單晶結(jié)構(gòu)解析課件

8/9/2023主要包含五個(gè)程序：XPREP,XS,XP,XL,XCIF主要文件：name.hkl,name.ins,name.res,name.lst,name.cif等衍射點(diǎn)文件：name.hkl(ASCII)00136.571.311003112.064.07100487057.132178.691……h(huán)klIσ(I)(3I4,2F8.2)

一、SHELXTL程序簡(jiǎn)介name.hkl,name.ins結(jié)構(gòu)解析和精修的過程，是ins文件建立和不斷更新的過程，這主要是下列過程實(shí)現(xiàn)的:XPREP、XS、XL、XP兩個(gè)必要文件(由XPREP程序產(chǎn)生)

7/31/2023主要包含五個(gè)程序：XPREP,XS,X8/9/2023其它文件

reslstpltciffcfpcftex

xs、xl、refine產(chǎn)生的文件

記錄xs、xl、refine過程和結(jié)果的文件

XP中做的圖形文件

晶體學(xué)信息文件

結(jié)構(gòu)因子文件

晶體結(jié)構(gòu)報(bào)表文件

記錄儀器型號(hào)、晶體外觀等的文件

7/31/2023其它文件resxs、xl、refine產(chǎn)8/9/2023

SHELXTL程序運(yùn)行圖XPREP確定空間群建立.ins文件name.hklname.insname.hklname.p4pXS解初結(jié)構(gòu)XL最小二乘修正等XP畫圖XCIF打印表格name.resname.insname.resname.hkl改名改名name.ins結(jié)構(gòu)圖name.cif7/31/2023SHELXTL程序運(yùn)行圖XPREPna8/9/2023二、數(shù)據(jù)處理--XPREP運(yùn)行步驟：1.從name.hkl文件(若存在)或name.raw文件中讀入衍射點(diǎn)；2.從name.p4p或鍵盤獲得單胞參數(shù)及誤差3.判斷晶格類型4.尋找最高對(duì)稱性5.確定空間群6.輸入分子7.建立name.hkl和name.ins7/31/2023二、數(shù)據(jù)處理--XPREP運(yùn)行步驟：1.從8/9/2023*XPREP的主要功能和應(yīng)用單擊進(jìn)入XPREP程序根據(jù)程序的提示輸入晶胞參數(shù)選擇可能的晶格程序則顯示以下菜單：[D]Read,ModifyorMergeDATDSETS[P]ContourPATTERSONSecions[H]SearchforHIGHERmertricsymmetry[S]DetermineorinputSPACEGROUP讀入、更改、合并衍射數(shù)據(jù)計(jì)算顯示Patterson截面尋找更高的對(duì)稱性確定或輸入已知的空間群7/31/2023*XPREP的主要功能和應(yīng)用單擊進(jìn)入XP8/9/2023[A]ApplyABSORPTIONcorrections[M]TestforMEROHEDRALTWINNING[L]ResetLATTICEtypeofOriginalCell[C]Defineunit-cellCONTENTS[F]SetupSHELXTLFILES[R]RECIPROCALSpaceDisplays[U]UNIT-CELLtransformations[T]ChangeTOLERANCES[O]Self-rotaionfunction[Q]QuitProgram吸收校正重設(shè)原始晶胞的晶格類型孿晶缺面試驗(yàn)定義單胞的化學(xué)組成建立計(jì)算指令文件顯示倒易空間轉(zhuǎn)換晶胞改變一些變量的容忍值自旋函數(shù)退出程序7/31/2023[A]ApplyABSORPTION8/9/2023

3910Reflectionsreadfromfileylid.hkl;mean(I/sigma)=27.80Latticeexceptions:PABCIFObvRevAllN(total)=019481951198119452940259626043910N(int>3sigma)=018901878191818812843251425243780Meanintensity=0.0109.2106.3103.4111.7106.3108.5110.3108.8Meanint/sigma=0.027.826.728.027.727.527.827.727.8SelectOption[P]:判斷晶格類型：判斷標(biāo)準(zhǔn)：I/(I)?7/31/20233910Reflectionsrea8/9/2023SEARCHFORHIGHERMETRICSYMMETRY------------------------------------------------------------------------------OptionA:FOM=0.025deg.ORTHORHOMBICP-latticeR(int)=0.022[3032]Cell:5.9659.04218.40390.0090.0290.01Volume:992.52Matrix:1.00000.00000.00000.00001.00000.00000.00000.00001.0000SelectOption[A]:尋找最高對(duì)稱性：判斷標(biāo)準(zhǔn)：R(int)，盡量選用最高對(duì)稱性，R(int)在0.15以下一般即可認(rèn)為對(duì)稱性成立。不要隨意降低對(duì)稱性。若太多不能在一屏上顯示時(shí)可中斷，再查閱生成的PRP文件7/31/2023SEARCHFORHIGHERMET8/9/2023確定空間群：按照晶系，晶格類型，E值統(tǒng)計(jì)，消光特點(diǎn)來判斷空間群，并給出了可能的空間群及其對(duì)應(yīng)的綜合因子CFOM，CFOM越小，空間群的可能性越大，CFOM小于1表明建議的空間群很大可能是正確的，而大于10則很可能是錯(cuò)誤的，小于10的空間群一般認(rèn)為可以接受的?？臻g群的類型centronon-centrochiral7/31/2023確定空間群：按照晶系，晶格類型，E值統(tǒng)計(jì)，8/9/2023SPACEGROUPDETERMINATION……Mean|E*E-1|=0.713[expected.968centrosymand.736non-centrosym]ChiralflagNOTsetSystematicabsenceexceptions: b-- c-- n-- 21-- -c- -a- -n- -21- --a --b --n --21N 247 240 237 6 156 155 153 6 74 74 76 11N(I>3s) 231 224 221 4 144 141 127 0 70 68 66 3<I> 113.3 120.8 139.2 0.8 187.9 194.4 108.3 0.1 131.0 139.3 102.7 1.1<I/s> 28.7 27.3 28.2 9.3 29.5 29.3 23.5 1.3 26.1 27.4 26.0 5.2Option SpaceGroup No. Type Axes CSD R(int) N(eq) Syst.Abs. CFOM[A] P222(1) #17 chiral 5 26 0.022 3032 1.3/5.2 5.73[B] P2(1)2(1)2 #18 chiral 3 359 0.022 3032 5.2/9.3 2.37SelectOption[B]:E值統(tǒng)計(jì)并不很準(zhǔn)確，大部分晶體都是有心的，應(yīng)該盡量選取有心空間群，只有在有心空間群無法解釋時(shí)才選用無心空間群，而且最后還必須檢查化合物以確認(rèn)確實(shí)不具有心對(duì)稱性。7/31/2023SPACEGROUPDETERMINA8/9/2023結(jié)構(gòu)的解析(XS)1)結(jié)構(gòu)解析的基本原理XS用直接法或Patterson法解決相角問題，試驗(yàn)性找出部分原子或重原子的位置（坐標(biāo)）*所謂直接法（directmethods），就是運(yùn)用數(shù)學(xué)的方法，利用不同衍射點(diǎn)的關(guān)系，從大量強(qiáng)度數(shù)據(jù)中，直接找出各個(gè)衍射點(diǎn)的相角，從而達(dá)到解析晶體結(jié)構(gòu)的目的。其過程概括如下：

a將|Fo|轉(zhuǎn)化為歸一化結(jié)構(gòu)因子|Eo|

b建立可以利用正切公式的三相角及四相角關(guān)系

c賦于起始相角

d利用正切公式精修相角

7/31/2023結(jié)構(gòu)的解析(XS)1)結(jié)構(gòu)解析的基本原8/9/2023e計(jì)算診斷指標(biāo)，判斷各套相角的質(zhì)量

f采用診斷指標(biāo)最佳的相角數(shù)據(jù)計(jì)算解析電子密度圖，即E圖

*Patterson法是其本人1934年提出，通常只用來解析含有重原子的結(jié)構(gòu)

用這種方法時(shí)，首先利用重原子的特征峰，即Harker峰，求出重原子坐標(biāo)，再通過Fourier合成獲得其它原子的坐標(biāo)

Harker峰，或Harker截面，就是同一套等效的原子組成的Patterson峰，由于平方效應(yīng)，重原子的Harker峰會(huì)顯得十分突出，尋找起來一般比較容易。因此，可以輕松地從分析重原子的Harker峰，得到重原子的坐標(biāo)

7/31/2023e計(jì)算診斷指標(biāo)，判斷各套相角的質(zhì)量f8/9/20232)用XS程序定出結(jié)構(gòu)雛形（初始套）一般先試直接法，再試Pattson法，用什么方法是通過改變Edit.ins文件中的指令來實(shí)現(xiàn)的直接法：TITL020908binC2/cCELL0.71073030.19278.517513.910890.000095.130090.0000ZERR8.000.01460.00420.00710.00000.01000.0000LATT7SYMM-X,Y,0.5-ZSFACCHNOCrUNIEMP25TREFHKLF4END7/31/20232)用XS程序定出結(jié)構(gòu)雛形（初始套）8/9/2023Patterson法：TITL020908binC2/cCELL0.71073030.19278.517513.910890.000095.130090.0000ZERR8.000.01460.00420.00710.00000.01000.0000LATT7SYMM-X,Y,0.5-ZSFACCHNOCrUNIEMP25PATTHKLF4END7/31/2023Patterson法：TITL020908/9/2023XS計(jì)算結(jié)果的評(píng)估#直接法，RE越小越好，一般大于0.3，就預(yù)示著不成功，可以嘗試用Patterson法來解7/31/2023XS計(jì)算結(jié)果的評(píng)估#直接8/9/20237/31/20238/9/20237/31/20238/9/20237/31/20238/9/20237/31/20238/9/2023TPTZ的水解及裂解結(jié)果7/31/2023TPTZ的水解及裂解結(jié)果8/9/2023XP的使用：XP程序的進(jìn)入：點(diǎn)XP菜單read(reap)文件名FMOL

[ent]7/31/2023XP的使用：XP程序的進(jìn)入：點(diǎn)XP菜單8/9/2023XP的常用指令(字母大小寫通用)指令含義ARAD0.301.52A1指定原子半徑CELL顯示晶胞參數(shù)CENT/xAtomnames計(jì)算并顯示指定原子的中心DRAW

filename打印結(jié)構(gòu)圖或轉(zhuǎn)換圖形文件ENVI

n

A1顯示指定原子的環(huán)境EXAM顯示該通道中所有的文件EXIT

退出XPFILE

filenames存儲(chǔ)XP中產(chǎn)生的文件FMOL/n讀入數(shù)據(jù)FUSE刪除所有對(duì)稱操作產(chǎn)生的原子GROW長(zhǎng)出完整的分子填充球半徑成鍵半徑原子名(或$A)指定顯示的范圍加/x同時(shí)給中心點(diǎn)X1A7/31/2023XP的常用指令(字母大小寫通用)指8/9/2023指令含義INFO

(A1)顯示一個(gè)或所有原子的結(jié)構(gòu)信息ISOTAtomnames將指定原子轉(zhuǎn)換成各向同性JOINn

Atompairs改變?cè)娱g的鍵連方式KILL

Atomnames刪除指定的原子（或Q）LABLcodesize定義如何標(biāo)注原子和標(biāo)簽的大小LINEAtompair計(jì)算兩原子間的連線LINK

n

Atompair改變?cè)娱g的鍵連方式MATR

n指定所顯示圖形的取向MPLNAtomnames

計(jì)算指定原子的平面和二面角NAME

X1A1重新命名原子NEXT讀出SAVE指令保存的文件PACK產(chǎn)生晶體堆積圖指定鍵的類型，n=1：立體實(shí)線；2：空地實(shí)線；3：立體虛線；4：空地虛線；5：實(shí)線；6：虛線；缺省值為1指定標(biāo)簽的類型，0：不標(biāo)；1：沒括號(hào)不標(biāo)H；2：帶括號(hào)不標(biāo)H；3：沒括號(hào)標(biāo)H；4：帶括號(hào)標(biāo)H指定標(biāo)簽的大小，缺省值600，常用值300--500將前者改為后者，也可用通用符，如??A??表示觀看或投影圖形的取向，1：沿a軸；2：沿b軸；3：沿c軸如果計(jì)算了多個(gè)平面，則還給出了此平面與前幾個(gè)平面的二面角；如果改用MPLN/n，則可計(jì)算出重疊較少，較清楚的圖形取向7/31/2023指令含8/9/2023指令含義PBOX

wdxcyczc定義格子寬度、深度和中心坐標(biāo)PROJ

cell顯示旋轉(zhuǎn)目標(biāo)圖形PUSH

dxdydz

sign移動(dòng)原子坐標(biāo)SAVEfilename保存文件SGEN

s

Atomnames根據(jù)對(duì)稱操作碼產(chǎn)生新原子SYMM顯示該結(jié)構(gòu)的所有對(duì)稱操作碼TELP

spbdkeywords畫、保存圖形文件（plt文件）UNDOAtompair刪除指定原子間的鍵連UNIQAtomnames獨(dú)立出指定原子所在的單元VIEWfilename顯示TELP指令保存的文件通常為缺省值0.5、0.5、0.5寬度，通常上下為左右的0.75以cm為單位的點(diǎn)距，缺省值為50觀察晶胞或堆積圖加之坐標(biāo)變量標(biāo)識(shí)碼，必須為+1或-1

也類似于MOVE，在XP中代替INVI對(duì)稱操作碼，由ENVI指令得到用度表示的立體視角，常用0：為一維圖畫熱橢球的probability,

負(fù)值為熱橢球鍵線的寬度，缺省值為0.05深度特定關(guān)鍵詞cell，可在圖上加上單元晶胞，畫晶胞和堆積圖時(shí)前幾項(xiàng)可省略注：Atomnames等可用通用符“？”來表示一個(gè)字符；或用CmtoCn來表示連續(xù)排列的Cm到Cn；或用$C、$Q、$H等表示同一類原子7/31/2023指令含8/9/2023計(jì)算平面和二面角：MPLNC1C2O4N3N4[ent]

MPLNC5TOO8[ent]

MPLNC1TOC12[ent]

顯示平面方程、原子到平面的距離、二面角、直線和平面間的夾角等信息計(jì)算π-π堆積作用：CENT/XC1TOC6[ent]

ENVIX1A

2

[ent]

SGEN2564C1TOC6[ent]

CENT/XC1ATOC6A[ent]

LINEX1AX1B[ent]

MPLNC1TOC6[ent]

MPLNC1ATOC6A[ent]

產(chǎn)生苯環(huán)（C1-C6）的中心X1A顯示X1A周圍δ為2距離內(nèi)的原子及其操作碼產(chǎn)生新的原子C1A-C6A可獲得苯環(huán)的平面方程、中心到平面的距離、環(huán)上C到另一環(huán)平面的距離、二面角、中心連線與平面的夾角中心間的距離等ENVIX1A

2

[ent]

7/31/2023計(jì)算平面和二面角：MPLNC1C28/9/2023畫π-π堆積作用圖：CENT/XC1TOC6[ent]

ENVIX1A2

[ent]

SGEN2564C1TOC6[ent]

CENT/XC1ATOC6A[ent]

LINKX1AX1B[ent]

TELP[ent]

DRAWPai[ent]

KILL無關(guān)的原子[ent](或用uniq、fuse等指令）Pai.pltX1AX1BC1A—C6A7/31/2023畫π-π堆積作用圖：CENT/XC18/9/2023二、常用的XL指令

指令含義ACTA產(chǎn)生cif文件AFIX將原子坐標(biāo)強(qiáng)制性地固定在指定位置上，或在指定位置上產(chǎn)生原子ANIS將各向同性換成各向異性精修BOND計(jì)算鍵長(zhǎng)、鍵角(加$H包括H的鍵長(zhǎng)、鍵角)BIND計(jì)算指定原子對(duì)的鍵長(zhǎng)、鍵角CONF計(jì)算扭轉(zhuǎn)角DELU限制指定原子具有相似的位移參數(shù)DFIX限定指定原子對(duì)間的距離EADP給兩個(gè)或多個(gè)原子指定相同的位移參數(shù)7/31/2023二、常用的XL指令指令含8/9/2023指令含義END指令輸入結(jié)束EQIV提供分子內(nèi)或分子間鍵合原子的對(duì)稱操作碼ESEL限制E值的下、上限EXTI對(duì)晶體消光效應(yīng)參數(shù)進(jìn)行精修EXYZ讓兩個(gè)或多個(gè)原子具有相同的坐標(biāo)FLAT限制指定原子在相同的平面上FMAP所計(jì)算Fourier圖的類型FREE不計(jì)算指定原子對(duì)的鍵長(zhǎng)、鍵角FVAR全比例系數(shù)HFIX限制H原子在理想位置上HKLF衍射數(shù)據(jù)的格式HTAB計(jì)算氫鍵7/31/2023指令含義EN8/9/2023指令含義ISOR限制指定原子的位移參數(shù)類似于各向同性L.S.指定XL中用最小二乘法進(jìn)行精修的輪數(shù)LATT晶格的類型.依次為:PIRFABC,無心為負(fù)值MOVE移動(dòng)或轉(zhuǎn)換坐標(biāo)MPLA計(jì)算平面OMIT忽略指定的衍射點(diǎn)或限定theta角范圍PART劃分成鍵原子的范圍（用于無序結(jié)構(gòu)）PLAN計(jì)算和列出Q峰的數(shù)目SFAC晶體中存在的原子的種類SIMU限制指定范圍內(nèi)的原子有相同的位移參數(shù)SIZE晶體的大小7/31/2023指令含義IS8/9/2023指令含義SYMM所屬空間群的對(duì)稱操作TEMP衍射數(shù)據(jù)收集的溫度TITL樣品的編號(hào)（或名稱）和空間群UNIT晶胞中每種原子的總個(gè)數(shù)WGHT指定所用權(quán)重ZERR晶胞中分子個(gè)數(shù)和晶胞參數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)偏差7/31/2023指令含義SY8/9/20237/31/20238/9/2023

如果在精修過程中，U值急劇增大，說明該原子并非存在

如果U偏大，該位置可能是一個(gè)更輕的原子

如果U偏小，則可能是一個(gè)更重的原子

還要注意殘余峰的大小，如果其大于1就應(yīng)考慮是不是還有未發(fā)現(xiàn)的非氫原子

在Edit.ins文件中加ANIS指令,用XL進(jìn)行,這樣可更確切地表達(dá)電子云的真實(shí)分布情況，所以R1值會(huì)明顯下降

B對(duì)所有的非氫原子進(jìn)行各向異性精修7/31/2023如果在精修過程中，U值急劇增大，說8/9/2023可用Flack參數(shù)（cif文件中）來確定絕對(duì)結(jié)構(gòu)

其值接近于0，且標(biāo)準(zhǔn)偏差很小(大于0.3表示沒有足夠強(qiáng)的反常散射能力,絕對(duì)構(gòu)型不能確定)時(shí)，表示正確；如果等于或非常接近于1，且標(biāo)準(zhǔn)偏差很小，則表示此絕對(duì)結(jié)構(gòu)是錯(cuò)誤的，其倒反結(jié)構(gòu)

才是正確的。方法是：在ins文件中加入指令“MOVE111-1”，再精修對(duì)于非中心對(duì)稱的空間群7/31/2023可用Flack參數(shù)（cif文件中）來確定絕8/9/2023例外的7個(gè)極性空間群的反轉(zhuǎn)指令：Fdd2move0.250.251–1I41move10.51–1I4122move10.50.25–1I41mdmove10.51–1I41cdmove10.51–1I-42dmove10.50.25–1I4132move0.250.250.25–17/31/2023例外的7個(gè)極性空間群的反轉(zhuǎn)指令：Fdd8/9/2023對(duì)于具有確定立體結(jié)構(gòu)的有機(jī)基團(tuán)，可采用理論加氫；對(duì)于無法理論加氫的，如水分子，可從差值Fourier圖中找出氫原子，參加精修的情況視數(shù)據(jù)的質(zhì)量而定計(jì)算/指認(rèn)并精修氫原子理論加氫的方法HFIXmn需加氫原子名（產(chǎn)生AFIX固定）m是一或兩位數(shù)，指定氫的類型：

=1叔-H，=2仲-H，=3（或13）伯-H，

=4芳-H，=8（或14）

X-O-H，

=9X=CH2或X-NH2，=15籠狀B-H7/31/2023對(duì)于具有確定立體結(jié)構(gòu)的有機(jī)基團(tuán)，可8/9/2023n是一位數(shù)，指定固定的類型：

=1坐標(biāo)、占有率、位移因子固定，

=2占有率、位移因子固定，

=3（或7）坐標(biāo)固定，

=4同3，但允許修正X-H的鍵長(zhǎng)（方向固定）進(jìn)行XL精修,然后檢查H加的是否合理，如不合理，修改不合理的部分，再用XL繼續(xù)精修7/31/2023n是一位數(shù)，指定固定的類型：進(jìn)行XL精8/9/20232.CIF文件

上世紀(jì)90年代初，為了方便晶體常數(shù)通過計(jì)算機(jī)和網(wǎng)絡(luò)傳輸和存取，國(guó)際晶體學(xué)會(huì)建立了一套晶體學(xué)信息文件（crystallographicinformationfile，簡(jiǎn)稱cif）標(biāo)準(zhǔn)*CIF格式簡(jiǎn)介：cif為ASCII碼文件，只允許使用普通鍵盤上的字符其它字符必須用特定的代碼表示，每行要小于80字符不需使用斜體、粗體、下劃線等，如果需要，它能自動(dòng)識(shí)別轉(zhuǎn)換，如空間群等指定單位的數(shù)據(jù)，不需加單位WORD等文字處理軟件的文件須存為純文體文件7/31/20232.CIF文件上世紀(jì)98/9/2023cif文件的術(shù)語：textstring數(shù)據(jù)串，由空格、引號(hào)或分號(hào)為起止符dataname數(shù)據(jù)串名稱，以下劃線“_”開頭dataitem數(shù)據(jù)項(xiàng)，不以“_”開頭、緊接名稱的數(shù)據(jù)串dataloop數(shù)據(jù)環(huán)，若干數(shù)據(jù)名稱，前冠以“l(fā)oop_”,后跟多行的數(shù)據(jù)表datablock數(shù)據(jù)塊，數(shù)據(jù)名稱、項(xiàng)(也可為環(huán))的集合cif格式的性質(zhì)：A.在數(shù)據(jù)環(huán)中，名稱及項(xiàng)的次序并不重要，塊亦然B.每個(gè)數(shù)據(jù)名稱必跟數(shù)據(jù)項(xiàng)，如沒有應(yīng)加“？”7/31/2023cif文件的術(shù)語：textstring8/9/2023C.在CIF中，可增加一些需要的數(shù)據(jù)，書寫格式為：由空格限定的數(shù)據(jù)串中間不能有空格。如：_diffrn_ambient_temperature293

(2)_diffrn_radiation_wavelength0.71073_diffrn_radiation_typeMoK\a由單引號(hào)限定的數(shù)據(jù)串中可有空格，但不能超過一行_computing_structure_solution'SHELXS-97(Sheldrick,1990)'

_computing_structure_refinement'SHELXL-97(Sheldrick,1997)'由分號(hào)限定的數(shù)據(jù)串中可有空格，也可超過一行_refine_ls_weighting_details

'calcw=1/[\s^2^(Fo^2^)+(0.0745P)^2^+0.0000P]'7/31/2023C.在CIF中，可增加一些需要的數(shù)據(jù)，書8/9/2023_refine_special_details;RefinementofF^2^againstALLreflections.TheweightedR-factorwRandgoodnessoffitSarebasedonF^2^,conven-tionalR-factorsRarebasedonF,withFsettozerofornega-tiveF^2^.ThethresholdexpressionofF^2^>2sigma(F^2^)isusedonlyforcalculatingR-factors(gt)etc.andisnotrelevanttothechoiceofreflectionsforrefinement.R-factorsbasedonF^2^arestatisticallyabouttwiceaslargeasthosebasedonF,andR-factorsbasedonALLdatawillbeevenlarger.;特殊的格式或符號(hào)有特定的書寫規(guī)定：~3~和^3^分別表示3是上下標(biāo)\%A=A,\%=°,\s=σ,\p=π,\m=μ,\q=θ,\w=ω,\f=φ……°7/31/2023_refine_special_detai8/9/2023計(jì)算機(jī)能把cif文件完全機(jī)械化地譯成規(guī)定的格式，但有細(xì)微的錯(cuò)誤也會(huì)表現(xiàn)出來。因此寫好的cif文件，一定要用檢查程序做檢查?？芍苯拥卿浵旅婢W(wǎng)站，進(jìn)行檢查。http:///services/cif/checkcif.html*CIF文件實(shí)例：data_020910c

_audit_creation_methodSHELXL-97_chemical_name_systematic;?;產(chǎn)生cif文件程序名稱7/31/2023計(jì)算機(jī)能把cif文件完全機(jī)械化地譯成規(guī)定的8/9/2023_chemical_name_common?_chemical_melting_point?_chemical_formula_moiety?_chemical_formula_sum'C14H41Cu2FeN14O4.50'_chemical_formula_weight660.54loop__atom_type_symbol_atom_type_description_atom_type_scat_dispersion_real_atom_type_scat_dispersion_imag_atom_type_scat_source'C''C'0.00330.0016'InternationalTablesVolCTablesand''H''H'0.00000.0000………………._symmetry_cell_settingmonoclinic_symmetry_space_group_name_H-Mc2/c晶系名稱空間群名稱散射因子的來源的數(shù)據(jù)環(huán)7/31/2023_chemical_name_common8/9/2023loop__symmetry_equiv_pos_as_xyz'x,y,z''-x,y,-z+1/2''x+1/2,y+1/2,z''-x+1/2,y+1/2,-z+1/2''-x,-y,-z''x,-y,z-1/2''-x+1/2,-y+1/2,-z''x+1/2,-y+1/2,z-1/2'

用坐標(biāo)xyz表示的對(duì)稱操作碼的數(shù)據(jù)環(huán)7/31/2023loop_用坐標(biāo)xyz表示的對(duì)稱操作碼的8/9/2023

_cell_length_a13.481(7)_cell_length_b13.497(7)_cell_length_c31.069(15)_cell_angle_alpha90.00_cell_angle_beta93.547(8)_cell_angle_gamma90.00_cell_volume5642(5)_cell_formula_units_Z8_cell_measurement_temperature298(2)_cell_measurement_reflns_used1697_cell_measurement_theta_min2.264_cell_measurement_theta_max20.187

晶胞參數(shù)用于確定晶胞參數(shù)的衍射點(diǎn)的數(shù)量用于確定晶胞參數(shù)的衍射點(diǎn)的最大和最小θ值7/31/2023晶胞參數(shù)用于確定晶胞參數(shù)的衍射點(diǎn)的數(shù)量用8/9/2023_exptl_crystal_description?_exptl_crystal_colour?_exptl_crystal_size_max0.25_exptl_crystal_size_mid0.15_exptl_crystal_size_min0.09_exptl_crystal_density_meas?_exptl_crystal_density_diffrn1.555_exptl_crystal_density_method'notmeasured'_exptl_crystal_F_0002744_exptl_absorpt_coefficient_mu2.050_exptl_absorpt_correction_typemulti-scan_exptl_absorpt_correction_T_min0.6282_exptl_absorpt_correction_T_max0.8370_exptl_absorpt_process_details'SADABS(Sheldrick,1996)‘_exptl_special_details;?;衍射用晶體的形狀衍射用晶體的顏色衍射用晶體的尺寸計(jì)算密度單胞中電子數(shù)線性吸收系數(shù)吸收校正方法最小透過率最大透過率吸收校正的程序7/31/2023_exptl_crystal_descri8/9/2023_diffrn_ambient_temperature298(2)_diffrn_radiation_wavelength0.71073_diffrn_radiation_typeMoK\a_diffrn_radiation_source'fine-focussealedtube'_diffrn_radiation_monochromatorgraphite_diffrn_measurement_device_type'CCDareadetector'_diffrn_measurement_method‘/f(ψ)and/w(ω)scans'_diffrn_detector_area_resol_mean?_diffrn_standards_number?_diffrn_standards_interval_count?_diffrn_standards_interval_time?_diffrn_standards_decay_%?_diffrn_reflns_number14631_diffrn_reflns_av_R_equivalents0.0744_diffrn_reflns_av_sigmaI/netI0.1145溫度波長(zhǎng)射線類型光源單色器CCD可以不填衍射點(diǎn)總數(shù)等效點(diǎn)平均標(biāo)準(zhǔn)偏差平均背景與平均衍射強(qiáng)度比衍射儀名稱掃描方式7/31/2023_diffrn_ambient_tempe8/9/2023_diffrn_reflns_limit_h_min-16_diffrn_reflns_limit_h_max16_diffrn_reflns_limit_k_min-11_diffrn_reflns_limit_k_max16_diffrn_reflns_limit_l_min-32_diffrn_reflns_limit_l_max36_diffrn_reflns_theta_min1.31_diffrn_reflns_theta_max25.03_reflns_number_total4993_reflns_number_gt2395_reflns_threshold_expression>2sigma(I)

_computing_data_collection'SMART(Siemens,1996)'_computing_cell_refinement'SMART'_computing_data_reduction'SAINT(Siemens,1996)'_computing_structure_solution'SHELXS-97(Sheldrick,1997a)'最小與最大衍射指標(biāo)最小與最大θ角參加精修的衍射數(shù)目強(qiáng)度大于2σ的衍射數(shù)目采用的程序7/31/2023_diffrn_reflns_limit_8/9/2023_computing_structure_refinement'SHELXL-97(Sheldrick,1997a)'_computing_molecular_graphics'SHELXTL(Sheldrick,1997b)'_computing_publication_material'SHELXTL'

_refine_special_details;RefinementofF^2^againstALLreflections.TheweightedR-factorwRandgoodnessoffitSarebasedonF^2^,conventionalR-factorsRarebasedonF,withFsettozerofornegativeF^2^.ThethresholdexpressionofF^2^>2sigma(F^2^)isusedonlyforcalculatingR-factors(gt)etc.andisnotrelevanttothechoiceofreflectionsforrefinement.R-factorsbasedonF^2^arestatisticallyabouttwiceaslargeasthosebasedonF,andR-factorsbasedonALLdatawillbeevenlarger.;

采用的程序精修中需要說明的問題7/31/2023_computing_structure_8/9/2023_refine_ls_structure_factor_coefFsqd_refine_ls_matrix_typefull_refine_ls_weighting_schemecalc_refine_ls_weighting_details

'calcw=1/[\s^2^(Fo^2^)+(0.0000P)^2^+0.0000P]whereP=(Fo^2^+2Fc^2^)/3'_atom_sites_solution_primarydirect_atom_sites_solution_secondarydifmap_atom_sites_solution_hydrogensgeom_refine_ls_hydrogen_treatmentmixed_refine_ls_extinction_methodSHELXL_refine_ls_extinction_coef0.0020(3)_refine_ls_extinction_expression'Fc^*^=kFc[1+0.001xFc^2^\l^3^/sin(2\q)]^-1/4^‘_refine_ls_number_reflns4993_refine_ls_number_parameters348_refine_ls_number_restraints15_refine_ls_R_factor_all0.1208基于F2的精修精修的矩陣類型權(quán)重方案權(quán)重的詳細(xì)資料解結(jié)構(gòu)的方法進(jìn)一步解結(jié)構(gòu)的方法加氫方法精修H的方法精修消光的方法消光校正系數(shù)消光校正方案參加精修的衍射點(diǎn)的數(shù)目參加精修的參數(shù)的數(shù)目限制參數(shù)的數(shù)目對(duì)于全部衍射點(diǎn)的R1值7/31/2023_refine_ls_structure_8/9/2023_refine_ls_R_factor_gt0.0465_refine_ls_wR_factor_ref0.0698_refine_ls_wR_factor_gt0.0621_refine_ls_goodness_of_fit_ref1.001_refine_ls_restrained_S_all1.002_refine_ls_shift/su_max0.001_refine_ls_shift/su_mean0.000

loop__atom_site_label_atom_site_type_symbol_atom_site_fract_x_atom_site_fract_y_atom_site_fract_z_atom_site_U_iso_or_equiv_atom_site_adp_type_atom_site_occupancy_atom_site_symmetry_multiplicity對(duì)于可觀測(cè)衍射點(diǎn)的R1值對(duì)于全部衍射點(diǎn)的wR2值對(duì)于可觀測(cè)衍射點(diǎn)的wR2值對(duì)于可觀測(cè)衍射點(diǎn)的S值對(duì)于全部衍射點(diǎn)的S值最后精修過程中的最大移動(dòng)值最后精修過程中的平均移動(dòng)值原子坐標(biāo)、各向同性位移參數(shù)、原子占有率等的數(shù)據(jù)環(huán)7/31/2023_refine_ls_R_factor_g8/9/2023_atom_site_calc_flag_atom_site_refinement_flags_atom_site_disorder_assembly_atom_site_disorder_groupCu1Cu0.14883(5)0.38885(6)0.37321(2)0.0446(2)Uani11d...Cu2Cu0.63210(5)0.39053(6)0.38794(2)0.0494(2)Uani11d...Fe1Fe0.38981(6)0.64597(6)0.37999(3)0.0328(2)Uani11d...N1N0.1742(3)0.2994(4)0.32332(16)0.0728(17)Uani11d...H1AH0.22530.25840.33050.087Uiso11calcR..H1BH0.12000.26240.31640.087Uiso11calcR..………………..H8H0.387(3)0.173(5)0.4315(12)0.080Uiso11dD..H9H0.369(4)0.145(5)0.3890(9)0.080Uiso11dD..

loop__atom_site_aniso_label_atom_site_aniso_U_11_atom_site_aniso_U_227/31/2023_atom_site_calc_flag8/9/2023_atom_site_aniso_U_33_atom_site_aniso_U_23_atom_site_aniso_U_13_atom_site_aniso_U_12Cu10.0491(5)0.0375(5)0.0478(5)-0.0004(4)