日本血吸蟲基因組工作框架圖

日本血吸蟲基因組工作框架圖第1頁(yè)/共15頁(yè)日本血吸蟲基因組工作框架圖上海，2006年5月16日第2頁(yè)/共15頁(yè)承擔(dān)單位： 國(guó)家人類基因組南方研究中心中國(guó)CDC寄生蟲病預(yù)防控制所參加單位：

上海生物信息技術(shù)研究中心 上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院 復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)院 中國(guó)科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院 中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所 中國(guó)農(nóng)科院家畜寄生蟲病研究所 生物芯片上海工程研究中心 科技部“863”

計(jì)劃重大專項(xiàng)科學(xué)院“知識(shí)創(chuàng)新工程”重要方向項(xiàng)目上海市“基礎(chǔ)研究”重大項(xiàng)目

聯(lián)合攻關(guān)項(xiàng)目第3頁(yè)/共15頁(yè)世界性的寄生蟲疾病流行于76國(guó)家和地區(qū)，主要為發(fā)展中國(guó)家感染人數(shù)2.5

億，威脅人群5-6

億死亡人數(shù)1.5-2萬(wàn)/年，重癥和傷殘病人2千萬(wàn)人WHO重點(diǎn)控制的寄生蟲病之一第4頁(yè)/共15頁(yè)2000多年的歷史20世紀(jì)50年代初，流行與沿長(zhǎng)江流域的12省、區(qū)、市，1億人口受威脅，1160萬(wàn)人受感染7個(gè)省仍有血吸蟲病流行血吸蟲病

－中國(guó)最嚴(yán)重的寄生蟲疾病之一第5頁(yè)/共15頁(yè)近年全國(guó)血吸蟲病疫情出現(xiàn)上升趨勢(shì)●局部傳播嚴(yán)重●新疫區(qū)增加●逐步向城市蔓延第6頁(yè)/共15頁(yè)2004年2月，國(guó)務(wù)院成立了血吸蟲病防治工作領(lǐng)導(dǎo)小組●由國(guó)務(wù)院副總理吳儀任組長(zhǎng)?！駨?qiáng)調(diào)要抓住源頭，綜合治理，依靠科技進(jìn)步，加快防治藥品開發(fā)，增加藥品產(chǎn)量，提高藥品質(zhì)量，為人民群眾提供高效、低毒、廉價(jià)的防治藥物，堅(jiān)決遏制血吸蟲病疫情回升勢(shì)頭。第7頁(yè)/共15頁(yè)●

胡錦濤主席重要指示：做好血吸蟲病防治工作關(guān)系到人民的身體健康和生命安全，關(guān)系到經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展和社會(huì)穩(wěn)定?！?/p>

吳儀副總理要求：再經(jīng)過(guò)七八年的努力，力爭(zhēng)在全國(guó)基本控制血吸蟲病。2004年5月，全國(guó)血吸蟲病防治工作會(huì)議：第8頁(yè)/共15頁(yè)所面臨的問(wèn)題預(yù)防●群體化療和有限的釘螺控制，難以有效地阻斷傳播和控制人群的反復(fù)感染●候選疫苗有效保護(hù)率低下（30－40％）診斷●糞便檢查的依從性下降,大量人群的糞檢費(fèi)時(shí)費(fèi)力●依然缺乏快速、簡(jiǎn)便、準(zhǔn)確的檢測(cè)現(xiàn)癥感染及療效考核的方法治療●單一藥物：吡喹酮●潛在的藥物耐受性耕牛感染的控制●

80%的傳播歸因于耕?！窀；煹母采w率低第9頁(yè)/共15頁(yè)國(guó)際血吸蟲基因組研究計(jì)劃

日本血吸蟲

曼氏血吸蟲轉(zhuǎn)錄組

EST 84,449/14,963

163,586/30,988蛋白質(zhì)組

蛋白質(zhì) 3200基因組

南方中心,寄生蟲病所

TIGR/SangerInst.

覆蓋率 6X

7X第10頁(yè)/共15頁(yè)測(cè)序戰(zhàn)略－全基因組隨機(jī)測(cè)序法染色體Plasmid2-10kbFosmid±40kbBAC±100kb基因組DNA測(cè)序組裝基因組序列文庫(kù)構(gòu)建第11頁(yè)/共15頁(yè)全基因組測(cè)序和拼裝序列拼裝克隆文庫(kù)序列數(shù)平均序列長(zhǎng)度bp序列總長(zhǎng)度bp(Q20)覆蓋率XPlasmid-S2,029,1587021,116,678,3094.14Plasmid-L1,188,934580577,869,8762.14Fosmid40,35662019,840,9870.07BAC70,63074037,045,7420.14總計(jì)3,329,0786581,751,434,9146.49個(gè)數(shù)長(zhǎng)度(N50)bp總長(zhǎng)Mb基因組％Conig(>2kb)52,7726,399285.883.2TotalContig10,51815,362343.7100SuperContigs(>25k)2,513200,282290.881SuperContigs(>8.8k)4.689176,311323.890TotalSuperContigs21,651151,707359.6100第12頁(yè)/共15頁(yè)

日本血吸蟲基因組工作框架圖基因組蛋白質(zhì)組寄生蟲的基本生物學(xué)特征2.與宿主的相關(guān)關(guān)系3.生物界中進(jìn)化的過(guò)程轉(zhuǎn)錄組重要功能基因生物信息學(xué)線索:診斷疫苗新藥第13頁(yè)/共15頁(yè)日本血吸蟲基因組工作框架圖

序列公布我國(guó)首次對(duì)一個(gè)人體寄生蟲進(jìn)行全基因組測(cè)序

正式向上海市研發(fā)公共服務(wù)平臺(tái)生命科學(xué)與