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學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載
11.020學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載CCS
C
04 T/CPMA
032—2023病原微生物菌(毒)種分離和鑒定方法施萬(wàn)菌
—Shewanella
spp.2023
-
10
–
發(fā)
布兔兔w學(xué)ww.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA
032—2023兔兔w學(xué)ww.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載 前 言
...........................................................................
II1
范圍
................................................................................
12
規(guī)范性引用文件
......................................................................
13
術(shù)語(yǔ)和定義
..........................................................................
14
縮略語(yǔ)
..............................................................................
15
設(shè)備和材料
..........................................................................
16
培養(yǎng)基和試劑
........................................................................
17
分離和鑒定程序
......................................................................
28
操作步驟
............................................................................
3樣品類型和處理
..................................................................
3
............................................................................
3分離培養(yǎng)
........................................................................
3初步鑒定
........................................................................
3微生物自動(dòng)鑒定系統(tǒng)實(shí)驗(yàn)
..........................................................
4
確證實(shí)驗(yàn).....................................................................
4附 錄 A (資料性)
施萬(wàn)菌病原學(xué)....................................................
7附 錄 B (規(guī)范性)
設(shè)備和材料......................................................
8附 錄 C (規(guī)范性)
培養(yǎng)基和試劑....................................................
9C.1
施萬(wàn)菌增菌液.....................................................................
9C.2
硫代硫酸鹽檸檬酸鹽膽鹽蔗糖(TCBS)瓊脂...........................................
9C.3
營(yíng)養(yǎng)瓊脂.........................................................................
9C.4
三糖鐵瓊脂()................................................................
9C.5
氧化酶試劑......................................................................
10C.6
5×
電泳緩沖液................................................................
10附 錄 D (規(guī)范性)
施萬(wàn)菌種水平的鑒定(
法)
..................................
11D.1
核酸模板制備....................................................................
11D.2
反應(yīng)體系
...................................................................
11D.3
擴(kuò)增條件....................................................................
11D.4
擴(kuò)增產(chǎn)物分析
...................................................................
11D.5
MLSA
進(jìn)化樹(shù)
................................................................
11D.6
結(jié)果判定
.......................................................................
12參 考 文 獻(xiàn)
.......................................................................
13學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA
032—2023學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載 本文件按照GB/T
1.1—2020《標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則
第1部分:標(biāo)準(zhǔn)化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則》的規(guī)定起草。請(qǐng)注意本文件的某些內(nèi)容可能涉及專利。本文件的發(fā)布機(jī)構(gòu)不承擔(dān)識(shí)別專利的責(zé)任。本文件由中國(guó)疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所提出。本文件由中華預(yù)防醫(yī)學(xué)會(huì)歸口。病預(yù)防控制中心、中日友好醫(yī)院、北京市順義區(qū)疾病預(yù)防控制中心。蔡紅艷、肖悅、高鶴、白雪梅。II學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA
032—2023學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載1 范圍本文件規(guī)定了施萬(wàn)菌的分離和鑒定方法。本文件適用于全國(guó)各級(jí)病原微生物菌(毒)種保藏機(jī)構(gòu),以及涉及人間傳染的施萬(wàn)菌研究、教學(xué)、檢測(cè)、診斷等相關(guān)活動(dòng)的機(jī)構(gòu)。2 規(guī)范性引用文件文件。T/CPMA
011
病原微生物菌(毒)種保藏?cái)?shù)據(jù)描述通則3 術(shù)語(yǔ)和定義下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。施萬(wàn)菌屬 Shewanella
HS,在人體可導(dǎo)致皮膚和軟組織感染、菌血癥、肝膽疾病、中耳炎和其他感染。
4 縮略語(yǔ)下列縮略語(yǔ)適用于本文件。bp:堿基對(duì)(Base
pair):多位點(diǎn)序列分析(Multilocus
Sequence
)PCR:聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)
(
Chain
Reaction)5 設(shè)備和材料見(jiàn)附錄B。6 培養(yǎng)基和試劑ww.bzfxw兔w兔學(xué).com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA
032—2023ww.bzfxw兔w兔學(xué).com標(biāo)準(zhǔn)下載見(jiàn)附錄
C。7 分離和鑒定程序分離和鑒定流程見(jiàn)圖
1。樣品(臨床、食品、環(huán)境)樣品處理增菌:施萬(wàn)菌增菌液36
℃±1
℃,
h~
h分離培養(yǎng):
36
℃±1
℃,
h~
h直徑
1-3mm、圓形、光滑凸起、綠色不透明,帶或不帶黑色中心36
℃±1
℃,
h~
h營(yíng)養(yǎng)瓊脂平板初步鑒定:革蘭染色(-),氧化酶(+),三糖鐵瓊脂反應(yīng)為斜面產(chǎn)堿、底層產(chǎn)酸、產(chǎn)硫化氫微生物鑒定系統(tǒng)鑒定實(shí)驗(yàn)PCR
確證實(shí)驗(yàn)rpoA
特異基因(+)報(bào)告檢出施萬(wàn)菌
分析(種水平鑒定,可選)圖1 施萬(wàn)菌分離鑒定流程圖學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA
032—2023學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載8 操作步驟樣品類型和處理8.1.1 樣品類型8.1.1.1
臨床樣品:包括糞便、尿液、嘔吐物、痰液、腦脊液、肛拭子、皮膚化膿性病灶等。8.1.1.2
食品樣品:包括乳制品、肉制品、水產(chǎn)制品、即食蛋制品、糧食制品、即食豆制品、即食果蔬制品等預(yù)包裝食品。8.1.1.3
環(huán)境樣品:包括水體、市場(chǎng)各水產(chǎn)或肉類檔口、各超市生鮮類柜臺(tái)和餐廳廚房的環(huán)境,包括案板、器具物表、餐具、儲(chǔ)存冰箱或冷庫(kù)內(nèi)表面、污水、工作人員手部等多點(diǎn)涂抹樣品。8.1.2 樣品處理8.1.2.1
臨床樣品:以無(wú)菌操作稱取待檢樣品
g(mL)[不足
0.5
g()取其全部],加入裝有
10mL
施萬(wàn)菌增菌液的試管中,震蕩混勻。8.1.2.2
食品樣品:以無(wú)菌操作取食品樣品
25
g(mL)[不足
25
g(mL)取其全部],加入裝有
225
施萬(wàn)菌增菌液的均質(zhì)袋,或放入盛有
225
施萬(wàn)菌增菌液的無(wú)菌錐形瓶中,用拍擊式均質(zhì)器均質(zhì)
1
~2
,震蕩混勻。8.1.2.3
環(huán)境樣品:環(huán)境物體表面,使用滅菌干燥棉拭子于
10
施萬(wàn)菌增菌液內(nèi)浸潤(rùn)后,在物體表面的適當(dāng)部位來(lái)回均勻涂抹進(jìn)行樣品采集,再用滅菌剪刀剪去棉簽手接觸部分,將棉拭子放入增菌液試管中,震蕩混勻。環(huán)境水體樣品量取樣品
50
,加入裝有
施萬(wàn)菌增菌液的無(wú)菌錐形瓶中,震蕩混勻。增菌將樣品勻液置于恒溫生化培養(yǎng)箱,36
±1
18
h
~24
h。分離培養(yǎng)用無(wú)菌接種環(huán)取增菌液,劃線接種
TCBS
瓊脂平板,于恒溫培養(yǎng)箱
36
±1
培養(yǎng)
18
h
~24
h。施萬(wàn)菌在
TCBS
瓊脂培養(yǎng)基上疑似菌落為中等大小、圓形、光滑凸起、綠色不透明,帶或不帶黑色中心。挑取
3
個(gè)或以上可疑菌落,劃線接種營(yíng)養(yǎng)瓊脂平板,于恒溫培養(yǎng)箱
36
±1
18
h
~24
h。初步鑒定8.4.1 革蘭染色鏡檢8.4.2.1
制片:以接種環(huán)取一滴鹽水放于玻片上,挑取營(yíng)養(yǎng)瓊脂平板上數(shù)個(gè)菌落與鹽水混勻,均勻涂布,學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA
032—2023學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載自然干燥,玻片在火焰上來(lái)回通過(guò)
3~4
次,使細(xì)菌固定在玻片上。8.4.2.2
1~2
,水洗。8.4.2.3
媒染:加碘液作用
1
后,水洗瀝凈。8.4.2.4
的乙醇無(wú)紫色時(shí),立即水洗。8.4.2.5
復(fù)染:用番紅液復(fù)染
1~2
,水洗,用濾紙吸干。8.4.2.6
呈桿狀。8.4.2 氧化酶實(shí)驗(yàn)
s
s
性處理。施萬(wàn)菌為氧化酶陽(yáng)性。8.4.3 三糖鐵瓊脂()實(shí)驗(yàn)以接種針挑取營(yíng)養(yǎng)瓊脂上的單個(gè)菌落,先穿刺接種到
TSI
深層,距管底
3
~5
為止,再?gòu)脑吠嘶?,在斜面自下而上劃線,于恒溫培養(yǎng)箱
±1
培養(yǎng)
18
h~24
h
觀察結(jié)果。產(chǎn)生黑色沉淀即表明產(chǎn)生了
HS;發(fā)酵乳糖或蔗糖的細(xì)菌使整個(gè)培養(yǎng)基呈現(xiàn)黃色;只能利用葡萄糖的細(xì)菌則斜面變紅,底部仍保持黃色。施萬(wàn)菌在
TSI
中的反應(yīng)為斜面產(chǎn)堿、底層產(chǎn)酸、產(chǎn)硫化氫。微生物自動(dòng)鑒定系統(tǒng)實(shí)驗(yàn)挑取疑似純菌落,按照微生物自動(dòng)鑒定系統(tǒng)的要求進(jìn)行操作,鑒定結(jié)果為施萬(wàn)菌(Shewanella)或該屬的某個(gè)種,如海藻施萬(wàn)菌(
algaeShewanella
)時(shí),為施萬(wàn)菌微生物鑒定系統(tǒng)實(shí)驗(yàn)陽(yáng)性。微生物自動(dòng)鑒定系統(tǒng)包括全自動(dòng)生化鑒定儀和飛行時(shí)間質(zhì)譜儀。PCR
確證實(shí)驗(yàn)8.6.1 核酸模板制備使用
1
μL
接種環(huán)刮取營(yíng)養(yǎng)瓊脂上培養(yǎng)
18
h
的菌落,懸浮在
200
μL
0.85%滅菌生理鹽水中,充分打散制成菌懸液,于
100
10
;冰浴冷卻后,13000
離心
3
,收集上清液作為
PCR
檢測(cè)的模板;所有處理后的
DNA
模板直接用于
PCR
反應(yīng)或暫存于
4
并當(dāng)天進(jìn)行
PCR
反應(yīng);否則,應(yīng)在
以下保存?zhèn)溆?1
周內(nèi))。也可用細(xì)菌基因組提取試劑盒提取細(xì)菌DNA,操作方法按照細(xì)菌基因組提取試劑盒說(shuō)明書(shū)進(jìn)行。每次
PCR
反應(yīng),使用中國(guó)疾病預(yù)防控制中心病原微生物菌(毒)種保藏中心(CHPC
CHPC
1.2277(國(guó)家病原微生物保藏中心編號(hào):NPRC
1.2.743)作為陽(yáng)性對(duì)照。同時(shí),使用氣單胞菌
CHPC
1.261
或等效標(biāo)準(zhǔn)菌株作為陰性對(duì)照,以滅菌去離子水作為空白對(duì)照,控制
PCR
體系污染。8.6.2 PCR
反應(yīng)體系9.610×PCR
2.525
2.52.5
dNTPs3.010×2.510×2.5
0.4
2.025.05'→3'
rpoArpoA-27-F93354rpoA-27-R準(zhǔn)xwzf.bww學(xué)兔兔w.com標(biāo)下載T/CPMA
032—2023準(zhǔn)xwzf.bww學(xué)兔兔w.com標(biāo)下載使用去離子水將合成的施萬(wàn)菌屬特異性引物(見(jiàn)表
1)干粉稀釋成
100
儲(chǔ)存液。繼續(xù)配制成
引物工作液
2
,PCR
反應(yīng)體系中引物的終濃度為
0.2
。將
10×PCR
反應(yīng)緩沖液、25
mmol/LMgCl、2.5
dNTPs、滅菌去離子水從
冰箱中取出,融化并平衡至室溫,使用前混勻;5
U/μL
酶在加樣前從
冰箱中取出。每個(gè)樣品按照表
2
的加液量配制
μL
反應(yīng)體系。表1 施萬(wàn)菌
PCR
實(shí)驗(yàn)用引物表2 施萬(wàn)菌
PCR
體系配制表8.6.3 PCR
擴(kuò)增條件94
預(yù)變性
10
,然后
30
s,
退火
表1 施萬(wàn)菌
PCR
實(shí)驗(yàn)用引物表2 施萬(wàn)菌
PCR
體系配制表8.6.3 PCR
擴(kuò)增條件后
72
。8.6.4 擴(kuò)增產(chǎn)物分析PCR
擴(kuò)增結(jié)束后,取
5
μL
產(chǎn)物上樣于
1
%瓊脂糖凝膠中,在
V
45
,驗(yàn)證是否為單一條帶并位于相應(yīng)的片段大小位置上。8.6.5 結(jié)果判定rpoA
基因陽(yáng)性者判定為施萬(wàn)菌。8.6.6 種水平的鑒定(選做)學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA
032—2023學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載見(jiàn)附錄
D
(規(guī)范性)施萬(wàn)菌種水平的鑒定(
法)。學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA
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附 錄 A(資料性)施萬(wàn)菌病原學(xué)施萬(wàn)菌屬(Shewanella
spp.)又稱希瓦氏菌屬,是一類革蘭氏陰性、氧化酶陽(yáng)性、兼性厭氧、可產(chǎn)
H2S
的海洋性細(xì)菌。
研究者根據(jù)
rRNA
序列分析,建議提出一個(gè)新的屬,施萬(wàn)菌屬被正式命名。目前施萬(wàn)菌屬的成員已超過(guò)
70
個(gè)種。它們主要分布于海洋和淡水生境,也可分布于腐敗的食物、水生有機(jī)質(zhì)以及高鹽、高壓和低溫等極端環(huán)境中。
H2S,氧化酶、明膠酶、過(guò)氧化氫酶、硝酸鹽還原反應(yīng)均為陽(yáng)性,可水解蔗糖、麥芽糖,亞硝酸鹽還原反應(yīng)、陰性,鳥(niǎo)氨酸脫羧酶反應(yīng)為陽(yáng)性?;蚪M的
含量為
。施萬(wàn)菌在含鹽量為
1%-9%
小時(shí)后形成
培養(yǎng)基上呈現(xiàn)鮭魚(yú)色。生長(zhǎng)于血瓊脂平板上的菌落也有產(chǎn)綠色色素的現(xiàn)象。S.algae)、腐敗施萬(wàn)菌(S.putrefaciensS.xiamenensis)組織感染。施萬(wàn)菌引發(fā)感染的途徑,包括職業(yè)性暴露()有施萬(wàn)菌的海洋生物()感染的風(fēng)險(xiǎn)。由于種間表型特征幾乎相同,區(qū)分不同菌種的生化指標(biāo)有限,很難應(yīng)用于施萬(wàn)菌種的檢測(cè)鑒定。使用的管家基因
rpoA
檢測(cè)方法,和基于六個(gè)管家基因的施萬(wàn)菌種水平的
MLSA
鑒定方法?!?42)實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行,采用B類(UN3373)包裝運(yùn)輸。非感染性材料的實(shí)驗(yàn)操作在生物安全一級(jí)(BSL-1)實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行。學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA
032—2023學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載附 錄 B(規(guī)范性)設(shè)備和材料B.1
冰箱:4
℃~8
℃,
℃,
℃。B.2
恒溫培養(yǎng)箱:
℃±1
℃。B.3
離心機(jī):離心力
g。B.4
天平:感量
0.001
g。B.5
顯微鏡:
倍~
倍,有相差功能。B.6
培養(yǎng)皿:直徑
90
或
60
。B.7
比色管或精密
試紙。B.8
震蕩器。B.9
全自動(dòng)微生物生化鑒定系統(tǒng)。B.10
飛行時(shí)間質(zhì)譜儀。
微量移液器:量程
10
μL、200
μL
和
1000
μL。B.12
無(wú)菌刻度移液管:10
mL。B.13
無(wú)菌離心管:1.5
、15
和
50
mL。B.14
無(wú)菌吸頭:10
μL、200
μL
和
1000
μL。B.15
PCR
管:0.2
。B.16
基因擴(kuò)增儀。B.17
水平電泳儀:包括電源、電泳槽、膠槽和梳子。B.18
凝膠成像系統(tǒng)。zf.bww兔w兔學(xué)xw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA
032—2023zf.bww兔w兔學(xué)xw.com標(biāo)準(zhǔn)下載附 錄 C(規(guī)范性)培養(yǎng)基和試劑C.1
施萬(wàn)菌增菌液蛋白胨 10.0
g氯化鈉 30.0
g酵母粉 5.0
g去離子水 1000
將上述成分混合溶解后,校正
至
7.2±0.2,于
℃高壓蒸汽滅菌
15
。C.2
硫代硫酸鹽檸檬酸鹽膽鹽蔗糖(TCBS)瓊脂酵母粉 5.0
g蛋白胨 10.0
g硫代硫酸鈉 10.0
g枸櫞酸鈉 10.0
g牛膽粉 5.0
g牛膽酸鈉 3.0
g蔗糖 20.0
g氯化鈉 10.0
g檸檬酸鐵 1.0
g麝香草酚蘭 0.04
g瓊脂 15.0
g去離子水 1000
至
8.6±0.2
℃左右傾注平板備用。C.3
營(yíng)養(yǎng)瓊脂蛋白胨 10.0
g氯化鈉 10.0
g牛肉膏 3.0
g瓊脂 15.0
g去離子水 1000
將上述成分混合溶解后,校正
至
7.2±0.2,
℃高壓蒸汽滅菌
。C.4
三糖鐵瓊脂()蛋白胨 20.0
g.bww學(xué)兔兔wzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA
032—2023.bww學(xué)兔兔wzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載牛肉?膏 5.0
g氯化鈉 5.0
g乳糖 10.0
g蔗糖 10.0
g葡萄糖 1.0
g酚紅 0.025
g硫酸亞鐵銨 0.2
g硫代硫酸鈉 0.2
g瓊脂 12.0
g去離子水 1000
除酚紅和瓊脂外,將其它成分加于
去離子水中,攪拌均勻,靜置約
,加熱使完全溶化,冷卻至
左右校正
至
7.4±。另將瓊脂加于
mL
去離子水中,靜置約
10
,加熱使完全溶化。將兩液混合均勻,加入
5%
5
mL,混勻,分裝小號(hào)試管,每管約
3
mL。于
121
高壓蒸汽滅菌
或
115
高壓蒸汽滅菌
,制成高層斜面,冷卻后呈桔紅色,放
2
8
條件下備用。C.5
氧化酶試劑二鹽酸四甲基對(duì)苯二胺 1.0
g去離子水 100
mL稱取
g
二鹽酸四甲基對(duì)苯二胺,加入去離子水少許,充分振搖,待完全溶解后,加去離子水定容至
100
。冰箱內(nèi)避光保存,在
7
天之內(nèi)使用。C.6
5×
電泳緩沖液Tris
堿 54.0
g硼酸 27.5
gNa2EDTA·2HO 3.72
g去離子水 1000
將上述成分混合溶解,室溫保存。瓊脂糖凝膠電泳時(shí)使用濃度為
0.5×。105'→3'擴(kuò)增序列長(zhǎng)度(bp)gyrAgyrA-164FTGAAGAACGATTGGAACAA66456gyrA-827RgyrBUP-1125658UP-2rinfBinfB-1426F83056infB-2255RrecN-415F86354recN-1277RGGTTGTAAAGGTTGCCCTGGGTTrpoArpoA-83F75156rpoA-833RtopAtopA-70F86060topA-929R準(zhǔn)om標(biāo).c學(xué)兔兔www.bzfxw下載T/CPMA
032—2023準(zhǔn)om標(biāo).c學(xué)兔兔www.bzfxw下載附 錄 D(規(guī)范性)施萬(wàn)菌種水平的鑒定(
法)D.1
核酸模板制備按照
8.6.1
進(jìn)行操作。D.2
反應(yīng)體系管家基因的上下游引物見(jiàn)表
D.1。PCR
反應(yīng)體系按照
8.6.2
進(jìn)行操作。表
D.1
施萬(wàn)菌
管家基因引物D.3
擴(kuò)增條件94
預(yù)變性
10
,然后
94
s,~60
退火
30
s,表
D.1
施萬(wàn)菌
管家基因引物D.3
擴(kuò)增條件環(huán),最后
10
。對(duì)于上述
6
對(duì)管家基因,PCR
擴(kuò)增的退火溫度見(jiàn)表
D.1。D.4
擴(kuò)增產(chǎn)物分析PCR
擴(kuò)增結(jié)束后,取
5
μL
產(chǎn)物于
1%瓊脂糖凝膠中,在
120
V
電壓下電泳
45
,驗(yàn)證是否為單一條帶并位于相應(yīng)的片段大小位置上。剩余產(chǎn)物使用相應(yīng)管家基因引物進(jìn)行雙向測(cè)序。D.5
MLSA
進(jìn)化樹(shù)將測(cè)序獲得的實(shí)驗(yàn)菌株
、、、、
和
基因分別對(duì)應(yīng)大腸桿菌
56-1455、247-744、、1519-2181、565-1200、139-756
和
106-768
的基因位點(diǎn)截齊,然后將六個(gè)管家基因序列按
-gyrB--recN-rpoA-topA
順序依次串聯(lián)。并以施萬(wàn)
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