如何在genbank中查找一基因的序列

如何在genbank中查找一基因的序列\(zhòng)o"查看GenBank的全部文章"GenBank是美國國立衛(wèi)生研究院維護的基因\o"序列"序列\(zhòng)o"查看數(shù)據(jù)庫的全部文章"數(shù)據(jù)庫，匯集并注釋了所有公開的核酸以及蛋白質(zhì)序列。每個記錄代表了一個單獨的、連續(xù)的、帶有注釋的DNA或RNA片段。這些文件按類別分為幾組：有些按照系統(tǒng)發(fā)生學(xué)劃分，另外一些則按照生成這些序列數(shù)據(jù)的技術(shù)方法劃分。目前\o"查看GenBank的全部文章"GenBank中所有的記錄均來自于最初作者向DNA序列數(shù)據(jù)庫的直接提交。這些作者將序列數(shù)據(jù)作為論文的一部分來發(fā)表，或?qū)?shù)據(jù)直接公開。GenBank由位于馬里蘭州Bethesda的美國國立衛(wèi)生研究院下屬國立生物技術(shù)信息中心建立，與日本DNA數(shù)據(jù)庫（DDBJ）以及歐洲生物信息研究院的歐洲分子生物學(xué)實驗室核苷酸數(shù)據(jù)庫（EMBL）一起，都是國際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫合作的成員。所有這三個中心都可以獨立地接受數(shù)據(jù)提交，而三個中心之間則逐日交換信息，并制作相同的充分詳細的數(shù)據(jù)庫向公眾開放（雖然格式上有細微的差別，并且所使用的信息系統(tǒng)也略有不同）。GenBank數(shù)據(jù)庫格式的詳細說明/Sitemap/samplerecord.html1、在GeneBank中查找基因序列只要輸入accession號就可以了，如果你沒有accession號，可以把你手頭的編號用source等信息源轉(zhuǎn)換成accession號。2、關(guān)于在GeneBank中查找序列我有幾點體會：

最直接、最簡單的方法是手頭有基因的accession號；

如果沒有就需要明確兩個重要的內(nèi)容，即基因名稱及物種信息（如果有最好是拉丁全名），基因名稱盡可能詳細，避免搜出一些不相關(guān)的信息；

搜索的時候建議先用NCBI的Gene數(shù)據(jù)庫搜索，這樣得到的accession號是屬于NCBI工作人員重新整理過的Refseq的序列，這樣會比較可靠；.

其他值得考慮的是，對于真核生物最好找注釋為全長的mRNA序列，原核生物最好有起始密碼子和終止密碼子；3、如何在genbank查找某個細菌的基因序列？輸入這個細菌的名字直接查，一般就會找到，而且一般第一個會是全基因組序列。進入ncbi的首頁，database選nucleotide，輸入你的關(guān)鍵詞,如果庫里收錄里就會找到。4、如何查找基因序列？——在Genbank中尋找目的基因的實例（1）根據(jù)文獻

如果你曾經(jīng)在文獻中看到過你感興趣的基因，而且文中還提到了該基因在Genbank中的ID號，那就好辦了，直接打開，在Search后的下拉框中選擇Nucleotide，把GenbankID號輸入GO前面的文本框中，點“GO”，就可以找到他了。

舉例說明，例如：在2003年JBC的文章（ConditionalKnock-outofIntegrin-linkedKinaseDemonstratesanEssentialRoleinProteinKinaseB/AktActivation）中出現(xiàn)了“calreticulin(GenBankaccessionnumbergi16151096)”，那么把“16151096”輸入GO前面的文本框中，點“GO”，就可以找到該基因了（當(dāng)然包括基因序列等相關(guān)信息）。

在出現(xiàn)了檢索結(jié)果界面（下圖）后，直接點擊紅箭頭所指的AY047586就可以看到基因的相關(guān)信息了...（呵呵，是不是有點太......easy了）

這里需要指出一下，在顯示基因的頁面右側(cè)有一個Link，點擊后出現(xiàn)一個小菜單，里面是與該基因相關(guān)的鏈接，很有用的，值得一個一個地去看看，這里我就不多說了。（2）點擊AY047586后出現(xiàn)的界面如下：

如果只想獲得序列（例如去設(shè)計PCR引物的時候），那就可以選擇FASTA，這樣就得到了FASTA格式的序列文件，沒有其他數(shù)字和格式的干擾。

這就是FASTA格式的序列：

如果只是知道基因的名字，怎么查序列呢？還是舉例說明，比如我想做的基因名稱是人的VEGF基因，那么怎么在Genbank中找到它呢？打開/

在search后面的下拉框中選擇Gene，然后在中間的文本框中輸入基因名稱“VEGF”，點擊GO

搜索結(jié)果出來了總共689條，哪一條是我想要的基因呢？

點擊箭頭所指的Limits

Limits的意思其實就是高級檢索，你可以在這里對檢索詞進行很多限制，這樣能大大精簡查詢結(jié)果。我們接著來，在Limits這個界面，先選擇查詢的限定范圍。我們要找什么基因來著？想起來了，是人的VEGF基因，那就開始選擇：先選Genename(基因名稱)；然后再選擇LimitbyTaxonomy（生物分類限定）中的Homosapiens（人類），然后再點擊“GO”，只有一個結(jié)果這就是我們要找的基因了。

直接點擊基因名稱“VEGFA”就可以看到有關(guān)基因的信息了。

需要指出的是，在Genbank中，基因有很多別名（Al