比較詳表pacbiovsillumina

1、測(cè)序原理文庫(kù)構(gòu)建基本流程文庫(kù)類(lèi)型是否需要PCR建庫(kù)數(shù)量片段化方式測(cè)序過(guò)程測(cè)序原理測(cè)序過(guò)程的連續(xù)性是否有反應(yīng)空間獨(dú)立性是否單分子檢測(cè)數(shù)據(jù)質(zhì)量讀長(zhǎng)一致序列準(zhǔn)確性是否可以同一個(gè)read內(nèi)進(jìn)行mappingUniformity是否能同時(shí)檢測(cè)表觀遺傳信息#ContigsContig N50項(xiàng)目時(shí)間以菠菜為例結(jié)構(gòu)變異（SV）檢測(cè)轉(zhuǎn)錄本測(cè)序16S rDNA分型HLA分析應(yīng)用實(shí)例基因組拼接微生物植物UC Davis聯(lián)合多家知名種業(yè)公司開(kāi)展的菠菜（基因組大小約1Gb）全基因組de novo測(cè)序伯克利大學(xué)、圣路易斯丹佛斯植物研究中心等對(duì)二倍體抗旱草（Oropetium thomaeum，GenomeSize為25

2、0Mb）進(jìn)行全基因組denovo測(cè)序動(dòng)物及寄生蟲(chóng)類(lèi)美國(guó)冷泉港實(shí)驗(yàn)室對(duì)扁形蟲(chóng)進(jìn)行全基因組de novo測(cè)序（極端難測(cè)的基因組）美國(guó)貝勒醫(yī)學(xué)院對(duì)綿羊（基因組大小2.8Gb）進(jìn)行全基因組de novo測(cè)序人人基因組(基因組大小約3.2Gb)先后用不同的平臺(tái)被測(cè)過(guò)很多次，僅以各自最好的測(cè)序表現(xiàn)比較應(yīng)用實(shí)例基因組變異分析病毒與抗體類(lèi)藥物藥效相關(guān)的埃博拉病毒基因組SNP haplotype確定人全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異數(shù)據(jù)質(zhì)量細(xì)菌結(jié)核分枝桿菌測(cè)序，尋找耐藥突變植物柳枝稷中心粒區(qū)域測(cè)序應(yīng)用實(shí)例轉(zhuǎn)錄組測(cè)序人（全轉(zhuǎn)錄組）人胚胎干細(xì)胞（ESC）細(xì)胞系全轉(zhuǎn)錄組分析人（靶向）小鼠大腦neurexin基因家族可變剪切

3、分析植物馬普研究所對(duì)甜菜進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及注釋?xiě)?yīng)用實(shí)例表觀遺傳學(xué)細(xì)菌甲基化組多雷桿菌中甲基化組分析6mA哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院、波士頓兒童醫(yī)院首次發(fā)現(xiàn)線蟲(chóng)基因組中存在6mA修飾應(yīng)用實(shí)例宏基因組16S rDNA分型腸道微生物群落分析全基因組宏基因組分析沼氣池微生物群落組成總總結(jié)結(jié)：PacBioPacBio三三代代測(cè)測(cè)序序特特點(diǎn)點(diǎn)和和優(yōu)優(yōu)勢(shì)勢(shì)1、超長(zhǎng)讀長(zhǎng)，是二代測(cè)序讀長(zhǎng)的幾十倍甚至近百倍，相比二代測(cè)序技術(shù)更容易拼接，簡(jiǎn)化了生物信息學(xué)分析，在基因組de novo測(cè)序和結(jié)構(gòu)變異（如融合基因組檢測(cè)、倒位、易位、單型體、重復(fù)和缺失等）分析方面優(yōu)勢(shì)極其顯著2、單分子測(cè)序，檢測(cè)稀有變異（比如稀有突變、病毒的稀有變異體

4、）更可信，極大改善二代測(cè)序在稀有突變檢測(cè)方面的假陽(yáng)性問(wèn)題應(yīng)用實(shí)例基因組變異分析3、無(wú)需PCR擴(kuò)增，測(cè)序結(jié)果不受高GC，高AT和回文序列的影響，測(cè)序均一性好，而二代測(cè)序依賴PCR，針對(duì)基因組中的這些特征序列測(cè)序覆蓋度低或者根本無(wú)法檢測(cè)，遺漏很多重要信息4、相比二代測(cè)序，三代測(cè)序技術(shù)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中無(wú)需片段化過(guò)程，直接檢測(cè)全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，無(wú)需復(fù)雜的拼接和組裝等復(fù)雜的生物信息學(xué)處理，真實(shí)可靠地分析基因的轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體組成和可變剪切形式5、直接對(duì)原始DNA測(cè)序，保留了堿基修飾信息，獲得序列的同時(shí)可以得到堿基修飾信息，是目前唯一一款可以將基因組學(xué)和表觀遺傳學(xué)合二為一的測(cè)序儀6、在做微生物群落分析或者病毒準(zhǔn)種分型時(shí)

5、，三代測(cè)序具有更高的分型分辨率7、 簡(jiǎn)便快捷的實(shí)驗(yàn)流程和數(shù)據(jù)分析，可以快速及時(shí)完成相關(guān)項(xiàng)目。IlluminaIllumina邊合成邊測(cè)序技術(shù)(SBS, Sequecing by Synthesis)將DNA打碎成數(shù)百bp片段，連接接頭后，每個(gè)DNA片段通過(guò)橋式PCR擴(kuò)增成簇。線狀是。PCR擴(kuò)增導(dǎo)致丟失了表觀修飾信息，（如果要檢測(cè)修飾信息，必須增加重亞硫酸鹽處理轉(zhuǎn)化堿基過(guò)程或與染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）實(shí)驗(yàn)相結(jié)合，操作極其復(fù)雜，影響因素多）。對(duì)于高GC，高AT或發(fā)卡結(jié)構(gòu)區(qū)域，同聚物序列，因?yàn)閿U(kuò)增效率低或無(wú)法擴(kuò)增，導(dǎo)致相應(yīng)區(qū)域覆蓋度低或完全無(wú)法覆蓋。（存在稀有突變檢測(cè)假陽(yáng)性率高、病毒準(zhǔn)種分型、1

6、6S rDNA分型方面分辨率低，相似物種分型困難等問(wèn)題）基因組組裝往往需要建立多個(gè)文庫(kù)，以基因組最小的微生物來(lái)說(shuō)，需要建23個(gè)不同大小的文庫(kù)，大基因組如動(dòng)植物基因組測(cè)序組裝，需要建立6個(gè)不同大小的文庫(kù)標(biāo)準(zhǔn)流程推薦基于AFA技術(shù)的超聲打斷，片段長(zhǎng)度為幾百bp，需要配套covaris儀器可逆終止子方法對(duì)數(shù)百萬(wàn)個(gè)片段進(jìn)行測(cè)序，在單個(gè)堿基摻入增長(zhǎng)的DNA鏈時(shí)檢測(cè)它們。每次檢測(cè)一個(gè)堿基。非連續(xù)，可逆終止反應(yīng)，需要在每個(gè)堿基添加后停止合成否。Flow Cell否，成簇信號(hào)檢測(cè)，文庫(kù)經(jīng)加工處理（PCR）后的放大信號(hào)采集雙端測(cè)序最長(zhǎng)2300 bp2150 bp，75%的堿基高于Q30。隨著depth提高，準(zhǔn)確

7、性提升不明顯，上限接近Q40否，必須是read之間mapping，豐度低的序列檢測(cè)假陽(yáng)性率高，分型分辨率低測(cè)序結(jié)果受高GC、高AT、回文序列和同聚物等影響，導(dǎo)致測(cè)序覆蓋度不均一，存在大量無(wú)法測(cè)序的區(qū)域，留下gap，導(dǎo)致基因組拼接不完整，De novo測(cè)序通常只能解析85%的基因組信息。否。如果要檢測(cè)甲基化信息，必須增加堿基轉(zhuǎn)化流程，過(guò)程復(fù)雜且損失大量真實(shí)信息。整個(gè)基因組數(shù)以千計(jì)平均僅為50Kb基因組數(shù)據(jù)拼接花了1年時(shí)間。受讀長(zhǎng)限制，僅能檢測(cè)極少數(shù)結(jié)構(gòu)變異無(wú)法直接檢測(cè)全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，需要片段化、測(cè)序、組裝等步驟，拼接工作量大，且無(wú)法避免拼接錯(cuò)誤，尤其針對(duì)可變剪切很頻繁的基因檢測(cè)部分可變區(qū)，無(wú)法檢測(cè)全

8、長(zhǎng)，分型分辨率低，非單分子測(cè)序，分型準(zhǔn)確性低讀長(zhǎng)短，后續(xù)拼接困難，易出現(xiàn)錯(cuò)誤分型據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道，由于讀長(zhǎng)短，測(cè)序受堿基組成影響等因素，20072011年間，采用二代測(cè)序技術(shù)完成的大部分微生物基因組為草圖而非完整的精細(xì)圖，在數(shù)據(jù)庫(kù)中拼接完整的，準(zhǔn)確度在99.99%以上的基因組低于35%，且大量結(jié)構(gòu)變異未被挖掘。即使為10Mb以為的細(xì)菌基因組，測(cè)序組裝后往往存在幾十個(gè)甚至幾百個(gè)gap建庫(kù)數(shù)量：8個(gè)文庫(kù)；耗時(shí)：1年;組裝效果：被測(cè)通的基因組大小為817Mb,丟失了1617%基因組信息，Contig N50僅為21Kb，Contig數(shù)量為1128199個(gè)建庫(kù)數(shù)量：10個(gè)文庫(kù)；組裝效果：被測(cè)通的基因組大小為

9、158Mb,僅占總基因組的63%，組裝獲得的Scaffold(還不是contig)僅僅為11Kb,scaffolds數(shù)量為14216個(gè)測(cè)序深度：170；組裝效果：222bp，作者點(diǎn)評(píng)：測(cè)序失敗contig N50:42kb；組裝后殘留gap數(shù)：117293HiSeq結(jié)合BAC文庫(kù)，組裝后contig N50約140kb，組裝獲得基因組大小為2.83Gb讀長(zhǎng)短，無(wú)法確定讀長(zhǎng)短，多用來(lái)檢測(cè)點(diǎn)突變、SNP、小的indel，無(wú)法準(zhǔn)確檢測(cè)重復(fù)、缺失、易位、倒位等大片段結(jié)構(gòu)變異該菌GC含量高，依賴PCR的測(cè)序技術(shù)無(wú)法發(fā)現(xiàn)臨床上所有與異煙肼耐藥的突變位點(diǎn)，可以解釋89%臨床上耐藥現(xiàn)象中心粒是串聯(lián)重復(fù)的高發(fā)區(qū)

10、，而該區(qū)域在生物學(xué)進(jìn)化中起著非常重要的作用，研究中心粒結(jié)構(gòu)組成非常關(guān)鍵，二代測(cè)序讀長(zhǎng)短，無(wú)法解析復(fù)雜的串聯(lián)重復(fù)用二代測(cè)序技術(shù)分析多次，曾經(jīng)認(rèn)為對(duì)ESC轉(zhuǎn)錄組研究已經(jīng)非常清楚了科學(xué)家用二代測(cè)序、qPCR等技術(shù)研究neurexin的可變剪切，發(fā)現(xiàn)了一部分轉(zhuǎn)錄本，已經(jīng)能夠預(yù)測(cè)該基因家族可變剪切非常頻繁，認(rèn)為基于拼接的短讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)無(wú)法解析該基因家族的可變剪切之前用短讀長(zhǎng)測(cè)序完成了基因組測(cè)序，完成了基因預(yù)測(cè)和注釋無(wú)法一次性獲得全基因組甲基化組信息實(shí)驗(yàn)操作非常復(fù)雜：利用6mA抗體進(jìn)行ChIP實(shí)驗(yàn)測(cè)序發(fā)現(xiàn)甲基化motif質(zhì)譜分析確定發(fā)生甲基化的堿基。數(shù)據(jù)質(zhì)量：抗體的純度和特異性都會(huì)影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果，其它人工涉

11、及的實(shí)驗(yàn)步驟也更容易引入誤差受讀長(zhǎng)所限，僅分析16S rDNA部分可變區(qū)，分型分辨率有限，最多達(dá)屬水平HiSeq2000平臺(tái)，測(cè)序18.5Gb，有兩個(gè)主要的系統(tǒng)發(fā)育類(lèi)型無(wú)法區(qū)分1、超長(zhǎng)讀長(zhǎng)，是二代測(cè)序讀長(zhǎng)的幾十倍甚至近百倍，相比二代測(cè)序技術(shù)更容易拼接，簡(jiǎn)化了生物信息學(xué)分析，在基因組de novo測(cè)序和結(jié)構(gòu)變異（如融合基因組檢測(cè)、倒位、易位、單型體、重復(fù)和缺失等）分析方面優(yōu)勢(shì)極其顯著2、單分子測(cè)序，檢測(cè)稀有變異（比如稀有突變、病毒的稀有變異體）更可信，極大改善二代測(cè)序在稀有突變檢測(cè)方面的假陽(yáng)性問(wèn)題3、無(wú)需PCR擴(kuò)增，測(cè)序結(jié)果不受高GC，高AT和回文序列的影響，測(cè)序均一性好，而二代測(cè)序依賴PCR，

12、針對(duì)基因組中的這些特征序列測(cè)序覆蓋度低或者根本無(wú)法檢測(cè)，遺漏很多重要信息4、相比二代測(cè)序，三代測(cè)序技術(shù)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中無(wú)需片段化過(guò)程，直接檢測(cè)全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，無(wú)需復(fù)雜的拼接和組裝等復(fù)雜的生物信息學(xué)處理，真實(shí)可靠地分析基因的轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體組成和可變剪切形式5、直接對(duì)原始DNA測(cè)序，保留了堿基修飾信息，獲得序列的同時(shí)可以得到堿基修飾信息，是目前唯一一款可以將基因組學(xué)和表觀遺傳學(xué)合二為一的測(cè)序儀6、在做微生物群落分析或者病毒準(zhǔn)種分型時(shí)，三代測(cè)序具有更高的分型分辨率7、 簡(jiǎn)便快捷的實(shí)驗(yàn)流程和數(shù)據(jù)分析，可以快速及時(shí)完成相關(guān)項(xiàng)目。PacBioPacBio單分子實(shí)時(shí)測(cè)序技術(shù)(SMRT, Single Molecule

13、 Real-Time)，基于納米孔中的單個(gè)聚合酶和單條dsDNA鏈的反應(yīng)獲得堿基序列DNA片段化之后，選擇性回收20kb或30kb以上的大片段DNA，經(jīng)過(guò)末端補(bǔ)平，DNAdamage修復(fù)，加接頭，與聚合酶結(jié)合后，上機(jī)測(cè)序。環(huán)狀否。無(wú)需PCR（保留了模板原始的表觀修飾信息，測(cè)序的同時(shí)可以獲得堿基修飾信息，是目前唯一可以將表觀遺傳學(xué)和基因組學(xué)合二為一的測(cè)序技術(shù)）。DNA聚合酶對(duì)GC含量不敏感，并有鏈置換功能，可以輕松測(cè)通染色體中高GC，高AT及發(fā)卡結(jié)構(gòu)等特殊區(qū)域。檢測(cè)原始DNA,結(jié)果更真實(shí)可靠?；蚪M組裝一般就建一個(gè)長(zhǎng) 片段文庫(kù)，比如20kb文庫(kù)僅需g-tube(一種耗材)配合常規(guī)離心機(jī)采用離心方

14、式，打斷成長(zhǎng)片段只需建一個(gè)文庫(kù)即可用于多個(gè)SMRT Cell。單分子實(shí)時(shí)測(cè)序，連續(xù)捕獲熒光信號(hào)，不打斷聚合酶的合成過(guò)程，除了可以獲得堿基序列，還能獲得動(dòng)態(tài)信息，得到甲基化修飾等表觀遺傳信息。堿基合成過(guò)程具有連續(xù)性，由于構(gòu)建文庫(kù)為環(huán)狀DNA，文庫(kù)的測(cè)序過(guò)程同樣具有重復(fù)檢測(cè)的連續(xù)性。是。SMRT Cell的零模波導(dǎo)孔（ZMW， Zero Mode Waveguide）是，單個(gè)分子的點(diǎn)檢測(cè)，不經(jīng)過(guò)任何加工處理，保持最原始最真實(shí)的堿基序列信息P6C4平均讀長(zhǎng)1015kb，一半以上reads的讀長(zhǎng)14kb，5%的讀長(zhǎng)超過(guò)24kb，最長(zhǎng)可超過(guò)60kb，pacbio不斷優(yōu)化試劑，測(cè)序性能有很大提升空間一致性

15、準(zhǔn)確性在30depth條件下，可以實(shí)現(xiàn)Q50。隨著depth增加，準(zhǔn)確性還能提高。是（建立小片段插入文庫(kù)時(shí)，長(zhǎng)讀長(zhǎng)的特性可以對(duì)同一個(gè)分子達(dá)到足夠的測(cè)序深度，可以進(jìn)行單條read內(nèi)部進(jìn)行mapping，獲得consensussequence，這是三代測(cè)序獨(dú)有的mapping方式，對(duì)于檢測(cè)稀有突變、稀有轉(zhuǎn)錄本、16SrDNA分型、病毒準(zhǔn)種分型具有非常重要的價(jià)值，提高檢出率和分型分辨率，降低假陽(yáng)性）測(cè)序不受堿基組成及結(jié)構(gòu)影響，均一性好，基因組測(cè)序和拼接更完整。De novo測(cè)序可以解析高達(dá)99%的以上的基因組信息。是（單分子測(cè)序，無(wú)需PCR,保留DNA原始的甲基化修飾信息，且測(cè)序過(guò)程中記錄DNA聚合

16、酶動(dòng)力學(xué)特征，可以判斷堿基修飾信息，是目前唯一可以將基因組學(xué)和表觀遺傳學(xué)相結(jié)合的測(cè)序技術(shù)，同一次實(shí)驗(yàn)可以獲得兩套數(shù)據(jù)）僅為幾十至上百（以擬南芥為例，Contig數(shù)目三代比二代減少了120倍，以菠菜為例，Contig數(shù)目減少了223倍）平均在Mb級(jí)別。人類(lèi)基因組Contig N50目前已經(jīng)達(dá)到近27M?。ㄅc二代數(shù)據(jù)比較，擬南芥的Contig N50增加了93倍，菠菜的Congtig N50增加了43倍）僅3個(gè)月時(shí)間讀長(zhǎng)長(zhǎng)，在結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)方面很有優(yōu)勢(shì)讀長(zhǎng)長(zhǎng)，直接檢測(cè)全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，無(wú)需拼接，數(shù)據(jù)分析非常簡(jiǎn)單，結(jié)果更真實(shí)和全面，易于發(fā)現(xiàn)新基因、新可變剪切事件，融合基因檢測(cè)、基因注釋更準(zhǔn)確直接檢測(cè)全長(zhǎng)（約

17、1.5Kb），分型分辨率高，且是單分子測(cè)序，分型準(zhǔn)確率也更高讀長(zhǎng)長(zhǎng)，可直接測(cè)通HLA基因全長(zhǎng)，分辨率高，分型準(zhǔn)確微生物基因組測(cè)序的金標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)，可以拼接成完整的基因組，優(yōu)質(zhì)的參考基因組序列有助于后續(xù)功能基因組分析、結(jié)構(gòu)變異分析。除了染色體基因組拼接外，還能準(zhǔn)確判斷在細(xì)菌中普遍存在的外源基因整合、可完成質(zhì)粒基因組拼接等，在醫(yī)藥微生物、工業(yè)微生物領(lǐng)域有著廣泛的應(yīng)用建庫(kù)數(shù)量：1個(gè)；耗時(shí)：3個(gè)月，組裝效果：被測(cè)通的基因組大小為952Mb，丟失僅為12的基因組信息，較二代提升了14%，ContigN50為920Kb，提升43倍，Contig數(shù)量為5059，提升223倍。整個(gè)測(cè)序項(xiàng)目所話經(jīng)費(fèi)二代、三代相當(dāng)。

18、建庫(kù)數(shù)量：1個(gè)20Kb大小的文庫(kù)；組裝效果：被測(cè)通的基因組大小為244.46Mb,占總基因組大小的98.3，Contig N50為2.38Mb,contig數(shù)量為625個(gè)，基因組測(cè)序到完成組裝僅耗時(shí)1個(gè)月，效率非常高(P6C4最新測(cè)序試劑，測(cè)序深度72)測(cè)序深度：130，組裝效果：64Kb，提升64Kb，發(fā)現(xiàn)基因組中75%都是為簡(jiǎn)單重復(fù)序列和轉(zhuǎn)座子序列，都是二代測(cè)序的盲區(qū)和挑戰(zhàn)區(qū)；作者點(diǎn)評(píng)：?jiǎn)畏肿?，長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)的表現(xiàn)讓人非常驚訝在二代基礎(chǔ)上添加了19PacBio數(shù)據(jù)，組裝后contig N50為500kb，提升12倍，殘留gap數(shù)為12766，關(guān)閉了89%的gap。貝勒醫(yī)學(xué)院采用三代測(cè)序提升

19、二代測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量的策略，也應(yīng)用于靈長(zhǎng)類(lèi)動(dòng)物、大鼠、其它哺乳動(dòng)物的全基因組測(cè)序。華盛頓基因組研究中心：2014年采用PacBio測(cè)序后，contigN50為7.7Mb,組裝大小3.1Gb，補(bǔ)充了原先人類(lèi)參考基因組中的55%gap區(qū)域；2015年再次公布PacBio測(cè)序結(jié)果：最新測(cè)序試劑P6C4，測(cè)序深度61，contig N50為26.9Mb,組裝大小約3.0Gb長(zhǎng)讀長(zhǎng)，確立了與藥物藥效相關(guān)的SNP haplotype network，解釋了出現(xiàn)埃博拉病毒逃逸現(xiàn)象。（采用P4C2舊版試劑，每個(gè)樣品2個(gè)SMRT Cell）華盛頓基因組中心，采用PacBio對(duì)葡萄胎單倍體細(xì)胞系（CHM1）進(jìn)行全基因

20、組測(cè)序，發(fā)現(xiàn)26079個(gè)結(jié)構(gòu)變異，其中85%都是原先未發(fā)現(xiàn)的新的結(jié)構(gòu)變異，可驗(yàn)證率高達(dá)97%，這體現(xiàn)了長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)在結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)的優(yōu)越表現(xiàn)，也凸顯了以往的短讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)的不足。（采用P5C3舊版試劑，測(cè)序深度41）無(wú)需PCR,不受GC含量影響，能夠檢測(cè)到以往發(fā)現(xiàn)的所有耐藥突變，還能發(fā)現(xiàn)新的耐藥位點(diǎn)，可解釋98%臨床耐藥現(xiàn)象采用 PacBio測(cè)序技術(shù)，完成了柳枝稷中心粒區(qū)域的解析，發(fā)現(xiàn)含有幾個(gè)kb的串聯(lián)重復(fù)，而且每個(gè)大的重復(fù)單元里包含了若干個(gè)小的串聯(lián)重復(fù)，結(jié)果非常復(fù)雜（采用P4C2舊版試劑）用三代測(cè)序技術(shù)重新進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，檢測(cè)到13000多個(gè)全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，其中超過(guò)三分之一都是新的，同時(shí)發(fā)現(xiàn)了2

21、73個(gè)新基因，這些新的基因或轉(zhuǎn)錄本表達(dá)具有組織特異性且與干細(xì)胞多能性有關(guān).(采用P4C2舊版試劑，建三個(gè)文庫(kù)：1 2 kb, 23 kb, 310kb，共7,816,704 raw reads)作者認(rèn)為，無(wú)需組裝，直接檢測(cè)全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本的三代測(cè)序可以解決這個(gè)問(wèn)題，利用PacBio測(cè)序技術(shù)繪制了neurexin基因的可變剪切圖譜，結(jié)果證實(shí)了科學(xué)家關(guān)于neurexin基因可變剪切極其頻繁的預(yù)測(cè)。(采用P4C2舊版試劑，neurexin 1，3基因各6個(gè)SMRT Cell,neurexin 基因2個(gè)或3個(gè)SMRT Cell)驗(yàn)證了之前預(yù)測(cè)的2267個(gè)基因，同時(shí)發(fā)現(xiàn)了665個(gè)新基因，注釋完整性有了17%的

22、改善（采用P4C2舊版試劑，建三個(gè)文庫(kù)：12kb，23kb，3kb，每個(gè)文庫(kù)各測(cè)2個(gè)SMRT Cell,二代數(shù)據(jù)21million reads進(jìn)行error correction）采用P4C2舊版試劑,通過(guò)三代測(cè)序完成了多雷桿菌全基因組測(cè)序(兩株菌，基因組大小分別為5.7Mb和5.2Mb，測(cè)序深度分別為306和250)，測(cè)序獲得完整的基因組，并獲得了全基因組甲基化組信息，找到了與I型糖尿癥相關(guān)的甲基化motif和甲基轉(zhuǎn)移酶無(wú)需繁瑣ChIP實(shí)驗(yàn)，無(wú)需質(zhì)譜分析，僅需要普通的測(cè)序即可獲得單堿基分辨率的甲基化修飾，作者采用三代測(cè)序（深度50）對(duì)二代結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證讀長(zhǎng)優(yōu)勢(shì)，直接分析16S rDNA全長(zhǎng)，分

23、型分辨率高，可達(dá)種水平，且分型變異系數(shù)更低采用P4C2舊版本試劑，添加了3Gb PacBio環(huán)形一致序列，將兩個(gè)無(wú)法區(qū)分的系統(tǒng)發(fā)育類(lèi)型很好地區(qū)分開(kāi)了數(shù)數(shù)據(jù)據(jù)來(lái)來(lái)源源Adam MP,Sergey Koren. One chromosome, one contig:complete microbial genomes from long-readsequencing and assembly. Microbiology,2014PAG 2014 PacBio Workshop presentationRobert VR, Doug B, Patrick PE,et al.Single-molecu

24、lesequencing of the desiccation-tolerant grass Oropetiumthomaeum. Nature,2015Michael S, Kaja W, James G, et al. Genome andtranscriptome of the regeneration-competent flatworm,Macrostomum lignano. PNAS,2015PAG 2014 PresentationSlides available Evan EE,Mark JP, John H, et al.Resol

25、ving the complexityof the human genome using single-moleculesequencing. Nature,2014/assembly/GCA_001297185.1/Jeffrey RK, Johanny KT, Jason TL, et al. Emergence ofEbola Virus Escape Variants in Infected NonhumanPrimates Treated with the MB-003 Antibody Cocktail.Cell, 2015Eva

26、n EE,Mark JP, John H, et al.Resolving the complexityof the human genome using single-moleculesequencing. Nature,2014Jessica NT, Lynthia VP, Timothy CR, et al.Novel katGmutations causing isoniazid resistance in clinical M.tuberculosis isolates. Emerging Microbes andInfections,2015Simon WC, Keith RB, Hugh AY, et al.Comparativeanalysis of tandem repeats from hundreds of speciesreveals unique insights into centromereevolution.Genome Biology,2013Kin FA, Vittorio S, Pegah TA, et al. Characterization ofthe hu