轉(zhuǎn)錄組系列講座02醫(yī)學(xué)方向mRNA測(cè)序數(shù)據(jù)挖掘策略解析

?醫(yī)學(xué)方向mRNA測(cè)序數(shù)據(jù)挖掘策略解析解螺旋

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知識(shí)金牌知

識(shí)

金

牌01020304轉(zhuǎn)錄組測(cè)序簡(jiǎn)介I-Sanger云平臺(tái)分析特色如何使用云平臺(tái)挖掘數(shù)據(jù)后期實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證方法CONTENTS課程目錄

解

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旋|陪

伴

醫(yī)

生

科

研

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長(zhǎng)

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序簡(jiǎn)介01知

識(shí)

金

牌DNAProtein蛋白質(zhì)Translation翻譯Transcription轉(zhuǎn)錄Reverse

Transcription逆轉(zhuǎn)錄RNA中心法則的中心一環(huán)！解

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長(zhǎng)

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-Seq)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序簡(jiǎn)介知

識(shí)

金

牌轉(zhuǎn)錄組：特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA（廣義）。時(shí)間：某一時(shí)期、某一功能狀態(tài)等空間：特定組織、器官等轉(zhuǎn)錄組測(cè)序：通過(guò)新一代高通量測(cè)序，全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息。特點(diǎn)：研究表達(dá)的基因/轉(zhuǎn)錄本解

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轉(zhuǎn)錄組測(cè)序簡(jiǎn)介知

識(shí)

金

牌轉(zhuǎn)錄組測(cè)序簡(jiǎn)介樣品采集RNA抽提質(zhì)檢Illumina

HiSeq測(cè)序生信分析+數(shù)據(jù)挖掘如何真正實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)挖掘?解

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牌轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘發(fā)現(xiàn)大規(guī)模功能基因(de

novo)挖掘新基因、新轉(zhuǎn)錄本（有參轉(zhuǎn)錄組）研究基因/轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)、差異及功能發(fā)現(xiàn)特定組織或者條件下的可變剪切形式SNP檢測(cè)與分析ncRNA的鑒定及靶基因預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序簡(jiǎn)介RNA-seq解

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醫(yī)

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長(zhǎng)

生理調(diào)控生長(zhǎng)發(fā)育免疫應(yīng)答致病機(jī)制藥物效應(yīng)分子標(biāo)記知

識(shí)

金

牌轉(zhuǎn)基錄因本功功能能轉(zhuǎn)基錄因本差差異異表表達(dá)達(dá) 轉(zhuǎn)基錄因本表表達(dá)達(dá)有明確的研究通路：查找目標(biāo)通路所包含的基因，并進(jìn)行差異基因注釋和富集分析；

有明確的研究基因：查找目標(biāo)基因所參與的通路，并進(jìn)行功能分類和富集分析；無(wú)明確的通路和基因：依據(jù)不同樣本組間基因差異表達(dá)分析，查找樣本間差異表達(dá)基因，并進(jìn)行功能和代謝通路研究。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序簡(jiǎn)介解

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牌數(shù)據(jù)挖掘費(fèi)時(shí)費(fèi)力4參數(shù)固定無(wú)法調(diào)整靜態(tài)結(jié)果不便查找溝通困難周期較長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序簡(jiǎn)介解

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I-Sanger云平臺(tái)分析特色02知

識(shí)

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牌解

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旋4.表|

達(dá)陪與伴

差醫(yī)

生異科分研析成

長(zhǎng)

1.背景與質(zhì)控2.組裝與注釋3.功能查詢分析5.基因集分析6.序列分析10個(gè)云平臺(tái)分析模塊19處基因集構(gòu)建端口42項(xiàng)數(shù)據(jù)分析內(nèi)容轉(zhuǎn)錄組云平臺(tái)分析架構(gòu)I-Sanger云平臺(tái)分析特色知

識(shí)

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牌I-Sanger云平臺(tái)分析特色解

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牌，1.

雙研究層面真核生物中，一個(gè)基因在轉(zhuǎn)錄時(shí)首先會(huì)產(chǎn)生一條初始轉(zhuǎn)錄本

(pre-RNA)，再經(jīng)過(guò)加工修飾后可得到多條成熟的轉(zhuǎn)錄本，從而對(duì)應(yīng)不同的蛋白亞型

(isoform)；傳統(tǒng)分析：取每條基因中最長(zhǎng)的轉(zhuǎn)錄本作為unigene，進(jìn)行后續(xù)的功能注釋、表達(dá)量和差異表達(dá)分析。無(wú)法全面展示不同轉(zhuǎn)錄本的信息，也不能反映不同樣品間轉(zhuǎn)錄本表達(dá)的變化優(yōu)勢(shì)一：雙研究層面解

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I-Sanger云平臺(tái)分析特色知

識(shí)

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牌優(yōu)勢(shì)二：查詢功能解

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醫(yī)

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I-Sanger云平臺(tái)分析特色2.1

六大數(shù)據(jù)庫(kù)專業(yè)檢索——功能查詢知

識(shí)金

牌優(yōu)勢(shì)二：查詢功能解

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I-Sanger云平臺(tái)分析特色2.2

基因/轉(zhuǎn)錄本詳情頁(yè)全面展示2.3

轉(zhuǎn)錄因子個(gè)性化分析轉(zhuǎn)錄因子：一種可與DNA序列特異結(jié)合的蛋白質(zhì)，其一般有一個(gè)或多個(gè)與DNA結(jié)合的結(jié)構(gòu)域；作用機(jī)制：可與基因上游啟動(dòng)子區(qū)域結(jié)合，也可以和其它轉(zhuǎn)錄因子形成轉(zhuǎn)錄因子復(fù)合體來(lái)影響基因的轉(zhuǎn)錄，

因而在生物體內(nèi)具有重要作用。知

識(shí)

金

牌概念：根據(jù)一定的篩選條件，獲得的基因/轉(zhuǎn)錄本集合；目的：從眾多基因/轉(zhuǎn)錄本中挖掘與研究目的或表型相關(guān)的一些基因/轉(zhuǎn)錄本，并進(jìn)行功能、表達(dá)等研究。優(yōu)勢(shì)三：基因集分析解

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I-Sanger云平臺(tái)分析特色知

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牌如何管理基因集查看，編輯，刪除刪除，合并，去冗余優(yōu)勢(shì)三：基因集分析解

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I-Sanger云平臺(tái)分析特色如何使用云平臺(tái)挖掘數(shù)據(jù)03如何使用云平臺(tái)挖掘數(shù)據(jù) 知

識(shí)

金

牌轉(zhuǎn)錄組測(cè)序如何發(fā)高分文章解

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長(zhǎng)

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是種研究方法，結(jié)合多層次的數(shù)據(jù)來(lái)解釋某一生物學(xué)問(wèn)題越來(lái)越成為熱門，例如轉(zhuǎn)錄組+Small

RNA，轉(zhuǎn)錄組+LncRNA，轉(zhuǎn)錄組+蛋白等，是目前文章發(fā)表的套路和趨勢(shì)；小樣本量可以解釋生物學(xué)現(xiàn)象，但是大樣本量可以揭示現(xiàn)象背后的機(jī)理，能夠更全面的挖掘轉(zhuǎn)錄信息（WGCNA、時(shí)序表達(dá)分析等）；轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘也越來(lái)越重要，美吉轉(zhuǎn)錄組云平臺(tái)幫你深入挖掘轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。知

識(shí)

金

牌基因表達(dá)定量差異表達(dá)基因篩選差異基因功能和富集分析基因結(jié)構(gòu)及其他分析解

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長(zhǎng)

參考基因組de

novo組裝轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析思路獲得轉(zhuǎn)錄組的基因信息如何使用云平臺(tái)挖掘數(shù)據(jù)研

成

長(zhǎng)

知

識(shí)

金

牌

新基因新基因，參考基因解

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醫(yī)

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交互式轉(zhuǎn)錄組云平臺(tái)數(shù)據(jù)挖掘數(shù)據(jù)挖掘----基因功能①

功能：功能描述、轉(zhuǎn)錄因子、

基因家族等，如myb、

signal、resistance，字母大小寫(xiě)均識(shí)別②編號(hào)：基因

ID, GO

ID,Pathway

ID

如何使用云平臺(tái)挖掘數(shù)據(jù)知

識(shí)

金

牌數(shù)據(jù)挖掘-----

基因表達(dá)① 基因表達(dá)量高低② 共有特有表達(dá)基因如何使用云平臺(tái)挖掘數(shù)據(jù)解

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牌數(shù)據(jù)挖掘-----

差異基因表達(dá)①

組間差異如何使用云平臺(tái)挖掘數(shù)據(jù)解

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知

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牌基因集分析-----

基因功能與基因表達(dá)關(guān)聯(lián)紐帶如何使用云平臺(tái)挖掘數(shù)據(jù)解

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長(zhǎng)

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識(shí)

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牌功能信息表達(dá)信息序列信息在染色體的位置、基因ID、基因名稱等

基本信息六大主流數(shù)據(jù)庫(kù)的注釋信息比較該基因在各樣本的表達(dá)量情況基因序列、CDS序列以及蛋白序列，方便后續(xù)驗(yàn)證基因詳情頁(yè)-----

涵蓋單基因全部信息Tips：點(diǎn)擊結(jié)果表中藍(lán)色字體的“Gene/Transcript_id”,

即可進(jìn)入。共有10余處如何使用云平臺(tái)挖掘數(shù)據(jù)解

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牌原始數(shù)據(jù)文章/生物學(xué)問(wèn)題方便快捷，一步到位如何使用云平臺(tái)挖掘數(shù)據(jù)解

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長(zhǎng)

后期實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證方法04知

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牌后期實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證方法解

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長(zhǎng)

通過(guò)轉(zhuǎn)錄組學(xué)獲得的行使某種功能的基因，該如何進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了？1.

差異表達(dá)基因驗(yàn)證qRT-PCR驗(yàn)證：廣義概念是指以外參或內(nèi)參為標(biāo)準(zhǔn)，通過(guò)對(duì)PCR終產(chǎn)物進(jìn)行分析，進(jìn)行PCR

起始模板量的定量。狹義概念是指用外標(biāo)法（熒光雜交探針）監(jiān)測(cè)PCR擴(kuò)增效率，達(dá)到精確定量起始模板數(shù)的目的；western

blot：是將電泳分離后的細(xì)胞或組織總蛋白質(zhì)，從凝膠轉(zhuǎn)移到固相支持物NC膜或PVDF

膜上，然后用特異性抗體檢測(cè)某特定抗原的一種蛋白質(zhì)檢測(cè)技術(shù)；northern

blot：是一種通過(guò)檢測(cè)RNA表達(dá)水平來(lái)檢測(cè)基因表達(dá)的方法，通過(guò)電泳將不同分子量大小的RNA分子進(jìn)行區(qū)分，然后通過(guò)與特定基因互補(bǔ)配對(duì)的探針雜交來(lái)檢測(cè)目的片段。知

識(shí)

金

牌后期實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證方法2.

基因功能驗(yàn)證通過(guò)基因下調(diào)（基因干擾法）、基因上調(diào)（基因轉(zhuǎn)染法）后看蛋白表達(dá)水平、細(xì)胞功能改變、在動(dòng)物模型中相關(guān)功能的變化等?；蛏险{(diào)解

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基因下調(diào)解

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醫(yī)

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長(zhǎng)

Hammond

S

M,et

al.NatureReviewsGenetics,2001.知

識(shí)

金

牌2.1

基因下調(diào)-RNA干擾技術(shù)外源性與內(nèi)源性雙鏈RNA

觸發(fā)編碼區(qū)同源mRNA

特異性的降解，導(dǎo)致基因表達(dá)沉默，這種現(xiàn)象發(fā)生在轉(zhuǎn)錄后水平，又稱為轉(zhuǎn)錄后基因沉默(post-transcriptional

gene

silencing)。后期實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證方法解

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doi:10.1002/0471143030.cb1912s44知

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