生物分子網(wǎng)絡(luò)6遺傳互作

1、生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)6遺傳互作Genetic interaction (GI)是兩個(gè)基因在邏輯上的互作，這種互作能夠影響到表型遺傳互作的類型遺傳互作的檢測(cè)方法（SGA）遺傳互作與物理互作遺傳互作的類型Z遺傳互作的類型Synthetical lethalMeet the following relationshipSynthetic Genetic Array (SGA)酵母基因組含有6000個(gè)基因，73%是非致死的，意味著這些基因的KO能夠產(chǎn)生存活的酵母菌。在大規(guī)模的SGA分析中，非致死的基因形成一個(gè)基因庫（library genes），我們感興趣的基因成為查詢基因（query genes）。libra

2、ry genes在芯片中有順序的組裝好，然后查詢基因與之交叉檢驗(yàn)，形成一個(gè)雙重突變的芯片。通過比較具有雙重突變的酵母菌株和野生型酵母菌的生長情況，那些使得菌株成長減慢的雙重突變會(huì)被檢測(cè)出來。Large scale SGA analysis致死基因不在其列20%的查詢基因找不到任何顯著表型估計(jì)酵母中的聯(lián)合遺傳網(wǎng)絡(luò)大約有100,000個(gè)互作。對(duì)聯(lián)合致死或致弱的關(guān)注能夠找到功能上相互互補(bǔ)的基因能夠找到參與致死性生物通路的基因推測(cè)未知基因的功能研究不同生物通路的關(guān)系將遺傳互做和其他類型的特征作比較，比如功能，序列相似性，物理互做等遺傳互作和其他基因?qū)μ卣鱃enes with same sub-cell

3、ular localization (p 1070).Gene pairs encoding homologous proteins (p 1022).聚類聚類物理互作和遺傳互作的比較密集程度的比較只有1%左右的遺傳互作參與同一個(gè)蛋白質(zhì)復(fù)合物（4039個(gè)遺傳互作中只有30對(duì)同時(shí)是物理互作）但人們發(fā)現(xiàn)，在遺傳互作網(wǎng)絡(luò)中具有相同鄰居的蛋白質(zhì)發(fā)生物理互作的概率很大物理互作和遺傳互作的比較GI網(wǎng)絡(luò)的性質(zhì)Power law distributionSmall worldNeighborhood densityPower law distributionPower law distribution度分布的

4、特性可能在抗癌藥物上有所應(yīng)用。我們猜想：癌癥細(xì)胞是積累了大量的突變才導(dǎo)致的，我們應(yīng)該能夠在突變基因的互作對(duì)象中找到hub基因，對(duì)hub基因利用藥物失活將與突變基因達(dá)成聯(lián)合致死效果，從而摧毀癌癥細(xì)胞。正常細(xì)胞是沒有問題的，因?yàn)檫@個(gè)單個(gè)hub基因的失活，不會(huì)造成細(xì)胞死亡。Small world它的平均最短路徑是3.3，隨機(jī)網(wǎng)絡(luò)是3.2Neighborhood densitythe estimated average clustering coefficient of this network is 20%Chemical Genetic Interactions利用藥物代替查詢基因，通過對(duì)細(xì)胞生長

5、的檢測(cè)來確定哪些基因敲除是對(duì)藥物敏感的。如果基因a和b有遺傳互作，化合物F和b有化學(xué)遺傳互作，則很有可能是因?yàn)镕抑制了基因a的產(chǎn)物這對(duì)于認(rèn)識(shí)藥物的作用對(duì)象、功能、通路都是非常有用的Chemical Genetic InteractionsChemical Genetic InteractionsChemical Genetic InteractionsMulti-drug resistant genesMulti-drug resistant genesComparison of GI and CGI Results為什么不完全一致？Clustering of CGI and GI profiles遺傳互作網(wǎng)絡(luò)與物理網(wǎng)絡(luò)的聯(lián)系Correlation profiles物理互作遺傳互作Corre