新版blast本地化構(gòu)建+數(shù)據(jù)庫下載+序列間的相似性檢索

1、新版blast本地化構(gòu)建+數(shù)據(jù)庫下載+序列間的相似性檢索Ethn obota ny前面記錄了 blast-2.2.23-ia32-win32的本地化構(gòu)建及相似性檢索，NCBI新近對blast程序做了一些修改推出了 blast+，這里結(jié)合網(wǎng)上資料、 blast+的user manual對blast+的本地化構(gòu) 建及使用作一引薦。1blast+的本地化構(gòu)建鏈接到：ftp:/ftp. ncbi. nlm.n /blast/executables/blast+/LATEST下載ncbi-blast-2.2.23+-ia32-win32.tar.gz （綠色版），解壓到d盤，并將文件夾更名為

2、 blast （我 習慣這樣做，因為在 dos中寫命令時方便），這樣就安裝完畢了， blast下具2個文件即bin 和 doc。2數(shù)據(jù)庫下載2.1法1:直接從NCBI下載subject序列去掉txt的擴展名做成數(shù)據(jù)庫即*db，然后將query 序列的txt擴展名掉做成查詢文件*in。（格式必須是fasta，名字可以自己隨便命名）2.2法2:從NCBI中的ftp庫下載所需要的某一個庫或幾個庫，其鏈接為ftp:/ftp .n cbi. nlm.n /blast/db/2.3法3 :利用新版blast自帶的update_blastdb.pl進行下載，這需要安裝perl程序。2.3.1 p

3、erl程序的下載和安裝可google "Perl for Windows ”獲得，也可直接按此連接 下載并，安裝到任何盤均可。2.3.2 運行 update_blastdb.pl 進行下載開始 運行cmd+確認進入dos系統(tǒng) 輸入以下命令打開bin文件夾。斑命令提示符hinvnsnffr Windnus XPR.1.2AHR1<C> 版權(quán)所有 1985-2001 Microsoft Co®= Docunent0 andtingsAdminis= tt）：>cd blastbin 0）： blastbin>接著輸入下述命令回

4、車查看操作幫助（這一步可以不做，不妨礙后續(xù)操作）P： blaatbln>pei*l update Jslastdb.pl還可輸入下述命令回車查看NCBI中的庫（無需登錄NCBI你就可以看到你所需要的庫）17 -V- J.I I ZD:XblastXbin>pevl update_blastdb.pl 一一showperl以下載載體庫（vector）為例演示如何下載庫。輸入如下命令回車即可。直到后面出現(xiàn) done即表示已經(jīng)下載完畢。如果下載其他數(shù)據(jù)庫，你就可以在上面的 update_blastdb.pl后面的vector換成其它數(shù)據(jù)庫的名字即可。再做本地b

5、last時即可以你下載的壓縮文件名代替你bin中*db數(shù)據(jù)庫，進行搜索。上述三種方法各有優(yōu)缺點，前兩種下載速度較快，但是每次進行檢索都需要對數(shù)據(jù)庫進行格式化（轉(zhuǎn)化成二進制數(shù)據(jù)），第三種方法下載速度較慢，但是是NCBI中已經(jīng)格式化好的，在進行本地檢索時不需再進行格式化，直接用即可。3序列間的相似性檢索以人的BCL2-like mRNA檢索人類的mRNA庫為例介紹核酸序列的本地檢索。3.1下載人類的mRNA數(shù)據(jù)庫（只能用后 2種方法的其中一種），這里用ftp下載，速度較快， 其鏈接為 /refseq/H_sapiens/mRNA_Prot/human.rn

6、a.fna.gz解壓后置于blast的bin文件夾下。3.2去NCBI下載BCL2-like的mRNA序列，其登錄號為 NM_207002.2用作你做該實驗的 query序列，將該序列置于 bin中命名為human，并去掉擴展名。3.3格式化數(shù)據(jù)庫開始運行cmd+確認 進入dos系統(tǒng) 輸入以下命令打開 bin文件夾。環(huán)命令提示符hinvnsnffr Windnus XPR.1.2AHR1<C> 版權(quán)所有 1985-2001 Microsoft Corp.C:Documents and SettingsAdministratop>d:D：>cd blastbinD：bla

7、stbin>輸入以下命令對數(shù)據(jù)庫進行格式化。1: blast Xbin>makeblastdb-exe -in human . rna. f na -parse_seqids -liash_index -dbtype nucl-in參數(shù)后面接將要格式化的數(shù)據(jù)庫，-parse_seqids,-hashndex兩個參數(shù)一般都帶上，主要是為blastdbcmd取子序列時使用，-dbtype nucl告訴程序這是核酸數(shù)據(jù)庫。3.4 運行 blastn （blast+）輸入以下命令進行數(shù)據(jù)檢索。D:Xblastbin>blastn.exe -task blastn -query hum

8、an -db human.pna.fna -out test.tx k這樣即可在bin下查看結(jié)果。 以上實驗所輸入的全部命令如下:4蛋白序列間的比對檢索數(shù)據(jù)庫格式化命令：makeblastdb.exe - in db - parse_seqids- hash_index- dbtype prot比對命令：blastp.exe task blastp cjner- db db out test.txt關(guān)于參數(shù)的說明:blastp.exe程序執(zhí)行命令，exe前的程序根據(jù)自己的需要而換；-task后面選擇你所要用的程序，blastn,blatp,tblastx等；-query后接查詢序列的文件名稱；-db后接格式化好的數(shù)據(jù)庫名稱；-out后接要輸出的文件名稱及格式；-dbtype后接所格式化的序列的類型，核酸用nucl,蛋白質(zhì)用prot；makeblastdb.exe 格式化數(shù)據(jù)庫的命令；-helpbl