河豚魚(yú)基因組序列片段和多藥耐藥基因序列分析

1、姓名河豚魚(yú)基因組序列片段和多藥耐藥基因序列分析學(xué)號(hào)組號(hào)日期年月日1. 研究背景和文獻(xiàn)閱讀1) 閱讀劉勇博士論文，簡(jiǎn)述該論文的研究目的、研究方法和主要研究結(jié)果。2) 閱讀河豚魚(yú)基因組測(cè)序計(jì)劃相關(guān)論文，說(shuō)明河豚魚(yú)基因組特點(diǎn)。3) 閱讀 NCBI 免費(fèi)書(shū)架提供的 ABC 轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白超家族（ The Human ATP-Binding Cassette(ABC) Transporter Superfamily）網(wǎng)絡(luò)書(shū)籍及其它相關(guān)論文，簡(jiǎn)述ABC 轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白超家族分類(lèi)和功能， 說(shuō)明人 ABCB1家族（即多藥耐藥基因家，Mutidrug Resistance ）的基因結(jié)構(gòu)、染色體定位、序列特征和主要功能。4)

2、閱讀 Molecule of the Month 有關(guān)多藥耐藥蛋白的文章，說(shuō)明哺乳動(dòng)物和細(xì)菌多藥耐藥蛋白的異同。2.數(shù)據(jù)庫(kù)檢索和序列分析1) 檢索 UniProtKB 序列數(shù)據(jù)庫(kù)中 ABCB1 基因家族，列表說(shuō)明已經(jīng)過(guò)人工審閱的序列條目；對(duì)上述序列進(jìn)行多序列比對(duì)，說(shuō)明比對(duì)結(jié)果。2)瀏覽人多藥耐藥基因蛋白質(zhì)注釋信息、文獻(xiàn)報(bào)道和數(shù)據(jù)庫(kù)交叉鏈接，說(shuō)明其功能、 亞細(xì)胞定位、組織特異性、互作蛋白、結(jié)構(gòu)域特征、剪接變體、序列特征、基因結(jié)構(gòu)、基因組定位、表達(dá)特異性等。3) 檢索核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)中人 ABCB1 基因的 mRNA 序列，提取其編碼區(qū)核苷酸序列，并將其翻譯成蛋白質(zhì)序列。3. 河豚魚(yú)柯氏質(zhì)?；蚪M序

3、列片段分析1) 提取 GenBank 中劉勇等提交的柯氏質(zhì)粒河豚魚(yú)基因序列片段全長(zhǎng)序列，用點(diǎn)陣圖方法確定其中是否包含重復(fù)片段。2)用多種方法預(yù)測(cè)上述河豚魚(yú)基因組重復(fù)片段基因結(jié)構(gòu)，比較它與人ABCB1 基因結(jié)構(gòu)的異同。3) 分析上述重復(fù)序列的全長(zhǎng)基因 DNA 序列、編碼區(qū)序列及其翻譯得到的氨基酸序列的相似性，說(shuō)明分析結(jié)果。4) 用 WebLab 中 coderet 程序提取上述柯氏質(zhì)粒河豚魚(yú)基因組序列條目中所有基因的編碼區(qū)序列和所編碼的氨基酸序列。5)用點(diǎn)陣圖方法分析上述提取的序列中第一個(gè)基因（即多藥耐藥基因MDR2 ）所編碼的氨基酸序列，說(shuō)明是否有重復(fù)結(jié)構(gòu)域。6) 用多種跨膜螺旋預(yù)測(cè)程序預(yù)測(cè)上

4、述MDR2 蛋白質(zhì)序列中可能的跨膜螺旋。4. 數(shù)據(jù)庫(kù)搜索1)以上述河豚魚(yú)基因組多藥耐藥基因全長(zhǎng)序列，用BlastN 搜索人基因組核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)，調(diào)節(jié)不同參數(shù)，比較搜索結(jié)果。2)以上述河豚魚(yú)基因組多藥耐藥基因編碼區(qū)序列，用 BlastX 搜索人基因組蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，調(diào)節(jié)不同參數(shù)，比較搜索結(jié)果。3)以上述河豚魚(yú)基因組多藥耐藥基因氨基酸序列，用 BlastP 搜索人基因組蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，調(diào)節(jié)不同參數(shù)，比較搜索結(jié)果。4) 分析上述搜索策略，說(shuō)明 Blast 數(shù)據(jù)庫(kù)搜索工具的正確使用方法，舉例說(shuō)明不同參數(shù)對(duì)結(jié)果的影響。5. 歸納總結(jié)1)通過(guò)以上河豚魚(yú)柯氏質(zhì)粒基因組序列片段分析過(guò)程，說(shuō)明基因組序列分析的一般方法，所用軟件種類(lèi)和基本