基礎(chǔ)學(xué)習(xí)手冊新手必備

MaterialsStudio快速???????????????2Visualizer模塊快速???????????????11用第一性原理預(yù)測AlAs的晶格參數(shù)36CO分子在Pd(110)表面的吸附43Pd(110)面上的CO分子電荷密度變化????????????55模擬CO_Pd(110)體系的STM61使用DMol3中的離域內(nèi)坐標(biāo)對固體進(jìn)行幾何優(yōu)化??????64LST/QST搜索過渡態(tài)?????????????????69氣體在聚合體中擴(kuò)散的測量???????????????聚合物與金屬氧化物表面的相互作用????????????計算共存相之間的界面張力????????????????96運行簡單MesoDyn模擬????????????????99使用粉末衍射圖進(jìn)行分????????????????指標(biāo)化粉末衍射圖???????????????????117無機(jī)物的Rietveld精修?????????????????125使用ReflexPlus來解析3-氯-反-苯乙烯酸的結(jié)構(gòu)133無機(jī)化合物FIN31的結(jié)構(gòu)??????????????Material打開并且觀察3D右鍵AtomDisyStick：棍狀模 stick：球棍模型。CPK： Disy:顯示單個晶胞或者元胞Lattice:顯示晶胞邊界的風(fēng)格。在3DView 繪制苯甲酰胺在菜單上選擇New，并且選擇3DAtomistic 在左側(cè)的ProjectExplorer中，名稱為3DAtomistic 擇ReName進(jìn)行改名并進(jìn)行保存。在DisyStyle框中進(jìn)行詳細(xì)操作尺寸，可以在鍵盤上按下數(shù)字鍵3-8來改變環(huán)的大小。注意：可以使用Undo命令取消上一次操作。繪制氧原子或者可以在Sketch中選擇ModifyElement按鈕來直接改變原子類型。鍵的類型，同樣的選項也可以在Modify菜單下的ModifyBondType中找到。將共軛結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)化為凱Build菜單中選擇Bond，此選項將進(jìn)行Bond計算工作。下拉菜單中選擇Resonant或者Kekule，會將其轉(zhuǎn)換為另一種對應(yīng)結(jié)構(gòu)。并且調(diào)整距離可以在MSModeling的Measure/Change中并調(diào)整原子間距離、角度和扭轉(zhuǎn)角。觀察并且處理研究表格文檔StudytablesMSModeling的工作流中重要的一部分，這些文檔(.sdf)都會以電子數(shù)據(jù)含字符串或者是3D分子模型。從File菜單中選擇New，當(dāng)打開框時選擇StudyTable 在常規(guī)上選擇New，甚至可以在Project框上單擊右鍵選擇New。ProjectExplorer中插入分子模ProjectExplorer中單擊研究表格，使其成為當(dāng)前文檔，然后在要插入的文件名上單擊右鍵，選擇InsertInto。則修改后的結(jié)構(gòu)會插入到表格的最后一行中。例如A（Esc鍵取消選擇，然后單擊QSARModels的Model按鈕。在出現(xiàn)的框中選擇ElementCount，同時按下Ctrl鍵可以選擇多種性質(zhì)。注意：進(jìn)行ElementCount計算時默認(rèn)選項為計算分子中碳原子的數(shù)量，要改變默認(rèn)，請雙擊ElementCount條目，在彈出的框中Input部分選擇要計算的元素，類似的操作于微軟Excel中的函數(shù)功能。處理分子晶體 計算2.02x2x2的尿素晶體了。在該晶體中，各個原子的分建造Alpha石英3DBuildCrystalBuildCrystal...會打開相關(guān)的晶a=4.910c=5.402按下Build按鈕，一個空的晶胞就會出現(xiàn)在文檔中。Bond上單擊相應(yīng)的按鈕。OptionsTestforbondsasatomsarecreated被選中。當(dāng)該選項被選中的時OptionsCoordinatieSystemFractionalAtoms欄中，從Si原子和其對稱原子加入到晶胞內(nèi)。按下列路徑輸入Alpha石英晶體，Examples|s|3DModel|quartz_alpha.msi。從View按鈕進(jìn)行同步。使用鍵盤上的上、下、左、右箭頭來觀測兩個結(jié)構(gòu)在不同取向上的異建造多甲基異丁烯過熱化學(xué)/MSModeling的聚合物模建功能來構(gòu)造一個20元等規(guī)PMMA聚合用到更進(jìn)一步的模擬以及結(jié)構(gòu)和性質(zhì)的建造等規(guī) 已經(jīng)在軟件中設(shè)置好了全同PMMA的全部所需參數(shù)，單擊Build就可以產(chǎn)生一個新的Polymethyl_methacrylate.xsd20PMMASketch上的Clean按鈕，將獲得更合理的幾何結(jié)構(gòu)。Label。則標(biāo)記對研究保存Project文件。最后從File菜單中選擇SaveProject。 模塊快:繪制簡單分子介紹用于繪制鏈和環(huán)的繪制工具，編輯鍵級和元素類型并且繪制卟啉分子:顯示如何片斷并使用DisyStyle框:::使用層模建工具先是如何使用層模建工具來構(gòu)造一個界面和金屬-聚合物-:DiscoverAmporphousCell工作的時候，會生成具有不同文件名的不同文檔。要使管理這些文檔變得更簡單，MSModeling有一個叫做本分為兩個部分。第一部分描述了一個簡單的Project，在這里你會看到如何執(zhí)行處理Project是MSModeling中的一個基本部分，也是進(jìn)行其它的參考部分。例子Project的示范性細(xì)目工作。在這個例子中，一個m-二甲苯已經(jīng)被導(dǎo)入并進(jìn)行了最小化，然后執(zhí)行了動力算并對其進(jìn)行了分析?，F(xiàn)在對其進(jìn)行細(xì)分來反映每一步在Project管理中的變化。Project中要建造并最小化第二個分子，那么你需要從根下找第二層文件樹。生成新的Tools菜單中選Options...。在General欄中，確保EnableAutoSave被選中，且時間間隔為10分鐘。保存工作，那么在重起之后就會有機(jī)會恢復(fù)當(dāng)前Project最后一次自動保存時的文檔。Options中選擇FolderLocations。檢查AutoSave文件夾的默認(rèn)位置。輸入MSModeling下的一些實際應(yīng)用程序，需要生成一些文檔進(jìn)行處理。這可以計算之后出現(xiàn)了兩個文檔，一個叫做.xsd，另一個為.xcd。其中.xcd為圖表文件。在之以保持ProjectExplorer整潔。單擊ProjectExplorer中的Manager圖標(biāo)。該圖表以藍(lán)色顯示，這時候NewFolder加入并重命名HTML在你工作的時候?qū)嶒灥淖⑨尰蛴嬎阍O(shè)置。HTML文檔比文本文檔更有用，它允許將文本導(dǎo)入到任何支持HTML的文字處理程序中，同時它也更容易進(jìn)行共享。保存一個檔的Project，并且想保存所選的文檔，那么請從File菜單中選擇Save。改變激活文使用激活是MSModeling中的一個非常重的經(jīng)驗。如果在工作區(qū)有很多文檔打開，那工作區(qū)的激活窗口在ProjectExplorer中用灰色顯示，而它所屬的文件夾則用黑體表示。刪除且選擇Delete按鈕就可以刪除單個文檔了。繪制選擇繪制環(huán)工具，并在文檔中繪制一個6元環(huán)。注意當(dāng)你在繪制的同時按下Alt鍵，會繪以在任何一個碳原子上加入氧原子。在Sketch上單擊SketchAtom按鈕，在任意碳原ViewExplorerPropertiesExplorer管理器。在這里，我們PropertiesExplorer管理器，并在工作區(qū)用選擇工具選中了某一個碳原子，在管理器C改變?yōu)镹，那么這個原子將 相應(yīng)的化合物。首先，須構(gòu)造如下分子：的。SketchRing按鈕來繪制一個五元環(huán)。繪制完成后，按下Shift，同時選擇單個碳原Shift將變?yōu)檫x擇模式，而不是進(jìn)行繪制。要取消選擇，請在按下Shift的同時單擊空白區(qū)域取消選擇。幕內(nèi)沿著Y軸移動時，將繞X軸旋轉(zhuǎn))。按以上方法將片段放置為以下形式：編輯從DisyStyle中可以改變分子的顯示模型，并可以改變相應(yīng)的球、棍的半徑大小。從DisyOption中可以改變整個文檔顯示的風(fēng)格，包括背景色等。從File菜單中選擇Export命令，在文件類型部分選擇.Bmp，此時相應(yīng)的Option選項被Bmp文件的高度和寬度。設(shè)置完成后選擇相應(yīng)的文件夾，并單擊Save按鈕。在本中，使用MSModeling中的對稱性工具來構(gòu)造有機(jī)金屬化合物的兩個首先我們要繪制其C1C2對稱性，最MSModeling中可用的片斷，在右側(cè)顯示了其相應(yīng)的三維結(jié)構(gòu)。模型可選擇MetalTemtes點，并從中選取4coordinateTd。默認(rèn)的金屬中心是Fe原子，可Receundefinedatoms按鈕來選擇相應(yīng)的元素。SketchFragment工LigandsCyclopentadienyl，并在兩個氫原子上單擊將氫原子變?yōu)榄h(huán)戊二烯Symmetry按鈕。結(jié)果窗口顯示當(dāng)前對稱性為C1。tolerance的下拉箭頭，將0.10.01，可以繼續(xù)縮小以得到正確的C1對稱性。必須將rac中的值設(shè)定為相同值。PropertiesExplorer中，將扭轉(zhuǎn)角的角度設(shè)定為相同值。在這里由于我們知道了扭轉(zhuǎn)角的確定數(shù)值，因此只需要在Measure/Change按鈕中選擇Torsion工具來顯示扭轉(zhuǎn)角即可。完成后使用FindSymmetry工具來查找C2對稱性。注意，在這里如果tolerance值選得過小，會對對稱性的要求比較嚴(yán)格，產(chǎn)生C1對稱性；如果選得過大，那么要求過低，可能會產(chǎn)生C2v對稱性。片斷庫中選擇加入到分子中，而不用再使用SketchAtom工具。下面此結(jié)構(gòu)定義為片斷。從SketchFragment中選擇DefineFragment。在彈出的的Define將該氫原子定義為聯(lián)結(jié)點。選擇相應(yīng)的片斷庫，并為該片斷命名。完成后單擊本示范了MSModeling如何幫助表面化學(xué)中的計算研究。包括了如何構(gòu)造一個原剪切BoxPositionTop中向上的箭頭一次，表面的頂端就會設(shè)置完成后單擊Cleave按鈕。其深度將其變?yōu)?D圖形。構(gòu)造超晶胞請在Dis yStyle的Lattice欄中，改變U、V的大小，形成一個3x3的表面。但是， Build菜單Symmetry選擇SuperCell命令。SuperCell框出現(xiàn)。在這里可以設(shè)定新的超晶胞包括了原有單元在U、V方向上的用VacuumSlab功能將其轉(zhuǎn)換為3D結(jié)構(gòu)。從Build的Crystal中選擇BuildVacuumSlab。彈出相應(yīng)框。此框允許你指定在這里，真空的厚度從10.00增加到20.00，然后單擊Build。Pt(111).xsd文件一層原子，我們可以改變其顯示風(fēng)格去除這層原子，方法為在DisyStyle的Lattice中，將Style設(shè)置為Original。Shift+Alt將分子移動到相CPK模型來進(jìn)行顯示，能夠更清楚地進(jìn)行觀測。在定位甲烷分子建造均聚物選定標(biāo)記為頭原子的氫原子，并在框中按下HeadAtom按鈕。該原子上出現(xiàn)藍(lán)色PropertiesExplorer中，將文件改為期望的名稱。從Build的BuildPolymers下選擇Homopolymer。彈出均聚物框。選擇CurrentProject。按下Build按鈕。一個新的文檔。因此，第一步就是要打開BlockCopolymer框。從Build的BuildPolymers下，選擇BlockCopolymer。彈出的框包含三個部分：superunit選項。在Numberofsuperunit2，會出現(xiàn)兩個連接在一起的嵌段聚合物。雙擊該重復(fù)單元會選中整個鏈。按下Shift和Alt，并按下鼠標(biāo)右鍵可以將其分離開來。18%48%。當(dāng)腈含量增加的時候，溫度會相應(yīng)的下降，但是對石油的抗力中丙烯腈和的比例為20:80。將環(huán)的長度設(shè)定為10到20?，F(xiàn)在有兩種方法增長聚合物鏈：Probabilities或者ReactivityRatios。Probabilities：Probabilities設(shè)定組分的。在本例子中，第一行表示，當(dāng)聚合物末端是cis-butadiene的時候，cis-butadiene有30%cis-butadieneacrylonitrile70%的可能對于我們要求的組分比例為50:50來說剛好合適。丙烯腈)。輸入完畢后按下Build按鈕就可以得到合適的聚合物。說常常會有效的偏差。要保證20:80的比例，也可以在Polymerize欄中使用Concentrations選項。 也可以使用Dendrimer框一步就構(gòu)造出許多層來，但是樣板方幫助你觀察建造過作為聚合物生長的；此外，需要在RepeatUnit部分指定重復(fù)單元，在Numberofgenerations1Build按鈕可以得到相應(yīng)的聚繪制結(jié)束后我們需要對結(jié)構(gòu)進(jìn)行整理。如果需要添加層，由于程序自動從Createa何構(gòu)建晶體結(jié)構(gòu)，設(shè)定一個CASTEP幾何優(yōu)化任務(wù)，然后分析計算結(jié)果。0.25,0.25)，晶格參數(shù)為5.6622?.。在ProjectExplorer內(nèi)，右擊根 選擇New|3DAtomistic 件重新命名為AlAs.xsd。Build|Crystals|BuildCrystal。BuildCrystal框顯示出來。 3D3DAtomistic 元胞中，這描繪了AlAs結(jié)構(gòu)的化學(xué)鍵的拓?fù)鋱D像。右擊結(jié)構(gòu)文件，選擇右擊結(jié)構(gòu)文件，選擇 yStyle。在 欄上，選擇Ballandstick選項。關(guān)閉此3DViewer內(nèi)的晶體結(jié)構(gòu)是傳統(tǒng)元胞，顯示了晶格的立方對稱性。CASTEP使用晶格的完全Build|Symmetry|PrimitiveCell。Task改為GeometryOptimizationFine 變Updateinterval為30.0s，關(guān)閉 框 JobExplorer顯示了所有正在運行的工作的狀態(tài)。它顯示了很多有用的信息，包括服務(wù)器和AlAs.xsd–AlAsTrajectory.xtd-AlAs.castep–AlAs0，但是壓力的大小取決于晶格參數(shù)。這樣，CASTEP就ProjectExplorerAlAs.castepEdit|Find.，輸入“completedsuccessfully”，按下FindNext按鈕。 PrimitiveCell。 Isosurface來如下顯示出來Transparency通過DisyStyle框可以移走等密度面。 y f態(tài)的窄帶，這與類似于自由電子能帶的sp電子正好相反。DOSPDOS圖表給出了材料的電子結(jié)構(gòu)的一個快速定性圖像，有時候它們可以直接和實信息包含在AlAs_BandStr.castep文件內(nèi)。 CO分子在Pd(110)表面的吸的(1ML)。在1ML的覆蓋率下，CO分子會相互排斥，這會防止CO分子垂直于表面。通過右擊根選擇New|FolderPdbulk。對Pd(110COmolecule,(1x1)COonPd(110)和(2x1)COonPd(110).。 Task中的Energy改為GeometryOptimizationMore…CASTEP OptimizeCellRun時候構(gòu)建Pd(110)表面。ProjectExplorerPdCASTEPGeomOptPd.xsd文件。選擇菜單欄里的Build|Symmetry|ConventionalCell。這就是Pd的優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)。在ProjectExplorer內(nèi)，右擊CO分子文件夾選擇New|3DAtomistic 。右擊3DAtomistic.xsd，將此文件命名為CO.xsd，回車。a、bc8.00Build按鈕。一個空的晶胞顯示在3D文件中。Add AddAdd按下Add按鈕。關(guān)閉 框在在 k-point設(shè)置由Medium。Run夾里的Pd.xsd。 ne(hkl)從-100改為11按下TAB鍵。把FractionalDepth提高至1.5。按下Cleave按鈕，關(guān)閉 框個3D周期性系統(tǒng)當(dāng)作輸入文件。這可以通過使用VacuumSlab工具得到。Build|Crystals|VacuumSlab。把Vacuumthickness10.008.00Build 。在 View|Explorers|PropertiesExplorerx0.5y0.5Pd原子。注意該原子的z坐標(biāo)值取決于XYZ的性質(zhì)。Constraints。勾選上Fixfractionalposition，關(guān)閉Constraints。勾選上Fixfractionalposition，關(guān)閉 框 yStyle。在ColoringConstraint。現(xiàn)在這個3D模型文件如下所示： File|SaveAs...Pd(110)Save(1x1)COonPd(110)文件夾重復(fù)此操作，但是需要把文件名改為(1x1)COonPd(110)。選擇File|SaveProject，然后thenWindow|CloseAll。 框選擇選擇 框里的 的值設(shè)為的值設(shè)為4，c的值設(shè)為1。關(guān)閉 框選擇CASTEPCalculation 框中的Properties ，勾選上Densityofstates。勾選上CalculatePDOS，把k-point設(shè)置改為Medium.現(xiàn)在開始計算了。Youarereadytorunthe CO分子添加到1x1Pd(110)表面并優(yōu)化此結(jié)構(gòu)現(xiàn)在的工作對象是(1x1)CoonPd(110)文件夾內(nèi)的結(jié)構(gòu)。ProjectExplorer內(nèi)，打開(1x1COonPd(110)文件夾內(nèi)的(1x1)COonPd(110).xsd文件?，F(xiàn)在把CO分子添加到短橋鍵位置的上方，現(xiàn)在需要根據(jù)實驗事實來確定鍵的長度。第一步是添加碳原子。Pd-C鍵長(dPd-C表示)1.93?。當(dāng)使用添加原子工具時，可以用坐標(biāo)，也可以用分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，但是本例中，需要使用分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，xCyCzC。xCyC0.50zCzPd-CzPd-Pd這兩個距離計算得到。它的值大約是4.12?，需要使用Latticeparameters把這個距離轉(zhuǎn)換成分?jǐn)?shù)長度。選選擇菜單欄里的Build|AddAtoms選擇 確認(rèn)坐標(biāo)系統(tǒng)是Fractional。選擇 ，把ElementC。把a(bǔ)的值改0.0，b的值改0.5，c的值改0.382。按Add下一步是添加O原子。在在Add 標(biāo)值相加，就得到O的分?jǐn)?shù)z坐標(biāo)值0.489。 選擇File|SaveAs...。瀏覽到(2x1)COonPd(110)文件，把文件保存為(2x1)COonFile|SaveProjectWindow|CloseAllProjectExplorer內(nèi)，打開(1x1)COonPd(110)文件夾內(nèi)的(1x1)COonPd(110).xsd。ProjectExplorer內(nèi)，打開(2x1)COonPd(110)文件夾內(nèi)的(2x1)COonPd(110).xsdBuild|Symmetry|Supercell，把b2CreateSupercell按鈕。關(guān)閉此對B分子中的O原子重復(fù)此操作，不同的是把它的X1.2。A分子中的O原子重復(fù)此操作，不同的是把它的X1.2。0.369。對B分子重復(fù)此操作。點擊與Measure/Change工具相關(guān)聯(lián)的選項箭頭，選擇Distance。點擊A分子的C-O鍵。在PropertiesExplorerFilterDistanceDistanceproperty1.15?。對B分子選擇CASTEPCalculation 框上的Electronic ，按下More…按鈕，選擇k-points 改變Customgrid參數(shù)，把a(bǔ)的值改為2，b的值改為3，c的值改為1。關(guān)閉此 下Run按鈕。Tocalculatetheseproperties,youneedtoextractthetotalenergiesfromCASTEPtextoutputsforeachsimulation.CTRL-FFinalEnthalpy。記錄下該值。對其他體系重復(fù)此操作，找到總能量，一旦得到了這些能量，利用上面的那些就可以計算得到化學(xué)吸附能?Echem和排斥?Erep1.96eV~0.1eV接下來態(tài)密度的變化，對態(tài)密度的可以了解CO分子和Pd(110)面的成鍵機(jī)理。為 fsumView按鈕。生成了一個顯示了COPDOS的文件。對(2x1COonPd(110).xsd子態(tài)的能量顯著地低于吸附在表面的CO分子。Pd(110)面上的CO分子電荷密度生變化的。本實例中的吸附在Pd(110)面上的CO分子的電荷密度的變化可以表示為：?ρ=ρCO@Pd(110)-Σ打開(1x1COonPd(110)\(1x1)COonPd110CASTEPGeomOpt(1x1COonPd(110).xsd文件。Edit注意在模型(1x1)COonPd(110).xsdCO分子現(xiàn)在是加亮的，并且被標(biāo)記為剛才設(shè)定的名稱。不必定義Pd表面，因為CASTEP會自動假設(shè)剩下的原子在計算電荷密度差別的時在Set的性質(zhì)列表里有一項叫做IsVisible。在在Edit 最后，在計算之前，一定要把結(jié)構(gòu)的對稱性重新設(shè)定為P1。CASTEP的框如下所示：選擇Properties andsetsofatoms。打開(1x1COonPd110)CASTEPEnergy文件夾內(nèi)的(1x1COonPd110).xsd選擇CASTEP工具和其上的 isosurface，取消選擇Useatomicdensities。按下Import按鈕。densities的時候，電荷密度差是根據(jù)片斷計算的。 yStyle在 y 現(xiàn)在用CreateSlices工具來創(chuàng)建二維切片。 CO分子。在在Color 框中，把Spectrum的值改為Blue-White-Red。把From的值設(shè)為-0.2，To0.2Bands16 定量信息。因此對STM圖像的模擬提供了一種把計算結(jié)果和實驗結(jié)果相比較的途徑。CASTEP是通過計算電子等密度面來模擬材料的STM密度面僅由離開FermiFermiSTM實驗所加的偏壓：正偏壓對應(yīng)于被占態(tài)，而負(fù)偏壓對應(yīng)于空態(tài)。這個方法忽略了STM針頭的實際形態(tài)。STM圖的計算作特殊的選擇，STMCASTEP計算所得到的調(diào)出“AdsorptionofCOontoaPd(110)surface打開(1x1COonPd(110)\(1x1)COonPd110CASTEPGeomOpt文件夾里的(1x1COonPd(110).xsd文件。 yStyle在 yResultsfileselector選擇(1x1COonPd110).castepViewisosurface。把STM的偏壓值設(shè)為1.0。按下Import。Style框來設(shè)置等密度面的更加合適的值。 y 框上的 選擇菜單欄里的Modules|CASTEP| ysis。選擇CASTEP ysis density。確認(rèn)Viewisosurface沒有勾選上。按下Import按鈕。在Dis yStyle 框上，選擇Isosurface 子密度。把Iso-value的值設(shè)為0.0015，按下TAB鍵。Fermi1eV于總電荷密度，紅域包圍了Pa原子，對應(yīng)于高密度。然而，這些在實驗中當(dāng)然是看不見的。STM圖的主體部分是在表面區(qū)域，那里的電荷密度很低，用藍(lán)色表示。注意，氧原子極化了的p軌道對應(yīng)于中等電荷密度。以用DisyStyle框來隱藏這部分的等密度面。在在 y TAB使用DMol3中的離域內(nèi)坐標(biāo)對固體進(jìn)行幾何Modeling的DMol3中，這個機(jī)制被擴(kuò)展到周期性系統(tǒng)。要坐標(biāo)方法高出2-5倍，而迪坐標(biāo)方法是先在進(jìn)行固態(tài)計算的標(biāo)準(zhǔn)方法。在這個指南中，利用DMol3的優(yōu)化工具，使用離域內(nèi)坐標(biāo)方法對一分子篩結(jié)構(gòu) 找到s\3DModel\CHA.xsd 點擊工具欄上的DMol3按 選擇Calculation，或者從菜單欄里選Module|DMol3|Calculation

Task下拖列表GeometryOptimizationFunctional設(shè)置LDAPWC改為LDA和VWN。GeometryOptimization的時候，More…按鈕被激活，從而進(jìn)行編輯這些值。默認(rèn)的設(shè)置是Medium，包括以下內(nèi)容：能量為2.0e-5的收斂設(shè)置，0,004/埃的最大應(yīng)力設(shè)置，以及0.005埃的最大位移設(shè)置。QualityQuality設(shè)置為Medium，關(guān)閉DMol3Geometry 欄。在把k-pointset和Orbitalcuttoffquality分別設(shè)置為G 和Coarse點擊按鈕More…顯示DMol3ElectronicOptions欄。點擊OrbitalCutoff，可以看到orbitalcutoff設(shè)置的值為3.5埃。關(guān)閉欄。提示：可以通過點擊More…按鈕對SCF和k點電子算符參數(shù)進(jìn)行更加精確的DMol3CalculationPropertiesProperties。。點擊More…按鈕來對計算任務(wù)進(jìn)行選擇，包括實時更新設(shè)置和控制計算結(jié)束時的任務(wù)現(xiàn)在可以運DMol3計算任務(wù)了。點擊Run按鈕。工作瀏覽器開始工作，包括了計算狀態(tài)等信息。產(chǎn)生了一個名為status.txt的文件，里計算任務(wù)被名為CHADMol3GeomOpt。關(guān)閉ServerConsole。雙擊CHADMol3GeomOptCHA_hist.xtd文件。我們可以用Animation里的控制工具來瀏覽幾何優(yōu)化的歷史進(jìn)程。在Animationtoolbar上，點擊 使用任務(wù)瀏覽器換到CHA.outmol界面，向下拖動文件尋找點擊工具欄上的DMol3點擊工具欄上的DMol3 FieldTotalDensityViewisosurfaceonimport被勾選。點擊Import。 通過拖拽標(biāo)尺改變Transparency。點擊Dots按鈕，然后換回到Solid按鈕。把Transparency改回到初始值。onimport選項沒有被勾選；點擊Import按鈕。當(dāng)數(shù)據(jù)輸入完成，關(guān) 欄右擊鼠標(biāo)，選擇Dis yStyle；換到Isosurface 項箭頭并選中DMol3electrostaticpotential。右擊鼠標(biāo)，選擇ColorMaps。使用ColorMaps欄，我們可以改變顏色方案，所繪圖的值以及顯示的能帶數(shù)目。MinimumMinimum。點擊與to相關(guān)的right-arrow，選擇 um我們可以從體積可視化內(nèi)得到的體積可視化工具。CreateSlicesbuttonBest查看最大值和最小值在切面上的分布和具體區(qū)域，就需要再次使用ColorMap欄。點擊與From相關(guān)的right-arrow并選擇MappedMinimum。點擊與To相關(guān)的right-arrow并選擇MappedMean。改變SpectrumBlue-White-Red。有一些較大的最大值在這個網(wǎng)格區(qū)域，但這是不需要看到的，所以沒有選擇Mappedum，而選擇了MappedMean。我們還可以使用ColorMaps欄對這些值進(jìn)行選擇點擊那兩條豎直的線，平均值以上的顏色就重新顯示出來了。關(guān)閉ColorMaps 我們可以用Dis yStyle 欄里的Slice工具改變切面的顯示方式。 y 用LST/QST搜索過是線性同步度越(linearsynchronoustransit,LST)和四極同步度越(quadraticsynchronoustransit,本例中，介紹DMol中的LST和QST工具的使用，將會看到使用LST/QST如何搜索H從乙烯醇轉(zhuǎn)移到乙醛反應(yīng)的過渡態(tài)結(jié)構(gòu)。 的3D界面，構(gòu)建反應(yīng)物乙烯醇(vinylalcohol)。 下鍵盤上的ESC鍵。SHIFT鍵SHIFT鍵，點擊碳-碳鍵SketchModifyBondType鍵，選擇雙鍵，從而把單鍵變成雙鍵。點擊別處，取消選擇AdjustHydrogenClean按鈕，拖動結(jié)構(gòu)模型，使得和下圖相似，以球鈕，然后是孤立的H原子，以及亞甲基團(tuán)中的C原子。然后又變成單鍵。點擊一次Clean按鈕。以通過DMol3的幾何優(yōu)化功能來完成。剛才指定了使用Hamiltonian和計算的精度水平。精度決定了使用的基組(basisset)和軌道cutoffDNDElectronic欄里檢查這些參數(shù)的設(shè)置。現(xiàn)在需要優(yōu)化結(jié)構(gòu) 選 讓讓reactant.xsd成為當(dāng)前工作文件。點擊JobControl 。按下More…按鈕，顯示了 框。確認(rèn)Updatestructure，Updategraphs和Updatetextualresults三被勾選上。關(guān)閉被勾選上。關(guān)閉JobControl選 框，點擊Run按鈕reactantDMol3GeomOptproductDMol3GeomOptreactant.xsdproduct.xsd文件中，計算的輸出結(jié)果在reactant.outmol和product.outmol文件中。要關(guān)閉MaterialsVisualizer中的所有文件。關(guān)閉DMol3計算 文件夾中的reactant.xsd和product.xsd。使用里的反應(yīng)預(yù)覽(ReactionPreview)功能實現(xiàn)。從菜單條中選擇Tools|ReactionPreview。反應(yīng)預(yù)覽(ReactionPreview)框如下顯示。分別從Reactant和Product下拉樹形圖中的幾何優(yōu)化文件夾中選擇reactant.xsd和product.xsd。按下Match…按鈕。框里的1:C。點擊AutoFind。來匹配剩下的沒有配對的原子或者AutoFind。閉Find閉FindEquivalent 也是DMol3計算時所要求的輸入條件。 以對這個文件進(jìn)行DMol3計算；可以使用動畫(Animation)工具條來軌跡文件。 把化學(xué)鍵控制(bondmonitoring)Build|Bonds并且勾選上化學(xué)鍵計算Monitorbonding。關(guān)閉框，按下動畫工具條上的y按Note：reactant_product.xtd包含了DMol3需要的重要信息，第是反應(yīng)物的，最后是 點擊More…按鈕顯示DMol3過渡態(tài)搜索(DMol3TransitionStateSearch) 框。確認(rèn)搜索協(xié)議(Searchprotocol)設(shè)置為CompleteLST/QST，精度為Medium。關(guān)閉DMol3Transition NoteLST/QST圖顯示在工作區(qū)。它們報告了計算狀LST,QST,CG(conjugategradient，共軛梯度)。如果文件沒有自動顯示出來，雙工作瀏覽器內(nèi)的TS.xsd。TS.outmol。按下CTRLF，搜索能 Calculate從菜單中選擇File|SaveProjectthenWindow|CloseAll。關(guān)閉Vibrational ysis 雙擊TS.xsd。在在DMol3Calculation LST/QST/CG優(yōu)化后的過渡態(tài)1hartree627.51kcalmol-10.2kcalmol-1，因此優(yōu)化后的能量勢壘大約是52kcalmol-1. 模塊：MaterialsVisualizer,Discover,COMPASS,AmorphousCell的時間尺度限制了計算，但還是可以用來熟悉相關(guān)的方法。本基于Charati和框 名相互作用和力。涉及力場的計算會用各種方法來計算非鍵參數(shù)，隨所研究系統(tǒng)的尺度和類型而變化。不過對力默認(rèn)的方法是原子級模擬，對庫侖相互作用則是Ewald對某些聚合物，可以用一組原子而不是單個原子來近非鍵參數(shù)。這種方法叫作charge y 框中，把Colorbyoption改成ChargeGroup Discoverchargegoups來進(jìn)行非鍵計算 現(xiàn)在任務(wù)瀏覽器顯示出來了，并且在ProjectExplorer中創(chuàng)建了一個新 oxygenDiscoMin。 重復(fù)同樣的過程，最小化的結(jié)果被返回到Polydimeth_siloxaneDiscoMin/Polydimeth_siloxane.xsd中。點擊工具條點擊工具條上的Save 按鈕。從菜單欄中選擇Windows|CloseAll。用Explorer打開最小化的結(jié)構(gòu)oxygenDiscoMin/oxygenandPolydimeth_siloxaneDisco 在Constituentmolecules部分，點擊Numbercellforoxygen，把它改為4。對Polydimeth_siloxane.xsd作同樣操作，不過把數(shù)值改為8。Refineconfigurationsfollowingconstruct復(fù)選AmorphousCell構(gòu)建了一個結(jié)構(gòu)后，默認(rèn)是把這個結(jié)構(gòu)與組成分子列表中的第一個分子取相同的名字。本例中，你要把它改成cell。AmorphousCellConstructionSetupJobControl部分，不選上Automatic并在文本區(qū)域輸入cell，點擊Construct。包含不規(guī)則晶胞的軌跡文檔cell.xtd。 ３．晶胞的弛豫。File|SaveProject，接著再從菜單欄中選取Windows|CloseAll。雙擊ProjectExplorer中cell.xtd。從菜單欄中選擇Modules|Discover|Setup來顯示Discover 關(guān)閉Discover 框ApplysettingstovdW&CoulombSummation關(guān)閉Discover 框點擊工具條上點擊工具條上的 按鈕，然后從下拉列表中選擇Minimizer。在 um cellDiscoMinNVENVT,NPT,NPH。字母含義要平衡一個準(zhǔn)備進(jìn)行擴(kuò)散計算的晶胞，NPT系綜是最好的選擇。不過，本中采用最快的NVT系綜。50ps來平衡晶胞。這與系統(tǒng)的大小有關(guān)。系點擊工具條上點擊工具條上的Save 可以用Discoverysis工具來分析的軌跡文檔。之前，你運行了一個NVT系綜，不過最好用NVE系綜。因為就方法而言，NVE動力學(xué)不會被在在DiscoverMolecularDynamics 輸出信息。關(guān)于分析函數(shù)需要什么樣的軌跡輸出可以參閱Discoverysisdialog幫助。 按鈕 按鈕一組來達(dá)到。要選取所有的氧原子，按住ALT鍵，雙擊其中一個。不過，如果一個氧原子在 把把SelectbyProperty改 從菜單欄中從菜單欄中選擇Edit|EditSets。在Edit 框，點擊New．按鈕，輸入名字點擊點擊OK按鈕。關(guān)閉Edit 會顯示Discoverysis框Addtolist 點擊點擊 框中的可用選項箭頭選擇oxygen點 yze關(guān)閉 DiscoverysiscellDiscoMeansquareddiscement，里面包含了文檔cell.xcd，其中有氧原子的均方有均方位移的x-，y-和z-分量。在本次計算中你至于要前面兩列。D limd rtrt i 6Ntdt曲線的斜率a。由于MSD的值已經(jīng)對擴(kuò)散原子數(shù)N作了平均，所以可以簡化為：D=8x10-5cm2s-1之間(CharatiandStern,1998;Hofmannetal.,2000)。你的計算結(jié)果很可能Charati,S.G.;Stern,S.A."DiffusionofGasesinSiliconeHofmann,D.;Fritz,L.;Ulbrich,J.;Schepers,C;Boehning,M."Detailed-atomisticmolecularmodelingofsmallmoleculediffusionandsolutionprocessesinpolymericmembranematerials",Macromol.TheorySimul.,9,293-327(2000).上的Import按 。進(jìn)入到s\3DBuild|Surfaces|CleaveSurface按鈕。剪切表面（cleavesurface）框彈出。將將 ne(hakl)的值從-100改為012，并按下鍵盤上的Tab鍵 關(guān)關(guān) 系進(jìn)行正確計算，需要在分配好力場后將Al-O鍵刪除。 上單擊Discover工 ，并選擇Setup；或者可以從菜單上選擇ModulesDiscover|SetupDiscoverSetup框出現(xiàn) 在在 框AlO原子間有鍵存在的情況下通過自動計算來正確反映體系的離子性。因此，需要告訴Discover程序，不要對已經(jīng)指派的力場類型進(jìn)行自動計算。Discover 框旋轉(zhuǎn)模型將表面移動到上方。單擊上的模型選擇按鈕。通過拖拽鼠標(biāo)來選擇選選擇菜單上的Modify|Constraints。在Edit 框中，選中FixPositionPosition并關(guān) 框 上選擇Discover工 ，然后選擇Minimize或者從菜單上選擇Modules 框Discover|MinimizerDiscoverAl2O3.xsd文件中，并出現(xiàn)在文 單擊CreateSuperCell按鈕，并關(guān) 框從2D改為3D。選擇菜單上的Build|Crystals|BuildVacuum 在在項目管理器中，選擇項目頂端。單 上的Import按鈕。在 在可以使用3D繪制工具或者通過片斷繪制工具來進(jìn)行修改。按按 的下拉箭頭，選中FragmentBrowse。在在項目管理器中，在Styrene.xsd名稱上單擊右鍵，選擇Rename。將文件名稱改為p-nitrostyrene。打開性質(zhì)管理器，并且將Filter改為RepeatUnit。將name(名稱)改為Build|BuildPolymers|Homopolymer 設(shè)置ChainLength為8。單擊Build按鈕，并關(guān) 框Polyp-nitrostyrene.xsd文件中，此聚合物的構(gòu)象明顯是不合理的。獲得合理構(gòu)象聚合物分子的一個途徑是使用AmorphousCell 上選擇AmorphousCell工 Modules|AmorphousCell|Construction。AmorphousCell模建框出現(xiàn)AmorphousCell模建 1CellType改為ConfineLayerAl2O3(012).xsd文檔上雙擊鼠標(biāo)左鍵以激活真空片層結(jié)構(gòu)，單擊鼠標(biāo)右鍵選擇LatticeParameters，注意a、b的值。現(xiàn)在返回polyp-nitrostyrene.xsd文檔。v值相同的數(shù)值。AmorphousCellTargetdensityfofinalconfiguration數(shù)值設(shè)0.8CellParametersa14.27，b15.38AmorphousCellPolyp-nitrostyreneConstr的新文件夾出現(xiàn)。幾分鐘后計算結(jié)束，最后的無定Polyp-nitrostyrene.xtd軌跡文檔中。作為無定形單胞模建的一部分，結(jié)NumberofConfiguration1個結(jié)構(gòu)，那么在軌跡文檔中會出現(xiàn) Layer.xsd的新文檔出現(xiàn)，包括有聚合物層、金屬氧化物層和真空層。后繼況下需要30ps以上的模擬時間，但是，受培訓(xùn)時間限制，我們只模擬0.5ps。由于表面預(yù) Modify Discover|DynamicsStatus.txtCPU時間和完成的步數(shù)。當(dāng)計算最終結(jié)束，最終結(jié)果會出現(xiàn)在.xtd文檔中。 ction=Etotal-(Esurface+Etotal是表面和聚合物的總能量，Esurface是除去聚合物后表面的能量，Epolymer是除去表面 |Setup |Setup。在Energy PotentialEnergy（總勢能。中 中或者從菜單選擇Modules|Discover|Setup。在Energy 算結(jié)束后，在輸出文檔中查找TotalPotentialEnergy（總勢能。在本中，會研究一個非常簡單的油-水體系。水分子將會使用一個單獨的珠 。使用單個W珠子來定義水分子，并使用八個O珠子來定義油分子。8WaterTopologyW1 。。 該將會使用到MesoDyn計算框中的默認(rèn)值來運行一個簡單的二聚體系統(tǒng)相分將會導(dǎo)致體系達(dá)到其平衡—層狀相分離結(jié)構(gòu)。該結(jié)果可以可以用2D3D圖形來顯示。 MesoDyn|CalculationMesoDyn MesoDynCalculation框,Setup部A4B4Beadtypes和MesoscalemoleculetypeMesoDynCalculation框,Species部Species部分允許研究者設(shè)置beadtypes和moleculartopology參數(shù)。盡管在本中會使用默認(rèn)的MesoDyn二聚物體系，不需要作任何的修改，但在其他計算中，可以自己在 MesoDynCalculation框, ctions部。。MesoDynCalculation框,System部dimensions中將數(shù)值改為16X16X16。 50ns。Restartfileevery500。。。JobMesoDynCalculation框,JobControl部JobExplorer區(qū)域?qū)@示在界面上。兩個圖表視窗將會打開，顯示文件名稱為Energy.xcdOrderParameters.xsd。當(dāng)前任務(wù)顯示為tut_run。當(dāng)任務(wù)結(jié)束后，狀態(tài)將改變?yōu)镃omplete，并且計算結(jié)果會由服務(wù)器傳送回客戶端。許多計算結(jié)果將保存在tut_run下。tut_run.mtd文件包含了密度和勢場—每個物種從從Volume 上選擇Volumetric Visualization上的ColorMaps工具可以自由改變場的顏色范圍。在在 y 密度的范圍為0到1。上單擊Color 打開相切片和等表面圖能夠提供有用的2D和3D圖像，來幫助我們重現(xiàn)相的形貌。體系內(nèi)的任從VolumeVisualization上得到。 工具。從ChooseFieldto Style框可以控制表面的顏色。 也可以通過2D切片來檢查體系。在沒有選擇在沒有選擇場的前提下，單擊Create 共工具。選擇BestFit當(dāng)當(dāng)ChooseFieldsto 上單擊上單擊Field 工具 SaveProject模塊：MaterialsVisualizer，ReflexMSXReflex模塊中的粉末衍射工具 上按下Import按 。打開Examples\Reflex\Structures文件夾并雙 ，然后選擇PowderDiffraction，或者從菜單欄中選擇ModulesReflexPowderDiffraction在在ReflexPowder 在在 框Disy框如下現(xiàn)在可以來計算indigo_b的衍射譜。 是indigo_b的數(shù)據(jù)。從從ChartViewer Chart中選擇ResetView工 現(xiàn)在將當(dāng)前的圖表從project中刪除。 從菜單欄中選擇從菜單欄中選擇 工具并選擇PowderDiffraction，或從菜單欄中選擇ModulesChartview Reflex|PowderDiffraction ExperimentalData|Indigo1.3cam從從Powder 現(xiàn)在Disydifferenceplot選項被激活 80.17045?？梢酝ㄟ^Diffractometer框來調(diào)整模擬數(shù)據(jù)。 現(xiàn)在比較實驗值和indigo_a的模擬值。選擇Sample 框。在Crystallitesize中，點擊inbroadeningcalculation，將La,Lb和Lc值從500改為300。 從菜單欄中選擇File|Export。將Exportastype從MSModelingGrid Files改為Comma-separatedFiles。點擊Export。 MS中的衍射工具允許你實時結(jié)構(gòu)改變對衍射譜的影響。這些改變包括拉伸、壓縮indigo_a結(jié)構(gòu)中某個點點 Monitordiffraction點點 域上單擊右鍵。從下拉菜單中選擇 模塊：MaterialsVisualizer,Reflex3D2D表征。衍射鋒的位置在在ProjectExplorer中點 圖標(biāo)。點擊右鍵選擇New|Folder，重命名為dihydrate 。從Filesoftype的下拉菜單中在在 中選擇Reflex按 點擊Peaks條目。在在 標(biāo)示了，可以改變Lowamplitudecutoff的值，再重新搜索一遍。在在Chart 中點 以同時按住CTRL鍵是標(biāo)記跳躍到最相鄰的數(shù)據(jù)點。通過ESC鍵來取消之前的操作。選中的標(biāo)記在兩個末端有兩個方框。按下DELETE從從ChartViewer Chart中選擇ResetView工 在在 可以使用Marker工具來添加。 選中的衍射鋒將被用來指標(biāo)化粉末圖。MS軟件提供了四種指標(biāo)化算法：TREOR90（一種不DICVOL9（晶胞參數(shù)限定和密度控制）ITO（通過衍射峰確定下來的空間群來尋找晶胞，這些衍射峰同屬于倒空間的同一個面）X-Cell（Accelrys開發(fā)的一種新的指標(biāo)化法則，它利用體系所從從Powdering TREOR90方法只報告了一種解決方案。為了便于比較，其他的指標(biāo)化方法通?？梢哉业蕉鄟碓u估。每一行都包括晶體體系，晶胞的大小a,b,c，晶胞的角度,和晶胞的體積。

ProjectExplorerFolder|Newfin31.現(xiàn)在可以將粉末衍射數(shù)據(jù)導(dǎo)入到fin31文件夾中。 數(shù)據(jù)文件的格式為.3cam，但是當(dāng)數(shù)據(jù)導(dǎo)入了以后將會更改成.xcd格式。如果此時對數(shù)據(jù)進(jìn)行修改，則將以.xcd文件格式保存下來。Modules|Modules|Reflex|PatternProcessing在在Pattern 上 。A列中輸入：16.82,21.84,22.89,25.81,28.08,29.04,31.86,32.20,33.04,34.08,35.58,39.98,42.16,43.84,46.82,48.22,有區(qū)別的。因此，可以讓B列為空。標(biāo)記的高度將被默認(rèn)為最的50%?，F(xiàn)在可以將APowderExperimentalData(Background點擊PowderingIndexing 框中的Setup條目。全選Crystalsystemstotest的選項。點擊Index按鈕。點擊點擊ImportVisualizerfin313DPropertiesExplorerPropertiesExplorer欄的，需要打開后LengthA,LengthB等。LengthALengthBLengthCAngleAAngleBAngleCab,c 模塊：MaterialsVisualizer,Reflex此主要介紹如何使用粉末精修工具來精修某個實驗晶體結(jié)構(gòu)。MS軟件中支持兩種不同點點 點擊點擊Import按鈕。從Filesoftype的下拉菜單中選擇CommonChartFiles。點 按鈕 實驗值，從而決定Rwp的開始值。 Modules|Reflex|PowderRefinement。在Setup 為90.00。出現(xiàn)的observedmarkers刪除。 ak100.xcd，這表明這個數(shù)據(jù)將被用來計算。確保已激活ak100.xsd的3D模型，然后點擊Calculate按鈕。Pawley精修在Setup 次點擊Calculate按鈕。RietveldStructureAtoms按鈕處于激活狀態(tài)。因為Rietveld精修方法允許對結(jié)構(gòu)和原子參數(shù)進(jìn)行修改，這跟Pawley方法是不同的。圖表上將顯示所選的區(qū)域。可以通過點擊ChartViewer上的ResetView來重置畫面。chartviewer工具，比如選擇、縮放、平移、添加標(biāo)記和重置畫面。ChartViewer如下顯示：使用使用 和 按鈕方顯示RietveldRwpR-factors值。Ii指實驗的強(qiáng)度 Modules|Reflex|PowderRefinement。首先，將2θ的范圍設(shè)置為10-50。那么PowderRefinement中相應(yīng)的值也會改變。放射源類型也是全局性的設(shè)置。在在 確認(rèn)1和21.5405621.54439。設(shè)置已經(jīng)全部完成，現(xiàn)在準(zhǔn)并修改晶胞尺寸。測量因子由Reflex自動調(diào)整。選擇選擇 框，點擊Convergencequality旁的More…按鈕，來顯示ConvergenceConvergence Convergencequality選項提供了一種快捷，單擊選擇所有參數(shù)的方法，這項能夠控制模擬的Ultra-0.05°范圍內(nèi)。因此，零點設(shè)置比前者更選擇Lattice條目。Lattice框如下所示：a和cKeepfractionalcoordinatesfixedduringchangestothelattice現(xiàn)在對峰形進(jìn)行修正。Rietveld9Pseudo-Voigt。Pseudo-Voigt(pV)峰混合了Gaussian(G)和Lorentzian(L)峰的形式。 點擊Sample條目。 模塊：MaterialsVisualizer,ReflexPlus,Discover定結(jié)構(gòu)需要四個步驟，分別是指標(biāo)化，Pawley擬合，解析結(jié)構(gòu)和Rietveld精修。中介紹到在MS軟件中如何使用PowderSolvePawley精修，選擇一種空間群，提供一種分子模型，解析晶體結(jié)構(gòu)并完成最后的Rietveld精修。RietveldNew 從桌面上雙擊MS ，打開MS程序。選擇CreateanewNew 點點擊 按鈕從Filesoftype的下拉菜單中選擇CommonChartFiles雙擊改為CTCA。文件擴(kuò)展名.xcd自動顯示出來。在在 中點擊Reflex按 ProcessingPattern 關(guān)閉ReflexPattern 關(guān)閉ReflexPattern 從菜單欄中選擇Modules|Reflex|PowderIndexing，打開ReflexPowderIndexing 擇Peaks條目。將Lowamplitudecutoff改為1，點擊Search。從從Chart 中使用 和 從PowderIndexing 的Crystalsystemstotest。在在Powder 過figureofmerit（FOM）來判斷。

生成一個名為CTCA(BackgroundRemoved)(Smoothed)1.xsd的文件。CTCA。文件的擴(kuò)展名.xsd是自動顯示出來。 選擇Setup條目并點擊Convergencequality右側(cè)的More...按鈕，打開RefinementConvergenceOptionsNumberofcycles25OK。Convergencequality選項提供了一種快捷的，單擊選擇所有參數(shù)設(shè)置的方法，它控制著模擬Ultra-Convergencequality的默認(rèn)值為Medium。改變NumberofcyclesPatternPeakProfilesPseudo-Voigtprofileparameters：UVWNA,NBZeroPointLineShiftAsymmetryCorrectionNone改成-BaldinozziP1,P2,P3P4參數(shù)的精修。20個背底系數(shù)的精修在默認(rèn)狀態(tài)下都處 2在在Powder 生成一個包含單斜空間群的表格文件，這些數(shù)據(jù)根據(jù)figureofmerit數(shù)值排列。得到最高figureofmerit的空間群是P21/c，是單斜晶系中最常見的空間群?，F(xiàn)在搭建一個擁有正確空 在在Powder 中選擇 工具，然后選擇SaveSettings...或者直接從菜單欄上選Modules|Reflex|Save在在SaveReflex 關(guān)閉PowderIndexing和PowderRefinement 框。從MS程序的File菜單中選擇SaveProject，然后從Window菜單中選擇CloseAll。 在在ProjectExplorer中 structure_solution，從New下拉菜單中選擇3DAtomistic 中選 中選擇 |Discover|Minimizer moleculeMin 從 的 上選擇Measure/Change工具。點擊C-O鍵旁邊的O-H鍵PropertiesExplorer中，F(xiàn)ilteTorsion1800°，依賴于哪個值更 5、解析晶體結(jié)構(gòu) 中選擇 工具然后選擇PowderSolve或者直接從菜單欄中選擇|Reflex|PowderSolve 在在Powder 從從 中的 Pawley精修步驟中已經(jīng)選擇了實驗上的粉末衍射譜。然而，有時希望能夠使用正確的數(shù)從從Powder 從從Powder 后，這些參數(shù)才會顯示出來。關(guān)閉PowderSolve 后，這些參數(shù)才會顯示出來。關(guān)閉PowderSolve 框從Powder JobExplorer一欄中，會告知計算的進(jìn)程。一段時間后，顯示出兩張圖表文件。在計算還ProjectExplorerCTCA1ReflexPSolve\CTCA1Solution.xcd。從視覺上比較從從Atoms& 中點擊CalculateHydrogenBonds按 yStyle在在 Powder 從從Chart 中選擇Selection工 Modules|Reflex|PowderRefinementPowder 在 在 在在Powder 在在 在在 框中，選中Keepfractionalcoordinatesfixedduringchangestothelattice 模塊：MaterialsVisualizer,ReflexPlus,VAMP。在本中，你將定出無機(jī)化合物FIN31(Ca5F(PO4)3)的晶體結(jié)構(gòu)。在正在進(jìn)行的認(rèn)證研究中，F(xiàn)IN31是用ReflexPlus確定的幾種無機(jī)晶體結(jié)構(gòu)之一。雙擊桌面上的MS 圖標(biāo)開始建模雙擊桌面上的MS 圖標(biāo)開始建模選中Creatanewproject并點擊OK在FIN31OK點擊Import點擊Import按 ，從Filesoftype下拉列表中選中CommonChatFiles,