肺癌的分子病理檢測進展課件

1、肺癌分子病理檢測進展北京協(xié)和醫(yī)院 曾瑄主要內(nèi)容肺癌驅動基因的突變譜 EGFR基因突變檢測技術的進展及臨床意義其它驅動基因的檢測及要解決的問題Front Oncol. 2014 Jul 16;4:182.高加索人群NSCLC驅動基因突變譜Aisner DL, et al. 2014 ASCO Abstract 11030. Giaccone G, et al. 2013 ASCO Abstract 7513.美國LCMC I肺腺癌結果Molecular Profiling and Targeted Therapy for Advanced Non-Small Cell Lung Cancer,

2、Small cell Lung Cancer, and Thymic Malignancies Trial.The Lung Cancer Mutation Consortium高加索人群NSCLC發(fā)生EGFR基因突變約占20%在亞洲人群NSCLC驅動基因突變譜中國檢測結果日本檢測結果EGFR依然是亞裔腺癌最常見的驅動基因，約占50%Koh Y, et al. 2013 ASCO Abstract 7572. Wu YL, et al. 2011. Cancer Treatment Reviews 39 (2013) 839肺癌驅動基因的突變譜：腺癌 & 鱗癌腺癌鱗癌21%25%36%7.8%

3、3.3%2.6%2.2%0.8%0.7%0.7%0.1%肺腺癌與肺鱗癌發(fā)生模式不同，腺癌以突變?yōu)橹鳎[癌以擴增為主。Aisner DL, et al. 2014 ASCO Abstract 11030. Gadgeel SM, et al. 2014 ASCO Abstract 7592.EGFR突變率：12.7%過表達率：57%擴增率：61%EGFR突變患者中：66% MET高表達，7% MET擴增患者或可獲益于EGFR和MET雙重靶向治療54% TP53突變患者或可對TKI耐藥，對放療交叉耐藥入組患者：N=6785NSCLC研究方法：多平臺檢測6種腫瘤標志物 測序法(Sanger，二代測序

4、) 蛋白表達(IHC) 基因擴增(CISH/FISH)研究終點：各腫瘤標志物的突變、表達、擴增、重排率Xiu J, et al. 2014 ASCO Abstract e19012.評估6785例NSCLC患者腫瘤標志物以指導聯(lián)合治療策略ALKALK重排率：2.8%ALK重排陽性患者中：19% EGFR擴增，3% MET擴增，2% HER2擴增患者或可獲益于克唑替尼、西妥昔單抗、曲妥珠單抗、onartuzumabBRAFBRAF突變率：3.3%BRAF突變患者中：58% EGFR高表達，48% MET高表達患者或可獲益于Dabrafenib、西妥昔單抗、onartuzumab研究結論：多靶點基

5、因變異發(fā)生可能并不相斥高通量的檢測平臺主要內(nèi)容肺癌驅動基因的突變譜 EGFR基因突變檢測技術進展及臨床意義其它驅動基因的檢測及要解決的問題T790M突變率：36/66(54.5%)Zheng D, et al. 2014 ASCO Abstract 11049.檢測標本:66例NSCLC患者PD后血漿cfDNA其中部分患者未PD時血漿cfDNA 研究終點：T790突變率數(shù)字PCR法:檢測T790M突變16.7%（6/36）例僅有T790M突變，83.3(30/36)例T790M突變和敏感突變共存9.1%（6/66）患者僅有EGFR敏感突變36.4%（24/66）患者未檢測到EGFR突變T790

6、M positive rate:54.5%(33/36)無創(chuàng)動態(tài)監(jiān)控獲得性EGFR-T790M突變及探索TKI治療的晚期NSCLC患者T790M突變異質性血液檢測可早于影像學發(fā)現(xiàn)腫瘤進展在臨床PD前中位2個月時即可在血漿cfDNA中檢測到T790M (范圍：1.5-3.5個月)時間 (月)EGFR突變率 (%)僅T790M雙突變僅外顯子19缺失/L858R80.00%60.00%40.00%20.00%0.00%m-2(n=12)-2m0(n=16)0m 2(n=44)2m 4(n=20)490%EGFR敏感突變率：數(shù)字PCR法和ARMS法結果相似(80-90%)AZD9291研究入組EGFR

7、突變陽性患者檢測標本：(n=38)AZD9291臨床研究(NCT0182632)中入組患者血漿及部分相應腫瘤組織研究終點：EGFR突變率ARMS平臺羅氏Cobas凱杰Therascreen EGFR突變檢測試劑盒數(shù)字PCR平臺BioRad 微滴數(shù)字PCR PCR(MolecularMD) BEAMing(Inostics)循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)檢測NSCLCEGFR突變狀態(tài)：跨平臺方法學比較以支持AZD9291研究Thress K, et al. 2014 ASCO Abstract 8092.EGFR敏感突變四種檢測方法檢測EGFR敏感突變具有高靈敏度和高特異性T790MDigital

8、 PCR和AS-PCR檢測NSCLC患者血漿T790M突變與組織相比具有高靈敏度，其中Digital PCR更有優(yōu)勢Roche cobas AS-PCRQiagen therascreen ARMSMolMD droplet dPCRInostics BEAMing dPCR19 DEL assaysSensitivity86%(24/28)82%(23/28)-90%(19/21)Specificity100%(10/10)100%(10/10)-100(10/10)concordance89%87%-93%L858R assaySensitivity90%(9/10)78%(7/9)90%

9、(9/10)100%(9/9)Specificity100%(28/28)100%(28/28)100%(28/28)91%(19/21)concordance97%95%97%93%T790M assaySensitivity41%(7/17)29%(5/17)71%(12/17)69%(9/13)Specificity100%(6/6)100%(6/6)83%(5/6)67%(4/6)Concordance57%48%74%68%NSCLC患者M1b期T790M突變明顯高于M1a/M0期組織和血漿檢測T790M突變狀態(tài)對AZD9291臨床有效率Plasma ctDNADisease cla

10、ssificationT790M+T790M-M1a/M025%(3/12)75%(9/12)M1b77%(20/26)23%(6/26)TissuePlasmaT790M(+)T790M(-)T790M(+)T790M(-)Response Rate(CR&PR)62%(26/42)26%(6/23)63%(24/38)29%(10/34)Disease control Rate(CR, PR&SD)95%(40/42)70%(16/23)89%(34/38)76%(26/34)EGFR-T790M突變率：數(shù)字PCR法高于ARMS法(67-71% vs 29-41%)轉移性患者高于局部疾病患

11、者(77% vs 25%)T790M突變與AZD9291療效相關性基線T790M突變可以定量的患者緩解率為71%，而基線水平檢測不到T790M突變的患者緩解率為31%結論：Digital PCR檢測T790M突變敏感度達70-80%，且一致性高，優(yōu)于其他檢測方法。療效的動態(tài)監(jiān)測Goldber SB, et al. 2014 ASCO Abstract 8093.檢測標本：(n=52)52例EGFR敏感突變肺腺癌患者血漿標本其中32例患者在治療中多次取血樣其中31例患者在獲得性耐藥時活檢取樣研究終點：ctDNA中EGFR敏感突變、T790M突變NGS檢測患者特征患者數(shù)（n=22）腫瘤特征患者數(shù)（

12、n=22）年齡（歲）64（46-79）肺腺癌22（100%）性別 男 女16（73%）6（27%）EGFR基因敏感突變 19DEL 21L858R13（59%）9（41%）吸煙狀態(tài) 從不吸煙 既往吸煙12（55%）10（45%）獲得性耐藥T790M突變陽性陰性11（50%）11（50%）二代測序(NGS)檢測晚期EGFR突變肺腺癌患者循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中EGFR敏感突變和耐藥突變突變腫瘤和血漿都檢測到腫瘤和血漿都未檢測到僅在血漿中檢測到僅在腫瘤中檢測到共計EGFR T790M765422獲得性耐藥患者腫瘤組織和血漿中EGFR T790M 耐藥突變檢測結果 在獲得性耐藥的患者中，有11

13、/22（50%）患者的腫瘤組織發(fā)生T790M突變 - 7/11例患者同時伴有腫瘤和血漿T790M突變 在未存在腫瘤T790M突變的患者中，5例僅在血漿中檢測到T790M突變，說 明可能存在腫瘤異質性NGS檢測ctDNA EGFR敏感和耐藥突變可行但仍需優(yōu)化主要內(nèi)容肺癌驅動基因的突變譜 EGFR基因突變檢測技術進展及臨床意義其它驅動基因的檢測及要解決的問題Virchows Arch (2014) 464:3473581. 檢測方法的選擇根據(jù)分子改變機制選擇檢測方法肺癌ROS1TheOncologist 2013;18:865875已知融合類型：10種未知融合類型：？N Engl J Med. 2

14、014 Sep 27.RT-PCR to detect specific ROS1 fusion transcripts確定陽性的判讀標準2. 判讀標準的確定3. 了解靶向藥物及其適應癥Targeting de novo c-Met overexpression for advanced non small lung cancer 2014-ESMO-198P Ann Li, et al.IHC: 50% 腫瘤細胞具有中等至強的染色 （抗體SP44）FISH: 5 個拷貝數(shù) （探針KREATECH） Cancers 2014, 6, 1540-1552; 3. 了解靶向藥物及其適應癥同一靶點不

15、同藥物，判讀標準不同同一靶點相同藥物但不同疾病，判讀標準不同PARP（多聚ADP核糖聚合酶）抑制劑 PARP參與DNA的剪切修復，抑制PARP可致DNA單鏈修復缺陷正常細胞會借助BRCA蛋白通過同源重組進行雙鏈DNA修復； 但對于瘤細胞（BRCA突變或缺失），因BRCA蛋白功能缺失， 更易從PARP抑制劑中獲益Clin Cancer Res; 20(3) February 1, 2014同源重組同源重組缺陷PD-1 & PD-L1Chin J Cancer; 2014; Vol. 33 Issue 9. 443Chin J Cancer; 2014; Vol. 33 Issue 9. 443肉

16、眼判斷是否10% 腫瘤組織H&E 染色 & 確定腫瘤組織Step 1DNA樣本制備DNA 純化DNA 定量Step 2建立PCR反應體系Step 3自動化分析cobas z 480 Step 4標準化報告整體解決方案 & 自動化cobas腫瘤學分子檢測： 自動分析結果，減少人為誤差突變覆蓋范圍廣外顯子18Freq外顯子19Freq外顯子19Freq外顯子19Freq外顯子20Freq外顯子21FreqG719A62390.8%Del622317.8%Del123870.3%Del135500.1%T790M62402.8%L858R622439.9%G719S62520.8%Del622510

17、.2%Del62100.3%Del123860.1%S768I62410.7%L858R124290.1%G719C62530.6%Del123703.4%Del260380.2%Del135520.1%Ins123760.2%Del123822.5%Del135560.1%Del123850.1%Ins134280.2%Del123691.5%Del124220.2%Del124160.1%Ins123780.1%Del123841.3%Del62200.1%Del184270.1%Ins123770.1%Del62550.8%Del135510.1%Del235710.1%Ins135580.1%Del123830.7%Del12