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學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載

11.020學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載CCS

C

04 T/CPMA

032—2023病原微生物菌(毒)種分離和鑒定方法施萬(wàn)菌

—Shewanella

spp.2023

-

10

發(fā)

布兔兔w學(xué)ww.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA

032—2023兔兔w學(xué)ww.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載 前 言

...........................................................................

II1

范圍

................................................................................

12

規(guī)范性引用文件

......................................................................

13

術(shù)語(yǔ)和定義

..........................................................................

14

縮略語(yǔ)

..............................................................................

15

設(shè)備和材料

..........................................................................

16

培養(yǎng)基和試劑

........................................................................

17

分離和鑒定程序

......................................................................

28

操作步驟

............................................................................

3樣品類型和處理

..................................................................

3

............................................................................

3分離培養(yǎng)

........................................................................

3初步鑒定

........................................................................

3微生物自動(dòng)鑒定系統(tǒng)實(shí)驗(yàn)

..........................................................

4

確證實(shí)驗(yàn).....................................................................

4附 錄 A (資料性)

施萬(wàn)菌病原學(xué)....................................................

7附 錄 B (規(guī)范性)

設(shè)備和材料......................................................

8附 錄 C (規(guī)范性)

培養(yǎng)基和試劑....................................................

9C.1

施萬(wàn)菌增菌液.....................................................................

9C.2

硫代硫酸鹽檸檬酸鹽膽鹽蔗糖(TCBS)瓊脂...........................................

9C.3

營(yíng)養(yǎng)瓊脂.........................................................................

9C.4

三糖鐵瓊脂()................................................................

9C.5

氧化酶試劑......................................................................

10C.6

電泳緩沖液................................................................

10附 錄 D (規(guī)范性)

施萬(wàn)菌種水平的鑒定(

法)

..................................

11D.1

核酸模板制備....................................................................

11D.2

反應(yīng)體系

...................................................................

11D.3

擴(kuò)增條件....................................................................

11D.4

擴(kuò)增產(chǎn)物分析

...................................................................

11D.5

MLSA

進(jìn)化樹(shù)

................................................................

11D.6

結(jié)果判定

.......................................................................

12參 考 文 獻(xiàn)

.......................................................................

13學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA

032—2023學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載 本文件按照GB/T

1.1—2020《標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則

第1部分:標(biāo)準(zhǔn)化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則》的規(guī)定起草。請(qǐng)注意本文件的某些內(nèi)容可能涉及專利。本文件的發(fā)布機(jī)構(gòu)不承擔(dān)識(shí)別專利的責(zé)任。本文件由中國(guó)疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所提出。本文件由中華預(yù)防醫(yī)學(xué)會(huì)歸口。病預(yù)防控制中心、中日友好醫(yī)院、北京市順義區(qū)疾病預(yù)防控制中心。蔡紅艷、肖悅、高鶴、白雪梅。II學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA

032—2023學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載1 范圍本文件規(guī)定了施萬(wàn)菌的分離和鑒定方法。本文件適用于全國(guó)各級(jí)病原微生物菌(毒)種保藏機(jī)構(gòu),以及涉及人間傳染的施萬(wàn)菌研究、教學(xué)、檢測(cè)、診斷等相關(guān)活動(dòng)的機(jī)構(gòu)。2 規(guī)范性引用文件文件。T/CPMA

011

病原微生物菌(毒)種保藏?cái)?shù)據(jù)描述通則3 術(shù)語(yǔ)和定義下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。施萬(wàn)菌屬 Shewanella

HS,在人體可導(dǎo)致皮膚和軟組織感染、菌血癥、肝膽疾病、中耳炎和其他感染。

4 縮略語(yǔ)下列縮略語(yǔ)適用于本文件。bp:堿基對(duì)(Base

pair):多位點(diǎn)序列分析(Multilocus

Sequence

)PCR:聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)

Chain

Reaction)5 設(shè)備和材料見(jiàn)附錄B。6 培養(yǎng)基和試劑ww.bzfxw兔w兔學(xué).com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA

032—2023ww.bzfxw兔w兔學(xué).com標(biāo)準(zhǔn)下載見(jiàn)附錄

C。7 分離和鑒定程序分離和鑒定流程見(jiàn)圖

1。樣品(臨床、食品、環(huán)境)樣品處理增菌:施萬(wàn)菌增菌液36

℃±1

℃,

h~

h分離培養(yǎng):

36

℃±1

℃,

h~

h直徑

1-3mm、圓形、光滑凸起、綠色不透明,帶或不帶黑色中心36

℃±1

℃,

h~

h營(yíng)養(yǎng)瓊脂平板初步鑒定:革蘭染色(-),氧化酶(+),三糖鐵瓊脂反應(yīng)為斜面產(chǎn)堿、底層產(chǎn)酸、產(chǎn)硫化氫微生物鑒定系統(tǒng)鑒定實(shí)驗(yàn)PCR

確證實(shí)驗(yàn)rpoA

特異基因(+)報(bào)告檢出施萬(wàn)菌

分析(種水平鑒定,可選)圖1 施萬(wàn)菌分離鑒定流程圖學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA

032—2023學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載8 操作步驟樣品類型和處理8.1.1 樣品類型8.1.1.1

臨床樣品:包括糞便、尿液、嘔吐物、痰液、腦脊液、肛拭子、皮膚化膿性病灶等。8.1.1.2

食品樣品:包括乳制品、肉制品、水產(chǎn)制品、即食蛋制品、糧食制品、即食豆制品、即食果蔬制品等預(yù)包裝食品。8.1.1.3

環(huán)境樣品:包括水體、市場(chǎng)各水產(chǎn)或肉類檔口、各超市生鮮類柜臺(tái)和餐廳廚房的環(huán)境,包括案板、器具物表、餐具、儲(chǔ)存冰箱或冷庫(kù)內(nèi)表面、污水、工作人員手部等多點(diǎn)涂抹樣品。8.1.2 樣品處理8.1.2.1

臨床樣品:以無(wú)菌操作稱取待檢樣品

g(mL)[不足

0.5

g()取其全部],加入裝有

10mL

施萬(wàn)菌增菌液的試管中,震蕩混勻。8.1.2.2

食品樣品:以無(wú)菌操作取食品樣品

25

g(mL)[不足

25

g(mL)取其全部],加入裝有

225

施萬(wàn)菌增菌液的均質(zhì)袋,或放入盛有

225

施萬(wàn)菌增菌液的無(wú)菌錐形瓶中,用拍擊式均質(zhì)器均質(zhì)

1

~2

,震蕩混勻。8.1.2.3

環(huán)境樣品:環(huán)境物體表面,使用滅菌干燥棉拭子于

10

施萬(wàn)菌增菌液內(nèi)浸潤(rùn)后,在物體表面的適當(dāng)部位來(lái)回均勻涂抹進(jìn)行樣品采集,再用滅菌剪刀剪去棉簽手接觸部分,將棉拭子放入增菌液試管中,震蕩混勻。環(huán)境水體樣品量取樣品

50

,加入裝有

施萬(wàn)菌增菌液的無(wú)菌錐形瓶中,震蕩混勻。增菌將樣品勻液置于恒溫生化培養(yǎng)箱,36

±1

18

h

~24

h。分離培養(yǎng)用無(wú)菌接種環(huán)取增菌液,劃線接種

TCBS

瓊脂平板,于恒溫培養(yǎng)箱

36

±1

培養(yǎng)

18

h

~24

h。施萬(wàn)菌在

TCBS

瓊脂培養(yǎng)基上疑似菌落為中等大小、圓形、光滑凸起、綠色不透明,帶或不帶黑色中心。挑取

3

個(gè)或以上可疑菌落,劃線接種營(yíng)養(yǎng)瓊脂平板,于恒溫培養(yǎng)箱

36

±1

18

h

~24

h。初步鑒定8.4.1 革蘭染色鏡檢8.4.2.1

制片:以接種環(huán)取一滴鹽水放于玻片上,挑取營(yíng)養(yǎng)瓊脂平板上數(shù)個(gè)菌落與鹽水混勻,均勻涂布,學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA

032—2023學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載自然干燥,玻片在火焰上來(lái)回通過(guò)

3~4

次,使細(xì)菌固定在玻片上。8.4.2.2

1~2

,水洗。8.4.2.3

媒染:加碘液作用

1

后,水洗瀝凈。8.4.2.4

的乙醇無(wú)紫色時(shí),立即水洗。8.4.2.5

復(fù)染:用番紅液復(fù)染

1~2

,水洗,用濾紙吸干。8.4.2.6

呈桿狀。8.4.2 氧化酶實(shí)驗(yàn)

s

s

性處理。施萬(wàn)菌為氧化酶陽(yáng)性。8.4.3 三糖鐵瓊脂()實(shí)驗(yàn)以接種針挑取營(yíng)養(yǎng)瓊脂上的單個(gè)菌落,先穿刺接種到

TSI

深層,距管底

3

~5

為止,再?gòu)脑吠嘶?,在斜面自下而上劃線,于恒溫培養(yǎng)箱

±1

培養(yǎng)

18

h~24

h

觀察結(jié)果。產(chǎn)生黑色沉淀即表明產(chǎn)生了

HS;發(fā)酵乳糖或蔗糖的細(xì)菌使整個(gè)培養(yǎng)基呈現(xiàn)黃色;只能利用葡萄糖的細(xì)菌則斜面變紅,底部仍保持黃色。施萬(wàn)菌在

TSI

中的反應(yīng)為斜面產(chǎn)堿、底層產(chǎn)酸、產(chǎn)硫化氫。微生物自動(dòng)鑒定系統(tǒng)實(shí)驗(yàn)挑取疑似純菌落,按照微生物自動(dòng)鑒定系統(tǒng)的要求進(jìn)行操作,鑒定結(jié)果為施萬(wàn)菌(Shewanella)或該屬的某個(gè)種,如海藻施萬(wàn)菌(

algaeShewanella

)時(shí),為施萬(wàn)菌微生物鑒定系統(tǒng)實(shí)驗(yàn)陽(yáng)性。微生物自動(dòng)鑒定系統(tǒng)包括全自動(dòng)生化鑒定儀和飛行時(shí)間質(zhì)譜儀。PCR

確證實(shí)驗(yàn)8.6.1 核酸模板制備使用

1

μL

接種環(huán)刮取營(yíng)養(yǎng)瓊脂上培養(yǎng)

18

h

的菌落,懸浮在

200

μL

0.85%滅菌生理鹽水中,充分打散制成菌懸液,于

100

10

;冰浴冷卻后,13000

離心

3

,收集上清液作為

PCR

檢測(cè)的模板;所有處理后的

DNA

模板直接用于

PCR

反應(yīng)或暫存于

4

并當(dāng)天進(jìn)行

PCR

反應(yīng);否則,應(yīng)在

以下保存?zhèn)溆?1

周內(nèi))。也可用細(xì)菌基因組提取試劑盒提取細(xì)菌DNA,操作方法按照細(xì)菌基因組提取試劑盒說(shuō)明書(shū)進(jìn)行。每次

PCR

反應(yīng),使用中國(guó)疾病預(yù)防控制中心病原微生物菌(毒)種保藏中心(CHPC

CHPC

1.2277(國(guó)家病原微生物保藏中心編號(hào):NPRC

1.2.743)作為陽(yáng)性對(duì)照。同時(shí),使用氣單胞菌

CHPC

1.261

或等效標(biāo)準(zhǔn)菌株作為陰性對(duì)照,以滅菌去離子水作為空白對(duì)照,控制

PCR

體系污染。8.6.2 PCR

反應(yīng)體系9.610×PCR

2.525

2.52.5

dNTPs3.010×2.510×2.5

0.4

2.025.05'→3'

rpoArpoA-27-F93354rpoA-27-R準(zhǔn)xwzf.bww學(xué)兔兔w.com標(biāo)下載T/CPMA

032—2023準(zhǔn)xwzf.bww學(xué)兔兔w.com標(biāo)下載使用去離子水將合成的施萬(wàn)菌屬特異性引物(見(jiàn)表

1)干粉稀釋成

100

儲(chǔ)存液。繼續(xù)配制成

引物工作液

2

,PCR

反應(yīng)體系中引物的終濃度為

0.2

。將

10×PCR

反應(yīng)緩沖液、25

mmol/LMgCl、2.5

dNTPs、滅菌去離子水從

冰箱中取出,融化并平衡至室溫,使用前混勻;5

U/μL

酶在加樣前從

冰箱中取出。每個(gè)樣品按照表

2

的加液量配制

μL

反應(yīng)體系。表1 施萬(wàn)菌

PCR

實(shí)驗(yàn)用引物表2 施萬(wàn)菌

PCR

體系配制表8.6.3 PCR

擴(kuò)增條件94

預(yù)變性

10

,然后

30

s,

退火

表1 施萬(wàn)菌

PCR

實(shí)驗(yàn)用引物表2 施萬(wàn)菌

PCR

體系配制表8.6.3 PCR

擴(kuò)增條件后

72

。8.6.4 擴(kuò)增產(chǎn)物分析PCR

擴(kuò)增結(jié)束后,取

5

μL

產(chǎn)物上樣于

1

%瓊脂糖凝膠中,在

V

45

,驗(yàn)證是否為單一條帶并位于相應(yīng)的片段大小位置上。8.6.5 結(jié)果判定rpoA

基因陽(yáng)性者判定為施萬(wàn)菌。8.6.6 種水平的鑒定(選做)學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA

032—2023學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載見(jiàn)附錄

D

(規(guī)范性)施萬(wàn)菌種水平的鑒定(

法)。學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA

032—2023學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載

附 錄 A(資料性)施萬(wàn)菌病原學(xué)施萬(wàn)菌屬(Shewanella

spp.)又稱希瓦氏菌屬,是一類革蘭氏陰性、氧化酶陽(yáng)性、兼性厭氧、可產(chǎn)

H2S

的海洋性細(xì)菌。

研究者根據(jù)

rRNA

序列分析,建議提出一個(gè)新的屬,施萬(wàn)菌屬被正式命名。目前施萬(wàn)菌屬的成員已超過(guò)

70

個(gè)種。它們主要分布于海洋和淡水生境,也可分布于腐敗的食物、水生有機(jī)質(zhì)以及高鹽、高壓和低溫等極端環(huán)境中。

H2S,氧化酶、明膠酶、過(guò)氧化氫酶、硝酸鹽還原反應(yīng)均為陽(yáng)性,可水解蔗糖、麥芽糖,亞硝酸鹽還原反應(yīng)、陰性,鳥(niǎo)氨酸脫羧酶反應(yīng)為陽(yáng)性?;蚪M的

含量為

。施萬(wàn)菌在含鹽量為

1%-9%

小時(shí)后形成

培養(yǎng)基上呈現(xiàn)鮭魚(yú)色。生長(zhǎng)于血瓊脂平板上的菌落也有產(chǎn)綠色色素的現(xiàn)象。S.algae)、腐敗施萬(wàn)菌(S.putrefaciensS.xiamenensis)組織感染。施萬(wàn)菌引發(fā)感染的途徑,包括職業(yè)性暴露()有施萬(wàn)菌的海洋生物()感染的風(fēng)險(xiǎn)。由于種間表型特征幾乎相同,區(qū)分不同菌種的生化指標(biāo)有限,很難應(yīng)用于施萬(wàn)菌種的檢測(cè)鑒定。使用的管家基因

rpoA

檢測(cè)方法,和基于六個(gè)管家基因的施萬(wàn)菌種水平的

MLSA

鑒定方法?!?42)實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行,采用B類(UN3373)包裝運(yùn)輸。非感染性材料的實(shí)驗(yàn)操作在生物安全一級(jí)(BSL-1)實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行。學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA

032—2023學(xué)兔兔www.bzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載附 錄 B(規(guī)范性)設(shè)備和材料B.1

冰箱:4

℃~8

℃,

℃,

℃。B.2

恒溫培養(yǎng)箱:

℃±1

℃。B.3

離心機(jī):離心力

g。B.4

天平:感量

0.001

g。B.5

顯微鏡:

倍~

倍,有相差功能。B.6

培養(yǎng)皿:直徑

90

60

。B.7

比色管或精密

試紙。B.8

震蕩器。B.9

全自動(dòng)微生物生化鑒定系統(tǒng)。B.10

飛行時(shí)間質(zhì)譜儀。

微量移液器:量程

10

μL、200

μL

1000

μL。B.12

無(wú)菌刻度移液管:10

mL。B.13

無(wú)菌離心管:1.5

、15

50

mL。B.14

無(wú)菌吸頭:10

μL、200

μL

1000

μL。B.15

PCR

管:0.2

。B.16

基因擴(kuò)增儀。B.17

水平電泳儀:包括電源、電泳槽、膠槽和梳子。B.18

凝膠成像系統(tǒng)。zf.bww兔w兔學(xué)xw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA

032—2023zf.bww兔w兔學(xué)xw.com標(biāo)準(zhǔn)下載附 錄 C(規(guī)范性)培養(yǎng)基和試劑C.1

施萬(wàn)菌增菌液蛋白胨 10.0

g氯化鈉 30.0

g酵母粉 5.0

g去離子水 1000

將上述成分混合溶解后,校正

7.2±0.2,于

℃高壓蒸汽滅菌

15

。C.2

硫代硫酸鹽檸檬酸鹽膽鹽蔗糖(TCBS)瓊脂酵母粉 5.0

g蛋白胨 10.0

g硫代硫酸鈉 10.0

g枸櫞酸鈉 10.0

g牛膽粉 5.0

g牛膽酸鈉 3.0

g蔗糖 20.0

g氯化鈉 10.0

g檸檬酸鐵 1.0

g麝香草酚蘭 0.04

g瓊脂 15.0

g去離子水 1000

8.6±0.2

℃左右傾注平板備用。C.3

營(yíng)養(yǎng)瓊脂蛋白胨 10.0

g氯化鈉 10.0

g牛肉膏 3.0

g瓊脂 15.0

g去離子水 1000

將上述成分混合溶解后,校正

7.2±0.2,

℃高壓蒸汽滅菌

。C.4

三糖鐵瓊脂()蛋白胨 20.0

g.bww學(xué)兔兔wzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載T/CPMA

032—2023.bww學(xué)兔兔wzfxw.com標(biāo)準(zhǔn)下載牛肉?膏 5.0

g氯化鈉 5.0

g乳糖 10.0

g蔗糖 10.0

g葡萄糖 1.0

g酚紅 0.025

g硫酸亞鐵銨 0.2

g硫代硫酸鈉 0.2

g瓊脂 12.0

g去離子水 1000

除酚紅和瓊脂外,將其它成分加于

去離子水中,攪拌均勻,靜置約

,加熱使完全溶化,冷卻至

左右校正

7.4±。另將瓊脂加于

mL

去離子水中,靜置約

10

,加熱使完全溶化。將兩液混合均勻,加入

5%

5

mL,混勻,分裝小號(hào)試管,每管約

3

mL。于

121

高壓蒸汽滅菌

115

高壓蒸汽滅菌

,制成高層斜面,冷卻后呈桔紅色,放

2

8

條件下備用。C.5

氧化酶試劑二鹽酸四甲基對(duì)苯二胺 1.0

g去離子水 100

mL稱取

g

二鹽酸四甲基對(duì)苯二胺,加入去離子水少許,充分振搖,待完全溶解后,加去離子水定容至

100

。冰箱內(nèi)避光保存,在

7

天之內(nèi)使用。C.6

電泳緩沖液Tris

堿 54.0

g硼酸 27.5

gNa2EDTA·2HO 3.72

g去離子水 1000

將上述成分混合溶解,室溫保存。瓊脂糖凝膠電泳時(shí)使用濃度為

0.5×。105'→3'擴(kuò)增序列長(zhǎng)度(bp)gyrAgyrA-164FTGAAGAACGATTGGAACAA66456gyrA-827RgyrBUP-1125658UP-2rinfBinfB-1426F83056infB-2255RrecN-415F86354recN-1277RGGTTGTAAAGGTTGCCCTGGGTTrpoArpoA-83F75156rpoA-833RtopAtopA-70F86060topA-929R準(zhǔn)om標(biāo).c學(xué)兔兔www.bzfxw下載T/CPMA

032—2023準(zhǔn)om標(biāo).c學(xué)兔兔www.bzfxw下載附 錄 D(規(guī)范性)施萬(wàn)菌種水平的鑒定(

法)D.1

核酸模板制備按照

8.6.1

進(jìn)行操作。D.2

反應(yīng)體系管家基因的上下游引物見(jiàn)表

D.1。PCR

反應(yīng)體系按照

8.6.2

進(jìn)行操作。表

D.1

施萬(wàn)菌

管家基因引物D.3

擴(kuò)增條件94

預(yù)變性

10

,然后

94

s,~60

退火

30

s,表

D.1

施萬(wàn)菌

管家基因引物D.3

擴(kuò)增條件環(huán),最后

10

。對(duì)于上述

6

對(duì)管家基因,PCR

擴(kuò)增的退火溫度見(jiàn)表

D.1。D.4

擴(kuò)增產(chǎn)物分析PCR

擴(kuò)增結(jié)束后,取

5

μL

產(chǎn)物于

1%瓊脂糖凝膠中,在

120

V

電壓下電泳

45

,驗(yàn)證是否為單一條帶并位于相應(yīng)的片段大小位置上。剩余產(chǎn)物使用相應(yīng)管家基因引物進(jìn)行雙向測(cè)序。D.5

MLSA

進(jìn)化樹(shù)將測(cè)序獲得的實(shí)驗(yàn)菌株

、、、、

基因分別對(duì)應(yīng)大腸桿菌

56-1455、247-744、、1519-2181、565-1200、139-756

106-768

的基因位點(diǎn)截齊,然后將六個(gè)管家基因序列按

-gyrB--recN-rpoA-topA

順序依次串聯(lián)。并以施萬(wàn)

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