大型機(jī)使用手冊(cè)

大型機(jī)使用手冊(cè)大型機(jī)使用手冊(cè)大型機(jī)使用手冊(cè)大型機(jī)使用手冊(cè)大型機(jī)使用手冊(cè)大型機(jī)使用手冊(cè)1快速使用指南用戶軟件環(huán)境加載系統(tǒng)缺省加載Intel編譯器的軟件環(huán)境其余可加載的軟件環(huán)境列表可以在命令行使用下面的命令獲取或查看本手冊(cè)后續(xù)部分moduleavail由用戶根據(jù)自己使用的shell在下列文件中通過moduleload/unload命令來加載/卸載自己所需要的運(yùn)行環(huán)境.bash_profile/.bashrc（bashshell).cshrc/.tcshrc(csh/tcsh).kshrc(ksh)可以在命令行使用下面的命令，獲取自己使用的的shell信息echo$0示例，用戶zhangsan，shell為bash，希望登錄后自動(dòng)加載mvapich2,ncl,netcdf,grads等的軟件環(huán)境信息，則把下列命令添加到~/.bash_profile中moduleloadmvapich2netcdfnclGrADS快速使用指南用戶軟件環(huán)境加載2快速使用指南PBS腳本設(shè)置以下PBS指令為必設(shè)指令#PBS–S/bin/bash(讓module命令在PBS中正常工作需要此設(shè)置）#PBS-qqueue_name(可用選擇Premium,Regular,Economy,Bigcpu)#PBS-ljobtyp=jobtype(可用選擇parallel,serial)#PBS-lwalltime=hh:nn:mm(墻鐘限制）PBS腳本中MPI程序運(yùn)行方式mpirun-npnprocmy_mpi_app.exe注意：1.不需要指定--hostfile參數(shù)2.現(xiàn)在啟用了墻鐘限制，腳本有可能需要根據(jù)相應(yīng)的墻鐘限制進(jìn)行調(diào)整，避免由超時(shí)造成強(qiáng)制中斷而的問題示例腳本在/nuist/p/public/app/scripts/pbs_example快速使用指南PBS腳本設(shè)置3快速使用指南目錄設(shè)置/nuist/u/home/$LOGNAME(用戶主目錄，個(gè)人配額10G)/nuist/p/work/$LOGNAME(用戶工作目錄,個(gè)人配額500G）/nuist/scratch/$LOGNAME(用戶臨時(shí)目錄,個(gè)人配額5T）/nuist/p/public/app(常用軟件包安裝目錄，例如：NetCDF,NCL等）/nuist/p/public/data(共用數(shù)據(jù)存放目錄，例如：WRF地形數(shù)據(jù)等）系統(tǒng)預(yù)定義的目錄環(huán)境變量$TEMPDIR/nuist/scratch$WORKDIR/nuist/p/work$APPDIR/nuist/p/public/app快速使用指南目錄設(shè)置4一系統(tǒng)簡(jiǎn)介集群計(jì)算節(jié)點(diǎn)308臺(tái)兩路六核IBMHS22刀片服務(wù)器,共3696個(gè)核存儲(chǔ)一個(gè)38TB高速SAS硬盤做成/nuist/u/home(8.4T)/nuist/p/public(30T)一個(gè)385TB近線SAS硬盤做成/nuist/p/work(212T)/nuist/scratch(171T)一系統(tǒng)簡(jiǎn)介集群計(jì)算節(jié)點(diǎn)5二存儲(chǔ)空間設(shè)置卷功能配額刪除策略備份/nuist/u/home10G/用戶不做刪除備份/nuist/p/work500G,/用戶當(dāng)文件系統(tǒng)的可用空間低于10%的時(shí)候?qū)h除一定時(shí)間以上的文件（如90天）不備份/nuist/scratch5T/用戶當(dāng)文件系統(tǒng)可用空間<50%時(shí)，刪除>90天的當(dāng)文件系統(tǒng)可用空間<25%時(shí)，刪除>30天的當(dāng)文件系統(tǒng)可用空間<10%時(shí)，刪除>7天的不備份/nuist/p/public不做刪除，用于保存共用的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)，例如地形數(shù)據(jù)等備份磁盤空間配額使用查詢mmlsquota–uusername二存儲(chǔ)空間設(shè)置卷功能配額刪除策略備份/nuist/u/h6三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置編譯器Intel11.1.046PGI?GNU4.4.6/4.8.2并行環(huán)境OpenMPI1.6.5MVAPICH22.0b軟件環(huán)境管理EnvironmentModules3.2.8三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置編譯器7三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置軟件包/庫(kù)安裝位置/nuist/p/public/app/nuist/p/public/data/usr/lib64/usr/include/usr/bin三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置軟件包/庫(kù)安裝位置8三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置已安裝的軟件包/nuist/p/app名稱版本編譯器實(shí)現(xiàn)CDO1.6.2NCL6.1.2Intel,GNUNCO4.3.7NCVIEW2.1.2VIS5D+1.2.1GrADS1.8,1,9,2.0.2OpenGrADS1.10,2.01三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置已安裝的軟件包名稱版本編譯器實(shí)現(xiàn)CDO1.69三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置已安裝的軟件包/usr/bin名稱版本編譯器實(shí)現(xiàn)ImageMagic三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置已安裝的軟件包名稱版本編譯器實(shí)現(xiàn)ImageM10三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置已安裝的庫(kù)/nuist/p/public/app名稱版本編譯器實(shí)現(xiàn)BLAS20110419Intel,GNUBUFR10.2.3Intel,GNUEMOSLIB000392Intel,GNUG2CLIB/G2LIB1.4.0Intel,GNUGDAL1.10.1GRIB_API1.11.0Intel,GNUHDF44.2.9Intel,GNUHGF51.8.11Intel,GNUHDF-EOS22.18V1.00HDF-EOS51.14三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置已安裝的庫(kù)名稱版本編譯器實(shí)現(xiàn)BLAS201111三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置已安裝的庫(kù)/nuist/p/public/app名稱版本編譯器實(shí)現(xiàn)LAPACK3.3.1Intel,GNUNETCDF3.6.3,4.3.0Intel,GNUPROJ4.8.0UDUNITS2.1.24W3LIB2.0.2Intel,GNU三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置已安裝的庫(kù)名稱版本編譯器實(shí)現(xiàn)LAPACK3.12三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置已安裝的庫(kù)/usr/lib64名稱版本編譯器實(shí)現(xiàn)JAPSER1.900.1JPGE6bPNG1.2.46ZLIB1.2.3CAIRO1.8.8FREETYPE2.3.1PIXMAN0.18.4EXPAT2.0.1CURL7.19.7FONTCONFIG2.8.0三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置已安裝的庫(kù)名稱版本編譯器實(shí)現(xiàn)JAPSER1.13三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置已安裝的庫(kù)/nuist/p/public/app/intel/Compiler/11.1/046/mkl/lib/em64t名稱版本編譯器實(shí)現(xiàn)Intel數(shù)學(xué)核心庫(kù)11.1.046三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置已安裝的庫(kù)名稱版本編譯器實(shí)現(xiàn)Intel數(shù)學(xué)14三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置用戶環(huán)境變量設(shè)置列出加載的模塊–modulelist加載可用的模塊–moduleavail加載指定的模塊–moduleload卸載指定的模塊–moduleunload切換不同的模塊–moduleswap三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置用戶環(huán)境變量設(shè)置15三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置系統(tǒng)缺省加載模塊Intel編譯器目錄環(huán)境變量$TEMPDIR=/nuist/scratch$WORKDIR=/nuist/p/work$APPDIR=/nuist/p/public加載自己所需要的模塊在下列文件中通過moduleload/unload命令來加載/卸載自己所需要的運(yùn)行環(huán)境.bash_profile/.bashrc.cshrc.kshrc例如：moduleloadnetcdfnclncviewGrADS三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置系統(tǒng)缺省加載模塊16三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置使用module命令時(shí)的注意事項(xiàng)如果只使用模塊名而沒有指定版本，則所有操作都是針對(duì)缺省版本當(dāng)使用moduleswap反復(fù)切換編譯器模塊時(shí)，會(huì)引起segmentationfault問題。當(dāng)需要對(duì)編譯器進(jìn)行反復(fù)切換時(shí)，建議使用moduleunload/moduleload來進(jìn)行操作module命令加載的是系統(tǒng)缺省設(shè)置的運(yùn)行環(huán)境變量，用戶自己的設(shè)置，仍然需要通過設(shè)置用戶主目錄下的.bashrc/.bash_profile/.cshrc等來實(shí)現(xiàn)三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置使用module命令時(shí)的注意事項(xiàng)17三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置Module使用示例[jliu@log02~]$modulelistCurrentlyLoadedModulefiles:1)intel/11.1.0462)mvapich2/2.0b[jliu@log02~]$moduleswapmvapich2openmpi[jliu@log02~]$modulelistCurrentlyLoadedModulefiles:1)intel/11.1.0462)openmpi/1.6.5[jliu@log02~]$moduleloadnclnetcdf[jliu@log02~]$modulelistCurrentlyLoadedModulefiles:1)intel/11.1.0463)ncl/6.1.22)openmpi/1.6.54)netcdf/4.3.0三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置Module使用示例18三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置[jliu@log02~]$modulelistCurrentlyLoadedModulefiles:1)intel/11.1.0463)ncl/6.1.22)openmpi/1.6.54)netcdf/4.3.0[jliu@log02~]$moduleswapnetcdf/4.3.0netcdf/3.6.3[jliu@log02~]$modulelistCurrentlyLoadedModulefiles:1)intel/11.1.0463)ncl/6.1.22)openmpi/1.6.54)netcdf/3.6.3三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置[jliu@log02~]$module19三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置Fortran編譯命令I(lǐng)ntel:ifortGNU:gfortranC編譯命令I(lǐng)ntel:iccGNU:gccC++編譯命令I(lǐng)ntel:icpcGNU:g++MPI編譯命令Fortran:mpif90,mpif77C:mpiccC++:mpic++,mpicxx三運(yùn)行環(huán)境設(shè)置Fortran編譯命令20四作業(yè)管理1）隊(duì)列設(shè)置

隊(duì)列類型優(yōu)先級(jí)權(quán)重系數(shù)說明Premium高2無等待或很少等待，可獨(dú)占節(jié)點(diǎn)，最多可用1000個(gè)核Regular中1需要等待，可獨(dú)占節(jié)點(diǎn)，最多使用500個(gè)核Economy低0.5等待較長(zhǎng)，共享節(jié)點(diǎn)，最多使用500個(gè)核Bigcpu中1.5需要等待，可獨(dú)占節(jié)點(diǎn)，可超過1000個(gè)核四作業(yè)管理1）隊(duì)列設(shè)置隊(duì)列類型優(yōu)先級(jí)權(quán)重系數(shù)說明Prem21四作業(yè)管理2）墻鐘限制

隊(duì)列類型墻鐘限制Premium6小時(shí)Bigcpu6小時(shí)Regular12小時(shí)Economy24小時(shí)四作業(yè)管理2）墻鐘限制隊(duì)列類型墻鐘限制Premium6小22四作業(yè)管理3）不同作業(yè)提交到不同類型節(jié)點(diǎn)MPI作業(yè)結(jié)點(diǎn)OpenMP作業(yè)結(jié)點(diǎn)串行作業(yè)結(jié)點(diǎn)四作業(yè)管理3）不同作業(yè)提交到不同類型節(jié)點(diǎn)23五賬戶管理規(guī)則

1）賬號(hào)申請(qǐng)項(xiàng)目負(fù)責(zé)人填寫“計(jì)算資源申請(qǐng)表”申請(qǐng)資源項(xiàng)目成員填寫“高性能計(jì)算機(jī)賬號(hào)申請(qǐng)表”開通其個(gè)人賬號(hào)。項(xiàng)目負(fù)責(zé)人指定各成員可以使用的記賬賬號(hào)，開通/停止項(xiàng)目成員賬號(hào)由項(xiàng)目負(fù)責(zé)人(或相關(guān)授權(quán)人員)提出每個(gè)人擁有獨(dú)立的大型機(jī)用戶賬號(hào)只有有效的項(xiàng)目號(hào)和在該項(xiàng)目號(hào)下有效的成員才能提交作業(yè)如果標(biāo)準(zhǔn)隊(duì)列和計(jì)算資源的分配不能滿足項(xiàng)目需求，可以根據(jù)具體的項(xiàng)目需求，設(shè)置特殊隊(duì)列和分配計(jì)算資源。五賬戶管理規(guī)則1）賬號(hào)申請(qǐng)24五賬戶管理規(guī)則超級(jí)計(jì)算機(jī)計(jì)算資源申請(qǐng)表姓名院系電話電子郵件計(jì)算項(xiàng)目類別□個(gè)人項(xiàng)目□業(yè)務(wù)項(xiàng)目□部門項(xiàng)目計(jì)算項(xiàng)目號(hào)計(jì)算項(xiàng)目描述起止時(shí)間年度配額（萬(wàn)核·小時(shí)）配額估算依據(jù)申請(qǐng)人：填表人：日期：填表說明：個(gè)人的計(jì)算項(xiàng)目號(hào)格式為P+工號(hào)+三位數(shù)字（第一個(gè)為001，第二個(gè)為002，...）。業(yè)務(wù)/部門項(xiàng)目的姓名為實(shí)際運(yùn)行的業(yè)務(wù)或部門名稱，計(jì)算項(xiàng)目號(hào)由超算中心統(tǒng)一安排，起止時(shí)間不用填寫。項(xiàng)目描述要注明實(shí)際的科研項(xiàng)目及所用到的的模式或軟件。年度配額僅為預(yù)申請(qǐng)配額，最終核準(zhǔn)的配額要根據(jù)計(jì)算機(jī)的實(shí)際年度計(jì)算能力協(xié)調(diào)分配。五賬戶管理規(guī)則超級(jí)計(jì)算機(jī)計(jì)算資源申請(qǐng)表姓名院系電話電子郵件25五賬戶管理規(guī)則超級(jí)計(jì)算機(jī)賬號(hào)申請(qǐng)表姓名學(xué)號(hào)/工號(hào)預(yù)設(shè)賬號(hào)電話電子郵件院系用戶類別□教師□學(xué)生□合作、訪問學(xué)者計(jì)算項(xiàng)目號(hào)有效期項(xiàng)目主管人申請(qǐng)人：日期：填表說明：校內(nèi)教師和學(xué)生需填寫學(xué)號(hào)/工號(hào)；合作、訪問人員不用填寫。預(yù)設(shè)賬號(hào)為擬開通使用的超級(jí)計(jì)算機(jī)賬號(hào)，如有沖突，由超算中心重新分配。記帳項(xiàng)目號(hào)從項(xiàng)目負(fù)責(zé)人處獲取，并由項(xiàng)目負(fù)責(zé)人簽字。教師有效期如無特別指定，可不用填寫；合作、訪問人員需要指定有效期；學(xué)生賬號(hào)的有效期從申請(qǐng)日期起到規(guī)定畢業(yè)年份的6月底。

五賬戶管理規(guī)則超級(jí)計(jì)算機(jī)賬號(hào)申請(qǐng)表學(xué)號(hào)/工號(hào)預(yù)設(shè)賬號(hào)電話電26五賬戶管理規(guī)則2）賬戶數(shù)目限制

由于存儲(chǔ)空間的限制，目前最大用戶數(shù)將限制為400人3）賬戶清理以下情況將被視為非活動(dòng)賬戶，自動(dòng)進(jìn)行清理賬戶到期后，給予30天的寬容期，在寬容期內(nèi)，只能下載備份自己的數(shù)據(jù)，30天后賬戶將被自動(dòng)清楚，并刪除所有相關(guān)目錄超過一年沒有使用的賬戶，將提前30天通知賬戶將關(guān)閉，30天后自動(dòng)關(guān)閉已離?；蛞呀Y(jié)束合作關(guān)系，將提前30天通知賬戶將關(guān)閉，30天后自動(dòng)關(guān)閉五賬戶管理規(guī)則2）賬戶數(shù)目限制27五賬戶管理規(guī)則3）帳戶密碼規(guī)則密碼長(zhǎng)度至少8個(gè)字符長(zhǎng)密碼中至少需要有一個(gè)大寫字母密碼中至少需要有一個(gè)小寫字母密碼中至少需要有一個(gè)數(shù)字密碼中至少需要一個(gè)其他符號(hào)(例如,!,@#$%等)4)缺省初始密碼賬號(hào)名＋＃＋Nu1st

例如：zhang#Nu1st五賬戶管理規(guī)則3）帳戶密碼規(guī)則28六計(jì)算資源管理

1）計(jì)算資源申請(qǐng)每年由項(xiàng)目負(fù)責(zé)人根據(jù)需求按項(xiàng)目進(jìn)行計(jì)算配額申請(qǐng)，年度總配額分別除以12和4后，按30日配額和90日配額進(jìn)行滑動(dòng)管理。在任意連續(xù)30日/90日內(nèi)如果超出配額限制，則該項(xiàng)目組的所有賬號(hào)都需要暫停使用，直到30日/90日累計(jì)算量降到配額限制以下才能恢復(fù)使用。亦即，整個(gè)項(xiàng)目每日的最大可用計(jì)算量=30日/90日配額–前29日/89日的累計(jì)計(jì)算量每年10月中旬開始進(jìn)行計(jì)算配額申報(bào)，截至日期為10月底，11月中旬將由大型機(jī)主管部門組織高性能資源分配協(xié)調(diào)會(huì)，討論并協(xié)調(diào)高性能計(jì)算資源的最終分配方案六計(jì)算資源管理1）計(jì)算資源申請(qǐng)29六計(jì)算資源管理2）計(jì)算量統(tǒng)計(jì)方式計(jì)算量按‘核·小時(shí)’為單位來進(jìn)行統(tǒng)計(jì)獨(dú)占任務(wù)

墻鐘小時(shí)x所用計(jì)算節(jié)點(diǎn)x核數(shù)/節(jié)點(diǎn)x權(quán)重系數(shù)共享任務(wù)核·秒/3600x權(quán)重系數(shù)六計(jì)算資源管理2）計(jì)算量統(tǒng)計(jì)方式30七不允許行為

以下情況將不被允許在登錄節(jié)點(diǎn)上運(yùn)行較大需要大資源的程序，導(dǎo)致節(jié)點(diǎn)響應(yīng)緩慢，影響到其他用戶繞過作業(yè)管理，直接提交任務(wù)到計(jì)算結(jié)點(diǎn)通過使用更改文件時(shí)間等手段來干擾/繞過工作目錄卷、臨時(shí)文件目錄卷的文件清理機(jī)制處理不進(jìn)行通知，直接中止正在運(yùn)行的程序第一次違反，將給以警告第二次違反，將立即禁用賬號(hào)30天第三次違反，？七不允許行為以下情況將不被允許31八作業(yè)提交PBS指令–在腳本中以“#PBS”開頭#PBS-Njobname可選設(shè)置，作業(yè)名#PBS–S/bin/bash必需設(shè)置，指定PBS的Shell為bash#PBS-Pprojectnumber必需設(shè)置，作業(yè)項(xiàng)目號(hào)，P+９位數(shù)字#PBS-qqueue必須設(shè)置，隊(duì)列名，Premium,Regular,Economy,Bigcpu(注意:隊(duì)列名大小寫敏感)#PBS-lnodes=N:ppn=M必須設(shè)置，N:節(jié)點(diǎn)數(shù),M:每個(gè)結(jié)點(diǎn)核數(shù)#PBS-ljobtyp=parallel|serial必須設(shè)置，作業(yè)類型，serial,parallel#PBS-lwalltime=hh:nn:mm可選設(shè)置，墻鐘限制，不同隊(duì)列，墻鐘限制不一樣，最長(zhǎng)２４小時(shí)八作業(yè)提交PBS指令–在腳本中以“#PBS”開頭32八作業(yè)提交#PBS-lplace=free:[excl|share]可選設(shè)置，excl獨(dú)占節(jié)點(diǎn)，share共享結(jié)點(diǎn)#PBS-Mme@eartch可選設(shè)置，作業(yè)報(bào)告發(fā)送電子郵件地址#PBS-mbea可選設(shè)置，作業(yè)報(bào)告發(fā)送狀態(tài)，b–開始，e–結(jié)束，a–中止#PBS–V可選設(shè)置，復(fù)制用戶環(huán)境變量#PBS-ojobname.out可選設(shè)置，標(biāo)準(zhǔn)輸出輸出文件#PBS-ejobname.err可選設(shè)置，標(biāo)準(zhǔn)錯(cuò)誤輸出文件注：注釋PBS指令，在指令前再加一個(gè)“?！保纾?#PBS–VPBS指令也可以通過命令行方式提供，不放到腳本中，指令前不需要加“＃PBS”例如：qsub-nhelloworld-PP123456789-lnodes=2:ppn=12-ljobtype=parallel-lplace=free:excl-lwalltime=00:05:00-qRegularjob.sh八作業(yè)提交#PBS-lplace=free:[excl33八作業(yè)提交變量名說明登陸SHELL繼承來的變量包括$HOME，$LANG，$LOGNAME，$PATH，$MAIL，$SHELL和$TZ。$PBS_O_HOSTqsub提交的節(jié)點(diǎn)名稱$PBS_O_QUEUEqsub提交的作業(yè)的最初隊(duì)列名稱$PBS_O_WORKDIRqsub提交的作業(yè)的絕對(duì)路徑$PBS_JOBID作業(yè)被PBS系統(tǒng)指定的作業(yè)號(hào)$PBS_JOBNAME用戶指定的作業(yè)名$PBS_NODEFILEPBS系統(tǒng)指定的作業(yè)運(yùn)行的節(jié)點(diǎn)名$PBS_QUEUEPBS腳本在執(zhí)行時(shí)的隊(duì)列名2.PBS的環(huán)境變量八作業(yè)提交變量名說明登陸SHELL繼承來的變34八作業(yè)提交３.命令運(yùn)行方式MPI程序mpirun-nnpmpi_app.exeOpenMP程序exportOMP_NUM_THREADS=np./omp_app.exe串行程序./serial_app.exe八作業(yè)提交３.命令運(yùn)行方式35八作業(yè)提交示例一，MPI并行作業(yè)，使用兩個(gè)節(jié)點(diǎn)，每個(gè)節(jié)點(diǎn)１２個(gè)核，獨(dú)占使用#!/bin/bash#PBS–S/bin/bash#PBS-Nhelloworld#PBS-PP123456789#PBS-qqueueRegular#PBS-lnodes=2:ppn=12#PBS-ljobtyp=parallel#PBS-lwalltime=00:05:00#PBS-lplace=free:exclcd$PBS_O_WORKDIRnprocs=`cat$PBS_NODEFILE|wc-l`mpirun-np$nprocs./hello.exe八作業(yè)提交示例一，MPI并行作業(yè)，使用兩個(gè)節(jié)點(diǎn)，每個(gè)節(jié)點(diǎn)１２36八作業(yè)提交示例二，串行作業(yè)，使用1個(gè)節(jié)點(diǎn)，４個(gè)核運(yùn)行4個(gè)任務(wù)#!/bin/sh…#PBS-lnodes=1:ppn=4#PBS-ljobtype=serial…cd$WORK_DIR1/usr/bin/timemyapp1.exe&cd$WOR_DIR2/usr/bin/timemyapp2.exe&cd$WORK_DIR3/usr/bin/timemyapp3.exe&cd$WORK_DIR4/usr/bin/timemyapp4.exeWaitForAllDone.sh八作業(yè)提交示例二，串行作業(yè)，使用1個(gè)節(jié)點(diǎn)，４個(gè)核運(yùn)行4個(gè)任務(wù)37八作業(yè)提交示例三，關(guān)聯(lián)作業(yè)#!/bin/bashjob1=`qsubjob1.sh`job2=`qsub-W

depend=afterok:$job1job2.sh`job3=`qsub-W

depend=afterok:$job2job3.sh`job4=`qsub-W

depend=afterok:$job3job4.sh`exit0afterok:<Job-ID>:當(dāng)指定的作業(yè)正常退出afternotok:<Job-ID>：當(dāng)指定的作業(yè)異常退出afterany:<Job-ID>:只要指定的作業(yè)結(jié)束不論正?；虍惓０俗鳂I(yè)提交示例三，關(guān)聯(lián)作業(yè)38八作業(yè)提交示例四，OpenMP作業(yè)#!/bin/sh…#PBS-lnodes=1:ppn=12#PBS-ljobtype=parallel…exportOMP_NUM_THREADS=12./my_openmp_app.exe八作業(yè)提交示例四，OpenMP作業(yè)39八作業(yè)提交qdel–

刪除作業(yè).qdeljob_id...qstat–查詢作業(yè)信息qstat#顯示所有用戶信息qstat-f#顯示完整信息qstat-uusername#查詢指定用戶的作業(yè)情況qstat-q#查詢隊(duì)列情況八作業(yè)提交qdel–刪除作業(yè).40九常見編譯問題WRFDA1.Intel編譯問題:catastrophicerror:**Internalcompilererror:segmentationviolationsignalraised**PleasereportthiserroralongwiththecircumstancesinwhichitoccurredinaSoftwareProblemReport.Note:Fileandlinegivenmaynotbeexplicitcauseofthiserror.var/build/da.make3.5.13.5(line410,413)3.4.13.4(line401,404)3.3.1(line385,388)把$(FCFLAGS)改為-O1$(FCBASEOPTS)九常見編譯問題WRFDA41九常見編譯問題

gen_be_etkf運(yùn)行時(shí)，segmentationfaultvar/gen_be/gen_be_etkf.f903.5.13.53.4.13.438character(len=nf_max_name)::var_name508-558nf_inq_var第三個(gè)參數(shù)替換成var_name九常見編譯問題42九常見編譯問題