化學(xué)軟件-HyperChem(分子模擬)介紹

1、化學(xué)軟件HyperChem（分子模擬）介紹HyperChem是一款以高質(zhì)量，靈活易操作而聞名的分子模擬軟件。通過(guò)利用3D對(duì)量子化學(xué)計(jì)算，分子力學(xué)及動(dòng)力學(xué)進(jìn)行模擬動(dòng)畫(huà)，HyperChem為您提供比其它Windows軟件更多的模擬工具。圖形界面：圖形界面，有半經(jīng)驗(yàn)方法（AM1，PM3等），UHF，RHF和CI和7.0版新增加的密度泛函。可進(jìn)行單點(diǎn)能，幾何優(yōu)化，分子軌道分析，預(yù)測(cè)可見(jiàn)-紫外光譜，蒙特卡羅和分子力學(xué)計(jì)算。主要功能：結(jié)構(gòu)輸入和對(duì)分子操作。顯示分子。化學(xué)計(jì)算。用量子化學(xué)或經(jīng)典勢(shì)能曲面方法，進(jìn)行單點(diǎn)、幾何優(yōu)化和過(guò)渡態(tài)尋找計(jì)算?？梢赃M(jìn)行的計(jì)算類(lèi)型有：?jiǎn)吸c(diǎn)能，幾何優(yōu)化，計(jì)算振動(dòng)頻率得到簡(jiǎn)正模式，

2、過(guò)渡態(tài)尋找，分子動(dòng)力學(xué)模擬Langevin動(dòng)力學(xué)模擬，MetropolisMonteCarlo模擬。支持的計(jì)算方法有：從頭計(jì)算，半經(jīng)驗(yàn)方法，分子力學(xué)，混合計(jì)算?？梢杂脕?lái)研究的分子特性有：同位素的相對(duì)穩(wěn)定性；生成熱；活化能；原子電荷；HOMO-LUMO能量間隔；電離勢(shì)；電子親和力；偶極矩；電子能級(jí)；MP2電子相關(guān)能；CI激發(fā)態(tài)能量；過(guò)渡態(tài)結(jié)構(gòu)和能量；非鍵相互作用能；UV-VIS吸收譜；IR吸收譜；同位素對(duì)振動(dòng)的影響；對(duì)結(jié)構(gòu)特性的碰撞影響；團(tuán)簇的穩(wěn)定性。支持用戶(hù)定制的外部程序。其它模塊：RAYTRACE模塊，RMSFit,SEQUENCE編輯器，晶體構(gòu)造器；糖類(lèi)構(gòu)造器，構(gòu)像搜尋，QSAR特性，腳本

3、編輯器。新的力場(chǎng)方法：Amber2，Amber3，用于糖類(lèi)的Amber，Amber94，Amber96。ESR譜。電極化率。二維和三維勢(shì)能圖。蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)。電場(chǎng)。梯度的圖形顯示。新增功能：密度泛函理論（DFT）計(jì)算；NMR模擬；數(shù)據(jù)庫(kù)；Charmm蛋白質(zhì)模擬；半經(jīng)驗(yàn)方法TNDO；磁場(chǎng)中分子計(jì)算；激發(fā)態(tài)幾何優(yōu)化；MP2相關(guān)結(jié)構(gòu)優(yōu)化；新的芳香環(huán)圖；交互式參數(shù)控制；增強(qiáng)的聚合物構(gòu)造功能；新增基組。7.5版新增功能：1.0penGL繪圖：基礎(chǔ)的演示模式已全部轉(zhuǎn)換為全新的OpenGL模式，使分子演示圖形具有更高質(zhì)量2支持自定義色彩：1600萬(wàn)種顏色代替了傳統(tǒng)的8種標(biāo)準(zhǔn)色。3混合演示：棒型，球型或組合型等分

4、子演示手段可以用于該分子的任意原子及鏈段的演示。原子的“管型”演示：全新的適用于原子的“管型”演示。增強(qiáng)的蛋白質(zhì)模型構(gòu)建功能，支持多種蛋白質(zhì)次級(jí)結(jié)構(gòu)演示，大分子的電子密度近似方法。其它建模與分析功能：1疊合分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化：比較疊合在一起的目標(biāo)分子的結(jié)構(gòu)；2.高分子構(gòu)建3分子構(gòu)象搜索：基于對(duì)兩面角隨機(jī)的搜索，發(fā)現(xiàn)分子的穩(wěn)定結(jié)構(gòu)4蛋白質(zhì)序列編輯：用于蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)(ProteinDesign)晶體生成器：讀入從劍橋晶體數(shù)據(jù)庫(kù)文件FDAT(CambridgeCrystallographicDatabasefiles)；包含超過(guò)20種晶體結(jié)構(gòu)示例；可控制顯示晶體的原胞數(shù)和形狀、展示特定的Miller指數(shù)晶面；9通過(guò)選擇晶胞的角度、長(zhǎng)度(a,b,c)和輸入原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，用戶(hù)可以自己構(gòu)作八種基本晶型及面心立方、體心立方(但是不含空間群)的晶體。多糖分子生成器：用于多糖和碳水化合物構(gòu)建。用糖類(lèi)分子組件(如醛糖、酮糖、氨基糖和酰胺基糖(N-acylsugars)、肌醇(Inositol)和脫氧糖(deoxysugars)構(gòu)建多糖分子；12用戶(hù)可以選擇和控制連接原子、異構(gòu)體、連接方式、角度；在構(gòu)建高分子時(shí)，用戶(hù)還可以自定義非糖類(lèi)分子組件。采用