3dslicer簡(jiǎn)介安裝設(shè)置

1、曹玉福鶴崗市人民醫(yī)院神經(jīng)外科 3DSlicer中國(guó)社區(qū)3DSlicer 安裝及設(shè)置哈佛醫(yī)學(xué)院附屬 布萊根婦女醫(yī)院Built over two decades through support from the National Institutes of Health and a worldwide developer community3DSlicer 已經(jīng)研發(fā)了20多年，包括工程師、生物醫(yī)學(xué)在內(nèi)的眾多領(lǐng)域科學(xué)家作出了貢獻(xiàn)3D Slicer是一個(gè)用于醫(yī)學(xué)圖像信息學(xué)，圖像處理和三維可視化的開(kāi)源軟件平臺(tái)。為醫(yī)生，研究人員和公眾提供免費(fèi)強(qiáng)大的跨平臺(tái)處理工具。3DSlicer是醫(yī)學(xué)圖像分析、配準(zhǔn)、交互

2、式分割、可視化以及用于圖像引導(dǎo)治療研究的軟件平臺(tái)。適合多種操作系統(tǒng)：Linux，MacOSX和Windows。支持多模態(tài)成像，包括MRI，CT，超聲，核醫(yī)學(xué)和顯微鏡，設(shè)備的雙向接口。使用沒(méi)有限制，但Slicer未被FDA批準(zhǔn)用于臨床用途僅用于研究。多達(dá)200余種的插件，提供強(qiáng)大的功能。20112016年 20162017年20172019年北京301醫(yī)院 陳曉雷教授面授為主上海長(zhǎng)征醫(yī)院陸軍總醫(yī)院發(fā)SCI文章301內(nèi)鏡培訓(xùn)得知Slicer買(mǎi)了兩臺(tái)電腦10余人微信群合作研究投入全部空閑時(shí)間一個(gè)問(wèn)題可能數(shù)月解決逐一攻克各種難題趨勢(shì)：編程和機(jī)器學(xué)習(xí) 曹玉福、束旭俊等 4個(gè)微信群 中級(jí)群、研討群、DTI

3、群 影像組學(xué)、文獻(xiàn)、網(wǎng)站、漢化 1個(gè)網(wǎng)站（ ） 1個(gè)論壇（ ） 1個(gè)公眾號(hào)（slicercn） 至今總共近7000人關(guān)注3DSlicer 在中國(guó)的發(fā)展手機(jī)APP定位（即將公測(cè)）投影定位虛擬血管內(nèi)鏡、3D打印CPA腫瘤、CTA、DTI多模態(tài)融合動(dòng)脈瘤性腦出血手術(shù)入路設(shè)計(jì)動(dòng)脈瘤手術(shù)入路設(shè)計(jì)中線(xiàn)腫瘤、保護(hù)避開(kāi)引流靜脈硬膜外血腫調(diào)整OM線(xiàn)增強(qiáng)現(xiàn)實(shí)穿刺導(dǎo)板打印腦出血定位、顱腦解剖神經(jīng)纖維束鑒別動(dòng)脈瘤還是壺腹樣擴(kuò)張顯微血管減壓術(shù)前明確責(zé)任血管腦出血定位專(zhuān)題腦出血定位貼定位專(zhuān)題AR病情交代更直觀(guān)VR學(xué)解剖更立體其他專(zhuān)業(yè)其他專(zhuān)業(yè)3DSlicer社區(qū)（SlicerCN）掃描關(guān)注3DSlicer下載及安裝 模塊安

4、裝及軟件設(shè)置擴(kuò)展模塊安裝軟件設(shè)置、顯卡設(shè)置三維實(shí)體重建體繪制Volume RenderingMRA、CTA、DSA血腫建模、動(dòng)脈瘤等腦出血建模動(dòng)脈瘤手術(shù)預(yù)案3DSlicer 零基礎(chǔ)教程目錄Let s Do It3DSlicer 安裝可以通過(guò)訪(fǎng)問(wèn)官方網(wǎng)站下載3DSlicer： 您還可以使用下載頁(yè)面中的offset參數(shù)獲取舊版本。例7天前的下載頁(yè)面： /?offset=-7國(guó)外服務(wù)器下載失敗可以在國(guó)內(nèi)服務(wù)器上進(jìn)行下載，網(wǎng)址為： 穩(wěn)定版本，舊版本，預(yù)覽版操作系統(tǒng)：windows、macosx或linux版本號(hào)：version 修訂版本號(hào)：revision 修訂日期：built 3DSlicer 安裝

5、User Interface模塊面板Slicer中任何選定的模塊都將在模塊面板中顯示其用戶(hù)界面。面板可以脫離（通過(guò)左鍵單擊并拖動(dòng)面板的標(biāo)題欄或單擊其取消?？繄D標(biāo)。通過(guò)選擇隱藏（X）圖標(biāo)隱藏。通過(guò)選擇視圖 - 模塊面板切換其顯示。面板可以是通過(guò)雙擊其標(biāo)題欄或框架重新?？俊?shù)據(jù)探測(cè)數(shù)據(jù)探測(cè)數(shù)據(jù)探針以交互方式報(bào)告由所有圖層（標(biāo)簽，前景和背景）中當(dāng)前鼠標(biāo)位置索引的體素的數(shù)據(jù)值。3D視窗通過(guò)鼠標(biāo)懸停在任何3D視窗左上角的圖釘圖標(biāo)來(lái)訪(fǎng)問(wèn)3D視窗控制器。通過(guò)單擊 可以“固定”圖釘圖標(biāo)，可以持續(xù)打開(kāi)面板，再次單擊則“隱藏”面板。在圖釘旁邊可以找到唯一的ID，以將該3D視窗與可能在選擇其他布局時(shí)創(chuàng)建的另外的3D

6、視窗區(qū)分開(kāi)。最后有一個(gè)“視圖中心”按鈕，用于設(shè)置虛擬攝像機(jī)以顯示該點(diǎn)在視窗中可見(jiàn)的所有內(nèi)容。該面板包含用于設(shè)置視點(diǎn)方向以及配置任何3D視窗的外觀(guān)和行為的選項(xiàng)。眼睛圖標(biāo)包含用于3D視窗中方向字母和邊界框的可見(jiàn)性的控件。深度剝離是一種多通道技術(shù)，可以在不分類(lèi)多邊形的情況下渲染半透明的多邊形幾何體。它可用于解決半透明表面模型渲染問(wèn)題。切片視窗每個(gè)切片支持三個(gè)層：（前景或FG，背景或BG，以及標(biāo)簽或L），可以單獨(dú)查看，也可以以可自定義的方式混合在一起。加載新的標(biāo)量數(shù)據(jù)時(shí)，它會(huì)自動(dòng)顯示在BG圖層中。可以在任何切片視窗的控制面板中有選擇地更改這些圖層的內(nèi)容。通過(guò)將任何切片查看器左上角的圖釘圖標(biāo)鼠標(biāo)懸停來(lái)訪(fǎng)

7、問(wèn)任何切片視窗的控制器。也可以通過(guò)單擊圖釘圖標(biāo)持續(xù)打開(kāi)面板。在圖釘旁邊可以找到唯一ID，以區(qū)分特定切片視窗與其他切片視窗，這些切片視窗可能是在選擇其他布局時(shí)創(chuàng)建的。切片視窗一個(gè)切片滾動(dòng)條提供用于手動(dòng)掃描切片，并且還在顯示器的右上方提供切片編號(hào)條目小部件，用于手動(dòng)索引特定切片。每個(gè)切片查看器都包含用于顯示每個(gè)圖層（前景，背景和標(biāo)簽）的選項(xiàng)。對(duì)于Foreground和Label圖層，可以使用spinbox opacity小部件（由下圖中的“Opacity”注釋指向）來(lái)控制圖層的不透明度。此外，可以在“輪廓”和“實(shí)體”模式之間切換標(biāo)簽層的可見(jiàn)性（請(qǐng)參見(jiàn)下圖中的“標(biāo)簽輪廓”按鈕）。切片視窗通過(guò)使用“

8、鏈接”選項(xiàng)，可以將某些“切片視窗”配置選項(xiàng)應(yīng)用于一個(gè)或所有切片視窗。取消鏈接視窗時(shí)，選項(xiàng)僅適用于正在調(diào)整的視窗。鏈接視窗時(shí)，該選項(xiàng)將應(yīng)用于所有切片視窗。只有在與當(dāng)前視窗的交互完成后，才會(huì)將視窗鏈接時(shí)的操作或交互應(yīng)用傳播給其他查看者。例如，當(dāng)鏈接觀(guān)看者時(shí)在觀(guān)看者內(nèi)縮放將交互地縮放當(dāng)前觀(guān)看者，并且在完成交互時(shí)，縮放的效果將傳播到其他觀(guān)看者。該熱鏈接設(shè)置修改此行為，以便立即將交互的效果應(yīng)用于所有查看者。鏈接和取消鏈接是持久性設(shè)置。此處進(jìn)一步描述了切片視窗設(shè)置和交互的鏈接行為。Application settings3DSlicer 設(shè)置快捷鍵：Ctrl+2GeneralDefault scene l

9、ocation : 默認(rèn)場(chǎng)景路徑Disable splash screen : 顯示啟動(dòng)畫(huà)面Application startup script : 程序啟動(dòng)腳本Confirm on restart : 重啟確認(rèn)Confirm on exit : 退出確認(rèn)Confirm on scene close : 關(guān)閉場(chǎng)景確認(rèn)Slicer Wiki URL : 3DSlicer維基地址Max. number of Recently Loaded menu items : 最近加載菜單的最大數(shù)量ModulesSkip loading of any : 略過(guò)引導(dǎo)任何Skip loading of built

10、in : 略過(guò)引導(dǎo)內(nèi)在Prefer Executable CLIs : 優(yōu)先執(zhí)行CLIsShow hidden modules : 顯示隱藏的模塊Temporary directory : 臨時(shí)目錄Additional module paths : 附加模塊路徑Default startup module : 默認(rèn)啟動(dòng)模塊Favorite Modules : 核心模塊Favorite Modules核心模塊區(qū)域AppearanceDisable tooltips : 顯示提示文本Font and size : 字體和字號(hào)Show text under icons in toolbar butt

11、ons : 工具欄圖標(biāo)下方顯示文字Save user interface size and position on exit : 退出后保持用戶(hù)界面尺寸及位置Style : 樣式Additional style paths : 程序樣式路徑ViewsSlicer viewer defaults : 默認(rèn)查看設(shè)置Orientation marker : 定位標(biāo)記Ruler : 尺Show 3D cube : 顯示三維立方體Show 3D axis label : 顯示三維軸標(biāo)簽Use orthographic projection : 應(yīng)用正交投影Use depth Peeing : 應(yīng)用深度剝

12、離Multi-sampling(MSAA) : 多重采樣（off）UserName : 姓名Login : 登陸Email : 郵箱Organization : 機(jī)構(gòu)Organization role : 職務(wù)Procedure role : 程序角色ExtensionsEnble extension manager : 擴(kuò)展模塊管理Extensions server URL : 擴(kuò)展模塊服務(wù)器地址Extensions installation path : 擴(kuò)展模塊安裝路徑CacheCache location : 緩存地址Cache size : 緩存大小Cache usage : 緩存使

13、用Cache free buffer : 緩存空閑Force redownload : 強(qiáng)制重新下載Files in cache : 緩存文件PythonDisplay in dockable window : ?？看翱陲@示略Developer Enable developer mode : 允許開(kāi)發(fā)者模式Enable QtTesting : 允許QT測(cè)試Self-test message delay : 自測(cè)消息延遲Extension WizardBuilt-in template path : 內(nèi)置模板路徑Additional template paths : 附加模板路徑Addition

14、al template paths for extensions : 擴(kuò)展附加模板路徑Additional template paths for modules : 模塊附加模板路徑Subject hierarchyOperation : 操作Automatically delete subject hierarchy children :自動(dòng)刪除主題層次結(jié)構(gòu)的子元素Display : 顯示Patient tags in item name :項(xiàng)目名稱(chēng)中的患者標(biāo)簽Study tags in item name : 項(xiàng)目名稱(chēng)中的研究標(biāo)簽UnitsLength : 長(zhǎng)度Time : 時(shí)間Frequ

15、ency : 頻率Velocity : 速率Intensity : 強(qiáng)度Precision : 精度SegmentationsAutomatic segment opacities : 自動(dòng)分割透明Enable surface smoothing by default : 默認(rèn)表面光滑Volume RenderingDefault rendering method : 默認(rèn)渲染方式（GPU）Default quality : 默認(rèn)質(zhì)量Default interactive speed : 默認(rèn)交互速度Default surface smoothing : 默認(rèn)表面光滑GPU memory si

16、ze : 顯存大小 Schema update behavior : 行為模式更新（Ask） ScalarVolumePlugin : 標(biāo)量數(shù)據(jù)插件Acquisition geometry regularization : 采集幾何正則化（default none）Allow loading subseries by time : 允許加載子序列 MultiVolumelmporterPlugin : 多卷序列輸入插件Preferred multi-volume import format : 首選多卷輸入模式（default multi-volume）Generic settings : 通用 設(shè)置Load referenced series : 引導(dǎo)參考序列（Ask）Install Extensions場(chǎng)景、節(jié)點(diǎn)、模塊場(chǎng)景：Slicer將所有加載的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)在數(shù)據(jù)庫(kù)中，稱(chēng)為“場(chǎng)景”（MRML場(chǎng)景）。節(jié)點(diǎn)：每個(gè)數(shù)據(jù)集（例如圖