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ICS
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團(tuán)體標(biāo)準(zhǔn)
T/CVMAXXXXX—XXXX
犬胎兒三毛滴蟲(chóng)和五毛滴蟲(chóng)雙重實(shí)時(shí)熒光
PCR檢測(cè)方法
Real-timePCRassayfordetectionofTritrichomonasfoetusandPentatrichomonas
hominisindogs.
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XXXX-XX-XX發(fā)布XXXX-XX-XX實(shí)施
中國(guó)獸醫(yī)協(xié)會(huì)發(fā)布
犬胎兒三毛滴蟲(chóng)和五毛滴蟲(chóng)雙重實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)方法
1范圍
本文件規(guī)定了犬胎兒三毛滴蟲(chóng)和五毛滴蟲(chóng)雙重實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)方法的試劑、儀器和耗材、操作
步驟、結(jié)果判定、實(shí)驗(yàn)室生物安全等技術(shù)要求。
本文件適用于糞便中的犬胎兒三毛滴蟲(chóng)和五毛滴蟲(chóng)核酸的檢測(cè)。
2規(guī)范性引用文件
下列文件中的內(nèi)容通過(guò)文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中,注日期的引用文件,
僅該日期對(duì)應(yīng)的版本適用于本文件;不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改單)適用于本
文件。
GB19489實(shí)驗(yàn)室生物安全通用要求
NY/T541獸醫(yī)診斷樣品采集、保存與運(yùn)輸技術(shù)規(guī)范
3術(shù)語(yǔ)和定義
本文件沒(méi)有需要界定的術(shù)語(yǔ)和定義。
4試劑
4.1DNA提取試劑
DNA提取試劑采用現(xiàn)成的病毒核酸提取試劑條,或選取商品化的病毒DNA提取試劑盒并參照說(shuō)明書(shū)進(jìn)
行DNA提取。
4.2已滅菌1×PBS緩沖液
4.3引物探針
4.3.1采用針對(duì)犬胎兒三毛滴蟲(chóng)和五毛滴蟲(chóng)的引物及探針:
上游引物TF-F:5'-GAACGTTGCAAATGCGATAAGC-3'
下游引物TF-R:5'-AACATATATGCGTTCTAGCAAGCT-3'
熒光探針TF-Probe:5'-ATCTTTGAATGCACATTGCGCC-3'
上游引物PH-F:5'-GGTGGTGCAATCGTGGCTTGA-3'
下游引物PH-R:5'-CATAGAACGGAACGTTAGGTA-3'
熒光探針PH-Probe:5'-TCAGCTAATCCGTTAGATTCCGGCCAA-3'
4.3.2使用國(guó)家農(nóng)業(yè)行政主管部門(mén)批準(zhǔn)的其他引物、探針,應(yīng)對(duì)檢測(cè)程序和判定標(biāo)準(zhǔn)作相應(yīng)調(diào)整。
4.4陰性及陽(yáng)性對(duì)照
陰性及陽(yáng)性對(duì)照的制備方法見(jiàn)附錄A。
4.5其他試劑
?次氯酸消毒液、2XTaqManFastqPCR預(yù)混液、無(wú)菌無(wú)核酸酶水、1xPBS。
5儀器和耗材
1
分析天平(感量0.1mg)、高速臺(tái)式冷凍離心機(jī)(最高離心速度不低于12000r/min)、冰盒、實(shí)時(shí)
熒光PCR儀及配套反應(yīng)管(板)、-20℃冰箱、可調(diào)移液器(2μL,20μL,200μL,1000μL)、1.5mL
離心管(無(wú)核酸酶)、自動(dòng)化核酸提取機(jī)。
6操作步驟
6.1樣品采集及運(yùn)輸
樣品采集及運(yùn)輸按照NY/T541的規(guī)定執(zhí)行,采集犬糞便用于檢測(cè),樣品應(yīng)在冷藏條件下盡快運(yùn)輸至
實(shí)驗(yàn)室,避免反復(fù)凍融。采樣時(shí)應(yīng)穿戴個(gè)人生物安全防護(hù)裝備,實(shí)施現(xiàn)場(chǎng)消毒和廢棄物處理。
6.2樣品處理
檢測(cè)前樣品應(yīng)在二級(jí)生物安全柜中處理。糞便寄生蟲(chóng):用無(wú)菌拭子蘸取糞便,插入到預(yù)先已加入
500~600μl滅菌1xPBS的無(wú)菌1.5ml離心管中并轉(zhuǎn)動(dòng)棉拭子,讓PBS更充分的稀釋糞便后,將棉拭子抽
出。把裝有糞便渾濁液的離心管放入小型離心機(jī)中短暫離心,將渾濁液中的固體糞便顆粒離心到管底部
后,用移液槍將沉淀吸出,轉(zhuǎn)移到裝有研磨珠的研磨機(jī)專用離心管內(nèi)進(jìn)行震蕩破碎,最后取400μl破碎
完成的糞便沉淀液加入采樣管中即可。
6.3樣品保存
采集或處理好的樣品在2℃~8℃條件下保存應(yīng)不超過(guò)24h;如需長(zhǎng)期保存,應(yīng)放置-20℃冰箱,但應(yīng)
避免反復(fù)凍融(凍融不超過(guò)3次)。
6.4寄生蟲(chóng)DNA提取
6.4.1DNA提取應(yīng)在樣本制備區(qū)內(nèi)采用以下方法進(jìn)行,若使用其他等效的病毒DNA提取試劑,則按照
試劑說(shuō)明書(shū)操作。
6.4.2在已經(jīng)取好樣本的采樣管中分別加入20μl蛋白酶K和10μlCarrierRNA,期間每次加樣都
用相應(yīng)規(guī)格的移液槍進(jìn)行反復(fù)混勻,按順序分別在自動(dòng)核酸提取機(jī)的版塊上放入采樣管、移液槍頭、已
標(biāo)記樣本姓名、提取日期、樣本類型的核酸收集管后啟動(dòng)程序等待提取完畢即可。*組織類樣本試劑條
的使用與以上稍有不同,具體按廠家提供的說(shuō)明書(shū)進(jìn)行處理。
6.5實(shí)時(shí)熒光PCR操作
6.5.1在反應(yīng)混合物配制區(qū)、樣品制備區(qū)和檢測(cè)區(qū)分別進(jìn)行6.5.2~6.5.4。
6.5.2每個(gè)檢測(cè)反應(yīng)體系需使用20μL實(shí)時(shí)熒光PCR反應(yīng)液。按照八聯(lián)排每孔12.5μl的2XTaqMan
FastqPCR預(yù)混液,0.5μl的上游引物和下游引物和熒光探針Probe,6μl未開(kāi)封無(wú)菌水的量配置,
配置量計(jì)算公式:(樣本數(shù)+陰性對(duì)照孔1組+陽(yáng)性質(zhì)控孔1組)*2+1~10以內(nèi)的額外損耗數(shù)。
6.5.3充分混勻后分裝,每個(gè)PCR八聯(lián)排反應(yīng)管20μL。轉(zhuǎn)移PCR反應(yīng)管至PCR加樣區(qū)。
6.5.4在上述5.6.2的反應(yīng)管中分別加入5.5中RT的DNA溶液5μL,使每管總體積達(dá)到25μL,
記錄反應(yīng)管對(duì)應(yīng)的樣品名稱。蓋緊管蓋后,瞬時(shí)離心。
6.5.5將5.6.3加樣后的反應(yīng)管放入實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)儀內(nèi),記錄反應(yīng)管擺放順序。選定5-羧基熒
光素(FAM)作為報(bào)告基團(tuán),反應(yīng)參數(shù)設(shè)置如下:預(yù)變性94℃/3min;94℃/5s,60℃/30s,40個(gè)
循環(huán);在每次循環(huán)的60℃退火延伸時(shí)收集熒光。試驗(yàn)結(jié)束后,根據(jù)收集的Ct值和熒光曲線判定結(jié)果。
7結(jié)果判定
7.1結(jié)果分析條件設(shè)定
2
實(shí)時(shí)熒光PCR檢測(cè)閾值設(shè)定原則:閾值線超過(guò)陰性對(duì)照擴(kuò)增曲線的最高點(diǎn),且相交于陽(yáng)性對(duì)照擴(kuò)增
曲線進(jìn)入指數(shù)增長(zhǎng)期的拐點(diǎn),或根據(jù)儀器噪聲情況進(jìn)行調(diào)整。每個(gè)樣品反應(yīng)管內(nèi)的熒光信號(hào)到達(dá)設(shè)定的
域值時(shí)所經(jīng)歷的循環(huán)數(shù)即為Ct值。
7.2結(jié)果描述及判定
當(dāng)陽(yáng)性對(duì)照Ct值≤28.0且出現(xiàn)典型擴(kuò)增曲線,陰性對(duì)照無(wú)Ct值無(wú)擴(kuò)增曲線時(shí),實(shí)驗(yàn)成立。當(dāng)被
檢樣品出現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線且Ct值≤35.0時(shí),判為犬胎兒三毛滴蟲(chóng)/犬五毛滴蟲(chóng)核酸陽(yáng)性;被檢樣品
無(wú)Ct值,判為犬胎兒三毛滴蟲(chóng)/犬五毛滴蟲(chóng)核酸陰性;對(duì)于Ct值>35.0的樣品且出現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲
線,應(yīng)重檢,重檢仍出現(xiàn)上述結(jié)果的判為弱陽(yáng)性,否則判為陰性。
8實(shí)驗(yàn)室生物安全要求
8.1使用過(guò)的實(shí)驗(yàn)器材和液體廢棄物應(yīng)先經(jīng)過(guò)次氯酸消毒液噴灑靜置擦拭處理,再經(jīng)高溫高壓處理后
廢棄剩余樣品。等固體廢棄物應(yīng)在生物安全柜中密封包裝,經(jīng)表面消毒后移出,再經(jīng)高溫高壓處理后廢
棄。
3
A
A
附錄A
(規(guī)范性)
犬胎兒三毛滴蟲(chóng)/犬五毛滴蟲(chóng)陽(yáng)性及陰性對(duì)照
A.1陽(yáng)性對(duì)照
陽(yáng)性對(duì)照制備方法:人工合成犬胎兒三毛滴蟲(chóng)和犬五毛滴蟲(chóng)基因片段,將基因連接于pUC57-KAN
載體制成陽(yáng)性質(zhì)粒。
A.2陰性對(duì)照
陰性對(duì)照為無(wú)菌水。
4
B
B
附錄B
(規(guī)范性)
實(shí)時(shí)熒光PCR反應(yīng)液配方
組分1個(gè)檢測(cè)體系的加入量
2XTaqManFastqPCR預(yù)混液12.5μL
上游引物1(10μmol/L)0.5μL
下游引物1(10μmol/L)0.5μL
熒光探針1(10μmol/L)0.5μL
上游引物2(10μmol/L)0.5μL
下游引物2(10μmol/L)0.5μL
熒光探針2(10μmol/L)0.5μL
去離子水
4.5μL
總體積
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