9.第九章如何從已知靶基因預(yù)測(cè)與其相互作用的miRNAs

1、如何從已知靶基因預(yù)測(cè)與其相互作用的miRNAs主講人：唐婷婷什么是miRNAs miRNAs（MicroRNAs）是一種2025個(gè)核苷酸長(zhǎng)度的單鏈小分子RNA，不具有編碼功能。它廣泛存在于植物、病毒、哺乳動(dòng)物當(dāng)中。 成熟的miRNAs是由較長(zhǎng)的初級(jí)轉(zhuǎn)錄物經(jīng)過(guò)一系列核酸酶的剪切加工而產(chǎn)生，隨后組裝進(jìn)RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合體，通過(guò)堿基互補(bǔ)配對(duì)的方式識(shí)別靶mRNA，并根據(jù)互補(bǔ)程度的不同指導(dǎo)沉默復(fù)合體降解mRNA或者阻遏mRNA的翻譯。 本章以大鼠腦源性神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)因子（brain-derived neurotrophic factor,BDNF）為例，詳細(xì)講述如何從已知mRNA預(yù)測(cè)與其相互作用的miRNA

2、s。預(yù)測(cè)主要涉及幾個(gè)常用的生物信息學(xué)預(yù)測(cè)網(wǎng)站，如TargetScan，miRanda，miRDB和miRwalk等。本章將一一敘述上述網(wǎng)站的使用以及人工交集方法。第一節(jié) 用TargetScan預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs首先在搜索欄輸入 http:/進(jìn)入 主頁(yè)。 隨后選擇預(yù)測(cè)的物種 (圖 )，在 欄中輸入需要預(yù)測(cè)的基因名 (圖 )并點(diǎn)擊。隨后可看到與其有可能互補(bǔ)的 及其 序列的保守性(圖 3)，之后下拉頁(yè)面(圖 4)，此時(shí)，可根據(jù)第五章方法進(jìn)行 的篩選。第一節(jié) 用TargetScan預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs圖 1第一節(jié) 用TargetScan預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs圖 2第一節(jié)

3、用TargetScan預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs圖 3第一節(jié) 用TargetScan預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs圖 4第二節(jié) 用miRanda預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs首先輸入 /microrna/getGeneForm.do進(jìn)入主頁(yè)。隨后在 中輸入基因名 ,并選擇相應(yīng)物種,點(diǎn)擊 。（圖5）隨之選擇你所需的 。（圖6）根據(jù)需要選擇靶基因與 的分?jǐn)?shù)（圖7），隨后可見(jiàn)不同 與預(yù)測(cè)靶基因可見(jiàn)的結(jié)合位點(diǎn)根據(jù)需要記錄下所需研究的 （圖8）第二節(jié) 用miRanda預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs圖 5第二節(jié) 用miRanda預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs圖 6第二節(jié) 用miRanda預(yù)測(cè)調(diào)控mRN

4、A的miRNAs圖 7第二節(jié) 用miRanda預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs圖 8第三節(jié) 用miRDB預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs首先輸入 :/ / / / 進(jìn)入主頁(yè)。選擇靶基因的種屬，并輸入靶基因的名稱(chēng) (圖 9)并點(diǎn)擊 之后則會(huì)出現(xiàn)網(wǎng)站預(yù)測(cè)到的 列表(圖 10）點(diǎn)擊 便可看到此 與 更多信息(圖 11）第三節(jié) 用miRDB預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs圖 9第三節(jié) 用miRDB預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs圖 10第三節(jié) 用miRDB預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs圖 11第三節(jié) 用miRDB預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs圖 12第四節(jié) 用miRwalk預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs首先輸

5、入 :/ / .-./ / / / . 進(jìn)入主頁(yè)點(diǎn)擊 下拉菜單中的 (圖 12)選擇種屬，并在 中輸入需要預(yù)測(cè)的靶基因()如圖（13）所示勾選選項(xiàng)，點(diǎn)擊 之后便出現(xiàn)與 相關(guān)的 的列表(圖 14)，下拉后可見(jiàn)一個(gè)彩色表格，為其他預(yù)測(cè)網(wǎng)站預(yù)測(cè)結(jié)果的交集(圖 15)。圖 13第四節(jié) 用miRwalk預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs第四節(jié) 用miRwalk預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs圖 14第四節(jié) 用miRwalk預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs圖 15第四節(jié) 用miRwalk預(yù)測(cè)調(diào)控mRNA的miRNAs圖 16第五節(jié) 根據(jù)需要建立各網(wǎng)站預(yù)測(cè)結(jié)果交集 將各網(wǎng)站預(yù)測(cè) 的 復(fù)制到 表格中，并利用查找功能進(jìn)行比對(duì)查找并進(jìn)行標(biāo)記(本章以 與 的交集為例（圖 和圖 )后根據(jù)結(jié)果運(yùn)用 進(jìn)行結(jié)果展示，即 檢索到與 相關(guān) 有 個(gè) 檢索到的結(jié)果有 個(gè)，它們之間的交集有 個(gè)，分別為 、 、 、 、 、 、 、(圖 )。第五節(jié) 根據(jù)需要建立各網(wǎng)站預(yù)測(cè)結(jié)果交集圖 和圖 第六節(jié) 預(yù)測(cè)中需要注意的問(wèn)題() 在預(yù)測(cè)之前，首先要上 進(jìn)行 的確認(rèn)，隨后再按照上述方法進(jìn)行預(yù)測(cè)，當(dāng)輸入 無(wú)法進(jìn)行預(yù)測(cè)時(shí)，可換成對(duì)應(yīng) 進(jìn)行預(yù)測(cè)。() 雖然 可以進(jìn)行其他網(wǎng)站的鏈接預(yù)測(cè)但其結(jié)果較為局限，有可能因此漏掉一些重要信息，所以還是建議大家分開(kāi)檢索后，進(jìn)行人工交集。() 每次查閱完后建議大家將