Atoms61軟件使用指南

Atoms61軟件使用指南（以金紅石的晶體構(gòu)造繪圖為例）金紅石(Rutile)的晶體構(gòu)造數(shù)據(jù)P42/mnm(136)4.5941(1)4.5941(1)2.9589(1)Z=2Ti:2a(0,0,0)O:4f(0.3057(7),0.3057(7),0)一、數(shù)據(jù)輸入1.程序運(yùn)行主界面2.點(diǎn)擊《New》進(jìn)入選擇晶系、輸入軸長(zhǎng)界面3.點(diǎn)擊《OK》---《Continue》---《spacegroupfromtable》---《OK》進(jìn)入空間群選擇界面4.點(diǎn)擊《OK》---《Continue》---《Defaultunitcell》---《OK》進(jìn)入選擇顯示晶胞范圍界面5.點(diǎn)擊《OK》---《Continue》---《OK》---《Continue》輸入原子坐標(biāo)【注】：(1)Type欄目輸入元素的原子序數(shù)，該數(shù)字在“化學(xué)鍵”、“配位多面體”作圖過程中會(huì)常常用到；(2)原子半徑欄目，一般地陰離子稍大，陽(yáng)離子稍??；(3)顏色選擇時(shí)，一般陽(yáng)離子選擇彩色，陽(yáng)離子選擇藍(lán)色。6.原子輸入完畢后，點(diǎn)擊《OK》--《Abort》--《continue》--《Abort》進(jìn)入輸入文獻(xiàn)名界面7.點(diǎn)擊<保留>后，即顯示晶體構(gòu)造繪圖界面二、圖像的修飾及多種其他功能簡(jiǎn)介1.3D模式顯示：左側(cè)的圖像顯示模式處，下拉改為“3D”2.Input1重要功能簡(jiǎn)介3.Input2重要功能簡(jiǎn)介4.連接化學(xué)鍵(相鄰陰陽(yáng)離子以棒狀相連接)《Input1》--《Bonds》--《AddBonds》進(jìn)入化學(xué)鍵連接條件給定界面5.變化背景顏色《Input2》--《Backgroundcolor》把背景變化為白色6.顯示晶胞《Input2》--《Unitcell》7.畫配位多面體觀測(cè)上圖中，每個(gè)鈦的周圍有6個(gè)氧，因此構(gòu)造的重要配位多面體是[TiO6]配位多面體，目前在途中把[TiO6]配位多面體畫出來(lái)?！禝nput1》--《polydydra》--《AddPolyhedra》8.使配位多面體透明《Input1》--《polydydra》，點(diǎn)擊《3DParemeters》，顯示新菜單，選項(xiàng)具有如下Completelyopaque完全不透明Skeletal—nobonds骨架顯示，無(wú)化學(xué)鍵Skeletal—withbods骨架顯示，帶化學(xué)鍵Translucent—nobonds半透明，無(wú)化學(xué)鍵Tarnslucent—withbonds半透明，帶化學(xué)鍵9.配位多面體附帶上配位的角頂離子《Input1》--《polydydra》10.變化圖像顯示范圍《Input1》--《Boundary》三、atoms晶體構(gòu)造繪圖軟件與ICSD無(wú)機(jī)晶體構(gòu)造數(shù)據(jù)庫(kù)的聯(lián)合使用1.在ICSD數(shù)據(jù)庫(kù)找到目的晶體構(gòu)造數(shù)據(jù)，并在前面打鉤2.《File》--《ExportCheckedLongView》給定文獻(xiàn)名稱，并把保村類型下拉改為*.cif(cif為晶體構(gòu)造原則文獻(xiàn)的文獻(xiàn)擴(kuò)展名)3.打開atoms軟件，選擇《import》找到剛剛保留的文獻(xiàn)，即可得到前述《數(shù)據(jù)輸入》的成果，再進(jìn)行圖像修飾等操作即可?！咀ⅰ浚喝麸@示為“3D”模式時(shí)，圖形如下圖所示，即表達(dá)在數(shù)據(jù)庫(kù)文獻(xiàn)中，每個(gè)原子具有各向異性X射線衍射因子消除各向異性因子措施：改為“Standard”顯示模式《In