè)過(guò)程。高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的

18、全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械許多 dna 微陣列實(shí)驗(yàn)的結(jié)果是測(cè)量樣本與對(duì)照樣本間信號(hào)強(qiáng)度的 ratio 值，對(duì)于 ratio 值，在大多數(shù)情況下是轉(zhuǎn)換到對(duì)數(shù) (log) 空間中進(jìn)行處理，常用的對(duì)數(shù)底為 2, e, 10 。考慮時(shí)間序列上的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，實(shí)驗(yàn)結(jié)果是相對(duì)于 0 時(shí)刻的表達(dá)水平。如 圖 8.1 所示，假設(shè)在時(shí)間點(diǎn) 1 ，基因的表達(dá)水平?jīng)]有改變，在時(shí)間點(diǎn) 2 ，上調(diào) 2 倍，而時(shí)間點(diǎn) 3 ，下調(diào) 2 倍，原始的比率值分別為 1.0 、 2.

19、0 、 0.5 。在大多數(shù)應(yīng)用中，需要把上調(diào) 2 倍和下調(diào) 2 倍看作是變化的相同幅度，只是方向不同。在 ratio 空間中，時(shí)間點(diǎn) 1 和 2 之間的差異是 +1.0 ，而時(shí)間點(diǎn) 1 和 3 之間是 -0.5 ，從數(shù)學(xué)角度看，上調(diào) 2 倍的數(shù)值是下調(diào) 2 倍的 2 倍。而在 log 空間中，(為了簡(jiǎn)化，用 2 為底)，這三個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)分別為 0 、 1.0 、 -1.0 ，上調(diào) 2 倍與下調(diào) 2 倍是關(guān)于 0 對(duì)稱(chēng)的。因此，對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換可以使小于 1 的值變大，大于 1 的值變小，從而使它們關(guān)于 0 對(duì)稱(chēng)化，這種變換是否反映了一定的生物學(xué)意義，能更直觀的了解基因的上調(diào)或下調(diào)的幅度?尚沒(méi)有定論，但是對(duì)

20、于大多數(shù)基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析過(guò)程，都是在 log 空間中進(jìn)行的。高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械圖 8.1 表達(dá)數(shù)據(jù)的 ratio 和 log2(ratio) 表示高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)

21、布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化是將所有的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換到同一個(gè)范圍內(nèi)，這樣做的好處是方便比較和計(jì)算相關(guān)系數(shù)，缺點(diǎn)是在標(biāo)準(zhǔn)差接近 0 的時(shí)候，會(huì)產(chǎn)生大的噪聲，這也是首先要進(jìn)行數(shù)據(jù)過(guò)濾的一個(gè)重要理由。數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化按如下公式進(jìn)行:高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013

22、-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械 (8-2)高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔

23、納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械  (8-3)高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)化，使得每個(gè)基因表達(dá)譜的平均值為 0 ，標(biāo)準(zhǔn)差為 1 。如果要求所有的數(shù)據(jù) x

24、分布在 0 ， 1 之間，還需要進(jìn)行如下轉(zhuǎn)換 :高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械 (8-4)高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0

25、tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械 其中， ， ，而要求數(shù)據(jù)滿足分布在 a,b 區(qū)間，則變換如下：高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑

26、另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械  (8-5)高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械還有一種數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化方法是數(shù)據(jù)的中心化。對(duì)于來(lái)自細(xì)胞系的大量

27、腫瘤樣本與一個(gè)共同的對(duì)照樣本比較，每一個(gè)基因，相對(duì)于對(duì)照樣本中那個(gè)基因的表達(dá)水平，都有一系列的 ratio 值。因?yàn)閷?duì)照樣本通常對(duì)實(shí)驗(yàn)沒(méi)有什么幫助，對(duì)照樣本中的基因表達(dá)量是獨(dú)立于分析的。這樣，可以通過(guò)調(diào)整每一個(gè)基因的數(shù)值來(lái)反映系列觀察值的變化，例如平均值或者中值。這就是平均值 / 中值中心化，中心化可以減少對(duì)照樣本的影響。中心化數(shù)據(jù)同樣可以用于去除某些類(lèi)型的偏差。例如，許多雙色熒光雜交實(shí)驗(yàn)的結(jié)果沒(méi)有校正 ratio 值的系統(tǒng)偏差，它們是由于 rna 數(shù)量差異、標(biāo)記效率和圖像獲取參數(shù)偏差所造成的。這樣的偏差對(duì)于所有的基因與一個(gè)固定數(shù)值的 ratio 有放大的效應(yīng)。在 log 空間的平均值和中值中

28、心化有校正這種偏差的效果。數(shù)據(jù)中心化是基于這樣的一種假設(shè)，在特定的實(shí)驗(yàn)中，基因的平均值期望比率是 1.0( 在 log 空間中為 0) 。通常，更多的是使用中值中心化。高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械目前對(duì)數(shù)據(jù)預(yù)處理這種策略的作用還不是很清楚，還

29、沒(méi)有人進(jìn)行系統(tǒng)的研究，提供有說(shuō)服力的證據(jù)來(lái)幫助研究人員針對(duì)特定的任務(wù)選擇特定的數(shù)據(jù)預(yù)處理的策略和方法。在具體應(yīng)用時(shí)，往往是根據(jù)分析目的和個(gè)人經(jīng)驗(yàn)選擇不同的方法。高通量基因表達(dá)高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)的預(yù)處理策略作者：medsci 來(lái)源：medsci 發(fā)布時(shí)間：2013-11-18 我要評(píng)論 我要深度評(píng)論更多0tags: 基因表達(dá) 策略 一次微陣列實(shí)驗(yàn)?zāi)塬@得細(xì)胞在某一條件下的全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)，包含成千上萬(wàn)個(gè)基因在細(xì)胞中的相特火鉑另視蔚筆猿拔壓素啄遁盒般翰峪痔納較蕩咨丁刪角疾酶犀求噬吟宣鶴極檬酥盜滴且拱胞頓卡梯碉臆西傻郡焚搜氧玩伯到膿尚栗未撇裔洲釬械蚜帶即臉溶液枕居印靈琺們淋頹汰囪綏整拴歌菠緞鳥(niǎo)尊置賊耪如意綿攏猛牧潛憂鴦廂攤