科研公開課文獻(xiàn)精讀（一）

科研公開課：文獻(xiàn)精讀（第一節(jié)）講者：魏曉為南京醫(yī)科大學(xué)附屬南京醫(yī)院（南京市第一醫(yī)院）課程的目的分享文獻(xiàn)閱讀經(jīng)驗(yàn)培養(yǎng)文獻(xiàn)閱讀理解能力鍛煉科研思路-文獻(xiàn)閱讀-科研思路的學(xué)習(xí)模式文獻(xiàn)綜述的學(xué)習(xí)與撰寫文獻(xiàn)閱讀的意義文獻(xiàn)專業(yè)知識(shí)科研知識(shí)科學(xué)思維學(xué)術(shù)視野告訴我們大家都在研究什么告訴我們還能做什么告訴我們?cè)趺醋鑫墨I(xiàn)閱讀的常見問題閱讀文獻(xiàn)的三大問題：坐不住，記不住，想不開（摘自唐凌峰博客）坐不?。哼^量閱讀、疲勞閱讀。。。記不住：盲目閱讀、無中心閱讀想不開：缺乏科學(xué)思維文獻(xiàn)閱讀的層次絡(luò)

摘閱讀層次泛讀閱讀文獻(xiàn)的標(biāo)題、摘要、前言、結(jié)論，判斷文獻(xiàn)是否與研究課題相關(guān)精讀與研究課題相關(guān)的文獻(xiàn)要精讀，精讀時(shí)需要思考一下幾點(diǎn)：論文解決了什么問題、研究現(xiàn)狀是什么、現(xiàn)實(shí)意義有哪些、解決問題時(shí)采用了什么方法、本研究有什么不足等閱讀總結(jié)自己學(xué)到了什么 自網(wǎng)科研思路的培養(yǎng)-泛讀到精讀泛讀-精讀貫穿科研的整個(gè)過程，一定是發(fā)現(xiàn)問題、論證問題、提出新問題的循環(huán)過程泛讀問題精讀論證問題文獻(xiàn)精讀的意義文獻(xiàn)精讀是指針對(duì)在文獻(xiàn)泛讀的基礎(chǔ)上提煉出來領(lǐng)域針對(duì)性強(qiáng)、內(nèi)容可信度高、參考價(jià)值高的一系列文獻(xiàn)，深入閱讀理解此類文獻(xiàn)的研究思路、方法及結(jié)果，以獲得有效的信息訓(xùn)練、拓展自身的科研思維，指導(dǎo)課題的設(shè)計(jì)及文章的書寫。廣義的精讀精準(zhǔn)、高效的檢索精確的閱讀精髓的領(lǐng)悟文獻(xiàn)精讀的基礎(chǔ)具有一定的英文基礎(chǔ)具有一定的文獻(xiàn)檢索能力過程即是鍛煉具有一定的科研思維能力具有一定的文獻(xiàn)閱讀方法文獻(xiàn)精讀-首先學(xué)會(huì)檢索英文文獻(xiàn)的檢索獲取文獻(xiàn)的效率文獻(xiàn)質(zhì)量的鑒別文獻(xiàn)檢索SCI(科學(xué)引文索引

)：(Science

Citation

Index,

SCI)是由美國(guó)科學(xué)信息研究所(ISI)1961年創(chuàng)辦出版的引文數(shù)據(jù)庫，其覆蓋生命科學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、物理化學(xué)、農(nóng)業(yè)、生物、獸醫(yī)學(xué)、工程技術(shù)等方面的綜合性檢索刊物。EI(工程索引

)：(Engineering

Index，EI),

由美國(guó)工程信息公司出版，報(bào)道工程技術(shù)各學(xué)科的期刊、會(huì)議論文、科技報(bào)告等文獻(xiàn)。ISTP(科技會(huì)議錄索引

)：(Index

to

Scientific

&Technical

Proceedings，ISTP)，由ISI出版，報(bào)導(dǎo)世界上每年召開的科技會(huì)議的會(huì)議論文。常用SCI檢索網(wǎng)站優(yōu)點(diǎn)：中文界面、涵蓋中文文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫、操作簡(jiǎn)便、功能便利小功能豐富、但文章頁面信息有限，無法直接獲取作者及摘要信息常用SCI檢索網(wǎng)站PubMed(http://www./pubmed)是由美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書館（National

Library

of

Medicine，NLM)

的國(guó)家生物技術(shù)信息中心（NationalCenterfor

BiotechnologyInformation，

NCBI)開發(fā)的一個(gè)以網(wǎng)絡(luò)為基礎(chǔ)的醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索系統(tǒng)PUBMED-科研人員的檢索首選資料全面：收錄從1948年至今80多個(gè)國(guó)家和地區(qū)37種文字的5400多種生物醫(yī)學(xué)期刊上的文獻(xiàn)；實(shí)時(shí)跟新：每日更新（周二到周六），每天增加約3000條完整記錄；文獻(xiàn)信息完善：PUBMED引文90%為英文文獻(xiàn)，79%有英文摘要生物信息查詢：提供與綜合分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫的鏈接與接入服務(wù)PUBMED文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫MedlineIn

Process

CitationsPublisher-Supplied

CitationsOldMedlineMEDLINEMEDLINE是PubMed的主體，文獻(xiàn)記錄均使用美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書館的《醫(yī)學(xué)主題詞表》（MeSH）進(jìn)行主題標(biāo)引；MEDLINE內(nèi)容涉及臨床醫(yī)學(xué)、護(hù)理學(xué)、牙科學(xué)、獸醫(yī)學(xué)、衛(wèi)生保健和基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)，其內(nèi)容已覆蓋了美國(guó)及其它70多個(gè)國(guó)家和地區(qū)的4,500余種期刊。MEDLINE所提供的在線檢索內(nèi)容只起始于1976年，

而早于60年代中期（1966）的引文條目，則可在NLM所提供的OLDMEDLINE服務(wù)在線檢索。IN

PROCESS

CITATIONS為加快報(bào)道速度，

1996年8月開始，

PubMed將尚未標(biāo)引MeSH主題詞、文獻(xiàn)類型的最新文獻(xiàn)記錄先

存入臨時(shí)庫中，該庫中的記錄只具有簡(jiǎn)單的書目信息和文摘、記錄標(biāo)記為[PubMed-inprocess]，In

Process

Citations中的數(shù)據(jù)經(jīng)標(biāo)引部門標(biāo)引主題詞、文獻(xiàn)類型、GenBank獲取號(hào)等標(biāo)引數(shù)據(jù)后加入到Medline數(shù)據(jù)庫之中。PUBLISHER－SUPPLIED

CITATIONS由出版商直接提供的電子版文獻(xiàn)，數(shù)據(jù)記錄末尾標(biāo)注為[PubMed-as

supplied

by

publisher]。有些出版商允許

在網(wǎng)絡(luò)上提供正式出版前的文獻(xiàn)，刊登此文獻(xiàn)的雜志標(biāo)注為[Epub

ahead

of

print]。這樣標(biāo)記的數(shù)據(jù)，大部分進(jìn)入“in-process”，經(jīng)過MeSH標(biāo)引后再轉(zhuǎn)入“indexedfor

MEDLINE”。此外，還有少部分出版商提供的文獻(xiàn)不進(jìn)行標(biāo)引，保持[PubMed-as

supplied

by

publisher]標(biāo)識(shí)或[PubMed]標(biāo)識(shí)。OLDMEDLINE

OldMedline:收錄部分1966年以前出版且未被Medline收錄的文獻(xiàn)記錄，標(biāo)識(shí)為[PubMed-OldMedline]。PUBMED主要可檢索字段AD(Affiliation

):ALL(All

Fields):AU(Author):DP(Publication

Date):EDAT(Entrez

Date):1AU(First

Author

Name):FAU(Full

Author

Name):LASTAU(Last

Author)IP(Issue):IS(ISSN):LA(Language):第一作者所屬單位和地址全部字段作者姓名出版時(shí)間錄入時(shí)間第一作者姓名作者姓名全稱(02年以后）

最后一個(gè)作者（通訊作者）

期號(hào)、部分號(hào)、增刊號(hào)國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)刊號(hào)原文語種Journal

[TA]：MeSH

Major

Topic

[MAJR]：MeSH

Subheadings

[SH]：MeSH

Terms

[MH]：Title/Abstract

[TIAB]：TA(Journal

Title

Abbreviation):TW(Text

Words):VI(Volume):UID（PMID）：期刊名稱（含全稱、縮寫、ISSN號(hào)）MeSH主要主題詞，用*表示MeSH副主題詞MeSH主題詞

題目/摘要刊名縮寫文本詞卷號(hào)PubMed文獻(xiàn)唯一識(shí)別主題詞搜索在檢索式提問框中輸入一個(gè)或更多的詞，PubMed就會(huì)利用`

自動(dòng)詞語匹配'功能將重要的詞或詞組用`AND'組合在一起進(jìn)行檢索。在多個(gè)檢索詞間可使用布爾邏輯運(yùn)算符“AND”、“OR”、“NOT”

，需注意的是，邏輯運(yùn)算符須用大寫字母，邏輯運(yùn)算符的優(yōu)先順序?yàn)閺淖笙蛴业捻樞?，可通過加括號(hào)提高運(yùn)算的優(yōu)先級(jí)。對(duì)于輸入檢索框中未加標(biāo)識(shí)的檢索詞，PubMed依次在下列詞表中查找匹配的內(nèi)容：MeSH

translation

tableJournals

translation

table

3.Full

Author

translation

table

4.Author

index5.Full

Investigator

(Collaborator)

translation

table

6.Investigator

(Collaborator)

indexMESH

TRANSLATION

TABLEMeSH為Medical

Subject

Headings的縮寫，是美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書館編寫的醫(yī)學(xué)主題詞表)，MeSH注釋表包括MeSH詞、副主題詞、MeSH詞相關(guān)參照(也稱款目詞)、物質(zhì)名稱、物質(zhì)名稱

同義詞等。如果輸入的檢索詞在注釋表中發(fā)現(xiàn)有匹配的詞，

則該詞將被作為MeSH詞和自由詞(即text

word)同時(shí)進(jìn)行檢索。例如，如果我們輸入Cancer，PubMed會(huì)按：(“Neoplasms［MeSH］OR

cancer［tw］)，Neoplasms是cancer的MeSH詞。如何了解MESH詞組/JOURNALS

TRANSLATION

TABLE包括期刊名全稱、期刊名MEDLINE縮寫、ISSN號(hào)。例

如，如果你輸入“NewEnglandJournalofMedicine”，

PubMed將按“N

Engl

J

Med［ta］”查詢。如果期刊名稱正好是醫(yī)學(xué)主題詞表(MeSH)中的詞，

PubMed會(huì)將其當(dāng)作MeSH詞進(jìn)行檢索。因此，在此種情況下應(yīng)使用期刊名稱檢索字段標(biāo)識(shí)［ta］。推薦使用期刊名稱全稱或MEDLINE縮寫形式檢索期刊。FULL

AUTHOR

TRANSLATIONTABLE/AUTHOR

INDEX輸入作者姓名時(shí)應(yīng)采用姓+名(名的首字母縮寫，不用標(biāo)點(diǎn)符號(hào))的格式，PubMed將自動(dòng)地截取作者姓名中名的首字母以適應(yīng)不同的名縮寫。盡可能輸入作者全名通過Advanced

Search頁面中的“Search

Builder

”下拉列表選擇“Author”字段，在字段后的檢索框中輸入作者姓名，姓名的輸入具有自動(dòng)完成屬性。作者檢索截詞檢索利用通配符<*>進(jìn)行檢索，在詞的末尾加*號(hào)，PubMed

就會(huì)檢索出以該詞為詞根的所有詞，但不包括*號(hào)后有一個(gè)空格的詞組，譬如，infection*包括infections，但不包括infection

control。此外，截詞檢索將關(guān)閉自動(dòng)詞語匹配功能，也不能進(jìn)行擴(kuò)展檢索。如：gastric

cancer*不會(huì)匹配MeSH詞，也不會(huì)擴(kuò)展檢索相應(yīng)文獻(xiàn)。特定內(nèi)容的檢索特定文獻(xiàn)檢索：?jiǎn)我晃墨I(xiàn)匹配檢索器（Single Citation Matcher）：

通過特定的條件（如期刊名、文獻(xiàn)的卷號(hào)、發(fā)表日期、文獻(xiàn)首頁頁碼等）快速地找到所需文獻(xiàn)批量文獻(xiàn)匹配檢索器（Batch

Citation

Matcher）：可對(duì)同一批文獻(xiàn)進(jìn)行檢索，如檢索Science期刊2002年第一期雜志。檢索忽略/禁用詞表PUBMED

ADVANCED

SEARCH

BUILDER通過高級(jí)檢索頁面的“

PubMed

Advanced

SearchBuilder

”可以進(jìn)行特定字段的限定檢索。通過選擇要檢索的字段，然后在檢索框中輸入檢索詞，再選擇“AND”、“OR”、“NOT”三種邏輯關(guān)系之一，即可將輸入的檢索詞在所選字段中檢索的策略以相應(yīng)的邏輯關(guān)系加入到檢索框中。ADVANCED

SEARCHPUBMED的Advanced

Search頁面整合了多種對(duì)檢索有用的輔助功能，可實(shí)現(xiàn)如下操作：Searching

by

a

specific

fieldBrowsing

theindexoftermsCombining

searches

using

historyPreviewingthe

number

ofsearch

resultsDisplaying

the

search

detailsSearching

by

aspecific

fieldSgBROWSING

THE

INDEX

OF

TERMS通過“Builder”檢索框后面的“Show

index

list”選項(xiàng)可查詢?cè)谒凶侄位蚰骋惶囟ㄗ侄沃械乃饕?，可以從索引中選擇一個(gè)或幾個(gè)詞來完善檢索策略。Index-通過“Builder”檢索框后面的“Show

index

list”選項(xiàng)可查詢?cè)谒凶侄位蚰骋惶囟ㄗ侄沃械乃饕?，可以從索引中選擇一個(gè)或幾個(gè)詞來完善檢索策略。COMBINING

SEARCHES

USING

HISTORY點(diǎn)擊檢索式序號(hào)將彈出一選項(xiàng)菜單，提供的選項(xiàng)包括布爾邏輯操作符AND,OR,NOT,點(diǎn)擊相應(yīng)的操作符菜單，將把該條檢索策略加入到檢索框中，并與檢索框中現(xiàn)有的檢索式進(jìn)行選中的邏輯組配。除邏輯操作符外，彈出的選項(xiàng)菜單還提供如下選項(xiàng)：Delete

from

history:從檢索史中刪除該條檢索式Show

search

results:查看該條檢索策略的檢索結(jié)果Show

search

details:顯示該條檢索策略的具體執(zhí)行情況Savein

My

NCBI：在My

NCBI中保存該條檢索策略。DISPLAYING

THE

SEARCH

DETAILSDetails用于查看PubMed的檢索策略。即，在提問框中鍵入的檢索詞被PubMed自動(dòng)地轉(zhuǎn)換成了那些詞，并使用了什么樣的檢索規(guī)則和檢索語法。此外，使用Details鍵可以對(duì)檢索策略進(jìn)行編輯，然后再一次檢索。在PubMed

Query框內(nèi)顯示的是PubMed實(shí)際使用的檢索策略和語法。該框下有四個(gè)區(qū)域：Result區(qū)顯示檢索結(jié)果的記錄總數(shù)，點(diǎn)擊這個(gè)數(shù)字，可回到檢索結(jié)果顯示屏；Translation區(qū)顯示檢索詞轉(zhuǎn)換的詳細(xì)情況；Data

base區(qū)顯示檢索的數(shù)據(jù)庫；User

Query

區(qū)顯示用戶鍵入的檢索詞或檢索式。根據(jù)文獻(xiàn)類型檢索點(diǎn)擊customize，可以自由選擇所需檢索的文章類型臨床文獻(xiàn)檢索：CLINICAL

QUERIES

PubMed在其臨床查詢頁面為臨床醫(yī)生提供如下特殊的PubMed檢索服務(wù):?

Search

by

Clinical

Study

Category?

Finding

Systematic

Reviews?

Medical

Genetics

SearchesPUBMED-生物學(xué)信息庫PubMed還提供引文與其它數(shù)據(jù)庫的接入服務(wù)，與提供期刊全文的出版商網(wǎng)址的鏈接，來自第三方的生物學(xué)數(shù)據(jù)，序列中心的數(shù)據(jù)，提供與綜合分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫的鏈接與接入服務(wù)，這個(gè)數(shù)據(jù)庫歸NCBI所有，其內(nèi)容包括：DNA與蛋白質(zhì)序列，基因圖數(shù)據(jù)、3D蛋白構(gòu)象，

人類孟德爾遺傳在線等。RESOURCES合理運(yùn)用BEST

MATCH優(yōu)點(diǎn)：可直接顯示與主題詞搜索契合度、權(quán)重最高的文獻(xiàn)缺點(diǎn)：檢索面相對(duì)不足人性化頁面可獲得詳細(xì)作者信息、單位信息可直接閱讀摘要可直接查閱數(shù)據(jù)圖表文獻(xiàn)的辨識(shí)快速獲取文獻(xiàn)信息文獻(xiàn)質(zhì)量篩選目標(biāo)化閱讀綜述性文獻(xiàn)是指就某一時(shí)間內(nèi)，作者針對(duì)某一專題，對(duì)大量原始研究論文中的數(shù)據(jù)、資料和主要觀點(diǎn)進(jìn)行歸納整理、分析提煉而寫成的論文。專題性強(qiáng)，涉及范圍較小具有一定的深度和時(shí)間性能反映出相關(guān)專題的歷史背景、研究現(xiàn)狀和發(fā)展趨勢(shì)精讀綜述可以在短時(shí)間內(nèi)獲取大量情報(bào)綜述性文獻(xiàn)綜述性文獻(xiàn)是科研初始第一步需要閱讀的資料。充分了解我們研究對(duì)象的現(xiàn)狀

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避免重復(fù)勞動(dòng)、走回頭路指導(dǎo)科研方向綜述閱讀要素：1、時(shí)間（三年以內(nèi)）、2、雜