分子生物學(xué)合并完成

1、分子生物學(xué)復(fù)習(xí)題第三章1. 基因的三種主要功能是什么？?jī)?chǔ)存信息(轉(zhuǎn)錄，翻譯);復(fù)制;突變第四章1. cDNA、基因克隆與核酸內(nèi)切酶的概念（概念）（1） cDNA指與RNA鏈互補(bǔ)的單鏈DNA，以其RNA為模板，在適當(dāng)引物的存在下，由RNA與DNA進(jìn)行一定條件下合成的DNA。（2）基因克隆一般指將外源基因?qū)胨拗骷?xì)胞中，分離含有外源基因的單細(xì)胞，然后由一個(gè)單細(xì)胞生長(zhǎng)起來(lái)的都是含有外源基因的相同的細(xì)胞系。 （3）核酸內(nèi)切酶是在核酸水解酶中，水解DNA分子鏈內(nèi)部磷酸二酯鍵生成寡聚核苷酸的酶。2. 載體至少需要幾個(gè)篩選標(biāo)記各起什么作用？答：載體至少需要3個(gè)篩選標(biāo)記。作用分別為：1：指示自主復(fù)制的起點(diǎn)。2

2、：指示載體進(jìn)入宿主細(xì)胞。3：指示目的基因進(jìn)入宿主細(xì)胞。3. cosmid、質(zhì)粒與噬菌體載體的區(qū)別？Cosmid噬菌體質(zhì)粒宿主Bacteria大腸桿菌BacteriaBacteria插入片段的大小Up to 50kb 12-20 kb 1-8 kb進(jìn)入細(xì)胞的方式Transfection轉(zhuǎn)染Infection感染Transformation轉(zhuǎn)化轉(zhuǎn)入效率高效高效一般第五章1. 雜交的概念，Northern blot與Southern blot 的異同點(diǎn)（簡(jiǎn)答）答：一條核酸單鏈在適宜條件下與另一條與之互補(bǔ)的核酸單鏈在適宜的條件下形成雙鏈螺旋的現(xiàn)象叫做雜交。異同點(diǎn)：Southern blot 是分析DN

3、A的雜交技術(shù)，Northern blot是分析RNA的 Southern 和Northern原理基本相同，都是利用DNA或RNA的復(fù)性過(guò)程，但過(guò)程上也有區(qū)別，主要是： Southern是先電泳后變性，而Northern是先變性后電泳； Southern是堿變性，而Northern采用甲醛、乙二醛、二甲基亞砜等變性，因?yàn)椴捎脡A變性會(huì)導(dǎo)致RNA水解。第六章1. 轉(zhuǎn)錄、啟動(dòng)子、下降突變、上升突變？(概念 選擇)答：（1）轉(zhuǎn)錄是指拷貝出一條與DNA鏈序列完全相同（除了TU之外）的RNA單鏈的過(guò)程，是基因表達(dá)的核心步驟。（2）啟動(dòng)子（promoter）：一段RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄起始時(shí)結(jié)合的DNA序列。（3）

4、下降突變：破壞與保守序列的匹配率，使啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄活性減弱的突變。（4）上升突變：使啟動(dòng)子的序列更接近保守序列而使啟動(dòng)子功能增強(qiáng)的突變。2. 原核生物啟動(dòng)子的基本結(jié)構(gòu)？鄭煒鵬答：原核生物啟動(dòng)子在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游存在-10和-35兩個(gè)區(qū)域中心。大寫字母僅指在給定的位置該堿基的出現(xiàn)有較高的概率。小寫字母相應(yīng)的堿基在所給定的位置出現(xiàn)的頻率較大寫字母在其位置上的概率要低。3. E.coli RNA聚合酶核心酶與全酶的區(qū)別？鄭煒鵬答：大腸桿菌的RNA聚合酶全酶由5個(gè)亞基組成（2，），沒(méi)有基的酶叫核心酶。核心酶只能使已開(kāi)始合成的RNA鏈延長(zhǎng)，但不具有起始合成RNA的能力，必須加入基才表現(xiàn)出全部聚合酶的活性。

5、4. E.coli終止子的類型、結(jié)構(gòu)特點(diǎn)與作用機(jī)制。鄭煒鵬答：大腸桿菌細(xì)胞內(nèi)含有兩種終止子。一種是沒(méi)有其它蛋白幫助下的內(nèi)在終止子。第二種是依賴輔助因子的終止子，叫做依賴型終止子。 <1>內(nèi)在的終止子結(jié)構(gòu) ： 大腸桿菌色氨酸（trp）操縱子含有一個(gè)導(dǎo)致提前轉(zhuǎn)錄終止的衰減序列。trp 衰減子具有兩個(gè)元件（1）反向重復(fù)序列（2）非模板鏈富含一連串T的序列 <2> 因子非依賴型終止子：因子非依賴型或內(nèi)在的終止依賴于終止子的兩個(gè)元件：（1）富含GC的反向重復(fù)序列（2）基因非模板鏈緊隨的富含T的序列。因子非依賴型終止子允許在轉(zhuǎn)錄末端形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)的反向重復(fù)序列；非模板鏈一連串的T使得

6、rU-dA堿基對(duì)作用很弱。第七章1. 操縱元、結(jié)構(gòu)基因、操縱子、調(diào)控基因、終止子、效應(yīng)物 正/負(fù)調(diào)控、弱化子（衰減子）鄭煒鵬答：操縱元：結(jié)構(gòu)基因：負(fù)責(zé)編碼細(xì)胞代謝途徑中組成型蛋白質(zhì)的基因。其所編碼的蛋白質(zhì)一般不作為調(diào)節(jié)因子。操縱子：操縱子是指能被調(diào)控蛋白特異性結(jié)合的一段DNA序列，常與啟動(dòng)子鄰近或與啟動(dòng)子序列重疊，當(dāng)調(diào)控蛋白結(jié)合在操縱子序列上，會(huì)影響其下游基因轉(zhuǎn)錄的強(qiáng)弱。調(diào)控基因：調(diào)控基因是編碼能與操縱序列結(jié)合的調(diào)控蛋白的基因。終止子：終止子是給予RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)的DNA序列。效應(yīng)物：所謂效應(yīng)物是指直接產(chǎn)生效應(yīng)的物質(zhì),通常是酶,如腺苷酸環(huán)化酶、磷酸脂酶等,它們是信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑中的催化單位

7、。效應(yīng)物通常也是跨膜糖蛋白。正/負(fù)調(diào)控：負(fù)調(diào)控保證了乳糖操縱子在乳糖不存在時(shí)，處于關(guān)閉狀態(tài)，而正調(diào)控保證了乳糖操縱子在葡萄糖存在時(shí)處于關(guān)閉狀態(tài)，甚至在乳糖和葡萄糖一起存在時(shí)也處于關(guān)閉狀態(tài)。 弱化子（衰減子）：RNA合成終止時(shí)，起終止轉(zhuǎn)錄信號(hào)作用的那段DNA序列。2. （1）根據(jù)圖示請(qǐng)寫出乳糖操縱子各部分的名稱和功能。并簡(jiǎn)述乳糖操縱子的正、負(fù)調(diào)節(jié)機(jī)制。（論述題，詳細(xì)過(guò)程）許玉慶、丁俊祥1、結(jié)構(gòu)圖：I：阻遏蛋白基因序列。C:CAP binding site 代謝激活蛋白結(jié)合位點(diǎn)。P:啟動(dòng)子。O：操縱子。結(jié)構(gòu)基因包括：Z. Y A 經(jīng)過(guò)翻譯以后分別是-半乳糖苷酶，半乳糖苷透過(guò)酶，b-半乳糖苷乙酰轉(zhuǎn)移

8、酶。2、負(fù)調(diào)控機(jī)制：由于阻遏蛋白阻止RNA聚合酶對(duì)3個(gè)lac基因的轉(zhuǎn)錄，所以當(dāng)阻遏蛋白結(jié)合到操縱子上時(shí)。操縱子即被關(guān)閉。當(dāng)供應(yīng)的葡萄糖被消耗殆盡且有乳糖可被利用時(shí)，少數(shù)的酶分子將乳糖轉(zhuǎn)化為異乳糖，異乳糖作為誘導(dǎo)劑與阻遏蛋白結(jié)合，引起阻遏蛋白變構(gòu)，從操縱子上脫落下來(lái)，RNA聚合酶與啟動(dòng)子結(jié)合而起始3個(gè)lac基因的轉(zhuǎn)錄，形成相應(yīng)的酶分解利用乳糖。正調(diào)控機(jī)制：由代謝激活蛋白介導(dǎo)，CAP 與cAMP協(xié)同促進(jìn)操縱子的轉(zhuǎn)錄。由于葡萄糖的存在會(huì)引起cAMP濃度的降低，所以葡萄糖存在可以阻止操縱子的正調(diào)控。只有當(dāng)葡萄糖濃度較低且需要消耗另一種糖原時(shí)，lac操縱子被激活，CAP、cAMP通過(guò)結(jié)合在鄰近啟動(dòng)子的激

9、活位點(diǎn)而促進(jìn)lac操縱子的轉(zhuǎn)錄。第十章1（2）真核生物RNA聚合酶的種類、功能及定位。（詳細(xì)敘述）RNA聚合酶種類定位功能核仁合成大的rRNA前體核質(zhì)催化合成mRNA前體hnRNA核質(zhì)催化合成5srRNA tRNA及其他小分子RNA和病毒RNA.2hnRNAs, snRNAs的定義、概念，它們?nèi)绾纹鹱饔?？鄭煒鵬答：hnRNAs：不均一核RNA ，真核生物mRNA的前體，為存在于真核生物細(xì)胞核中的不穩(wěn)定、大小不均的一組高分子RNA之總稱。占細(xì)胞全部RNA之百分之幾，在核內(nèi)主要存在于核仁的外側(cè)。snRNAs：核小RNA，真核生物細(xì)胞核中的小分子RNA，鏈長(zhǎng)為幾十到一百多核苷酸，它參與真核生物細(xì)胞核

10、中RNA的加工。作用：snRNAs和許多蛋白質(zhì)結(jié)合在一起成為小核核糖核蛋白參與信使RNA前體（hnRNAs）的剪接，使后者成為成熟mRNA。3（3）RNA聚合酶II 的亞基組成，最大亞基（CTD）的磷酸化有那些作用（11章promoter clearance from initiation to elongation;14章CTD stimulate splicing in vitro; 15章 binding of the CTD of Rpb1 to mRNA-processing proteins）？（論述）許玉慶、丁俊祥答：聚合酶II原先的12個(gè)亞基歸為三組：核心亞基，它們與細(xì)菌RNA

11、聚合酶核心亞基的結(jié)構(gòu)和功能相似；聚合酶II中的三種多肽，Rpb1,Rpb2和Rpb3對(duì)酶的活性是必需的。它們與大腸桿菌RNA聚合酶中的，及亞基同源。 通用亞基，至少在酵母中它們同時(shí)存在于三種聚合酶中；Rpb5,Rpb6,Rpb8,Rpb10,和Rpb12在酵母三種核聚合酶中都存在。它們?cè)谵D(zhuǎn)錄過(guò)程中起著最基本的作用。 非必須亞基，它們對(duì)酶的活性是可以被替換的。有兩個(gè)亞基Rpb4,Rpb9,在聚合酶活性中并非絕對(duì)需要。Rpb7和Rpb11不屬于以上三類中的任何一種。然而，它們是聚合酶活性所必需的，研究發(fā)現(xiàn)Rpb7和Rpb11的突變體沒(méi)有活性。 最大亞基（ CTD）的磷酸化有那些作用IIa亞基可以通

12、過(guò)CTD的磷酸化轉(zhuǎn)換成IIoCTD的磷酸化打破在啟動(dòng)子區(qū)聚合酶與TBP的結(jié)合，開(kāi)始進(jìn)入轉(zhuǎn)錄延伸。CTD呈現(xiàn)了協(xié)助招募剪接底物以激活剪接體的作用加帽、剪接和多聚腺苷酸化的酶都直接結(jié)合到CTD上，CTD為這三個(gè)加工事件提供了一個(gè)平臺(tái)。4Enhancer and Silencer 的概念，特點(diǎn)及作用。答：1、增強(qiáng)子：無(wú)方向和位置依賴的，能夠增強(qiáng)基因轉(zhuǎn)錄的DNA元件。沉默子：無(wú)方向和位置依賴的，能夠抑制相關(guān)基因轉(zhuǎn)錄的DNA元件。特點(diǎn)：它們?cè)诨蜣D(zhuǎn)錄過(guò)程中，對(duì)轉(zhuǎn)錄效率的影響無(wú)位置和方向依賴；增強(qiáng)子與沉默子具有組織特異性，其活性有賴于組織特異性DNA結(jié)合蛋白。第十一章1 （4）什么是TBP因子的多功能性？

13、答:分子生物學(xué)充滿了神奇 ，其中之一就是TATA結(jié)合蛋白（TBP）的多功能性。a) TBP不僅能夠與聚合酶II共同作用于含有TATA框的啟動(dòng)子，而且在不含TATA框的由聚合酶II識(shí)別的啟動(dòng)子上也起作用。b) 更神奇的是，它還對(duì)不含TATA框的聚合酶I和III識(shí)別的啟動(dòng)子起作用。TBP對(duì)所有聚合酶和啟動(dòng)子類型都起作用，它是一種通用真核轉(zhuǎn)錄因子。2 （5）什么是組裝因子？哪些因子含有TBP? 它們的功能？（詳細(xì)敘述）郭進(jìn)寶1）組裝因子：結(jié)合于轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的上游區(qū)，識(shí)別啟動(dòng)子內(nèi)特定的結(jié)合位點(diǎn)，組裝前起始復(fù)合物的因子。2）類因子，類因子，類因子均含有TBP。3） TBP不僅能夠與聚合酶II共同作用于含

14、有TATA框的啟動(dòng)子，而且在不含TATA框的由聚合酶II識(shí)別的啟動(dòng)子上也起作用，它還對(duì)不含TATA框的聚合酶I和III識(shí)別的啟動(dòng)子起作用。TBP對(duì)所有聚合酶和啟動(dòng)子類型都起作用，它是一種通用真核轉(zhuǎn)錄因子。 （1）TBP在I類轉(zhuǎn)錄中是必需的，除了酵母外，所有類核心結(jié)合因子都是TBP。聚合酶和聚合酶的轉(zhuǎn)錄依賴于TBP和幾種TAFs組成的轉(zhuǎn)錄因子 （2）TAFIIs的特別受關(guān)注的兩個(gè)功能是：助于TBP對(duì)帶有起始子和DPEs的啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄。TAFIIs還具有酶活性，并且TBP結(jié)合在TATA框上并把TFIIIB錨定在上游的結(jié)合位點(diǎn)。（3）TBP的突變不僅影響聚合酶II的轉(zhuǎn)錄，TBP也參與到I類和III類

15、基因的轉(zhuǎn)錄，并且分別與I類和III類起始前復(fù)合物中的不同TAFs（TAFIs和TAFIIIs）結(jié)合。 有TATA框的II類啟動(dòng)子（也可能是第三類），這個(gè)因子是TBP，但其它類型的啟動(dòng)子有它們自己的組裝因子。在特定的啟動(dòng)子中，即便TBP不是首先結(jié)合的組裝因子，但它在大多數(shù)已知的啟動(dòng)子中作為起始前復(fù)合物組裝的一部分并在組建復(fù)合體的過(guò)程中發(fā)揮其組織裝配的優(yōu)勢(shì)。第十二章1 轉(zhuǎn)錄激活子的結(jié)構(gòu)及相應(yīng)功能？翁駿超答：轉(zhuǎn)錄激活因子可以激活也可抑制RNA聚合酶II的轉(zhuǎn)錄過(guò)程。 它們至少都有兩個(gè)基本的功能域組成 ：1、DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域（DNA-binding domain）2、轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域（transcript

16、ion-activating domain功能：1、細(xì)胞中的轉(zhuǎn)錄激活因子通過(guò)所謂的召集作用來(lái)提高轉(zhuǎn)錄水平； 2、真核生物的轉(zhuǎn)錄激活因子也介導(dǎo)RNA聚合酶全酶與啟動(dòng)子結(jié)合，但不像原核生物轉(zhuǎn)錄激活因子那樣直接，真核轉(zhuǎn)錄激活因子通過(guò)刺激通用轉(zhuǎn)錄因子及RNA聚合酶全酶與啟動(dòng)子結(jié)合。2 DNA-binding Domain 有幾種類型？是什么？激活結(jié)構(gòu)域有幾種？翁駿超答：大多數(shù)DNA結(jié)合基序可歸為如下幾類：1.含鋅組件（Zinc-containing module） § 這類含鋅組件包括：Ø a. TFIIIA和Sp1兩種轉(zhuǎn)錄激活子中發(fā)現(xiàn)的鋅指結(jié)構(gòu)（Zinc fingers）。

17、16; b.糖皮質(zhì)激素受體和其他細(xì)胞核受體成員中發(fā)現(xiàn)的鋅組件。Ø c.酵母轉(zhuǎn)錄激活子GAL4和其家族成員中發(fā)現(xiàn)的包含兩個(gè)鋅分子和六個(gè)半胱氨酸的組件。2.同源域（Homeodomain, HD）。 § 螺旋-轉(zhuǎn)角-螺旋的DNA結(jié)合域在結(jié)構(gòu)和功能上類似。3.bZIP和bHLH基序。 § 亮氨酸拉鏈（leucine zipper）和螺旋-環(huán)-螺旋結(jié)構(gòu)（helix-loop-helix, HLH）二聚化域中的一個(gè)或兩個(gè)相連接。迄今為止，大多數(shù)的轉(zhuǎn)錄激活域可歸為如下三種類型：1 酸性域（acidic domain）。a) 酵母轉(zhuǎn)錄激活子GAL4是典型代表。它具有一個(gè)由49個(gè)

18、氨基酸組成的結(jié)構(gòu)域，其中11個(gè)氨基酸是酸性氨基酸。2 富含谷氨酰胺的結(jié)構(gòu)域。Sp1轉(zhuǎn)錄激活子有兩個(gè)這樣的結(jié)構(gòu)域，谷氨酰胺占該區(qū)氨基酸總數(shù) 的25%左右。其中的一個(gè)結(jié)構(gòu)域中，在143個(gè)氨基酸長(zhǎng)度的肽段中含有39個(gè)谷氨酰胺。此外，Sp1還有兩個(gè)轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域不能列入這三類的任何一種。3 富含脯氨酸的結(jié)構(gòu)如轉(zhuǎn)錄激活子CTF，在84個(gè)氨基酸組成的結(jié)構(gòu)域中19個(gè)氨基酸是脯氨酸。3 什么是multiple enhancers? 這對(duì)細(xì)胞的調(diào)控有什么意義？翁駿超答： 復(fù)合增強(qiáng)子：是指對(duì)基因進(jìn)行調(diào)控時(shí)，有不止一個(gè)增強(qiáng)子行使功能，這些增強(qiáng)子稱作復(fù)合增強(qiáng)子。 對(duì)于細(xì)胞而言復(fù)合增強(qiáng)子能使一個(gè)特定基因?qū)Ω鞣N激活因子的

19、不同組合產(chǎn)生應(yīng)答，不同激活因子的組合對(duì)不同細(xì)胞中的給定基因產(chǎn)生不同的水平表達(dá)，同時(shí)這種布局使得細(xì)胞能夠?qū)ι锏幕蛟诓煌M織或不同的發(fā)育階段產(chǎn)生精細(xì)的調(diào)控。4 什么是insulator? 它的主要功能？比較enhancer, activator, insulator的本質(zhì)和作用？翁駿答：絕緣子(insulator)：屏蔽一個(gè)基因的增強(qiáng)子的正效應(yīng)或沉默子負(fù)效應(yīng)的DNA元件。激活因子（activator）：于增強(qiáng)子（或激活因子結(jié)合區(qū)）結(jié)合的蛋白質(zhì)并激活附近啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄。在真核生物中，它激發(fā)轉(zhuǎn)錄前起始復(fù)合體的形成。增強(qiáng)子（enhancer）：促進(jìn)一個(gè)或多個(gè)基因轉(zhuǎn)錄的DNA元件。增強(qiáng)子一般存在于其調(diào)控

20、基因的上游，但他們也可以點(diǎn)到或在間距幾百甚至上千對(duì)堿基之外對(duì)基因起調(diào)控作用。絕緣子與增強(qiáng)子的本質(zhì)都是DNA元件，而激活因子的本質(zhì)是蛋白質(zhì)。5 （6）對(duì)激活因子的調(diào)節(jié)有哪些方式？（詳述）紀(jì)蘇婷答：對(duì)激活因子的調(diào)節(jié)方式有（1）細(xì)胞核受體傳統(tǒng)分類法將核受體歸為三類：I型受體（type I receptors）包括類固醇激素受體，代表物是糖皮質(zhì)激素受體。當(dāng)激素的配體缺乏時(shí)，受體蛋白和其他蛋白偶聯(lián)存在于細(xì)胞質(zhì)中；當(dāng)激素配體與I型受體蛋白相結(jié)合時(shí)，釋放偶聯(lián)蛋白，以同源二聚體形式進(jìn)入細(xì)胞核，結(jié)合在激素應(yīng)答元件上。II類激素受體，甲狀腺激素受體是典型的II類受體，存在于細(xì)胞核中。對(duì)于型受體，由于其配體有待鑒定

21、，因此也被稱為“孤兒受體”。（2）GAL4蛋白GAL4蛋白是調(diào)控酵母半乳糖代謝基因的轉(zhuǎn)錄激活因子。每種GAL4應(yīng)答元件包括一個(gè)GAL4靶位點(diǎn)，每個(gè)GAL4單體是包含六個(gè)半胱氨酸及兩個(gè)鋅離子的雙金屬巰基簇。GAL4單體包含一個(gè)螺旋二聚體基序，能在與其它GAL4單體相互作用時(shí)形成平行的纏繞螺旋。（3） 聚合酶全酶的召集全酶是包含一組通用轉(zhuǎn)錄因子和其他多肽的復(fù)合體。 事實(shí)上有證據(jù)表明，的確存在對(duì)全酶的召集作用。 實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示激活因子是通過(guò)召集完整的聚合酶全酶到啟動(dòng)子上，而不是在啟動(dòng)子上一次一個(gè)地組裝。聚合酶全酶可做為一前體單元被召集，或以其中的一部分形式被召集到前起始復(fù)合物上。 （4）復(fù)合增強(qiáng)子通過(guò)

22、DNA環(huán)化，使結(jié)合在增強(qiáng)子上的每種轉(zhuǎn)錄激活子能與啟動(dòng)子上的起始復(fù)合物相互作用。當(dāng)增強(qiáng)子處于基因附近時(shí)，基因處于開(kāi)放狀態(tài)；反之，則處于關(guān)閉狀態(tài)。多增強(qiáng)子具有協(xié)同作用的能力，多增強(qiáng)子能應(yīng)答不同的轉(zhuǎn)錄激活子的組合單元。（5）轉(zhuǎn)錄激活子的泛素化RLIM蛋白通過(guò)在CLIM蛋白的賴氨酸殘基上附加多拷貝的泛素小分子蛋白，從而形成所謂的泛素化蛋白。一旦附加的泛素分子鏈足夠長(zhǎng)時(shí)，此蛋白將被送達(dá)細(xì)胞質(zhì)內(nèi)的一個(gè)蛋白酶體結(jié)構(gòu)內(nèi)。它含有的蛋白酶可使任何被帶入蛋白酶體的泛素化蛋白降解。 泛素化對(duì)激活因子也有正效應(yīng)。 （6）轉(zhuǎn)錄激活因子的SUMO修飾SUMO修飾是在目標(biāo)蛋白的賴氨酸殘基上，附加一至多個(gè)101個(gè)氨基酸的SUM

23、O。SUMO修飾的激活因子蛋白不會(huì)導(dǎo)致降解，相反會(huì)被特異且穩(wěn)定區(qū)隔在細(xì)胞核中，使其不能與靶基因序列互作。 （7）轉(zhuǎn)錄激活子的乙?；M蛋白的賴氨酸殘基能被組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶（HATs）乙酰化，從而減弱組蛋白的阻抑活性。乙酰轉(zhuǎn)移酶（HATs）可以使非組蛋白激活因子和阻抑物發(fā)生乙?；?，并對(duì)乙?；牡鞍谆钚援a(chǎn)生正向或負(fù)向調(diào)控。 （8）信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑蛋白質(zhì)的磷酸化與去磷酸化過(guò)程是生物體內(nèi)普遍存在的信息傳導(dǎo)調(diào)節(jié)方式。信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑通常由信號(hào)分子與細(xì)胞膜受體相互作用而激活，多引起基因表達(dá)的改變。多數(shù)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑，包括Ras-Raf途徑，依賴蛋白質(zhì)磷酸化來(lái)傳遞信號(hào)分子，并且此信號(hào)會(huì)逐級(jí)擴(kuò)大。第十四章1 什么是編碼區(qū)

24、，m RNA的組成？紀(jì)蘇婷編碼區(qū)指從起始密碼子AUG開(kāi)始經(jīng)一連串編碼氨基酸的密碼子直至終止密碼子的結(jié)構(gòu)。mRNA是以DNA的一條鏈為模板，以堿基互補(bǔ)配對(duì)原則，轉(zhuǎn)錄而形成的一條單鏈。5端的結(jié)構(gòu)稱為帽子結(jié)構(gòu)，3端的是一串AMP稱做poly(A)2 什么是mRNA的前體？紀(jì)蘇婷定位于細(xì)胞核內(nèi)的較大RNA分子被認(rèn)為是mRNA前體。3 核mRNA剪接的機(jī)理。索套結(jié)構(gòu)指什么？紀(jì)蘇婷從未成熟的mRNA中切除內(nèi)含子，將外顯子連接在一起形成最后產(chǎn)物的過(guò)程叫做RNA的剪接。hnRNA的大小（比mRNA大）和定位（細(xì)胞核）與未經(jīng)剪接的 mRNA前體完全一致，而且，hnRNA很快會(huì)轉(zhuǎn)化為比較穩(wěn)定的小RNA，這暗示hn

25、RNA僅僅是形成穩(wěn)定RNA的中間體。索套兩步模型（two-step lariat model）。第一步，索套狀中間產(chǎn)物的形成。當(dāng)位于內(nèi)含子中間的腺苷酸的2-OH攻擊第一個(gè)外顯子和該內(nèi)含子開(kāi)始處G之間的磷酸二酯鍵時(shí)，形成索套狀環(huán)，同時(shí)將第一個(gè)外顯子與內(nèi)含子分開(kāi)。第二步，完成剪接過(guò)程：第一個(gè)外顯子末端留下的3端-OH攻擊內(nèi)含子與第二個(gè)外顯子之間的磷酸二酯鍵。形成外顯子-外顯子磷酸二酯鍵，同時(shí)釋放索套狀的內(nèi)含子。 可變剪接能夠決定一個(gè)基因的蛋白質(zhì)產(chǎn)物的性質(zhì)，成為基因表達(dá)轉(zhuǎn)錄后水平的調(diào)控方式之一。 4 什么是可變剪接（alternative splicing）?紀(jì)蘇同一前體mRNA分子，可以在不同的剪

26、接位點(diǎn)發(fā)生剪接反應(yīng)，生成不同的mRNA分子，最終產(chǎn)生不同的蛋白質(zhì)分子的一種RNA剪切方式。5 什么是RNA的自我剪接？group I和group II introns 的自我剪接方式由何不同？紀(jì)蘇婷具有自我催化能力,將自身的某些部位切除的現(xiàn)象稱為自我剪接。根據(jù)特定的保守序列，真菌線粒體基因最初被劃分為兩類：類和類。類內(nèi)含子的自剪接反應(yīng)由游離的鳥嘌呤核苷酸啟動(dòng)；類內(nèi)含子的自剪接反應(yīng)由內(nèi)含子內(nèi)部的腺苷酸啟動(dòng)，并形成套索結(jié)構(gòu)。第十五章1 什么是mRNA的帽子結(jié)構(gòu)？什么是capping?蘇芳芳從真核生物到病毒來(lái)源的大多數(shù)mRNA都被甲基化了。而且，大部分甲基化都集中在mRNA的5端，在結(jié)構(gòu)上稱之為帽子

27、（cap）結(jié)構(gòu)。 2 帽子的功能有哪些？（詳述）蘇芳芳（1）防止mRNA的降解； （2）增強(qiáng)mRNA的翻譯能力；（3）增強(qiáng)mRNA從核內(nèi)向細(xì)胞質(zhì)中的轉(zhuǎn)運(yùn)；（4）增強(qiáng)mRNA的剪接效率。3 什么是Poly(A)? 什么是polyadenylation? Poly(A)的長(zhǎng)度和功能？蘇芳芳Poly(A)：在核內(nèi)不均一RNA（hnRNA）和mRNA的3端共享一個(gè)獨(dú)特的結(jié)構(gòu)，即一個(gè)被稱為poly(A)的AMP殘基長(zhǎng)鏈。Podenylation：給RNA添加poly(A)的過(guò)程稱為多聚腺苷酸化。Poly(A)的長(zhǎng)度是200個(gè)堿基。Poly(A)的功能:poly(A)具有保護(hù)mRNA免受降解的功能，pol

28、y(A)對(duì)它所連結(jié)的mRNA的翻譯有促進(jìn)作用，還有證據(jù)表明poly(A)在mRNA的剪接及轉(zhuǎn)運(yùn)出核時(shí)起一定的作用。4 RNA聚合酶II最大亞基上CTD的作用（延伸、剪接、加帽、加尾等各方面）。(詳述)丁俊祥第十六章1 什么是cis-splicing 和trans-splicing? 反式剪接的機(jī)理。王歡順式剪接：去分支酶只打開(kāi)套鎖結(jié)構(gòu)使之成為線形反式剪接：100nt的半個(gè)內(nèi)含子在3端是開(kāi)放的而不是套鎖結(jié)構(gòu)的，所以去分支酶可以將它作為獨(dú)立的RNA而釋放它。2 什么是編輯？王歡是指轉(zhuǎn)錄后的RNA在編碼區(qū)發(fā)生堿基的加入，丟失或轉(zhuǎn)換等現(xiàn)象。它導(dǎo)致了DNA所編碼的遺傳信息的改變，因?yàn)榻?jīng)過(guò)編輯的mRNA序

29、列發(fā)生了不同于模板DNA的變化。編輯是轉(zhuǎn)錄后在mRNA的Poly（A）尾巴處發(fā)生的。編輯是按照3-5方向進(jìn)行。3 什么是RNAi? 它的作用機(jī)理?王歡1、在這些生物中轉(zhuǎn)入的轉(zhuǎn)基因不是表達(dá)了，而是被該生物關(guān)閉了，被關(guān)閉的基因不僅僅是轉(zhuǎn)入的基因還包括該基因在細(xì)胞中的正?？截悺?、 dsRNA導(dǎo)致胚胎中產(chǎn)生RNA干涉。而且，在正進(jìn)行RNA干涉的胚胎中檢測(cè)到了相應(yīng)的靶RNA的減少這種dsRNA必須包括外顯子區(qū)，dsRNA相應(yīng)的內(nèi)含子和啟動(dòng)子序列不能引起RNA干涉。Dicer在RNAi 中對(duì)RNA進(jìn)行切割。編碼Dicer的基因Dicer表達(dá)產(chǎn)生一個(gè)可將dsRNA切成22nt的小片段的蛋白質(zhì)。由它制備的抗

30、體可與果蠅提取物中的一個(gè)酶結(jié)合，該酶能將dsRNA切割成小的片段。將dicer相應(yīng)的dsRNA 導(dǎo)入到果蠅細(xì)胞中，它能部分阻斷RNAi的進(jìn)行。Dicer也有RNA螺旋酶活性，因此它能將其構(gòu)建的siRNA的雙連解開(kāi)。但不能對(duì)靶信使RNA進(jìn)行切割，由酶slicer完成此項(xiàng)工作，蛋白質(zhì)ArgonauteRNAi的第二步（Slicer）反應(yīng)中是必需的，可以作為siRNA的停泊位點(diǎn)，但對(duì)于切割酶的切割活性它不是必需的。第十七章1 什么是30S起始復(fù)合體？30S起始復(fù)合體是如何形成的？IF因子在其中的作用。王歡（1）核糖體解離為50s和30s亞基后，細(xì)胞就在30s亞基上建立一個(gè)復(fù)合物，包括mRNA、氨酰t

31、-RNA和幾個(gè)起始因子。（2）核糖體解離后形成50s和30s亞基IF因子緊密的結(jié)合在30s亞基上靠近16SRNA3-末端的一個(gè)位點(diǎn)上，一旦三個(gè)起始因子結(jié)合在一起，它們就將另外兩個(gè)關(guān)鍵的參與者mRNA和初始氨酰-tRNA吸引到復(fù)合物上，后兩者的結(jié)合順序是隨機(jī)的。（3）IF1激發(fā)核糖體的解離，IF3結(jié)合到游離的30s亞基上阻止它們與50s亞基重新結(jié)合再形成核糖體，IF2能夠結(jié)合到30s亞基上。2 真核生物中翻譯的起始有什么特點(diǎn)？與原核生物有什么異同點(diǎn)？（認(rèn)真寫）王歡 第一，真核生物的起始從甲硫氨酸，而不是N-甲酰甲硫氨酸開(kāi)始。但起始tRNA與將甲硫氨酸加到多肽鏈內(nèi)部的tRNA是不同的（tRNAmM

32、et）。起始tRNA攜帶的是非甲?；琢虬彼?，不適合叫tRNAfMet，而常被稱做tRNAiMet 或者 tRNAi。第二個(gè)主要區(qū)別是，真核生物的mRNA沒(méi)有Shine-Dalgarno序列來(lái)指示核糖體從哪兒開(kāi)始翻譯，大多數(shù)真核生物mRNA的5'-末端具有帽子結(jié)構(gòu)（15章），以此指示起始因子結(jié)合并開(kāi)始搜索起始密碼子。3 什么是SD sequence? Kozak sequence?（概念）朱燕（1）SD序列是mRNA中用于結(jié)合原核生物核糖體的序列。（2）Kozak 序列存在于真核生物mRNA的一段序列，其在翻譯的起始中有重要作用。核糖 體能夠識(shí)別mRNA上的這段序列，并把它作為翻譯起始

33、位點(diǎn)。第十八章1 mRNA的閱讀方向？多肽的合成方向？朱燕答：已知蛋白質(zhì)的合成方向是從氨基端至羧基端，那么很容易證明mRNA是按532 什么是genetic code? 標(biāo)準(zhǔn)遺傳代碼有多少個(gè)？遺傳代碼有什么特點(diǎn)？朱燕答：遺傳密碼：核酸中的核苷酸殘疾序列與蛋白質(zhì)中的氨基酸殘基序列之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系。標(biāo)準(zhǔn)遺傳代碼有64個(gè)。遺傳代碼的特點(diǎn)：§ 每個(gè)密碼子三聯(lián)體決定一種氨基酸。§ 兩種密碼子之間無(wú)任何核苷酸或其他成分加以分離，即密碼子無(wú)逗號(hào)。§ 密碼子具有方向性。§ 密碼子有簡(jiǎn)并性，一種氨基酸的現(xiàn)象稱為密碼子的簡(jiǎn)并性。§ 共有64個(gè)密碼子。§ 密

34、碼子有通用性，即無(wú)論是病毒、原核生物還是真核生物密碼子的含義都是相同的。3 密碼子和反義密碼子的不尋常堿基配對(duì)指什么？通常發(fā)生在什么位置？陳凱答：一種方式可能是對(duì)同一個(gè)氨基酸具有多個(gè)tRNA（同工tRNA），每個(gè)都專一性地對(duì)應(yīng)不同的密碼子。確定的生物體中含有約60種tRNA。但理論上，比這個(gè)簡(jiǎn)單假設(shè)所預(yù)計(jì)的要少得多的tRNA就可以解決問(wèn)題。 他假設(shè)密碼子的前兩位堿基必須按照Watson-Crick 堿基配對(duì)原則與反密碼子嚴(yán)格配對(duì)，但是最后一位堿基則會(huì)從其正常位置發(fā)生“擺動(dòng)”與反密碼子形成反常的堿基配對(duì)。這個(gè)假說(shuō)被稱之為擺動(dòng)假說(shuō)。4 （7）什么是G protein? 有什么特點(diǎn)？哪些因子屬于G

35、proteins？（選擇 概念 填空）曹靖答：G蛋白是具有GTP酶活性，在細(xì)胞信號(hào)通路中起信號(hào)轉(zhuǎn)換器或分子開(kāi)關(guān)作用的蛋白質(zhì)大多數(shù)G蛋白都具有以下特點(diǎn) ：(1)G蛋白是GDP-和GTP-結(jié)合蛋白。G蛋白的“G”來(lái)自于“鳥嘌呤核苷酸”。(2)G蛋白在三種構(gòu)象之間循環(huán)，取決于是否結(jié)合GDP、GTP，或不結(jié)合核苷酸，并且這些構(gòu)象狀態(tài)決定它們的活性。(3)G蛋白與GTP結(jié)合后才被活化執(zhí)行功能。(4)G蛋白具有內(nèi)在的GTP酶活性。(5)G蛋白的GTP酶活性被GTP酶活化蛋白激發(fā)。(6)當(dāng)GAP激發(fā)G蛋白的GTP酶活性時(shí)，G蛋白將自己所結(jié)合的GTP降解成GDP，并使自身失活。（7）G蛋白被鳥嘌呤核苷酸交換蛋

36、白重新激活，該因子從失活的G蛋白上除去GDP，允許另一分子GTP結(jié)合。 屬于G proteins因子有RF3、起始因子EF-G、延伸因子EF-Tu5 （8）什么是翻譯的終止？有哪些終止密碼？（選擇。）陳凱答：延伸循環(huán)不斷重復(fù)，每次就會(huì)在多肽鏈上加入一個(gè)新的氨基酸。最后，核糖體遇到終止密碼子，獲得信號(hào)，該是翻譯終止。mRNA分子中的琥珀、赭石和蛋白石突變分別產(chǎn)生UAG、 UAA和UGA三個(gè)終止密碼子，因此造成肽鏈翻譯的提前終止。這三個(gè)密碼子也是mRNAs編碼區(qū)末端的正常終止信號(hào)。6 有哪些釋放因子？它們是如何分工的？陳凱答：原核細(xì)胞的釋放因子：a) 釋放因子（RF1）與終止密碼子UAA和UAG合

37、作，引起fMet的釋放，而另一個(gè)釋放因子（RF2）與UAA和UGA合作。 b) 第三個(gè)釋放因子（RF3）是一個(gè)核糖體依賴的GTPase，結(jié)合GTP并幫助其它兩個(gè)釋放因子結(jié)合到核糖體上。 那么真核生物的釋放因子又是怎樣的呢？a) 1971年通過(guò)與Nirenberg相同的方法，發(fā)現(xiàn)了第一個(gè)真核釋放因子（eRF）。 b) eRF能識(shí)別全部3個(gè)終止密碼子，而不像原核細(xì)胞的兩種釋放因子都只能識(shí)別2個(gè)。 c) eRF也像原核細(xì)胞RF1和RF2一樣，與G蛋白協(xié)作d) 真核細(xì)胞中包含兩種釋放因子，eRF（重命名為eRF1）和eRF3。e) eRF1具有與RF1和RF2相同的作用，eRF3與細(xì)菌RF3的作用相同

38、。 第十九章1 核糖體的主要活性位點(diǎn)有哪些？陳凱答：根據(jù)核糖體的位點(diǎn)和功能，我們可以區(qū)分出核糖體的幾種活性。30S亞基結(jié)合mRNA和起始-tRNA起始因子復(fù)合體。然后它們結(jié)合50S亞基。70S核糖體可能具有供tRNA結(jié)合的兩個(gè)功能位點(diǎn)：A位點(diǎn)和P位點(diǎn)。肽轉(zhuǎn)移酶的中心在50S亞基上，EF-G結(jié)合位點(diǎn)以及負(fù)責(zé)移位的位點(diǎn)都在50S大亞基上。2 （9）tRNA三葉草結(jié)構(gòu)名稱及功能。（簡(jiǎn)答）曹靖答：tRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)為三葉草結(jié)構(gòu)。其結(jié)構(gòu)特征為：tRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)由四臂、四環(huán)組成。已配對(duì)的片斷稱為臂，未配對(duì)的片斷稱為環(huán)。(1)葉柄是氨基酸臂。其上含有CCA-OH3，此結(jié)構(gòu)是接受氨基酸的位置。(2)氨基酸臂

39、對(duì)面是反密碼子環(huán)。在它的中部含有三個(gè)相鄰堿基組成的反密碼子，可與mRNA上的密碼子相互識(shí)別。(3)左環(huán)是二氫尿嘧啶環(huán)(D環(huán))，它與氨基酰-tRNA合成酶的結(jié)合有關(guān)。(4)右環(huán)是假尿嘧啶環(huán)(TC環(huán))，它與核糖體的結(jié)合有關(guān)。(5)在反密碼子與假尿嘧啶環(huán)之間的是可變環(huán)，它的大小決定著tRNA分子大小tRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)為三葉草結(jié)構(gòu)。具五臂四環(huán)結(jié)構(gòu)1.受體臂： 此臂負(fù)責(zé)攜帶特異的氨基酸。2.反密碼子臂：負(fù)責(zé)對(duì)密碼子的識(shí)別與配對(duì)。3. D臂：負(fù)責(zé)和氨基酰tRNA合成酶結(jié)合;4. TC臂：此臂負(fù)責(zé)和核糖體上的rRNA識(shí)別結(jié)合；5.額外環(huán)：其功能是在tRNA的L型三維結(jié)構(gòu)中負(fù)責(zé)連接兩個(gè)區(qū)域。第二十章1. 什么

40、是Semiconservative Replication、conservative replication、dispersive replication？魏珍珍答：半保留復(fù)制(Semiconservative Replication) ，是由于每一個(gè)子代雙鏈都是由一條母鏈和一條新鏈組成，換言之，在每一個(gè)子代雙鏈中“保留”其中一條母鏈。 保留復(fù)制(conservative replication)，按這種復(fù)制機(jī)制，兩條母鏈?zhǔn)冀K在一起，然后以某種方式產(chǎn)生另一個(gè)由兩條全新鏈組成的子代DNA雙鏈。 彌散復(fù)制（或稱散亂復(fù)制，dispersive replication），按這種復(fù)制機(jī)制， DNA先片段

41、化，復(fù)制后，新合成的和原有的DNA共存于同一條鏈中。2. 什么是Semidiscontinuous Replication？魏珍珍答：自然界中所有復(fù)制機(jī)器的DNA合成部件（DNA 聚合酶）只能沿53一個(gè)方向合成DNA，當(dāng)復(fù)制叉打開(kāi)，露出一段新的DNA區(qū)域待復(fù)制時(shí)，滯后鏈沿卻沿“錯(cuò)誤的”方向伸長(zhǎng)，離開(kāi)了復(fù)制叉。復(fù)制這一新暴露區(qū)域的唯一辦法是在已經(jīng)復(fù)制的DNA片段后面，從復(fù)制叉處重新啟始DNA合成。這種DNA合成的啟始和再啟始一遍一遍地反復(fù)進(jìn)行，所產(chǎn)生的DNA片段必須以某種方式連接到一起形成連續(xù)的鏈，成為DNA復(fù)制的最終產(chǎn)物。這樣的復(fù)制機(jī)制叫半不連續(xù)復(fù)制3. 什么是Okazaki fragment

42、s？魏珍珍DNA復(fù)制的最初產(chǎn)物，被稱為岡崎片段（Okazaki fragments）4. （10）什么是復(fù)制子（replicon）？真核與原核replicon的數(shù)目有何不同？原因？曹靖答：復(fù)制子：在一個(gè)復(fù)制原點(diǎn)控制下的DNA被稱為復(fù)制子，盡管它可能有兩個(gè)復(fù)制叉。原核生物一般來(lái)說(shuō)只有一個(gè)復(fù)制起點(diǎn)，整個(gè)DNA都由這個(gè)起點(diǎn)開(kāi)始的復(fù)制叉完成，所以它們的DNA是“單復(fù)制子”的。真核細(xì)胞是多個(gè)復(fù)制起點(diǎn)，每個(gè)起點(diǎn)開(kāi)始各自完成一個(gè)片段最終相連完成整體復(fù)制，所以是“多復(fù)制子”的。原核生物的染色體和質(zhì)粒、真核生物的細(xì)胞器DNA都是環(huán)狀雙鏈分子，它們都是單復(fù)制子，都在一個(gè)固定的起點(diǎn)開(kāi)始復(fù)制，復(fù)制方向大多數(shù)是雙向的，

43、少數(shù)是單向復(fù)制。多數(shù)是對(duì)稱復(fù)制，少數(shù)是不對(duì)稱復(fù)制（一條鏈復(fù)制后才進(jìn)行另一條鏈的復(fù)制）。原核基因組中只含有一個(gè)復(fù)制子，所以復(fù)制的單位就是分離的單位。5. 復(fù)制的方向6. 什么是解鏈酶（Helicase）有什么作用？楊春答：復(fù)制子：在一個(gè)復(fù)制原點(diǎn)控制下的DNA被稱為復(fù)制子，盡管它可能有兩個(gè)復(fù)制叉。原核生物一般來(lái)說(shuō)只有一個(gè)復(fù)制起點(diǎn)，整個(gè)DNA都由這個(gè)起點(diǎn)開(kāi)始的復(fù)制叉完成，所以它們的DNA是“單復(fù)制子”的。真核細(xì)胞是多個(gè)復(fù)制起點(diǎn)，每個(gè)起點(diǎn)開(kāi)始各自完成一個(gè)片段最終相連完成整體復(fù)制，所以是“多復(fù)制子”的。原核生物的染色體和質(zhì)粒、真核生物的細(xì)胞器DNA都是環(huán)狀雙鏈分子，它們都是單復(fù)制子，都在一個(gè)固定的起點(diǎn)開(kāi)

44、始復(fù)制，復(fù)制方向大多數(shù)是雙向的，少數(shù)是單向復(fù)制。多數(shù)是對(duì)稱復(fù)制，少數(shù)是不對(duì)稱復(fù)制（一條鏈復(fù)制后才進(jìn)行另一條鏈的復(fù)制）。原核基因組中只含有一個(gè)復(fù)制子，所以復(fù)制的單位就是分離的單位。7. 什么是單鏈DNA結(jié)合蛋白（SSBs）有什么作用？楊春答：在DNA復(fù)制時(shí)參與解離DNA鏈的蛋白稱為單鏈DNA結(jié)合蛋白（SSBsDNA結(jié)合蛋白SSB可增強(qiáng)解鏈酶活性。DnaG 和SSB單獨(dú)或兩者一起均沒(méi)有任何DNA解鏈酶活性。 單鏈DNA結(jié)合蛋白（SSBs），這些蛋白并不能象解旋酶那樣催化DNA鏈解離，而是一旦單鏈DNA形成，這些蛋白就選擇性地與之結(jié)合，包裹在單鏈DNA上使其不能退火重新形成雙螺旋。單鏈DNA結(jié)合蛋白使DNA保持單鏈狀態(tài)，還能增強(qiáng)同源DNA聚合酶的活性。在真核生物中并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)具有相似重要性的SSB。病毒基因編碼的SSB在某些真核生物病毒DNA復(fù)制過(guò)程中發(fā)揮主要作用，包括腺病毒和皰疹病毒的DNA復(fù)制。8. 三種E.coli DNA Polymerases的功能有何差異？楊春答：Pol I修復(fù)有關(guān)的酶并非真正的 DNA復(fù)制酶