生物醫(yī)學(xué)信息檢索

生物醫(yī)學(xué)信息檢索第一頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三國外生物醫(yī)學(xué)檢索工具在生命科學(xué)領(lǐng)域中常用的檢索刊有：美國《醫(yī)學(xué)索引》(IndexMedicus,IM)荷蘭《醫(yī)學(xué)文摘》(ExcerptaMedica,EM)美國《生物學(xué)文摘》(BiologicalAbstracts,BA)美國《化學(xué)文摘》(ChemicalAbstracts,CA)美國《科學(xué)引文索引》(ScienceCitationIndex,SCI)第二頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三檢索工具的類型可以分為兩大類：索引類和文摘類或者稱為題錄型和文摘型第三頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三檢索工具的主要內(nèi)容概況及其特點結(jié)構(gòu)編排著錄格式檢索途徑與方法實例檢索第四頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IndexMedicus，IM)概況創(chuàng)刊于1879年，由美國國立醫(yī)學(xué)圖書館編輯，自創(chuàng)刊以來，刊名、編排體例幾經(jīng)變化。到1960年，恢復(fù)其原刊名。每月出版一期，一年共12期，《醫(yī)學(xué)主題詞表》和《收編期刊一覽表》隨第一期單獨出版。以題錄形式報道醫(yī)學(xué)期刊中論文、病例報告、綜述、讀者來信、通訊、會議文獻等。收錄80多個國家和地區(qū)、40多種語言文字出版3900多種醫(yī)學(xué)期刊，其中70%為英文文獻，75%帶英文摘要。目前的出版形式有：印刷版、光盤版、國際聯(lián)機數(shù)據(jù)庫、網(wǎng)絡(luò)版。第五頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)特點：收錄范圍廣，內(nèi)容全面；編輯力量強，標(biāo)引質(zhì)量高；報道速度快，時差短；編制簡單，查找方便。第六頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三第七頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)結(jié)構(gòu)編排期索引分為兩個分冊，PartⅠ、PartⅡ，分別編排主題索引(SubjectSection)、著者索引(AuthorSection)、醫(yī)學(xué)述評題錄部分(BibliographyofMedicalReviews)。卷索引醫(yī)學(xué)主題詞表(MedicalSubjectHeadings,MeSH)引用期刊一覽表(ListofJournalsIndexedINIndexMedicus,LJI)第八頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)期索引1.主題索引部分編排原則：(1)整個索引按主題詞字順排列；(2)同一主題詞下按副主題詞字順排列；(3)同一副主題詞下，按刊名縮寫字順排列；(4)同一主題詞或副主題詞下，先排英文文獻，再排非英文文獻，并且非英文文獻用[]括起來；(5)歸不到任何副主題詞的，直接排在主題詞下，并按刊名縮寫字順排列；(6)非英文文獻先按文種縮寫排列，同一文種下按刊名縮寫字順排列第九頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三IM—SubjectSection第十頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)2.著者索引編排原則：(1)僅在第一著者后列出全部文獻題錄內(nèi)容(2)非第一著者只設(shè)參見條目,“see”(3)著者的姓在前用全稱，名在后用首字母縮寫；(4)匿名著者部分，按刊名縮寫字順排列。注意：姓氏前綴De、La、Van、Von與前綴一起提前，并且與姓氏間加空格；表示家族等級的后綴Jr、Sr、Ⅰ、Ⅱ等放在姓氏的最后。第十一頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三IM—AuthorSection第十二頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三IM—BibliographyofMedicalReviews第十三頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三第十四頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)卷索引(CumulativeIndexMedicus)

期索引12期出齊后所做的累積，即按主題索引、著者索引、醫(yī)學(xué)述評題錄部分的分別累積，而形成的卷索引。作用是方便檢索，省時省力。第十五頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)醫(yī)學(xué)主題詞表(MedicalSubjectHeadings,MeSH)

是對生物醫(yī)學(xué)文獻進行主題詞分析和標(biāo)引的權(quán)威性工具，也是指導(dǎo)使用自然詞語言轉(zhuǎn)化為規(guī)范化語言的輔助工具。它能夠保證標(biāo)引者和檢索者在用詞上的一致。第十六頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三第十七頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)-MeSH表主題詞變更表

字順表

樹狀結(jié)構(gòu)表

副主題詞表二、作用MeSH表的影響力是相當(dāng)廣泛的，它對其他中外文檢索工具都有一定的參考作用。它是指導(dǎo)我們使用規(guī)范化檢索語言的工具，溝通檢索者和標(biāo)引者的橋梁。一、組成第十八頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)-MeSH表主題詞變更表由兩個表反映主題詞的變更情況。1.某年新增主題詞表NewHeading2.某年刪除的主題詞表DeletedHeading第十九頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)—字順表字順表(AlphabeticList)

將所有的主題詞、副主題詞和非主題詞按照字順排列而成的表，稱為字順表。主題詞(headings)：直接、準(zhǔn)確表達主題概念的詞或詞組。每個概念只能用一個主題詞表達。副主題詞(subheadings)：用于對主題詞進一步限定的詞或詞組。主題詞與副主題詞之間的組配檢索，起到對主題詞的限定作用，是主題詞具有更高的專指性，縮小檢索范圍，保證檢索結(jié)果的準(zhǔn)確性。第二十頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三第二十一頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)主題詞的表達形式1.單詞：neoplasms、heart、smoking、eye等；2.詞組：liverneoplasms等3.代號：A-23187(卡西霉素75-90)4.倒置主題詞：abortion,inducedabortion,threatenedabortion,habitualabortion,eugenicanemia,aplasticanemia,hemolytic第二十二頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三IM—ALPHABETICLIST字順表中詞匯的類型1.主要敘詞(MajorDescriptors)：包括正式主題詞、地理主題詞、特征詞和非主題詞。2.次要敘詞(MinorDescriptors)3.款目詞(EntryTerms)：主題詞的同義詞或近義詞。4.副主題詞(Subheadings)第二十三頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三IM—ALPHABETICLIST在字順表中有三種注釋：1.樹狀結(jié)構(gòu)號注釋：反映該詞在學(xué)科體系中的位置，表示主題詞之間的族性關(guān)系，每個詞至少有一個樹狀結(jié)構(gòu)號，由于有些詞具有多重屬性，就有多個樹狀結(jié)構(gòu)號。2.參照注釋：反映詞與詞之間的關(guān)系。3.歷史注釋：注明某主題詞使用年代的變化情況，幫助檢索者進行回溯檢索時，選擇準(zhǔn)確的主題詞。第二十四頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三IM—ALPHABETICLIST第二十五頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三IM—ALPHABETICLIST參照系統(tǒng)1.用代參照：用see和X表示，款目詞參見正式主題詞，具有等同關(guān)系、近義關(guān)系，格式為：CancerseeNeoplasms或者NeoplasmsXCancer2.相關(guān)參照：用seerelated和XR表示，用以處理兩個或兩個以上主題詞在概念上彼此之間有某種聯(lián)系或依賴的相關(guān)關(guān)系。其作用是擴大檢索范圍。例：Neoplasms，Hormone-DependentseerelatedAntineoplasticAgents，Hormonal或者AntineoplasticAgents，HormonalXRNeoplasms，Hormone-Dependent3.屬分參照：用seeunder和XU表示。用以表示上下位詞之間的包含、屬與種、整體與部分的等級關(guān)系。次主題詞和主主題詞之間的關(guān)系。例：Abortion，eugenicseeunderAbortion，induced或者Abortion，inducedXUAbortion，eugenic第二十六頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三IM—TreeStructure樹狀結(jié)構(gòu)表它將字順表中所有的主題詞和非主題詞按學(xué)科性質(zhì)、詞義范圍的上下隸屬關(guān)系，將字順表中收錄的詞歸屬在15個大類下。15個大類依次用A-N、Z代表。它是字順表中的輔助索引。幫助了解每個主題詞在醫(yī)學(xué)分類體系中的位置。它將字順表中互不聯(lián)系的主題詞通過主題詞所屬學(xué)科體系和邏輯關(guān)系，加上一些必要的非主題詞組成樹狀等級結(jié)構(gòu)。第二十七頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三IM—TreeStructure樹狀結(jié)構(gòu)表的等級關(guān)系在每個大類中主題詞和非主題詞按照等級隸屬關(guān)系逐級排列，從上位詞到下位詞，用逐級縮排的方式表達等級隸屬關(guān)系，就象大樹的干、枝、葉一樣，是同類主題詞成族展示它們之間并列、隸屬等級概念的相互關(guān)系。主題詞展開的等級數(shù)量關(guān)系多可達9級，每一級用“.”相隔，同一級的詞按字順并齊排列。如下圖所示。第二十八頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三IM—TreeStructure第二十九頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三IM—TreeStructure樹狀結(jié)構(gòu)表的作用1.幫助從學(xué)科體系中選擇主題詞：如查找兔唇的有關(guān)文獻。首先找該詞的主題詞，如果沒有，那么就從該詞所屬的學(xué)科分類中找。在Tree中找疾病C大類，它的下位類找到NeonateolDiseasesandAbnormalitiesC16，逐級往下找MouthAbnormalities，ClieftLip(唇裂)。2.幫助進行擴大和縮小檢索范圍：如查找有關(guān)微量元素與健康的文獻。根據(jù)課題的需要來確定檢索范圍。3.幫助確定詞的專業(yè)范圍：查找比較新的名詞，例Leptin在未被列為正式主題詞前，查找有關(guān)信息，可以使用樹狀結(jié)構(gòu)表(提示2000年以前的文獻，用Proteins進行查找)。第三十頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)-MeSH表字順表與樹狀結(jié)構(gòu)表的關(guān)系字順表反映主題詞之間的橫向關(guān)系，樹狀結(jié)構(gòu)表揭示詞和詞之間的縱向隸屬關(guān)系。兩者是MeSH的重要組成部分，它們并不是兩個孤立的部分。將兩者結(jié)合起來使用，才能保證文獻的查全率和查準(zhǔn)率。第三十一頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)-MeSH表何時使用字順表?所使用的檢索詞是否為規(guī)范主題詞。當(dāng)用專指詞檢索所需特定文獻時，需要查字順表中的直接上位詞進行檢索擴大檢索某課題研究范圍。進行族性檢索。第三十二頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)-MeSH表何時使用樹狀結(jié)構(gòu)表?字順表中查不到相應(yīng)的主題詞，在主題索引中又查不到所需的文獻。當(dāng)所選擇的課題為一個廣義概念時。第三十三頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三IM—SUBHEADINGS副主題詞表到目前為止，MeSH表共收錄82個副主題詞。但并不是每個副主題詞和任何主題詞都能進行組配使用，每個副主題詞具有一定的專指性，其使用范圍僅限于它后面括號內(nèi)的類目。副主題詞也具有動態(tài)性，經(jīng)常隨著主題詞表的修訂再版也不斷變化。手檢時，副主題詞不能單獨使用，必須和主題詞配合使用；機檢時，副主題詞可以單獨使用。第三十四頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三IM—ListofJournalsIndexedINIndexMedicus，LJI第三十五頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)檢索途徑與方法1.主題途徑：利用主題索引查找文獻。基本步驟如下：分析檢索課題確定主題概念轉(zhuǎn)換為主題詞主題詞與副主題詞組配查找文獻題錄查找原文。2.著者途徑：利用著者索引查找文獻。第三十六頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)—主題途徑第三十七頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三美國《醫(yī)學(xué)索引》(IM)該篇文獻的題錄內(nèi)容詳見IM2003；31(7)：1915-1922

Anovelmethodofperitonealresuscitationimprovesorganperfusionafterhemorrhagicshock.ZakariaelR,HurtRT,MathesonPJ,GarrisonRN.AmJSurg.2003Nov;186(5):443-8第三十八頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三荷蘭《醫(yī)學(xué)文摘》(ExcerptMedica,EM)概況創(chuàng)刊于1947年，月刊。由荷蘭的ElsevierScienceB.V出版社編輯出版。EM按醫(yī)學(xué)?？苿澐志庉?，以分冊形式出版，每個分冊有數(shù)字代號和分冊名。EM文摘由醫(yī)學(xué)專家撰寫，質(zhì)量較高。

EM收錄世界上110多個國家和地區(qū)的生物醫(yī)學(xué)和醫(yī)學(xué)相關(guān)的期刊5400余種，內(nèi)容涉及臨床醫(yī)學(xué)、藥物和制藥學(xué)、基礎(chǔ)生物醫(yī)學(xué)以及衛(wèi)生學(xué)等方面

(不包括牙科、護理、獸醫(yī))。目前，有42個分冊，各分冊根據(jù)文獻量多少，每年出版1-4卷不等，每卷多為10期，也有6期、8期或12期。時差為半年或更長?，F(xiàn)在的出版形式：印刷版、光盤版(EMBASE)、網(wǎng)絡(luò)版(EMBASE.com)。

第三十九頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三section1section2section3section4section5section6section7section8section9section10section11section12section13section14section15section16section17section18section19section20section21section22section23section24section25section26section27section28section29section30section31section32section33section35section36section38section40section46section48section49section50section52解剖學(xué)、人類學(xué)、胚胎學(xué)與組織學(xué)生理學(xué)內(nèi)分泌學(xué)微生物學(xué)、細(xì)菌學(xué)、真菌學(xué)、寄生蟲學(xué)普通病理學(xué)與病理解剖學(xué)內(nèi)科學(xué)兒科與小兒外科學(xué)神經(jīng)病學(xué)與神經(jīng)外科外科學(xué)婦產(chǎn)科學(xué)耳鼻喉科學(xué)眼科學(xué)皮膚病與性病學(xué)放射學(xué)胸部疾病、胸外科學(xué)與結(jié)核癌癥公共衛(wèi)生學(xué)、社會醫(yī)學(xué)與流行病學(xué)心血管疾病與心血管外科學(xué)康復(fù)與理療學(xué)老年學(xué)與老年病學(xué)發(fā)育生物學(xué)與畸形學(xué)人類遺傳學(xué)核醫(yī)學(xué)麻醉學(xué)血液學(xué)免疫學(xué)、血清學(xué)與移植生物物理、生物工程與醫(yī)學(xué)儀器泌尿?qū)W與腎病學(xué)臨床和實驗生物化學(xué)臨床和實驗藥理學(xué)關(guān)節(jié)炎與風(fēng)濕病神經(jīng)病學(xué)矯形外科學(xué)職業(yè)衛(wèi)生與工業(yè)衛(wèi)生衛(wèi)生政策、經(jīng)濟與管理藥物不良反應(yīng)藥物依賴性、酒精濫用與酒精中毒環(huán)境衛(wèi)生與污染控制胃腸病學(xué)法醫(yī)學(xué)文摘癲癇文摘毒理學(xué)EM各分冊的名稱第四十頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三EM第16分冊的封面第四十一頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三分類目次第四十二頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三荷蘭《醫(yī)學(xué)文摘》(EM)結(jié)構(gòu)編排各分冊每期內(nèi)容編排如下：分類目次；文摘著錄格式說明；文摘正文；主題索引；著者索引。第四十三頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三荷蘭《醫(yī)學(xué)文摘》(EM)-著錄格式第四十四頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三荷蘭《醫(yī)學(xué)文摘》(EM)-主題索引EM的主題詞概念和IM、中目一樣，但它有以下幾個特點：①主題詞多，有19.5000個，而IM只有16000個，所以說它的規(guī)范化程度不高，雖然也有一個類似MESH表的“醫(yī)學(xué)標(biāo)引詞匯總表”（MALIMET），但一般不使用。②EM主題詞是自然語序，沒有倒裝③詞組多見EM主題索引的主題詞按字順排，編排采用主題詞輪排。EM主題詞是檢索用主題詞，這些詞合起來可構(gòu)成一個簡要的文獻內(nèi)容提要，幫助你了解內(nèi)容，決定取舍。第四十五頁，共五十四頁，編輯于2023年，星期三荷蘭《醫(yī)學(xué)文摘》(EM)-主題索引Calcium,calciumchannelblockingagent,mibefradil,pharmacokinetics,pharmacology,1559-essentialhypertension,magn