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第二章
染色體與D
N
A第二章
染色體與D
N
A本章主要內(nèi)容:第一節(jié)染色體第二節(jié)核酸是遺傳物質(zhì)的載體第三節(jié)核酸的基本化學(xué)組成第四節(jié)DNA的結(jié)構(gòu)第五節(jié)DNA的生物合成第六節(jié)DNA的損傷與修復(fù)第七節(jié)DNA的轉(zhuǎn)座本章主要內(nèi)容:第一節(jié)染色體染色體的重要性1、染色體是遺傳信息的主要載體,擔(dān)負(fù)著生命信息的儲(chǔ)存與傳遞。2、染色體結(jié)構(gòu)的特征又決定著基因的表達(dá)與調(diào)控,而其上的核酸也是現(xiàn)代生物化學(xué)、分子生物學(xué)的重要研究領(lǐng)域,是基因工程操作的核心分子。第一節(jié)染色體染色體的重要性第一節(jié)染色體任何一條染色體上都帶有許多基因,一條高等生物的染色體上可能帶有成千上萬個(gè)基因,一個(gè)細(xì)胞中的全部基因序列及其間隔序列統(tǒng)稱為genomes(基因組)。Genotype(基因型):Thegeneticconstitutionofagivenorganism(指某個(gè)特定生物體細(xì)胞內(nèi)的全部遺傳物質(zhì))。
Phenotype(表現(xiàn)型):Visiblepropertyofanygivenorganism(某個(gè)特定生物體中可觀察到的物理或生理現(xiàn)象)。
Mutations(突變):染色體DNA中可遺傳的核苷酸序列變化。任何一條染色體上都帶有許多基因,一條高等生物的染色體上可端粒端粒著絲粒端粒端粒著絲粒分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件二、染色體的組成
1.染色質(zhì)和核小體
染色質(zhì)DNA的Tm值比自由DNA高,說明在染色質(zhì)中DNA極可能與蛋白質(zhì)分子相互作用;在染色質(zhì)狀態(tài)下,由DNA聚合酶和RNA聚合酶催化的DNA復(fù)制和轉(zhuǎn)錄活性大大低于在自由DNA中的反應(yīng);DNA酶I(DNaseI)對(duì)染色質(zhì)DNA的消化遠(yuǎn)遠(yuǎn)慢于對(duì)純DNA的作用。染色質(zhì)的電子顯微鏡圖顯示出由核小體組成的念珠狀結(jié)構(gòu),可以看到由一條細(xì)絲連接著的一連串直徑為10nm的球狀體。二、染色體的組成1.染色質(zhì)和核小體核小體是由H2A、H2B、H3、H4各兩個(gè)分子生成的八聚體和由大約200bpDNA組成的。八聚體在中間,DNA分子盤繞在外,而H1則在核小體的外面。每個(gè)核小體只有一個(gè)H1。在核小體中DNA盤繞組蛋白八聚體核心,從而使分子收縮成1/7,200bpDNA的長(zhǎng)度約為68nm,卻被壓縮在10nm的核小體中。但是,人中期染色體中含3.3×109堿基對(duì),其理論長(zhǎng)度應(yīng)是180cm,這么長(zhǎng)的DNA被包含在46個(gè)51μm長(zhǎng)的圓柱體(染色體)中,其壓縮比約為104。核小體是由H2A、H2B、H3、H4各兩個(gè)分子生成的分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件2.染色體中的核酸組成
⑴不重復(fù)序列在單倍體基因組里,這些序列一般只有一個(gè)或幾個(gè)拷貝,它占DNA總量的40%-80%。不重復(fù)序列長(zhǎng)約750-2000dp,相當(dāng)于一個(gè)結(jié)構(gòu)基因的長(zhǎng)度。單拷貝基因通過基因擴(kuò)增仍可合成大量的蛋白質(zhì),如一個(gè)蠶絲心蛋白基因可作為模板合成104個(gè)絲心蛋白mRNA,每個(gè)mRNA可存活4d,共合成105個(gè)絲心蛋白,這樣,在幾天之內(nèi),一個(gè)單拷貝絲心蛋白基因就可以合成109個(gè)絲心蛋白分子。⑵中度重復(fù)序列這類重復(fù)序列的重復(fù)次數(shù)在10-104之間,占總DNA的10%-40%。各種rRNA、tRNA及組蛋白基因等都屬這一類。2.染色體中的核酸組成非洲爪蟾的18S、5.8S及28SrRNA基因是連在一起的,中間隔著不轉(zhuǎn)錄的間隔區(qū),這些單位在DNA鏈上串聯(lián)重復(fù)約5000次。在卵細(xì)胞形成過程中這些基因可進(jìn)行幾千次不同比例的復(fù)制,產(chǎn)生2×106個(gè)拷貝,使rDNA占卵細(xì)胞DNA的75%,從而使該細(xì)胞能積累1012個(gè)核糖體。非洲爪蟾的18S、5.8S及28SrRNA基因是⑶高度重復(fù)序列——衛(wèi)星DNA這類DNA只在真核生物中發(fā)現(xiàn),占基因組的10%—60%,由6—100個(gè)堿基組成,在DNA鏈上串聯(lián)重復(fù)幾百萬次。由于堿基的組成不同,在密度梯度離心中易與其他DNA分開,形成含量較大的主峰及高度重復(fù)序列小峰,后者又稱衛(wèi)星區(qū)帶(峰)。⑶高度重復(fù)序列——衛(wèi)星DNA這類DNA只在真核生物中發(fā)高等真核生物DNA無論從結(jié)構(gòu)還是功能看都極為復(fù)雜,以小鼠為例:1.小鼠總DNA的10%是小于10bp的高度重復(fù)序列,重復(fù)數(shù)十萬到上百萬次/genome。2.總DNA的20%是重復(fù)數(shù)千次、長(zhǎng)約數(shù)百bp的中等重復(fù)序列。3.總DNA的70%是不重復(fù)或低重復(fù)序列,絕大部分功能基因都位于這類序列中。高等真核生物DNA無論從結(jié)構(gòu)還是功能看都極為復(fù)雜,以小著絲粒(Centromere):是細(xì)胞有絲分裂期間紡錘體蛋白質(zhì)與染色體的結(jié)合位點(diǎn)(attachmentpoint),這種結(jié)合對(duì)于染色體對(duì)在子細(xì)胞中的有序和平均分配至關(guān)重要。在酵母中,centromere的功能單位長(zhǎng)約130bp,富含AT堿基對(duì)。在高等真核細(xì)胞中,centromere都是由長(zhǎng)約5-10bp、方向相同的高度重復(fù)序列所組成。著絲粒(Centromere):是細(xì)胞有絲分裂期間紡錘體蛋白3.染色體中的蛋白質(zhì)
染色體上的蛋白質(zhì)包括組蛋白和非組蛋白。組蛋白是染色體的結(jié)構(gòu)蛋白,它與DNA組成核小體。通??梢杂?mol/LNaCl或0.25mol/L的HCl/H2SO4處理使組蛋白與DNA分開。組蛋白分為H1、H2A、H2B、H3及H4。這些組蛋白都含有大量的賴氨酸和精氨酸,其中H3、H4富含精氨酸,H1富含賴氨酸;H2A、H2B介于兩者之間。3.染色體中的蛋白質(zhì)染色體上的蛋白質(zhì)包括組蛋分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件⑴組蛋白的一般特性1.進(jìn)化上的極端保守性。牛、豬、大鼠的H4氨基酸序列完全相同。牛的H4序列與豌豆序列相比只有兩個(gè)氨基酸的差異(豌豆H4中的異亮氨基酸60→纈氨酸60,精氨酸77→賴氨酸77)。H3的保守性也很大,鯉魚與小牛胸腺的H3只差一個(gè)氨基酸,小牛胸腺與豌豆H3只差4個(gè)氨基酸。2.無組織特異性。到目前為止,僅發(fā)現(xiàn)鳥類、魚類及兩棲類紅細(xì)胞染色體不含H1而帶有H5,精細(xì)胞染色體的組蛋白是魚精蛋白。
⑴組蛋白的一般特性3.肽鏈上氨基酸分布的不對(duì)稱性。堿性氨基酸集中分布在N端的半條鏈上。例如,N端的半條鏈上凈電荷為+16,C端只有+3,大部分疏水基團(tuán)都分布在C端。4.組蛋白的修飾作用。包括甲基化、乙基化、磷酸化及ADP核糖基化等。5.富含賴氨酸的組蛋白H5。賴氨酸24%、丙氨酸、16%絲氨酸13%、精氨酸11%。鳥類、兩棲類、魚類紅細(xì)胞分離的H5均有種的特異性。3.肽鏈上氨基酸分布的不對(duì)稱性。堿性氨基酸集中分布在N端的⑵非組蛋白的一般特性染色體上除了存在大約與DNA等量的組蛋白以外,還存在大量的非組蛋白。1.非組蛋白的多樣性。非組蛋白的量大約是組蛋白的60%~70%,但它的種類卻很多,約在20-100種之間,其中常見的有15-20種。2.非組蛋白的組織專一性和種屬專一性。⑵非組蛋白的一般特性4.原核與真核染色體DNA比較
原核生物中一般只有一條染色體且大都帶有單拷貝基因,只有很少數(shù)基因〔如rRNA基因〕是以多拷貝形式存在;整個(gè)染色體DNA幾乎全部由功能基因與調(diào)控序列所組成;原核生物中DNA存在轉(zhuǎn)錄單元,一般為多順反子,即幾個(gè)基因一起轉(zhuǎn)錄?;蚪M中有重疊基因,基因密度大。4.原核與真核染色體DNA比較原核生物中一般只有一條染色第二節(jié)核酸是遺傳物質(zhì)的載體一、核酸的研究發(fā)現(xiàn)史 1868年,F(xiàn).Miescher從細(xì)胞核中分離得到一種酸性物質(zhì),即現(xiàn)在被稱為核酸的物質(zhì)。第二節(jié)核酸是遺傳物質(zhì)的載體一、核酸的研究發(fā)現(xiàn)史1944年,Avery的轉(zhuǎn)換轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)orand可分離1944年,Avery的轉(zhuǎn)換轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)orand可分離1952年,Hexshey、ChaseT2噬菌體(搗碎器實(shí)驗(yàn))1953年,Watson、CrickDNA雙螺旋模型核酶(Ribozyme)1952年,Hexshey、ChaseT2噬菌體(搗碎98%核中(染色體中)真核線粒體(mDNA)核外葉綠體(ctDNA)DNA擬核原核核外:質(zhì)粒(plasmid)病毒:DNA病毒二、核酸的種類和分布
脫氧核糖核酸DeoxyribonucleicAcid(DNA)核糖核酸RibonucleicAcid(RNA)98%核中(染色體中)二、核RNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)中
tRNArRNAmRNA其它RNA病毒:SARS三、分子生物學(xué)的中心法則RNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)中tRNA三、分子生物學(xué)的中心法第三節(jié)核酸的基本化學(xué)組成核酸核苷酸核苷磷酸堿基戊糖元素組成:CHONP
核酸完全水解產(chǎn)生嘌呤和嘧啶等堿性物質(zhì)、戊糖(核糖或脫氧核糖)和磷酸的混合物。核酸部分水解則產(chǎn)生核苷和核苷酸。每個(gè)核苷分子含一分子堿基和一分子戊糖,一分子核苷酸部分水解后除產(chǎn)生核苷外,還有一分子磷酸。核酸的各種水解產(chǎn)物可用層析或電泳等方法分離鑒定。第三節(jié)核酸的基本化學(xué)組成核酸核苷酸核苷磷酸堿基戊糖元素組成組成核酸的戊糖有兩種。DNA所含的糖為β-D-2-脫氧核糖;RNA所含的糖則為β-D-核糖。一、戊糖RiboseDeoxyribose組成核酸的戊糖有兩種。DNA所含的糖為β-D-2二、堿基1.嘌呤(Purine)腺嘌呤AdenineA鳥嘌呤guanineG二、堿基1.嘌呤(Purine)腺嘌呤Adenine2.嘧啶(Pyrimidine)尿嘧啶uracilU胞嘧啶cytosineC胸腺嘧啶thymineT2.嘧啶(Pyrimidine)尿嘧啶U胞嘧啶C胸腺嘧啶T核酸中也存在一些不常見的稀有堿基。稀有堿基的種類很多,大部分是上述堿基的甲基化產(chǎn)物。核酸中也存在一些不常見的稀有堿基。稀有堿基的種類很多三、核苷(nucleoside)1、核苷:戊糖+堿基2、糖與堿基之間的C-N鍵,稱為C-N糖苷鍵1’2’3’4’5’(OH)1’2’3’4’5’(OH)三、核苷(nucleoside)1、核苷:戊糖+堿基AdenosineGuanosineCytidineUridineNNOHHONNNH2HONNOHH2NNNNNNNNH2OHHOHHOHHHOCH2HOCH2OHHOHHOHHOHHOHHOHHHOCH2OHHOHHOHHHOCH2AdenosineGuanosineCyt五、核苷酸衍生物1.繼續(xù)磷酸化AMPADPATP五、核苷酸衍生物1.繼續(xù)磷酸化AMPADPATP分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件5′-磷酸端(常用5’-P表示);3′-羥基端(常用3’-OH表示)多聚核苷酸鏈具有方向性,當(dāng)表示一個(gè)多聚核苷酸鏈時(shí),必須注明它的方向是5′→3′或是3′→5′。多聚核苷酸的表示方式DNARNA5′PdAPdCPdGPdTOH3′5′PAPCPGPUOH′或5′ACGTGCGT3′5′ACGUAUGU3′
ACGTGCGTACGUAUGUT5’3’OHU5’3’OHOHOHOHOH5′-磷酸端(常用5’-P表示);3′-羥基端(常用3’-O第四節(jié)DNA的結(jié)構(gòu)一、DNA的一級(jí)結(jié)構(gòu)1、脫氧核糖核酸的排列順序可以用堿基排列順序表示2、連接鍵:3’,5’-磷酸二酯鍵 磷酸與戊糖順序相連形成主鏈骨架堿基形成側(cè)鏈3、多核苷酸鏈均有5’-末端和3’-末端 DNA的堿基順序本身就是遺傳信息存儲(chǔ)的分子形式。生物界物種的多樣性即寓于DNA分子中四種核苷酸千變?nèi)f化的不同排列組合之中。第四節(jié)DNA的結(jié)構(gòu)一、DNA的一級(jí)結(jié)構(gòu)二、DNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)DNA的雙螺旋模型1、1953年,J.Watson和F.Crick在前人研究工作的基礎(chǔ)上,根據(jù)DNA結(jié)晶的X-衍射圖譜和分子模型,提出了著名的DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)模型,并對(duì)模型的生物學(xué)意義作出了科學(xué)的解釋和預(yù)測(cè)。2、在DNA分子中,嘌呤堿基的總數(shù)與嘧啶堿基的總數(shù)相等。二、DNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)1、1953年,J.Watson和F.(1)DNA雙螺旋模型要點(diǎn)(B型)2.0nm小溝大溝①DNA雙螺旋中的兩股鏈走向是反平行的,一股鏈?zhǔn)?′→3′走向,另一股鏈?zhǔn)?′→5′走向。兩股DNA鏈圍繞一假想的共同軸心形成一右手螺旋結(jié)構(gòu),雙螺旋的螺距為3.4nm,直徑為2.0nm。表面形成一條大溝,一條小溝。
大溝與小溝是蛋白質(zhì)識(shí)別DNA的堿基序列,與其發(fā)生作用的基礎(chǔ)。(1)DNA雙螺旋2.0nm小溝大溝①DNA雙螺旋中的兩②鏈的骨架(backbone)由交替出現(xiàn)的親水的脫氧核糖基和磷酸基構(gòu)成,位于雙螺旋的外側(cè)。堿基位于雙螺旋的內(nèi)側(cè),兩股鏈中的嘌呤和嘧啶堿基以其疏水的、近于平面的環(huán)形結(jié)構(gòu)彼此密切相近,平面與雙螺旋的長(zhǎng)軸相垂直。③一股鏈中的嘌呤堿基與另一股鏈中位于同一平面的嘧啶堿基之間以氫鏈相連,稱為堿基互補(bǔ)配對(duì)或堿基配對(duì)(basepairing),堿基對(duì)層間的距離為0.34nm。堿基互補(bǔ)配對(duì)總是出現(xiàn)于A與T之間(A=T),形成兩個(gè)氫鍵;或者出現(xiàn)于G與C之間(G=C),形成三個(gè)氫鍵。②鏈的骨架(backbone)由交替出現(xiàn)的親水的脫氧核糖(2)DNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定因素:A、氫鍵(橫向作用力)B、堿基堆積力(縱向作用:疏水相互作用及范德華力)C、離子鍵(3)DNA雙螺旋的不同構(gòu)型:①B-DNA螺旋:標(biāo)準(zhǔn)的Watson,Crick雙螺旋,細(xì)胞正常狀態(tài)下DNA存在的構(gòu)型。②A-DNA螺旋:DNA在75%相對(duì)濕度的鈉鹽中的構(gòu)型。③C-DNA螺旋:DNA在66%相對(duì)濕度的鋰鹽中的構(gòu)型。④Z-DNA螺旋:左手的DNA螺旋,這種螺旋可能在基因表達(dá)或遺傳重組中起作用。(2)DNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定因素:A、氫鍵(橫向作用力)分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件三、DNA的三級(jí)結(jié)構(gòu)DNA雙螺旋的進(jìn)一步扭曲構(gòu)成三級(jí)結(jié)構(gòu),負(fù)超螺旋或正超螺旋L=T+W(L為纏繞數(shù),T為螺旋數(shù),W超螺旋數(shù))原核雙鏈環(huán)狀DNA(dcDNA)病毒單鏈環(huán)狀DNA(scDNA)單鏈線性DNA(ssDNA)三、DNA的三級(jí)結(jié)構(gòu)DNA雙螺旋的進(jìn)一步扭曲構(gòu)成三級(jí)結(jié)構(gòu),上節(jié)回顧1DNA雙螺旋模型要點(diǎn)(B型)①DNA雙螺旋中的兩股鏈走向是反平行的,一股鏈?zhǔn)?′→3′走向,另一股鏈?zhǔn)?′→5′走向。②鏈的骨架(backbone)由交替出現(xiàn)的親水的脫氧核糖基和磷酸基構(gòu)成,位于雙螺旋的外側(cè)。堿基位于雙螺旋的內(nèi)側(cè)。2.0nm小溝大溝上節(jié)回顧1DNA雙螺旋模型要點(diǎn)(B型)2.0nm小溝大溝上節(jié)回顧③一股鏈中的嘌呤堿基與另一股鏈中位于同一平面的嘧啶堿基之間以氫鏈相連,稱為堿基互補(bǔ)配對(duì)。A與T之間(A=T),形成兩個(gè)氫鍵;G與C之間(G=C),形成三個(gè)氫鍵。DNA雙螺旋的不同構(gòu)型:B-DNA螺旋,A-DNA螺旋,C-DNA螺旋,Z-DNA螺旋。2.0nm小溝大溝上節(jié)回顧③一股鏈中的嘌呤堿基與另一股鏈中位于同一平面的嘧啶堿上節(jié)回顧DNA雙螺旋的進(jìn)一步扭曲構(gòu)成三級(jí)結(jié)構(gòu),負(fù)超螺旋或正超螺旋L=T+W(L為纏繞數(shù),T為螺旋數(shù),W超螺旋數(shù))書38頁(yè)上節(jié)回顧DNA雙螺旋的進(jìn)一步扭曲構(gòu)成三級(jí)結(jié)構(gòu),負(fù)超螺旋或正超第五節(jié)DNA的生物合成(一)DNA的半保留復(fù)制復(fù)制時(shí)期第五節(jié)DNA的生物合成(一)DNA的半保留復(fù)制復(fù)制時(shí)期(二)DNA生物合成的基本條件1、模板(?)2、引物(?)3、dNTP(?)4、DNA聚合酶(?)5、Mg2+的參與6、在5’-3’方向延伸(前導(dǎo)鏈和后滯鏈)(二)DNA生物合成的基本條件1、模板(?)(三)DNA生物合成的起點(diǎn)、方向和速度起點(diǎn)(復(fù)制叉):1.細(xì)菌、病毒和線粒體等DNA分子一般以單個(gè)起始點(diǎn)開始復(fù)制2.真核生物以多個(gè)起始點(diǎn)同時(shí)開始復(fù)制。方向:向兩個(gè)方向,原核特殊時(shí)有單向。速度:原核的合成速度比真核的快得多啊。(三)DNA生物合成的起點(diǎn)、方向和速度起點(diǎn)(復(fù)制叉):(四)復(fù)制的幾種主要方式1、線性DNA雙鏈復(fù)制(1)單一起始點(diǎn)單向和雙向(2)多個(gè)起點(diǎn)雙向2、環(huán)狀DNA雙鏈的復(fù)制(1)θ型(2)滾環(huán)型(3)D-環(huán)型(D-loop)(四)復(fù)制的幾種主要方式1、線性DNA雙鏈復(fù)制真核生物DNA復(fù)制的特點(diǎn):區(qū)別于原核生物的特點(diǎn):①有多個(gè)復(fù)制起始點(diǎn)②多個(gè)復(fù)制進(jìn)程同時(shí)進(jìn)行③復(fù)制起始點(diǎn)需要起始原點(diǎn)識(shí)別復(fù)合物的參與④復(fù)制叉移動(dòng)的速度比原核慢,但數(shù)量多⑤DNA聚合酶種類不同,五種聚合酶αβγδε⑥端粒的復(fù)制依賴于端粒酶真核生物DNA復(fù)制的特點(diǎn):區(qū)別于原核生物的特點(diǎn):(五)DNA生物合成的過程1、與DNA復(fù)制有關(guān)的酶(1)DNA聚合酶(書47):1956年Kornberg等在大腸桿菌中首先發(fā)現(xiàn)DNA聚合酶,其后發(fā)現(xiàn)該酶在許多生物中廣泛存在。(2)DNA連接酶:連接DNA雙鏈中的單鏈切口(五)DNA生物合成的過程1、與DNA復(fù)制有關(guān)的酶(3)旋轉(zhuǎn)酶和解旋酶:旋轉(zhuǎn)酶即拓?fù)洚悩?gòu)酶:催化DNA的拓?fù)溥B環(huán)數(shù)發(fā)生變化的酶,在DNA重組修復(fù)和其它轉(zhuǎn)變方面起重要作用。解旋酶(helicase):通過水解ATP將DNA兩條鏈打開。E.coli中的rep蛋白就是解螺旋酶,還有解螺旋酶I、II、III。每解開一對(duì)堿基需要水解2個(gè)ATP分子。(3)旋轉(zhuǎn)酶和解旋酶:(4)引發(fā)酶和單鏈結(jié)合蛋白
引發(fā)酶與復(fù)制起始點(diǎn)雙鏈的解開有關(guān),同時(shí)在滯后鏈的合成中起重要作用。單鏈結(jié)合蛋白(SSBP):穩(wěn)定DNA解開的單鏈,防止復(fù)性和保護(hù)單鏈部分不被核酸酶水解。(4)引發(fā)酶和單鏈結(jié)合蛋白DNA
半
保
留
復(fù)
制
圖示:2、DNA復(fù)制DNA
半
保
留
復(fù)
制
圖示:2、DNA復(fù)制2、DNA復(fù)制原核生物復(fù)制過程:
1.原核生物DNA聚合酶種類酶作用DNA聚合酶Ⅰ5‘-3’聚合酶及外切酶作用,3‘-5’外切酶酶作用,可校正/修復(fù)DNA鏈,還可切除引物DNA聚合酶Ⅱ5‘-3’聚合酶及3‘-5’外切酶酶作用,可校正/修復(fù)DNA鏈DNA聚合酶Ⅲ與酶Ⅰ作用類似,酶活高,是主要的鏈延伸酶(聚合酶replicase)2、DNA復(fù)制原核生物復(fù)制過程:酶作用DN聚合機(jī)制DNA聚合酶具有5′至3′的聚合活性(5′→3′)需要引物鏈的存在聚合機(jī)制DNA聚合酶具有5′至3′的聚合活性(5′→3其次,DNA聚合酶具有核酸外切酶活性①3′→5′外切酶活性②5′→3′外切酶活性其次,DNA聚合酶具有核酸外切酶活性1.復(fù)制的起始;(1)起始復(fù)合物的形成:稱為引發(fā)(2)RNA引物的合成2.鏈的延伸;3.復(fù)制的終止。2、DNA復(fù)制1.復(fù)制的起始;2、DNA復(fù)制1.復(fù)制起始⑴.拓?fù)洚悩?gòu)酶解開超螺旋。⑵.DnaA蛋白識(shí)別并在ATP存在下結(jié)合于四個(gè)9bp的重復(fù)序列。⑶.在類組蛋白(HU、ATP參與下,DanA蛋白變性3×13個(gè)bp的重復(fù)序列,形成開鏈復(fù)合物。⑷.DnaB借助于水解ATP產(chǎn)生的能量在DnaC的幫助下沿5’→3’方向移動(dòng),解開DNA雙鏈,形成前引發(fā)復(fù)合物。1.復(fù)制起始⑴.拓?fù)洚悩?gòu)酶解開超螺旋。⑸.單鏈結(jié)合蛋白結(jié)合于單鏈。⑹.引物合成酶(DnaG蛋白)開始合成RNA引物。(前導(dǎo)鏈)⑺.滯后鏈的引發(fā):由引發(fā)體(primosome)完成。引發(fā)體由六種蛋白質(zhì)組成,蛋白質(zhì)n、nˊ、n〞、DnaB、C和I合成一起。并與引發(fā)酶組裝成引發(fā)體,才發(fā)揮功效。引發(fā)體能夠前進(jìn),不斷合成RNA引物。⑸.單鏈結(jié)合蛋白結(jié)合于單鏈。2.鏈的延長(zhǎng)(岡崎片段的合成)真核生物的岡崎片段為:100-200bp原核生物的岡崎片段為:1000-2000bp2.鏈的延長(zhǎng)(岡崎片段的合成)真核生物的岡崎片段為:100-DNA鏈的延伸在DNA聚合酶Ш的催化下,以四種5’-脫氧核苷三磷酸為底物,在RNA引物的3’端以磷酸二酯鍵連接上脫氧核糖核苷酸并釋放出焦磷酸。DNA鏈的延伸同時(shí)進(jìn)行前導(dǎo)鏈和滯后鏈的合成。兩條鏈方向相反。前導(dǎo)鏈滯后鏈岡崎片段半不連續(xù)復(fù)制岡崎模型DNA鏈的延伸在DNA聚合酶Ш的催化下,以四種5’-岡崎片段引物的切除、缺口的填補(bǔ)和切口的連接:引物的切除:RNaseH降解缺口的填補(bǔ):DNA聚合酶I
(DNApolymeraseI
)切口的連接:DNA連接酶(DNAligase)岡崎片段引物的切除、缺口的填補(bǔ)和切口的連接:引物的切除:分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件3.復(fù)制的終止終止:Tus蛋白,遇到20bp重復(fù)性終止子序列(Ter),Tus–Ter復(fù)合物能阻擋復(fù)制叉繼續(xù)前進(jìn)。3.復(fù)制的終止終止:Tus蛋白,遇到20bp重復(fù)性終止子序列真核生物DNA復(fù)制的特點(diǎn):區(qū)別于原核生物的特點(diǎn):①有多個(gè)復(fù)制起始點(diǎn)②多個(gè)復(fù)制進(jìn)程同時(shí)進(jìn)行③復(fù)制起始點(diǎn)需要起始原點(diǎn)識(shí)別復(fù)合物的參與④復(fù)制叉移動(dòng)的速度比原核慢,但數(shù)量多⑤DNA聚合酶種類不同,五種聚合酶αβγδε⑥端粒的復(fù)制依賴于端粒酶真核生物DNA復(fù)制的特點(diǎn):區(qū)別于原核生物的特點(diǎn):種類αβγδε亞基數(shù)44425分子量(KD)>25036-38160-300170256細(xì)胞內(nèi)定位核核線粒體核核5′→3′聚合活性+++++3′→5′外切活性--+++功能復(fù)制、引發(fā)修復(fù)線粒體復(fù)制復(fù)制去除引物,缺口補(bǔ)全種類αβγδε亞基數(shù)44425分子量(KD)>25036-(六)DNA復(fù)制的調(diào)控大腸桿菌染色體復(fù)制調(diào)控: 復(fù)制的調(diào)控主要是復(fù)制子發(fā)揮作用的。復(fù)制子包括起始位點(diǎn)和復(fù)制起點(diǎn),前者編碼調(diào)節(jié)蛋白,后者與調(diào)節(jié)蛋白結(jié)合。如果有突變體,那么復(fù)制出現(xiàn)問題。 還有一種主要是通過反義RNA調(diào)節(jié)復(fù)制的速度。(六)DNA復(fù)制的調(diào)控大腸桿菌染色體復(fù)制調(diào)控:真核生物DNA復(fù)制的調(diào)控真核生物復(fù)制共有三個(gè)水平的調(diào)控:1.細(xì)胞生活周期水平調(diào)控,也稱為限制點(diǎn)調(diào)控:如促細(xì)胞分裂劑,致癌劑等一些因素能使其混亂2.染色體水平調(diào)控:不同復(fù)制子在S期起始復(fù)制,但這種機(jī)制還不清楚。3.復(fù)制子水平的調(diào)控該種調(diào)控決定復(fù)制起始與否,是高度保守的,只要其中有一步出錯(cuò),那么就無法起始復(fù)制.真核生物DNA復(fù)制的調(diào)控真核生物復(fù)制共有三個(gè)水平的調(diào)控:第六節(jié)DNA的損傷與修復(fù)1.DNA的損傷與突變損傷可造成突變或致死 突變(mutation):指一種遺傳狀態(tài),可以通過復(fù)制而遺傳的DNA結(jié)構(gòu)的任何永久性改變。攜帶突變基因的生物稱為突變體,未突變的稱為野生型。損傷原因物理(紫外射線、高能射線、電離輻射)化學(xué)(烷基化試劑、亞硝酸鹽、堿基類似物)生物因素(堿基對(duì)置換、堿基的插入/缺失造成移碼)第六節(jié)DNA的損傷與修復(fù)1.DNA的損傷與突變 當(dāng)DNA受到大劑量紫外線(波長(zhǎng)260nm附近)照射時(shí),可引起DNA鏈上相鄰的兩個(gè)嘧啶堿基共價(jià)聚合,形成二聚體,例如TT二聚體。 當(dāng)DNA受到大劑量紫外線(波長(zhǎng)260nm附近)照射時(shí),可2.DNA損傷修復(fù)光復(fù)活(直接修復(fù))切除修復(fù)(三種)重組修復(fù)(復(fù)制后)SOS修復(fù)(危急時(shí))2.DNA損傷修復(fù)光復(fù)活(直接修復(fù))光復(fù)活(photoreactivation)可見光(最有效波長(zhǎng)400nm)激活生物界廣泛分布(高等哺乳動(dòng)物除外)的光復(fù)活酶,該酶分解嘧啶二聚體。是一種高度專一的修復(fù)形式,只分解由于UV照射而形成的嘧啶二聚體。光復(fù)活(photoreactivation)可見光(最有效波切除修復(fù)(excisionrepair)即在一系列酶的作用下,將DNA分子中受損傷的部分切除掉,并以完整的那一段為模板,合成出切去的部分,從而使DNA恢復(fù)正常。這是一種比較普遍的修復(fù)機(jī)制。細(xì)胞的修復(fù)功能對(duì)于保護(hù)遺傳物質(zhì)DNA不受破壞有重要意義。切除修復(fù)(excisionrepair)即在一系列酶的作用切除復(fù)制的種類如下:1.錯(cuò)配修復(fù)(dismatchrepair) 作用主要由Dam甲基化酶決定2.堿基切除修復(fù)(base-excisionrepair) 起作用的為糖苷水解酶,產(chǎn)生AP位點(diǎn),又由AP核酸內(nèi)切酶3.核苷酸切除修復(fù)(nucleotide-excisionrepair) 受損,無法形成氫鍵,由核苷酸切除修復(fù)系統(tǒng)負(fù)責(zé)修復(fù)。從兩邊切除DNA移去小片段,由DNA聚合酶Ⅰ或DNA聚合酶ε合成新片段。切除復(fù)制的種類如下:1.錯(cuò)配修復(fù)(dismatchrepa重組修復(fù)(recombinationrepair) 又稱復(fù)制后修復(fù)(postreplicationrepair) 受損傷的DNA在進(jìn)行復(fù)制時(shí),跳過損傷部位,在子代DNA鏈與損傷相對(duì)應(yīng)部位出現(xiàn)缺口。通過分子間重組,從完整的母鏈上將相應(yīng)的堿基順序片段移至子鏈的缺口處,然后再用合成的多核苷酸來補(bǔ)上母鏈的空缺。重組修復(fù)(recombinationrepair) 又稱復(fù)SOS修復(fù) 指DNA受到嚴(yán)重?fù)p傷、細(xì)胞處于危急狀態(tài)時(shí)所誘導(dǎo)的一種DNA修復(fù)方式,修復(fù)結(jié)果只是能維持基因組的完整性,提高細(xì)胞的生成率,但留下的錯(cuò)誤較多,又稱傾錯(cuò)性修復(fù)(Error-ProneRepair)。SOS修復(fù) 指DNA受到嚴(yán)重?fù)p傷、細(xì)胞處于危急狀態(tài)時(shí)所誘㈡、DNA的損傷修復(fù)1.錯(cuò)配修復(fù)(mismatchRepair)
錯(cuò)配修復(fù)對(duì)DNA復(fù)制忠實(shí)性的貢獻(xiàn)力達(dá)102-103,DNA子鏈中的錯(cuò)配幾乎完全都被修正,充分反映了母鏈的重要性。㈡、DNA的損傷修復(fù)1.錯(cuò)配修復(fù)(mismatchRep分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件2.堿基切除修復(fù)(Base-ExcisionRepair)
DNAgylcosylases能特異性識(shí)別常見的DNA損傷(如胞嘧啶或腺嘌呤去氨酰化產(chǎn)物)并將受損害堿基切除。去掉堿基后的核苷酸被稱為AP位點(diǎn)(apurinicorapyrimidinic)。細(xì)胞中最常見的UracilGlycosylase就能特異性切除細(xì)胞中的去氨基胞嘧啶。2.堿基切除修復(fù)(Base-ExcisionRepair3.核苷酸切除修復(fù)(nucleotide-excisionrepair)
當(dāng)DNA鏈上相應(yīng)位置的核苷酸發(fā)生損傷,導(dǎo)致雙鏈之間無法形成氫鍵,由核苷酸切除修復(fù)系統(tǒng)負(fù)責(zé)進(jìn)行修復(fù)。3.核苷酸切除修復(fù)(nucleotide-excision分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件4.DNA的直接修復(fù)(Directrepair)
4.DNA的直接修復(fù)(Directrepair)分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件第七節(jié)DNA的轉(zhuǎn)座DNA的轉(zhuǎn)座,或稱移位(transposition),是由可移位因子(transposableelement)介導(dǎo)的遺傳物質(zhì)重排現(xiàn)象。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)"轉(zhuǎn)座"這一命名并不十分準(zhǔn)確,因?yàn)樵谵D(zhuǎn)座過程中,可移位因子的一個(gè)拷貝常常留在原來位置上,在新位點(diǎn)上出現(xiàn)的僅僅是拷貝。因此,轉(zhuǎn)座有別于同源重組,它依賴于DNA的復(fù)制。第七節(jié)DNA的轉(zhuǎn)座DNA的轉(zhuǎn)座,或稱移位(transposa.簡(jiǎn)單轉(zhuǎn)座子
轉(zhuǎn)座子(transposon,Tn)是存在于染色體DNA上可自主復(fù)制和移位的基本單位。
最簡(jiǎn)單的轉(zhuǎn)座子不含有任何宿主基因而常被稱為插入序列(insertionsequence,IS),它們是細(xì)菌染色體或質(zhì)粒DNA的正常組成部分。一個(gè)細(xì)菌細(xì)胞常帶有少于10個(gè)IS序列。轉(zhuǎn)座子常常被定位到特定的基因中,造成該基因突變。IS序列都是可以獨(dú)立存在的單元,帶有介導(dǎo)自身移動(dòng)的蛋白。a.簡(jiǎn)單轉(zhuǎn)座子
轉(zhuǎn)座子(transposon,Tn分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件b.復(fù)合式轉(zhuǎn)座子(compositetransposon)是一類帶有某些抗藥性基因(或其他宿主基因)的轉(zhuǎn)座子,其兩翼往往是兩個(gè)相同或高度同源的IS序列,表明IS序列插入到某個(gè)功能基因兩端時(shí)就可能產(chǎn)生復(fù)合轉(zhuǎn)座子。一旦形成復(fù)合轉(zhuǎn)座子,IS序列就不能再單獨(dú)移動(dòng),因?yàn)樗鼈兊墓δ鼙恍揎椓?,只能作為?fù)合體移動(dòng)。b.復(fù)合式轉(zhuǎn)座子(compositetransposon)分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件2、轉(zhuǎn)座作用的機(jī)制
轉(zhuǎn)座時(shí)發(fā)生的插入作用有一個(gè)普遍的特征,那就是受體分子中有一段很短的(3-12bp)、被稱為靶序列的DNA會(huì)被復(fù)制,使插入的轉(zhuǎn)座子位于兩個(gè)重復(fù)的靶序列之間。不同轉(zhuǎn)座子的靶序列長(zhǎng)度不同,但對(duì)于一個(gè)特定的轉(zhuǎn)座子來說,它所復(fù)制的靶序列長(zhǎng)度都是一樣的,如IS1兩翼總有9個(gè)堿基對(duì)的靶序列,而Tn3兩端總有5bp的靶序列。
轉(zhuǎn)座可被分為復(fù)制性和非復(fù)制性兩大類。在復(fù)制性轉(zhuǎn)座中,所移動(dòng)和轉(zhuǎn)位的是原轉(zhuǎn)座子的拷貝。轉(zhuǎn)座酶(transposase)和解離酶(resolvase)分別作用于原始轉(zhuǎn)座子和復(fù)制轉(zhuǎn)座子。TnA類轉(zhuǎn)座主要是這種形式。在非復(fù)制性轉(zhuǎn)座中,原始轉(zhuǎn)座子作為一個(gè)可移動(dòng)的實(shí)體直接被移位,IS序列、Mu及Tn5等都以這種方式進(jìn)行轉(zhuǎn)座。2、轉(zhuǎn)座作用的機(jī)制分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件3.轉(zhuǎn)座作用的遺傳學(xué)效應(yīng)①轉(zhuǎn)座引起插入突變;②轉(zhuǎn)座產(chǎn)生新的基因;③轉(zhuǎn)座產(chǎn)生的染色體畸變;④轉(zhuǎn)座引起的生物進(jìn)化.3.轉(zhuǎn)座作用的遺傳學(xué)效應(yīng)名詞解釋復(fù)制復(fù)制體半保留復(fù)制崗崎片段復(fù)制單位θ復(fù)制先導(dǎo)鏈后隨鏈DNA復(fù)制的轉(zhuǎn)錄激活DNA復(fù)制的半不連續(xù)性簡(jiǎn)答題1、圖示說明DNA半保留復(fù)制的機(jī)制證明。2、DNA復(fù)制方向?yàn)?’→3’,請(qǐng)說明復(fù)制為什么不能從3’→5’。3、為什么崗崎證明DNA半不連續(xù)性復(fù)制的實(shí)驗(yàn)中出現(xiàn)兩條鏈都是不連續(xù)的假象。4、DNA復(fù)制為何選擇RNA作為引物?5、復(fù)制叉誕生的過程如何,后隨鏈上都包含哪些事件(涉及的酶的情況)名詞解釋6、E.coli的DNA復(fù)制終止機(jī)制7、原核生物線性DNA復(fù)制5’末端短縮的解決辦法有哪幾種。8、真核生物端粒末端及端粒酶在DNA末端復(fù)制過程中的作用機(jī)制9、真核生物DNA復(fù)制過程中核小體復(fù)制和保留機(jī)制。10、保證復(fù)制忠實(shí)性的主要機(jī)制11、真核與原核復(fù)制起始調(diào)控的差別12、真核與原核復(fù)制的比較6、E.coli的DNA復(fù)制終止機(jī)制第二章
染色體與D
N
A第二章
染色體與D
N
A本章主要內(nèi)容:第一節(jié)染色體第二節(jié)核酸是遺傳物質(zhì)的載體第三節(jié)核酸的基本化學(xué)組成第四節(jié)DNA的結(jié)構(gòu)第五節(jié)DNA的生物合成第六節(jié)DNA的損傷與修復(fù)第七節(jié)DNA的轉(zhuǎn)座本章主要內(nèi)容:第一節(jié)染色體染色體的重要性1、染色體是遺傳信息的主要載體,擔(dān)負(fù)著生命信息的儲(chǔ)存與傳遞。2、染色體結(jié)構(gòu)的特征又決定著基因的表達(dá)與調(diào)控,而其上的核酸也是現(xiàn)代生物化學(xué)、分子生物學(xué)的重要研究領(lǐng)域,是基因工程操作的核心分子。第一節(jié)染色體染色體的重要性第一節(jié)染色體任何一條染色體上都帶有許多基因,一條高等生物的染色體上可能帶有成千上萬個(gè)基因,一個(gè)細(xì)胞中的全部基因序列及其間隔序列統(tǒng)稱為genomes(基因組)。Genotype(基因型):Thegeneticconstitutionofagivenorganism(指某個(gè)特定生物體細(xì)胞內(nèi)的全部遺傳物質(zhì))。
Phenotype(表現(xiàn)型):Visiblepropertyofanygivenorganism(某個(gè)特定生物體中可觀察到的物理或生理現(xiàn)象)。
Mutations(突變):染色體DNA中可遺傳的核苷酸序列變化。任何一條染色體上都帶有許多基因,一條高等生物的染色體上可端粒端粒著絲粒端粒端粒著絲粒分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件二、染色體的組成
1.染色質(zhì)和核小體
染色質(zhì)DNA的Tm值比自由DNA高,說明在染色質(zhì)中DNA極可能與蛋白質(zhì)分子相互作用;在染色質(zhì)狀態(tài)下,由DNA聚合酶和RNA聚合酶催化的DNA復(fù)制和轉(zhuǎn)錄活性大大低于在自由DNA中的反應(yīng);DNA酶I(DNaseI)對(duì)染色質(zhì)DNA的消化遠(yuǎn)遠(yuǎn)慢于對(duì)純DNA的作用。染色質(zhì)的電子顯微鏡圖顯示出由核小體組成的念珠狀結(jié)構(gòu),可以看到由一條細(xì)絲連接著的一連串直徑為10nm的球狀體。二、染色體的組成1.染色質(zhì)和核小體核小體是由H2A、H2B、H3、H4各兩個(gè)分子生成的八聚體和由大約200bpDNA組成的。八聚體在中間,DNA分子盤繞在外,而H1則在核小體的外面。每個(gè)核小體只有一個(gè)H1。在核小體中DNA盤繞組蛋白八聚體核心,從而使分子收縮成1/7,200bpDNA的長(zhǎng)度約為68nm,卻被壓縮在10nm的核小體中。但是,人中期染色體中含3.3×109堿基對(duì),其理論長(zhǎng)度應(yīng)是180cm,這么長(zhǎng)的DNA被包含在46個(gè)51μm長(zhǎng)的圓柱體(染色體)中,其壓縮比約為104。核小體是由H2A、H2B、H3、H4各兩個(gè)分子生成的分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件2.染色體中的核酸組成
⑴不重復(fù)序列在單倍體基因組里,這些序列一般只有一個(gè)或幾個(gè)拷貝,它占DNA總量的40%-80%。不重復(fù)序列長(zhǎng)約750-2000dp,相當(dāng)于一個(gè)結(jié)構(gòu)基因的長(zhǎng)度。單拷貝基因通過基因擴(kuò)增仍可合成大量的蛋白質(zhì),如一個(gè)蠶絲心蛋白基因可作為模板合成104個(gè)絲心蛋白mRNA,每個(gè)mRNA可存活4d,共合成105個(gè)絲心蛋白,這樣,在幾天之內(nèi),一個(gè)單拷貝絲心蛋白基因就可以合成109個(gè)絲心蛋白分子。⑵中度重復(fù)序列這類重復(fù)序列的重復(fù)次數(shù)在10-104之間,占總DNA的10%-40%。各種rRNA、tRNA及組蛋白基因等都屬這一類。2.染色體中的核酸組成非洲爪蟾的18S、5.8S及28SrRNA基因是連在一起的,中間隔著不轉(zhuǎn)錄的間隔區(qū),這些單位在DNA鏈上串聯(lián)重復(fù)約5000次。在卵細(xì)胞形成過程中這些基因可進(jìn)行幾千次不同比例的復(fù)制,產(chǎn)生2×106個(gè)拷貝,使rDNA占卵細(xì)胞DNA的75%,從而使該細(xì)胞能積累1012個(gè)核糖體。非洲爪蟾的18S、5.8S及28SrRNA基因是⑶高度重復(fù)序列——衛(wèi)星DNA這類DNA只在真核生物中發(fā)現(xiàn),占基因組的10%—60%,由6—100個(gè)堿基組成,在DNA鏈上串聯(lián)重復(fù)幾百萬次。由于堿基的組成不同,在密度梯度離心中易與其他DNA分開,形成含量較大的主峰及高度重復(fù)序列小峰,后者又稱衛(wèi)星區(qū)帶(峰)。⑶高度重復(fù)序列——衛(wèi)星DNA這類DNA只在真核生物中發(fā)高等真核生物DNA無論從結(jié)構(gòu)還是功能看都極為復(fù)雜,以小鼠為例:1.小鼠總DNA的10%是小于10bp的高度重復(fù)序列,重復(fù)數(shù)十萬到上百萬次/genome。2.總DNA的20%是重復(fù)數(shù)千次、長(zhǎng)約數(shù)百bp的中等重復(fù)序列。3.總DNA的70%是不重復(fù)或低重復(fù)序列,絕大部分功能基因都位于這類序列中。高等真核生物DNA無論從結(jié)構(gòu)還是功能看都極為復(fù)雜,以小著絲粒(Centromere):是細(xì)胞有絲分裂期間紡錘體蛋白質(zhì)與染色體的結(jié)合位點(diǎn)(attachmentpoint),這種結(jié)合對(duì)于染色體對(duì)在子細(xì)胞中的有序和平均分配至關(guān)重要。在酵母中,centromere的功能單位長(zhǎng)約130bp,富含AT堿基對(duì)。在高等真核細(xì)胞中,centromere都是由長(zhǎng)約5-10bp、方向相同的高度重復(fù)序列所組成。著絲粒(Centromere):是細(xì)胞有絲分裂期間紡錘體蛋白3.染色體中的蛋白質(zhì)
染色體上的蛋白質(zhì)包括組蛋白和非組蛋白。組蛋白是染色體的結(jié)構(gòu)蛋白,它與DNA組成核小體。通??梢杂?mol/LNaCl或0.25mol/L的HCl/H2SO4處理使組蛋白與DNA分開。組蛋白分為H1、H2A、H2B、H3及H4。這些組蛋白都含有大量的賴氨酸和精氨酸,其中H3、H4富含精氨酸,H1富含賴氨酸;H2A、H2B介于兩者之間。3.染色體中的蛋白質(zhì)染色體上的蛋白質(zhì)包括組蛋分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件⑴組蛋白的一般特性1.進(jìn)化上的極端保守性。牛、豬、大鼠的H4氨基酸序列完全相同。牛的H4序列與豌豆序列相比只有兩個(gè)氨基酸的差異(豌豆H4中的異亮氨基酸60→纈氨酸60,精氨酸77→賴氨酸77)。H3的保守性也很大,鯉魚與小牛胸腺的H3只差一個(gè)氨基酸,小牛胸腺與豌豆H3只差4個(gè)氨基酸。2.無組織特異性。到目前為止,僅發(fā)現(xiàn)鳥類、魚類及兩棲類紅細(xì)胞染色體不含H1而帶有H5,精細(xì)胞染色體的組蛋白是魚精蛋白。
⑴組蛋白的一般特性3.肽鏈上氨基酸分布的不對(duì)稱性。堿性氨基酸集中分布在N端的半條鏈上。例如,N端的半條鏈上凈電荷為+16,C端只有+3,大部分疏水基團(tuán)都分布在C端。4.組蛋白的修飾作用。包括甲基化、乙基化、磷酸化及ADP核糖基化等。5.富含賴氨酸的組蛋白H5。賴氨酸24%、丙氨酸、16%絲氨酸13%、精氨酸11%。鳥類、兩棲類、魚類紅細(xì)胞分離的H5均有種的特異性。3.肽鏈上氨基酸分布的不對(duì)稱性。堿性氨基酸集中分布在N端的⑵非組蛋白的一般特性染色體上除了存在大約與DNA等量的組蛋白以外,還存在大量的非組蛋白。1.非組蛋白的多樣性。非組蛋白的量大約是組蛋白的60%~70%,但它的種類卻很多,約在20-100種之間,其中常見的有15-20種。2.非組蛋白的組織專一性和種屬專一性。⑵非組蛋白的一般特性4.原核與真核染色體DNA比較
原核生物中一般只有一條染色體且大都帶有單拷貝基因,只有很少數(shù)基因〔如rRNA基因〕是以多拷貝形式存在;整個(gè)染色體DNA幾乎全部由功能基因與調(diào)控序列所組成;原核生物中DNA存在轉(zhuǎn)錄單元,一般為多順反子,即幾個(gè)基因一起轉(zhuǎn)錄?;蚪M中有重疊基因,基因密度大。4.原核與真核染色體DNA比較原核生物中一般只有一條染色第二節(jié)核酸是遺傳物質(zhì)的載體一、核酸的研究發(fā)現(xiàn)史 1868年,F(xiàn).Miescher從細(xì)胞核中分離得到一種酸性物質(zhì),即現(xiàn)在被稱為核酸的物質(zhì)。第二節(jié)核酸是遺傳物質(zhì)的載體一、核酸的研究發(fā)現(xiàn)史1944年,Avery的轉(zhuǎn)換轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)orand可分離1944年,Avery的轉(zhuǎn)換轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)orand可分離1952年,Hexshey、ChaseT2噬菌體(搗碎器實(shí)驗(yàn))1953年,Watson、CrickDNA雙螺旋模型核酶(Ribozyme)1952年,Hexshey、ChaseT2噬菌體(搗碎98%核中(染色體中)真核線粒體(mDNA)核外葉綠體(ctDNA)DNA擬核原核核外:質(zhì)粒(plasmid)病毒:DNA病毒二、核酸的種類和分布
脫氧核糖核酸DeoxyribonucleicAcid(DNA)核糖核酸RibonucleicAcid(RNA)98%核中(染色體中)二、核RNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)中
tRNArRNAmRNA其它RNA病毒:SARS三、分子生物學(xué)的中心法則RNA主要存在于細(xì)胞質(zhì)中tRNA三、分子生物學(xué)的中心法第三節(jié)核酸的基本化學(xué)組成核酸核苷酸核苷磷酸堿基戊糖元素組成:CHONP
核酸完全水解產(chǎn)生嘌呤和嘧啶等堿性物質(zhì)、戊糖(核糖或脫氧核糖)和磷酸的混合物。核酸部分水解則產(chǎn)生核苷和核苷酸。每個(gè)核苷分子含一分子堿基和一分子戊糖,一分子核苷酸部分水解后除產(chǎn)生核苷外,還有一分子磷酸。核酸的各種水解產(chǎn)物可用層析或電泳等方法分離鑒定。第三節(jié)核酸的基本化學(xué)組成核酸核苷酸核苷磷酸堿基戊糖元素組成組成核酸的戊糖有兩種。DNA所含的糖為β-D-2-脫氧核糖;RNA所含的糖則為β-D-核糖。一、戊糖RiboseDeoxyribose組成核酸的戊糖有兩種。DNA所含的糖為β-D-2二、堿基1.嘌呤(Purine)腺嘌呤AdenineA鳥嘌呤guanineG二、堿基1.嘌呤(Purine)腺嘌呤Adenine2.嘧啶(Pyrimidine)尿嘧啶uracilU胞嘧啶cytosineC胸腺嘧啶thymineT2.嘧啶(Pyrimidine)尿嘧啶U胞嘧啶C胸腺嘧啶T核酸中也存在一些不常見的稀有堿基。稀有堿基的種類很多,大部分是上述堿基的甲基化產(chǎn)物。核酸中也存在一些不常見的稀有堿基。稀有堿基的種類很多三、核苷(nucleoside)1、核苷:戊糖+堿基2、糖與堿基之間的C-N鍵,稱為C-N糖苷鍵1’2’3’4’5’(OH)1’2’3’4’5’(OH)三、核苷(nucleoside)1、核苷:戊糖+堿基AdenosineGuanosineCytidineUridineNNOHHONNNH2HONNOHH2NNNNNNNNH2OHHOHHOHHHOCH2HOCH2OHHOHHOHHOHHOHHOHHHOCH2OHHOHHOHHHOCH2AdenosineGuanosineCyt五、核苷酸衍生物1.繼續(xù)磷酸化AMPADPATP五、核苷酸衍生物1.繼續(xù)磷酸化AMPADPATP分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件5′-磷酸端(常用5’-P表示);3′-羥基端(常用3’-OH表示)多聚核苷酸鏈具有方向性,當(dāng)表示一個(gè)多聚核苷酸鏈時(shí),必須注明它的方向是5′→3′或是3′→5′。多聚核苷酸的表示方式DNARNA5′PdAPdCPdGPdTOH3′5′PAPCPGPUOH′或5′ACGTGCGT3′5′ACGUAUGU3′
ACGTGCGTACGUAUGUT5’3’OHU5’3’OHOHOHOHOH5′-磷酸端(常用5’-P表示);3′-羥基端(常用3’-O第四節(jié)DNA的結(jié)構(gòu)一、DNA的一級(jí)結(jié)構(gòu)1、脫氧核糖核酸的排列順序可以用堿基排列順序表示2、連接鍵:3’,5’-磷酸二酯鍵 磷酸與戊糖順序相連形成主鏈骨架堿基形成側(cè)鏈3、多核苷酸鏈均有5’-末端和3’-末端 DNA的堿基順序本身就是遺傳信息存儲(chǔ)的分子形式。生物界物種的多樣性即寓于DNA分子中四種核苷酸千變?nèi)f化的不同排列組合之中。第四節(jié)DNA的結(jié)構(gòu)一、DNA的一級(jí)結(jié)構(gòu)二、DNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)DNA的雙螺旋模型1、1953年,J.Watson和F.Crick在前人研究工作的基礎(chǔ)上,根據(jù)DNA結(jié)晶的X-衍射圖譜和分子模型,提出了著名的DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)模型,并對(duì)模型的生物學(xué)意義作出了科學(xué)的解釋和預(yù)測(cè)。2、在DNA分子中,嘌呤堿基的總數(shù)與嘧啶堿基的總數(shù)相等。二、DNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)1、1953年,J.Watson和F.(1)DNA雙螺旋模型要點(diǎn)(B型)2.0nm小溝大溝①DNA雙螺旋中的兩股鏈走向是反平行的,一股鏈?zhǔn)?′→3′走向,另一股鏈?zhǔn)?′→5′走向。兩股DNA鏈圍繞一假想的共同軸心形成一右手螺旋結(jié)構(gòu),雙螺旋的螺距為3.4nm,直徑為2.0nm。表面形成一條大溝,一條小溝。
大溝與小溝是蛋白質(zhì)識(shí)別DNA的堿基序列,與其發(fā)生作用的基礎(chǔ)。(1)DNA雙螺旋2.0nm小溝大溝①DNA雙螺旋中的兩②鏈的骨架(backbone)由交替出現(xiàn)的親水的脫氧核糖基和磷酸基構(gòu)成,位于雙螺旋的外側(cè)。堿基位于雙螺旋的內(nèi)側(cè),兩股鏈中的嘌呤和嘧啶堿基以其疏水的、近于平面的環(huán)形結(jié)構(gòu)彼此密切相近,平面與雙螺旋的長(zhǎng)軸相垂直。③一股鏈中的嘌呤堿基與另一股鏈中位于同一平面的嘧啶堿基之間以氫鏈相連,稱為堿基互補(bǔ)配對(duì)或堿基配對(duì)(basepairing),堿基對(duì)層間的距離為0.34nm。堿基互補(bǔ)配對(duì)總是出現(xiàn)于A與T之間(A=T),形成兩個(gè)氫鍵;或者出現(xiàn)于G與C之間(G=C),形成三個(gè)氫鍵。②鏈的骨架(backbone)由交替出現(xiàn)的親水的脫氧核糖(2)DNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定因素:A、氫鍵(橫向作用力)B、堿基堆積力(縱向作用:疏水相互作用及范德華力)C、離子鍵(3)DNA雙螺旋的不同構(gòu)型:①B-DNA螺旋:標(biāo)準(zhǔn)的Watson,Crick雙螺旋,細(xì)胞正常狀態(tài)下DNA存在的構(gòu)型。②A-DNA螺旋:DNA在75%相對(duì)濕度的鈉鹽中的構(gòu)型。③C-DNA螺旋:DNA在66%相對(duì)濕度的鋰鹽中的構(gòu)型。④Z-DNA螺旋:左手的DNA螺旋,這種螺旋可能在基因表達(dá)或遺傳重組中起作用。(2)DNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定因素:A、氫鍵(橫向作用力)分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件三、DNA的三級(jí)結(jié)構(gòu)DNA雙螺旋的進(jìn)一步扭曲構(gòu)成三級(jí)結(jié)構(gòu),負(fù)超螺旋或正超螺旋L=T+W(L為纏繞數(shù),T為螺旋數(shù),W超螺旋數(shù))原核雙鏈環(huán)狀DNA(dcDNA)病毒單鏈環(huán)狀DNA(scDNA)單鏈線性DNA(ssDNA)三、DNA的三級(jí)結(jié)構(gòu)DNA雙螺旋的進(jìn)一步扭曲構(gòu)成三級(jí)結(jié)構(gòu),上節(jié)回顧1DNA雙螺旋模型要點(diǎn)(B型)①DNA雙螺旋中的兩股鏈走向是反平行的,一股鏈?zhǔn)?′→3′走向,另一股鏈?zhǔn)?′→5′走向。②鏈的骨架(backbone)由交替出現(xiàn)的親水的脫氧核糖基和磷酸基構(gòu)成,位于雙螺旋的外側(cè)。堿基位于雙螺旋的內(nèi)側(cè)。2.0nm小溝大溝上節(jié)回顧1DNA雙螺旋模型要點(diǎn)(B型)2.0nm小溝大溝上節(jié)回顧③一股鏈中的嘌呤堿基與另一股鏈中位于同一平面的嘧啶堿基之間以氫鏈相連,稱為堿基互補(bǔ)配對(duì)。A與T之間(A=T),形成兩個(gè)氫鍵;G與C之間(G=C),形成三個(gè)氫鍵。DNA雙螺旋的不同構(gòu)型:B-DNA螺旋,A-DNA螺旋,C-DNA螺旋,Z-DNA螺旋。2.0nm小溝大溝上節(jié)回顧③一股鏈中的嘌呤堿基與另一股鏈中位于同一平面的嘧啶堿上節(jié)回顧DNA雙螺旋的進(jìn)一步扭曲構(gòu)成三級(jí)結(jié)構(gòu),負(fù)超螺旋或正超螺旋L=T+W(L為纏繞數(shù),T為螺旋數(shù),W超螺旋數(shù))書38頁(yè)上節(jié)回顧DNA雙螺旋的進(jìn)一步扭曲構(gòu)成三級(jí)結(jié)構(gòu),負(fù)超螺旋或正超第五節(jié)DNA的生物合成(一)DNA的半保留復(fù)制復(fù)制時(shí)期第五節(jié)DNA的生物合成(一)DNA的半保留復(fù)制復(fù)制時(shí)期(二)DNA生物合成的基本條件1、模板(?)2、引物(?)3、dNTP(?)4、DNA聚合酶(?)5、Mg2+的參與6、在5’-3’方向延伸(前導(dǎo)鏈和后滯鏈)(二)DNA生物合成的基本條件1、模板(?)(三)DNA生物合成的起點(diǎn)、方向和速度起點(diǎn)(復(fù)制叉):1.細(xì)菌、病毒和線粒體等DNA分子一般以單個(gè)起始點(diǎn)開始復(fù)制2.真核生物以多個(gè)起始點(diǎn)同時(shí)開始復(fù)制。方向:向兩個(gè)方向,原核特殊時(shí)有單向。速度:原核的合成速度比真核的快得多啊。(三)DNA生物合成的起點(diǎn)、方向和速度起點(diǎn)(復(fù)制叉):(四)復(fù)制的幾種主要方式1、線性DNA雙鏈復(fù)制(1)單一起始點(diǎn)單向和雙向(2)多個(gè)起點(diǎn)雙向2、環(huán)狀DNA雙鏈的復(fù)制(1)θ型(2)滾環(huán)型(3)D-環(huán)型(D-loop)(四)復(fù)制的幾種主要方式1、線性DNA雙鏈復(fù)制真核生物DNA復(fù)制的特點(diǎn):區(qū)別于原核生物的特點(diǎn):①有多個(gè)復(fù)制起始點(diǎn)②多個(gè)復(fù)制進(jìn)程同時(shí)進(jìn)行③復(fù)制起始點(diǎn)需要起始原點(diǎn)識(shí)別復(fù)合物的參與④復(fù)制叉移動(dòng)的速度比原核慢,但數(shù)量多⑤DNA聚合酶種類不同,五種聚合酶αβγδε⑥端粒的復(fù)制依賴于端粒酶真核生物DNA復(fù)制的特點(diǎn):區(qū)別于原核生物的特點(diǎn):(五)DNA生物合成的過程1、與DNA復(fù)制有關(guān)的酶(1)DNA聚合酶(書47):1956年Kornberg等在大腸桿菌中首先發(fā)現(xiàn)DNA聚合酶,其后發(fā)現(xiàn)該酶在許多生物中廣泛存在。(2)DNA連接酶:連接DNA雙鏈中的單鏈切口(五)DNA生物合成的過程1、與DNA復(fù)制有關(guān)的酶(3)旋轉(zhuǎn)酶和解旋酶:旋轉(zhuǎn)酶即拓?fù)洚悩?gòu)酶:催化DNA的拓?fù)溥B環(huán)數(shù)發(fā)生變化的酶,在DNA重組修復(fù)和其它轉(zhuǎn)變方面起重要作用。解旋酶(helicase):通過水解ATP將DNA兩條鏈打開。E.coli中的rep蛋白就是解螺旋酶,還有解螺旋酶I、II、III。每解開一對(duì)堿基需要水解2個(gè)ATP分子。(3)旋轉(zhuǎn)酶和解旋酶:(4)引發(fā)酶和單鏈結(jié)合蛋白
引發(fā)酶與復(fù)制起始點(diǎn)雙鏈的解開有關(guān),同時(shí)在滯后鏈的合成中起重要作用。單鏈結(jié)合蛋白(SSBP):穩(wěn)定DNA解開的單鏈,防止復(fù)性和保護(hù)單鏈部分不被核酸酶水解。(4)引發(fā)酶和單鏈結(jié)合蛋白DNA
半
保
留
復(fù)
制
圖示:2、DNA復(fù)制DNA
半
保
留
復(fù)
制
圖示:2、DNA復(fù)制2、DNA復(fù)制原核生物復(fù)制過程:
1.原核生物DNA聚合酶種類酶作用DNA聚合酶Ⅰ5‘-3’聚合酶及外切酶作用,3‘-5’外切酶酶作用,可校正/修復(fù)DNA鏈,還可切除引物DNA聚合酶Ⅱ5‘-3’聚合酶及3‘-5’外切酶酶作用,可校正/修復(fù)DNA鏈DNA聚合酶Ⅲ與酶Ⅰ作用類似,酶活高,是主要的鏈延伸酶(聚合酶replicase)2、DNA復(fù)制原核生物復(fù)制過程:酶作用DN聚合機(jī)制DNA聚合酶具有5′至3′的聚合活性(5′→3′)需要引物鏈的存在聚合機(jī)制DNA聚合酶具有5′至3′的聚合活性(5′→3其次,DNA聚合酶具有核酸外切酶活性①3′→5′外切酶活性②5′→3′外切酶活性其次,DNA聚合酶具有核酸外切酶活性1.復(fù)制的起始;(1)起始復(fù)合物的形成:稱為引發(fā)(2)RNA引物的合成2.鏈的延伸;3.復(fù)制的終止。2、DNA復(fù)制1.復(fù)制的起始;2、DNA復(fù)制1.復(fù)制起始⑴.拓?fù)洚悩?gòu)酶解開超螺旋。⑵.DnaA蛋白識(shí)別并在ATP存在下結(jié)合于四個(gè)9bp的重復(fù)序列。⑶.在類組蛋白(HU、ATP參與下,DanA蛋白變性3×13個(gè)bp的重復(fù)序列,形成開鏈復(fù)合物。⑷.DnaB借助于水解ATP產(chǎn)生的能量在DnaC的幫助下沿5’→3’方向移動(dòng),解開DNA雙鏈,形成前引發(fā)復(fù)合物。1.復(fù)制起始⑴.拓?fù)洚悩?gòu)酶解開超螺旋。⑸.單鏈結(jié)合蛋白結(jié)合于單鏈。⑹.引物合成酶(DnaG蛋白)開始合成RNA引物。(前導(dǎo)鏈)⑺.滯后鏈的引發(fā):由引發(fā)體(primosome)完成。引發(fā)體由六種蛋白質(zhì)組成,蛋白質(zhì)n、nˊ、n〞、DnaB、C和I合成一起。并與引發(fā)酶組裝成引發(fā)體,才發(fā)揮功效。引發(fā)體能夠前進(jìn),不斷合成RNA引物。⑸.單鏈結(jié)合蛋白結(jié)合于單鏈。2.鏈的延長(zhǎng)(岡崎片段的合成)真核生物的岡崎片段為:100-200bp原核生物的岡崎片段為:1000-2000bp2.鏈的延長(zhǎng)(岡崎片段的合成)真核生物的岡崎片段為:100-DNA鏈的延伸在DNA聚合酶Ш的催化下,以四種5’-脫氧核苷三磷酸為底物,在RNA引物的3’端以磷酸二酯鍵連接上脫氧核糖核苷酸并釋放出焦磷酸。DNA鏈的延伸同時(shí)進(jìn)行前導(dǎo)鏈和滯后鏈的合成。兩條鏈方向相反。前導(dǎo)鏈滯后鏈岡崎片段半不連續(xù)復(fù)制岡崎模型DNA鏈的延伸在DNA聚合酶Ш的催化下,以四種5’-岡崎片段引物的切除、缺口的填補(bǔ)和切口的連接:引物的切除:RNaseH降解缺口的填補(bǔ):DNA聚合酶I
(DNApolymeraseI
)切口的連接:DNA連接酶(DNAligase)岡崎片段引物的切除、缺口的填補(bǔ)和切口的連接:引物的切除:分子生物學(xué)第二章染色體及DNA課件3.復(fù)制的終止終止:Tus蛋白,遇到20bp重復(fù)性終止子序列(Ter),Tus–Ter復(fù)合物能阻擋復(fù)制叉繼續(xù)前進(jìn)。3.復(fù)制的終止終止:Tus蛋白,遇到20bp重復(fù)性終止子序列真核生物DNA復(fù)制的特點(diǎn):區(qū)別于原核生物的特點(diǎn):①有多個(gè)復(fù)制起始點(diǎn)②多個(gè)復(fù)制進(jìn)程同時(shí)進(jìn)行③復(fù)制起始點(diǎn)需要起始原點(diǎn)識(shí)別復(fù)合物的參與④復(fù)制叉移動(dòng)的速度比原核慢,但數(shù)量多⑤DNA聚合酶種類不同,五種聚合酶αβγδε⑥端粒的復(fù)制依賴于端粒酶真核生物DNA復(fù)制的特點(diǎn):區(qū)別于原核生物的特點(diǎn):種類αβγδε亞基數(shù)44425分子量(KD)>25036-38160-300170256細(xì)胞內(nèi)定位核核線粒體核核5′→3′聚合活性+++++3′→5′外切活性--+++功能復(fù)制、引發(fā)修復(fù)線粒體復(fù)制復(fù)制去除引物,缺口補(bǔ)全種類αβγδε亞基數(shù)44425分子量(KD)>25036-(六)DNA復(fù)制的調(diào)控大腸桿菌染色體復(fù)制調(diào)控: 復(fù)制的調(diào)控主要是復(fù)制子發(fā)揮作用的。復(fù)制子包括起始位點(diǎn)和復(fù)制起點(diǎn),前者編碼調(diào)節(jié)蛋白,后者與調(diào)節(jié)蛋白結(jié)合。如果有突變體,那么復(fù)制出現(xiàn)問題。 還有一種主要是通過反義RNA調(diào)節(jié)復(fù)制的速度。(六)DNA復(fù)制的調(diào)控大腸桿菌染色體復(fù)制調(diào)控:真核生物DNA復(fù)制的調(diào)控真核生物復(fù)制共有三個(gè)水平的調(diào)控:1.細(xì)胞生活周期水平調(diào)控,也稱為限制點(diǎn)調(diào)控:如促細(xì)胞分裂劑,致癌劑等一些因素能使其混亂2.染色體水平調(diào)控:不同復(fù)制子在S期起始復(fù)制,但這種機(jī)制還不清楚。3.復(fù)制子水平的調(diào)控該種調(diào)控決定復(fù)制起始與否,是高度保守的,只要其中有一步出錯(cuò),那么就無法起始復(fù)制.真核生物DNA復(fù)制的調(diào)控真核生物復(fù)制共有三個(gè)水平的調(diào)控:第六節(jié)DNA的損傷與修復(fù)1.DNA的損傷與突變損傷可造成突變或致死 突變(mutation):指一種遺傳狀態(tài),可以通過復(fù)制而遺傳的DNA結(jié)構(gòu)的任何永久性改變。攜帶突變基因的生物稱為突變體,未突變的稱為野生型。損傷原因物理(紫外射線、高能射線、電離輻射)化學(xué)(烷基化試劑、亞硝酸鹽、堿基類似物)生物因素(堿基對(duì)置換、堿基的插入/缺失造成移碼)第六節(jié)DNA的損傷與修復(fù)1.DNA的損傷與突變 當(dāng)DNA受到大劑量紫外線(波長(zhǎng)260nm附近)照射時(shí),可引起DNA鏈上相鄰的兩個(gè)嘧啶堿基共價(jià)聚合,形成二聚體,例如TT二聚體。 當(dāng)DNA受到大劑量紫外線(波長(zhǎng)260nm附近)照射時(shí),可2.DNA損傷修復(fù)光復(fù)活(直接修復(fù))切除修復(fù)(三種)重組修復(fù)(復(fù)制后)SOS修復(fù)(危急時(shí))2.DNA損傷修復(fù)光復(fù)活(直接修復(fù))光復(fù)活(photoreactivation)可見光(最有效波長(zhǎng)400nm)激活生物界廣泛分布(高等哺乳動(dòng)物除外)的光復(fù)活酶,該酶分解嘧啶二聚體。是一種高度專一的修復(fù)形式,只分解由于UV照射而形成的嘧啶二聚體。光復(fù)活(photoreactivation)可見光(最有效波切除修復(fù)(excisionrepair)即在一系列酶的作用下,將DNA分子中受損傷的部分切除掉,并以完整的那一段為模板,合成出切去的部分,從而使DNA恢復(fù)正常。這是一種比較普遍的修復(fù)機(jī)制。細(xì)胞的修復(fù)功能對(duì)于保護(hù)遺傳物質(zhì)DNA不受破壞有重要意義。切除修復(fù)(excisionrepair)即在一系列酶的作用切除復(fù)制的種類如下:1.錯(cuò)配修復(fù)(disma
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