分子生物學(xué) 常用基本詞匯表

1、A 英 文 名 詞 中 文 名 詞 解 釋 A （ Adenine ） 腺嘌呤 作為堿基的兩種嘌呤中的一種。 active site 活化位點(diǎn) 蛋白質(zhì)三維表面催化作用發(fā)生的區(qū)域。alignment 比對(duì) 為了確定兩個(gè)同源核酸或蛋白質(zhì)序列的累計(jì)差異而進(jìn)行的配對(duì)稱為比對(duì)。 alignment of alignments 比對(duì)的比對(duì) 即比對(duì)的對(duì)象不是簡(jiǎn)單的序列，而是序列的比對(duì)。alleles 等位基因 一個(gè)基因的不同版本。 alpha carbon 碳 在氨基酸中與側(cè)鏈（ R- 基團(tuán)）相連的中心碳原子。 alternative splicing 可變剪接 從一個(gè)單獨(dú)的 hnRNA 生成兩個(gè)或多個(gè) m

2、RNA 分子的過(guò)程。 amino terminus (N-terminal) 氨基端（ N 端） 在一個(gè)多肽中，具有自由氨基的分子端，對(duì)應(yīng)于基因的 5- 端。anti-parallel 反向平行 表示相反的方向；在雙鏈DNA中，這意味著如果一條鏈?zhǔn)?5 到 3 的，則其互補(bǔ)鏈 方向 是 3 到 5 的。 Bbase pair 堿基對(duì) （1）在雙鏈DNA中嘌呤和嘧啶之間的相互作用（特別指A和T之間，G和C之間）；（2）雙鏈DNA序列長(zhǎng)度的基本單位。 beta turns 轉(zhuǎn)角 在反向平行的折疊片中，當(dāng)鏈反轉(zhuǎn)方向的時(shí)候蛋白質(zhì)內(nèi)部形成的U型結(jié)構(gòu)Bioinformatics 生物信息學(xué) 應(yīng)用信息科學(xué)的

3、理論、方法和技術(shù)，管理、分析和利用生物分子數(shù)據(jù)。Biocomputing 生物計(jì)算 本書(shū)中特指用計(jì)算機(jī)技術(shù)分析和處理生物分子數(shù)據(jù)。Basic Local Alignment Search Tool ( Blast) 基本的局部比對(duì)搜索工具（ Blast ） 一種常用的序列數(shù)據(jù)庫(kù)搜索工具。 blotting and hybridization 印跡和雜交 將分子（通常是核酸分子）從 凝膠轉(zhuǎn)移到膜上，接著用綁定有特定感興趣的分子的標(biāo)記探針進(jìn)行洗脫的過(guò)程。 bootstrap test 自舉檢驗(yàn) 對(duì) 置信程度進(jìn)行量化的檢驗(yàn)。branch and bound method 分支約束法 一種空間搜索方法

4、，通過(guò)約束條件減少搜索空間，提高搜索效率。 branches 分支 在 系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)中，通過(guò)分支連接兩個(gè)節(jié)點(diǎn)。 CC ( Cytosine) 胞嘧啶 作為堿基的兩種嘧啶中的一種。 CAAT box CAAT 盒 大多數(shù)真核啟動(dòng)子具有的一段短序列，其片段模式為 C-A-A-T ， 通常出現(xiàn)在 轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游 80 個(gè) 核苷酸的地方。許多因子可以與CAAT盒結(jié)合 。 carboxy terminus 羧基端 在多肽鏈中，含有羧酸基團(tuán) ( COOH) 的分子端，對(duì)應(yīng)于基因的 3 - 端。cDNA （ Complementary DNA ） cDNA ( 互補(bǔ) DNA) 通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄酶從 RNA 模板合

5、成的 DNA 。 cDNA library cDNA 文庫(kù) 從 mRNA 序列中產(chǎn)生的所有 DNA 序列的集合。這種類(lèi)型的文庫(kù)只包含編碼蛋白質(zhì)的 DNA （基因）。 central dogma 中心法則 從基因的核酸序列中提取信息并以此合成蛋白質(zhì)的過(guò)程（ DNA ? RNA ? protein ） 。character 特征 在 系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)中 ， 具有有限狀態(tài)數(shù)的特征。 charged amino acid 帶電氨基酸 在一定的生物 pH 值下，帶有正電或負(fù)電的氨基酸。chromatin 染色質(zhì) 在真核生物細(xì)胞核內(nèi)部由大量 DNA 以及與此相關(guān)的組蛋白組成的近似均勻混合物。chromosome

6、 染色體 在原核生物，包含一個(gè)細(xì)胞基因組的DNA分子稱為染色體。在真核生物中，與蛋白質(zhì)復(fù)合在一起、包含大量遺傳信息的線型DNA分子。 clone 克隆 無(wú)性繁殖，如生物體克隆、基因克隆等。cloning 克隆 在類(lèi)染色體載體中插入特定的 DNA 一段，使得它們可以在活細(xì)胞中得以保存并復(fù)制。Coding sequence 編碼序列 DNA 序列中為蛋白質(zhì)編碼的部分。Codon 密碼子 基因編碼部分的三核苷酸組合，對(duì)應(yīng)于一個(gè)特定的氨基酸。 Complementary 互補(bǔ)的 （ 1 ）通過(guò)氫鍵連接的核苷酸對(duì)（ G 和 C; A 和 T; A 和 U ） ；（ 2 ）核苷酸鏈的反向平行對(duì)。 Comp

7、utational Molecular Biology 計(jì)算分子生物學(xué) 主要研究分子生物學(xué)數(shù)據(jù)的分析方法，開(kāi)發(fā)分析工具。conformation 構(gòu)象 蛋白質(zhì)的空間構(gòu)象。consensus sequence 一致序列 在兩個(gè)或多個(gè)同源序列的每一個(gè)位置上多數(shù)出現(xiàn)的核苷酸或氨基酸組成的序列conserved sequence 保守序列 在進(jìn)化過(guò)程中基本保持不變的核酸與蛋白質(zhì)序列，它們往往與特定的功能相對(duì)應(yīng)。Contig 連續(xù)交疊群 基因組測(cè)序過(guò)程中將許多短的序列片段鏈接成很長(zhǎng)的連續(xù)片段。convergent evolution 趨同進(jìn)化 指相似基因型或表型性狀的獨(dú)立進(jìn)化。例如 ， 眼睛在各種生物體

8、 （ 如哺乳動(dòng)物、軟體動(dòng)物以及昆蟲(chóng) ） 中獨(dú)立進(jìn)化 ， 結(jié)構(gòu)各異。core fold 核心折疊 構(gòu)成蛋白質(zhì)空間形狀的基本模式。CpG island CpG 島 在 哺乳類(lèi)動(dòng)物基因組中的一個(gè) 500bp 到 3000bp 的區(qū)域 ， 該區(qū)域中的二核苷酸 CpG 的含量比其他區(qū)域的正常水平要高。通常，與此相關(guān)的是真核生物管家基因的啟動(dòng)子區(qū)域。 crystal 晶體 由分子的規(guī)則排列組成的固體結(jié)構(gòu)。Ddegeneracy 簡(jiǎn)并性 指某些氨基酸可以被一個(gè)以上的三聯(lián)密碼子編碼的特性。 denatured protein 變性蛋白質(zhì) 指蛋白質(zhì)因?yàn)槭軣嶙饔没蛘呷ノ蹌┗蚰蛩氐然瘜W(xué)作用而失去了正常的三級(jí)結(jié)構(gòu)和四

9、級(jí)結(jié)構(gòu)的結(jié)果。 deoxyribonucleic acid (DNA) 脫氧核糖核酸 （ DNA ） 由相連的核苷酸組成的雙鏈生物二聚體 ， 其核苷酸含有脫氧糖基。DNA是遺傳的分子基礎(chǔ)。 dipeptide 二肽 由一個(gè)肽鍵連成的兩個(gè)氨基酸。 disulfide bond 二硫鍵 二硫鍵是蛋白質(zhì)中兩個(gè)半胱氨酸側(cè)鏈之間形成的化學(xué)鍵 。DNA DNA 參見(jiàn) 脫氧核糖核酸。 domain 域（結(jié)構(gòu)域） 指蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中相對(duì)獨(dú)立的、具有特定功能的空間區(qū)域。 dot plot 點(diǎn)陣圖 對(duì)兩條序列進(jìn)行圖形化比較的方法。圖形中的一系列的斜線對(duì)應(yīng)于序列相似的區(qū)域。 dynamic programming 動(dòng)態(tài)

10、規(guī)劃 一種可以有效地探求一定復(fù)雜問(wèn)題的各種可能的解決方案的程序；它將一個(gè)問(wèn)題合理分解成一些小的子問(wèn)題，然后利用部分計(jì)算解得到最終答案。 Eenhancer 增強(qiáng)子 可以與真核轉(zhuǎn)錄因子特異性結(jié)合的 DNA 序列片段。增強(qiáng)子序列可以在任何一個(gè)方向上起到逐漸增加轉(zhuǎn)錄水平的作用。enzyme 酶 一種生物催化劑（通常是 蛋白質(zhì)），能通過(guò)降低活化能使特定的化學(xué)反應(yīng)可以更快地進(jìn)行。EST （ Expressed sequence tags ） EST 表達(dá)序列標(biāo)簽 從 cDNA 的 5 或 3 端獲取的短的 DNA 片段。 euchromatin 常染色質(zhì) 指真核生物中組蛋白高度甲基化（ 乙酰 化？）并且

11、 DNA 低度甲基化的開(kāi)放染色質(zhì)。exhaustive search 窮舉搜索 對(duì)問(wèn)題所有可能的解進(jìn)行評(píng)估。exon 外顯子 一個(gè) hnRNA 分子的各個(gè)部分，它們被剪接后連在一起形成 mRNA 。 expression profile 表達(dá)譜 基因在不同時(shí)空的表達(dá)模式。 Ffamily 家族 在整個(gè)長(zhǎng)度范圍內(nèi)有多于 50 的氨基酸序列相同的蛋白質(zhì)稱為一個(gè)家族。 fold 折疊 通常和術(shù)語(yǔ)“結(jié)構(gòu)模體”有近似的含義，但是特別暗示在兩個(gè)或更多的蛋白質(zhì)中具有相似二級(jí)結(jié)構(gòu)的大區(qū)域。fourfold degenerate site 四重簡(jiǎn)并位點(diǎn) 指那些改變一個(gè)核苷酸為任何其它三個(gè)中的一個(gè)都對(duì)核糖體將氨基

12、酸插入到蛋白質(zhì)沒(méi)有影響的密碼子位點(diǎn)。GG （ Guanine ） G （ 鳥(niǎo)嘌呤） 兩種嘌呤中的一種。gap penalty 空位罰分 為了減少序列比對(duì)中出現(xiàn)的空位，對(duì)空位進(jìn)行減分的操作。gaps 空位 在兩個(gè)具有共同祖先序列的比對(duì)中，為了反映插入或刪除所引入的一個(gè)或一些破折號(hào)。GC content GC 含量 在 DNA 序列中，核苷酸 G 、 C 的組成 相對(duì)于 A 、 T 的比例 。gel electrophoresis 凝膠電泳 指在電場(chǎng)的作用下，使帶電分子穿過(guò)聚丙烯酰胺、淀粉或者瓊脂糖凝膠，從而根據(jù)其大小和帶電性進(jìn)行分離的過(guò)程。gene 基因 DNA 或 RNA 中，代表特定功能的某

13、一段核苷酸序列；一種遺傳的功能單元，它控制著一個(gè)或多個(gè)性狀的傳遞和表達(dá)。gene content 基因內(nèi)容 一個(gè)基因組所包含的所有基因稱為該基因組的基因內(nèi)容。gene expression 基因表達(dá) 利用存儲(chǔ)在 DNA 中的信息來(lái)合成 RNA 分子，進(jìn)而生成相應(yīng)蛋白質(zhì)的過(guò)程。gene identification 基因識(shí)別 利用各種方法識(shí)別基因組中的基因序列。gene ontology 基因本體論 關(guān)于基因和蛋白質(zhì)知識(shí)的標(biāo)準(zhǔn)詞匯，是今后實(shí)現(xiàn)各種與基因相關(guān)數(shù)據(jù)的統(tǒng)一、進(jìn)行數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換、開(kāi)展數(shù)據(jù)挖掘的基礎(chǔ)。gene order 基因次序 基因在染色體上的排列順序。gene tree 基因樹(shù) 基于同源基

14、因分析得到的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)。genetic map 遺傳圖譜 以具有多態(tài)性的遺傳標(biāo)記為“路標(biāo)”，以遺傳學(xué)距離為圖距的基因組圖譜。genome 基因組 一個(gè)生物體全部遺傳物質(zhì)的總和。genomics 基因組學(xué) 研究基因組序列，研究序列與功能的關(guān)系，研究基因組中所包含的遺傳信息。genomic library 基因文庫(kù) 包含有基因組 DNA 插入的克隆片段集合。genotype 基因型 一個(gè)個(gè)體或群體全部或部分的基因組成。global alignment 全局比對(duì) 在全局范圍內(nèi)對(duì)兩條序列進(jìn)行比對(duì)打分的方法。GU-AG rule GU AG 規(guī)則 這是一條與真核生物蛋白質(zhì)編碼基因相關(guān)的規(guī)則，說(shuō)的是 RN

15、A 內(nèi)含子序列 5 端 的起始兩個(gè)核苷酸總是 5-GU-3 ，并且其 3 端 的最后兩個(gè)核苷酸總是 5-AG-3 。Hhairpin turn 發(fā)夾環(huán) 在 RNA 鏈中自身反轉(zhuǎn)允許形成分子內(nèi)堿基配對(duì)的位置。Hash table Hash 表 一種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，可以存儲(chǔ)多個(gè)數(shù)值；不像矩陣要用整型索引獲取存在其中的數(shù)， hash 表可以用任何類(lèi)型的值（包括字符串）作為索引。Hidden Markov Models (HMM) 隱馬爾柯夫模型（ HMM ） 在序列分析中常用的一種數(shù)學(xué)模型。 heterochromatin 異染色質(zhì) 指轉(zhuǎn)錄停滯、緊密包裹著的染色質(zhì) ； 和高度 DNA 甲基化以及低度的組蛋

16、白乙?；嘘P(guān)。heuristic methods 啟發(fā)式方法 反復(fù)試驗(yàn) ， 利用經(jīng)驗(yàn)解決問(wèn)題的一種方法。homologs 同源 序列 具有公共祖先的序列。horizontal gene transfer 基因水平轉(zhuǎn)移 基因從一個(gè)物種傳遞到另一個(gè)物種的過(guò)程。雖然病原體和轉(zhuǎn)座子通常被疑似為導(dǎo)致它的原因，但是基因這種運(yùn)動(dòng)的機(jī)制仍然未知。Human Genome Project, HGP 人類(lèi)基因組計(jì)劃 通過(guò)全球合作，繪制人類(lèi)基因組的全部序列圖譜。 housekeeping gene 管家基因 發(fā)育過(guò)程中在任何時(shí)間、在任何器官都高度表達(dá)的基因。H-P (hydrophobic-polar) model

17、 H-P （疏水極性）模型 以固定半徑的單個(gè)原子表示蛋白質(zhì)中的一個(gè)氨基酸殘基的簡(jiǎn)單網(wǎng)格模型。hydrogen bonding 氫鍵 由于極性共價(jià)鍵的作用，使得電荷作用發(fā)生輕微分離而形成的分子相互作用。hydrophilic 親水的 很容易在水性溶劑中溶解；字面上理解，就是和水易處的。hydrophobic 疏水的 難以和 水分子相互作用，字面上就是厭水的。hydrophobic amino acid 疏水氨基酸 含有一個(gè)全部由碳和氫組成的 R 基團(tuán) 的氨基酸；它不可能和水分子形成氫鍵hydrophobic collapse 疏水折疊 將一個(gè)多肽鏈折疊成一個(gè)壓縮的構(gòu)象，從而使疏水殘基遠(yuǎn)離溶劑的過(guò)

18、程，簡(jiǎn)單的說(shuō)，是由疏水作用而引起的肽鏈折疊。Iindel 插入或刪除 插入或刪除。inferred ancestor 25 推斷祖先 通過(guò) 系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)推斷而得到的祖先。inferred tree 推斷樹(shù) 對(duì)三個(gè)或三個(gè)以上的同源序列的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系的描述，是它們真正關(guān)系的一個(gè)近似。informative 有信息 （ 位點(diǎn) ） 在簡(jiǎn)約性分析中的提供有用信息位點(diǎn) ； 與此對(duì)應(yīng)的是無(wú)信息位點(diǎn)。ingroup 內(nèi)群（或內(nèi)部物種） 一個(gè)物種或一個(gè)分歧不大的物種系列；與此相對(duì)應(yīng)的是外群。Inhibitor 抑制劑 任何可以降低酶促反應(yīng)速度的物質(zhì)。initiation complex 起始復(fù)合物 一系列自身相互

19、作用的轉(zhuǎn)錄因子形成復(fù)合體 ， 作用與一個(gè)基因的啟動(dòng)子區(qū)域 ， 從而促進(jìn)基因的轉(zhuǎn)錄啟動(dòng)。initiator (Inr) sequence 起始序列 真核基因中與 轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)密切相關(guān)的核苷酸 ； 在人類(lèi)中 ， 該一致序列是 5-YYCARR-3 。insertion sequence 插入序列 指除了自身轉(zhuǎn)座需要外不再包含有任何信息的 轉(zhuǎn)座子元件 ； 當(dāng)被插入到一個(gè)基因中 ， 它將破壞其正常的結(jié)構(gòu)以及基因的功能。internal node 內(nèi)部節(jié)點(diǎn) 在一棵 系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)中 ， 不對(duì)應(yīng)真正數(shù)據(jù)的節(jié)點(diǎn) ， 這樣的節(jié)點(diǎn)代表兩個(gè)或多個(gè)獨(dú)立家系的公共祖先。intrinsic terminator 固有終止子

20、 在原核生物中終止轉(zhuǎn)錄的特殊信號(hào) ； 指在新轉(zhuǎn)錄的 RNA 中可以形成二級(jí)結(jié)構(gòu)的核苷酸序列 ， 其后跟隨一串尿嘧啶。intron 內(nèi)含子 在剪切時(shí)被切除的內(nèi)部序列；出現(xiàn)在真核基因的 初級(jí)轉(zhuǎn)錄物 (hnRNAs) 中， 而不是在 mRNA 中。isochores 等值區(qū) 在真核基因組中具有相似堿基比例的區(qū)域。Jjunk DNA 垃圾 DNA 沒(méi)有意義的 DNA 序列；也指那些目前還不知道其作用的序列。Kkilobase(kb) 千堿基 DNA 序列的長(zhǎng)度單位 ， 1000 個(gè)堿基為 1kb 。Llead compound 先導(dǎo)化合物 指在藥物設(shè)計(jì)中一個(gè)可行的候選分子。LINE LINE 長(zhǎng)散布（

21、核）元件。linkage map 連鎖圖譜 見(jiàn)“遺傳圖譜”。local alignment 局部比對(duì) 一種尋找匹配子序列的序列比對(duì)方法。lock and key approach 鎖 - 鑰方法 兩個(gè)對(duì)接分子的構(gòu)象被固定的對(duì)接方法。log odds matrix 對(duì)數(shù)幾率矩陣 矩陣元素是每一個(gè)字符替換概率的對(duì)數(shù)的矩陣。Mmatch score 匹配得分 序列比較算法對(duì)相同字符匹配設(shè)置的得分。maximum likelihood approach 最大似然法 指在一系列的序列比對(duì)中，考慮每一個(gè)字符被替代的概率的一種系統(tǒng)發(fā)生學(xué)方法；也是一種基于純統(tǒng)計(jì)的系統(tǒng)發(fā)生重建方法。methylation 甲基

22、化 一個(gè)甲基 ( CH 3 ) 附著在一個(gè)核苷酸的 含氮堿基或者蛋白質(zhì)上。microarray 微陣列 在一個(gè)固體基片上的已知位置固定了 DNA 探針的有序陣列。microsatellite 微衛(wèi)星 在基因組中很多非常短的核酸序列出現(xiàn)的區(qū)域，例如串接出現(xiàn) 5-CA-3 的重復(fù)序列；通常在個(gè)體間變化很大。MIAME(the minimum information about a microarray experiment) 微陣列實(shí)驗(yàn)的最小信息 為了實(shí)現(xiàn)微陣列數(shù)據(jù)共享和交流而制定的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)標(biāo)準(zhǔn)。 minisatellite 小衛(wèi)星 指在基因組中長(zhǎng)度從5個(gè)堿基對(duì)到幾十個(gè)堿基對(duì)重復(fù)序列串連出現(xiàn)的區(qū)域

23、； 在個(gè)體間變化可能很大。mismatch score 失配打分 在一個(gè)比對(duì)算法中，對(duì)于不相同的字符被比對(duì)時(shí)所賦予的罰分。molecular clock 分子鐘 這是一個(gè)有爭(zhēng)議性的假設(shè)，指對(duì)于所有的進(jìn)化譜系，任何一段給定的 DNA 序列以相同的速率突變。molecular clones 分子克隆 指一段 DNA 序列的多數(shù)相同拷貝，一般地在例如 質(zhì)粒或病毒等載體中進(jìn)行，使得 它們可以在細(xì)菌培養(yǎng)物中生存并傳播。molecular graphics 分子圖形學(xué) 分子圖形學(xué)是進(jìn)行分子模型化的一項(xiàng)重要技術(shù)，由于分子圖形學(xué)和其它計(jì)算化學(xué)方法的相互結(jié)合，使得分子模型化方法取得成功。molecular mo

24、deling 分子模型化 分子模型化是利用計(jì)算機(jī)模擬分子結(jié)構(gòu)、研究分子之間相互作用的一種技術(shù)。Monte Carlo algorithm Monte Carlo 算法 一種嘗試復(fù)雜問(wèn)題的各種可能解的方法，例如將能量最小作為評(píng)價(jià)一般解的方法。motif 序列模式 指核酸或者蛋白質(zhì)序列中具有保守性的序列片段。multiple sequence alignment 多重序列比對(duì) 三個(gè)或更多條序列的比對(duì)。 mutation 突變 由于 DNA 復(fù)制或者修復(fù)錯(cuò)誤導(dǎo)致核苷酸序列發(fā)生的變化；嚴(yán)格地講，通過(guò)選擇性過(guò)濾在物種代間發(fā)生的變化。Nnative structure 天然結(jié)構(gòu) 在一個(gè)活細(xì)胞內(nèi)，特定的蛋白

25、質(zhì)通常折疊成的唯一結(jié)構(gòu)。natural selection (selection) 自然選擇 個(gè)體間由于適應(yīng)性的差異而形成的基因傳給子代的差異現(xiàn)象；導(dǎo)致 等位基因頻率改變的進(jìn)化。nearest neighbor classifier 最近鄰分類(lèi)法 一種根據(jù)物體特征相似性對(duì)它們進(jìn)行分類(lèi)的一種統(tǒng)計(jì)學(xué)方法。negative regulation 負(fù)調(diào)控 可以阻止基因轉(zhuǎn)錄發(fā)生的調(diào)控neighbor-joining method 鄰近歸并法 一種聚類(lèi)方法 ，在聚類(lèi)之前，所有對(duì)象以單個(gè)節(jié)點(diǎn)表示，然后逐步合并相鄰節(jié)點(diǎn) 。nucleotide 核苷酸 核酸分子的基本單位，其組成方式為堿基 - 戊糖 - 磷酸。

26、 neural network 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò) 一種可以通過(guò)學(xué)習(xí)來(lái)仿效一些神經(jīng)元的功能計(jì)算機(jī)程序；能夠用來(lái)根據(jù)統(tǒng)計(jì)相似性預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)集的特定屬性。neutral mutation 中性突變 不影響生物適應(yīng)性的突變。NMR NMR 核磁共振 用于解析蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的技術(shù)。nodes 節(jié)點(diǎn) 在一棵系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)中，以節(jié)點(diǎn)代表一個(gè)分類(lèi)單元（物種、序列）。nondegenerate site 非簡(jiǎn)并位點(diǎn) 突變總是導(dǎo)致蛋白質(zhì)氨基酸序列發(fā)生替換的密碼子位置。nonsynonymous substitution 異義替換 可以使氨基酸發(fā)生變化的密碼子中核苷酸的替換。Oopen reading frame (ORF) 開(kāi)放閱讀

27、框（ ORF ） 一段由密碼子組成的核苷酸序列，在 相同閱讀框中沒(méi)有終止密碼子出現(xiàn)。operator sequence 操縱子序列 原核生物調(diào)控蛋白結(jié)合的 與基因啟動(dòng)子相關(guān)的一段核苷酸序列。operon 操縱子 包含有結(jié)構(gòu)基因和調(diào)控元件、在轉(zhuǎn)錄中產(chǎn)生mRNA分子的一組相關(guān)的基因。origination penalty 起始罰分 用來(lái)評(píng)估一系列新空位的罰分；序列比對(duì)中空位罰分的一部分。orthologs 直向（直系）同源物 那些具有相似性的序列， 由于物種形成事件而使得它們從一個(gè)祖先序列獨(dú)立進(jìn)化。outgroup 外群（外部參考物種） 指與一組生物體很少相關(guān)的一個(gè)物種或一組物種。PPAM uni

28、t PAM 單位 一種進(jìn)化單位；特別地，指被觀察的對(duì)象中每 100 個(gè)殘基發(fā)生一個(gè)替換所需要的平均進(jìn)化時(shí)間。Pairwise Sequence Alignment 序列兩兩比對(duì) 對(duì)兩條序列進(jìn)行編輯操作，通過(guò)字符匹配和替換，或者插入和刪除字符，使得兩條序列達(dá)到一樣的長(zhǎng)度，并使兩條序列中相同的字符盡可能地一一對(duì)應(yīng)。paralogs 共生（旁系）同源物 那些具有相似性的序列， 它們都是被復(fù)制的祖先基因的后裔。parsimony 簡(jiǎn)約性 指只需少量突變事件激發(fā)就可以使一條進(jìn)化路徑比其他路徑更有優(yōu)先權(quán)的過(guò)程pattern discrimination analysis 模式判別分析 是一種統(tǒng)計(jì)方法，主要

29、根據(jù)觀察到的一個(gè)或多個(gè)序列模式來(lái)對(duì)序列進(jìn)行分類(lèi)。physical map 物理圖譜 關(guān)于基因組中特異性序列排列和間距的信息，建立物理圖譜實(shí)際上是為全基因組測(cè)序建立“路標(biāo)”，是測(cè)序的前一步工作。peptide 肽 一條含有多個(gè)氨基酸的鏈。peptide bond 肽鍵 在肽連接中碳氮之間的共價(jià)鍵。pharmacogenomics 藥物基因組學(xué) 一門(mén)利用個(gè)體的遺傳信息獲取最好的藥物療效 ， 同時(shí)具有最小副作用的研究領(lǐng)域phenotype 表型 生物體由于和其基因型和環(huán)境相互作用而產(chǎn)生的可見(jiàn)屬性。phosphodiester bond 磷酸二酯鍵 連接一個(gè)核苷酸的磷酸基團(tuán)和另外一個(gè)的 脫氧核糖的共價(jià)

30、鍵。phylogenetic tree 系統(tǒng)發(fā)生樹(shù) 對(duì)三個(gè)或三個(gè)以上基因或生物體之間的進(jìn)化關(guān)系的圖形化表示。point accepted mutation (PAM) 點(diǎn)接受突變（ PAM ） 指被自然選擇接受的突變。 polar amino acid 極性氨基酸 通常指?jìng)?cè)鏈上包含氧和（或）氮并且很容易和水形成氫鍵的氨基酸。polar bond 極性鍵 在一個(gè)帶全正電的分子和另一個(gè)帶全負(fù)電的分子之間發(fā)生的相互作用。polyadenylation 多聚腺苷酸化 指用一個(gè)基因核苷酸序列中不被讀出的一段長(zhǎng)約 250 個(gè)堿基 A 組成 的序列替代真核 hnRNA3 端的過(guò)程。polycistronic

31、 多順?lè)醋?包含多個(gè)基因的遺傳信息（順?lè)醋樱olymerase chain reaction 聚合酶鏈反應(yīng) 一種在體外快速、大量地合成給定DNA片段的技術(shù)，首先將雙鏈DNA分離成兩個(gè)互補(bǔ)的單鏈，再用DNA聚合酶將每一個(gè)單鏈合成雙鏈，如此重復(fù)下去。Polynucleotide 多核苷酸 一條核苷酸的聚合鏈 ； DNA 或 RNA 分子。polypeptide 多肽 一條氨基酸的聚合鏈 ； 蛋白質(zhì)。position-specific scoring matrix 位置特異性打分矩陣 一個(gè)矩陣，矩陣中的每一個(gè)數(shù)表示某個(gè)特定的氨基酸占據(jù)多序列比對(duì)中某個(gè)位置的頻率。positive regulati

32、on 正調(diào)控 一個(gè)調(diào)控蛋白的結(jié)合使得 RNA 聚合酶更容易啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄的情況。primary structure 一級(jí)結(jié)構(gòu) 組裝成蛋白質(zhì)的氨基酸序列。Principal Component Analysis ， PCA 主成分分析 是一種掌握事物主要矛盾的統(tǒng)計(jì)分析方法，它可以從多元事物中解析出主要影響因素，揭示事物的本質(zhì)，簡(jiǎn)化復(fù)雜的問(wèn)題。probe 探針 一塊被標(biāo)記的可以特異性和感興趣的分子發(fā)生相互作用的 DNA （或 RNA 或抗體）。promoter sequence 啟動(dòng)子序列 指和一個(gè)基因相關(guān)聯(lián)的可以被 RNA 聚合酶識(shí)別的序列。protein backbone 蛋白質(zhì) 骨架 多肽鏈中的非

33、側(cè)鏈原子。protein electrophoresis 蛋白質(zhì)電泳 根據(jù)蛋白質(zhì)的基本特征（如大小、帶電性）在電場(chǎng)下分離并比較蛋白質(zhì)的方法protein sequencing 蛋白質(zhì)測(cè)序 對(duì)給定蛋白質(zhì)的氨基酸進(jìn)行測(cè)序的過(guò)程；通常根據(jù) Edman 方法，每次從多肽的羧基端移走一個(gè)氨基酸。protein threading 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)線索法 首先假設(shè)多肽的構(gòu)象，然后根據(jù)得到的結(jié)構(gòu)計(jì)算出其能量的方法。通過(guò)計(jì)算各種已知結(jié)構(gòu)的能量，可以得出與給定蛋白質(zhì)序列最符合的構(gòu)象。因?yàn)樵摻Y(jié)構(gòu)是假設(shè)的而不是計(jì)算出來(lái)的，所以線索法有時(shí)指的就是“反向蛋白質(zhì)折疊”。proteome 蛋白質(zhì)組 一個(gè)生物體的所有蛋白質(zhì)總和

34、。Proteomics 蛋白質(zhì)組學(xué) 蛋白質(zhì)組學(xué)是研究細(xì)胞內(nèi)所有蛋白質(zhì)及其動(dòng)態(tài)變化規(guī)律的科學(xué)。pseudogene 偽基因 發(fā)生突變之后失去功能以及轉(zhuǎn)錄活性的基因。pseudoknot 偽結(jié) 當(dāng)環(huán)內(nèi)的堿基和環(huán)外的堿基形成配對(duì)的時(shí)候就是一個(gè)假結(jié)體；RNA結(jié)構(gòu)中最難預(yù)測(cè)的類(lèi)型。purine 嘌呤 堿基具有雙環(huán)結(jié)構(gòu)的核苷酸；通常指鳥(niǎo)嘌呤和腺嘌呤。pyrimidine 嘧啶 堿基具有單環(huán)結(jié)構(gòu)的核苷酸；通常指胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶。Qquaternary structure 四級(jí)結(jié)構(gòu) 當(dāng)若干個(gè)多肽相互結(jié)合時(shí)分子內(nèi)部發(fā)生的相互作用 ； 相互作用的蛋白質(zhì)形成的整體結(jié)構(gòu)。Rreading frame 閱讀框

35、在蛋白質(zhì)編碼基因中，以起始密碼子開(kāi)始、終止密碼子結(jié)束的一段線性密碼子序列。regulatory 調(diào)控 在特定的條件下允許或阻止一個(gè)基因的表達(dá)；對(duì)應(yīng)于 結(jié)構(gòu)蛋白。 residue 殘基 作為多肽鏈一部分的氨基酸；在關(guān)于蛋白質(zhì)或肽的語(yǔ)境中，殘基通常指氨基酸restriction enzymes 限制性 （ 內(nèi)切 ） 酶 指在它們遇到特定的核苷酸序列的時(shí)候在 DNA 分子中引入雙鏈缺口的蛋白質(zhì)restriction mapping 限制性酶切圖譜 用兩個(gè)或多個(gè)限制性酶進(jìn)行同步消化來(lái)決定 DNA 分子中的限制性酶識(shí)別序列的相對(duì)位置。restriction site 限制性 （ 酶切 ） 位點(diǎn) 被限制性

36、酶識(shí)別的核苷酸序列 ； 限制性酶識(shí)別位點(diǎn)。retroposon 逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子 一個(gè)被 RNA 媒介傳輸?shù)霓D(zhuǎn)座元件。retrotransposition 逆 轉(zhuǎn)錄 轉(zhuǎn)座 包含一個(gè) RNA 媒介的轉(zhuǎn)座。reverse transcriptase 逆轉(zhuǎn)錄酶 一種用來(lái)將 RNA 變成 DNA 的特殊的酶。ribosome 核糖體 指負(fù)責(zé)催化翻譯過(guò)程的蛋白質(zhì)和 rRNA 的復(fù)合體 。 ribozyme 核酶 指可以加速特定化學(xué)反應(yīng) （ 例如自切割 ） 的 RNA 分子。RNA （ Ribonucleic Acid ） 核糖核酸 RNA 是單鏈的核酸分子 。RNA polymerase RNA 聚合酶 負(fù)

37、責(zé)轉(zhuǎn)錄的酶；將 DNA 分子中的信息轉(zhuǎn)移到 RNA 分子中。rooted tree 有根樹(shù) 含有一個(gè)被認(rèn)為是公共祖先的節(jié)點(diǎn)、并且該節(jié)點(diǎn)到其他節(jié)點(diǎn)只存在唯一路徑的一棵系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)。Ssatellite DNA 衛(wèi)星 DNA 指相對(duì)于其他的基因組數(shù)據(jù)而言，重復(fù)性很大、存儲(chǔ)的信息量很少的真核 DNA 片段。scaled tree 標(biāo)度樹(shù) 指分支長(zhǎng)度和相鄰節(jié)點(diǎn)對(duì)之間的差異成比例的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)。scoring matrix 打分矩陣 在序列比對(duì)中，用來(lái)對(duì)每一個(gè)非空位置進(jìn)行打分的矩陣。secondary structure 二級(jí)結(jié)構(gòu) 指源自蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)的 螺旋、 折疊等局部結(jié)構(gòu)特征。Self-Organiz

38、ing Map ， SOM 自組織映射神經(jīng)網(wǎng)絡(luò) 自組織特征映射是類(lèi)似大腦思維的一種人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型，它是一種競(jìng)爭(zhēng)學(xué)習(xí)算法。semiglobal alignment 準(zhǔn)全局比對(duì) 指出現(xiàn)在序列頭尾的空位不影響比對(duì)得分的序列比對(duì)。sequence 序列 （ 1 ） DNA 或 RNA 分子核苷酸的線性排列或者蛋白質(zhì)中氨基酸的排列；（ 2 ）對(duì)分子中的核苷酸或者氨基酸的線性排列進(jìn)行定序的操作。sequencing 測(cè)序 測(cè)定生物分子序列的過(guò)程稱為測(cè)序。serial analysis of gene expression (SAGE) 基因表達(dá)的系列分析 (SAGE) 用來(lái)評(píng)估基因表達(dá)水平的實(shí)驗(yàn)方法。

39、side chain 側(cè)鏈 附著在氨基酸中心碳原子的短鏈或者原子基團(tuán)。silencer 沉默子 通過(guò)沉默子可以抑制基因的表達(dá)，或?qū)蜻M(jìn)行有選擇性的表達(dá)。SINE SINE 短散布（核）元件。SNPs （ Single nucleotide polymorphisms ） SNPs （ 單核苷酸多態(tài)性 ） SNPs 對(duì)人類(lèi)遺傳學(xué)研究和醫(yī)學(xué)應(yīng)用具有重要的意義，如 人類(lèi)種群遺傳學(xué)的研究，疾病易感性分析，藥物基因組研究，個(gè)體化醫(yī)療。SOM(Self organization map) 自組織映射神經(jīng)網(wǎng)絡(luò) 一種無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)方法，可以完成對(duì)物體的聚類(lèi)。 species tree 物種樹(shù) 表示物種之間關(guān)系的

40、系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)。spliceosomes 剪接體 真核生物中負(fù)責(zé)剪接的酶復(fù)合體。splicing 剪接 指剪掉真核 hnRNA 內(nèi)部序列（內(nèi)含子）再將與之相鄰的外顯子連接起來(lái)的過(guò)程。start codon 起始密碼子 引導(dǎo) 原核和真核生物核糖體開(kāi)始翻譯 mRNA 的三聯(lián)密碼子（特別是 AUG ）。stem 莖干 一個(gè) RNA 分子內(nèi)部堿基配對(duì)的區(qū)域。stop codon 終止密碼子 不再使核糖體插入氨基酸而使 mRNA 翻譯終止的密碼子（特別是 UGA, UAG 和 UAA ） 。structural protein 結(jié)構(gòu)蛋白 通常指可以維持細(xì)胞或組織形狀的蛋白質(zhì)，它們可以為骨骼或連接組織提供支撐的硬骨架。STS （ sequence tagged site ） 序列標(biāo)記位點(diǎn) 這些位點(diǎn)所對(duì)應(yīng)的序列在基因組中可以作為特定的標(biāo)記。substitution 替換 在一定水平上通過(guò)選擇過(guò)濾的突變。Sum-of-Pairs （ SP ） 逐對(duì)加和（ SP ） 是一種多重序列比對(duì)的評(píng)價(jià)模型。superfamily 超家族 在一定程度上具有序列相似性，可以反映遠(yuǎn)古進(jìn)化關(guān)系的蛋白質(zhì)家族的集合。super-secondary structure 超二級(jí)結(jié)構(gòu) 若干二級(jí)結(jié)構(gòu)可能以特殊的幾何組合