微生物的分類第十二章微生物的進(jìn)化、系統(tǒng)發(fā)育和分類鑒定

第三章微生物的分類第一節(jié)微生物在生物中的分類位置第二節(jié)細(xì)菌的分類第三節(jié)病毒的分類第一節(jié)微生物在生物中的分類位置六界四界〔一〕無(wú)細(xì)胞構(gòu)造病毒界病毒界〔二〕有細(xì)胞構(gòu)造1、無(wú)核膜原核生物界原核原生物2、有核膜原生物界①細(xì)胞無(wú)分化真核原生生物界真核原生物②細(xì)胞有分化真菌界植物界植物界動(dòng)物界動(dòng)物界全生命系統(tǒng)樹(shù)(P318圖12－3)地球上最先出現(xiàn)的生命是現(xiàn)有生命的共同祖先，進(jìn)化向兩個(gè)方向開(kāi)展第二節(jié)細(xì)菌的分類一、分類單元及其等級(jí)二、微生物的命名三、細(xì)菌分類和伯杰氏手冊(cè)四、細(xì)菌分類鑒定的特征和技術(shù)一、分類單元及其等級(jí)界Kingdom門(mén)Phylum——亞門(mén)綱Class——亞綱目Order——亞目科Family——亞科屬Genus種Species常用的細(xì)菌分類術(shù)語(yǔ)培育物〔culture),是指一定時(shí)間一定空間內(nèi)微生物的細(xì)胞群或生長(zhǎng)物。菌株〔strain)，從自然界分別得到的任何一種微生物的純培育物都可以稱為微生物的一個(gè)菌株；用實(shí)驗(yàn)方法〔如經(jīng)過(guò)誘變〕所獲得的某一菌株的變異型，也可以稱為一個(gè)新的菌株，以便與原來(lái)的菌株相區(qū)別。型〔form或type),常指亞種以下的細(xì)分，當(dāng)同種或同亞種不同菌株之間的性狀差別，缺乏以分為心的亞種時(shí)，可以細(xì)分為不同的型。種〔species),是生物分類中根本的分類單元和分類等級(jí)。二.微生物的命名1.分類單元的命名⑴屬名屬名用一個(gè)單數(shù)主格名詞或當(dāng)作名詞用的描畫(huà)詞來(lái)表示，可以是陽(yáng)性、陰性或中性，首字母要大寫(xiě)。⑵種名和其他生物一樣，細(xì)菌的種名也用雙名法〔binomialnomenclature〕命名，即種的學(xué)名由屬名和種名加詞兩部分組合而成。⑶亞種名亞種名為三元式組合，即由屬名、種名加詞和亞種名加詞構(gòu)成。2.命名方式及其指定如前所述，由于細(xì)菌分類單元的劃分缺乏一個(gè)易于操作的一致規(guī)范，為了減少因采用不同規(guī)范界定分類單元所呵斥的混亂，細(xì)菌系統(tǒng)分類也像其他生物分類一樣采用“方式概念〞。即根據(jù)命名法規(guī)要求，正式命名的分類單元應(yīng)指定一個(gè)命名方式〔簡(jiǎn)稱方式〕作為該分類單元命名的根據(jù)。3.新稱號(hào)的發(fā)表根據(jù)細(xì)菌命名法規(guī)的規(guī)定，有效發(fā)表新的細(xì)菌稱號(hào)應(yīng)在公開(kāi)發(fā)行的刊物上進(jìn)展。假設(shè)新稱號(hào)是在國(guó)際系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)雜志〔IJSB〕以外的其他雜志上發(fā)表的，還必需經(jīng)過(guò)新稱號(hào)的合格化發(fā)表，被以為合格后，在該雜志上定期公布，命名日期即從公布之日算起，否那么不算合格發(fā)表，也不能獲得國(guó)際上的成認(rèn)。發(fā)表新稱號(hào)時(shí)，應(yīng)在新稱號(hào)之后加上所屬新分類等級(jí)的縮寫(xiě)詞，如新目“ord.nov.〞、新屬“gen.nov.〞、新種“sp.nov.〞等。20世紀(jì)60年代以前，國(guó)際上不少細(xì)菌分類學(xué)家都曾對(duì)細(xì)菌進(jìn)展過(guò)全面的分類，提出過(guò)一些在當(dāng)代有影響的細(xì)菌分類系統(tǒng)。但70年代以后，對(duì)細(xì)菌進(jìn)展全面分類的、影響最大的是<伯杰氏手冊(cè)>。所以該書(shū)目前已成為對(duì)細(xì)菌進(jìn)展分類鑒定的主要參考書(shū)。三、細(xì)菌分類和伯杰氏手冊(cè)四、細(xì)菌分類鑒定的特征和技術(shù)〔一〕形狀學(xué)和生理生化特征〔二〕血清學(xué)實(shí)驗(yàn)與噬菌體分型〔三〕氨基酸的順序和蛋白質(zhì)的分析〔四〕核酸的堿基組成和分子雜交〔一〕形狀學(xué)和生理生化特征1．形狀學(xué)特征〔1〕細(xì)菌形狀：外形、大小、陳列〔2〕培育特征：菌落特征〔3〕特殊構(gòu)造：鞭毛、芽孢、莢膜、孢子〔4〕染色反響：革蘭、抗酸〔5〕內(nèi)含物：異染顆粒、伴孢晶體〔6〕運(yùn)動(dòng)性：2．生理生化特征〔1〕生理：需氧性、溫敏性、噬鹽性、與宿主的關(guān)系、生活史〔有性生殖情況〕等〔2〕生化：營(yíng)養(yǎng)類型〔自養(yǎng)/異養(yǎng)〕、對(duì)碳源的利用才干、對(duì)氮源的利用才干、對(duì)生長(zhǎng)因子的需求、對(duì)抗生素及抑菌劑的敏感性、代謝產(chǎn)物〔酶、毒素等〕、對(duì)pH的順應(yīng)性等腸桿菌科細(xì)菌的分類主要靠生理生化〔二〕血清學(xué)實(shí)驗(yàn)與噬菌體分型1．血清學(xué)實(shí)驗(yàn)細(xì)菌細(xì)胞與病毒等都含有蛋白質(zhì)、脂白蛋、脂多糖等有抗原性的物質(zhì)，由于不同微生物抗原物質(zhì)構(gòu)造不同，賦予它們不同的抗原特征。一種細(xì)菌的抗原除了可與它本身的抗體起特異性免疫反響外，假設(shè)它與其它種類的細(xì)菌有共同的抗原組分，它們的抗原抗體之間就會(huì)發(fā)生交叉反響。2.噬菌體分型在原核生物中已普遍發(fā)現(xiàn)有相應(yīng)種類的噬菌體.噬菌體對(duì)宿主的感染和列解作器具有高度的特異性,即一種噬菌體往往只能感染或裂解某種細(xì)菌,甚至只裂解種內(nèi)的某些菌株.所以,根據(jù)噬菌體的宿主范圍可將細(xì)菌分為不同的噬菌型和利用噬菌體裂解這樣的特異性進(jìn)展細(xì)菌鑒定.這對(duì)于追溯傳染病來(lái)源、流行病調(diào)查以及病原菌的檢測(cè)鑒定有重要意義.〔三〕氨基酸的順序和蛋白質(zhì)的分析蛋白質(zhì)是基因的產(chǎn)物,.蛋白質(zhì)的氨基酸順序直接反映mRNA順序而與編碼基因親密相關(guān).因此,可以經(jīng)過(guò)對(duì)某些同源蛋白質(zhì)氨基酸順序的比較來(lái)分析不同生物系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,序列類似性越高,其親緣關(guān)系愈近.因此可以根據(jù)蛋白質(zhì)的氨基酸序列資料構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)和進(jìn)展分類.〔四〕核酸的堿基組成和分子雜交比較DNA和堿基組成和進(jìn)展核酸分子雜交,是目前經(jīng)過(guò)直接比較基因組進(jìn)展生物分類最常用的兩種方法.1.DNA的堿基組成[(G+C)%]2．核酸的分子雜交DNA—DNA雜交、DNA—rDNA雜交、核酸探針第三節(jié)病毒的分類一、病毒分類機(jī)構(gòu)二、病毒分類原理及其根據(jù)三、病毒的分類系統(tǒng)四、病毒分類現(xiàn)狀五、病毒的命名一、病毒分類機(jī)構(gòu)1966年莫斯科國(guó)際病毒命名委員會(huì)1973年

國(guó)際病毒分類委員會(huì)〔ICTV〕InternationalCommitteeonTaxonomyofVirus是病毒分類與命名的國(guó)際權(quán)威機(jī)構(gòu)二、病毒分類原理及其根據(jù)原理：強(qiáng)調(diào)其分類和命名的穩(wěn)定性、適用性、認(rèn)可性和靈敏性。

穩(wěn)定性是指病毒稱號(hào)及其隸屬關(guān)系一旦確定下來(lái)，就應(yīng)該盡能夠的保管。

適用性是指病毒分類體制應(yīng)該對(duì)病毒學(xué)研討領(lǐng)域是有用的。

認(rèn)可性是指病毒分類階元和稱號(hào)應(yīng)該為病毒學(xué)研討者樂(lè)意接受和運(yùn)用，所以，認(rèn)可性也是適用性的必然結(jié)果。

靈敏性是指病毒分類階元可以根據(jù)某些新發(fā)現(xiàn)而進(jìn)展重新修訂和再確定二、病毒分類原理及其根據(jù)根據(jù)病毒粒子特性抗原性質(zhì)病毒生物學(xué)特性病毒粒子特性病毒形狀：如大小、外形、包膜和包膜突起的有無(wú)，衣殼構(gòu)造及其對(duì)稱性；病毒生理生化和物理性質(zhì)：如分子量，沉降系數(shù)，浮力密度，病毒粒子在不同pH、溫度、Mg2+、Mn2+、變性劑、輻射中的穩(wěn)定性；病毒基因組，如基因組大小、核酸類型、單雙鏈、線狀或環(huán)狀，正負(fù)鏈，G+C所占的比例、核苷酸序列等；病毒蛋白，如構(gòu)造蛋白和非構(gòu)造蛋白的數(shù)量，大小以及功能和活性，氨基酸序列等；病毒脂類含量和特性；碳水化合物含量和特性。病毒抗原性質(zhì)和生物學(xué)特性病毒抗原性質(zhì)：

包括病毒血清學(xué)性質(zhì)與其抗原的關(guān)系。病毒生物學(xué)特性：包括病毒天然的宿主范圍；病毒在自然形狀下的傳播與媒介體的關(guān)系；病毒的地理分布，致病機(jī)理，組織嗜親性；病毒引起的病理和組織病理學(xué)特點(diǎn)。三、病毒的分類系統(tǒng)Order目一群具有某些共同特征的科?；蚪M不同，但有類似的基因組次序、構(gòu)造及復(fù)制方式，甚至編碼類似的功能蛋白的共同保守序列。詞尾viralesFamily科詞尾vivideSubfamily亞科Genus屬詞尾virusSpecies種科和屬是病毒分類的最主要單位Avianinfluenzavirus,AIVOrthomyxoviridae正粘病毒科Influenzavirus流感病毒屬按核蛋白和基質(zhì)蛋白的抗原性不同，流感病毒被分為甲〔A〕、乙〔B〕和丙〔C〕三個(gè)血清型A:人、豬、馬、禽類、海豹等B:人C:人、豬各型流感病毒又根據(jù)其外表血凝素及神經(jīng)氨酸酶抗原性的不同再分為假設(shè)干亞型。A型流感病毒因其外表蛋白HA和NA抗原性的不同而被分為16個(gè)不同的HA亞型(H1～H16)和10個(gè)不同的NA亞型(N1～N10)感染人的禽流感病毒亞型主要為H5N1、H9N2、H7N7，其中感染H5N1的患者病情重，病死率高SARSCoV(severeacuterespiratorysyndromecoronavirus,SARSCoV),屬于巢狀(套式〕病毒目(Order:Nidovirales)、冠狀病毒科(Family:Coronaviridae)、冠狀病毒屬(Genus:Coronavirus)。正義單鏈RNA病毒。在形狀學(xué)上最顯著的特征是包膜(envelope)外有棒狀子粒,狀如王冠

四、病毒分類現(xiàn)狀1995年F.A.Marphy(墨菲)第六次病毒學(xué)分類報(bào)告將病毒分為三類：DNA、RNA、DNA/RNA反轉(zhuǎn)錄病毒。2000年ICTV第七次分類報(bào)告在部分科上建立了3個(gè)目：尾病毒目、單負(fù)股病毒目、套式病毒目，4000余種病毒分為64個(gè)科、233屬，脊椎動(dòng)物病毒為主的有27科。2005年出版的<病毒分類：國(guó)