用BankIt向NCBI在線提交序列

..用BankIt向NCBI在線提交序列向NCBI提交序列常用的方法有兩種,其一是在線提交的BankIt,其二是用軟件Sequin。在此結(jié)合網(wǎng)絡(luò)牛人實(shí)際操作經(jīng)驗(yàn)來總結(jié)下如何通過BankIt在線提交DNA或RNA序列,供參考。1.整理序列信息：包括病原采集地、病原的寄主、寄主癥狀、采集人等基本信息;還有序列分析結(jié)果,包括序列全長(zhǎng)大小,開放閱讀框<ORF>的長(zhǎng)度、位置及特定ORF序列翻譯的氨基酸序列等基因水平的信息,這對(duì)于接下來的快速準(zhǔn)確提交序列及提交成功后為全世界其他作者準(zhǔn)確全面分享此類信息很重要;2.登陸B(tài)ackIt站點(diǎn),注意到頁面右邊的"SignintouseBankIt"標(biāo)簽,點(diǎn)擊登錄進(jìn)入。如果沒有賬號(hào)就注冊(cè)一個(gè)<注意,此賬號(hào)與ncbi賬號(hào)不通用>。附注冊(cè)賬號(hào)步驟,需要填寫的項(xiàng)目為：Title：你的職位或頭銜Firstname：名lastname：姓login：登陸名Affiliation：所屬機(jī)構(gòu)地址,一般填寫自己學(xué)校地址E-mailAddress：通信電郵,填完后會(huì)發(fā)隨機(jī)密碼到此電郵地址,使用隨機(jī)密碼進(jìn)行登陸,當(dāng)然登陸后可對(duì)密碼進(jìn)行重置;3.登陸B(tài)ankIt,看到如下圖所示界面,此時(shí)NCBI會(huì)自動(dòng)分配一個(gè)SubmissionID,但不是最終的提交序列ID：接下來共有九個(gè)步驟<好事多磨>：3.1ContactInformation填寫個(gè)人姓名、機(jī)構(gòu)、電郵等資料集聯(lián)系方式,如果錯(cuò)誤該頁會(huì)有ERROR提示直到正確填寫,填寫完畢點(diǎn)擊CONTINUE;3.2Reference填寫參考作者信息<Referenceauthor>及序列相關(guān)信息,比如該序列是否對(duì)應(yīng)有文章,如單純提交序列則只需選擇Unpublished即可<Referencetitle項(xiàng)可以填入"DirectSubmission">,有的話就填寫已發(fā)表文章的信息<卷、期等>,接下來會(huì)問你該序列的提交者是否是序列的發(fā)現(xiàn)者等信息,填寫完畢點(diǎn)擊CONTINUE;※提示：新版的BankIt中,接下來會(huì)有"SequencingTechnology"一項(xiàng),呈現(xiàn)有454、Illumina、SOLiD及Other等測(cè)序方法選擇,目前為"Sangerdideoxysequencing"即一代測(cè)序方法測(cè)序,并且所提交的序列均為"assembledsequences",目前的"assemblyprogram"為"Lasergene,version7.0"。3.3Nucleotide包括三個(gè)小項(xiàng)：SubmissionReleaseDate<期望NCBI什么時(shí)候公布你的序列>、16SrRNAsubmissions<該序列是否為16SrRNA>、Sequence<s>andDefinitionLine<s><會(huì)提示問你該序列是否為全長(zhǎng)genomicDNA、線狀或環(huán)狀等、序列長(zhǎng)度,需要復(fù)制序列或提交FASTA格式文件>,如若序列長(zhǎng)度與復(fù)制序列或FASTA文件長(zhǎng)度不同則會(huì)有提示,需要重新提交序列,依次選擇即可。一般選擇"ImmediatelyafterProcessing","非16SrRNA","genomicDNA","circular","complete"等信息,然后將全序列粘貼到下方的空格中,別忘了在上方寫上總核苷酸數(shù)。完后審查看有沒有錯(cuò)誤,繼續(xù)CONTINUE;3.4Organism填寫Organism<病原物>的名字,即序列公開顯示時(shí)候的標(biāo)題<如MYVYNV分離物序列"MalvastrumyellowveinYunnanvirusisolateSC226-5,completegenome">,點(diǎn)擊CONTINUE后會(huì)出現(xiàn)自動(dòng)檢索項(xiàng)目,核對(duì)后<有可能會(huì)進(jìn)行選擇>繼續(xù)CONTINUE;3.5SubmissionCategory提交范疇,是否直接提交或通過第三方Annotation提交<不是太清楚什么意思,可能指的是從EMBL和DDBJ中導(dǎo)入的數(shù)據(jù)吧>,一般為直接提交,如下圖示選擇Original,繼續(xù)CONTINUE;3.6Sourcemodifier選擇該病原物的種類,比如質(zhì)粒、線粒體等;Sourcemodifier下拉菜單及后面的Value設(shè)置：進(jìn)一步選擇該病原物獲取信息,比如Country、Host、Clone、Collectiondate、Strain/Isolate等,至少三項(xiàng)<Organelle/Location為細(xì)胞器/位置,該項(xiàng)可以不填寫>,否則該項(xiàng)不通過,盡量信息全面真實(shí),需要繼續(xù)添加則點(diǎn)擊Add,填寫完畢查看下方已填寫表格進(jìn)行信息核對(duì),然后CONTINUE;3.7PrimersPCR引物項(xiàng)目,可選項(xiàng)目,不想填寫可CONTINUE;3.8Features<※>該步驟重要!將用到之前準(zhǔn)備的內(nèi)容,比如序列內(nèi)ORFs等信息的填寫,并根據(jù)之前的選項(xiàng)來填寫該步驟,比如需要將DNA翻譯為氨基酸序列并進(jìn)行復(fù)制粘貼等,該步操作只需將之前準(zhǔn)備信息錄入即可,比較耗時(shí);點(diǎn)擊下方"ADD"鍵,頁面將切換為↓在這里我們需要錄入更多與該序列有關(guān)的信息,最主要的就是錄入之前已經(jīng)整理好的序列里面的開放閱讀框<ORF>信息：GeneticCode設(shè)置為"Standard",5'和3'都勾選上,ProteinName/ProteinDescription項(xiàng)都填寫,將特定區(qū)域<ORF>的核苷酸序列翻譯為氨基酸序列后<除去末端的終止子>復(fù)制到下方的"AminoAcidSequence"框中,依次錄入即可。在這里越詳細(xì)越好,具體參照實(shí)際操作;3.9ReviewandCorrect對(duì)已填寫信息進(jìn)行復(fù)核及提交,并被告知在2個(gè)工作日之內(nèi)會(huì)收到NCBI電郵,需要