分子動力學(xué)模擬知識點總結(jié)

1、浙江禾欣實業(yè)集團股份有限公司分子動力學(xué)模擬：對于原子核和電子組成的多體體系，求解運動方程 （哈密頓，牛頓，拉格朗日），用經(jīng)典和量子化方法求解粒子的運動狀態(tài)。MC方法：系綜（抽樣）平均法分子動力學(xué)：時間平均一 優(yōu)點：遇到的不利影響因素回避掉 , 從而達到實驗研宄難以實現(xiàn)的控制條件。核心算法：粒子的運動狀態(tài)就必須把運動方程離散化，離散化的方法有經(jīng)典 Verlet 算法、蛙跳算法 (Leap-frog) 、速度 Veriet 算法、 Gear 預(yù)估 - 校正法等。缺點：元胞體積和形狀不變，不含有自由電子，對金屬體系計算不理想。注意：一般而言， MD模擬時間足夠長，初始條件不會影響計算結(jié)果，但是會加大

2、構(gòu)型平衡的計算時間。二 步驟：選取所要研究的系統(tǒng)并建立適當?shù)哪M模型。設(shè)定區(qū)域的邊界條件， 選取粒子間相互作用勢模型； 要注意觀察 PBC 邊界條件的使用，以及計算格子和建模的晶格子之間的關(guān)系。體系是單胞沿不同方向重復(fù)疊合而組成。但模擬時只保留基本單元，由平移對稱矩陣計算得到其他原子的空間坐標。最小近鄰的截斷半徑。設(shè)定系統(tǒng)所有粒子的初始位置和初始速度；計算粒子間相互作用力和勢能，以及各個粒子的位置和速度；最好與實際模型相符，以減少達到平衡的時間。 勢場參數(shù)調(diào)整，最小近鄰的截斷半徑。對勢： LJ 勢（惰性氣體，過渡金屬，柔韌材料） ，Born-lande 勢（離子晶體），Morse 勢， Joh

3、nson 勢（金屬）發(fā)展到三體勢，缺點是導(dǎo)致 Cauchy 關(guān)系，即不能描述 晶體的彈性性質(zhì) 。多體勢： 80 年代以后， EAM勢等（晶體對勢 +核嵌入電子云嵌入能），多用于金屬。待體系達到平衡后，構(gòu)型積分獲得體系的宏觀性質(zhì)。選取合適的系綜，控制溫度和壓力的變化?？販胤椒ǎ喉撃_內(nèi)容 1浙江禾欣實業(yè)集團股份有限公司三流程圖頁腳內(nèi)容 2浙江禾欣實業(yè)集團股份有限公司.四 發(fā)展開發(fā)通用性強，功能強的勢能模型多層次的研究：量子計算 +分子模擬 +介觀模擬 CPMD體系分割：不同部分使用不同算法分子動力學(xué)模擬分析工具：相空間變化（核心） 徑向分布函數(shù)擴散系數(shù)：實驗很難頁腳內(nèi)容 3浙江禾欣實業(yè)集團股份有限公司分子結(jié)晶態(tài)，構(gòu)象（二級結(jié)構(gòu)）研究能量，熵，晗變化靜電勢的分布頁腳內(nèi)容 4浙江禾欣實業(yè)集團股份有