第1章蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)1

第二章蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)蛋白質(zhì)是最豐富的生物大分子，是一切生物體中普遍存在的，有著眾多的生物功能。Protein:來自于希臘語pr?tos，意為“最前面的，首要的”或“最初”。所有的蛋白質(zhì)，都是由普遍存在的20種氨基酸組成。蛋白質(zhì)種類繁多，各具有一定的相對分子質(zhì)量，復(fù)雜的分子結(jié)構(gòu)和特定的生物功能；是表達生物遺傳性狀的一類主要物質(zhì)。

氨基酸(aminoacid，aa)是蛋白質(zhì)多肽鏈的基本結(jié)構(gòu)單位，或稱構(gòu)件分子、構(gòu)造單元（buildingblock）。TheSame20AminoAcidsServeasBuildingBlocksforAllProteinsinNature.第一節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的基本組件一、20種常見氨基酸1、基本結(jié)構(gòu)2、基本性質(zhì)3、單一構(gòu)型和旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體－氨基酸的一般結(jié)構(gòu)為什么稱為－氨基酸？與羧基相鄰的－碳原子上都有一個氨基。1、基本結(jié)構(gòu)R

H2N—Cα—HCOOHR羧基氨基?結(jié)構(gòu)通式：(脯氨酸除外)

名稱三字母符號單字母符號名稱三字母符號單字母符號丙氨酸（alanine）AlaA亮氨酸（leucine）LeuL精氨酸（arginine）ArgR

賴氨酸(lysine)LysK

天冬酰胺（asparagine）Asn

N

甲硫氨酸（methionine）MetM天冬氨酸（asparticacid）AspD

苯丙氨酸（phenylalanine）PheF

半胱氨酸（cysteine）CysC脯氨酸（proline）ProP谷氨酰胺（glutanine）Gln

Q

絲氨酸（serine）SerS谷氨酸（glutamicacid）GluE蘇氨酸（threonine）ThrT甘氨酸（Glycine）GlyG色氨酸（tryptophan）Trp

W

組氨酸（histidine）HisH酪氨酸（tyrosine）TyrY異亮氨酸（isoleucine）IleI纈氨酸（valine）ValV20種基本氨基酸的中英文名稱(P3)2、基本性質(zhì)20種氨基酸側(cè)鏈具有各種各樣的化學(xué)特性以各種順序結(jié)合成蛋白質(zhì)分子是，其性質(zhì)會有更多的變化蛋白質(zhì)中的氨基酸的化學(xué)、物理性質(zhì)常常會與游離氨基酸有顯著不同

（1）、R為脂肪烴基的氨基酸（5種）形成疏水內(nèi)核多肽折疊的原初動力（2）、R中含有羥基和硫的氨基酸（共4種）（3）、

R中含有酰胺基團（2種）（4）、R中含有酸性基團（2種）（5）、R中含堿性基團（3種）（6）、

芳香族氨基酸

在近紫外區(qū)(220-300nm）酪氨酸、苯丙氨酸和色氨酸有光吸收。使蛋白質(zhì)產(chǎn)生紫外線吸收和熒光特性的主要因素。他們對于介質(zhì)環(huán)境非常敏感，常常作為蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)變化的非常有用的探針。（7）、雜環(huán)族氨基酸（1種）氨基酸功能醫(yī)學(xué)應(yīng)用賴氨酸調(diào)節(jié)人體代謝平衡；刺激胃蛋白酶與胃酸的分泌，增進食欲；提高鈣的吸收及其在體內(nèi)的積累作為利尿劑的輔助藥物；抑制重癥高血壓?。患铀侔捳罡腥镜目祻?fù)并抑制其復(fù)發(fā)色氨酸轉(zhuǎn)化生成5–羥色胺，中和腎上腺素與去甲腎上腺素，收縮血管，止血抗悶劑、抗痙攣劑、胃分泌調(diào)節(jié)劑、胃粘膜保護劑和強抗昏迷劑甘氨酸參與嘌呤類、卟啉類、肌酸和乙醛酸的合成；與種類繁多的物質(zhì)結(jié)合，使之由膽汁或尿中排出。對防治前列腺肥大并發(fā)癥、排尿障礙、頻尿、殘尿等癥狀有效果精氨酸

促進膠原組織的合成，修復(fù)傷口；免疫調(diào)節(jié)功能，防止胸腺的退化，提高吞噬細(xì)胞的活力提高動物免疫功能，抗腫瘤氨基酸的生理功能氨基酸食品賴氨酸乳類、瘦肉、魚、蛋、黃豆及豆制品色氨酸小米、牛奶、香菇、葵花子、海蟹、黑芝麻、黃豆、南瓜子、肉松、油豆腐、雞蛋甘氨酸

豬蹄、海參精氨酸

凍豆腐、豆腐干、豆腐皮、花生、核桃、大豆、芝麻、紫菜、豌豆、鱔魚、章魚、木松魚、海參、鰻魚富含氨基酸的食品氨基酸的味道味精即谷氨酸鈉，人的味覺器官中存在著專門的氨基酸的受體，當(dāng)味精用于菜肴或其他食品當(dāng)中被人們食用時，刺激位于舌部味蕾的氨基酸的受體，就能使人感受到可口的鮮味。2002年2月25日發(fā)表在自然雜志上的一項研究表明，一種對氨基酸的味道產(chǎn)生應(yīng)答的受體分子日前已被發(fā)現(xiàn)。美國圣地亞哥加州大學(xué)的CharlesZuker博士及其同事發(fā)現(xiàn)了一種名為T1R1+3的受體，該受體可參與對谷氨酸鈉的特征性“鮮味”的應(yīng)答。而且，關(guān)于甜味和苦味的報告已得到證實。T1R1+3能夠應(yīng)答大多數(shù)天然存在的氨基酸。3、單一構(gòu)型和旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體構(gòu)型是指具有一定構(gòu)造的分子中各原子在空間的排列狀況。構(gòu)象是指在一定的條件下，由于單鍵的旋轉(zhuǎn)而產(chǎn)生的分子中各原子（或原子團）在空間的不同排布形象。構(gòu)型和構(gòu)象雖然都是表述分子的立體模樣或空間形象的概念，但兩者不能并列，構(gòu)象比構(gòu)型更為精細(xì)。

The-carbonatomisachiralcenter。只有當(dāng)－碳連接的4個基團都不相同時，它才成為一個不對稱原子4個取代基在空間上有兩種排列方式：L型和D型鏡面光學(xué)異構(gòu)體氨基酸光學(xué)異構(gòu)體的確定（以甘油醛為標(biāo)準(zhǔn)物）實線表示的化學(xué)鍵伸出屏幕平面，虛線表示的化學(xué)鍵向屏幕背面伸展。旋光性：旋光物質(zhì)使平面偏振光的偏振面發(fā)生旋轉(zhuǎn)的能力。使偏振面向右旋的，稱右旋光物質(zhì)，記為“+”，使偏振面向左旋的，稱左旋光物質(zhì)，記為“-”。給定氨基酸的兩個光學(xué)異構(gòu)體使偏振面旋轉(zhuǎn)方向相反，但旋轉(zhuǎn)程度相等。（甘氨酸除外）氨基酸旋光符號和大小取決于R基性質(zhì)和測定時溶液的pH值。（D,L與“+”“–”無必然聯(lián)系）旋光性來自于氨基酸分子的不對稱性。二、肽單位和多肽鏈(P7)

1、肽鏈和肽單位2、多肽鏈的構(gòu)象

Formationofapeptidebondbycondensation1、肽鏈和肽單位（1）肽鍵與多肽a、肽鍵中的C-N鍵具有部分雙鍵性質(zhì)，不能自由旋轉(zhuǎn)。肽主鏈的每一氨基酸殘基只保留兩個自由度：繞N-C鍵的旋轉(zhuǎn)和繞C-C鍵的旋轉(zhuǎn)。C-N鍵的長度為0.132nm，比正常的C-N鍵短（0.148nm），比典型的C=N鍵長（0.127nm）。估計C-N鍵具有約40%的雙鍵性質(zhì)b、肽鍵是一個平面——肽鍵平面（peptideplane）或酰胺平面（amideplane），肽鍵中4個原子及兩個相鄰的C位于一個平面上。c、在大多數(shù)情況下，肽鍵為反式構(gòu)型（例外：Pro有順反兩種構(gòu)型）。在反式構(gòu)型中，兩個C原子及其取代基團互相遠(yuǎn)離，在順式構(gòu)型中，它們互相接近，引起C上的R基團之間的空間位阻。因而反式構(gòu)型比順式構(gòu)型穩(wěn)定。（盡管繞肽鍵旋轉(zhuǎn)存在很大的障礙，但肽單位可以選擇兩種可能構(gòu)象中的一種：反式（trans）構(gòu)象，或順式（cis）構(gòu)象。）

例外：在X-pro序列中的肽鍵，它可以是順式的，也可以是反式的（因為四氫吡咯環(huán)引起的空間位阻消去了反式構(gòu)型的優(yōu)勢），從而導(dǎo)致相關(guān)多肽鏈或蛋白質(zhì)的不同構(gòu)象。（）CCCC由于連接在兩個a-碳上的側(cè)鏈基團之間的立體干擾，不利于順式構(gòu)象的形成，對伸展的反式構(gòu)象的形成有利，因此蛋白質(zhì)中幾乎所有的肽單位都是反式構(gòu)象。但也有例外，一般都出現(xiàn)在脯氨酸的酰胺氮參與的肽鍵，只是順式構(gòu)象引起的立體干擾比反式構(gòu)象多些。通過X-射線晶體分析發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)中大約有6％的脯氨酸殘基處于順式構(gòu)象．

2、多肽鏈的構(gòu)象★多肽鏈可以看成由Cα串聯(lián)起來的無數(shù)個酰胺平面組成★當(dāng)Φ(Ψ)旋轉(zhuǎn)鍵兩側(cè)的主鏈呈順式時，規(guī)定Φ(Ψ)=0°

★從Cα沿鍵軸方向看，順時針旋轉(zhuǎn)的Φ(Ψ)角為正值，反之為負(fù)值。

由于空間位阻，實際的取值范圍相當(dāng)有限。

和所規(guī)定的構(gòu)象能否存在，主要取決于兩個相鄰肽單位中非共價鍵合原子之間的接近有無阻礙。

可允許的角和角

拉氏構(gòu)象圖(Ramachandranplot)：根據(jù)非鍵合原子之間的最小接觸距離確定二面角（，）的允許范圍。以為橫坐標(biāo)，以為縱坐標(biāo)，在坐標(biāo)圖上標(biāo)出，該坐標(biāo)圖稱拉氏構(gòu)象圖。Cα上的R基的大小與帶電性影響和

ARamachandrandiagramshowingthestericallyreasonablevaluesoftheanglesand.一般允許區(qū)最大允許區(qū)-157o~-53o-180o~-45o-60o~-40o-71o~-22o或+92o~+179o+20o~+180o⑴深藍(lán)色區(qū)域：允許區(qū)，非共價鍵合原子間的距離大于一般允許距離，此區(qū)域內(nèi)任何二面角確定的構(gòu)象都是允許的，且構(gòu)象穩(wěn)定。⑵淺藍(lán)色區(qū)域：不完全允許區(qū)，非共價鍵合原子間的距離介于最小允許距離和一般允許距離之間，立體化學(xué)允許，但構(gòu)象不夠穩(wěn)定。⑶灰色區(qū)域區(qū)域：不允許區(qū)，該區(qū)域內(nèi)任何二面角確定的肽鏈構(gòu)象，都是不允許的，此構(gòu)象中非共價鍵合原子間距離小于最小允許距離，斥力大，構(gòu)象極不穩(wěn)定。L-Ala殘基的拉氏構(gòu)象圖，橫坐標(biāo)為的取值，縱坐標(biāo)為

的取值。Gly的Φ、Ψ角允許范圍很大?？傊捎谠踊蛑g不利的空間相互作用，肽鏈構(gòu)象的范圍是很有限的，對非Gly氨基酸殘基一般允許區(qū)占全平面的7.7%，最大允許區(qū)占全平面22.5％。三、α-螺旋(P10)早在1951年，Pauling和Corey根據(jù)對一些簡單化合物，例如氨基酸、二肽以及三肽的X-射線晶體圖的研究數(shù)據(jù)，提出了兩個周期性的多肽結(jié)構(gòu)：a-螺旋（a-helix）和b-折疊（b-sheet）結(jié)構(gòu)，它們是許多纖維蛋白和球蛋白的主要的二級結(jié)構(gòu)。LinusPauling（1901－1994）Fourdifferentgraphicrepresentationsofthe-helix.0.54nm0.15nmThe-helixasviewedfromoneend,lookingdownthelongitudinalaxis.NotethepositionsoftheRgroups,representedbypurplespheres.1、-螺旋的結(jié)構(gòu)要點：多肽鏈中的各個肽平面圍繞同一軸旋轉(zhuǎn)，形成螺旋結(jié)構(gòu)；螺旋一周，沿軸上升的距離即螺距為0.54nm，含3.6個氨基酸殘基；兩個氨基酸之間的距離為0.15nm；每個殘基沿軸旋轉(zhuǎn)100°二面角=-57o，=-47o。

主鏈內(nèi)形成氫鍵，氫鍵的取向幾乎與軸平行，每個肽基的C=O與其前面3個肽基之后的N-H形成氫鍵。

α-螺旋由氫鍵構(gòu)成一個封閉環(huán)，其中包括三個殘基，共13個原子，稱為3.613－螺旋。ThearrangementofN-HandC=Ogroups(eachwithanindividualdipolemoment)alongthehelixaxiscreatesalargenetdipoleforthehelix.Numbersindicatefractionalchargesonrespectiveatoms.

2、-螺旋的偶極矩Theelectricdipoleofapeptidebondistransmittedalonganα-helicalsegmentthroughtheintrachainhydrogenbonds,resultinginanoverallhelixdipole.Inthisillustration,theaminoandcarbonylconstituentsofeachpeptidebondareindicatedby+and-symbols,respectively.Unbondedaminoandcarbonylconstituentsinthepeptidebondsneareitherendoftheα-helicalregionareshowninred.3.-螺旋的手性-螺旋幾乎都是右手的。-螺旋具有旋光性。Asimplemethodfordeterminingthehandednessofa-helicalstructure,whetherright-handedorleft-handed.

4.影響-螺旋形成的因素

-螺旋能否形成，以及形成的-螺旋是否穩(wěn)定，與其氨基酸組成和排列順序有關(guān)。

根據(jù)各種殘基的特性，可以預(yù)測多肽鏈能否形成α-螺旋。5.其他類型的螺旋：?310-螺旋?π-螺旋（4.416—螺旋）螺旋310螺旋螺旋c(殘基數(shù)）3.634.4P(?)5.46.05.2h(?)1.52.01.2(o)

10012081.8四、-折疊片（-pleatedsheet）“Apleatedsheet”ofpaperwithanantiparallel-sheetdrawnonit.-折疊股-折疊片中每條肽鏈稱為-折疊股，它們一般包含5-10個氨基酸。-折疊股具有近乎全伸展的構(gòu)象，可視為每圈具有2個氨基酸殘基和每個殘基有0.34nm平移距離的特殊螺旋。這種伸展的單鏈構(gòu)象是不穩(wěn)定的，因為其組成原子間沒有相互作用。只有當(dāng)一股鏈與另一股鏈間以主鏈氫鍵相聯(lián)，組合在折疊片時，它們才能穩(wěn)定。所以，在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中出現(xiàn)鏈都是以折疊片方式存在，結(jié)構(gòu)特點：氫鍵在折疊股間形成。幾乎所有羰基氧和酰胺氫都參與鏈內(nèi)氫鍵的交聯(lián)。從能量上看，反平行β-折疊比平行β-折疊更穩(wěn)定，前者的氫鍵NH--O幾乎在一條直線上，此時氫鍵最強。反平行β-sheets,Φ=