醫(yī)院實驗中心樣本和樣本庫講義

醫(yī)院實驗中心樣本和樣本庫樣本的用途隊列研究（略）關(guān)聯(lián)研究，最小數(shù)量：100條等位基因——已經(jīng)落伍GWAS（全基因組關(guān)聯(lián)）研究：500份/組病例對照研究多因素分析各種組學(xué)研究2細(xì)胞、組織和器官全血（抗凝，最好不用肝素）血漿（含有DNA、RNA）血清生物體液（尿液、胸水、CSF、羊水、唾液）DNARNA蛋白等樣本的種類3什么是完整有用的樣本要求：臨床和背景資料齊全有編號、易檢索（條形碼管理）納入合適的樣本庫保存條件合格無降解無污染數(shù)據(jù)庫要素：病人一般資料臨床特點家族資料樣品管理家系調(diào)查網(wǎng)絡(luò)組4一般資料病人編號、病歷號體檢、異常體征、畸形、智商胎次圍產(chǎn)期病史生長發(fā)育史既往病史相關(guān)臨檢結(jié)果特殊生化檢查(如酶學(xué))電生理等特殊檢查結(jié)果影像學(xué)資料6家族資料病人編號父母姓名、職業(yè)、生活環(huán)境和生育年齡父母親緣關(guān)系：三代以內(nèi)近親、三代以外遠(yuǎn)親、同村同姓(是否隔離群)、無親緣關(guān)系按規(guī)定符號繪制家系圖流產(chǎn)、死產(chǎn)史孕期合并癥、服藥情況、化學(xué)品接觸史、射線接觸史、感染史一級親屬：父、母、兄、弟、姐、妹等、二級親屬：祖父、祖母、外祖父、外祖母等其他親屬受累情況7因地制宜地制訂SOP

(StandardOperationProtocols)

中心實驗室有關(guān)標(biāo)本的規(guī)定：

標(biāo)本的采集、驗收和保存

接收樣本及拒收樣本的相關(guān)規(guī)定

拒收標(biāo)本記錄表

不合格標(biāo)本回執(zhí)單

標(biāo)本超低溫保存指南

樣本庫和數(shù)據(jù)庫管理員崗位職責(zé)

89不同目的標(biāo)本凍存期限對象保存環(huán)境保存期限白細(xì)胞/皮膚細(xì)胞*低溫≤?20C°1年EBV轉(zhuǎn)化淋巴細(xì)胞系*凍存液氮無限組織冰凍?80C°3年毛發(fā)(帶毛囊)低溫≤?20C°1年口腔脫落細(xì)胞低溫≤?20C°1年DNA高鹽冷藏4C°10年RNA全血(抗凍劑)低溫?20/?80C°1年/3年蛋白粗提物低溫≤?70C°半年液體血漿/血清?20C°不反復(fù)凍融1年凍干血漿/血清2~8C°1年*白細(xì)胞可經(jīng)EBV轉(zhuǎn)化建立永生細(xì)胞株，皮膚成纖維細(xì)胞可培養(yǎng)。均可永久保存無限擴(kuò)增10生物樣本庫定義經(jīng)濟(jì)合作與發(fā)展組織（OECD）的定義：

生物樣本庫（Biobank）是“一種集中保存各種人類生物材料，用于疾病的臨床治療和生命科學(xué)研究的生物應(yīng)用系統(tǒng)”又稱生物銀行（Biobank），主要是指標(biāo)準(zhǔn)化收集、處理、儲存和應(yīng)用健康和疾病生物體的生物大分子、細(xì)胞、組織和器官等樣本（包括人體器官組織、全血、血漿、血清、生物體液或經(jīng)處理過的生物樣本（DNA、RNA、蛋白等）以及與這些生物樣本相關(guān)的臨床、病理、治療、隨訪、知情同意等資料及其質(zhì)量控制的信息管理與應(yīng)用系統(tǒng)。12生物樣本庫現(xiàn)狀-國際美國，1949年創(chuàng)建了美國海軍組織庫；

2007年，全美的生物樣本庫產(chǎn)品使用量就達(dá)到了150萬件；

2009年9月，美國國家癌癥研究所NCI建立第一個國家級腫瘤生物樣本庫；歐洲，1952年建立了UniversityHospitalHradecKralove組織庫（捷克）；

2001年建立了泛歐洲生物樣本庫與生物分子資源研究平臺（BBMRI）,有來自歐洲的30多個國家超過280個機(jī)構(gòu)加入，有超過1000萬例樣本的資源；13生物樣本庫的意義14已有實驗室和新規(guī)劃實驗的的基建、擺放設(shè)計凍存管標(biāo)簽均是手寫，字跡模糊，安全性難以保證困擾樣本存儲和樣本信息存儲多套系統(tǒng)，數(shù)據(jù)統(tǒng)計復(fù)雜樣本的質(zhì)量控制措施不理想，樣本質(zhì)量不受控超低溫保存箱的空間利用率低，樣本的位置難以定位生物樣本庫建設(shè)存在的困擾15國際上成熟的大型庫瑞士Hamilton：BiOS美國熱電（據(jù)說停產(chǎn)更新）：BioBanks英國/TTP：LabTech瑞士TECAN16大型庫代表——BiOS(瑞士)1200萬元/I期SystemEnclosureSampleProcessingInternalRoboticsConfigurationTypesServiceAccessRefrigerationSystemsStorageCompartments-80°CTubePickerUserAccessSoftwareBiOS–ProductOverviewStartingat:Approx.500,0001.4mltubes:7mx4.2mx2.9m23ftx13ftx10ftUpto:Approx.13Million1.4mltubes:20mx10mx4.8m70ftx33ftx16ft7m(23ft)2.9m(10ft)4.2m(13.2ft)20m(66ft)4.8m(16ft)10m(33ft)標(biāo)準(zhǔn)96孔存儲盒Hamilton高密度存儲盒最大樣本數(shù)量單一箱體容量系統(tǒng)容量高密度存儲盒系統(tǒng)容量Matrix0.3mL,內(nèi)螺旋蓋672’000193萬959’000275萬Matrix0.5mL,隔膜蓋650’000185萬928’000265萬FluidX0.3mL,外螺旋蓋715‘000205萬n/an/aFluidX0.5mL,內(nèi)螺旋蓋542‘000155萬774‘000220萬Micronic0.5mL,內(nèi)螺旋蓋542‘000155萬774‘000220萬FluidX0.7mL,外螺旋蓋542‘000155萬n/an/aMatrix0.5mL內(nèi)螺旋蓋412‘000115萬588‘000175萬19其他幾種美國ThermoBiobanks：容量22萬個標(biāo)準(zhǔn)0.5ml凍存管，工作溫度-80℃，-80℃儲存單元不可擴(kuò)展；或容量6萬個標(biāo)準(zhǔn)0.3ml凍存管8萬個（96孔板810個）英國/TTPLabTech：最新的全自動模塊化生物樣品儲存裝置，具有小體積、大容量的-80°C樣品儲存特點。20標(biāo)本庫的構(gòu)成與核心區(qū)域規(guī)劃：緩沖區(qū)核心：庫區(qū)監(jiān)控室樣本接收區(qū)樣本處理區(qū)輔助功能區(qū)：用品庫、辦公室、更衣室21虛擬設(shè)備管理科研項目管理隨訪計劃管理基礎(chǔ)數(shù)據(jù)管理組織架構(gòu)管理條碼信息管理數(shù)據(jù)接口管理患者信息管理生物樣本庫管理信息系統(tǒng)系統(tǒng)配置管理信息安全管理樣本信息查詢樣本資源管理12大功能模塊緊密關(guān)聯(lián)而又相互獨立三層架構(gòu)集中式部署自動數(shù)據(jù)備份安全省心日志系統(tǒng)記錄進(jìn)入系統(tǒng)的所有操作基礎(chǔ)數(shù)據(jù)一次性維護(hù)221、軟件——標(biāo)本管理系統(tǒng)（電腦）2、條形碼（標(biāo)簽?zāi)偷蜏兀┐蛴C(jī)3、掃碼槍（自帶二維碼管，5元/個）4、低溫冰箱（細(xì)胞最好用液氮罐）5、溫度自動報警（冷鏈）23冷鏈監(jiān)控系統(tǒng)24自定義：條碼規(guī)則、樣本類型、隨訪模板、擴(kuò)展信息、查詢條件、報表格式、預(yù)警等數(shù)據(jù)導(dǎo)入導(dǎo)出：支持歷史數(shù)據(jù)導(dǎo)、所有報表支持?jǐn)?shù)據(jù)導(dǎo)出功能；3D界面操作：操作界面化，對樣本的存、取、查、挪均可在3D實物模擬界面上實現(xiàn)；以樣本為核心：緊貼項目實際業(yè)務(wù)流程，方便快捷；接口管理：可與其他系統(tǒng)通過接口進(jìn)行數(shù)據(jù)交換，相同信息不必重復(fù)錄入。。。軟件管理方案25管理軟件選擇：自定義Thermo-----15~20萬元海爾---------5~10萬元最便宜的---2萬元26根據(jù)需求對系統(tǒng)進(jìn)行空間、樣本類型、凍存或存儲設(shè)備、用戶角色等進(jìn)行設(shè)置27預(yù)錄入樣本有兩種方法，可以在標(biāo)本庫中直接錄入標(biāo)本信息，即單個樣本的錄入2829也可以利用系統(tǒng)生成的錄入樣表批量導(dǎo)入3031對預(yù)錄入的樣本進(jìn)行出入庫管理，也可以對已入庫的標(biāo)本修改狀態(tài)、打印標(biāo)簽、導(dǎo)出信息等。32在檢索框中輸入檢索內(nèi)容，或者用掃碼槍掃描標(biāo)本的標(biāo)簽條碼，即可查詢樣本信息。3334單獨的標(biāo)本庫無大用

——需要與臨床數(shù)據(jù)庫、實驗數(shù)據(jù)庫對接3536其他要考慮的專用電腦——不聯(lián)網(wǎng)、人工備份服務(wù)器也有兩個好處：

1、容災(zāi)備份方便

2、可以遠(yuǎn)程登錄，使合作方錄入、查詢方便3、凍存管的選擇：外旋式or內(nèi)旋式

4、耐低溫（-196℃）條形碼標(biāo)簽——4000元/卷

5、條形碼打印機(jī)（貝迪、兄弟等品牌）37低溫冰箱和冷鏈38——冷鏈（ColdChainManagement）有一種自動監(jiān)控冰箱溫度的裝置39不是新生事物：食品、疫苗……如今用到超低溫范疇：-80℃～-196℃40被監(jiān)測溫度設(shè)備——低溫儲存箱冷鏈監(jiān)控設(shè)備——智能溫度記錄儀、溫度芯片輔助設(shè)備電腦||電話軟件管理平臺第四代冷鏈監(jiān)控系統(tǒng)。。設(shè)置||冰箱溫度采集||中繼||路由||短信電話報警||記錄||。。。Thereisachain…….41方案構(gòu)成原理示意圖42冷鏈監(jiān)控主要模塊簡介設(shè)備功能備注智能采集每臺設(shè)備需要一個模塊。發(fā)射范圍：空曠地帶150米。路由模塊接收智能采集數(shù)據(jù)進(jìn)行轉(zhuǎn)發(fā)。中繼模塊將智能采集數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)發(fā)到服務(wù)器。短信電話報警模塊發(fā)送短信報警。需SIM卡配合使用。冷鏈溫度管理系統(tǒng)提供表格曲線等數(shù)據(jù)報表。系統(tǒng)失控短信/音樂/郵件報警。實現(xiàn)全省數(shù)據(jù)聯(lián)網(wǎng)。數(shù)據(jù)服務(wù)器內(nèi)存2G/CPU雙核1.6G以上/硬盤140G以上/串口、網(wǎng)口各一個。Windows2003server（