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顯示日志Materials-Studio論壇問答全集(轉(zhuǎn)載2008-7-1016:29:51 轉(zhuǎn) 固定鏈接 評論(0)|瀏覽Materials-Studio論壇問答全集（精選眾多論壇討論貼1、問：用MS構(gòu)造晶體時(shí)要先確立空間群,可是那些空間群的代碼是啥意思啊,看不懂,我想做的是聚乙烯醇的晶體,嘿嘿,也不知道去哪$MS_INSTALL_ROOT/MPICH/bin/mpirun$nolocal-np$nproc$MS_INSTALL_ROOT/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe$rootnameibm-console0localhost3localhost.localdomainlocalhostibm-4、問：在最后結(jié)果的dos圖中,會顯示不同電子pd的貢獻(xiàn),我想問的是,假設(shè)MS考慮的原子g的電子組態(tài)為2p63s2,那么最后的dos結(jié)果中的p是不是就是2p,跟3s的貢獻(xiàn).比如更高能量的3p是否可能出現(xiàn)在?氣總能量的MonteCarloPerdew,BurkeandEmzerhof(PBE)以及Perdew-Wangfrom1991(PW91)Becke,Lee,ParrandYang(BLYP)是經(jīng)驗(yàn)性。LYP校正采用了密度的二階L/home/sript/MSI/3.0/3rdParty/regxpcom:errorwhileloadingsharedlibraries:libcxa.so.3:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileor答：假如你有MaterialsStudio3.1的ISO版本以及l(fā)icene.dat。在linux機(jī)Studio3.1linux1、假定把MaterialsStudio3.1的iso文件mount到/home/firefox/msmount-oloop/home/firefox/MS_MODELING.iso1）、指定你要MaterialsStudio安裝到的目錄，比如/home/firefox/Mater立這樣的目錄：mkdir./msgateway_control_18888提示說Gatewaystartsucceededrunningasprocessxxxx。后，就啟5、在ie的地址欄輸入，:18888/7、問：我想對NaYF4的電子云分布進(jìn)行模擬計(jì)算,請各位高手指點(diǎn)怎么我雖然在LINUXCLUSTER并行成功了，但是并行的時(shí)候CPU計(jì)算利用率換了一次之后CPU使用就開始出現(xiàn)不均衡的情況，有一個(gè)CPU90%+，害別的不超過10%C、你選用的幾個(gè)cpu進(jìn)行計(jì)算,如果是一個(gè),那就是你發(fā)生的問題原因,如果不是一個(gè),而是選擇幾個(gè)cpu進(jìn)行計(jì)算,那么應(yīng)該是節(jié)點(diǎn)之間totalspin是總自旋計(jì)算的時(shí)候必須把自旋極化－spinpolarizedError:SCFiterationsnotconvergedin50Message:SCFnotconverging.Choose"UseSmearing"onDMol3SCFporset"OccupationThermal"intheinputYoumayalsoneedtochangespinorusesymmetryResubmitDMol3Message:DMol3jobfailedError:DMol3exiting答：SCFnotconverging.Choose"UseSmearingonDMol3SCFpanelorset"OccupationThermal"intheinputfile你錯(cuò)誤的原因是體系在50步內(nèi)不能收斂,你可以增加收斂計(jì)算步數(shù),比如系統(tǒng)提示你改變"UseSmearing"和"OccupationThermal的設(shè)置參數(shù)(這不收斂，解決方法一加大圈數(shù)，DMol3calculations－》electronic標(biāo)簽下More選項(xiàng)－》SCF選項(xiàng)，中Max.SCFCycles加大，最多在SCF標(biāo)簽下把orbitaloccypancy下面的勾打上，然后設(shè)置smearingtheViennaab-initiosimulationpackage(VASP)thegeneralizedgradientapproximationtheplanewaveexpansionstructuralrelaxationsatight-bindinglinearmuffintinorbital(TB-LMTO)methodtheTB-LMTOmethodtheprincipal-layerGreen’sfunctiontheK││-resolvedK││-resolvedDOSattheFermienergy答：1.1×1)表示的是表面的構(gòu)型，2×2是(1×1)的四倍，也就是x和y上用ms里面的layerbuilder構(gòu)建界面，基底為半導(dǎo)體，半導(dǎo)體上長金屬層是通過layerbuilder構(gòu)建的supercellgeometry——theViennaab-initiosimulationpackageVASP)維也納從頭算模擬thegeneralizedgradientapproximation——theplanewaveexpansion——平面波展開structuralrelaxations——結(jié)構(gòu)弛豫atight-bindinglinearmuffintinorbital(TB-LMTOmethod——緊束縛線theTB-LMTOmethod——緊束縛線性丸盒軌道方法theprincipal-layerGreen’sfunctiontechnique——？theK││-resolvedtransmission——？7先計(jì)算出態(tài)密度。然后通過由玻爾茲曼方程推導(dǎo)出的電導(dǎo)率公式來算,GeorgK.H.Madsen,DavidJ.Singh.ComputerPhysicsCommunications175(200667~71.PhilipB.Aleen,WarrenE.Pickett,HenryKarkauer.PhyscicalReviewB37(1988)2721~2726.在build下的symtrey有makeP1makesupper14、[求助]MS是否可以做原子數(shù)在10-20個(gè)左右的簇合物的結(jié)構(gòu)模擬不過我琢磨了半天，好像無論是Gaussian還是MS,，然后程序自動變化第111115、msdiscover重開機(jī)，啟動ms，提示有任務(wù)非正常關(guān)掉，載入autorecover，jobexplorer里面還顯示未算完的任務(wù)，serverconsole打不開，無手動停止job，然后從discover的dynamics模塊下選中userestart動時(shí)，在restart選項(xiàng)里，選中userestartdate選項(xiàng)，就18、什么是Overlappopulations？?Table2Bonddistances(A?)andOverlappopulations(/E/inTiO2TiO2/Sn6cTiO2/Sn5cTiO2/Sn6-inTiO2/Sn5-Ob–Me6c1.831(172)1.963(220)1.83(165)1.831(172)1.832Op–Me6c2.066(86)2.107(32)1.989(64)2.070(84)2.069Op–Me5c1.938(122)1.912(114)1.995(139)1.988(123)1.933)O1–Me6c2.065(86)2.165(86)2.097(117)2.072(115)2.086O2–Me5c1.853(130)1.854(119)2.006(122)1.865(134)1.890)O1–Me6-in1.936(160)1.950(142)1.983(163)2.056(177)1.968O2–Me5-in1.968(83)1.961(84)1.950(96)1.976(86)2.047請問Overlappopulations是什么？如何得到的？答：A、Overlappopulations答：CASTEP中計(jì)算的時(shí)候選擇properties里面的populationanalysis下bondpopulation計(jì)算得到的結(jié)果除了有atomicpopulation以外還有就是bondpopulation也可以叫overlappopulation答：A、雙核至少奔D2.8GHz1G內(nèi)存高分子結(jié)構(gòu)最好準(zhǔn)備買服務(wù)器?。。。ontraits”答：就是用“Modfy--Constrait步驟：第一：選擇要加限制的原子第二：打開constrain對話框一個(gè)點(diǎn)，而且jobexplorer顯示是running,在reflex里面選powerdiffraction答：利用MS的Export輸出為mol格式的文件vibrational如果不是周期體系，且假設(shè)體系有N個(gè)原子，則給出3N－6個(gè)振動頻率其中正值表示穩(wěn)定振動，負(fù)值（虛頻）體系能量下降，單CPU利用就是0，再開始新的任務(wù)利用率就不是0了，這在CASTEP計(jì)算中，kpoint設(shè)置不同，對計(jì)算結(jié)果有什么影響？kpoint設(shè)置表示什么？）答：RestartingaDPDAttheendofaDPDrunandatspecifiedintervalsduringtherun,DPDsavesarestartdatafile,.Dpd_rst.Thisfileisdownloadedattheendoftherunandcontainsthepositionsandvelocitiesofallthebeads.ItenablesyoutorestartthesimulationfrompartwaythroughorattheendofthepreviousDPDrun.TorestartaSelectthemesoscaletrajectorydocumentfromtherunyouwishtorChooseModules|DPD|CalculationfromthemenuLoadtheparametersfromtherunyouwishtorestart,bydouble-clickingontheassociatedSettingsfileintheProjectCheckOntheSetuptab,choosewhethertoReinitializeChangethelengthoftheNote.Thetimestepcounterisnotresetbetweensimulations.Therefore,therestartedDPDsimulationwillrunfortheNumberofstepsspecifiedontheSetuptablessthenumberofstepsalreadycompleted.Ifdesired,specifynewoutputoptions,simulationconditionsandinteractionparameters.PressNote.TheRestartcheckboxisenabledonlyifarestartfileispresent.However,thisfilecannotbeseenintheProjectExplorerwindow.YoucanusetheWindowsExplorertoverifythatthefileexists.Note.Whenyourestartasimulationyoucanmodifysomeparameterssuchasthelengthoftherun,outputperiodoptions,simulationconditions,interactionparameters,etc.However,others,suchassimulationcellsize,gridspacing,cellcontents,etc.,mustremainthesameastheywerebeforetherestart.TheseoptionsaredisabledwhenRestartis你舉的例子應(yīng)該把步數(shù)改為2000LSTUDIO4.0的LINUX版本的KEY一個(gè)QQ29988789 設(shè)置Dmol計(jì)算自旋設(shè)置時(shí),Multiplicity設(shè)置為Auto是系統(tǒng)自動尋找自旋多重31、請教關(guān)于MScastep的幾個(gè)問題1計(jì)算表面過程中，計(jì)算成功，但是castep<--SCFloopEnergyFermiEnergygainTimer<--SCFenergyperatom(sec)<--SCF<--Initial-1.24983546E+0045.76278315E+00155.44<--1-1.59703259E+004-1.69750335E+0002.89330938E+002197.97Warning:Therearenoemptybandsforatleastonekpointandspin;thismayslowtheconvergenceand/orleadtoaninaccurategroundstate.Ifthiswarningpersists,youshouldconsiderincreasingnextra_bandsand/orreducingsmearing_widthintheparamfile.Recommendusingnextra_bandsof11to24.2-1.62762609E+004-6.23532889E+0002.54945870E+001356.62Warning:Therearenoemptybandsforatleastonekpointandspin;thismayslowtheconvergenceand/orleadtoaninaccurategroundstate.Ifthiswarningpersists,youshouldconsiderincreasingnextra_bandsand/orreducingsmearing_widthintheparamfile.Recommendusingnextra_bandsof1to要在表面上吸附小分子，如H2，或者CO，可以選擇不同的位置，比如top,bridge,等，但是如何確定具體每個(gè)原子的position?直接根據(jù)原子半徑按照幾何知識來計(jì)算嗎？另外在計(jì)算表面吸附totalenergy的時(shí)候，是否選擇上"optimizedcell"?進(jìn)行計(jì)算時(shí)選擇上"spinpolarized","initialpin"和"charge"答：A、你把emptyband里的空帶數(shù)目增加試試或者減少smearing的數(shù)Thiskeywordscontrolsthenumberofextrabandsinadditiontothenumberofoccupiedbands.Theseextrabandsarenecessaryformetalsorfinitetemperatureinsulators.Thedefaultvalueforthisparameteris0.ThiskeyworddeterminesthewidthoftheFermi-surfacesmearingifthesystemisbeingtreatedasametal.算你調(diào)整后的文件，就是點(diǎn)Files，然后RunFiles。如果你調(diào)energy的時(shí)候，是選擇"optimizedcell"還是固定表面，我看文獻(xiàn)上這兩，應(yīng)該選擇optimizedcell Therearetwowaysofdefiningtheinitialmagneticconfiguration:eitherspecifythetotalmagneticmomentperunitcell,whichgetsuniformlydistributedoverthespace,orprovidedetailedinformationontheabsolutevaluesanddirection(upordown)ofthespinsforeachatomintheunitcell.Theformermethodcanbeusedforrelativelysimplesystemswhereonlytwosolutionsareexpected(magneticandnon-magnetic).Thelattermethod,whichspecifiesthespinstateoftheatomsinthesystem,ismoregeneralandgivesmuchmoreflexibility.Itispossibletosetupferromagnetic,ferrimagnetic,orantiferromagneticcalculationstogetdifferentstartingspinarrangements.不過我記得好像他們公司說過，一般formalspin都可以，除非是計(jì)算一Theinitialvalueofthespinmomentisquiteimportantforspin-polarizedcalculations.Itshouldbeascloseaspossibletotheexpectedvalue.Youcanevaluatethespinmomentusingthehigh-spinapproximationcombinedwithformalcharges.Forexample,iftherearetenFe3+ionsinthesystem,youassumethateachofthemhasavalenceelectronicconfigurationofd5(theneutralconfigurationiss2d6)whichcorrespondstofiveunpairedelectronsperFeion.TheinitialspinvaluefortheCASTEPcalculationisthereforefift我如果計(jì)算Nis2d8應(yīng)該是2unpairedelectrons,所以，設(shè)置2*supercell中的Ni個(gè)數(shù)，對嗎？F、1這樣的提示我在計(jì)算摻雜Eu的體系中也見到過,當(dāng)時(shí)也增加了emptybands,另外smear值有人說調(diào)大有人說調(diào)小,反正我都試了試,效果都不是很好.我想可能是結(jié)構(gòu)的原因,結(jié)構(gòu)如果不合理的話其他調(diào)整無論是bandstructure還是dos結(jié)果都有變化,不知道那樣才是合理我看到一些資料表面吸附時(shí),通常的做法是把結(jié)構(gòu)先optimizedcell,然后"spinpolarized"的設(shè)置我就沒怎么接觸過了,看lz提供的ms幫助,在晶胞優(yōu)化的時(shí)候才選上"optimizedcell"，而在計(jì)算表面吸附的時(shí)候是問題2看來大家大多數(shù)認(rèn)為在吸附的relax過程中不選擇optimizedcell，原子的慮，就是如果不選擇optimizedcell，吸附分子或者原子的位置是不是就不設(shè)置，保持默認(rèn)，但是默認(rèn)的initialspin是0設(shè)置spin=unpairelectron+1，這個(gè)不知道是什么意思？有沒有具體文“但是我還有一點(diǎn)疑慮，就是如果不選擇optimizedcell，吸附分子或者原mizedcell”，你會發(fā)現(xiàn)變化，可能是9，9，9或者是11，11優(yōu)化當(dāng)然原子坐標(biāo)不變化。應(yīng)該是比較清楚了吧這些我是可J、spin=unpairielectron1，是來自量子化學(xué)或者第一性原理計(jì)算本耦合的章節(jié)或者讀讀潘道凱的物質(zhì)結(jié)構(gòu)。實(shí)際上spin=從1到unpairielectron+1的所有可能值，這是因?yàn)閷?shí)際上我們事先不能肯定zedcell，這時(shí)會給你優(yōu)化的晶胞參數(shù)，以后就不要在去管問題1,改變emptyband的值,按他的要求設(shè)置到11-24,就可以解決,但是問題2uncheck'optimized問題3好像這個(gè)參數(shù)并不是影響很大,因?yàn)檫@只是個(gè)初始值歡迎大家繼ptimizecell，第二次不選,一般要固定最底層的幾層原子;一般算的胞的所有原子的電子個(gè)數(shù)和是奇數(shù)是選spinpolarized，偶數(shù)時(shí)32、怎么可以計(jì)算比較準(zhǔn)確的擴(kuò)散激活能？用TSRESEARCH算的時(shí)候33、請教DMol3Calculation出現(xiàn)的問題我是新手，DMol3Calculation點(diǎn)RunFailedtocreatejobfortheserver:DMol3.NodefaultlocationdefinedforserverDMol3.UseServerConsoletospecifyagateway.可能是serveconsole里面出錯(cuò)了，你試試把以前的sever刪輸入：pingIP地址，看一下網(wǎng)絡(luò)是否是通的；ping服務(wù)器題。奇怪的是在服務(wù)器是自己的電腦的情況下，在新建SERVE的時(shí)候也34、請問能在castep中得到內(nèi)聚能嗎?怎樣得到,請高手指教,謝謝算法：晶體的總能量(finalenergy)－（N1×晶胞中原子1如果一直是往收斂的方向走，那就增大一下SCIcycles試一試也許在多進(jìn)行幾步SCI就可以收斂B、SCI設(shè)置為1000輪了,就是每次幾何優(yōu)化第九輪時(shí)自洽迭代不收斂,一會兒變小,一會兒變大,不收斂.Smearing為０.００５或０.０ 半經(jīng)驗(yàn)優(yōu)化一下，然后再用Dmol優(yōu)化，這樣l優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)Dmol再優(yōu)化D、跟smearing用MS計(jì)算半導(dǎo)體氧化物的能帶時(shí),More按扭里有K點(diǎn)Path給出有G(00F(00.50),Q(00.50.5),Z(000.5),B(0.500).得出的圖像E和K-point應(yīng)該是對應(yīng)的。你可以自己設(shè)我在MS計(jì)算出的圖中點(diǎn)復(fù)制,然后在WORD還有要是不用自旋極化,如果做吸附NO,