DNAStar詳細中文使用說明書

年4月19日DNAStar詳細中文使用說明書文檔僅供參考SequenceAnalysisSoftwareforMacintoshandWindowsGETTINGSTARTEDIntroductoryTouroftheLASERGENESystemMAY

DNASTAR,Inc.1228SouthParkStreetMadison(608)258-7420Copyright.byDNASTAR,Inc.Allrightsreserved.Reproduction,adaptation,ortranslationwithoutpriorwrittenpermissionisprohibited,exceptasallowedunderthecopyrightlawsorwiththepermissionofDNASTAR,Inc.SixthEdition,MayPrintedinMadisonTrademarkInformationDNASTAR,Lasergene,Lasergene99,SeqEasy,SeqMan,SeqManII,EditSeq,MegAlign,GeneMan,Protean,MapDraw,PrimerSelect,GeneQuest,GeneFont,andtheMethodCurtainaretrademarksorregisteredtrademarksofDNASTAR,Inc.MacintoshisatrademarkofAppleComputers,Inc.WindowsisatrademarkofMicrosoftCorp.ABIPrism373,377and3700areregisteredtrademarksofAppleraCorp.,ALFisaregisteredtrademarkofPharmaciaBiotechA.B.,MacVertor.andGCG.areregisteredtrademarksofPharmacopeia,Inc.Disclaimer&LiabilityDNASTAR,Inc.makesnowarranties,expressedorimplied,includingwithoutlimitationtheimpliedwarrantiesofmerchantabilityandfitnessforaparticularpurpose,regardingthesoftware.DNASTARdoesnotwarrant,guaranty,ormakeanyrepresentationregardingtheuseortheresultsoftheuseofthesoftwareintermsofcorrectness,accuracy,reliability,currentness,orotherwise.Theentireriskastotheresultsandperformanceofthesoftwareisassumedbyyou.Theexclusionofimpliedwarrantiesisnotpermittedbysomestates.Theaboveexclusionmaynotapplytoyou.InnoeventwillDNASTAR,Inc.andtheirdirectors,officers,employees,oragents(collectivelyDNASTAR)beliabletoyouforanyconsequential,incidentalorindirectdamages(includingdamagesforlossofbusinessprofits,businessinterruption,lossofbusinessinformationandthelike)arisingoutoftheuseof,ortheinabilitytousethesoftwareevenifDNASTARInc.hasbeenadvisedofthepossibilityofsuchdamages.Becausesomestatesdonotallowtheexclusionorlimitationofliabilityforconsequentialorincidentaldamages,theabovelimitationsmaynotapplytoyou.DNASTAR,Inc.reservestherighttorevisethispublicationandtomakechangestoitfromtimetotimewithoutobligationofDNASTAR,Inc.tonotifyanypersonororganizationofsuchrevisionorchanges.Thescreenandotherillustrationsinthispublicationaremeanttoberepresentativeofthosethatappearonyourmonitororprinter.

目錄在蘋果機（Macintosh）上的安裝與升級05經(jīng)過因特網(wǎng)升級06軟件安裝07網(wǎng)絡(luò)安裝08疑難解答12在PC機（Windows）上安裝與升級17經(jīng)過因特網(wǎng)升級18軟件安裝19從EditSeq開始21從GeneQuest開始31從MapDraw開始44從MegAlign開始54從PrimerSelect開始65從Protean開始78從SeqManII開始89

LASERGENEforWindows&MacintoshDNASTARInc.(608)258-7420fax:(608)258-7439email:support@

在蘋果機（Macintosh）上的安裝與升級經(jīng)過因特網(wǎng)升級必備條件6下載升級程序6軟件安裝必備條件7從CD安裝Lasergene7網(wǎng)絡(luò)安裝必備條件8定義8Dongle安裝10服務(wù)器安裝10終端機安裝11疑難解答系統(tǒng)配置沖突及網(wǎng)絡(luò)問題12解決網(wǎng)絡(luò)問題的其它工具13授權(quán)錯誤報告14程序使用及更多的授權(quán)信息15

經(jīng)過英特網(wǎng)升級如果您以前已經(jīng)安裝了Lasergene而且當(dāng)前有升級和服務(wù)聯(lián)系，您就能夠經(jīng)過英特網(wǎng)來升級您現(xiàn)有的版本，各種模塊（module）都是以自解壓形式存儲的，你能夠選擇性的下載安裝。必備條件您的用戶名和會員號是必須的，能夠在安裝盤上找到。程序升級備份您已有的Lasergene，找到您要升級的程序，并把它轉(zhuǎn)移到備份的文件夾中。連接到DNAstar網(wǎng)站的主頁()，從菜單中的Customers中點擊LasergeneUpdates點，安提示輸入密碼和用戶名（與會員名相同），這樣就會打開下載頁面，找到Macintosh軟件（MacintoshSoftware），就能夠下載您想要的模塊了。模塊下載完畢以后，雙擊文件將其解壓縮到已經(jīng)安裝的DNAstar文件夾中替換舊的模塊文件。用MacintoshFinder打開Lasergene瀏覽器，找到DNAstar文件夾，從FILEMENU選擇UpdateApplications，然后插入安裝盤，等待升級完畢。

軟件安裝本節(jié)介紹若何從CD在蘋果機（Macintosh）上安裝Lasergene。注意安裝是盡量關(guān)閉所有其它程序以保證安裝順利進行。必備條件一張個人的Lasergene安裝盤；一張Lasergene軟件光碟；足夠的硬盤空間和內(nèi)存：至少30Mb的硬盤，32Mb的RAM。從光盤安裝Lasergene插入安裝盤和安裝光盤，雙擊圖標(biāo)，則出現(xiàn)下面的窗口，點擊繼續(xù)則出現(xiàn)安裝窗口。窗口中有兩種安裝選擇：簡易安裝和一般安裝。簡易安裝能夠運行于68K-familyandPowerMacintoshes。而一般安裝能夠安裝工作站文件、執(zhí)行文件和樣品資料，我們推薦使用簡易安裝，如果使用一般安裝能夠節(jié)省5Mb的空間。注意安裝完畢后，要重新啟動計算機。

網(wǎng)絡(luò)安裝Lasergene網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)是能夠運行于局域網(wǎng)計算機上的軟件。她有兩部分組成：一是資料服務(wù)器，服務(wù)器要有較大的硬盤和較高的運行速度；二是與服務(wù)器相連的終端機。后者經(jīng)過一個稱為dongle的Lasergene硬盤設(shè)備相連進行管理。必備條件安裝磁盤（服務(wù)器版）客戶端磁盤，包括安裝盤（終端版）和Disk1（終端版）。Lasergene軟件光盤DNAstar網(wǎng)絡(luò)用dongle盤足夠的硬盤空間和內(nèi)存：服務(wù)器至少30Mb的硬盤，8Mb的RAM。終端機至少1Mb的硬盤，32Mb的RAM。定義在安裝Lasergene網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)之前要熟悉以下術(shù)語：應(yīng)用程序：指EditSeq,GeneMan,GeneQuest,MapDraw,MegAlign,PrimerSelect,Protean,andSeqManII。應(yīng)用程序服務(wù)器：是指存儲應(yīng)用程序的電腦，一般與dongle服務(wù)器是同一個服務(wù)器，但也能夠不同，當(dāng)在局部硬盤上安裝網(wǎng)絡(luò)程序時，也能夠在同一個網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)中同時存在多個不同的應(yīng)用程序服務(wù)器，而且應(yīng)用程序服務(wù)器不一定是蘋果機，儲存應(yīng)用程序的機器也不一定必須能夠運行該程序，僅僅是儲存而已。終端機安裝（又稱工作站安裝），安裝網(wǎng)絡(luò)版本Lasergene運行的最小軟件部分，它包括以下在內(nèi)：LicenseKeeper，Navigator，和系統(tǒng)資源。終端機：這能夠是任何不作為DongleServer的網(wǎng)絡(luò)上的機器。終端機是任何最少穿過終端機安裝的機器，這樣是使得Lasergene應(yīng)用程序運行需要的最少、最低限度的軟件。Dongle：Dongle是網(wǎng)絡(luò)版Lasergene需要的硬件裝置。每個網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)都需要單獨的Dongle。dongle是末端上帶1個短的電纜的小的矩形的裝置。有2不同的種類的dongles：一種是在計算機背后可與調(diào)制解調(diào)器端口連起來，有9個pin插頭；另一種有4個別針陽插頭，連接鼠標(biāo)和鍵盤。Dongle服務(wù)器：這是裝有Dongle的機器，它肯定是最少穿過終端機安裝的蘋果計算機，這機器應(yīng)該始終保持運行。Navigator：是為了更簡單的進行Lasergene應(yīng)用設(shè)計的工具。在必要的情況下，Navigator將自動安裝網(wǎng)絡(luò)組件，而且為網(wǎng)絡(luò)安裝診斷工具。LicenseKeeper：和Dongle交流的持有人的系統(tǒng)擴展部分。它告訴dongle哪個應(yīng)用被開始，這樣，dongle才允許末個機器程序運行。服務(wù)器安裝：指Lasergene軟件的完整安裝，包括應(yīng)用程序、LicenseKeeper、Navigator和系統(tǒng)資源。

Dongle安裝使Lasergene網(wǎng)絡(luò)版能夠運行的第一個操作就是安裝dongle。在你安裝之前，請檢查你的dongle是否有9-別針連接器（connector)或4-別針連接器（connector)。關(guān)閉你打算裝dongle服務(wù)器那臺蘋果計算機的電源。如果你的dongle有9-別針連接器（connector)，把它連接到你的計算機調(diào)制解調(diào)器的端口上。調(diào)制解調(diào)器端口是一個有9個外置接口的設(shè)備，位于你的蘋果計算機的后面的展示板上，電話聽筒圖標(biāo)的附近。如果你的dongle有4-別針連接器，從鍵盤斷開鼠標(biāo)，把dongle接在鍵盤上，接著，把你的鼠標(biāo)接在dongle上。重新啟動蘋果計算機。如果你的dongle被接在蘋果計算機上，你必須按照dongle服務(wù)器那樣進行軟件安裝。如果你打算將這機器作為文件服務(wù)器，請安服務(wù)器安裝的方法安裝。如果你不打算將這機器作為文件服務(wù)器，請安終端機安裝的方法安裝。在對dongle服務(wù)器施行成功的軟件安裝之后，在啟動時應(yīng)該出現(xiàn)右面的服務(wù)器圖標(biāo)。服務(wù)器安裝（ServerInstallation）這個安裝和在第5頁上所描述的軟件安裝過程基本相同的。由于大部分的網(wǎng)絡(luò)包括機器很多的不同的種類的（68K，和PowerMacintosh機器），因此我們推薦您選擇簡易安裝。在完成軟件安裝之后，如右圖操作共享Lasergene應(yīng)用程序文件夾，這樣，其它的網(wǎng)絡(luò)用戶才能夠使用。如果你不能確定怎樣操作，請和你的網(wǎng)絡(luò)管理員聯(lián)絡(luò)。終端機安裝（ClientInstallation）終端機安裝必須在全部需要對Lasergene服務(wù)器操作的機器，但不是文件服務(wù)器的機器。插入安裝磁盤終端機版本，然后按照在第5頁上軟件安裝的方法安裝。隨后經(jīng)過蘋果機菜單的選擇命令將文件服務(wù)器和終端機相連。一些網(wǎng)絡(luò)能夠使用其它的方法進行相連。如果這步你有問題，請和你的網(wǎng)絡(luò)管理員聯(lián)絡(luò)。從終端機上的DNASTAR文件夾中運行瀏覽器。從文件菜單，選擇尋找應(yīng)用程序，你應(yīng)該收到如下信息：全部應(yīng)程序用都被瀏覽器找到了?，F(xiàn)在就能夠從文件服務(wù)器運行Lasergene應(yīng)用程序了。

疑難解答系統(tǒng)配置沖突一些系統(tǒng)配置可能會在安裝過程沖突，如果你不能從Lasergene光盤成功地安裝，能夠關(guān)上不必要的配置：用計算機控制板上的配置管理器關(guān)閉任何不必要的擴展程序?；蛑匦聠幽愕臋C器，繼續(xù)安裝。網(wǎng)絡(luò)疑難找不到dongle服務(wù)器是網(wǎng)絡(luò)問題中最常見的問題。當(dāng)你開始運行DNASTAR應(yīng)用程序時，你會遇到這問題，提示信息顯示：DNASTAR許可服務(wù)器沒有應(yīng)答，請再試一次。可能有以下幾個原因：是否裝有dongle的計算機被關(guān)閉，如果是重啟dongle機器即可。是否dongle沒有接在蘋果計算機上，或者不在調(diào)制解調(diào)器端口或鼠標(biāo)接口，按照第8頁DongleInstallation命令在蘋果計算機上重新安裝dongle。記住在除掉或者插入dongle之前先關(guān)閉計算機。如果你的dongle被接在IIfx，Quadra900或Quadra950等機子上，你不但需要重新安裝，還要進行如下操作：從菜單中選擇ControlPanels中的SerialSwitch雙擊，就會出現(xiàn)右面的窗口。將Faster換成Compatible。然后重啟計算機。

如果dongle已適當(dāng)?shù)乇唤釉谡{(diào)制解調(diào)器端口上，可是計算機不識別，那可能是你的計算機在booting期間里不是別調(diào)制解調(diào)器端口的記號。用LicenseKeeper按下面的方法尋找調(diào)制解調(diào)器端口：啟動Navigator。按Option——NETWORKMENU——SetLicenseKeeper的順序打開右邊的LicenseKeeper對話框。把DongleDelay參數(shù)放到3秒上。單擊LicenseKeeper，接著Done。重啟蘋果計算機。如果問題還沒解決，和DNASTAR聯(lián)絡(luò)。其它解決網(wǎng)絡(luò)問題方法要了解您的計算機和全部可經(jīng)過網(wǎng)絡(luò)運行DNASTAR的dongle服務(wù)器，選擇NETWORKMENU中的DiagnoseLicenseKeeper。計算機將告訴您是否dongle被安裝到你的計算機上，是否存在LicenseKeeper系統(tǒng)配置。同時顯示LicenseKeeper站點識別和版本編號。無論你的計算機的授權(quán)狀態(tài)如何，Navigator都會報告所有已連接的dongle服務(wù)器的狀態(tài)。許可服務(wù)器報告在網(wǎng)絡(luò)地帶附近形成，可顯示全部對你的網(wǎng)絡(luò)應(yīng)答的dongle服務(wù)器的用戶名，站點識別和版本編號。一般，你的LAN包括單一的dongle服務(wù)器，可是，大的網(wǎng)絡(luò)上能夠有幾個。如果你的計算機被接在大的LAN上，打開這個報告可能會慢一些。確定全部LicenseKeeper服務(wù)器的地點要求networkrequest被送到在LAN上每個區(qū)。至少需要1秒鐘才能確定是否有回應(yīng)。LicenseKeeper錯誤報告如果授權(quán)系統(tǒng)沒有安裝，或者和dongle服務(wù)器連接困難，Navigator將會發(fā)現(xiàn)問題，報告錯誤信息。下面斜體為錯誤類型，其后是各自的原因。LicenseKeeper系統(tǒng)擴展沒在系統(tǒng)文件夾或擴展文件夾中。重新安裝Lasergene客戶端軟件。Navigator不能和系統(tǒng)擴展連接，也沒在系統(tǒng)文件夾中發(fā)現(xiàn)。對于System7或較晚的Macintoshes，如果你重啟計算機時按下Shift鍵，則可能發(fā)生這問題。當(dāng)計算機起動的時候，按下了鼠標(biāo)按鈕或Shift鍵。重啟你的機器。因為系統(tǒng)擴展在啟動時被失活了，因此Navigator不能和系統(tǒng)擴展交流。你的機器上安裝了較老版本的Mac機網(wǎng)絡(luò)協(xié)議。安裝53或更新版本的Mac機網(wǎng)絡(luò)協(xié)議。安裝的Mac機網(wǎng)絡(luò)協(xié)議不支持系統(tǒng)擴展。在小的網(wǎng)絡(luò)或closely-knit的安裝上，這將不是問題，因為dongle服務(wù)器與其它的客戶機在同一個區(qū)。如果必要，DNASTAR能為較新版本的Mac機網(wǎng)絡(luò)協(xié)議（AppleTalk）提供驅(qū)動和installationscript。不能在網(wǎng)上注冊LicenseKeeper。和DNASTAR聯(lián)絡(luò)。由于你的計算機上有太多的其它的網(wǎng)絡(luò)處理，系統(tǒng)擴展不能進行網(wǎng)絡(luò)操作。這種情況很少見，但如果您的計算機是網(wǎng)絡(luò)中介的話，有時也會發(fā)生。LicenseKeeper系統(tǒng)擴展所需的內(nèi)存不夠。關(guān)閉不必要的系統(tǒng)擴展。如果你的操作系統(tǒng)在你的計算機上使用了全部的內(nèi)存，這也會發(fā)生。。系統(tǒng)文件夾被保護。去除系統(tǒng)文件夾保護，重啟計算機。系統(tǒng)文件夾里的文件和已經(jīng)使用的文件不能夠保存。磁盤壓縮和口令保護的擴展時會發(fā)生這些問題。重新安裝Lasergene工作站軟件。系統(tǒng)擴展使用的系統(tǒng)文件夾里的文件不存在了。應(yīng)用程序的使用為了了解已連接的用戶的數(shù)目，用戶使用了什末程序，程序使用的時間，能夠從NETWORKMENU打開ApplicationUsage。窗口中還會顯示有關(guān)諸如客戶/服務(wù)器狀態(tài)，站點識別和LicenseKeeper系統(tǒng)擴展的版本編號等一般信息。當(dāng)這窗口打開時，Navigator將沒10秒鐘更新一次應(yīng)用程序的使用信息。

更多的LicenseKeeper信息計算機啟動時，LicenseKeeper將自動尋找網(wǎng)絡(luò)的區(qū)信息和每個區(qū)的dongle服務(wù)器。只有標(biāo)識號與LicenseKeeper系統(tǒng)擴展相符的dongle服務(wù)器才能夠被識別。這允許1臺以上dongle服務(wù)器在相同的網(wǎng)絡(luò)的范圍內(nèi)操作。如果網(wǎng)絡(luò)管理員改變了有dongle服務(wù)器的區(qū)名并重新啟動dongle服務(wù)器，那末區(qū)外的所有終端機也必須重新啟動。系統(tǒng)擴展作為DongleServer成功啟動時，在啟動期間會出現(xiàn)這個圖標(biāo)。系統(tǒng)擴展作為終端機成功啟動時，在啟動期間會出現(xiàn)這個圖標(biāo)。系統(tǒng)擴展被安裝，可是由于較少的內(nèi)存或失活（啟動時按下了鼠標(biāo)）而不能啟動時會出現(xiàn)這個圖標(biāo)。

WINDOWS上的安裝與升級經(jīng)過因特網(wǎng)升級必備條件18下載升級程序18軟件安裝必備條件19從CD安裝Lasergene19

經(jīng)過英特網(wǎng)升級如果您以前已經(jīng)安裝了Lasergene而且當(dāng)前有升級和服務(wù)聯(lián)系，您就能夠經(jīng)過英特網(wǎng)來升級您現(xiàn)有的版本，各種模塊（module）都是以自解壓形式存儲的，你能夠選擇性的下載安裝。必備條件您的用戶名和會員號是必須的，能夠在安裝盤上找到。程序升級備份您已有的Lasergene，找到您要升級的執(zhí)行程序，并把它轉(zhuǎn)移到備份的文件夾中。連接到DNAstar網(wǎng)站的主頁()，從菜單中的Customers中點擊LasergeneUpdates點，安提示輸入密碼和用戶名（與會員名相同），這樣就會打開下載頁面。找到windows軟件（Windows95/98/NTSoftware.），就能夠下載您想要的模塊了。模塊下載完畢以后，雙擊文件將其解壓縮完畢?？吹健癆pplicationname”hasbeenupdated.說明升級完畢。

軟件安裝本節(jié)介紹若何從CD在PC機（Windows）上安裝Lasergene。注意安裝是盡量關(guān)閉所有其它程序以保證安裝順利進行。必備條件一張個人的Lasergene安裝盤；一張Lasergene軟件光碟；足夠的硬盤空間和內(nèi)存：至少30Mb的硬盤，32Mb的RAM。從光盤安裝Lasergene插入安裝盤和安裝光盤，雙擊安裝圖標(biāo)，則出現(xiàn)下面的窗口，點擊繼續(xù)則出現(xiàn)安裝窗口。隨后一次出現(xiàn)下面窗口，請按照提示做出選擇然后點擊Next，直至完成安裝。

從EditSeq開始EditSeq是能夠迅速、正確地輸入，而且修改DNA或蛋白質(zhì)序列工具。每個EditSeq文件都能夠分為三個可編輯的部分，上邊的一部分為序列文件，中間的一部分里是評論，底部是序列的注釋。EditSeq能讀取大部分的序列格式——包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你能夠使用菜單命令或拖拽方式輸入序列文件。另外，序列可能經(jīng)過使用鍵盤輸入，或者從其它地方復(fù)制、粘貼得到。經(jīng)Entrez或BLAST檢索得到的序列能夠直接從因特網(wǎng)或企業(yè)內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)服務(wù)器下載。序列被打開后，EditSeq能使用標(biāo)準或者指定的遺傳密碼進行翻譯，或者反翻譯，尋找開放讀框，還能夠進行閱讀校對。另外，EditSeq能以GenBank，F(xiàn)ASTA和GCG格式輸出序列。如果在使用這軟件中需要幫助，能夠和DNASTAR聯(lián)絡(luò)。電話：（608）258-7420，傳真：（608）258-7439，電子信件：，或者經(jīng).內(nèi)容打開已有序列23尋找開放讀框24DNA序列翻譯24遺傳密碼選擇使用25遺傳密碼修改25序列的反向互補及反向轉(zhuǎn)換26BLAST檢索27序列信息查看28序列校讀29序列的保存與輸出29

打開已有序列我們從用蘋果計算機打開“TETHIS21MA”和用Windows打開“tethis21.seq”開始。假設(shè)序列的末尾有載體序列污染。我們在用EditSeq打開序列的同時，用SetEnds命令去除5’和3’污染序列。從文件菜單（FILEMENU），選擇Open。打開文件夾“DemoSequences”單擊選定序列“TETHIS21”。單擊位于對話框右下角的SetEnds按鈕。SetEnds被打開（如右）。在5’框和3’框中鍵入50和850，點擊OK。單擊Open打開序列。當(dāng)EditSeq窗口打開時，序列長度顯示在右上角。經(jīng)過“settingends,”現(xiàn)在你只有最初序列中的801bp的片段。SetEnds選擇在全部Lasergene應(yīng)用程序中都能夠使用。尋找開放讀框在這入門的一部分中，我們將確定序列中最大的ORF，并翻譯它。從SEARCHMENU找到ORF，點擊打開會出現(xiàn)右邊的對話框。單擊FindNext尋找第一個ORF的位置。繼續(xù)點擊FindNext直到你把ORF的位置選定在位置183-455。ORF的坐標(biāo)會出現(xiàn)在EditSeq窗口的頂端附近。DNA序列翻譯這一節(jié)中我們介紹如何翻譯我們的ORF，不過任何序列中的讀框內(nèi)部分都能夠用下面的方法進行翻譯。如果你的選擇是在三聯(lián)碼的讀框內(nèi)，三聯(lián)碼指示棒顯示為實心黑線（如左圖）。如果你的選擇是不在三聯(lián)碼的讀框內(nèi)，左邊的箭頭和右面的箭頭顯示向左或向右移動一個bp，以使所選序列成為三的倍數(shù)。選定ORF，從GOODIESMENU菜單中選擇翻譯（Translate）。翻譯的蛋白質(zhì)序列出現(xiàn)在一個新的未命名窗口中（如右圖）。它是使用標(biāo)準的遺傳密碼翻譯的。

使用其它遺傳密碼根據(jù)你的序列的來源，你能夠選擇使用非標(biāo)準的遺傳密碼進行翻譯等操作。在這節(jié)中，我們將標(biāo)準的遺傳密碼轉(zhuǎn)換成CiliateMacronuclear密碼。從GOODIESMENU菜單選擇GeneticCodes打開，子菜單顯示如左。單擊“CiliateMacronuclear”就實現(xiàn)了遺傳密碼的轉(zhuǎn)換，EditSeq現(xiàn)在使用的就是CiliateMacronuclear的遺傳密碼。同樣能夠?qū)⑦z傳密碼轉(zhuǎn)換為其它類型。遺傳密碼的編輯這一節(jié)中我們修改CiliateMacronuclear的遺傳密碼。從GOODIESMENU菜單選擇EditSelectedCode。這將打開右面的窗口，窗口顯示遺傳密碼是怎樣翻譯DNA和RNA序列的。如以DNA形式展示密碼，點擊DNA按鈕。編輯時，單擊任何要編輯的密碼，從其當(dāng)前的位置拖到新氨基酸對應(yīng)的位置則可。如使用不同的啟始密碼子，單擊SetStarts按鈕。第二的遺傳密碼窗就會被打開，能夠進行起始密碼子選擇。單擊任何氨基酸（或者codon位置），該密碼子就會變成綠色，而且旁邊出現(xiàn)一個箭頭，它就被設(shè)定為起始密碼子了。如要去除，只需單擊它即可。如不保存，則單擊取消；如要保存，單擊保存為。序列的反向互補及反向轉(zhuǎn)換下面的步驟能夠用于反向測定的序列的正確輸入。選定序列。從GOODIESMENU菜單，選反向互補序列（ReverseComplement），或者把序列顛倒過來（ReverseSequence）命令，則被選定的序列就被翻轉(zhuǎn)互補或翻轉(zhuǎn)過來了。BLAST檢索下面我們將在NCBI的BLAST服務(wù)器上對TETHIS21序列進行相似性比較。注意為了進行BLAST查找必須保證因特網(wǎng)的連接。如果你沒有連接因特網(wǎng)，跳過這部分，繼續(xù)下一部分。選定序，或者從EDIT菜單中選擇SelectAll。從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單（NETSEARCHMENU），選擇BLAST查找。BLAST對話框就會出現(xiàn)。程序默認為blastn，數(shù)據(jù)庫默認是nr，參數(shù)轉(zhuǎn)換請參照幫助。單擊OK開始查找。尋找結(jié)果顯示為兩部分（如下）。上邊的部分是按可能性的順序顯示檢索到的序列的名字，下面的部分顯示上面部分選定序列與提交序列（上邊序列）比較的具體結(jié)果。有關(guān)“score”和“expectation”的詳細的信息在NCBI’s網(wǎng)點————能夠找到。一般來說，更主要的score和更低的expectation提示較好的相似性。BLAST結(jié)果窗最上邊的3鈕被用來打開，或者保存檢索到的序列，或者讓你了解更多的有關(guān)信息。下面我們從用“CreateDocument”鈕來打開評分最高的5序列開始：單擊CreateDocument。一個小的對話框出現(xiàn)。在左上角有一個下拉菜單顯示默認（default）。單擊下拉菜單，選頂端（Top）。并在右面的文本框中寫入5。單擊OK，EditSeq自動查對多余序列。如果EditSeq提示至少2序列是同一個，請點擊OK。EditSeq將從因特網(wǎng)數(shù)據(jù)庫下在單一的序列，并分別打開一個單獨的EditSeq窗口。下面我們用“BatchSave”鈕將3-10序列保存為EditSeq文件：選定從頂端起第3個序列。單擊BatchSave。小的灰色的對話框出現(xiàn)。單擊下拉菜單，選Next。并在右面的文本框中寫入8。點擊SetLocation，顯示文件夾對話框。選定你要保存序列的位置。單擊OK回到灰色的對話框。單擊OK保存序列，文件擴展為“.seq”。在下載過程期間，EditSeq自動查對重復(fù)的序列。如果EditSeq提示至少2序列是同一個，請點擊OK。除非你收到錯誤信息，否則能夠認為你的序列已經(jīng)成功下載。最后我們能夠使用“LaunchBrowser”鈕查看序列的詳細信息選定序列。選擇LaunchBrowser。你的網(wǎng)絡(luò)瀏覽器將打開右面的窗口。序列信息查看現(xiàn)在我們要使用EditSeq菜單指令查看有關(guān)打開的TETHIS21序列的信息。選定序列的一部分。如果你倒是希望全選序列，從EDITMENU菜單，選擇SelectAll。從GOODIESMENU菜單，選DNAStatistics。就會出現(xiàn)右面的窗口，顯示序列信息。序列校讀在我們學(xué)習(xí)保存和輸出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校讀功能這功能能幫助你校正測序膠中的錯讀。選定序列。單擊校對發(fā)音圖標(biāo)（序列窗口底部張開的嘴），或者從SPEECHMENU，選Proof-ReadSequence。電子的音聲就會開始朗讀所選的序列。（注：如果你聽不見任何聲音，檢查你的計算機的喇叭是否已經(jīng)打開。）要改變音聲read-back的速度，從SPEECHMENU菜單，選擇FasterorSlower。要停止校讀，點擊圖標(biāo)（手），或者從SPEECHMENU菜單，選擇Proof-ReadSequence。序列的保存與輸出首先創(chuàng)立一個用于保存的序列。從文件菜單，選New中的NewDNA，或者NewProtein。將序列寫入出現(xiàn)的窗口。如果你輸入非法字符，計算機會發(fā)出警告。然后，我們將序列保存為EditSeq文件：從文件菜單，選Save。選定保存位置。給序列命名。單擊保存則可。以GenBank或GCG格式保存序列：從文件菜單，選Export。選定保存位置。為sequence(s)選格式。給sequence(s)命名。單擊保存則可。以FASTA格式保存序列：從文件菜單，選Export（1個序列），或者ExportAllAsOne（多個序列）。當(dāng)使用ExportAllAsOne的時候，如果DNA和蛋白質(zhì)文件同時存在，激活窗口的序列類型與你保存的類型是一致的。EditSeq僅僅將寫入的序列保存為FASTA格式。選定保存位置。選FASTA格式。給sequence(s)命名。單擊保存則可。

從GeneQuest開始GeneQuest能夠幫助你發(fā)現(xiàn)和注釋DNA序列中的基因，并幫助您操作生物學(xué)所關(guān)心的DNA的其它feature：包括ORFS、拼接點連接，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合為點、重復(fù)序列、限制性內(nèi)且酶酶切位點等。經(jīng)過應(yīng)用“methods”到序列，序列的feature能夠以圖形的形式展示出來。你能夠在序列上注釋任何你發(fā)現(xiàn)的feature。和其它的Lasergene應(yīng)用程序一樣，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez尋找功能。GeneQuest能直接打開DNASTAR，ABI和GenBank文件。其它格式的序列文件也能夠使用EditSeq改為DNASTAR格式。如果你知道Genbank序列的登錄號或名稱，你能夠直接打開序列。另外，你還能夠在Entrez數(shù)據(jù)庫進行序列查找和輸入。如果在使用這軟件中需要幫助，能夠和DNASTAR聯(lián)絡(luò)。電話：（608）258-7420，傳真：（608）258-7439，電子信件：，或者經(jīng).

內(nèi)容打開已有分析文件33GeneQuest的DNA分析方法34用分析方法操作35方法參數(shù)改變36結(jié)果展示優(yōu)化37Feature注釋38BLAST檢索39EntrezDatabase檢索41GeneQuest的其它特點42保存分析文件43

打開已有分析文件在這一節(jié)中，我們將對已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“NematodeR01H10.”進行操作。從文件菜單，選擇Open打開一個和右邊相似的窗口。在蘋果計算機上，從Show菜單中選擇GeneQuestDocument文件。在Windows上，從文件類型菜單(FilesofType)的中選擇GeneQuestDocuments。用文件管理系統(tǒng)打開名為“DemoSequences.”的文件夾。雙擊NematodeR01H10，就能夠打開下面的窗口。

GeneQuest的DNA分析方法打開GeneQuest文件后，下一步是選擇應(yīng)用方法。應(yīng)用方法后，結(jié)果的圖形顯示能夠幫助你了解序列上感興趣的features。打開序列后，你會發(fā)現(xiàn)只有幾種方法應(yīng)用后的結(jié)果展示在窗口內(nèi)。在下一部分中，我們將學(xué)習(xí)如何把其它方法用于我們序列的分析。Title——給文件取名。Ruler——在文件中加入標(biāo)尺。Sequence——顯示文件中的序列。Patterns-Matrix——方法的運算參數(shù)。Patterns-Signal——轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點數(shù)據(jù)庫。Patterns-Type-InPatterns——使用鍵盤輸入運算所需的Pattern參數(shù)。Repeats-InvertedRepeats——尋找反向重復(fù)序列。Repeats-DyadRepeats——尋找Dyad重復(fù)和palindromes。Repeats-DirectRepeats——尋找正向重復(fù)序列。GeneFinding-DNAFinder————在打開的DNA序列中尋找指定DNA序列。分別顯示正義連和反義連的尋找結(jié)果。GeneFinding-ProteinFinder——在打開的蛋白質(zhì)序列中尋找指定DNA序列的翻譯序列。顯示結(jié)果為全部6個讀框。Enzymes-RestrictionMap——用DNASTAR酶目錄中的酶分析打開的序列，并以圖形方式展示。CodingPrediction-Borodovsky——用Borodovsky’sMarkov方法來識別潛在的基因編碼區(qū)，并以圖形方式展示。CodingPrediction-StartsStopsORFs——根據(jù)指定的ORFs的最小長度，尋找可能的開放讀框，能夠選擇是否需要起始密碼子。讀框的啟始和中止點分別展示。CodingPrediction—LocalCompositionalComplexity——根據(jù)Shannon信息學(xué)原理尋找有基因編碼提示信息的區(qū)域。BaseContents-BaseDistribution——序列上4種堿基、A+T和G+C的頻率、分布，以及AT和gc分布區(qū)域。BentDNA-BendingIndex——DNA折疊預(yù)測。用分析方法操作調(diào)用新的GeneQuest方法的步驟是：從MoreMethods中選擇方法，加入方法簾（methodcurtain），待方法運行完畢后，選擇性的拖取結(jié)果放入分析界面（assaysurface）即可（見右圖）。在本節(jié)中，我們使用BentDNA-BendingIndex方法進行分析。從ANALYSISMENU選擇ShowAvailableMethods能夠打開方法簾，也能夠經(jīng)過拖動分析界面左上角的小環(huán)的打開方法簾。方法簾中包括已經(jīng)用于分析的全部方法。你將注意到方法簾沒有BentDNA-BendingIndexmethod。在方法簾的頂端，點擊MoreMethods打開一個下拉菜單，其中尤能夠用于分析的所有方法，點擊BentDNA-BendingIndexmethod，該方法就進入了方法簾。若查看方法簾中的方法是否已經(jīng)被應(yīng)用，點擊其右邊的三角形。如果圖標(biāo)前有數(shù)字表明該方法已經(jīng)使用，數(shù)字表示應(yīng)用的次數(shù)。因為我們還沒有應(yīng)用BentDNA-BendingIndex，因此點擊三角形，會發(fā)現(xiàn)圖標(biāo)前沒有數(shù)字。點擊白顏色的位置去除對圖標(biāo)的選擇。單擊選定“BendRegion,”，將其拖到分析界面，釋放鼠標(biāo)。序列中可能會折疊的區(qū)域就會以小盒子的形式顯示出來。方法參數(shù)改變下面我們改變方法的參數(shù)，然后將分析結(jié)果與參數(shù)改變前的結(jié)果進行比較。重復(fù)前面的操作，在方法簾中加入一個新的BentDNA-BendingIndex，并把它拖如分析界面?，F(xiàn)在你應(yīng)該有2個完全一樣的折疊區(qū)分析結(jié)果。雙擊方法簾中任何一個結(jié)果，將打開一個參數(shù)對話框。改變弧長度參數(shù)為30，單擊OK。分析界面上就會出現(xiàn)根據(jù)此參數(shù)計算得到的結(jié)果。（注：如果你再次拖入新的方法時，參數(shù)的改變會自動應(yīng)用到新的方法上）。結(jié)果展示優(yōu)化組合或移動展示的結(jié)果：單擊位于GeneQuest窗口左側(cè)的調(diào)色板工具中的的選擇器（手圖標(biāo)），在分析界面中能夠隨意拖動任何展示的結(jié)果到任何位置。改變方法格式：單擊目的選擇器（手圖標(biāo)），能夠選擇分析界面上的任何方法。從OPTIONSMENU菜單選擇LineColor，打開彩色選擇子菜單。選定顏色后，方法題目和結(jié)果顯示都將變成那個顏色。另外，你能夠用類似的指令進行操作：LineWeight、FillColorandFillPattern。去除方法：單擊選擇方法簾中顯示的方法，用退位或刪除鍵去除應(yīng)用的方法即可。注意任何你除掉的方法都是能從Methodsmenu菜單再一次被使用。

注釋Features當(dāng)你用Genbank輸入序列時，序列中標(biāo)注的Features會自動轉(zhuǎn)換為圖形命令顯示在方法簾中。這些Features能夠象任何別的方法那樣拖到分析界面上顯示。GeneQuest也允許你為你的DNA序列制作新Features：單擊位于GeneQuest窗口的左側(cè)的調(diào)色板工具（箭圖標(biāo)）。然后點擊選定2641-4257的InformativeRegion。點擊調(diào)色板工具（鉛筆圖標(biāo)），或者從SITES&FEATURESMENU選擇NewFeatur，打開一個FeatureEditor對話框（如右圖）你打開FeatureEditor時，首先進入Location設(shè)定。點擊“Inforegion”進入Titlebox，點擊“SegmentA”進入SegmentNamebox，接著，在對話框的底部選擇標(biāo)題和區(qū)段名字的位置。點擊Description按鈕進入新的FeatureEditor窗口。如果你愿意，能夠在note中對Feature做標(biāo)注，在key種選擇Feature的種類。點擊Style按鈕進入最后的FeatureEditor窗口，選擇字型，大小和顏色，以及你喜歡圖型用于新建的feature。點擊OK關(guān)閉FeatureEditor窗口。一個圖形化展示的“Inforegion”就會出現(xiàn)在分析窗口的底部。下面我們把新建的feature與另外一個feature整合起來。單擊調(diào)色板工具（箭圖標(biāo)）。選定你剛做好的feature，單擊工具調(diào)色板工具上的（鏈圖標(biāo)）。然后點擊名為“R01H10.4——CDS.”的feature，再點擊連接（鏈圖標(biāo)）。這樣你的“Inforegion”featur將繼續(xù)作為沒有聯(lián)系的方法而存在，可是，它的拷貝將作為R01H10.4featur的一部分出現(xiàn)。BLAST檢索GeneQuest為你的序列在因特網(wǎng)或企業(yè)內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫上進行相似性檢索提供2不同的方法。BLASTSelection指令允許你使用序列的任何一部分進行檢索。BLASTORF需要你首先選擇序列的ORF，然后她就能夠自動翻譯，在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中進行檢索。在這一節(jié)中，我們用BLAST在NCBI上檢索與NematodeR01H10相似的序列。注意必須保證您的計算機與因特網(wǎng)相連。否則，跳過這一部分。單擊范圍選擇器調(diào)色板工具（箭圖標(biāo)）。如同在右邊被顯示的那樣，單擊任何“R01H10.5”的feature。注意此時選定的僅僅是外顯子部分（exons），內(nèi)含子部分被自動去除。從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單，選BLASTSelection。會出現(xiàn)左面的BLAST對話框。不做參數(shù)改變，這樣，程序是blastn，數(shù)據(jù)庫是nr。單擊同意開始查找。尋找結(jié)果顯示為兩部分（如下）。上邊的部分是按可能性的順序顯示檢索到的序列的名字，下面的部分顯示上面部分選定序列與提交序列（上邊序列）比較的具體結(jié)果。有關(guān)"score"和"expectation"的詳細的信息在NCBI's網(wǎng)點--。一般來說，更主要的score和更低的expectation提示較好的相似性。BLAST結(jié)果窗最上邊的4鈕被用來打開，或者保存檢索到的序列，或者讓你了解更多的有關(guān)信息?！癙utInDocument”按鈕相當(dāng)于GeneFinding-DNAFinder，在打開序列中尋找檢索到的序列。（如果我們使用blastp或blastx，則相當(dāng)于GeneFinding-ProteinFinder）在BLAST結(jié)果窗口中選擇一個檢索結(jié)果。單擊PutInDocument。保存對話窗將打開。選定保存位置，并命名。單擊保存。你選的序列將象應(yīng)用方法那樣以短的垂直的豎線自動出現(xiàn)在分析界面的底部。垂直的豎線顯示BLAST結(jié)果的位置。能夠選擇Zoomin/OUT來放大或縮小視野。直到你能清楚地查看序列。其它按鈕與EditSeq中介紹的功能相同。EntrezDatabase檢索GeneQuest允許你在因特網(wǎng)或企業(yè)內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)的Entez數(shù)據(jù)庫上進行檢索。檢索到的結(jié)果能夠輸入GeneQuest（或者EditSeq），或者保存為序列文件。在這一節(jié)中，我們將檢索與狨視覺色素（visualpigmentinmarmosets）序列有關(guān)的序列，然后學(xué)習(xí)GeneQuest或EditSeq是如何打開其中的一個序列的。從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單（NETSEARCHMENU)，選擇新正文查找（NewTextSearch）來打開EntrezQuery窗口（如右）。在文本框中敲入“visualpigment.”。從默認為“AllFields”的下拉菜單中選擇“TextWord.”。用鼠標(biāo)從右面再拖入一個檢索框（NewTerm）。在文本框中敲入“Callithrix”，從“NewFields”菜單中選“Organism”。單擊查找。查找結(jié)果出現(xiàn)于EntrezResults窗口（如下）。雙擊任何EntrezResults窗口里的序列，就能夠查看其詳細信息。如果你想在GeneQuest或EditSeq里打開其中的一個序列：從EntrezResults窗，單擊你想打開的序列。從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單，選擇用GeneQuest或者EditSeq打開（OpenwithGeneQuest/OpenwithEditSeq）。選定文件保存的位置，并給文件取名。單擊同意（視窗），或者保存（蘋果計算機）。如果你選擇以GeneQuest打開文件，GeneQuest將打開文件而且將其默認的方法自動應(yīng)用到序列上。如果你做選擇以EditSeq打開文件，Entrez序列將在主窗口中顯示。GeneQuest的其它特點以RNA折疊形式查看序列的一部分：選定目的序列，在ANALYSISMENURNA菜單中選擇FoldasRNA命令。序列酶切，模仿agarose凝膠電泳判定大小：打開方法簾（methodcurtain）。從MoreMethods中選擇Enzymes-RestrictionMap加入方法簾。單擊圖標(biāo)左邊的藍色三角形，打開內(nèi)切酶一覽表。注意方法簾僅僅顯示那些最少切割一次DNA序列的酶。剛打開酶一覽表時，所有的酶都被選中了，在空白處單擊一下去除選定。選定特定的酶，拖入分析界面，即能夠看見該酶的酶切位點在序列上的位置。從SITES&FEATURESMENU菜單選澤AgaroseGelSimulation。新窗口即顯示酶切片段在electrophoretic的分離情況（如圖）。保存分析文件從文件菜單，選保存。選定文件的保存位置。給文件命名。單擊保存。你所應(yīng)用和展示的所有信息都會被保存。

從MapDraw開始根據(jù)實驗設(shè)計，分析和實驗結(jié)果的展示需要的不同，MapDraw能夠制作6種類的酶切圖。從簡單的線性圖到有注釋的環(huán)形圖，在展示限制性酶切位點的同時，還能夠同時展示序列的feature，六個讀框及其翻譯結(jié)果。MapDraw也以自動展示從GenBank輸入序列的features。你能夠按照位置、酶切頻率等來排列你的酶切位點。另外，你能夠用手工選任何酶切位點的結(jié)合。酶切位點過瀘器（filters）也能夠使用Booleanoperators聯(lián)合使用。MapDraw工具能使你規(guī)劃酶切位點和克隆實驗，產(chǎn)生詳細，充分地結(jié)果概括。和全部Lasergene應(yīng)用程序一樣，MapDraw也提供整合的BLAST查找功能。如果在使用這軟件中需要幫助，能夠和DNASTAR聯(lián)絡(luò)。電話：（608）258-7420，傳真：（608）258-7439，電子信件：，或者經(jīng).

內(nèi)容新酶切圖制作46過瀘器類型47應(yīng)用頻率過瀘器47應(yīng)用手動過瀘器48使用過瀘器一覽表49使用MustCutHere/Don’tCutHere調(diào)色板工具50酶信息顯示51環(huán)形展示51ORF圖52顯示擇選53保存，退出53

新酶切圖制作我們以組氨酸DNA序列“TETHIS21MA”（蘋果計算機）和“tethis21.seq”（視窗）為例。首先我們尋找能夠切割組氨酸DNA序列的酶切位點。從文件菜單選擇New打開右邊的對話框。打開“DemoSequences.”文件夾。雙擊打開TETHIS21（見下）。

過瀘器類型過瀘器（filter）是你定義的能夠使用的酶切位點的集合。在你自定義過瀘器之前，所有酶切位點都會用于序列分析。你能夠用和／或來組合過瀘器。MapDraw內(nèi)置的過瀘器如下：Overhang過瀘器是根據(jù)一套你定義的Overhang準則歸類的酶切位點。這些準則包括3’和5’端突出，與別的酶切位點互補以及兼并的末端突出?？寺≡囼炛校軌蚴褂眠@個過濾器尋找互補末端。頻率（Frequency）過瀘器是指根據(jù)出現(xiàn)于指定的范圍序列上的頻率歸類的酶切位點。我們將在本節(jié)的下一部分中使用這個過瀘器型。種類和復(fù)雜性過瀘器（Class&Complexity）是根據(jù)酶切位點種類歸類的酶切位點。這些種類包括：I型（隨機）把II型（明確），或者I型+II型。這過瀘器也能夠根據(jù)位點復(fù)雜性、價錢和來源進行歸類。手動選擇過瀘器（ManualPick）允許你按需要選定酶切位點。在隨后的一部分中，我們學(xué)習(xí)使用手動選擇過瀘器的方法。MustCutHere/Don’tCutHere調(diào)色板工具也是一種過濾器，隨后進行闡述。頻率過瀘器應(yīng)用首先讓我們用頻率過瀘器來刪除任何能夠兩次切割我們序列的酶。從ENZYMEMENU，選NewFilter，然后Frequency打開參數(shù)對話框。在Min和Max對應(yīng)的框中輸入數(shù)字1和2，其它的參數(shù)不變。這個設(shè)定將我們序列中切割多于兩次的位點自動刪除。在過瀘器名字框中，輸入“Two-cuts-max.”。單擊Apply將過瀘器用于序列分析——然后OK退出參數(shù)對話框。你將注意到在圖上酶切位點的數(shù)目現(xiàn)在大大地減少了。應(yīng)用手動過瀘器雖然減少了大約3分之2的位點，可是還有100以上的酶存在。我們還能夠設(shè)定一些更嚴緊的命令進行限制?？匆豢次覀兊拿甘欠衲苷R地用來切割TETHIS21序列的編碼區(qū)。從MAPMENU選LinearMinimapp。打開的窗口顯示每個限制酶切割位點的位置。滾動窗口，直到你看到大的向右的箭頭，上寫“histone”。“Histone”是在最初的Genbank入口被注釋的序列特點。當(dāng)我們打開它的時候，這個特點和序列一起輸入。單擊選定它。在屏幕的左上單擊種類調(diào)色板工具（Sort），接著選擇SortbyCutsClosetoSelection。酶切位點即刻分類，這樣，距特點最近而且超出選定范圍的酶切位點將會排在最上面。滾動到窗口的最頂端。你將注意到，在histone基因的左和右有2酶切位點：AcsI和ApoI。兩個酶切位點對我們來說都是理想的。現(xiàn)在我們將制作僅僅包括ApoI酶切位點的ManualPickfilter。從ENZYMEMENU，選NewFilter——然后ManualPick。打開酶切位點過瀘器編輯器。把ApoI從右邊的窗口拖進左邊的窗口。給過瀘器取名。在這我們把過瀘器叫做“ApoI.”。點擊Apply——然后OK，就保存并應(yīng)用“ApoI.”過瀘器了。注意到現(xiàn)在線性的minimap僅僅由ApoI酶切位點和histone特點構(gòu)成。使用過瀘器一覽表現(xiàn)在我們已經(jīng)應(yīng)用了2個過瀘器：一個叫做“Two-cuts-max”的頻率過瀘器和叫做“ApoI.”的手動過濾器，MapDraw會自動把兩個過瀘器的結(jié)果用“AND,”聯(lián)合起來應(yīng)用，這樣，展示的結(jié)果需要滿足兩個標(biāo)準：切割一或兩次，用ApoI切割。我們手動過濾器包括頻率過瀘器的單一切點的內(nèi)容，因此她自動的覆蓋了頻率過瀘器的結(jié)果。下述過瀘器一覽表允許我們隨意編輯、組合各個過瀘器。從MapDocument，單擊過瀘器調(diào)色板工具（在窗左上的漏斗圖標(biāo)）打開過瀘器一覽表（如下）。當(dāng)前應(yīng)用的所有過瀘器都出現(xiàn)于窗口的左邊。為了除掉ApoI過濾器，點擊選中它，從左窗口拖到右邊的窗口，單擊應(yīng)用即可?，F(xiàn)在由于只有Two-cuts-max過瀘器被應(yīng)用，因此序列上的酶切位點數(shù)目立即增加了。把ApoI過濾器拖回，放在And旁，單擊Apply再次應(yīng)用ApoI過濾器，序列上的酶切位點數(shù)目又立即減少了。（如果把ApoI過濾器拖回，放在Or旁，單擊Apply再次應(yīng)用ApoI過濾器，序列上的酶切位點數(shù)目不會改變，因為ApoI過濾器是Two-cuts-max過瀘器的一部分）。按上面的方法把兩個過濾器都去除。使用MustCutHere/Don’tCutHere調(diào)色板工具MustCutHere/Don’tCutHere工具是另一種酶切位點過濾限制方法。我們將用這個方法再次重復(fù)上面的操作。從MAPMENU，選Site&Sequence。向下滾動，直到你看在大的向右指的箭頭，上寫“histone”。單擊選中。點擊Don’tCutHere調(diào)色板工具（紅色園圈起的剪刀樣圖標(biāo)），去除所有切割選定區(qū)的酶切位點。（點擊MustCutHere工具——剪刀樣圖標(biāo)——序列上將展示所有切割選定區(qū)的酶切位點。）這樣，僅僅剩下那些不切割選定區(qū)的位點。顯示酶信息內(nèi)切酶編輯器（EnzymeEditor）使你能夠查看內(nèi)切酶的各種相關(guān)信息，包括其名字，識別序列，isoschisomers，種類，價格，銷售公司和有效性等詳細的信息。你對這些信息能夠進行添加或刪除操作。打開酶編輯窗（如左），雙擊任意一個酶的名字。箭頭顯示酶識別序列和切割位點。你能夠按照“GeneQuest”上的方法在序列上添加新Feature，并作注釋。環(huán)形展示你能夠以環(huán)形圖展示環(huán)形或線性序列，可是，如果序列是線性的，MapDraw會提示你。如果你想在環(huán)形序列上進行酶切位點限制，那末，我們前面提到的Don’tCutHerefilter完全能夠做到這一點。經(jīng)過點擊過濾器調(diào)色板工具檢查當(dāng)前是否只有Don’tCutHere過瀘器應(yīng)用。如果已經(jīng)應(yīng)用，則Don’tCutHere過瀘器應(yīng)該在過瀘器一覽表的左邊的窗口里，而其它的過濾器在右邊。如果這不是這樣，請進行調(diào)整。從MAPMENU，選擇CircularIllustration，打開左邊的窗口。（如果此時有太多的酶切位點，你能夠加入其它的過瀘器）。經(jīng)過OPTIONSMENU的DrawingSize調(diào)整圖畫的大小。2條紅線相會的角是你能夠做的最小圖畫的范圍。在窗口內(nèi)點擊任何位置，圖形大小將顯示為那末大。單擊同意。ORF圖從MAPMENU，選ORFMap打開右邊顯示的六讀框的開放讀框窗口。默認的終止和開始codons能夠使用指定的遺傳密碼。方法見EditSeq。從OPTIONSMENU中選擇ORFCriteria能夠設(shè)定參數(shù)。你能調(diào)整最小的ORF長度，定義上游啟動子和距上游啟動子的距離，選定后單擊同意即可。放大ORF以查看翻譯的序列。方法是點擊調(diào)色板工具中ZoomIn（有＋的圖標(biāo)），接著，單擊分析界面。重復(fù)這些2步直到你能看翻譯。顯示選擇MapDraw’sOPTIONSMENU提供各種指令允許你做下面的事情：選擇1個或3個字母的編碼。顯示不同的讀框組合（ReadingFrames或LineLayout）。編輯用于翻譯的遺傳密碼（GeneticCodesandEditSelectedCode）。酶顯示能夠選擇垂直或者水平展示。線性化環(huán)形序列（LinearizeSequence）。顯示不確定位點。保存退出從編輯菜單（EDITMENU），選保存地圖（SaveMap）。選擇保存位置，命名。單擊保存（蘋果計算機）或同意（視窗）。從文件菜單（FILEMEN），選擇放棄（蘋果計算機）或者退出（視窗），電腦提示保存或放棄；選擇保存，則你操作的所有結(jié)果都會保存起來，否則結(jié)果會全部丟失。

從MegAlign開始MegAlign提供6列隊(aligment)方法，進行DNA和蛋白質(zhì)序列的配對和多序列比較(multiplealigment)。多序列比較(multiplealigment)能夠在MegAlign的worktable進行查看和編輯。能夠根據(jù)隊列(aligment)的結(jié)果制作進化樹（Phylogenetictrees），而且，有關(guān)序列距離的數(shù)據(jù)和殘基替代能夠容易地作成表格。一般多序列比較(multiplealigment)的結(jié)果展示于隊列(aligment)窗口，相似性和差異用彩色的直方圖展示。和全部Lasergene的應(yīng)用程序一樣，MegAlign也提供整合的BLAST查找功能。如果在使用這軟件中需要幫助，能夠和DNASTAR聯(lián)絡(luò)。電話：（608）258-7420，傳真：（608）258-7439，電子信件：，或者經(jīng).

內(nèi)容創(chuàng)立隊列文件56序列設(shè)置57PairwiseAlignment58使用DotPlotMethod59多序列比較59PhylogeneticTree查看61查看隊列報告62Decorations/Consensi62MegAlign文件保存64

創(chuàng)立隊列文件MegAlign提供兩種基本的隊列方法：配對比較和多序列比較。配對比較能夠比較任何2個選定的序列的相似性，而多序列比較對在Worktable中所有序列進行比較。在我們?nèi)腴T的第一個部分中，我們將介紹使用2不同的種類的配對比較方法。我們將從創(chuàng)立一個MegAlign文件，輸入兩個histone序列開始。從文件菜單，選EnterSequences打開EnterSequences對話框。從你DNASTAR文件夾中的“DemoMegAlign,”文件夾，雙擊打開“HistoneSequences.”文件夾，左上兩個序列是我們選用的序列。單擊TETHIS21，點擊Add鈕。單擊TETHIS22，點擊Add鈕?，F(xiàn)在2序列將出現(xiàn)于右面的窗口。單擊Done把序列輸入Worktable。從OPTIONSMENU，使用Size命令增加Worktable的字形大小直到能夠看清楚。序列設(shè)置下面我們練習(xí)subranging輸入的histone序列。設(shè)置序列的末端在我們這個例子中并不重要，可是當(dāng)兩個序列匹的全序列匹配不太好，或是蛋白質(zhì)和DNA的混合序列時就變得非常重要了。后者要求每個DNA序列都必須是給出正確的翻譯讀框。序列設(shè)置能夠經(jīng)過給定末端位置手動操作設(shè)置，也能夠經(jīng)過特定標(biāo)注的feature進行。這里，我們將使用histoneH2B-1的CDS進行操作。點擊選中（TETHIS21）。從OPTIONSMENU，選SetSequenceLimits，接著，從FeatureTable打開右面的序列末端設(shè)置窗口。頂端的histoneH2B-1--CDSfeature已經(jīng)選定。下面顯示的是選定序列的特點名字和范圍。單擊ChangetheRest用相同的feature設(shè)置第二histone序列。你將自動回到Worktable，這時，設(shè)置后的序列就出現(xiàn)了。配對比較（PairwiseAlignment）MegAlign提供各種配對比較方法。我們序列是DNA，我們能夠用的方法是Wilbur-Lipman，Martinez-Needleman-Wunsch和Dotplot。在這入門中，我們在使用Wilbur-Lipman的方法。同時選中兩個序列。從ALIGNMENU中的OnePair選擇Wilbur-Lipman方法。使用默認參數(shù)進行比較，點擊OK。MegAlign計算隊列，然后在另一個窗口顯示比較結(jié)果。窗標(biāo)題展示相似指數(shù)（所右匹配殘基的百分比），缺口數(shù)目，全的缺口長度和一致序列長度。我們能夠改變標(biāo)志顏色來區(qū)別匹配和不匹配的序列。單擊隊列調(diào)色板工具（有“x”方框圖標(biāo)），打開下面的隊列顏色編輯讀化框。單擊深藍色的方框，接著點擊MatchColor右面的黑色方框，她就變藍了。所有和一直序列一樣的堿基都立即變成深藍色。如此重復(fù)能夠改變不匹配的序列的顏色。另外，還能夠經(jīng)過選定或不選彩色選擇方框下面的方框查看隊列窗口中隊列的變化。如你單擊VerticalBars，則匹配序列間的堿基變成了垂直的棒。使用點劃分方法（DotPlotMethod）點劃分方法是先把要比較的序列疊加起來，然后計算匹配不當(dāng)?shù)臄?shù)目。同時選定兩個序列。從ALIGNMENU中的OnePairl里選擇DotPlot打開右面的窗口。單擊OK用默認的參數(shù)進行比較。MegAlign計算結(jié)果會在另一個窗口顯示出來。每個匹配都與特定的一組殘基有特定的相似性（兩個都設(shè)計在參數(shù)對話框中），DotPlot窗口中展示為藍色。從左側(cè)末端開始的紅色斜線，表示兩個序列比較的位置。雙擊任意一條藍色的線會打開左面的窗口，其中顯示所選定的序列的比較結(jié)果。多序列比較為了在MegAlign中進行多序列比較，我們