醫(yī)藥信息檢索與利用：PubMedA

1、PUBMED一、MedLine數(shù)據(jù)庫簡介*Medline數(shù)據(jù)庫是當前國際上公認最權(quán)威的生物醫(yī)學數(shù)據(jù)庫。*是當前檢索外文文獻使用頻率最高的數(shù)據(jù)庫。*版權(quán)歸美國國立醫(yī)學圖書館 *期刊收錄：1966年70多個國家和地區(qū)，37種語言，近5600種期刊外文數(shù)據(jù)庫檢索外文數(shù)據(jù)庫檢索*數(shù)據(jù)庫類型為題錄型數(shù)據(jù)庫，其內(nèi)容有印刷型檢索工具Index Medicus（美國醫(yī)學索引，IM）、Index to Dental Literature（牙科文獻索引）、International Nursing Index（國際護理學索引）。*大部分為英語語種的文獻，91%，文獻來源以美國為主，45%，53%帶有英文文摘，覆蓋

2、基礎(chǔ)醫(yī)學，臨床醫(yī)學，護理學，口腔，衛(wèi)生保健等一、一、MedLine數(shù)據(jù)庫簡介數(shù)據(jù)庫簡介 Medline數(shù)據(jù)庫按照提供服務的方式，共有三種服務形式： 1、Medline數(shù)據(jù)庫國際聯(lián)機檢索 2、Medline CD-ROM 3、基于WWW的因特網(wǎng)查詢系統(tǒng)PubMed 二、二、MedLine數(shù)據(jù)庫服務形式數(shù)據(jù)庫服務形式Medline數(shù)據(jù)庫國際聯(lián)機檢索 是最早期的服務方式。用戶終端通過電話線連接美國國立醫(yī)學圖書館Medline數(shù)據(jù)庫的主機直接進行檢索。檢索費用高。 二、二、MedLine數(shù)據(jù)庫使用形式數(shù)據(jù)庫使用形式MedLine CD-ROM出版商將數(shù)據(jù)庫制成光盤，然后郵寄給用戶 。不同出版商的數(shù)據(jù)庫

3、檢索界面略有不同，我國主要引進Ovid（原Silver Platter)公司產(chǎn)品。檢索界面與CBMdisc類似。二、二、MedLine數(shù)據(jù)庫使用形式數(shù)據(jù)庫使用形式PubMed(=Public+Medicine)是美國家醫(yī)學圖書館(NLM)下屬的國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)開發(fā)的、基于WWW的因特網(wǎng)檢索系統(tǒng)PubMed。 包括 MEDLINE和PREMEDLINE的完整內(nèi)容，部分被MEDLINE認為超出范圍的文章和雜志。 PubMed 是比 MEDLINE 的更大的集合。 是生物醫(yī)學領(lǐng)域最重要最權(quán)威的二次文獻數(shù)據(jù)庫 二、二、MedLine數(shù)據(jù)庫使用形式數(shù)據(jù)庫使用形式 PubMed PubMe

4、d檢索系統(tǒng)由隸屬于美國國立醫(yī)學圖書館（NLM）的國家生物信息中心（NCBI）于1997年推出的基于Internet的免費生物醫(yī)學文獻檢索系統(tǒng)，是檢索生物醫(yī)學期刊論文的重要工具，可免費檢索MEDLINE、PREMEDLINE，部分記錄還可鏈接到全文。 網(wǎng)址：/pubmed/； PubMed是檢索外文醫(yī)藥文獻最主要的題錄數(shù)據(jù)庫。約5%的文獻免費獲取全文。PUBMED數(shù)據(jù)類型：期刊論文、綜述、以及與其他數(shù)據(jù)資源鏈接。特點：免費提供題錄和文摘提供與原文的網(wǎng)址鏈接(部分免費獲取 5%） 提供檢索詞自動轉(zhuǎn)換匹配操作簡便、快捷PUBMED數(shù)據(jù)庫特點數(shù)據(jù)庫特

5、點 收錄范圍廣： MEDLINE收錄的部分生命科學相關(guān)文章的非醫(yī)學專業(yè)期刊（物理、天文、化學等） 收錄記錄新： 在MEDLINE數(shù)據(jù)標引前的最新題錄 文獻類型全： 提供電子原文鏈接（部分免費）PubMed與與MEDLINE的區(qū)別的區(qū)別PubMed主頁檢索框檢索工具使用說明PUBMED數(shù)據(jù)來源 PubMed中的數(shù)據(jù)來源于以下四個部分： （1）Medline PubMed的主體部分，記錄末尾標有PubMed-indexed for MedLine。 （2）PreMedline 臨時性的醫(yī)學數(shù)據(jù)庫，收錄最新出版的文獻，縮短文獻報道時差。PreMedline中的記錄每天有進有出，新進的記錄標有PubM

6、ed-in process，標引好主題詞和文獻類型等字段的記錄轉(zhuǎn)入Medline。PubMed 數(shù)據(jù)來源數(shù)據(jù)來源 3）Publisher Supplied Citations 是出版商直接向PubMed遞送的電子文獻，記錄標記：PubMed-as supplied by publisher。 （4）OldMEDLINE 目前含有1951-1965年的150多萬條題錄，不含有摘要，保持舊版MeSH詞表的標引。記錄標記：PubMed-OLDMEDLINE。 PubMed 數(shù)據(jù)來源數(shù)據(jù)來源數(shù)據(jù)來源 PubMed中的數(shù)據(jù)來源于以下四個部分： （1）Medline PubMed的主體部分，記錄末尾標有P

7、ubMed-indexed for MedLine。 （2）PreMedline 臨時性的醫(yī)學數(shù)據(jù)庫，收錄最新出版的文獻，縮短文獻報道時差。PreMedline中的記錄每天有進有出，新進的記錄標有PubMed-in process，標引好主題詞和文獻類型等字段的記錄轉(zhuǎn)入Medline。PubMed 數(shù)據(jù)來源數(shù)據(jù)來源 4種數(shù)據(jù)來源中，只有第(1)和第(4) 來源的記錄標引了MeSH詞，因此當用主題詞檢索時可檢索出來，而第(2)和第(3)來源的記錄則未做MeSH詞標引（是最新和最近發(fā)表的文獻），因此用主題詞檢索時不能檢索到。PubMed 數(shù)據(jù)來源數(shù)據(jù)來源PubMed中的每條記錄都有一個唯一的識別號

8、，即PMID(PubMed Unique Identifier)號,用PMID號快速檢索到該ID號對應的文獻。Epub ahead of print 如果期刊是SCI收錄的，以后就能查到（SCIE收錄的則未必）但是要想在Web of Science(SCI)上查到，必須等到，正式出版后，有了期卷號、出版頁碼等信息后，才有可能Web of Science 查到.電子出版物 PubMed主頁面分為3部分1. 檢索區(qū)2. 主要功能區(qū)3. 輔助功能區(qū)二、二、PubMed主頁簡介主頁簡介檢索區(qū)輔助功能區(qū)檢索區(qū) 位于主頁上方，通過點擊數(shù)據(jù)庫欄列表中PubMed旁邊的下拉菜單，根據(jù)實際檢索需要可以更改數(shù)據(jù)庫

9、主要用來檢索的數(shù)據(jù)庫有：all database、PubMed、Protein、Nucleotide、GSS、EST、Structure、Genome等），高級檢索（Advanced ），點擊Help可查看檢索幫助，在檢索式輸入框中輸入檢索式，點擊“Search”按鈕，可執(zhí)行檢索操作。 二、二、PubMed主頁簡介主頁簡介2. 主要功能區(qū): 包括Using PubMed、PubMed Tools和More Resources三部分。 1 1）Using PubMedUsing PubMed 主要介紹如何使用PubMed，分為PubMed Quick Start Guide、Full Text

10、Articles、PubMed FAQs、PubMed Tutorials和New and Noteworthy共5個部分。其中： PubMed Quick Start Guide: 介紹如何快速掌握使用PubMed。 Full Text Articles： 介紹如何獲得電子版全文； PubMed FAQs： 介紹在使用PubMed時的一些常見問題。 PubMed Tutorials： 詳細介紹PubMed使用指南。 New and Noteworthy： PubMed未來更新告示。2）PubMed Tools 包括PubMed Mobile、Single Citation Matcher、B

11、atch Citation Matcher、Clinical Queries和Topic-Specific Queries五個部分，其中:PubMed Mobile:是PubMed手機版。Single Citation Matcher和Batch Citation Matcher:為單一/批量引文匹配檢索工具，是用不完整的文獻信息為線索來查特定文獻的工具。Clinical Queries:可實現(xiàn)將檢索范圍限定為與臨床相關(guān)的診斷、治療、病因和預后四個方面。Topic-Specific Queries:是指按某一特殊主題來檢索文獻。二、二、PubMed Tools 3）More Resources

12、 包括MeSH Database、Journals in NCBI Databases、Clinical Trials、E-Utilities和LinkOut五個部分。其中：MeSH Database： 是具有檢索功能的MeSH詞表。可實現(xiàn)主題詞檢索方式，即通過主題詞組配副主題詞來檢索文獻。Journals in NCBI Databases： 供查詢PubMed和Entrez其他數(shù)據(jù)庫收錄期刊的信息。Clinical Trials： 可瀏覽定期更新的有關(guān)政府和私人資助的臨床研究項目信息。E-Utilities： 可實現(xiàn)自動化大批量的從Entrez數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)。并且提供了幾種常用的程序語言以

13、供選擇，像Perl, Python, Java, 和 C+等。LinkOut： 是指外部資源鏈接。n自動詞語匹配。 nCookies交互功能：利用Cookies保留檢索史；使用粘貼板保存檢索結(jié)果 。nWeb瀏覽器都必須設(shè)在啟用Cookies狀態(tài)下 n鏈接點多，部分在網(wǎng)上免費獲得全文 n原文傳遞服務 （二）（二） PubMed檢索檢索特點特點 詞匯自動轉(zhuǎn)換功能 強制檢索功能 截詞檢索功能 鏈接功能PubMed 系統(tǒng)的主要功能系統(tǒng)的主要功能 在PubMed主頁的檢索提問框中鍵入檢索詞，系統(tǒng)將按順序使用如下4種索引，對檢索詞進行轉(zhuǎn)換后再檢索。 （1 1）MeSHMeSH轉(zhuǎn)換表（轉(zhuǎn)換表（MeSH Tr

14、anslation TableMeSH Translation Table），包括MeSH詞、參見詞、副主題詞等。如果系統(tǒng)在該表中發(fā)現(xiàn)了與檢索詞相匹配的詞，就會自動將其轉(zhuǎn)換為相應的MeSH詞和Text word詞（題名詞和文摘詞）進行檢索。例如：鍵入“Vitamin h，系統(tǒng)將其轉(zhuǎn)換成Biotin MeSH Terms OR Vitamin h Text word后進行檢索。 PUBMED詞匯自動轉(zhuǎn)換功能詞匯自動轉(zhuǎn)換功能 刊名轉(zhuǎn)換表（Journal Tanslation Table），包括刊名全稱、MEDLINE形式的縮寫和ISSN號?？斎Q或MEDLINE認可的標準縮寫形式. 該轉(zhuǎn)換表能

15、把鍵入的刊名全稱轉(zhuǎn)換為MEDLINE縮寫后進行檢索。如：在檢索提問框中鍵入：“new england journal of medicine, PubMed將其轉(zhuǎn)換為N Engl J Med后進行檢索。 PUBMED詞匯自動轉(zhuǎn)換功能詞匯自動轉(zhuǎn)換功能 短語表（Phrase list）。該表中的短語來自MeSH、含有同義詞或不同英文詞匯書寫形式的統(tǒng)一醫(yī)學語言系統(tǒng)和補充概念（物質(zhì)）名稱表。如果PubMed 系統(tǒng)在MeSH和刊名轉(zhuǎn)換表中未發(fā)現(xiàn)與檢索詞相匹配的詞，就會查找短語表。 PUBMED詞匯自動轉(zhuǎn)換功能詞匯自動轉(zhuǎn)換功能 著者索引（Author Index）。如果鍵入的詞語未在上述各表中找到相匹配的

16、詞，或者鍵入的詞是一個后面跟有12個字母的短語，PubMed即查著者索引 著者姓名,姓在前,名首字母在后。 布爾邏輯運算式： (運算符須大寫）PUBMED詞匯自動轉(zhuǎn)換功能詞匯自動轉(zhuǎn)換功能 PubMed允許使用雙引號（“ ”）來強制系統(tǒng)進行短語檢索。例如，在PubMed主頁的檢索提問框中鍵入“Single cell”，并用雙引號引起來，然后點擊“Go”，系統(tǒng)會將其作為一個不可分割的詞組在數(shù)據(jù)庫的全部字段中進行檢索。 使用雙引號檢索，會自動關(guān)閉詞匯轉(zhuǎn)換功能。 強制檢索功能強制檢索功能 PubMed 允許使用“*”號作為通配符進行截詞檢索。如：鍵入“bacter*”，系統(tǒng)會找到那些前一部分是bact

17、er的單詞（如Cia, bacterium, bacteriophage等），并對其分別進行檢索。 截詞功能只限于單詞，對詞組無效。如：“infection*”包括“infections”，但不包括“infection control”等 使用截詞功能時，PubMed系統(tǒng)會自動關(guān)閉詞匯轉(zhuǎn)換功能 截詞檢索功能截詞檢索功能 nLimits（檢索限制選擇） 字段限制：著者、刊名、篇名、濾過（filter原文收藏處）等 數(shù)據(jù)輸入時間：默認檢索可回溯到1950年，限制選擇30天-10年 7種文獻類型限制 7種語種限制 12種子文檔：(01年新增2種Space Life Sciences and Bioe

18、thics ）PubMed的輔助檢索的輔助檢索 鏈接相關(guān)文獻。PubMed系統(tǒng)中的每條文獻記錄均有一個相關(guān)文獻鏈接，在檢索結(jié)果的顯示狀態(tài)下，每條記錄的右邊均有“Related Articles”超鏈接。點擊該鏈接，系統(tǒng)按文獻的相關(guān)度從高到低顯示相關(guān)文獻。鏈接功能鏈接功能 n詞語（主題）檢索 n著者檢索 n刊名檢索 n布爾邏輯檢索 n日期或日期范圍檢索n檢索帶文摘的記錄 （四）（四）PubMed 檢索方法檢索方法詞語（主題）檢索n主題詞檢索：1）在檢索欄中選擇MeSH數(shù)據(jù)庫，輸入主題詞進入檢索；2）使用MeSH Database。n基本檢索：使用檢索欄（數(shù)據(jù)庫為PubMed)n例：查找哮喘的藥物

19、治療（asthma, drug therapy）n 查找聞玉梅教授的文獻（Wen ymau）11條主題詞檢索副主題詞主題詞檢索n選擇相應主題詞，點開“Send to”下拉鍵，選擇“seach box with and ”， “seach box with or ” ，“seach box with not”n注意：在此頁面一定不能點擊“Go”按鈕。查找醛糖還原酶抑制劑（aldose reductase inhibitor）預防糖尿病腎病(Diabetic Kidney Diseases)的方面文獻。詞語（主題）檢索基本檢索n在提問框中鍵入著者姓氏全稱和名字的首字母縮寫，格式為：著者姓 名字首字母縮寫，例如wen ym.n如果在著者姓名前后使用雙引號，并用著者字段標識au加以限定，如“wen ym”au，那么系統(tǒng)只檢索著者字段 著者檢索著者檢索PubMed記錄字段說明記錄字段說明P135-136文摘文摘第一著者單位地址第一著者單位地址出版商提供文獻識別出版商提供文獻識別號號著者群著者群版權(quán)說明版權(quán)說明參考評論文獻參考評論文獻合著者合著者文獻參考評論文獻參考評論定稿版定稿版校樣版校樣版輸入日期輸入日期輸入完成日期輸入完成日期電子出版日期電子出版日期文獻限定文獻限定 格式格式 排列方式排列方式