人類基因組計(jì)劃2遺傳圖

南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院分子生物學(xué)

南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院分子生物學(xué)2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院2第九章基因組與比較基因?qū)W人類基因組計(jì)劃（HGP）20世紀(jì)人類科技發(fā)展史上的三大創(chuàng)舉之一。2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院2第九章基因組與2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院3第九章基因組與比較基因?qū)W 1940年代第一顆原子彈爆炸，1960年代人類首次登上月球和1990年代提出并已基本完成的人類基因組計(jì)劃（HGP）是20世紀(jì)人類科技發(fā)展史上的三大創(chuàng)舉。對(duì)人類以及其他生物體全基因組的測(cè)序是人類科學(xué)發(fā)展史上的一項(xiàng)浩大工程。2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院3第九章基因組與2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院4第九章基因組與比較基因?qū)W基因組學(xué)是美國(guó)人T·H·Rodehck在1986年7月造出來(lái)的?；蚪M是生物體內(nèi)遺傳信息的集合，是某個(gè)特定物種細(xì)胞內(nèi)全部DNA分子的總和（細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞器的DNA屬于該細(xì)胞器的基因組）。原核生物基因組：原核生物DNA分布在整個(gè)細(xì)胞之中，有時(shí)相對(duì)集中在類核體上。類核體上的DNA是一條共價(jià)、閉合雙鏈分子，類核體通常也稱為染色體。這條染色體的DNA就是原核細(xì)胞的基因組。真核生物基因組：一個(gè)物種的單倍體的各條染色體中的全部DNA為該物種的基因組（genome）。例如，人有23對(duì)染色體，配子——單倍體是23條染色體，這23條染色體中的全部DNA就是人體基因組。2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院4第九章基因組與2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院5第九章基因組與比較基因?qū)W內(nèi)容：高通量DNA分析技術(shù)人類基因組計(jì)劃其他基因組比較基因組學(xué)及相關(guān)研究2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院5第九章基因組與第一節(jié)高通量DNA序列分析技術(shù)1.DNA序列測(cè)定的基本原理無(wú)論是對(duì)于重組質(zhì)粒、單個(gè)基因還是整個(gè)基因組，分析DNA結(jié)構(gòu)的最基本方法就是測(cè)定出這些DNA分子的一級(jí)結(jié)構(gòu)——DNA序列。DNA自動(dòng)測(cè)序儀可快速測(cè)定DNA序列，計(jì)算機(jī)處理能力的快速提高則使得大量DNA小片段很容易拼接成較大的片段甚至整個(gè)染色體。高效快捷的DNA測(cè)序方法是20世紀(jì)70年代中期發(fā)展起來(lái)的，主要有兩種：Sanger的雙脫氧鏈終止法和Maxam-Gilbert的化學(xué)修飾法。后者因更適應(yīng)序列分析的自動(dòng)化而逐漸占據(jù)優(yōu)勢(shì)。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院6第一節(jié)高通量DNA序列分析技術(shù)1.DNA序列測(cè)定的基本2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院7Sanger的雙脫氧鏈終止法基本原理：核酸模板在核酸聚合酶、引物、四種單脫氧堿基存在條件下復(fù)制或轉(zhuǎn)錄時(shí)，如果在四管反應(yīng)系統(tǒng)中分別按比例引入四種雙脫氧堿基，只要雙脫氧堿基摻入鏈端，該鏈就停止延長(zhǎng)，鏈端摻入單脫氧堿基的片段可繼續(xù)延長(zhǎng)。如此每管反應(yīng)體系中便合成以共同引物為5’端，以雙脫氧堿基為3’端的一系列長(zhǎng)度不等的核酸片段。反應(yīng)終止后，分四個(gè)泳道進(jìn)行電泳，以分離長(zhǎng)短不一的核酸片段（長(zhǎng)度相鄰者僅差一個(gè)堿基），根據(jù)片段3’端的雙脫氧堿基，便可依次閱讀合成片段的堿基排列順序。2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院7Sanger的2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院82024/4/1南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院8第一節(jié)高通量DNA序列分析技術(shù)2.基因組DNA大片段文庫(kù)的構(gòu)建構(gòu)建基因文庫(kù)是測(cè)序前必須的預(yù)備工作。用細(xì)菌的F質(zhì)粒及其調(diào)控基因構(gòu)建了細(xì)菌染色體克隆載體BAC，其克隆能力在125-150kb左右。以BAC為基礎(chǔ)的克隆載體轉(zhuǎn)化效率高，而且以環(huán)狀結(jié)構(gòu)存在于細(xì)菌體內(nèi)，易于分辨和分離純化。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院9第一節(jié)高通量DNA序列分析技術(shù)2.基因組DNA大片段文第一節(jié)高通量DNA序列分析技術(shù)3.鳥槍法基因組序列分析技術(shù)DNA序列分析技術(shù)一次測(cè)序反應(yīng)的長(zhǎng)度不能超過(guò)1kb，不能直接用BAC等大片段作為序列分析的模板，采用全基因組鳥槍法測(cè)序技術(shù)——隨機(jī)挑選插入基因組DNA的質(zhì)粒做測(cè)序反應(yīng)，然后用計(jì)算機(jī)程序進(jìn)行序列拼接。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院10第一節(jié)高通量DNA序列分析技術(shù)3.鳥槍法基因組序列分析第一節(jié)高通量DNA序列分析技術(shù)3.鳥槍法基因組序列分析技術(shù)采用全基因組鳥槍法測(cè)序的基本原理：對(duì)某基因組文庫(kù)全部克隆片段進(jìn)行末端序列測(cè)定中未測(cè)到的堿基數(shù)，即缺口(gap)，與已測(cè)定的總堿基數(shù)相關(guān)。隨著已測(cè)定堿基數(shù)的增加，缺口的總堿基數(shù)目會(huì)按照泊松公式的一個(gè)推論（P=e-m）迅速減小。其中P為基因組中某個(gè)堿基未被測(cè)定的概率，m為所測(cè)定的堿基數(shù)與基因組大小相比的倍數(shù)。m越大P值越小。當(dāng)m=5（即隨機(jī)測(cè)定的堿基數(shù)達(dá)到基因組5倍），基因組中未測(cè)定的堿基數(shù)為總堿基數(shù)的0.67%（e-5=0.0067）。對(duì)流感嗜血桿菌基因組（1.83Mb）來(lái)說(shuō)，可能留有128個(gè)平均長(zhǎng)為100bp的缺口。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院11第一節(jié)高通量DNA序列分析技術(shù)3.鳥槍法基因組序列分析第一節(jié)高通量DNA序列分析技術(shù)3.鳥槍法基因組序列分析技術(shù)鳥槍法測(cè)序的缺點(diǎn)：隨著所測(cè)基因組總量增大，所需測(cè)序的片段大量增加，各個(gè)片段重疊成一個(gè)連續(xù)體的概率是2n2-2n。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院12第一節(jié)高通量DNA序列分析技術(shù)3.鳥槍法基因組序列分析第一節(jié)高通量DNA序列分析技術(shù)3.鳥槍法基因組序列分析技術(shù)對(duì)鳥槍法的改進(jìn)：Clonecontig法。首先用稀有內(nèi)切酶把待測(cè)基因組降解為數(shù)百kb以上的片段，再分別測(cè)序。靶標(biāo)鳥槍法(diretedshotgun)。首先根據(jù)染色體上已知基因和標(biāo)記的位置來(lái)確定部分DNA片段的相對(duì)位置，再逐步縮小各片段之間的缺口。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院13第一節(jié)高通量DNA序列分析技術(shù)3.鳥槍法基因組序列分析2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院14改進(jìn)后的鳥槍測(cè)序法原理圖2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院14改進(jìn)后的鳥槍測(cè)第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2003年4月14日，國(guó)際人類基因組宣布：人類基因組序列圖--“完成圖”提前繪制成功。人類基因組包括24條染色體，約30億對(duì)核苷酸，編碼5萬(wàn)～6萬(wàn)個(gè)基因，人類基因組中攜帶了有關(guān)人類個(gè)體生長(zhǎng)發(fā)育、生老病死的全部遺傳信息。從整體上看，不同人類個(gè)體的基因是相同的，因此，我們說(shuō)“人類只有一個(gè)基因組”，人生來(lái)是平等的。當(dāng)然，不同的人可能擁有不同的等位基因，這一點(diǎn)決定了人與人之間個(gè)體上的差異。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院15第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2003年4月14日，國(guó)際人類基因組宣第二節(jié)人類基因組計(jì)劃1.人類基因組計(jì)劃的科學(xué)意義確定人類基因組中約3-4萬(wàn)個(gè)編碼基因的序列及其在基因組中的物理位置，研究基因的產(chǎn)物及其功能。了解轉(zhuǎn)錄和剪接調(diào)控元件的結(jié)構(gòu)與位置，從整個(gè)基因組結(jié)構(gòu)的宏觀水平上理解基因轉(zhuǎn)錄與轉(zhuǎn)錄后調(diào)節(jié)。從整體上了解染色體結(jié)構(gòu)，了解各種不同序列在形成染色體結(jié)構(gòu)、DNA復(fù)制、基因轉(zhuǎn)錄及表達(dá)調(diào)控中的影響與作用。研究空間結(jié)構(gòu)對(duì)基因調(diào)節(jié)的作用。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院16第二節(jié)人類基因組計(jì)劃1.人類基因組計(jì)劃的科學(xué)意義2024第二節(jié)人類基因組計(jì)劃1.人類基因組計(jì)劃的科學(xué)意義發(fā)現(xiàn)與DNA復(fù)制、重組研究DNA突變、重排和染色體斷裂等，了解疾病的分子機(jī)制，為疾病診斷、預(yù)防和治療提供理論依據(jù)。確定人類基因組中轉(zhuǎn)座子、逆轉(zhuǎn)座子和病毒殘余序列，研究其周圍序列的性質(zhì)。等有關(guān)的序列。研究人類個(gè)體之間的多態(tài)性（SNP）情況，用于基因診斷、個(gè)體識(shí)別、親子鑒定、組織配型、發(fā)育進(jìn)化等許多醫(yī)療、司法和人類學(xué)的研究。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院17第二節(jié)人類基因組計(jì)劃1.人類基因組計(jì)劃的科學(xué)意義2024第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2.遺傳圖遺傳圖又稱連鎖圖（LinkageMap），是指基因或DNA標(biāo)志在染色體上的相對(duì)位置與遺傳距離，通常以基因或DNA片段在染色體交換過(guò)程中的分離頻率厘摩（cM）來(lái)表示。cM值越大，兩者之間距離越遠(yuǎn)。產(chǎn)生配子的減數(shù)分裂過(guò)程中，親代同“號(hào)”的父源或母源染色體既能相互配對(duì)也可能發(fā)生片段互換，而父母源染色體等位基因互換導(dǎo)致子代出現(xiàn)DNA“重組”的頻率與這兩個(gè)位點(diǎn)之間的距離呈正相關(guān)，所以，用兩個(gè)位點(diǎn)之間的交換或重組頻率來(lái)表示其“遺傳學(xué)距離”。連鎖分析是通過(guò)分析同一遺傳位點(diǎn)在不同個(gè)體中等位基因的不同（多態(tài)性）來(lái)研究同一染色體上兩位點(diǎn)之間的相互關(guān)系2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院18第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2.遺傳圖2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2.遺傳圖遺傳距離圖的基本數(shù)據(jù)來(lái)自基因的重組。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院19注：上述4個(gè)基因都位于果蠅的X染色體上第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2.遺傳圖2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2.遺傳圖由于不能對(duì)人類進(jìn)行“選擇性”婚配，而且人類子代個(gè)體數(shù)量有限、世代壽命較長(zhǎng)，呈共顯多態(tài)性的蛋白質(zhì)數(shù)量不多，等位基因的數(shù)量不多。DNA技術(shù)的建立為人類提供了大量新的遺傳標(biāo)記。遺傳標(biāo)記有三代：第一代DNA遺傳標(biāo)記是RFLP（限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性）。DNA序列上的微小變化，甚至1個(gè)核苷酸的變化，也能引起限制性內(nèi)切酶切點(diǎn)的丟失或產(chǎn)生，導(dǎo)致酶切片段長(zhǎng)度的變化2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院20第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2.遺傳圖2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2.遺傳圖第二代DNA遺傳標(biāo)記利用了存在于人類基因組中的大量重復(fù)序列：重復(fù)單位長(zhǎng)度在15-65個(gè)核苷酸左右的小衛(wèi)星DNA；重復(fù)單位長(zhǎng)度在2-6個(gè)核苷酸之間的微衛(wèi)星DNA，又稱為簡(jiǎn)短串聯(lián)重復(fù)（STR、STRP或SSLP）。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院21衛(wèi)星DNA分類特征衛(wèi)星DNA串聯(lián)重復(fù)的基本單位首尾相接，在基因組中呈不均勻分布，但主要集中于著絲粒、端粒等特定部位，高度或中等重復(fù)，分屬三個(gè)大家族。α衛(wèi)星DNA中等重復(fù)，基本單位長(zhǎng)171bp。小衛(wèi)星DNA中等重復(fù)，基本單位長(zhǎng)15~65bp。微衛(wèi)星DNA中等重復(fù)，基本單位長(zhǎng)2~8bp第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2.遺傳圖2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2.遺傳圖第二代DNA遺傳標(biāo)記STRP的優(yōu)點(diǎn)是“多態(tài)性”與“高頻率”。由于(A)n，(CA)n，(CGG)n等短重復(fù)序列在進(jìn)化上不受選擇，在同一位點(diǎn)上可重復(fù)單位數(shù)量變化很大，配對(duì)時(shí)又容易產(chǎn)生“錯(cuò)配”，使這樣的位點(diǎn)遍布于整個(gè)基因組。已有5264個(gè)STRP為主體的遺傳標(biāo)記“連鎖圖”，平均分辨率已達(dá)600kb，其中第17號(hào)染色體上平均每495kb有一個(gè)標(biāo)記，第9號(hào)染色體上平均每767kb有一個(gè)標(biāo)記，整個(gè)基因組中只有三處標(biāo)記間距大于4Mb。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院22第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2.遺傳圖2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2.遺傳圖第三代DNA遺傳標(biāo)記，可能也是最好的遺傳標(biāo)記，是分散于基因組中的單個(gè)堿基的差異，即單核苷酸的多態(tài)性（SNP），包括單個(gè)堿基的缺失、插入和替換。SNP中大多數(shù)為轉(zhuǎn)換，即由一種嘧啶堿基替換另一種嘧啶堿基，或由一種嘌呤堿基替換另一種嘌呤堿基，顛換與轉(zhuǎn)換之比為1：2。SNP有可能在密度上達(dá)到人類基因組“多態(tài)”位點(diǎn)數(shù)目的極限。估計(jì)人類基因組中可能有300萬(wàn)個(gè)SNP位點(diǎn)！SNP與RFLP和STRP標(biāo)記的主要不同之處在于，它不再以DNA片段的長(zhǎng)度變化作為檢測(cè)手段，而直接以序列變異作為標(biāo)記。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院23第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2.遺傳圖2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2.遺傳圖“遺傳圖”的建立為人類疾病相關(guān)基因的分離克隆奠定了基礎(chǔ)。擁有5000多個(gè)遺傳學(xué)位點(diǎn)，相當(dāng)于把整個(gè)人類基因組劃分為5000多個(gè)小區(qū)，并分別設(shè)置了“標(biāo)牌”。如果在家系中證實(shí)該基因與某個(gè)標(biāo)記不連鎖（重組率為50%），表明該基因不在這一標(biāo)記附近。如果發(fā)現(xiàn)該基因與某個(gè)標(biāo)記有一定程度的“連鎖”（重組率小于50%但大于0），表明它可能位于這個(gè)標(biāo)記附近。如果該基因與某標(biāo)記間不發(fā)生重組（重組率等于0），我們就推測(cè)該標(biāo)記與所研究的疾病基因可能非常接近。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院24第二節(jié)人類基因組計(jì)劃2.遺傳圖2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大第二節(jié)人類基因組計(jì)劃3.物理圖人類基因組的物理圖是指以已知核苷酸序列的DNA片段（序列標(biāo)簽位點(diǎn)，STS）為“路標(biāo)”，以堿基對(duì)（bp，kb，Mb）作為基本測(cè)量單位（圖距）的基因組圖。STS是基因組中任何單拷貝的長(zhǎng)度在100～500bp之間的DNA序列，與核酸內(nèi)切酶識(shí)別序列相關(guān)聯(lián)。物理圖主要內(nèi)容是建立相互重疊連接的“相連DNA片段群”。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院25第二節(jié)人類基因組計(jì)劃3.物理圖2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院26得到5套以上包含相關(guān)染色體或整個(gè)基因組的DNA片段是建立STS物理圖的先決條件。然后，可以通過(guò)拼接而得STS物理圖。兩個(gè)STS標(biāo)簽在基因組上靠得近，它們就會(huì)一直同時(shí)出現(xiàn)在DNA大片段上幾率就會(huì)小得多。2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院26得到5套以上包2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院27酵母第三號(hào)染色體遺傳圖（右）和物理圖（左）的比較2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院27第二節(jié)人類基因組計(jì)劃4.轉(zhuǎn)錄圖人類的基因轉(zhuǎn)錄圖（cDNA圖），或者基因的cDNA片段圖，即表達(dá)序列標(biāo)簽圖（EST，expressedsequencetag）是人類基因組圖的雛型。在成年個(gè)體的每一特定組織中，一般只有10%~20%的結(jié)構(gòu)基因（約1~2萬(wàn)個(gè)不同類型的mRNA）表達(dá)。整個(gè)人類基因組中，有1%-5%的序列編碼了蛋白質(zhì)，最多可能有（5~7）萬(wàn)個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因。得到了一段cDNA或一個(gè)EST，就能被用于篩選全長(zhǎng)的轉(zhuǎn)錄本，并將該基因準(zhǔn)確地定位于基因組上。cDNA序列具有轉(zhuǎn)錄本的特異性，代表了不同基因的信息。可以將DNA序列和cDNA序列進(jìn)行比對(duì)，找出對(duì)應(yīng)于cDNA的基因。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院28第二節(jié)人類基因組計(jì)劃4.轉(zhuǎn)錄圖2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大第二節(jié)人類基因組計(jì)劃4.轉(zhuǎn)錄圖收集各種細(xì)胞或組織的基因表達(dá)譜進(jìn)行兩兩或多重比較，能較全面地了解哪些基因是特異性表達(dá)的。在某一細(xì)胞或組織中特異性表達(dá)的基因可能與該組織或細(xì)胞類型的生理功能有關(guān)。獲得各類組織或細(xì)胞的基因表達(dá)譜，從而給出人體200余種基本組織或不同細(xì)胞組成的人體基因圖（bodymap）。轉(zhuǎn)錄圖（基因表達(dá)譜）研究所提供的信息，使人們有可能系統(tǒng)地全面地從mRNA水平了解特定細(xì)胞、組織或器官的基因表達(dá)模式并解釋其生理屬性，深入認(rèn)識(shí)細(xì)胞生長(zhǎng)、發(fā)育、分化、衰老和疾病發(fā)生的機(jī)制。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院29第二節(jié)人類基因組計(jì)劃4.轉(zhuǎn)錄圖2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大第二節(jié)人類基因組計(jì)劃5.全序列圖人類基因組的核苷酸序列圖是分子水平上最高層次、最詳盡的物理圖。測(cè)定總長(zhǎng)約1米、由30億個(gè)核苷酸組成的全序列是人類基因組計(jì)劃的最終目標(biāo)。人類所擁有的基因位點(diǎn)都是相同的，不同種族、不同個(gè)體的基因差異(人類基因組的多樣性)以及“正常”與“疾病”基因的差異，只是同一位點(diǎn)上的等位基因的差異。人類基因組計(jì)劃所提供的人類核酸序列圖，蘊(yùn)藏了決定我們生、老、病、死的所有遺傳信息，將成為人類認(rèn)識(shí)自我、改造自我－使人類健康長(zhǎng)壽的知識(shí)源泉，為21世紀(jì)現(xiàn)代生物學(xué)和醫(yī)學(xué)奠定了基礎(chǔ)。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院30第二節(jié)人類基因組計(jì)劃5.全序列圖2024/4/1南京農(nóng)業(yè)第三節(jié)其它基因組

隨著焦磷酸測(cè)序法等新技術(shù)的逐步成熟和現(xiàn)有測(cè)序技術(shù)成本的逐漸降低，近年來(lái)基因組序列數(shù)據(jù)每年呈指數(shù)形式增長(zhǎng)。據(jù)2007年1月數(shù)據(jù)，全球已啟動(dòng)2296個(gè)基因組項(xiàng)目，其中607個(gè)已完成，481個(gè)已公開發(fā)表基因序列。

下頁(yè)圖為一些已公開基因組數(shù)據(jù)物種的全基因數(shù)據(jù)庫(kù)入口。2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院31第三節(jié)其它基因組 隨著焦磷酸測(cè)序法等新技術(shù)的逐步成熟和現(xiàn)2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院32humanArabidopsisThermotogamaritimaEscherichiacoliBuchnerasp.APSRickettsiaprowazekiiUreaplasmaurealyticumBacillussubtilisDrosophilamelanogasterThermoplasmaacidophilumPlasmodiumfalciparumHelicobacterpylorimouseCaenorhabitiselegansratBorreliaburgorferiBorreliaburgorferiAquifexaeolicusNeisseriameningitidisZ2491Mycobacteriumtuberculosis全基因組已經(jīng)測(cè)序的一些生物2024/4/1南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院32humanAr第四節(jié)比較基因組學(xué)及相關(guān)研究2024/4/2南京農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院33與數(shù)據(jù)庫(kù)中已知序列比較，基因組的序列可分為3類：確知其生理功能的有相匹配的蛋白質(zhì)序列，但并不知道其功能的在現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫(kù)中找不到任何相匹配的蛋白質(zhì)序列的新基因比較基因組學(xué)的威力——根據(jù)對(duì)一種生物相