2016-2018年寧夏地區(qū)病毒性腹瀉病原譜及諾如病毒分子流行病學(xué)研究

2016~2018年寧夏地區(qū)病毒性腹瀉病原譜及諾如病毒分子流行病學(xué)研究目的對(duì)2016²018年寧夏地區(qū)的腹瀉病例開展監(jiān)測(cè),了解本地區(qū)病毒性腹瀉的病原譜構(gòu)成及其流行特征,為病毒性腹瀉的預(yù)防和控制提供數(shù)據(jù)基礎(chǔ)和理論依據(jù)。對(duì)諾如病毒進(jìn)行分子流行病學(xué)研究,通過(guò)同源性和系統(tǒng)進(jìn)化分析、重組分析來(lái)揭示寧夏地區(qū)諾如病毒的基因特征和分布特點(diǎn),了解該病毒的傳播方式和變異規(guī)律,及時(shí)發(fā)現(xiàn)主要的流行株、變異株。方法1.按照納入標(biāo)準(zhǔn)和排除標(biāo)準(zhǔn)收集2016.01²018.12期間在寧夏10家哨點(diǎn)醫(yī)院就診的腹瀉病例標(biāo)本,同時(shí)采集病例信息（包括年齡、性別、發(fā)病時(shí)間等）。提取腹瀉標(biāo)本核酸,通過(guò)實(shí)時(shí)熒光定量PCR（Real-timePCR）同時(shí)檢測(cè)RV、NoV、SaV、AstV、EAdV。結(jié)合病例信息,利用SPSS22.0、SAS軟件統(tǒng)計(jì)分析相關(guān)指標(biāo)。2.對(duì)GII陽(yáng)性標(biāo)本的聚合酶區(qū)和衣殼蛋白區(qū)部分序列進(jìn)行擴(kuò)增和測(cè)序,用Mega-X軟件構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹,并結(jié)合諾如病毒分型網(wǎng)站（http://www.rivm.nl/mpf/NoV/typingtool）綜合鑒定基因型別。對(duì)兩區(qū)型別不一致的毒株擴(kuò)增包含ORF1/ORF2重疊區(qū)在內(nèi)的長(zhǎng)片段,用Simplot和RDP4軟件進(jìn)行重組分析,并分析其分子流行病學(xué)特征。結(jié)果1.病毒性腹瀉監(jiān)測(cè)情況1.1腹瀉病毒檢出情況:2016²018年寧夏地區(qū)病毒性腹瀉總陽(yáng)性率為33.00%,HuCV陽(yáng)性率最高為17.67%,其中GII、SaV和GI組NoV陽(yáng)性率分別為14.66%、3.07%和0.61%;其次為RV、AstV和EAdV,陽(yáng)性率分別為14.17%、5.29%和3.59%。1.2病原譜及混合感染:GII和RV是病毒性腹瀉的主要病原體,分別占28.83%、28.75%,其次為混合感染、AstV、SaV、EAdV和GI,分別為21.38%、7.54%、6.13%、6.13%和1.23%。合并感染分為三種,兩種病毒的混合感染共12種203例,以GII合并RV為主;三種病毒的合并感染共9種36例,以GII、RV、AstV的混合感染為主;四種病毒的合并感染共2種5例,以GII、RV、AstV、EAdV的混合感染為主。1.3時(shí)間分布:冬季陽(yáng)性率最高為54.38%,其次為秋季、春季和夏季,陽(yáng)性率分別為35.33%、32.05%和25.40%（?²=126.355,P<0.001）。寧夏RV、NoV、AstV呈明顯的冬季高發(fā),夏季低發(fā)特點(diǎn),SaV與之相反,EAdV夏秋季高發(fā)。1.4地區(qū)分布:固原市病毒陽(yáng)性率最高為44.15%,其次為石嘴山市、吳忠市、中衛(wèi)市和銀川市,陽(yáng)性率分別為33.96%、31.44%、28.26%和24.76%;不同地區(qū)5種病毒陽(yáng)性率差異均具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,固原市RV、AstV、NoV、EAdV的陽(yáng)性率均位于全區(qū)第一,SaV在石嘴山市陽(yáng)性率最高。1.5人群分布:男性陽(yáng)性率略高于女性（?²=4.648,P=0.031）;0^年齡組陽(yáng)性率最高為41.10%,50^年齡組陽(yáng)性率最低為22.09%（?²=125.367,P<0.001）;散居兒童陽(yáng)性率最高為39.88%,家務(wù)及待業(yè)陽(yáng)性率最低為16.51%（?²=94.058,P<0.001）。2.GII組NoV基因分型及重組2.1基因分型:聚合酶區(qū)有5種基因型,GII.Pe、GII.P12、GII.P16、GII.P17和GII.P7;衣殼蛋白區(qū)有6種基因型,GII.4Sydney₂012、GII.3、GII.2、GII.1、GII.6、GII.17。2.2重組:首次在寧夏發(fā)現(xiàn)12種重組類型:GII.Pe/GII.4Sydney₂012（39.77%）、GII.P12/GII.3（30.68%）、GII.P16/GII.2（12.50%）、GII.P17/GII.17（3.41%）、GII.P7/GII.6（3.41%）、GII.P16/GII.1（2.27%）、GII.P16/GII.4Sydney₂012（2.27%）、GII.P17/GII.4Sydney₂012（1.14%）、GII.P12/GII.2（1.14%）、GII.Pe/GII.1（1.14%）、GII.Pe/GII.2（1.14%）、GII.Pe/GII.3（1.14%）。共檢出32株重組株,為GII.Pe/GII.4Sydney₂012、GII.P16/GII.2、GII.P16/GII.1、GII.P7/GII.6、GII.P12/GII.3型重組株,重組位點(diǎn)均位于ORF1區(qū),在5009bp⁵079bp之間。結(jié)論1.GII和RV是寧夏病毒性腹瀉的主要病原體,其次為混合感染,混合感染又分兩種、三種、四種病毒的混合感染,主要為GII合并RV（/合并其他病毒）感染為主;寧夏RV、NoV、AstV呈明顯的冬季高發(fā),夏季低發(fā)特點(diǎn),SaV與之相反,EAdV夏秋季高;.需重點(diǎn)關(guān)注固原市RV、AstV、NoV、EAdV及石嘴山市SaV流行情況;0^和70^年齡組為病毒性腹瀉高危人群。2.寧夏GII組NoV多為重組株,首次在該地發(fā)現(xiàn)12種重組類型并檢出GII.Pe/GII.4Sydney₂012、GII.P16/GII.2、GII.P16/GII.1、GI